Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397581.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1182.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6090
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Found at i:1253 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18--2442 Score: 1981
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 169
8 TTTTAACTAA
* *
18 CACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTC-TAATTGATTTT
1 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTT
** * * * * * * * *
82 GTGCTGAATTGTTTTACATTTTTTAGTAAAATAGATTGTAATTGAATCTCTACCATGGGAAACAT
65 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TTGGAAACAT
** ** *
147 GAAGAAAAACTCGT-TCATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGT
129 GAAGAAAAAGGC-TATCATTG-GCAAGAAAAGT-CATTTATAGT
* * * * * *
190 CATCCATATCTTTGAAAGCCTAAGTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * **
255 GGTT-AAATTTCTTACATTTTT-AGTTAAAACTA-ATTATAATTGAATGGCTGCCTTGGCAAGTA
66 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGG-AAACA
* *
317 TGAAGAAAAAGTC-ATTCTTTGG-AA-AAAAGTTCATTTATAGT
128 TGAAGAAAAAGGCTA-TCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGT
* ** * * * * *
358 CACTCA-AGCCTTCAAAAGCTTTATGACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTG
1 CACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
422 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TGAAAACAGATTCTAATTAAATATTTACAATTGTAAACA
65 AAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTGGAAACA
* *
486 TGAAGAAAAAGGCTAACACTT-GCTAGAAAAGTCCATTTATAGT
128 TGAAGAAAAAGGCTATCA-TTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGT
* * *
529 CACACA-AGGCTTTGACAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 CACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** * * * * * * *
593 AAATTAAAAGTTTTTATATTTTTTATAAAAACAG---ATAATTGAATATCCACACTGGGAAACCT
65 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTGGAAACAT
* * *
655 AAAGAACAA-GCCATTCATTGGCAA-ATAAAGTCCATTTATAGT
129 GAAGAAAAAGGCTA-TCATTGGCAAGA-AAAGT-CATTTATAGT
* * ** * * *
697 TACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTA
1 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * **
762 AGTTTAATATTTTTTTA-TTTTTTG-TTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACA
66 AG-TTGA-ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACA
* * * * *
825 TGAACAAAAA-GTTATTGATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAG-
128 TGAAGAAAAAGGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGT
* * * * * * * * *
867 CAACTAAAGCCTTCGAAAGACTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTTCTAATATGATAATTGATTTT
1 CACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
932 AAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACAT
65 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACAT
* *
997 GAAGAAAAAGGCTGTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
129 GAAGAAAAAGGCTATCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGT
* * ** *
1039 CACTCATACCTTTAAAAGCCAAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
1104 GGTTGAATTGTTTTACATTATTGATTAACACAGATTATAACT-AAGTGTCTACCTTAGGAAACAT
66 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTT-GGAAACAT
1168 GAAGAAAAAGGCTATCATT-GCAAGAAAAGTCATTTTATAGT
129 GAAGAAAAAGGCTATCATTGGCAAGAAAAGTCA-TTTATAGT
* * *
1209 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATT-ACTTTT
1 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTT
* * * * * **
1273 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-AGTAAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGATATG
65 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACA
* *
1337 TGAAGAAAAAGGCTATCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
128 TGAAGAAAAAGGCTATCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGT
* * *
1380 CA-CCATGCCTTTGAAAGCATTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
1444 GGTTGAATTTCTTTGCATTATTGATTAACACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAAATGT
66 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACATG-
**
1508 AAAGAAAAAGGCTATCATTGGCAATTAAAGTCTATTTATAGT
130 -AAGAAAAAGGCTATCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGT
* * ** * * *
1550 TACCCATGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
1615 AGTTTAATACTTTTTT--ATTTCTT-ATTAAAACATATTAAAATTAAATGTCTACCTTGGAAAAC
66 AGTTGAAT--TTTTTTACATTT-TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGG-AAAC
* * *
1677 ATGAA-AAAAAAGTTATTGATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-
127 ATGAAGAAAAAGGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGT
** * * * * *
1720 CAACCCAT-GTTTTCATAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGATTT
1 C-ACCCATACCTTTGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
1784 TAATTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACATTAGGAAAT
64 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAC
* * **
1848 GTGAAGAAAAA-ACTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAG-
127 ATGAAGAAAAAGGCTA-TCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGT
* ** * * **
1891 CAACC-TAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACACGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 CACCCAT-A-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * *
1955 TAGGTTGAATTTCTTTACATTGTTGAATAACACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACA
64 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACA
*
2020 TGAA-AAAAAGGCTATCATT-GTAA-AAAAGTCTATTTATAGT
128 TGAAGAAAAAGGCTATCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGT
* ** ** *
2060 CACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATGGCTCGCTTTAAATAATTTTACAATCTCATAATTGATTTTA
1 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * ** * * *
2125 ATTTAAATTTTTTTATATTCTT-AGTGCAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGATATAT
66 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACAT
*
2189 GAA-AATAAAGGCTATCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
129 GAAGAA-AAAGGCTATCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGT
* * * ** ** * * *
2231 CA-CTATGCTTTTGAAAGTATTATTACTCATTTTAAATGGTTTCATAATCTGATAATTGATTGTA
1 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
2295 AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC-T-CAAGAAATG
66 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAA-ACATG
**
2358 TAAGAAAAAAGG-TATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
130 -AAG-AAAAAGGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGT
* ** * *
2401 CACTCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTT
1 CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
2443 AAAACAGATT
Statistics
Matches: 1817, Mismatches: 350, Indels: 173
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 11 0.01
168 300 0.17
169 105 0.06
170 475 0.26
171 833 0.46
172 82 0.05
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACATGA
AGAAAAAGGCTATCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGT
Found at i:2489 original size:122 final size:122
Alignment explanation
Indices: 2319--2560 Score: 280
Period size: 122 Copynumber: 2.0 Consensus size: 122
2309 AAATTTTTGA
* *
2319 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTAAGAAAAAAGGT-ATTCATTAACAA
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAGAAAAAA-GTCATTCAAT-ACAA
*
2383 G-AAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCCTT-ATTACCCACTTTAAATGG
64 GAAAAAGTAC-ATTTATAGTCACGCATGTCTTTGAAAG-CTTAATTACCCACTTTAAATGG
* * * ***
2441 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGAA-AACT-TAAGGAAAAAGTCATTCAATGGTA
1 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTC--AAGAAATGTAAGAAAAAAGTCATTCAATACAA
* * *
2504 GAAAAAGTACATTTATAGTTACGCATGTCTTTGAAAGCTTAATTGCCCAGTTTAAAT
64 GAAAAAGTACATTTATAGTCACGCATGTCTTTGAAAGCTTAATTACCCACTTTAAAT
2561 AATTTTATAA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 12, Indels: 12
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
121 7 0.07
122 89 0.87
123 4 0.04
124 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (122 bp):
TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAGAAAAAAGTCATTCAATACAAGA
AAAAGTACATTTATAGTCACGCATGTCTTTGAAAGCTTAATTACCCACTTTAAATGG
Found at i:2731 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2438--2809 Score: 446
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
2428 CCACTTTAAA
* * * * *
2438 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGAAAACTTAAGGAAAAAGTCATTCAATGGT
1 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAATAGT
* * * * *
2503 AGAAAAAGTACATTTATAGTTACGCATGTCTTTGAAAGCTTAATTGCCCAGTTTAAATAATTTTA
66 AGAAAAAGTACATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACCCAGTTTAAATAATTTTA
*
2568 TAATCTAAAAATT-GATTTTAGGTTA-AATTTTTGTACATTTT
131 TAATCTAAAAATTGGA-TTTAGG-TAGAATTTTTGTACATTGT
* * * * *
2609 TTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACGTAAAGTAAAAGCCATTCATTAG
1 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAATAG
* * * * **
2673 TA-AGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTGATTACTCATTTTAAATGGTTT
65 TAGA-AAAAGTACATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACCCAGTTTAAATAATTT
* * *
2737 TATAATCTCATAATTGGATTTAGGTAGAATTTTTTTACATTGT
129 TATAATCTAAAAATTGGATTTAGGTAGAATTTTTGTACATTGT
*
2780 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA
1 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
2810 GCAATTGATT
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 29, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 160 0.95
172 5 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAATAGT
AGAAAAAGTACATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACCCAGTTTAAATAATTTTA
TAATCTAAAAATTGGATTTAGGTAGAATTTTTGTACATTGT
Found at i:2850 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 2748--2875 Score: 168
Period size: 64 Copynumber: 2.0 Consensus size: 64
2738 ATAATCTCAT
* * *
2748 AATTGGATTTAGGTAGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGC
1 AATTGGATTTAGGTAGAATTGTTTTACATTGTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGC
* * * * *
2812 AATT-GATTTAAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTAGC
1 AATTGGATTT-AGGTAGAATTGTTTTACATTGTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGC
2876 TCAGGAAACG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
63 5 0.09
64 50 0.91
ACGTcount: A:0.34, C:0.04, G:0.16, T:0.46
Consensus pattern (64 bp):
AATTGGATTTAGGTAGAATTGTTTTACATTGTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGC
Found at i:3005 original size:244 final size:235
Alignment explanation
Indices: 2577--3051 Score: 607
Period size: 244 Copynumber: 2.0 Consensus size: 235
2567 ATAATCTAAA
*
2577 AATTGATTTTAGGTTAAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT
1 AATTGATTTAAGGTTAAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT
* ** * *
2642 TAGGAAACGTAAAGTAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTC
66 CAGGAAACGTAAAAAAAAAGACATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* *
2707 GAAAGCCTGATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGATTTAGG-TAGAATTTTT
131 AAAAGCCTGATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGATTTAGGTTA-AATTTTT
*
2771 TTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGC
195 TTACATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGC
* * * * *
2812 AATTGATTTAAGGTTGAATTGTTT-TATATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTAGC
1 AATTGATTTAAGGTTAAATT-TTTGTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACC
* * *
2876 TCAGGAAACGTGAAGAAAAAAAAAAGAAAGACATTGATTAGTGAGAAAGGTCCATTTATAGTCAC
65 TCAGGAAACGT--------AAAAAA-AAAGACATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
2941 TCATGCCTTTAAAAGCCTTG-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATT-GAGTTTAG
121 CCATGCCTTCAAAAGCC-TGATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGA-TTTAG
* *
3004 GTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
184 GTTAAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
3052 CACCTTGAAA
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 22, Indels: 17
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
235 64 0.31
236 3 0.01
243 6 0.03
244 128 0.62
245 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (235 bp):
AATTGATTTAAGGTTAAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT
CAGGAAACGTAAAAAAAAAGACATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
AAAAGCCTGATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGATTTAGGTTAAATTTTTT
TACATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGC
Found at i:3316 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2925--3633 Score: 654
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
2915 AGTGAGAAAG
* * * * * *
2925 GTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTT-GTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 GTCCATTTATACTTACCCATGCCTTCAAAAG-CTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
2989 CGTAATTGAGTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCA
65 CATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTGTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
3054 CCTTGAAAAACCTGAGGAAAAAGCCATTCAATG-TAAGAAAA
129 -CATCAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAA
* * * ** * * *
3095 GTCTATTTATAGTTACGCATATCATCGAAAGCTTAATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTC
1 GTCCATTTATACTTACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
3160 ATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTGTACT-TTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAC
66 ATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTGTA-TATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* *
3224 ATCAAGAAATGTAAAGTAAAAGCCATTCATTGGTACAA-AAAA
130 ATCAA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAACAAAA
*
3266 GTCCATTTATACTTACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT
1 GTCCATTTATACTTACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
3331 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATT-TATATTTTT-TTAAAAAACAGATTATAATTGATTGTCT
66 ATAATTAATTTTAGGTTGAATTT-TTGTATATTTTTGTT--AAAACAGATTATAATTGAATGTC-
* * * *
3394 TCCA-CAACAAATGTAAAGAAAAAGCCGTTCATTGGCAACAAAA
127 TACATCAA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAA
* * * ** * *
3437 GTACATTTCTA-TTAACCCAAGCCTTTGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 GTCCATTTATACTT-ACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
3501 CATAATTGATTTTGGGTTGAA-----GTACATTTTTGGTTAAAACAAAATATAGTTGAATGTCTA
65 CATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTGTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * *
3561 CCTCGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
129 CATCAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAA
* * *
3602 GCCCATTTAT-CGTTACCCATGTCTTGAAAAGC
1 GTCCATTTATAC-TTACCCATGCCTTCAAAAGC
3634 CTATACTTGA
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 77, Indels: 43
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 53 0.12
166 31 0.07
168 6 0.01
169 47 0.11
170 87 0.20
171 166 0.37
172 50 0.11
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GTCCATTTATACTTACCCATGCCTTCAAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
ATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTGTATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACA
TCAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAA
Found at i:3723 original size:91 final size:90
Alignment explanation
Indices: 3545--3726 Score: 222
Period size: 91 Copynumber: 2.0 Consensus size: 90
3535 TAAAACAAAA
* ** *
3545 TATAGTTGAATGTCTACCTCGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTT
1 TATACTTGAATGTCTACCTCGAAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTT
* * * *
3610 ATCGTTACCCATGTCTTGAAAAGCC
66 ATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCC
* * ** *
3635 TATACTTGAATGTCTACGTTGAGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATT
1 TATACTTGAATGTCTACCTCGA-AAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATT
3700 TATAGTCACCC-TAATCTTCAAAAGCC
65 TATAGTCACCCAT-ATCTTCAAAAGCC
3726 T
1 T
3727 TATTACTCGA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 13, Indels: 3
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
90 20 0.26
91 57 0.74
ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (90 bp):
TATACTTGAATGTCTACCTCGAAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTT
ATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCC
Found at i:5047 original size:513 final size:505
Alignment explanation
Indices: 3665--6090 Score: 2205
Period size: 513 Copynumber: 4.7 Consensus size: 505
3655 GAGAAACAAG
* * *
3665 AAGAAAAACCCATTCATTGATG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAATCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTG--GCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-AAGCTTCGAAAGCCTTA
** * * * * * *
3729 TTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAACTTGAGTTTCTTTATATTTTTT
63 TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTT
** * * * * **
3794 TATTAAAATAGATTATAATT-AATTATCTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAATC-ATTCATTG-
126 GGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TATCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCTA-TCATTGA
* *
3856 GCAGAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTT
189 G-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
3921 TATAATCTTC-TAATTGATTTTATGTTAAATTATTTTACATTTTTGGGTAAAACATATTGTAATT
252 TATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTACATTTTT-TGTAAAATAGATTATAATT
* * * * * *
3985 GAATCTCTACCAT-GGAAAACATGAAGAAAAA-CTCGTTCATTGACAAAAAAAAGTTCATTTATA
313 GAATGTCTACCTTCGG-AAAC-TGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
4048 GTCACCTATACCTTTGAAAGCCTAAGTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
374 GTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * *
4113 TCGATTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACGGATTATAATTGAATGGGTGCCTTAGCAAATG
439 TAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCAGAAAATG
*
4177 TT
504 AT
* ** * * * *
4179 AAGAAAAAGTCATTTGTGGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATG
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTCGAAAGCCTTATT
* * * * *
4244 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGT
65 ACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * *
4309 GAAAACAGATTCTAATTGAATATTTGCATTG-GTAAACATGAAG-AAAAGGCTAACACTTGCA-A
129 TAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCATTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGCTATCA-TTG-AGA
* * * *
4371 GAAAATTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGACAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
191 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * *
4436 ATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATATTTTACATTTTTTGTAAAAATAAATTATAATTGAATGT
256 ATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAATTTTTTACATTTTTTGT-AAAATAGATTATAATTGAATGT
* ** * *
4501 CTACC-TCGGAAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACTAAAGTCCATTTATAGTTACTTA
319 CTACCTTCGG-AAA-CTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* *
4565 TGCCTTTAAAAGTCTAATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
382 TGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* * *
4630 ATTTTTTTTACATTTTTTGGTTAATATC-GATTATAATTAAATGTTTACCTCATG-AAATG-T
447 A-TTTTTTTACATTTTTT-GTTAA-AACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCA-GAAAATGAT
* * * *
4690 AAGGAAAAAGCCATTCATTGGTATGAAAAGTTCATTTCTAGTTACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTA
1 AA-GAAAAAGCCATTCATTGGCA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGC-TTCGAAAGCCTTA
* * *
4755 TTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTAAAGTTTGAATTTTTTTTACATTTT
63 TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-AATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * *
4820 TGGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTTCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGA
125 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCTA-TCATTGA
* * * * * * *
4884 TGAGAAAAGTCCATTTAT-GGCTACCCAAGTCGTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTT
189 -GAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
4948 TATAATCTTATATTTGATTTTAGGTTAAGTTTTTTCACA-TTTTTG-AAACT-GATTATAATTGA
252 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTT-ACATTTTTTGTAAAATAGATTATAATTGA
* * * ** *
5010 ATATTTA-CTTCGAGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
315 ATGTCTACCTTCG-GAAA-CTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** * * * *
5074 CCTAAGCCTGCAAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGG
378 CCTATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * * * * * * ** *
5139 TTG-AGTTTTTCACATTTTTTGTTAGAACATATTATAATTGAATCTCTATCTTGGGAAA-GAT
443 TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCAGAAAATGAT
* * * *
5200 GAAGAAAAAGCCATTCAATGG-AGTGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTACGGCTTCGAAAGCCTG
1 -AAGAAAAAGCCATTCATTGGCA--GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCTTCGAAAGCCTT
* * * *
5264 ATTTCTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTT
62 ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * * *
5329 CATGAAAACGGATTATAATTGAATGTCTGCATT-ATGAAACGTGAAGAAAAAGGCTATCATTG-G
126 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCATTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCTATCATTGAG
* * ** *
5392 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGTCTTATTACTCTTTTTAAATAATTTT
190 --AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
*
5457 ATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
253 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTT-TTTACATTTTTTG-TAAAATAGATTATAATTGA
* *
5522 ATGTCTACCTTAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGTAAAA-TCCATTTAAAGTCA
315 ATGTCTACCTTCGGAAAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
5586 CCCATGCCTTTAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTT-GG
378 CCTATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * *
5650 ATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTGTGCCTCGAGAAACAT--
443 -TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTC-AGAAA-ATGA
5713 T
505 T
* * * *
5714 AAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAACACCTGT-GAAAGTCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCT-TCGAAAGCCTTA
* **
5778 TTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAGGTTGAA-TAATTTACATGTTT
63 TTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTT
* * * * * * * * *
5841 T-GTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCTTA-AAA-AAGTAAAAAAAAGTC-ATTCATT
125 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCAT-TGAGAAACATG-AAGAAAAAGGCTA-TCATT
* * * * * * *
5902 -AGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAAAAGT
187 GAG--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * *
5966 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATGTTTTAAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
250 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTACATTTTTTG-TAAAATAGATTATAAT
* * * * * *
6031 TAAATGTCTACATTGGGCAA-TGTAA-AAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
312 TGAATGTCTACCTTCGGAAACTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (505 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTCGAAAGCCTTATTA
CTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
AAACAGATTATAATTGAATATCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCTATCATTGAGAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTACATTTTTTGTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
CGGAAACTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAA
AAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCAGAAAATGAT
Found at i:5056 original size:683 final size:673
Alignment explanation
Indices: 3655--6090 Score: 2212
Period size: 683 Copynumber: 3.6 Consensus size: 673
3645 TGTCTACGTT
* * *** * *
3655 GAGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAA-TCT-T
1 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAAGCCTGT
* * * * *
3718 CAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAACTTGAGTTTC
65 -GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATAT-
* * * * * *
3782 TTTATATTTTTT-TATTAAAATAGATTATAATT-AATTATCTGCCT-TGAGAAACGTGAAAAAAA
127 TTTACATTTTTTGTA--AAAACATATTATAATTGAA-TGTCTACCTCGGA-AAACGT-AAAAAAA
** * * ** *
3844 AATCATTCATTGGC-AGAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCG
187 AGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTATTCG
* * *
3908 CTTTAAATAGTTTTATAATCTTC-TAATTGATTTTATGTTAAATTATTTTACA-TTTTTGGGTAA
251 CTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGGTTAA
* * * * **
3971 AACATATTGTAATTGAATCTCTA-C-CATGGAAAACATG-AAGAAAAA-CTCGTTCATTGACAAA
315 AACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAT-G--AA-ATGTAAGAAAAAGC-C-TTCATTG-GTAA
* * * * * *
4032 AAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAGCCTAAGTACT-TGCTTTAAATGATTTTAT
373 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA-AGCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-TTTTAAATGATTTTAT
** * * *
4096 AATCTCATAATTGATTTTCGATTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACGGATTATAATTGAAT
436 AATCTCATAATTGATTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
** * * * *
4160 GGGTGCCTTAGCAA-ATGTTAAGAAAAAGTCATT--TGTGGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
500 GTCTACCTTAGAAACATG--AAGAAAAAGTCATTCAT-TGCG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
4222 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATGACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGT
561 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT
*
4287 TGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTCTAATTGAATATTTGCATT-
626 TGAATT-TTTTACA-TTTT--TGAAAACAGATTATAATTGAATATTTGC-TTC
* * * * * * * *
4339 G-GTAAACATGAAGAAAAGGCTA-ACACTT-GCAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATGCCTT
1 GAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCCTG
* * * *
4401 TGACAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATATTT
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* * *
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129 TACATTTTTTGTAAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGAAAACGTAAA-AAAAAGCCAT
** * ** *
4531 TCATTGGCAACTAAAGTCCATTTATAGTTACTTATGCCTTTAAAAGTCTAATTATTCGCTTTAAA
193 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTATTCGCTTTAAA
* * *
4596 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGGTTAATATC-GA
258 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAATTTTTTTACATTTTTTGGTTAA-AACAGA
* *
4660 TTATAATTAAATGTTTACCTCATGAAATGTAAGGAAAAAGCCATTCATTGGTATGAAAAGTTCAT
321 TTATAATTAAATGTCTACCTCATGAAATGTAA-GAAAAAGCC-TTCATTGGTAAGAAAAGTTCAT
* * * *
4725 TTCTAGTTACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATC
384 TTATAGTCACCCAAGCTTT-GAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
4790 GATTTAAAGTTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATATCTTCTTTG
448 GATTT-AAG-TTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-
* * * *
4855 AGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTAT-GGCTACCCAAGTCGTCG
509 AGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CGAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCAAGCCTTCG
* * *
4919 AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATATTTGATTTTAGGTT-AAGTTTTTT
572 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTT
* *
4983 CACATTTTTG-AAACTGATTATAATTGAATATTTACTTC
636 -ACATTTTTGAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCTTC
** ** * * **
5021 GAGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTAAGCCTGCA
1 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCCTGTG
* * * *
5086 AAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAGT-TTTTC
66 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTT-
* * * * * * *
5150 ACATTTTTTGTTAGAACATATTATAATTGAATCTCTATCTTGGGAAA-GATGAAGAAAAAGCCAT
130 ACATTTTTTGTAAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGAAAACG-T-AAAAAAAAGCCAT
* * * * * ** * *
5214 TCAATGG-AGTGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTACGGCTTCGAAAGCCTGATT-TCTCTCTTTA
193 TCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTAT-TCGCTTTA
* * ** * *
5277 AATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTCATGAAAACGGA
256 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
5341 TTATAATTGAATGTCTGCATTATGAAACGTGAAGAAAAAGGCTATCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
321 TTATAATTAAATGTCTACCTCATGAAATGT-AAGAAAAAGCCT-TCATTGGTAAGAAAAGTTCAT
* * *
5406 TTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGTCTTATTACTCTTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
384 TTATAGTCACCCAAGC-TTTGAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * *
5471 GATTTTCAGTTGAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
448 GA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-G
* * * * * **
5536 AAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGTAAAA-TCCATTTAAAGTCACCCATGCCTTTAAA
511 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCGAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
* *
5600 AG-CTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTT-GGATTGAATTTTTTT
574 AGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG-TTGAA-TTTTTT
* * * *
5663 ACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTGTGCCTC
636 ACATTTTT-G--AAAACAGATTATAATTGAATATTTGCTTC
* *
5704 GAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAACA-CCTGT
1 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAA-AGCCTGT
* * * * * * *
5768 GAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAGGTTGAATAATTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTT
* * * ** * *
5833 ACATGTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCTTAAAAAAGTAAAAAAAAGTCATT
130 ACATTTTTTGTAAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTC-GGAAAACGTAAAAAAAAGCCATT
* * * * *
5898 CATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTT-GCTTTAAA
194 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTA-TTCGCTTTAAA
* * * * * * *
5962 AAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAA-TGTTTTAAAATTTTTAGTTAAAACAGATT
258 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGGTTAAAACAGATT
* *** * * ** *
6026 ATAATTAAATGTCTACATTGGGCAATGTAA-AAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
323 ATAATTAAATGTCTACCTCATGAAATGTAAGAAAAAG-CCTTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTA
6090 T
387 T
Statistics
Matches: 1426, Mismatches: 260, Indels: 135
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
678 6 0.00
679 134 0.09
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687 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (673 bp):
GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAGCCTGTG
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTA
CATTTTTTGTAAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGAAAACGTAAAAAAAAGCCATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTATTCGCTTTAAATAG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGGTTAAAACAGATTATA
ATTAAATGTCTACCTCATGAAATGTAAGAAAAAGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGT
CACCCAAGCTTTGAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG
TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAACATGAAG
AAAAAGTCATTCATTGCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGAAAACA
GATTATAATTGAATATTTGCTTC
Found at i:5403 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3635--6090 Score: 1880
Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 169
3625 TTGAAAAGCC
* * * ** * ***
3635 TATACTTGAATGTCTACGTTGAGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
3700 TATAGTCACCCTAAT--CTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
65 TATAGTCACCC--ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
3763 T-AGTTTTAACTTGAGTTTCTTTATATTTTTTTATTAAAATAGAT
128 TGA-TTTTAAGTTAAATTT-TTT-TACTTTTTTGTTAAAACAGAT
* * ** *
3807 TATAATT-AATTATCTGCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAATCATTCATTGGC-AGAAAAAGTTCA
1 TATAATTGAA-TGTCTGCCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCA
* * *
3870 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTC-TAA
63 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAA
* * * * *
3934 TTGATTTTATGTTAAATTATTTTACATTTTTGGGTAAAACATAT
127 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGAT
* * * * * * * * * *
3978 TGTAATTGAATCTCTACCATGGAAAACATGAAGAAAAA-CTCGTTCATTGACAAAAAAAAGTTCA
1 TATAATTGAATGTCTGCCTTAG-AAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
4042 TTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAGCCTAAGTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
63 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
4107 TGATTTT-CGATTGAATTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACGGAT
128 TGATTTTAAG-TTAAATTTTTT-TACTTTTTTGTTAAAACAGAT
** * * * ** *
4149 TATAATTGAATGGGTGCCTTAGCAAATGTTAAGAAAAAGTCATTTGTGGGCAA-AAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTTAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
4213 TATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATGACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTG
65 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
4278 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
130 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGAT
* * * * * * * * * * *
4319 TCTAATTGAATATTTGCATTGGTAAACATGAAGAAAAGGCTA-ACACTT-GCAAGAAAATTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTTAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
4382 TTATAGTCACCCATGCCTTTGACAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
4447 GATTTTAAATTTAA-TATTTTACATTTTTTGTAAAAATAAAT
129 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGAT
* ** * * **
4488 TATAATTGAATGTCTACCTCGGAAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACTAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTTAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** ** * * *
4553 TATAGTTACTTATGCCTTTAAAAGTCTAATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
65 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
4618 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGGTTAATATC-GAT
130 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAC-TTTTTT-GTTAA-AACAGAT
* * * * * * * *
4661 TATAATTAAATGTTTACCTCATGAAATGT-AAGGAAAAAGCCATTCATTGGTATGAAAAGTTCAT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * ** *
4725 TTCTAGTTACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATC
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
4790 GATTTAAAGTTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAT
129 GATTTTAAG-TT-AAATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGAT
* * * * * ***
4834 TATAATTGAATATCTTCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
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4899 TAT-GGCTACCCAAGTCGTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATATTT
65 TATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
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4963 GATTTTAGGTTAAGTTTTTTCACATTTTTG---AAACTGAT
129 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGAT
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5001 TATAATTGAATAT-TTACTTCGAGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTT--AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
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5065 TTATAGCCACCTAAGCCTGCAAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
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5130 GATTTTAGGTT-GAGTTTTTCACATTTTTTGTTAGAACATAT
129 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGAT
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5171 TATAATTGAATCTCTATCTTGGGAAA-GATGAAGAAAAAGCCATTCAATGG-AGTGAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAACG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCA
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5234 TTTATAGTCACCTACGGCTTCGAAAGCCTGATTTCTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
63 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
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5299 TAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTCATGAAAACGGAT
128 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTT-GTTAAAACAGAT
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5342 TATAATTGAATGTCTGCATTATGAAACGTGAAGAAAAAGGC-TATCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
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5406 TTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGTCTTATTACTCTTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
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5471 GATTTTCAGTTGAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAATAGAT
129 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGAT
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5513 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGTAAAA-TCCAT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCAT
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5577 TTAAAGTCACCCATGCCTTTAAAAG-CTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAAT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
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5641 TGATTTT-GGATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAT
128 TGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGAT
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5684 TATAATTGAATGTGTGCCTCGAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
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5749 TATAGTCACCAACACCTGT-GAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAT
65 TATAGTCACCCATGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
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5813 AATTTTAGGTTGAA-TAATTTACATGTTTTGTTAAAACATAT
129 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGAT
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5854 TATAATTAAATGTCTACCTCTTAAAAAAGT-AAAAAAAAGTCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCT-GC-CTTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
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5918 TTATAGTCGCCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
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5983 GACTTTAGGTTGAATGTTTTAAAATTTTTAGTTAAAACAGAT
129 GATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGAT
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6025 TATAATTAAATGTCTACATTGGGCAATGT-AA-AAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
6088 TAT
65 TAT
Statistics
Matches: 1842, Mismatches: 377, Indels: 133
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 12 0.01
167 126 0.07
168 4 0.00
169 175 0.10
170 480 0.26
171 551 0.30
172 237 0.13
173 231 0.13
174 26 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGAT
Done.