Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400544.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3738.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13464
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.09, T:0.28
Warning! 3409 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:398 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--726 Score: 791
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
* * * *
1 TCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * ** *
66 TGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTTCTTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGG
66 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGA
* * * *
131 CATCTAATTATAGTCTATTTTATTAAAAAAATGTAAAAAAAT
129 CATCCAATTATAGTATGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
173 TCATCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAGTAAGGCTTTTGACA-GA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGA
* * * * *
237 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTATCAAAGTAG
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAG
** *
302 ATGTCCGATTATAGTATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAT
128 ACATCCAATTATAGTATGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
344 TCAACTTCAAATCAATTATTG-GATTATTAAACAATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * **
407 AATGGCTGAATATAAATGGACTTTTCATAT-CAATAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGC
64 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC
* * * *
471 AAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
126 AGACATCCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
515 TCAACTTAAAATTACTTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TATTTGAAAGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGA
* ** * *
579 ATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTTTTAATGAATGCTTTTTTCTTAAAAG-TTCTCAAGGCA
65 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGC-TTTTTCTT-CATGTTTCTCAAGGCA
* *
643 GACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAAT
127 GACATCCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT
*
686 TCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
727 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 458, Mismatches: 80, Indels: 33
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
171 317 0.69
172 128 0.28
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA
TCCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:682 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1--726 Score: 912
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 343
* *
1 TCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAA
* * * * * * * * **
66 TGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTTCTTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGG
66 TGGCTGAATATAAATAGACTTTTCATATCAATAAATGACTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCAAA
* * *
131 CATCTAATTATAGTCTATTTTATTAAAAAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATGAGA
131 CATCTAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * *
196 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAGTAAGGCTTTTGACAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
196 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** *
261 TTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTCATGTTTATCAAAGTAGATGTCCGATTATAGTATGTTTTAA
261 TTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTAAAGTTTATCAAAGCAGACATCCAATTATAGTATGTTTTAA
*
326 CTAAAAATGTAAAAAAAT
326 CTAAAAAAGTAAAAAAAT
* * *
344 TCAACTTCAAATCAATTATTG-GATTATTAAACAATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCATTTGAAGG
* *
407 AATGGCTGAATATAAATGGACTTTTCATATCAATAAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCA
64 AATGGCTGAATATAAATAGACTTTTCATATCAATAAATGACTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCA
* * * * * *
472 AACAT-TCAATTATAGTTTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTACTTGTG
129 AACATCT-AATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* *
535 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TATTTGAAAGAATGGGTGACTTTAAATGGAC
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCT-TTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
** * * *
599 TTTTCTTT-TTAATGAATG-CTTTTTTCTTAAAAG-TTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTAT
257 TTTT-TTTGCCAATGAATGCCTTTTTT-TT-AAAGTTTATCAAAGCAGACATCCAATTATAGTAT
661 GTTTTAA-TAAAAAAAGTAAAAAAAT
319 GTTTTAACT-AAAAAAGTAAAAAAAT
* *
686 TCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
727 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 47, Indels: 19
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 11 0.03
342 182 0.56
343 132 0.40
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAA
TGGCTGAATATAAATAGACTTTTCATATCAATAAATGACTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGCAAA
CATCTAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
TTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTAAAGTTTATCAAAGCAGACATCCAATTATAGTATGTTTTAA
CTAAAAAAGTAAAAAAAT
Found at i:2299 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1988--2314 Score: 414
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
1978 NNNNNNNNNN
* *
1988 CTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGTATTTCTTTTCATGTT
1 CTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGATTTCTTTACATGTT
* * * * * *
2053 TCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGATGAAAATGTAAAAGAAATCAACTTAAAATC
66 TCCCAAGATAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAATGAAAATATAAAAGAAATCAACTCAAAATC
* *
2118 AGTTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGT
131 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGT
* * *
2158 CTTTTGAAGGAATAG-GTGA-TAATAAATGGGC-TTTCTT-CTCAATGAATGGCTTT-TTCTACA
1 CTTTTGAAGGAAT-GTGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGC-CAACGAATGGATTTCTT-TACA
* *
2218 TGTTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAGCCTGTTTTAATGAAAAATATAAAA-AAATTCAACTC
62 TGTTTCCCAAGATAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAATG-AAAATATAAAAGAAA-TCAACTC
*
2282 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA
125 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
2315 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 16, Indels: 12
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 59 0.44
170 72 0.53
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGATTTCTTTACATGTT
TCCCAAGATAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAATGAAAATATAAAAGAAATCAACTCAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGT
Found at i:2725 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2481--3396 Score: 943
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
2471 GAGAAATAAG
** * ** * *
2481 AAGAAAAAGGGATTGATT-AGCAAGAAAAGTTTAGTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
2545 TCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTC
66 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTG
* *
2610 ATTAAAACAGACCATAATTGAATACT-TGTCTTAGG-AAACGT
130 ATTAAAACAGACTATAATTGAAT-CTATATCTTAGGCAAACGT
* *
2651 ATAGGAAAAGCCACTT-ATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAA-CA
1 A-AGAAAAAGCCA-TTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCC
* * ***
2713 TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTTTTTTTTTTTACATTT
63 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTACATTT
* * *
2778 TT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGCACAA-G-
127 TTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATCTATATCTT-AGGCA-AACGT
* * * *
2823 AAGAAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
2887 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTT
66 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTG
* * * * * *
2952 ATTAAAATAGGCTATAATTAAATGCT-TGTCAT-GGCAAACAT
130 ATTAAAACAGACTATAATTGAAT-CTATATCTTAGGCAAACGT
* * **
2993 ATAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAATCTT
1 A-AGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
3057 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTG
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTG
* * *
3122 GTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATATC--AAG-AAACGT
130 ATTAAAACAGACTATAATTGAA--TCTATATCTTAGGCAAACGT
* * * * *
3163 GAAGTAAAAGGCATTTATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 -AAGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* ** * *
3227 ATTACTCGCTTTGAATTATTTTATAATCTCGTACTTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTT
* * * * * ** *
3292 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAAAATG-
129 GATTAAAACAGACTATAATTGAATCTATATC-TTAGGCAAACGT
* ** *
3335 AACAAAAAGGGATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
3397 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 85, Indels: 61
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 10 0.02
170 149 0.24
171 439 0.70
172 22 0.03
173 6 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGA
TTAAAACAGACTATAATTGAATCTATATCTTAGGCAAACGT
Found at i:3285 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2419--3392 Score: 1231
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 340
2409 NNNNNNAAGC
* * * *
2419 TAAATTCTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAATAAGAAG
1 TAAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAG
* * * * * *
2484 AAAAAGGGATTGATTAGCAAGAAAAGTTTAGTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCAC
65 AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
2549 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTCATTA
130 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTCATTA
* * * * *
2614 AAACAGACCATAATTGAATACTTGTCTTAGGAAACGTATAGGAAAAGCCACTT-ATTGAGAAGAA
195 AAACAGACTATAATTGAATGCTTGTCAT-GGAAACATATAGAAAAAGCCA-TTCATT-AGAAGAA
* *
2678 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAACATTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATA
257 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATA
2743 TCATAATTGATTTTAAGTT
322 TCATAATTGATTTTAAGTT
*** **
2762 TTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGCACAAGAAGA
1 TAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAGA
* * * *
2827 AAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
66 AAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
2892 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTATTAA
131 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTCATTAA
* * *
2957 AATAGGCTATAATTAAATGCTTGTCATGGCAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAA
196 AACAGACTATAATTGAATGCTTGTCATGG-AAACATATAGAAAAAGCCATTCATT-AGAAGAAAA
* * *
3022 GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAATC-TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
259 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAA-CATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATAT
3086 CATAATTGATTTTAAG-T
323 CATAATTGATTTTAAGTT
* * ** ** ** *
3103 TAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATATCAAGAAACGTGAAGT
1 TAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAGA
* * *
3168 AAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
66 AAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * * **
3233 CGCTTTGAATTATTTTATAATCTCGTACTTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTACATTTTTGGTTA
131 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTTACATTTTTCATTA
** * * ** *
3297 AAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCATGAGAAAAATGA-ACAAAAAGGGATTCATTGGCAAGA
195 AAACAGACTATAATTGAATGCT-TGTCATG-GAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAG-AAGA
*
3360 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAA
256 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
3393 GCCTNNNNNN
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 77, Indels: 18
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 242 0.44
342 295 0.54
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAGA
AAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTCATTAA
AACAGACTATAATTGAATGCTTGTCATGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTAGAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCAT
AATTGATTTTAAGTT
Found at i:4041 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3646--4388 Score: 764
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 168
3636 NNNNNNNNNN
* ** * * *
3646 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTCATTAAAAAAAACTATAATTGAATGTTTATC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACC
* * * * * * * *
3711 TTGGGAAACATGTAGAAAAATCCATTCATTGAGAAG-AAAGCCCATTTATTGTTATCTATTCCTT
65 TCGAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTT
* *
3775 CAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * * * *
3816 TAACTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGATTATAATTGAATGATTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACTTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTAC
* * *
3881 CTTGAGAAACATGAAGAAAAATACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCT
64 CTCGAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCT
*
3946 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATATTCTCA
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA
** *
3988 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACC
* * *
4053 TCGAG-AACTTTGAAGAAAAA-AGCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCT
65 TCGAGAAAC-ATGAAGAAAAATA-CATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCC
* *
4116 TTCAAATA-TCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
126 TTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * * * *
4159 CAAGTAATTTTAACTTGAATTTTTTTA-TATCTTTT-ATTAAAACAGGCTATAATTGAATGCCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-T-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTA
* * * ** * *
4222 CCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAGAAGTCCATTTATAGTCCTCCATTCC
63 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCATTCC
* *
4287 TTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAGTCTCA
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* ** *
4330 AAATTGATTTTAAGTTTTATTGTTTTTACTTTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACTTTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAAT
4389 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 70, Indels: 42
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 25 0.05
171 342 0.71
172 113 0.23
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTACCT
CGAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
Found at i:4271 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3646--4388 Score: 888
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 342
3636 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
3646 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTCA-TTAAAAAAAACTATAATTGAATGTTTAT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * * *
3710 CTTGGGAAACATGTAGAAAAATCCATTCATTGAGAAGAAAGCCCATTTATTGTTATCTATTCCTT
65 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAAAAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTT
* * * *
3775 CAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGATTTTTT
130 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCACAACTAATTTTAACTTGATATTTT
* * ** *
3840 TTTACATTTTTCATCAAAACAGATTATAATTGAATGATTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATAC
195 TTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAC
* * *
3905 ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-ACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
260 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTACATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTT
*
3969 AAAT-AGTTTTATATTCTCA
324 AAATGA-TTTTATAGTCTCA
* *
3988 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
4053 TCGAG-AACTTTGAAGAAAAAAGCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTT
66 TCGAGAAAC-ATGAAGAAAAAACCATTCATTAAAAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCT
* * * *
4117 TCAAATA-TCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAAGTAATTTTAACTTGA-ATT
129 TCAAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCACAACTAATTTTAACTTGATATT
* * * * * *
4180 TTTTTATATCTTTT-ATTAAAACAGGCTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAA
193 TTTTTACAT-TTTTCATCAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
4244 GCCATTCATTGATAAGAGAAGTCCATTTATAGTCCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCT
257 GACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCTACATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCT
4309 TTAAATGATTTTATAGTCTCA
322 TTAAATGATTTTATAGTCTCA
* ** *
4330 AAATTGATTTTAAGTTTTATTGTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
4389 ANNNNNNNNN
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TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
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AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCACAACTAATTTTAACTTGATATTTTT
TTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACA
TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCTACATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAA
ATGATTTTATAGTCTCA
Found at i:4999 original size:341 final size:343
Alignment explanation
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4501 NNNNNNNNNN
* * **
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1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAAAAAAACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGA
* * * * * * * *
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* *
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131 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAAT
* * *
4706 TTTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATG-CTTCTCTTGATAAACGTGA-AGAAAAATACATTCA
196 TTTTCAATAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGC-CTTGATAAACGT-ATAGAAAAAGACATTCA
*
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* * *
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1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAAAAAAACTATAATTGAA-TGCCTGCCTCAAG
* *
4916 AAACGTGCAGAAAAAATCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAT
65 AAACATGCAGAAAAAACCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAA-
* * *
4981 A-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAA
*** * *
5045 ATTTTTTGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTTGATAAATGTATAGAAAAAGCCATTCA
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* *** *
5110 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTGTTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG
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*
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1 TTTT
5199 NNNNNNNNNN
Statistics
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AACATGCAGAAAAAACCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAAT
TTTTCAATAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTTGATAAACGTATAGAAAAAGACATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGA
Found at i:5101 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 171
4501 NNNNNNNNNN
* *
4511 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATT-AAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA
* * * * * * *
4576 AACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACTCGTTCTTTCAAAAG
65 AACGTATAGAAAAAACCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
4641 CCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGA
130 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGA
* * *
4683 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATG-CTTCTCTTGATA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGC-CTTGAGA
**
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* *
4808 AAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
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* * * * **
4853 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATT-AATTGCCTGCCTCAAGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAA-TGTCTGCCTTGAGA
** * * *
4917 AACGTGCAGAAAAAATCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAATA
65 AACGTATAGAAAAAACCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-A
*
4982 -CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGA
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGA
* * ** * *
5024 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTGCCTTGATAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAA
* * ** * ***
5089 ATGTATAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTGTTCCTTCAAAAGC
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* * *
5154 TTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA
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5195 TTTT
1 TTTT
5199 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 62, Indels: 27
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTATAGAAAAAACCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGA
Found at i:6467 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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5807 NNNNNNNNNN
* ** *
5817 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTCT-TTTTTCATTAAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
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* * *
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* * * ** * *
5988 AAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTGTTTTATATTTTTTATTAAACCAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * ** * * * *
6053 ACAATAATTAAATCTTTACATCGAGAAATTTGAAGAAAAA-CACAATCATTAGCAATAAAAGTCC
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* ** * *
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* * ** *
6160 AAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
** * * * *
6224 CTATAATTGAATG-CTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAATGCCATTCATTGAG-AAGAAGAGTCC
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* *
6287 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
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* * * * *
6330 AAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * ** *
6395 CAATAATTGAATGTCTACCTCAACAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
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* * *
6460 TTATAGTCTCCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
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* * *
6501 AAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTTGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * ***
6566 CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-AACTTTGAAGAAAAAAG-CATTCATTAAAAAGAAAAGTCC
66 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-ATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
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* * **
6672 CAATGGTTTTATAATCTCACAAGTAT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAA-T-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
* * * ** * * * *
6736 TACTATAACTGAATGCCTGTCTC-AGGAAACGTGTAGAGAAAGCCATTCATTGATAA-AAGAAGT
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* *
6799 CTATTTATAGTC-CTCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTT
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* * * * * *
6844 AAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGGTTTTAAGTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
* * ** **
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*
6973 TATTTATTA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
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* * * * *
7017 ATACGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * **
7082 CAATAATTGAATGTCTCCCTCGAG-AA-ATGTATAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
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* ** *
7145 ATTTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** * *
7188 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAAATTTAAGTTG-ATTTTTTTAACATTTTTTATCAGAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
7252 ATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAAATATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGTAGGAAAAGTC
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* * *
7316 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTT
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* * *
7360 AAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTAG-ATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
* * **
7424 ACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAG-TGTTCATT-GTCAAGAAAAGTC
65 ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGT-AAGAAAAGTC
* ** * * *
7487 CATTTATAGTCTCAAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACATT
128 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
7531 AAATGGTTTTATAATCCCAAAATTAATTTT-AGATTCAATCTTTTTGTACATTATTGGTTAAAAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT-TTTTT-TATATTTTTGGTTAAAAC
* * * *
7595 AGATTATAATTGAATGTGTAACTTGAGAAACATGAAGAAAA
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7636 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
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172 412 0.30
173 196 0.14
174 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
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TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:6876 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5817--7635 Score: 1969
Period size: 343 Copynumber: 5.3 Consensus size: 341
5807 NNNNNNNNNN
* * *
5817 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTT-CTTTTTTCATTAAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * *
5881 ACTATAATTGAATG-CTTTCCTTGGGAAACAT-ATAG-AAAAAGCCGTTCATTGAGAAGAAAAGT
65 ACTATAATTGAATGTC-TGCCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGT
* * * *
5943 CCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAATGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCAT
127 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCAT
* ** * * * * *
6008 AATTGATTTGAAGTTGAATTTGTTTTATATTTTTTATTAAACCAAACAATAATTAAATCTTTACA
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* * * * * *
6073 TCGAGAAATTTGAAGAAAAA-CACAATCATT-AGCAATAAAAGTCCATTTATAGTGACT-TATTC
256 TCGAGAAATGTGTAGAAAAAGC-CATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGT--CTCCATTC
* *
6135 TTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
317 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
6160 AAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * * *
6224 CTATAATTGAATG-CTTGTCTTGAGAAACATGTAG-AAAATGCCATTCATTGAGAAGAAGAGTCC
66 CTATAATTGAATGTC-TGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCC
* * *
6287 ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAA
* * *
6352 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCTCA
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCTCG
* * *
6417 ACAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCATCAA
259 AGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAA
6482 AAGCCTTATTACTCGCTTT
323 AAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** **
6501 AAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTTGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * *
6566 CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-AACTTTGAAGAAAAAAGCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCA
66 CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCA
* * *
6630 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATA-CCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCACAA
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAA
** * * * * **
6694 GTAT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATACTATAACTGAATGCCTGTCT
194 -T-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCT
* * *
6758 C-AGGAAACGTGTAGAGAAAGCCATTCATTGATAA-AAGAAGTCTATTTATAGTCCTCCATTCCT
257 CGA-GAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAA-AAGTCCATTTATAGT-CTCCATTCCT
*
6821 TCAAAAGCCTTACTACTCGCTTT
319 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** **
6844 AAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGGTTTTAAGTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGA-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
* * * * * *
6909 GATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGGGATTCATT-AGCCAA-AAAAGT
64 GACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAG--AAGAAAAGT
* * *
6972 CTATTTATTA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATACGGTTTTATAATCCCA
127 CCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCA
* *
7036 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTCCC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACC
* * * *
7101 TCGAGAAATGTATAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTCCTT
256 TCGAGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTT
*
7166 CAAAAGCCTTATTACTCACTTT
320 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
7188 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAAATTTAAGTTG-ATTTTTTTAACATTTTTTATCAGAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAG
* * * * *
7252 ATTATAATTGAATGTCTAG-CTCGAGAAAATATGAAGAAAAATGCATTCATTG-GTAGGAAAAGT
65 ACTATAATTGAATGTCT-GCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAG-AAGAAAAGT
* * * * *
7315 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAT
127 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCAT
* * * *
7380 AATTGATTTTAAGTAG-ATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACC
192 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACC
* ** * ** *
7444 TTGAGAAACATGAAGAAACAAG-TGTTCATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCAAATTCC
256 TCGAGAAATGTGTAGAAA-AAGCCATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCC
* * *
7507 TTTAAAAGCCTTATTACTCACATT
318 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * **
7531 AAATGGTTTTATAATCCCAAAATTAATTTT-AGATTCAATCTTTTTGTACATTATTGGTTAAAAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAAT-TTTTT-TACATTTTTCATTAAAAC
* * **
7595 AGATTATAATTGAATGTGTAACTTGAGAAACATGAAGAAAA
63 AGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA
7636 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1267, Mismatches: 168, Indels: 81
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
341 155 0.12
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343 441 0.35
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Consensus pattern (341 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCTCGAG
AAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTT
Found at i:7177 original size:687 final size:682
Alignment explanation
Indices: 5817--7635 Score: 2133
Period size: 687 Copynumber: 2.6 Consensus size: 682
5807 NNNNNNNNNN
* *
5817 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTT-CTTTTTTCATTAAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAG
* * * *
5881 ACTATAATTGAATG-CTTTCCTTGGGAAAC-AT-ATAG-AAAAAGCCGTTCATTGAGAAGAAAAG
65 ACTATAATTGAATGTC-TGCCTTGAGAAACTATGA-AGAAAAAAG-CATTCATTGAAAAGAAAAG
* * * * *
5942 TCCATTTAAAGTCACCCATTCCTTCAAATGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCA
127 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
6007 TAATTGATTTGAAGTTGAATTTGTTTTATATTTTTTATTAAACCAAACAATAATTAAAT-CTTTA
192 TAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGCTAT-
** * * * *
6071 CATCGAGAAATTTGAAGAAAAACACAATCATTAGCA-ATAAAAGTCCATTTATAGTGACT-TATT
255 C-TCGAGAAACATGAAGAAAAGC-CATTCATT-G-ATAAAAAAGTCCATTTATAGT--CTCAATT
* * * * *
6134 CTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
314 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAT
** * * * *
6198 -TTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATG-CTTGTC-TTGAGAAACATGTAGAA
379 TTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-T-ACATTGAGAAACATGAAGAA
* * *
6260 AATGCCATTCATTGAGAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
442 AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
6325 TCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAA
507 GCTTTAAACAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAA
* **
6390 ACAAACAATAATTGAATGTCTACCTCAACAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
572 ACAAACAATAATTGAATGTCTACCTCAACAAATGTATAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* *
6455 TCCATTTATAGTCTCCTATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
637 TCCATTTATAGTCTCATATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
6501 AAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTTGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGA
* *
6566 CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-AACTTTGAAGAAAAAAGCATTCATTAAAAAGAAAAGTCCA
66 CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACTATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCA
* *
6630 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATACCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCACAAG
131 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-
* *
6695 TAT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATACTATAACTGAATGCCTGTCTC
195 T-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATG-CTATCTC
* * * *
6759 -AGGAAACGTGTAGAGAAAGCCATTCATTGATAAAAGAAGTCTATTTATAGTCCTCCATTCCTTC
258 GA-GAAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGATAAAA-AAGTCCATTTATAGT-CTCAATTCCTTC
* * * *
6823 AAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCAAAATTGGTTTTAAGTTTTATTTTTT
319 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTTAATTTTT
** * **
6888 TTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGGG
383 TTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
*
6953 ATTCATT-AGCCAA-AAAAGTCTATTTATTA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
448 ATTCATTGAG--AAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
7015 TTATACGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
510 TTAAACAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * *
7080 AACAATAATTGAATGTCTCCCTCGAGAAATGTATAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
575 AACAATAATTGAATGTCTACCTCAACAAATGTATAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
*
7145 ATTTATAGTCTCATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
640 ATTTATAGTCTCATATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
7188 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAAATTTAAGTTG-ATTTTTTTAACATTTTTTATCAGAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACTTTTTTTATTAAAACAG
* * * * ** *
7252 ATTATAATTGAATGTCTAG-CTCGAGAAAATATGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAGGAAAAGTC
65 ACTATAATTGAATGTCT-GCCTTGAGAAACTATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTC
* * *
7316 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-ATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAT
129 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** * *
7380 AATTGATTTTAAGTAG-ATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACC
193 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATG-CTATC
* **
7444 TTGAGAAACATGAAGAAACAAG-TGTTCATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCAAATTCC
256 TCGAGAAACATGAAG-AA-AAGCCATTCATTGAT-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCTC-AATTCC
* * * * * *
7507 TTTAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTAATTTT-AGATTCAATC
316 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTTAAT-
* * * *
7571 TTTTTGTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTA-ACTTGAGAAACATGAAGAAA
379 TTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACA-TTGAGAAACATGAAGAAA
7635 A
443 A
7636 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 128, Indels: 69
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
682 1 0.00
683 16 0.02
684 271 0.28
685 32 0.03
686 29 0.03
687 519 0.53
688 103 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (682 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGA
CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACTATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGCTATCTCGAG
AAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCAATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTAAATT
TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTT
TATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACAATAATTG
AATGTCTACCTCAACAAATGTATAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
CATATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
Found at i:8649 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7993--8655 Score: 510
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
7983 NNNNNNNNNN
* * * * * *
7993 ATTGATTTTAAGATGACTTTTTTTACA-TTTTCTATTAAAACACACTATATTTGAATGCTTGCCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCT
** * * * **
8057 CT-AGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGTGAAGAAAAGTCTATTCATAGTCTTCCATTCCTT
65 -TGAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * ***
8121 GAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNN
129 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATA
******* * * * * * *
8164 NNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTTCCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTT
* * * ********** *
8229 GGGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGANNNNNNNNNNTAAAGTCACCCATTCCTTCA
66 GAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * **********
8294 AAA-CCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTANNNNNNNNNN
131 AAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATA
** * * * *
8335 ATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAACCAGACAATAATTAAATGTCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCT
* * * * *
8400 TGAG-AA-ATGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGCAAAGTCCATTTATAGT-ACCCCATTCC
65 TGAGAAACATGT-AA-AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCCATTCC
*
8462 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATA
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATA
* * * * *
8507 ATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAACTATAATGGAATGCCTATCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTT
* *
8572 GAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCA
66 GAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
8637 AAAGGCTTATTACTCACTT
131 AAAGCCTTATTACTCACTT
8656 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 113, Indels: 22
0.73 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 233 0.63
172 125 0.34
173 6 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTT
GAGAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATA
Found at i:9455 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8929--9657 Score: 749
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
8919 NNNNNNNNNN
* * *
8929 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTT-TTTTAA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
* * * * ** * * * **
8993 ATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATACTTGTCTTGAGAAACGTGTAAAAAAAGCCATTCA
66 ATTTTTTATTAAAACAAACAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATG-AGAAAAATACATTCA
* * *
9058 TT-GTGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCATTCAAAA
130 TTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCTTTCAAAA
* * * *
9100 GGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTT-C
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
* * * * * *
9164 ATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTTCCTCAAGAAACGTAT-AGAAAAAGTA-ATT
66 ATTTTTTATTAAAACAAACAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAAC--ATGAGAAAAA-TACATT
* * *
9227 CATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAAAGTCA-CTCATTCCTTCAGAA
128 CATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCTTTCAAAA
* * * *
9271 GCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCCCATAATGGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
* * * ** *
9336 ATTTTTTACTAAACCAAACAATAATTGAATGCCTACATCGAGAAATTTGAGGAAAAATACAATCA
66 ATTTTTTATTAAAACAAACAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATGA-GAAAAATACATTCA
* * * *
9401 TTAGCAATAAAAGTCCATTTATAGTGA-CTTATTTTTTCAAAA
130 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCTTTCAAAA
* *
9443 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTG-TTTTA
* * * * * * *
9508 CATGTTTGATT-AAACTAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAACACATT
65 CATTTTTTATTAAAAC-AAACAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATG-AGAAAAATACATT
* * *
9572 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCTATTACTTT-AAAA
128 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATT-CTTTCAAAA
* *
9616 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTG
9658 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 75, Indels: 32
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
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173 122 0.26
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
ATTTTTTATTAAAACAAACAATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACATGAGAAAAATACATTCAT
TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCTTTCAAAA
Found at i:11243 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10829--11253 Score: 489
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
10819 NNNNAACATG
* * * *
10829 TAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACTC-GTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 TAGAAAAA-CCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACATTAT
* * *
10893 TACTCGCTTCAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTCTA
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGATGAATTATTTTACATTTTCTA
*
10958 TTAAAACACACTATAATTGAAGGCTTGCCTCTACAAACGTG
130 TTAAAACACACTATAATTGAAGGCTTGCCTCTACAAACGTA
* * * *
10999 TAGAAAAAACCATTCATTGTGAAGAAAAGTCTATTTATAGTGA-TCTATTCCTTCAAAAAGATTA
1 TAG-AAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAACATTA
********** *
11063 TTACTCGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTT-T
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGATGAATTATTTTACATTTTCT
* * * * * **
11127 CATTCAAATAGACTATAATTGAATGCTTTCCT-TGGGAAACGTA
129 -ATTAAAACACACTATAATTGAAGGCTTGCCTCT-ACAAACGTA
*
11170 TAGAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCATTCCTTCAAAAACATTATT
1 TAGAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACATTATT
*
11235 ACTCGCTTTAAATAGTTTT
66 ACTCGCTTTAAATGGTTTT
11254 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 37, Indels: 12
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 106 0.50
171 104 0.49
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAGAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAACATTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGATGAATTATTTTACATTTTCTAT
TAAAACACACTATAATTGAAGGCTTGCCTCTACAAACGTA
Found at i:12717 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11699--12989 Score: 1327
Period size: 172 Copynumber: 7.5 Consensus size: 171
11689 ACAATTGATT
** * * *
11699 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAAACAAAGTCTA
1 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGA-AAAGTCTA
* * * ** **
11764 TTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCTTTACCACTCA-TTTCAAACAGTTTTATAAGT-TCAAA
65 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAA-TCTCAAA
* * *
11827 ATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
128 ATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* * * * * * *
11872 TTATAATTGAATCTTTATCTT-AGGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAATTCT
1 TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
* ** * * * * *
11935 ATTTAAAGTCGTCCAGTCCTTCAAAAGTCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
64 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * * *
12000 TTCATTTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTGTGGTTAAAACAAA
129 TTGA-TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* * * * * *
12044 TTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTTATTAGCAAAAAAAGTCCAC
1 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAT
* *
12109 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATT
66 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* *
12174 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGA
131 GATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* ** * * * * * *
12216 TAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAATAAAGGAAGAGGCATTCATTGAG-AA-AAAAATTTC
1 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCT-
* **
12279 ATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
64 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* *
12344 TTAATTTTAAGTTGAACTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
129 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* * * * * *
12387 TT-TAATTGAATGTCTGCC-TCATGAAACATAAAGGAAAAATG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
1 TTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
* * * * * * *
12449 GTTTATGGTCTCTCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGCTTTTATAATCTC-AAA
64 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
*
12513 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTGCATTTTTAGTTAAAATAGA
129 TTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* * *
12557 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAACAAAAAGGCATTCATTAGCAA-AAAGGTCTAT
1 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAT
* * * *
12621 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATCTTTACTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATT
66 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
*
12686 GATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACGTTTTTAGTTAAAATAGA
131 GATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* * ** ** ** *
12728 TTATAATTGAATTTCTGCCTTGAGAATTATTTAG--AAATTCTGTTCATTGAG-AAGAAAAGTCT
1 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATT-AGCAAGAAAAGTCT
* * * ** *
12790 ATTTATAGTCTCTCATTCC-TCTAAAATCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
64 ATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * * * *
12854 ATCGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATTTTTGGTAAAAATATA
128 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
* * * * *
12899 TTATAATTGAATCTCTACCTCGAGAAACATGAAGAATAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCA
1 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCT-A
*
12963 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGC
65 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
12990 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 918, Mismatches: 171, Indels: 59
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 26 0.03
170 181 0.20
171 284 0.31
172 360 0.39
173 67 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
GATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
Done.