Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400503.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3698.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 5703
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.11, T:0.28
Warning! 1117 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1411 original size:173 final size:168
Alignment explanation
Indices: 516--1719 Score: 630
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 168
506 NNNNNNGAGG
* * * * ** * * *
516 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATG-GCTGGCAATAAATGAACTTT
1 TTATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTT
* ** * * *
580 TCTTGTCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT-AATTTATATTTTGTTT
65 TCTTGCCAATGAATGA-C-TTTTCTTCACATTTCTGAA-GTAGACATTCAA-TTATAATATGTTT
* * * *
643 TGATTTAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGA
126 T-AATAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
* ** * * * * *
688 TTGTAAAAGAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTATAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTT
1 TTATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * * ** *
753 CTTTCTAACGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGTAAACATTTAATTATAACATACTCTAA
66 CTTGCCAATGAATGACTTTT-CTTCACATTT-CTGAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * *
818 TTAAACATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
129 -TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
* ** * * * * * ** * *
859 TTATAAAAGC-ATTTAAAAAGAGTGATAATGCTTTTGAA-GAAGTAAGTGGGTCTAAAAGGACTT
1 TTATAAAA-CTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * *
922 TTCTTTCCAAT-AGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCACACATTCAATTAAAATCA-AT
64 TTCTTGCCAATGA-ATGACTTTT-CTTCACATTT-CTGAA-GTAGACATTCAATTATAAT-ATGT
* * ** * **********
984 TTTAACAAACAATATAAAAAAATTTGACTTAANNNNNNNNNNGAGA
124 TTTAATAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * * *
1030 TTATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAAGG-TTTTTGA-GCATATAGGTGACGATAAGTAGACTT
1 TTATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-GA-GTGACTATAAATGGACTT
* * * * * **
1093 TTATTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAAGTAGACATTCAAATATTATCCGTTTT
64 TTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTCTTCACATTT-CTGAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT
* * * * *****
1158 ACTCATAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTANNNNN
127 AAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
***** * * *
1201 NNNNNAAACTATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTAGAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
*
1266 TTTGCCAATGAATGACTCTTTCTTCACATTTTGCTGAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
66 CTTGCCAATGAATGACT-TTTCTTCACA-TTT-CTGAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
*
1331 ATAAAAAATGTAAAAAAACTTCTACTAAAAATCAATTATGAGA
128 AT-AAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
********** * * * ** * *
1374 TTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAAGCTTGAAAGACTTTAAAAGGACTTTT
1 TTATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
1439 CTTGCTAGTGGAT-AGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
66 CTTGCCAATGAATGA-CTTTT-CTTCACATTTC-TGAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * * * *
1503 AGCAACAATATAACAAAATTCAACTAAAAATAAATTATGACA
128 A-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
* * ** * *
1545 TTATAAAACTATATAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGATGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
1 TTATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * *
1610 CTTACCAATGAATGACTTTATCTTCACATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA
66 CTTGCCAATGAATGACTTT-TCTTCACATTTCTGAA-GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * *
1675 CTAAAATTGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
129 -TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
1716 TTAT
1 TTAT
1720 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 238, Indels: 65
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 17 0.02
171 456 0.60
172 201 0.26
173 87 0.11
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
TTATAAAACTATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATGACTTTTCTTCACATTTCTGAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATA
AAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
Found at i:3035 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2725--3089 Score: 391
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
2715 NNNNNNNNNN
* * * * *
2725 AACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATG
1 AACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATA
* * ** * ** * * * *
2790 GGTGACTATAAATGGATTTTTCTTTTCAATGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTCTTATGACACACA
66 AGCGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAATGGACGACTTTGGCTTCATGTTTCTAAAGACACACA
* *
2855 TTTAATTATAATCTATTTTACT-AAACAATATAAA-AAAATTTC
131 TTCAATTATAATATATTTTACTCAAA-AATA-AAAGAAAA-TTC
* * * **
2897 -ACTCAAAATCAATTATGATATTATCAAA-CCATTTAAAACAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTTT
1 AACTCAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAGCCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTACGAAGGCAT
* *
2960 AAGCGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAATGGACGACTTTTGCTTCATGTTTGCTAAAGTAGAC
65 AAGCGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAATGGACGACTTTGGCTTCATGTTT-CTAAAG-ACAC
3025 A-A-TCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATAAAAGAAAATTC
128 ACATTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATAAAAGAAAATTC
* *
3067 AATTTAAAATCAATTATGAGATT
1 AACTCAAAATCAATTATGAGATT
3090 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 28, Indels: 13
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.04
171 138 0.87
172 11 0.07
173 4 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATA
AGCGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAATGGACGACTTTGGCTTCATGTTTCTAAAGACACACA
TTCAATTATAATATATTTTACTCAAAAATAAAAGAAAATTC
Found at i:3928 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3625--5700 Score: 1412
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 170
3615 NNNNNNNNNN
* * * ** *
3625 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAAGGCATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * *
3690 GTAAATAGACTTTT-CTTACTAATGGATGATGTTTGCTTTATGTTT-TCCAAGGCAAACAATGAA
66 ATAAATAGACTTTTCCTT-CTAATGGATGCT-TTTGCTTTATGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAA
* * * * *
3753 TTATAATATACTTTAACAAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTAC
128 TTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
********** *
3796 AATCAATTATGAGATTATAAAACNNNNNNNNNNAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * *
3861 ATAAATAGACTTTTCCTTCCAATGGATGGCTTTTGCCTTATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATT
66 ATAAATAGACTTTTCCTTCTAATGGAT-GCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATT
***********
3926 ATAATCTATTTTAACCNNNNNNNNNNAAAAATTCAACTTAA
130 ATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * ** * * *
3967 AATCAATTGTGAGATTGTAAAACCACTGAAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGCGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * * * * * *
4032 TATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGATTTTTCTTCATGTTTCTCATGGCAGACAATGAAAT
65 TATAAATAGACTTTTCCTTCTAATGGATGCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATT
* * *
4097 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAATTAAACTTAA
130 ATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAA
* *** * * * * * *
4139 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAACGCTTTTGAAGGCTTAAGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * *
4204 ATAAATTGACTTTTCTTTCTAATGGATAGCTTTTGCTTTATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATT
66 ATAAATAGACTTTTCCTTCTAATGGAT-GCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATT
* * * * * * *
4269 ATAATATGTTTTGACCAAAAATATAAAAAAAATCTACTGAA
130 ATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
4310 AATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCATAAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * *
4375 ATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATAGCTCTTT-CTTTATATTTCTTAAGACAGACATTTAAT
66 ATAAATAGACTTTTCCTTCTAATGGAT-GCT-TTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
* * *
4439 TATAATCTATTTTAACTAGAAAA-GTAAAAAATTTCAACTTAA
129 TATAATCTATTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
** * * ** ** **
4481 AATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTTAAAGGTTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * *
4546 ATAAA-AGGACTTTT-CTTGCCT-ATGGATTGCCTTTACTTCATGTTTCTCAAAGCAGATATTCA
66 ATAAATA-GACTTTTCCTT--CTAATGGA-TGCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCA
* * * *
4608 ACTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAA
127 ATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * **
4652 AATCACTCATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * * * *
4717 ATAAATGGACTTTT-CTTATCAACGAATAGCTTTTTCTTCATCTTTCCTAAGGTAGACATTGAAT
66 ATAAATAGACTTTTCCTTCT-AATGGAT-GCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
* * *
4781 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAA
129 TATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* ** * *
4823 AATCAATTATGACATTATAAAAGTATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * * * *
4888 GTAAATGGAATTTTCTCTTC-AATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTTAAT
66 ATAAATAGACTTTTC-CTTCTAATGGAT-GCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
* ** *
4952 TATAAT-AATTATTAA-ATAGCAATATAAAAAATTTCAACTTAA
129 TATAATCTATT-TTAACA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * ** **
4994 AATTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTT-TAAACCAAT-AGCAA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA-ACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGAGTGA
* * * * * * ** ** * *
5056 CTATAAATGGGCCTTTT-TTTCTAATGAATGGATTTTTCTCCACATTT-TTCAAGGTAAACATTC
64 CTATAAAT-AGACTTTTCCTTCTAATGGAT-GCTTTTGCTTTATGTTTCTT-AAGGCAGACATTC
* * * * *
5119 AAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAA
126 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * * * *
5164 AATGAATAATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTGGAAGGCATGGGTGATT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * ** *
5229 ATAAATGGACTTTT-CTTACTAATGGATGGTGTTTTCTTCATGTTT-TTGAGAAAGACATCCAAT
66 ATAAATAGACTTTTCCTT-CTAATGGATGCT-TTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
* * * *
5292 TATATTATATTTTAATC-AAAAATAT-AAAATATTTAACTTAA
129 TATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
5333 AATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTAAAACGAGTAATATGGCTTT-GAAAGGTATGAATGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGAC
* * * * * * *
5396 TATAAATGGAGTTTT-CTCTCTAATGGAAGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG-TGCACATTCA
65 TATAAATAGACTTTTCCT-TCTAATGG-ATGCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAG-ACATTCA
* * *
5459 ATTATAATCTA-TTTAACCAATAATA-AAAAAAATTCAATTTAA
127 ATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
** * * * * **
5501 AA-CTAATTATGTCATTATAAAACCA-TCAAAAGAGAATAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTGA
1 AATC-AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * *
5564 CTATAAATGGACTTTTTCCTGC-AATGGATGGCTTTTCCTTTATGTTTCCTT-AGGCAGACATTT
64 CTATAAATAGAC-TTTTCCTTCTAATGGAT-GCTTTTGCTTTATGTTT-CTTAAGGCAGACATTC
* * ** *
5627 AA-T-T-ATCTATTTTAACCAACAGGATAAAAGAAATTTAACTTAA
126 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAA
*
5670 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
5701 GCG
Statistics
Matches: 1490, Mismatches: 358, Indels: 115
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.00
167 15 0.01
168 120 0.08
169 155 0.10
170 186 0.12
171 853 0.57
172 153 0.10
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
ATAAATAGACTTTTCCTTCTAATGGATGCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTA
TAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
Found at i:4511 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3625--5700 Score: 1740
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 340
3615 NNNNNNNNNN
* * * ** *
3625 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAAGGCATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * * *
3690 GTAAATAGACTTTTCTTACTAATGGATGATGTTTGCTTTATGTTT-TCCAAGGCAAACAATGAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGAT-TTTTCTTCATATTTCT-TAAGGCAGACATTGAAT
* ** * *
3754 TATAATATACTTTAACAAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAAC
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
*********** * * * *
3819 NNNNNNNNNNAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTTCCAAT
193 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAAT
* * * * ******
3884 GGATGGCTTTTGCCTT-ATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCNNNNNN
258 GGATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT
****
3948 NNNNAAAAATTCAACTTAA
322 ATAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * * *
3967 AATCAATTGTGAGATTGTAAAACCACTGAAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGCGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * *
4032 TATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGATTTTTCTTCATGTTTCTCATGGCAGACAATGAAAT
65 TATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGATTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTGAATT
* * *
4097 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
130 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
4162 CATTTAAAGTGAGTGATAACGCTTTTGAAGGCTTAAGTAACTATAAATTGACTTTTCTTTCTAAT
193 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAAT
* * * *
4227 GGATAGCTTTTGCTTTATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTGACCAAAAATA
258 GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA
* * *
4292 TAAAAAAAATCTACTGAA
323 TAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
4310 AATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCATAAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * * *
4375 ATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATAGCTCTTTCTTTATATTTCTTAAGACAGACATTTAATT
66 ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAAT-GATTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTGAATT
* * *
4440 ATAATCTATTTTAACTAGAAAA-GTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
130 ATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** ** ** * *
4504 TATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTTAAAGGTTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCT-A
193 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCTAA
* * * * * * * *
4568 TGGATTGCCTTTACTTCATGTTTC-TCAAAGCAGATATTCAACTATAATATATTTTAATCAAAAA
257 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGA-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA
* *
4632 TGTAAAAAAATTCAACTCAA
321 TATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * **
4652 AATCACTCATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * *
4717 ATAAATGGACTTTTCTTA-TCAACGAATAGCTTTTTCTTCATCTTTCCTAAGGTAGACATTGAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGAAT-GATTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTGAAT
** * *
4781 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAG
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
4846 TATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGAATTTTCTCTTC-AA
193 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTCTAA
* * * ** * ** **
4910 TGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTTAATTATAATA-ATTATTAAATAGCAA
257 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATT-TTAACCAAAAA
*
4974 TATAAAAAATTTCAACTTAA
321 TATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * ** **
4994 AATTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTT-TAAACCAAT-AGCAA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-ACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGAGTGA
* * * * * * *
5056 CTATAAATGGGCCTTTT-TTTCTAATGAATGGATTTTTCTCCACATTT-TTCAAGGTAAACATTC
64 CTATAAAT-GGACTTTTCTTACTAATGAAT-GATTTTTCTTCATATTTCTT-AAGGCAGACATTG
* * * *
5119 AAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATGAATAATGATATTATAA
126 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
5184 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTGGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACT
190 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCT
* * * * *
5249 AATGGATGG-TGTTTTCTTCATGTTT-TTGAGAAAGACATCCAATTATATTATATTTTAATCAAA
255 AATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* *
5312 AATAT-AAAATATTTAACTTAA
319 AATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
5333 AATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTAAAACGAGTAATATGGCTTT-GAAAGGTATGAATGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGAC
* * * * ** * * *
5396 TATAAATGGAGTTTTCTCT-CTAATGGAAGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG-TGCACATTCA
65 TATAAATGGACTTTTCT-TACTAAT-GAATGATTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAG-ACATTGA
* * ** * **
5459 ATTATAATCT-ATTTAACCAATAATAAAAAAAATTCAATTTAAAA-CTAATTATGTCATTATAAA
127 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAA
** * * ** * *
5522 ACCATCAAAAGAGAATAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCCTGC-
191 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTTCT
* * * * * *
5586 AATGGATGGCTTTTCCTTTATGTTTCCTT-AGGCAGACATTTAA-T-T-ATCTATTTTAACCAAC
255 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
** *
5647 AGGATAAAAGAAATTTAACTTAA
319 AATATAAAA-AAATTCAACTTAA
5670 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
5701 GCG
Statistics
Matches: 1395, Mismatches: 297, Indels: 88
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
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336 4 0.00
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338 67 0.05
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341 187 0.13
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343 274 0.20
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGATTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTGAATTA
TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGA
TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAA
AAAAATTCAACTTAA
Found at i:4842 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 3625--5702 Score: 1819
Period size: 513 Copynumber: 4.1 Consensus size: 509
3615 NNNNNNNNNN
* * * * *
3625 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAAGGCATGGGTGACT
1 AATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * *
3690 GTAAATAGACTTTTCTTACTAATGGATGATGTTTGCTTTATGTTTTCC-AAGGCAAACAATGAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGCTGTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGACAGACATTCAAT
* * * * *
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130 TATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
********** *
3819 NNNNNNNNNNAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCCTTCCAAT
195 TATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-C-TCCAAT
* * ******
3884 GGATGGCTTTTGCCTTATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCNNNNNNN
258 GGATGGCTTTTGCTTTATATTTCTTAAGGCAGACATTTAATTATAATCTATTTTAA-C-TAGAAA
*** * * ** * *
3949 NNNAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTGTAAAACCACTGAAAAACAAGTAATAAGGC
321 ATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * *
4013 TTTCGAAGGTATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAAT-GAATGATTTTTCTTCATGTTT
385 TTTTAAAGGTATGAGCGACTATAAAAGGACTTTTCTTTCTAATGGATTGATTTTTCTTCATGTTT
* * * * *
4077 CTCATGGCAGACAATGAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAATTAAACTTAA
450 CTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAA
* ** * * * * *
4139 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAACGCTTTTGAAGGCTTAAGTAACT
1 AATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * *
4204 ATAAATTGACTTTTCTTTCTAATGGATAGCT-TTTGCTTTATGTTTCTTGAGACAGACATTCAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGAT-GCTGTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAAT
* * * * * *
4268 TATAATATGTTTTGACCAAAAATATAAAAAAAATCTACTGAAAATCAATTATGAAATTATAAAAC
130 TATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* *
4333 TATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAAT
195 TATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-T-CCAAT
* * *
4398 GAATAGCTCTTT-CTTTATATTTCTTAAGACAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAGAAAA
258 GGATGGCT-TTTGCTTTATATTTCTTAAGGCAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAGAAAA
** **
4462 GTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAGCAAGGCT
322 -TAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * ** *
4527 TTTAAAGGTTTGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCT-ATGGATTGCCTTTACTTCATGTTT
386 TTTAAAGGTATGAGCGACTATAAAAGGACTTTTCTT-TCTAATGGATTGATTTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
4591 CTCAAAGCAGATATTCAACTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAA
450 CTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
4652 AATCACTCATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * ** *
4717 ATAAATGGACTTTTCTTA-TCAACGAATAGCT-TTTTCTTCATCTTTCCTAAGGTAGACATTGAA
66 ATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGGAT-GCTGTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAA
* * * *
4780 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAA
129 TTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
4845 GTATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGAATTTTCTCTTCAA
194 CTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTC--CAA
* * ** * * * * *
4910 TGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTTAATTATAAT-AATTATTAAATAGCAA
257 TGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCTTAAGGCAGACATTTAATTATAATCTATT-TTAACTAG-AA
* * * *
4974 TATAAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
320 AATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
*** * * * * * * **
5039 TTTTAAACCAAT-AGCAACTATAAATGGGCCTTTT-TTTCTAATGAATGGATTTTTCTCCACATT
385 TTTTAAAGGTATGAGCGACTATAAA-AGGACTTTTCTTTCTAATGGATTGATTTTTCTTCATGTT
* * * *
5102 TTTCAAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAA
449 TCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * ** * * * *
5164 AATGAATAATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTGGAAGGCATGGGTGATT
1 AATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTTGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * *
5229 ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGGTGTTTTCTTCATGTTT-TTGAGAAAGACATCCAATT
66 ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGCTGTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATT
* * * *
5293 ATATTATATTTTAATCAAAAATAT-AAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
131 ATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * * * * *
5357 A-TTAAAACGAGTAATATGGCTTT-GAAAGGTATGAATGACTATAAATGGAGTTTTCTCTCTAAT
196 ATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTC-C-AAT
* * ** * * * * *
5420 GGAAGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG-TGCACATTCAATTATAATCTA-TTTAACCA-ATAA
258 GGATGGCTTTTGCTTTATATTTCTTAAGGCAG-ACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAGAAAA
* * ** ** * * **
5482 TAAAAAAAATTCAATTTAAAA-CTAATTATGTCATTATAAAACCATCAAAAGAGAATAATAATAC
322 T-AAAAAATTTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * * * * * * *
5546 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCCTGC-AATGGATGGCTTTTCCTTTATGTT
385 TTTTAAAGGTATGAGCGACTATAAAAGGAC-TTTTCTTTCTAATGGATTGATTTTTCTTCATGTT
* * * * * * *
5610 TC-CTTAGGCAGACATT-TAAT-T-ATCTATTTTAACCAACAGGATAAAAGAAATTTAACTTAA
449 TCTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAATG-TAAAA-AAATTCAACTTAA
*
5670 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
1 AATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
5703 G
Statistics
Matches: 1265, Mismatches: 268, Indels: 70
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
504 5 0.00
505 15 0.01
506 45 0.04
507 64 0.05
508 50 0.04
509 94 0.07
510 38 0.03
511 37 0.03
512 175 0.14
513 397 0.31
514 339 0.27
515 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (509 bp):
AATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTTGAAGGCATGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGATGCTGTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAGACATTCAATT
ATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
ATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCCAATGGA
TGGCTTTTGCTTTATATTTCTTAAGGCAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAGAAAATAAA
AAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
AGGTATGAGCGACTATAAAAGGACTTTTCTTTCTAATGGATTGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
GCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
Done.