Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400546.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_374.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18185
ACGTcount: A:0.23, C:0.11, G:0.10, T:0.26
Warning! 5378 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5615 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5569--5660 Score: 148
Period size: 35 Copynumber: 2.6 Consensus size: 35
5559 TTGATCCCGG
5569 GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTT
1 GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTT
* * *
5604 GAAAACCCATTGTTGAAGGTTATGGTTGAGCCTTT
1 GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTT
*
5639 GAAAAACCATTATTGAAGGTTG
1 GAAAAACCATTGTTGAAGGTTG
5661 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 51 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.26, T:0.32
Consensus pattern (35 bp):
GAAAAACCATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTT
Found at i:14878 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 14587--14900 Score: 355
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
14577 ATTGGCAATA
14587 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTATGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATACTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTATGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATACTTTTATAAT
* *
14652 CTAATAATAGATTTTAAGCTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATA
66 CTAATAATAGATTTTAAGCTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATA
14717 TACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
131 TACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
* * * *
14748 NNNNNNNNNNAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCT-TCGGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
1 ----------AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTAT-GAAAGCCTTATTACTCGATTTAAAT
** * * * *
14812 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAAT-TGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT
55 ACTTTTATAATCTAATAATAGATTTTAAG-CTAAATGT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT
* * *
14875 ATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAAC
118 ATAATTAAATATATACATCAAGAAAC
14901 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 15, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 121 0.97
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTATGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATACTTTTATAAT
CTAATAATAGATTTTAAGCTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATA
TACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
Found at i:15967 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15482--16776 Score: 944
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 168
15472 NNNNNNNNTC
* * * *
15482 TAAGTTGATTTTTTTTATA-TTTTTATAAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAA-AT
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAACA-
* * *
15545 GTGGAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCT
64 -TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* ********* *
15610 TATTACTCTCTTTAAATATTTTTANNNNNNNNNNATTA-ATTT
127 TATTACTCACTTTAAATATTTTTA-TAATCTCATAATAGATTT
* * * * * *
15652 TAAGCTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGAAGAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTG-AGAAC
* ** *
15716 GTGAAGAAAATA-ATATCCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTC
63 ATGAAGAAAA-AGATATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
** **
15779 TTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTT
126 TTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATAGATTT
* *
15822 TAAATTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT-AATTGTCTACCATGAGACAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTACC-TGAGA-AC
** * *
15886 ATGTGGAAAAAGATATCCATTGGCCAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
63 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* *
15951 TGTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTA-ATTC
127 TATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAA-TAGATTT
* * * * * * *
15993 TAAGTTGAATTGTGTTCTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTGA-G-AACA
* * * * **
16058 TAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAGAAA-TCGATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCT
64 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA-AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* ********** * *
16122 TATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTACAATCTCATAATTGATTT
127 TATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATAGATTT
* * * * * *
16164 TAAGTTCATTTTTTTTGTATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTACCTCTGAGAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-C-CTGAGAACA
* * * * *
16229 TGAAGAAAAAGGTATCCATTGAG-AACAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCCT
64 TGAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
16293 TGTTTACACACTTTAAATGA-TTTTACAATCTCATAATTGATTT
127 T-ATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATAGATTT
* * * * * * * ** * *
16336 TGAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGGATGTTTATGTCAAGAAATA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-GAG-AACA
* * *** * * ** *
16401 TGAAAAAAAAAGATATTCATTAATAAGAAAACTCTGTTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCTT
64 TG-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
16466 TGTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTC
127 TATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATAGATTT
* * * *
16508 TAAGTT-TATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACCTCACTAA-A
1 TAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTGA-GAACA
* * * * *
16571 TGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACGCACGT-GAAAGC
64 --TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGC-CTTCGAAAGC
* **********
16635 CTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTT
125 CTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATAGATTT
* * * * * * *
16679 TAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-GAG-AACA
* *
16744 TGAAGCAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTC
64 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
16777 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 878, Mismatches: 206, Indels: 82
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 147 0.17
171 494 0.56
172 177 0.20
173 50 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTGAGAACATG
AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATAGATTT
Found at i:16595 original size:686 final size:671
Alignment explanation
Indices: 15482--16770 Score: 1421
Period size: 686 Copynumber: 1.9 Consensus size: 671
15472 NNNNNNNNTC
* * * * *
15482 TAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTATAAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGT
1 TAAGTTCATTTTTTTTATATTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGT
* * * *
15547 GGAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
66 GAAGAAAAAGATATCCATTGACAACAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCCTTA
* * ********** *
15612 TTACTCTCTTTAAATATTTTTANNNNNNNNNNATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTA
131 TTACACACTTTAAATATTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTCTTTACATTTTTA
* * * * * **
15677 GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGAAGAACGTGAAGAAAATAATATCCATTGGCAA
196 GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTATTCAAGAACATGAAAAAAAAAATATCCATTAACAA
* * * * *
15742 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
261 AAAACTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* *
15807 TCTCATAATAGATTTTAAATTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAATTGT
326 TCTCATAATAGATTCTAAATTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAATTCT
* * * * ** * *
15872 CTACCATGAGACACATGTGGAAAAAGATATCCATTGGCCAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCAT
391 CTACCAT-ACACAAATGTGGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCAC
* *
15937 GC-CTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGA
455 GCACGT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGA
* * * * *
16001 ATTGTGTTCTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGAAACGTAAAGAAA
519 ATTGTGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAA
16066 AAGATATCCATTGGTAAGAGAAATCGATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
584 AAGATATCCATTGGTAAGAGAAATCGATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
16131 CTTNNNNNNNNNNTACAATCTCATAATTGATTT
649 CTT----------TACAATCTCATAATTGATTT
*
16164 TAAGTTCATTTTTTTTGTATTTTTTATTAAAAA-AGATTATAATTGAATATCTACCTCTGAG-AA
1 TAAGTTCATTTTTTTTATA-TTTTTA-TAAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCT-TGAGAAA
* * *
16227 CGTGAAGAAAAAGGTATCCATTGAGAACAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCC
63 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAACAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCC
* * * *
16292 TTGTTTACACACTTTAAATGA-TTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTCTTTACAT
128 TT-ATTACACACTTTAAAT-ATTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTCTTTACAT
* * * * *
16356 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGGATGT-T-TATGTCAAGAAATATGAAAAAAAAAGATATTC
191 TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTAT-TCAAG-AACATGAAAAAAAAA-ATATCC
* ** * * *
16419 ATTAATAAGAAAACTCTGTTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAG-CTTTGTTACTCGCTTTAAAT
253 ATTAACAA-AAAACTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
16483 ATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTT-TATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTA
316 AGTTTTATAATCTCATAATAGATTCTAAATTGAATGTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTA
*
16547 TAATTGAA-TCTCTACC-T-CACTAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCAT
380 TAATT-AATTCTCTACCATACAC-AAATGTG--GAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCAT
* ********
16609 TTACAGTCACCCACGCACGTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCNNNNNNNN
441 TTACAGTCACCCACGCACGTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATT
** * * * *
16674 NNTTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAG
506 AATTCTAAGTTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAG
* *
16739 AAACGTGAAGCAAAAGATATCCATTGGTAAGA
571 AAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGA
16771 AAAGTCCNNN
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 93, Indels: 28
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 19 0.04
683 95 0.19
684 95 0.19
685 23 0.05
686 262 0.53
687 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (671 bp):
TAAGTTCATTTTTTTTATATTTTTATAAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGT
GAAGAAAAAGATATCCATTGACAACAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCCTTA
TTACACACTTTAAATATTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTCTTTACATTTTTA
GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTATTCAAGAACATGAAAAAAAAAATATCCATTAACAA
AAAACTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATAGATTCTAAATTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAATTCT
CTACCATACACAAATGTGGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACG
CACGTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGAAT
TGTGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAA
GATATCCATTGGTAAGAGAAATCGATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTACAATCTCATAATTGATTT
Found at i:16636 original size:515 final size:502
Alignment explanation
Indices: 15671--16650 Score: 1071
Period size: 515 Copynumber: 1.9 Consensus size: 502
15661 TTTTTTTACA
* * **
15671 TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGAAGAACGTGAAGAAAATAATATCCAT
1 TTTTTAGTTAAAAAAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAAGAACGTGAAGAAAATAATATCCAT
* * * * * ** *
15736 TGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTT
66 TGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGATT
* * *
15801 TTATAATCTCATAATAGATTTTAAATTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
131 TTACAATCTCATAATAGATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* *** ** * * *
15866 AATTGTCTACCATGAGACACATGTGGAAAAAGATATCCATTGGCCAGAAAAGTGTATTTATAGTC
196 AATTGTCTACCA-GAGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAACTCTATTTATAGTC
*
15931 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAA
260 ACCAATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAA
* * * * *
15996 GTTGAATTGTGTTCTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGAAACGTAA
325 GTTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATCTCTACCTCACGAAACGTAA
* * * * * ** *
16061 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAGAAATCGATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
390 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACAGTCACCCACGCCTGTAAAAGCCTTATT
16126 ACTCGCTTNNNNNNNNNNTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTGTAT
455 ACTCGCTT----------TACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTGTAT
* *
16184 TTTTTA-TTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTACCTCTG-AGAACGTGAAGAAAA-AGGTATCC
1 TTTTTAGTTAAAAAAGATAATAATTGAATATCTACCT-TGAAGAACGTGAAGAAAATA-ATATCC
* *
16246 ATTGAG-AACAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCCTTGTTTACACACTTTAAA
64 ATTG-GCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCCTT-ATTACACACTTTAAA
* * * *
16310 TGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAAT-TTCTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATT
126 TGATTTTACAATCTCATAATAGATTTTAAATTGAATGTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGATT
* * * * * * *
16374 ATAATTGGA-TGTTTATGTCA-AGAAATATGAAAAAAAAAGATATTCATTAATAAGAAAACTCTG
190 ATAATT-AATTGTCTA--CCAGAGAAACATG-AAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAACTCTA
* * *
16437 TTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
251 TTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
16502 TGATTCTAAGTT-TATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACCTCA
316 TAATTCTAAGTTGAATTGTGTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATCTCTACCTCA
* * * *
16566 CTAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA-AAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACGCAC-GT
380 CGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAA-TCCATTTACAGTCACCCACGC-CTGT
* *
16629 GAAAGCCTTATTACTCACTTTA
443 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
16651 AATGTTTTTA
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 67, Indels: 34
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
505 2 0.01
511 1 0.00
512 51 0.13
513 45 0.12
514 94 0.24
515 191 0.49
516 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (502 bp):
TTTTTAGTTAAAAAAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAAGAACGTGAAGAAAATAATATCCAT
TGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGATT
TTACAATCTCATAATAGATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
AATTGTCTACCAGAGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTAACAAGAAAACTCTATTTATAGTCA
CCAATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAG
TTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATCTCTACCTCACGAAACGTAAA
GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTACAGTCACCCACGCCTGTAAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTGTAT
Found at i:16637 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 15482--16763 Score: 974
Period size: 344 Copynumber: 3.7 Consensus size: 341
15472 NNNNNNNNTC
* * * * * ***
15482 TAAGTTGATTTTTTT-TATATTTTTATAAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATG
1 TAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACC-TACTAAATG
* * * * * *
15546 TGGAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTT
65 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAAGCCTT
* * ******** * * * *
15611 ATTACTCTCTTTAAAT-ATTTT-TANNNNNNNNNNATTAATTTTAAGCTGAATT-T-TTTTACAT
130 GTTACTCACTTTAAATGATTTTATA--ATCTCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTGTTCTA-TT
* * * * * * * *
15672 TTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTTGAAG-AACGTGAAGAAAATA-ATATCCA
192 TTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT-ACCTCAAGAAACAT-AAAAAAAAAGATATCCA
*** * *
15735 TTGGCAA-A-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAG-TCTTATTACTCGTTTTAAAT
254 TTAATAAGAGAAA-TCGATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAAT
* *
15797 GGTTTTATAATCTCATAATAGATTT
317 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
15822 TAAATTGAATGTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATT-AATTGTCTACCATGAGAC-
1 TAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAA-TATCTACC-T---ACT
* * * ** *
15884 ACATGTG--GAAAAAGATATCCATTGGCCAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
60 AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAA
15947 GCCTTGTTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTGTTCT
125 GCCTTGTTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTGTTCT
* * * * * *
16011 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCA
189 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAAAAAAAGATATCCA
** * * * *******
16076 TTGGTAAGAGAAATCGATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNN
254 TTAATAAGAGAAATCGATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAG
*** *
16141 NNNTACAATCTCATAATTGATTT
319 TTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
16164 TAAGTTCATTTTTTT-TGTATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTACCT-CTGAGAA
1 TAAGTTAATTTTTTTATAT-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTACT-A-AA
* * * * * *
16227 CGTGAAGAAAAAGGTATCCATTGAG-AACAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGC
63 TGTGAAGAAAAAGATATCCATTG-GCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAAGC
* * * * * *
16291 CTTGTTTACACACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATT-TCTT-TAC
127 CTTG-TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTGTTCT--
* ** * ** * *
16354 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGGATGTTTATGTCAAGAAATATGAAAAAAAAAGATATTC
189 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AAAAAAAAAGATATCC
** ** *
16419 ATTAATAAGA-AAACTCTG-TTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAA
253 ATTAATAAGAGAAA-TC-GATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA
* *
16482 TATTTTTATAATCTCATAATTGATTC
316 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
16508 TAAGTTTATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACCTCACTAAATG
1 TAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCT-ACTAAATG
* * *
16573 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACGCACGT-GAAAGCCT
65 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CGTCGAAAGCCT
* * ********** * * * *
16637 TATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTT
129 TGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTGTTCTATTTT
* * * **
16702 TTATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGATATCCATT
194 TTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAAAAAAAGATATCCATT
16764 GGTAAGAAAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTACTAAATGT
GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCGTCGAAAGCCTTG
TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTGTTCTATTTTTT
ATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAAAAAAAGATATCCATTAATAA
GAGAAATCGATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTT
Found at i:18047 original size:170 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 168
17366 NNNNNNNNNN
*
17376 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGGTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT
* * * * * *
17441 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAGGAAACATGAAGAAAAGATATCCATTAG
64 TTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAGATATCCATTAG
* * *
17506 TAAGAAAAGTTCATTTATAATCAGCCATGCCTTC-AACAGC
129 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGC
* ** * * *
17546 CTCATTACTTACTTTGAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT
* * * *
17611 TTTTAATAAAACAAATTATAATTAAATGCCTACATCAAGAAACGCGAAGAAAACGATATCCATTT
64 TTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACACGAAGAAAA-GATATCCA-TT
* * *
17676 A-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATGCCTTCGAAAGT
127 AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * ********** * *
17717 CTTGTTAATCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTAAATTTGTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATT
* * * * *** *
17782 TTTTACTAAAATAAATTATAATTAAATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAGATATCCATTAG
64 TTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAGATATCCATTAG
* * *
17847 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAAGC
129 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * *
17887 CTTATTAATCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTATACTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTT
* ** *
17952 TTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGCGAAGAAAAAGATATCCATTGG
65 TTTATTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACACGAAG-AAAAGATATCCATTAG
********** * *
18017 TAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCATGCCTTCAAAAGA
129 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
** * * *
18057 CTTATTACTTACTTTTAATGGCTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
18116 TANNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTT
TTATTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAGATATCCATTAGTA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
Found at i:18174 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 17376--18117 Score: 801
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 341
17366 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
17376 CTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGGTT-TTTATA
1 CTTATTAATCACTTTAAATAG-CTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTT-AAATTTGTTTACA
*
17439 TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAGGAAACATGAAGAAAAGATATCCATT
64 TTTTTTACTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAGGAAACATGAAGAAAAGATATCCATT
* * * * * * *
17504 AGTAAGAAAAGTTCATTTATAATCAGCCATGCCTTCAACAGCCTCATTACTTACTTTGAATAGTT
129 AGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCAACCATGCCTTCAACAGCCTCATTAATCACTTTAAATAGTT
* * *
17569 TTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAATAAAACAAATTATAATT
194 TTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATACTTTTTAATAAAACAAATTATAATT
* *
17634 AAATGCCTACATCAAGAAACGCGAAGAAAACGATATCCATTTATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
259 AAATGCCTACATCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
17699 TCTCATGCCTTCGAAAGT
324 ACCCATGCCTTCAAAAGA
* * * **********
17717 CTTGTTAATCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTAAATTTGTTTACATT
1 CTTATTAATCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATT
* * * **
17782 TTTTACTAAAATAAATTATAATTAAATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAGATATCCATTAG
66 TTTTACTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAGGAAACATGAAGAAAAGATATCCATTAG
* * *
17847 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAA-AGCCTTATTAATCGCTTTAAAT-GTTT
131 CAAAAAAAGTCCATTTATAATCAACCATGCCTTC-AACAGCCTCATTAATCACTTTAAATAG-TT
* * *
17910 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ACTTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
194 TTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATACTTTTTAATAAAACAAATTATAATT
* * * * **********
17974 AAATGTCTACCTCAAGAAATGCGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTC
259 AAATGCCTACATCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
18039 ACCCATGCCTTCAAAAGA
324 ACCCATGCCTTCAAAAGA
* * * * * *
18057 CTTATTACTTACTTTTAATGGCTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 CTTATTAATCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTGTTTA
18118 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 76, Indels: 9
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 142 0.44
341 176 0.55
342 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
CTTATTAATCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATT
TTTTACTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAGGAAACATGAAGAAAAGATATCCATTAG
CAAAAAAAGTCCATTTATAATCAACCATGCCTTCAACAGCCTCATTAATCACTTTAAATAGTTTT
ACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATACTTTTTAATAAAACAAATTATAATTAA
ATGCCTACATCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATGCCTTCAAAAGA
Done.