Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400516.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3711.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 671
Length: 1119
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:550 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 149--1113 Score: 1137
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 172
139 AGACCAATGT
* * * *
149 AAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG
* * * * * * ** *
214 AAGGAATG-GACGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTTAATAAATGGTTGTTTCTTTACATTTCTTG
66 AAGGAATGAG-TGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCG
** * * * *
278 AGACAAACATTT-AATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATATAA
130 AGGTAGACATTTAAATTATAGTATGTTTTAATC-AAAAATGTAA
* * *
320 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG
385 AAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCGA
66 AAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCGA
*
450 GGTAGACATTTAAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAA
131 GGTAGACATTTAAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAA
* * * *
492 AAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATGGGATGATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGCTTTTT
1 AAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTT
* * ** * * * *
556 CAAGGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCA
65 GAAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCG
* * *
621 AGGTAGACA-TTCAATCATAGTATGTTTTAATCAAAAATATAA
130 AGGTAGACATTTAAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAA
*
663 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTT-
* * *
727 GAAGGAATGAGTGACTCTAAATTGACTTTTAC-TGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATATTTCTG
65 GAAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTT-CTTGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTC
* *
791 GAAGTAGACATTTAAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAA
129 GAGGTAGACATTTAAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAA
* * **
835 AAATATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAATTCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG
* * **
900 AAGGAATGGGTGAC-CATAAATAGACTTTT-TT-TCCTAATGAATGGCTAATTT-TAT-ATGTTT
66 AAGGAATGAGTGACTC-TAAATGGACTTTTCTTGT-C-AATGAAT-GCTTCTTTCT-TCATGTTT
* * * * * * *
960 CCCAAGGTAGACA-TTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAGGTAA
126 CTCGAGGTAGACATTTAAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAA
* * * *
1006 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTAAAAACGGGTAATAAGCCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG
* * * * *
1071 AAGGAATGAGTAACTATAAATGAACTTTTTTTCTCAATGAATG
66 AAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
1114 GCTTTT
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 93, Indels: 37
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.01
171 381 0.56
172 280 0.41
173 15 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG
AAGGAATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCGA
GGTAGACATTTAAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATGTAA
Found at i:783 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 149--1113 Score: 1289
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 341
139 AGACCAATGT
* * *
149 AAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTG
** * * * * **
214 AAGGAATGGACGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTT-AATAAATGGTTGTTTCTTTACATTTCTTG
66 AAGGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTT-TTCAATGAATGCTTGTTTC-TTACGTTTCTCA
** * * *
278 AGACAAACATTTAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAAT
129 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
342 TATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTCTAAATG
193 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTCTAAATT
* *
407 GACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAAATTATAATA
258 GACTTTTC-TGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATATTTCTCGAAGTAGACATTTAAATTATAATA
472 TGTTTTAATCAAAAATGTAA
322 TGTTTTAATCAAAAATGTAA
* * *
492 AAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATGGGATGATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGCTTTTT
1 AAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTT
* *
556 CAAGGAATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCA
65 GAAGGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTT-ACGTTTCTCA
* * *
621 AGGTAGACATTCAATCATAGTATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
129 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
686 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTTGGAAGGAATGAGTGACTCTAAATT
194 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTT-GAAGGAATGAGTGACTCTAAATT
*
750 GACTTTTACTGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATATTTCTGGAAGTAGACATTTAAATTATAATA
258 GACTTTT-CTGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATATTTCTCGAAGTAGACATTTAAATTATAATA
815 TGTTTTAATCAAAAATGTAA
322 TGTTTTAATCAAAAATGTAA
* * ** *
835 AAATATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAATTCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTG
* ** * *
900 AAGGAATGGGTGAC-CATAAATAGACTTTT-TTTCCTAATGAATGGCTAATTT-TATATGTTTCC
66 AAGGAATGGGTGACTC-TAAATAGACTTTTCTTTTC-AATGAAT-GCTTGTTTCT-TACGTTTCT
* **
962 CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
127 CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
1027 TTATAAGATTATAAAACCATTAAAAACGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTAACTATAAA-
192 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTCTAAAT
* *
1091 TGAACTTTTTTTCTCAATGAATG
257 TG-AC-TTTTCTGTCAATGAATG
1114 GCTTTT
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 59, Indels: 28
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 17 0.03
343 513 0.93
344 19 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTG
AAGGAATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTGTTTCTTACGTTTCTCAAG
GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTCTAAATTGAC
TTTTCTGTCAATGAATGCTTCTTTCTTCATATTTCTCGAAGTAGACATTTAAATTATAATATGTT
TTAATCAAAAATGTAA
Done.