Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018400548.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3741.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 907

Length: 1512
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36


Found at i:1313 original size:171 final size:170

Alignment explanation


    Indices: 118--1512  Score: 1421
    Period size: 171  Copynumber: 8.2  Consensus size: 170

        108 TGACTATAAA

                           *        * *                             *        
        118 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA
          1 CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA

                                  *            *                        *    
        183 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
         66 CCAAAAATGT-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT

               *        *    *                        
        247 AATGAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
        129 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT

             * **        *           * *     *            *    *    *        
        289 CCTATCAATGAATACTTTTTTCTTCTTATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTCTAGTTTGTTTTAA
          1 CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA

             *                        *                                      
        354 CTAAAAATGTACAACAAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
         66 CCAAAAATGTA-AA-AAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT

                        *       *     *      *         
        419 AATAAGGCTTTTAAAGGAATCGGTG-GTAATAAGTGGACTTTT
        129 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTT

            *                          *      **  *    *           * *      *
        461 TTTGCCAATGAATG-TCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTG
          1 CTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA

             **      *           *  * *          * *           *             
        525 ATTAAAAATATAAAACAATTTGAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTT-AAGTTGA
         65 ACCAAAAATGTAAAA-AA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGA

                           *                          * 
        589 GTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCT
        127 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT

               * *       *            *       *    *  *           *   *      
        633 CTTTCTAATGAA-CCTTTTTT-TT-ACGTTTCTTGAGGTTGAAATTCAATTATAATCTATTTTAA
          1 CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA

             *       *               **                                      
        695 CAAAAAATGAACAAAGAATTCAAATCGAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT-AAGCTGAG
         66 CCAAAAATGTA-AAA-AATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAG

                          *                    *     * 
        759 TAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTCT
        128 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT

               * *        *                    * *     * *      *            
        802 CTTACTAACT-AA-AC-TTTTTCTTCATGTTTCTTGATGTAGAAAATCAATTGTAGTCTGTTTTA
          1 CTTGCCAA-TGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA

                     *             ** *         * * *                   *    
        864 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATCACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
         65 ACCAAAAATGT-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT

               *            **                        
        929 AATGAGGCTTTTGAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
        129 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT

                *   *     *          *                         *             
        971 CTTGTCAAGGAATGTTTTTTTCTTCTTGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA
          1 CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA

             *      *           * **                                  *      
       1036 CAAAAAATATAAAACAATTTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGT
         66 CCAAAAATGTAAAA-AA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT

                           *           * *            
       1101 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACCAGAAATGGACTTTT
        129 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT

                                                          *     *   *        
       1143 CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTAAATT-CAGTTTGTTTTAA
          1 CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA

             *                        *                                      
       1207 CTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
         66 CCAAAAATGTA-AAA-AATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT

                        *     *        * *            
       1272 AATAAGGCTTTTCAAGGAGTGGGTGACCAGAAATGGACTTTT
        129 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT

                         * *        *         *      *   *     *     *   *   
       1314 CTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGCCATCCAATTGTAGTCCGTTGTAA
          1 CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA

                                  *            *                      * *  * 
       1379 CCAAAAATGTAAAAAAGTTCAATTTAAAATCAATTGTG-GCATTATAAAACCATTTAATGCGACT
         66 CCAAAAATGTAAAAAA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT

               *           * *   *                    
       1443 AATGAGGCTTTTGAAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
        129 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT

                                        
       1485 CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG
          1 CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG


Statistics
Matches: 1021,  Mismatches: 178, Indels: 50
        0.82            0.14        0.04

Matches are distributed among these distances:
 168    5  0.00
 169  213  0.21
 170   63  0.06
 171  379  0.37
 172  359  0.35
 173    2  0.00

ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.37


Consensus pattern (170 bp):   
CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
Done.