Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400533.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3728.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1944
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.10, T:0.28
Warning! 457 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:535 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 273--1362 Score: 632
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 169
263 CCAAGTAAAA
* * * * * *
273 ATTCAATTATAG-CATGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAAATATTATAT
1 ATTCAATTATAGTC-TGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAT-T
* * * *
337 TATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAATGAATGAGTGATTATAATTAGACTTTTC
64 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
***
402 TTAC-CAATGAATGCCTTTTTTCTTCAC-TTATCTTGGGGTAGAC
129 TT-CTCAATGAATG-CTTTTTT-TTCACATT-TCTAAAGGTAGAC
* * *
445 ATTCAATTATAGTTTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGACTTT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA-TTT
* * * *
510 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTGACCATAAATCGACTTTTCT
65 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * *
575 TCTCAATGAATAGCTTTTTTTACACGTTTCTCACGGTAGGC
130 TCTCAATGAAT-GCTTTTTTTTCACATTTCTAAAGGTAGAC
* * * *
616 ATTCAATTATAGTCTATTAT-AACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTT-TGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA-TT
*************** * *
680 TATAAANNNNNNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTCTTT
64 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTGACTATAAATAGACT-TTT
* * *
745 -TTCTCAATGAGTGTTTTTTTTTACACATTTCTAAAGGCAGAC
128 CTTCTCAATGAATGCTTTTTTTT-CACATTTCTAAAGGTAGAC
* * * *
787 ATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATTTTAGA-T
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-TAATTAT-GATT
** * *
851 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGTTTTTTAAATGAATG-GTTGACTATAAATAGATTTTT
64 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGAG-TGACTATAAATAGACTTTT
********* ** * ** *
915 CTTGCT-AATGAATGNNNNNNNNNNCATGTTTGTCGAGGTAAAC
128 CTT-CTCAATGAATG-CTTTTTTTTCACATTTCTAAAGGTAGAC
* * * * *
958 ATTAAATTATTA-T-GGACTTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGNN
1 ATTCAATTA-TAGTCTG--TTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG-A
******** * * * * ** *
1020 NNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCGTAAATGGACTTT
62 TTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * *
1085 T-TCTCTCAATGAATAGCTTTTTTTT-ACATGTTACTCAAGGCAGGC
127 TCT-TCTCAATGAAT-GCTTTTTTTTCACAT-TT-CTAAAGGTAGAC
* * * * * **********
1130 ATTCAATTATAGTCAGTTTTAACCAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAANNNNNNNNNNGGGA-T
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA--AATTAATTATGATT
* * *
1194 TATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAAGGC-TTTGAAAGGAATTG-GTGACTATAAATAGACTTT
64 TATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AATGAA-TGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * *
1257 TCTTAC-CAATGATTGCCTTTTTCTTCATATTTCCT-AAGGTAAAG
127 TCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTTTTCACATTT-CTAAAGGTAGAC
* * * ** * *
1301 ACTCAATTATTGTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
1363 GATTATAANN
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 196, Indels: 78
0.71 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 26 0.04
171 377 0.55
172 267 0.39
173 12 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGATTTA
TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
CTCAATGAATGCTTTTTTTTCACATTTCTAAAGGTAGAC
Done.