Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397582.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_686.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6071
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Warning! 360 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:294 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5--1804 Score: 1333
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 169
1 TCTC
* * * ** *
5 TCCAATGGATGGCTTTCGCTAT-ACGTTTCCTGAGCCAAACATTCAAATGCT-ATCTATTTTAAC
1 TCCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCTTGAGGCAAACATTC-AATTATAATATATTTTAAC
* ** *
68 AAAAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
64 CAAAAATATAAAAAAATC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*
133 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
128 TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* ** * * *
175 TACTAATGGATGGCTTAAGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCACTTATAATATATTTTAACC
1 T-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * *
240 AAAAATGTAAAAAAGTCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAAT
65 AAAAATATAAAAAAATC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * *
305 AATGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT-AGACTTTTCT
129 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
** * * * * * *
346 CTCCAATGGATGGCTTTCACTTTATGTTTCTTAAGGTAAA-ATTTTAATTATAATCTATTTTAAC
1 -TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACA-TTCAATTATAATATATTTTAAC
* * * * ** *
410 CAATAATATAAACAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAA
64 CAAAAATATAAA-AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
475 TAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGA-TAATAAATGGAC-TTTCT
128 TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGAACTTTTCT
* * * * * * *
516 TGCCAAT-GAAGGATTTATTCTTTACGTTT-TTAGAGGCAAACATTTAAATATAATCTATTTTAA
1 T-CCAATGGATGGCTTT-TGCTTCACGTTTCTT-GAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
** ** * * *
579 GAAAAAATATAAAAACCTTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
63 CCAAAAATATAAAAA-AATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
644 CT-AGGCTTCCAAAGGCTTGAGTGAGTATAAAT-AGATTTTTCT
127 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
* * *** * ** * *
686 TGTCAATAGATGGCTTAAACTTCACGTTTCTAGAAACAAACATTCAATTATGATATATTTTAACA
1 T-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * *
751 AAAAATGTAAAAACATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
65 AAAAATATAAAAA-AATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
816 AATGCTTTGGAAA-GCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCT
129 AAGGCTTT-CAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * * * *
857 CTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGATATTTAATTATAATATATTTTAAGC
1 -TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
** * * * * *
922 AGCAATATAAACAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAACGACTAAT
65 AAAAATATAAA-AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * ** *
987 AAGGCTTTTAAAGGCATTG-GTGATTGCAAATGGACTTTTCT
129 AAGGCTTTCAAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
** ** * * * * * * * * * * * **
1028 TGCTTATAAAAGACTTTTTCTTCACATCTCCTAAGACAGACATTCCATTATAATCTATTTTAATA
1 T-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACC
* * * * *
1093 AAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAT
65 AAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** ** *
1158 AAGACTTTCAAAGGTTTGAGTGGTTGTAAAT-AGACTTTT-T
129 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
* * * * ** ** * * * * *
1198 TGTCAATGAATGGCTTGTT-TTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAAATATAATCTGTTTTGAC
1 T-CCAATGGATGGCTT-TTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC
*
1262 CAAAAATATAAAACAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTA
64 CAAAAATAT-AAA-AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
1327 ATAACGCTTTTAAAGGCTTTAGTGAATATAAATGAACTTTTCT
127 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* ** *
1370 TACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCCG-GAGCAAACGTTCAATTATAATA-AGTTTTAA
1 T-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAG-GCAAACATTCAATTATAATATA-TTTTAA
* * * * ** ***
1433 TCAAAAATGTAAAAAAAATGTAACTTAAAATAAATTATGAGATTA-AAAATAATTTAAAAATAAG
63 CCAAAAATAT-AAAAAAAT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAG
* * *
1497 TAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-CGTGACTATAAATGGACTTTGCT
125 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
** * * * * * * * *
1541 ATCCAATAAATAGC-TTTGCTTCATGTTT-TCAGAAGCAAACATTGAATTATAGTTTATTTTAAT
1 -TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-TGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC
* * * ** * **
1604 AAAAAATATAAAAAATTCAACGTAAAA-CAAATTATGACCTTATAAAACGATTTAAAATGAGTAA
64 CAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
1668 TAAAGCTTTCGAAGGCAAGAGTTACTATAAAT-AGACTTTTTCC
128 TAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-AC-TTTTCT
* * ** * *
1711 TCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATATATTTTAACCA
1 TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
* * *
1776 ACAATATAAACAAATTCAATTTAAAATCA
66 AAAATATAAA-AAAATCAACTTAAAATCA
1805 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1288, Mismatches: 289, Indels: 105
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 44 0.03
169 73 0.06
170 365 0.28
171 685 0.53
172 121 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
AAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
Found at i:989 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 40--1804 Score: 1624
Period size: 511 Copynumber: 3.4 Consensus size: 509
30 TTTCCTGAGC
* * *
40 CAAACATTCAAATGCT-ATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAATCAATTAC
1 CAAACATTCAAAT-ATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTAT
* *
104 AAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GA
64 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAGTATAAATAG-
* * * * *
167 ACTTTTCTT-ACTAATGGATGGCTTAAGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCACTTATAATAT
127 ACTTTTCTTGTC-AAT-GATGGCTTAAACTTCACGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATAT
* *
231 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAA
190 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
*
296 GCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT-AGACTTTTCTCTCCAATGGATGGC
254 GCGAGTAATAATGC-TTTGAAAGCATGGGTGGCTATAAATGA-ACTTTTCTCTCCAATGGATGGC
** * * * * *
360 TTTCACTTTATGTTTCTTAAGGTAAAATTTTAATTATAATCTATTTTAACCAATAATATAAACAA
317 TTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAAAATTTTAATTATAATATATTTTAACCAACAATATAAACAA
* * * * * *
425 ATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGA
382 ATTCAACTAAAAATCAATTATGAGACTATAAAACAATTTAAAACAACTAATAAGGCTTTGAAAGA
* * * * * ** *
490 CATGGGTGATAATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAAGGA-TTTATTCTTTACGT-TTTTAGAGG
447 CATGGGTGATAACAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAAAGACTTT-TTCTTCACATCTCCTA-AGA
* * *
552 CAAACATTTAAATATAATCTATTTTAAGAAAAAATATAAAAACCTTCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
617 ATATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTACT-AGGCTTCCAAAGGCTTGAGTGAGTATAAATAGATT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAGTATAAATAGACT
* * * *
681 TTTCTTGTCAATAGATGGCTTAAACTTCACGTTTCTAGAAACAAACATTCAATTATGATATATTT
130 TTTCTTGTCAAT-GATGGCTTAAACTTCACGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTT
* * * *
746 TAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
194 TAACCAAAAATGTAAAAA-AATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
811 GTAATAATGCTTTGGAAAGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTG
258 GTAATAATGCTTT-GAAAGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTG
* * * *
876 CTTCACGTTTCCTGAGGT-AGATATTTAATTATAATATATTTTAAGCAGCAATATAAACAAATTC
322 CTTCACGTTTCCTAAGGTAAAAT-TTTAATTATAATATATTTTAACCAACAATATAAACAAATTC
* * * * *
940 AACTAAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAACGACTAATAAGGCTTTTAAAGGCATT
386 AACTAAAAATCAATTATGAGACTATAAAACAATTTAAAACAACTAATAAGGCTTTGAAAGACATG
** **
1005 GGTGATTGCAAATGGACTTTTCTTGCTTATAAAAGACTTTTTCTTCACATCTCCTAAGA
451 GGTGATAACAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAAAGACTTTTTCTTCACATCTCCTAAGA
* * * * * * *
1064 CAGACATTCCATTATAATCTATTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATG
1 CAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
1129 AGATTGTAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGTTTGAGTG-GTTGTAAATAGA
65 AGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAG-TATAAATAGA
**** * * * *
1192 CTTTT-TTGTCAATGAATGGCTTGTTTTTCATGTTTCTCA-AGATAGACATTCAAATATAATCTG
128 CTTTTCTTGTCAATG-ATGGCTTAAACTTCACGTTTCT-AGAGATAGACATTCAATTATAATATA
* * *
1255 TTTTGACCAAAAATATAAAACAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAA
191 TTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** ** *
1320 GCGAGTAATAACGCTTTTAAAGGCTTTAGTGAATATAAATGAACTTTTCT-TACCAATGGATAGC
254 GCGAGTAATAATGCTTTGAAA-GCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTCT-CCAATGGATGGC
** * ** * * * *
1384 TTTTGCTTCACGTTTCC-CGGAGCAAACGTTCAATTATAATA-AGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
317 TTTTGCTTCACGTTTCCTAAG-GTAAAATTTTAATTATAATATA-TTTTAACCAACAATAT-AAA
* * * * * * * *
1447 AAAATGT-AACTTAAAATAAATTATGAGATTA-AAAATAATTTAAAAATAAGTAATAAGGCTTTC
379 CAAAT-TCAACTAAAAATCAATTATGAGACTATAAAACAATTT-AAAACAACTAATAAGGCTTTG
* * * * * ** *
1510 AAAGGCAT-CGTGACT-ATAAATGGACTTTGCTAT-CCAATAAATAG-C-TTTGCTTCATGTTTT
442 AAAGACATGGGTGA-TAACAAATGGACTTTTCT-TGCCAATAAA-AGACTTTTTCTTCA-CATCT
**
1570 CAGAAG-
503 CCTAAGA
* * * * * *
1576 CAAACATTGAATTATAGTTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACGTAAAA-CAAATTATG
1 CAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATG
** * ** * * ** * *
1640 ACCTTATAAAACGATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAAGAGTTACTATAAATAGACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAGTATAAATAGAC-
* * * *** * * * *
1705 TTTTCCT-CCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATTATATAT
129 TTTTCTTGTCAAT-GATGGCTTAAACTTCACGTTTCT-AGAGATAGACATTCAATTATAATATAT
* * * *
1768 TTTAACCAACAATATAAACAAATTCAATTTAAAATCA
192 TTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATCAACTTAAAATCA
1805 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1034, Mismatches: 181, Indels: 77
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 8 0.01
511 404 0.39
512 340 0.33
513 221 0.21
514 60 0.06
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (509 bp):
CAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAGTATAAATAGACTT
TTCTTGTCAATGATGGCTTAAACTTCACGTTTCTAGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTA
ACCAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
ATAATGCTTTGAAAGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
ACGTTTCCTAAGGTAAAATTTTAATTATAATATATTTTAACCAACAATATAAACAAATTCAACTA
AAAATCAATTATGAGACTATAAAACAATTTAAAACAACTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGA
TAACAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAAAGACTTTTTCTTCACATCTCCTAAGA
Found at i:3316 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1986--4000 Score: 1019
Period size: 170 Copynumber: 11.9 Consensus size: 168
1976 NNNNNNNNNN
* * * * * ** ***
1986 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGAATTTTTCTTTACATTTTCAAA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTTTTGA
* * * * *
2050 GGCAGACATTCAATTATTAATTTGTATT-AACTAAAA-ATATAAAAAATTCAATTTAAAATTAAT
66 GGCAGACATTCAATTA-TAATCTATTTTAAAC-AAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** * * * *
2113 TATAAAATTATAAAAGATTTAAAACGAGCAATAGGGCTTTAG
128 TATGAGATTAT-AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * ********** * * *
2155 AAGGCATGGGTGACTNNNNNNNNNNTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTTCT-A
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTTTTGA
* * * * * * * * *
2218 TGTAAACATGT-AATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTCAAAATGAATT
66 GGCAGACAT-TCAATTATAATCTATTTTAAAC-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** * *
2282 ATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATGCTTTCG
129 ATGAGATTAT--AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * ***
2324 AAGGCATGAGTTATTATAAATGGACTTTT-TTCACCAATGGAT-AGCTTTTGCTTCATATTTCCC
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTTTT
* ** * * * ** * * * *
2387 AAGGTGGACATTAAATTATAATATATTTTAACCCAAAACGTAAAAAAGTTCAACTCAATATCAAA
64 GAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-ACAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * **
2452 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCG
128 TATGAGATTAT--AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * **
2495 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTT--TTCATATTTCTCAA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTTTTGA
* * * * * *
2557 GGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT-AACCTTAAAATCAATT
66 GGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-ACAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATT
******** * *
2621 NNNNNNNNNNAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
129 --ATGAGATTATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
** * * * * *
2663 AAGGCTTGAGAAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGAT-AGCTTTTGCTTTATGTTTCTTA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGTTTTTTG
* * * ** * * * *
2727 AAGTAGGCATTCAAGCATAATATATTTGAACCAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
65 AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
******** *
2791 ATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
129 ATG--AGATTATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * ** * * * *
2833 AAGG-TGTGAGCGACTATAAATGGACTTTCCTCT-CCAATGGTTGGCTTTTGCTTTACGTTTCTT
1 AAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTTTT
* * * **
2896 GAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAATGTCAAT
64 GAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
2961 TATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTT-T
128 TATGAGATTAT--AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * *
3003 ATAAGCATG-G-G--TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGA-TTTTTCTTCATATTTTCT
1 A-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTGCTTCATGTTTTTT
* * * * * **
3063 CAGGCAAACATTCAAATATAGA-CTATTTT-AGCTAAAAATGTAAAAAAA-AAAACTTAAAATCA
64 GAGGCAGACATTCAATTATA-ATCTATTTTAAAC--AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
3125 ATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
126 ATTATGAG-AT-TATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
3170 AAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACATTTCTTGCCAATAAATGACTTTTGCTTCACGTTTTTTGA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTTTTGA
* * * *
3235 GGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAATACAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAAAT-AAT
66 GGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-ACAAAATAT-AAAAAAATTCAACTT-AAAATCAAT
*******************
3299 TATGAGATTATAACCATTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNN
128 TATGAGATTATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * ** * * * * *
3340 AAAGCATGAATGACTATAAATAAACATTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTTTTG
* * * *
3404 AGGCA-AGTATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAACAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAAT
65 AGGCAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAAACAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
*
3468 TATGCA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCG
128 TATG-AGATTAT--AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * *
3511 AAGG-TATGGGAGA-TAGTAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGATTAGA-TTTTTCTTCATGTTTTT
1 AAGGCT-TGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTGCTTCATGTTTTT
* * *
3573 TGAGGCAGACATTCAAATATTATCTATTTT-AACTAAAATGA-AAGAAAATTCAACTTAAAATCA
63 TGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAC-AAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
3636 ATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATCAA-GCTTTTG
126 ATTATGAGATTAT--AACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCG
* * * * * *
3681 AAGGTTTGAGTGACTATAAAT-GACCTTTTCTTGTCAATGAAGGGCTTTTGCATCATGTTTCTTG
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTTTTG
* * * * * * * * *
3745 AGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAGAGTGTAAAAACATTTAACTTTAAATCAATT
65 AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
3810 ATGAGATTATAA-AACTATTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCG
129 ATGAGATTATAACCA-T-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * ****
3851 AGGGCTTGACTGACTATAAATGAATTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTTTTGA
* * * * * * * *
3916 GGAAGACATTTAAATATAATTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTC-ATT
66 GGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAC-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATT
*
3980 ATGAAATTATAAAACCATTTA
129 ATGAGATTAT--AACCATTTA
4001 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1405, Mismatches: 357, Indels: 166
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 51 0.04
167 84 0.06
168 183 0.13
169 128 0.09
170 580 0.41
171 348 0.25
172 25 0.02
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGTTTTTTGA
GGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
Found at i:3740 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2232--3999 Score: 772
Period size: 341 Copynumber: 5.2 Consensus size: 341
2222 AACATGTAAT
* * * * ** **
2232 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTCAAAATGAATTATGAGCTTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTCATTATGAAATTATAAAAC
* * * * ** * * **
2297 CATTTAAAGTAAGAAAT-AATGCTTTCGAAGGCATGAGTTATTATAAATGGA-CTTTT-TTCACC
66 CATTTGAAGTGAGTAATCAA-GCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAAT-GACCTTTTCTT-GTC
* ** * * ** ** * * **
2359 AATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGGTGGACATTAAATTATAATATATTTTAACCCAA-
128 AATGAAGGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAGGAAGATATTCAATTATAATATATTTTAA-AAAAC
** * * * * * *
2423 AACGTAAAAAAGTTCAAC-TCAATATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA
192 AATATAAAAAAATTTAACAT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGCAACTAATAA
** ** ** *
2487 TACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT-G-GCTTT-TTCATA
255 GGCTTTCGAAGGCTTGACAGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGATTTTTCTTCATG
*
2549 TTTCTCAAGGTAA-ACATTCAAA
320 TTTCCCAAGG-AAGACATTCAAA
* **********
2571 TATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATT-AACCTTAAAA-TCAATTNNNNNNNNNNAA
1 TATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATTC-ATTATGAAATTATAA
* * * * * **
2633 AAGCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGAAACTATAAATGGA-CTTTTCTTG
63 AACCATTTGAAGTGAGTAATCAA-GCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAAT-GACCTTTTCTTG
* ** * * * * ** ** * *
2696 -CTAATGGATAGCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAAGTAGGCATTCAAGCATAATATATTTGAACCA
126 TC-AATGAAGGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAGGAAGATATTCAATTATAATATATTTTAA-AA
* * * ********** *
2760 AA-AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCAAGTAAT
189 AACAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGCAACTAAT
* * * ** * * *
2823 AAGGCTTTCGAAGG-TGTGAGC-GACTATAAATGGACTTTCCTCT-CCAATGGTTGGCTTTTGCT
253 AAGGCTTTCGAAGGCT-TGA-CAGACTATAAATGAACTTTTCT-TGTCAATGAATAGATTTTTCT
* * *** * *
2885 TTACGTTTCTTGA-GACAAACATTCAAT
315 TCATGTTTCCCAAGGA-AGACATTCAAA
* * * *
2912 TATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAACTT--AATGTCAATTATGAGATTATAAA
1 TATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-TC-ATTATGAAATTATAAA
* * **
2975 ACCATTT-AATGCGAGTAAT-AAGGCTTTT-ATAAGCATG-G-G--TATAAATGGA-CTTTTCTT
64 ACCATTTGAA-GTGAGTAATCAA-GCTTTTGA-AGGTTTGAGTGACTATAAAT-GACCTTTTCTT
* ** * * * * * * * *
3032 GCCAATGAATAGATTTTTCTTCATATTT-TCTCAGGCAA-ACATTCAAATATAGA-CTATTTTAG
125 GTCAATGAAGGGCTTTTGCATCATGTTTCT-TAAGG-AAGATATTCAATTATA-ATATATTTTA-
** * ** * * * ** *
3094 CTAAA-AATGTAAAAAAA-AAAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGT
186 AAAAACAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGCAACT
** * * * * * *
3157 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACATTTCTTGCCAATAAAT-GACTTTTGC
250 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGACAGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGA-TTTTTC
* **** * **
3221 TTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAGT
314 TTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAAA
* * * * * *
3249 TATAATATATTTTAATACAAAATAT-AAAAAAAATTGAACTTAAAAATAATTATGAGATTAT--A
1 TATAATCTATTTTAAT-CAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTCATTATGAAATTATAAA
* ******************* * ** * * * * *
3311 ACCATTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGCATGAATGACTATAAATAAACATTTCTCT-CC
64 ACCATTTGAAGTGAGTAATCAAGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGACCTTTTCT-TGTC
* * * *
3375 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCTAAGGCAAG-TATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAA
128 AATGAAGGGCTTTTGCATCATGTTTCT-TAAGG-AAGATATTCAATTATAATATATTTTAAAAAA
*
3438 CAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGCA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATA
191 CAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCA-TTAAAGCAACTAATA
** ** *
3502 AGGCTTTCGAAGG-TATGGGAGA-TAGTAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGATTAGATTTTTCTTC
254 AGGCTTTCGAAGGCT-TGACAGACTA-TAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGATTTTTCTTC
**** *
3565 ATGTTTTTTGAGGCAGACATTCAAA
317 ATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAAA
* * *
3590 TATTATCTATTTTAA-CTAAAATG-AAAGAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAA
1 TATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATTC-ATTATGAAATTATAAA
3652 ACCATTTGAAGTGAGTAATCAAGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGACCTTTTCTTGTCA
64 ACCATTTGAAGTGAGTAATCAAGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGACCTTTTCTTGTCA
* * ** * *
3717 ATGAAGGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAGAG
129 ATGAAGGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAGGAAGATATTCAATTATAATATATTTTAAAAAACAA
* * * * * * *
3782 TGTAAAAACATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAGCAAGTAATATGGCT
194 TATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAGCAACTAATAAGGCT
* * * * *
3847 TTCGAGGGCTTGACTGACTATAAATGAATTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
259 TTCGAAGGCTTGACAGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGATTTTTCTTCATGTTTC
*
3912 CCAAGGAAGACATTTAAA
324 CCAAGGAAGACATTCAAA
* * *
3930 TATAATTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTCATTATGAAATTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTCATTATGAAATTATAAAAC
3995 CATTT
66 CATTT
4000 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1101, Mismatches: 262, Indels: 130
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
336 18 0.02
337 185 0.17
338 132 0.12
339 192 0.17
340 183 0.17
341 379 0.34
342 12 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
TATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTCATTATGAAATTATAAAAC
CATTTGAAGTGAGTAATCAAGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGACCTTTTCTTGTCAAT
GAAGGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAGGAAGATATTCAATTATAATATATTTTAAAAAACAATA
TAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAGCAACTAATAAGGCTTT
CGAAGGCTTGACAGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGATTTTTCTTCATGTTTCCC
AAGGAAGACATTCAAA
Found at i:3867 original size:511 final size:505
Alignment explanation
Indices: 2229--4000 Score: 1306
Period size: 511 Copynumber: 3.5 Consensus size: 505
2219 GTAAACATGT
* * * * * *
2229 AATTATAATATATTTTAA-CCAAAA-ATGTAAAAACATTCAAC-TCAAAATGAATTATGAGCTTA
1 AATTATAATATATTTTAATACAAAATAT-AAAAAAAATTGAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTA
* * * * * * * * *
2291 TAAAACCATTTAAAGTAAGAAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTTATTATAAATGGACTTTTTTC
64 T--AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGACTGACTATAAATGAAC-TTTCTC
* * * * * ** * *
2356 ACCAATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCCCAAGG-TGGACATTAAATTATAATATATTTTAACC
126 TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGGCAAG-CATTCAATTATAATCTATTTTAA-C
* ** * * * * * * *
2420 CAA-AACGTAAAAAAGTTCAACTCAATATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
189 AAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAA
** * * * * **
2484 TAATACTTTCGA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT-G-GCTTT-TT
253 TAAGGCTTT-GATAAGCATG-G-G--TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTT
* * * * *
2545 CATA-TTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATA-ATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAC
313 CATATTTTCTC-AGGCAAACATTCAAATATAGA-CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-AAAA
********** * *
2608 CTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
375 CTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
** * * * * * * * * *
2673 AAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATA-G-CTTTTGCTTTATGTTTCTTAAAGTAGGCA
440 TGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAAT--AAAGGACTTTTGCATCACGTTTCTTGAGGTAGACA
2736 TTC
503 TTC
** * * ** * *****
2739 AAGCATAATATATTTGAA-CCAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGNNNNNNN
1 AATTATAATATATTTTAATACAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAAAT-AATTATG--AGATT
*** *
2801 NNNACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TGTGAGC-GACTATAAATGGACTTTCCT
63 ATAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA-CTGACTATAAATGAACTTT-CT
* * * * * *
2864 CTCCAATGGTTGGCTTTTGCTTTACG-TTTCTTGAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
125 CTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-TAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* ** * *
2928 CAACAATATAAAAAAATTCAACTTAATGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAA
189 AAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAA
*
2993 TAAGGCTTTTATAAGCATGGGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCATAT
253 TAAGGCTTTGATAAGCATGGGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCATAT
*
3058 TTTCTCAGGCAAACATTCAAATATAGACTATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAAAAAACTTAAAAT
318 TTTCTCAGGCAAACATTCAAATATAGACTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAAACTTAAAAT
3123 CAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATA
383 CAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATA
* * * *
3188 AGTGGACATTTCTTGCCAATAAATGACTTTTGCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTC
448 AATGGACATTTCTTGCCAATAAAGGACTTTTGCATCACGTTTCTTGAGGTAGACATTC
*
3246 AGTTATAATATATTTTAATACAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAAATAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATATATTTTAATACAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAAATAATTATGAGATTATA
******************* * * * *
3311 ACCATTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGCATGAATGACTATAAATAAACATTTCTCTCCA
66 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGACTGACTATAAATGAAC-TTTCTCTCCA
* *
3376 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGGCAAGTATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAACAA
130 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTATTTTAACAAACAA
* *
3441 TATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGCAATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGC
195 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGC
* * * * * *
3506 TTTCGA-AGGTATGGGAGATAGTAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGATTAGATTTTTCTTCATGTT
259 TTT-GATAAGCAT-GG-G-TA-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCATATT
* * * * **
3570 TTTTGAGGCAGACATTCAAATATTA-TCTATTTTAACT-AAAATG-AAAGAAAATTCAACTTAAA
319 TTCTCAGGCAAACATTCAAATA-TAGACTATTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAA-AAAACTTAAA
* * * * *
3632 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATCAA-GCTTTTGAAGGTTTGAGTGACT
381 ATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
* * * * * *
3696 ATAAAT-GACCTTTTCTTGTCAATGAAGGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAGGTAGATATTC
445 ATAAATGGA-CATTTCTTGCCAATAAAGGACTTTTGCATCACGTTTCTTGAGGTAGACATTC
* * * * * *
3757 AATTATAATATATTTTAA-CCAAGAGTGT-AAAAACATTTAACTT-TAAATCAATTATGAGATTA
1 AATTATAATATATTTTAATACAA-AATATAAAAAAAATTGAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTA
* * * *
3819 TAA-AACTATTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCGAGGGCTTGACTGACTATAAATGAA-TTTTTCT
64 TAACCA-T-TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGACTGACTATAAATGAACTTTCTC-
* * * * * * * * *
3882 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG-AAGACATTTAAATATAATTTGTTTTAAT
126 T-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGGCAAG-CATTCAATTATAATCTATTTTAA-
* *
3946 CAAA-AATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTC-ATTATGAAATTATAAAACCATTTA
188 CAAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATG-AATTATAAAACCATTTA
4001 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 999, Mismatches: 219, Indels: 87
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
505 28 0.03
506 2 0.00
507 272 0.27
508 75 0.08
509 219 0.22
510 80 0.08
511 314 0.31
512 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (505 bp):
AATTATAATATATTTTAATACAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAAATAATTATGAGATTATA
ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGACTGACTATAAATGAACTTTCTCTCCAA
TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTATTTTAACAAACAAT
ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTT
TGATAAGCATGGGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCATATTTTCTCAG
GCAAACATTCAAATATAGACTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAAACTTAAAATCAATTATA
AGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACA
TTTCTTGCCAATAAAGGACTTTTGCATCACGTTTCTTGAGGTAGACATTC
Found at i:4033 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3350--4113 Score: 751
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 339
3340 AAAGCATGAA
* * * * * *
3350 TGACTATAAATAAACATTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCTAAGGC-AAGTA
1 TGACTATAAATAGA-GTTTCTCTCCAATGAAGGGC-TTTGCATCATGTTTCT-TAAGGCTGA-TA
*
3413 TTCAATTATAATCTATTTTAAAAAACAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGCAATTA
62 TTCAATTATAATATATTTTAAAAAACAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGCAATTA
* ** **
3478 TAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGAGATAGTAAATGGGCTTTTCTT
127 TAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGACAGATAGTAAATGAACTTTTCTT
* **** * * *
3543 GTCAATGATTAGATTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACTA
192 GTCAATGAATAGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAA
* *
3608 AAATGAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATCA
257 AAATGAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAA
* *
3673 AGCTTTTGAAGGTTTGAG
322 AGCTTTTAAAGGCTTGAG
* * *
3691 TGACTATAAAT-GACCTTT-TCTTGTCAATGAAGGGCTTTTGCATCATGTTTCTTGAGG-TAGAT
1 TGACTATAAATAGA-GTTTCTC-T-CCAATGAAGGGC-TTTGCATCATGTTTCTTAAGGCT-GAT
** * * * * * *
3753 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAGAGTGTAAAAACATTTAACTTTAAATCAATTATG-AGAT
61 ATTCAATTATAATATATTTTAAAAAACAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGCA-AT
* * * * * *
3817 TATAAAACTA-TTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCGAGGGCT-TGACTGACTA-TAAATGAATTTT
125 TATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGACAGA-TAGTAAATGAACTTT
* * * * *
3879 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTTAAATATAATTTGTTTTA
188 TCTTGTCAATGAATAGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAAATATAATCTATTTTA
* ****
3944 ATCAAAAATGTAAA-AATATTCAACTTAAAATTC-ATTATGAAATTATAAAACCATTT-ANNNNN
253 A-CAAAAATG-AAAGAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAAATTATAAAACCATTTGA-AGTG
***** *
4006 NNNNNTAAAGCTTTTAAATGCTTGAG
314 AGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGAG
* * *
4032 TGACTATAAATAGAGTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCTGATATTCA
1 TGACTATAAATAGAGTTTCTCTCCAATGAAGGGCTTTGCATCATGTTTCTTAAGGCTGATATTCA
*
4097 ATTATAATTTATTTTAA
66 ATTATAATATATTTTAA
4114 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 63, Indels: 32
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 45 0.13
340 109 0.32
341 180 0.52
342 11 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TGACTATAAATAGAGTTTCTCTCCAATGAAGGGCTTTGCATCATGTTTCTTAAGGCTGATATTCA
ATTATAATATATTTTAAAAAACAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGCAATTATAAA
ACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGACAGATAGTAAATGAACTTTTCTTGTCA
ATGAATAGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAT
GAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAAGCT
TTTAAAGGCTTGAG
Found at i:4715 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4371--4865 Score: 540
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
4361 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
4371 TAAGTTGAATTCTTTTATATTGCTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCAGCCTTA-AGAAAC
1 TAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCCGTCTTAGA-AAAC
* * *
4435 ATGAAGCAAAGCCATCCATTG-GAGAGAAAGTCCATTTATAGT-AACTCAAGCATTTAAAAGCAT
64 ATGAAGCAAAGCCATCCATTGATAGA-AAAGTCCATTTATAGTCAACTCAAGCCTTTAAAAGCCT
* *
4498 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCACAATTGGTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCACAATTGATTT
*
4540 TAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTGCTAAAATATATTATAATTGAATGTCCGTCTTAGAAAACA
1 TAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCCGTCTTAGAAAACA
* * * * * *
4605 TGAAGCGAAAGCTATTCATTAGATAGAAAAGTCCATATATAATCACCT-ATA-CCTTTGAAAGCC
65 TGAAGC-AAAGCCATCCATT-GATAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTCA-AGCCTTTAAAAGCC
* *
4668 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATG-CAATAATTGATTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTC-ACAATTGATTT
* * * *
4711 TAAGTTGAATTTCTTTGCATTTTTTGTTAAACTATATTATAATTGAATGT-C-TACTTTGGGAAA
1 TAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCCGT-C-TTAGAAAA
* * * *
4774 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATGAGAAATGTCTATTTATAGTC-TCTCAAGCCTTCAAAAGC
63 CATGAAGC-AAAGCCATCCATTGAT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTCAAGCCTTTAAAAGC
*
4838 CTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATA
126 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
4866 TTGTTTTACA
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 39, Indels: 24
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 61 0.22
170 22 0.08
171 184 0.67
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCCGTCTTAGAAAACAT
GAAGCAAAGCCATCCATTGATAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCACAATTGATTT
Found at i:5589 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5136--6071 Score: 818
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
5126 CTTTTATAGT
* * **** * * *
5136 CAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTAAAATATTAGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTACAAGGTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGTTTT
* * *
5201 AAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATAATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
** *
5266 ATATCTACCTCGAGAAACATG-A-AAAAAGTTATTC-ATTAA
129 ATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATTCA
* * *
5305 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTT
* ** * *
5370 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGCTGGTTAAAATAGATTATAATTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* *
5435 ATATCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-CCAATTCA
129 ATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATTCA
* * * * * * *
5476 TAAGAAAAGTGCATTTACAGTCATTCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTT
* * * * * * * **
5541 ATAATCTCATAATTTATTTTCAGTTGGAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATAATGTTTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * **
5606 ATGTTTGCCT-TAGGAAACACGAAGAAAAAGCTATTC-ATTTG
129 ATATCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATTCA
* * * *
5647 CAAGAAAAG-TCAAATTATAGTCACCCTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTT
1 CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGTTT
* *
5710 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATGTGTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
** * ** *
5775 AATATCTGTCTCGGGAAATTTGAAGAAAAAGCCATT-TATT-A
128 AATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATTCA
* * * * *
5816 GCAAGAAAAATTCATTTATAGTCTCTCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTT
1 -CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTT
* * * * *
5881 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * **
5946 AATGTCTTCTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCCATTGG
128 AATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATTCA
* * * * ** * * *
5988 TAAGACAAAGTCCACTTATAGTC-CATCAGGTTTTTGAAAGCCTTAGTACTTC-TTTTAAATGGT
1 CAAGA-AAAGTTCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAAT-GT
6051 TTTATAAATCTCATAATTGAT
62 TTTAT-AATCTCATAATTGAT
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 124, Indels: 42
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 127 0.20
170 138 0.22
171 283 0.46
172 52 0.08
173 16 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
ATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATTCA
Found at i:5781 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 5171--6071 Score: 843
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 342
5161 AAAATATTAG
* * * * *
5171 AAAGCCTTGTTACTCGCTTTACAA-GGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTA-AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGATGTTTT
* * * * * ** * * * * * *
5234 TTATAATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACC-TCGAGAAACATG-A-AAAAAGTT
64 TTACATTTTTGGTTAAAAGAGATAATGTTTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACACGAAGAAAAAGCT
* *
5296 ATTCATTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
128 ATTCATTAACAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACTCATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
5361 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGCTGGTTAAAATAGAT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTATATTGCTGGTTAAAACAGAT
* * *
5426 TATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCACCAATTCA-TAAGAAAAGTGCAT
258 TATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCACCAATT-AGCAAGAAAAATGCAT
5490 TTACAGTCAT-TCACGCCTTCA
322 TTACAGTC-TCTCACGCCTTCA
* *
5511 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTCAGTTGGA-GTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATGTTTT
5574 TTACATTTTTGGTTAAAAGAGATAATGTTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACACGAAGAAAAAGCTA
64 TTACATTTTTGGTTAAAAGAGATAATGTTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACACGAAGAAAAAGCTA
** * *
5639 TTCATTTGCAAGAAAAG-TCAAATTATAGTCAC-CCTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACAT-GCTT
129 TTCATTAACAAGAAAAGTTC-AATTATAGTCACTCATT-CCTTCCAAAGCCTTATTAC-TCGCTT
*
5701 TAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTT-TATGTGTTTGGTTAAAAC
191 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTATAT-TG-CTGGTTAAAAC
* ** * ** *** *
5763 AGATTATAATTGAATATCTGTCTCGGGAAATTTGAAGAAAAAGCCATTTATTAGCAAGAAAAATT
254 AGATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCACCAATTAGCAAGAAAAATG
* * * **
5828 CATTTATAGTCTCTCATGTCTTTG
319 CATTTACAGTCTCTCACGCCTTCA
** * * *
5852 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATGTTTTTT
* * * ** * * * * *
5917 ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTT-CTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
66 ACATTTTTGGTTAAAAGAGATAATGTTTGAATGT-TTGCCTTAGGAAACACGAAGAAAAAGCTAT
* *** * * ** * *
5981 CCATTGGTAAGACAAAGTCCACTTATAGTC-CATCAGGTT--TTTGAAAGCCTTAGTACTTC-TT
130 TCATTAACAAGA-AAAGTTCAATTATAGTCAC-TCA--TTCCTTCCAAAGCCTTATTAC-TCGCT
6042 TTAAATGGTTTTATAAATCTCATAATTGAT
190 TTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGAT
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 74, Indels: 48
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.02
340 95 0.21
341 231 0.50
342 103 0.22
343 8 0.02
344 15 0.03
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATGTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAAGAGATAATGTTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACACGAAGAAAAAGCTATT
CATTAACAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACTCATTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTATATTGCTGGTTAAAACAGATTAT
AATTAAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCACCAATTAGCAAGAAAAATGCATTTAC
AGTCTCTCACGCCTTCA
Done.