Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397286.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_459.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 16369 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 3
Found at i:853022 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 852091--854158 Score: 1774
Period size: 171 Copynumber: 12.1 Consensus size: 170
852081 GCTCTAACTA
* * * * * * * ***
852091 AATGTCTATCTCAAGAAACGTAAAAAAAAAGGCATTCATAGACAAGAAAACTTTTTTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
852156 CCCATTCTTTCAAAAG-TTGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
65 CCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
852220 GTTCAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTG
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* * * * * * *
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* * *
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66 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
852388 TCAATTTTATTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTCTAATTG
131 TGAA--TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * ** * * * *
852430 ATTG-CTGCCT-TGGAAA-ATGTGTAGAAAAAGTTAATCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
1 AATGTCTACCTCAAGAAACA--TGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * * *
852492 CTCCCATCCCTTTAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGATTATACAATCTCATATTTGATTTTA
63 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
852557 AGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTACAATGG
128 AGTTGAA--TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * *
852602 AATGTTTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAACACATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** * * *
852667 CCCATTCCTTCATAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTAAG
65 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
852732 TTCAATTTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTG
130 TTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* ** * * ** **
852774 AATGCCTGTCTTAGGAAATGTGTTGAAAAAGTCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTAT-GTT
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-T
* *
852837 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
63 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
** *
852902 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAGTTG
128 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * *
852945 AATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** * *
853010 TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTCAAAATGGTTGTATACTCTCATAATTGATTTTAAG
65 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
853075 TTGAA-TGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTG
130 TTGAATTG-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * ** * *
853116 AATGTCTGCCTTAGGGAACGTGAA-ACAAAAGCTAACCATTGGCATGAGAAGTCCATTTATAGTC
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** * * * * *
853180 GCTCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGCTTTATAAACTAATAATTGATTTTAA
64 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
853245 GTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTCAAATAGACTACAATTG
129 GTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * *** * * *
853287 AATGTCGACCTTAAGAAATGGGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTACA-AAAAGTCCATTTATTGCC
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
853351 ACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTAGTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTA
64 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA
* * * * *
853415 AGATGAATT-TTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTC
128 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * ** * *
853457 AATGTCTGCCTCGAGAAAGATGAAG-AAAGGCATTCATTTGGTATTAAAAGTCTATTTATAGTTA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** ** * *
853521 CCCATTATTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTATAAG
65 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
853586 TTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAGCACACTATAAATG
130 TTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * *
853628 AATGTCAACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTGATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
853693 CTCATTTCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCA-AGATTGATTTTAA
65 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAA
* * *** *
853757 GTTCAGTTGTTTTTACATTTTCATTTAAAACAGATTATAATTG
129 GTTGAATTG-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* ** * * * * * * *
853800 AATGT-TATCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGGCTTTCATTGTCAAAAAAAAATCCATTTATGGCC
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
853864 ACTCATT-CTTCAAAAGCATTATTACTCAG-TCTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTC
64 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-
* ** * *
853927 AA-TTGAATT-TTGTTACTTTTTTCATTAAAACAGACTATAGTTA
127 AAGTTGAATTGTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * *
853970 AATGCCTACCTCATGAAACATGTAGAAAGAGCAGTTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTC
1 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCA-TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** *
854034 TCCCATTCCTTCAAAAGAATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
64 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * *
854099 GTTGAA-TGTTTATACATTTTCAGTTTAAACAGACTATAATTA
129 GTTGAATTGTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
*
854141 AATGTCTACCTTAAGAAA
1 AATGTCTACCTCAAGAAA
854159 TGTGAATAAA
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 332, Indels: 101
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 95 0.06
167 35 0.02
168 10 0.01
169 80 0.05
170 111 0.07
171 641 0.42
172 428 0.28
173 105 0.07
174 4 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
Found at i:853752 original size:854 final size:851
Alignment explanation
Indices: 852091--854170 Score: 2113
Period size: 854 Copynumber: 2.4 Consensus size: 851
852081 GCTCTAACTA
* * * * * * *
852091 AATGTCTATCTCAAGAAACGTAAAAAAAAAGGCATTCATAGACAAGAAAACTTTTTTTATAGTCA
1 AATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCA
* * * *
852156 CCCATTCTTTCAAAAG-TTGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
66 -CCATTCCTTCAAAAGCAT-TATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
852220 GTTCAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTAACTCAAGAAACGTG
129 GTTGAA-TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG
* * * * *
852285 ---AAGGCATTCATTAGTAACAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCAC
192 AAAAAAGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
852347 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTATTTTACATTTTTGG
256 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTT-GATTTT-TTTTACATTTTTGG
* * * * * * *
852411 CTAAAACA-AATTCTAATTGATTG-CTG-CCTT-GGAAAATGTGTAG-AAAAAGTTAATCATTGG
318 TTAAAACAGACTAC-AATTGAATGTC-GACCTTAAG-AAATGTGAAGAAAAAAGTCAATCATTGG
* * * * *
852471 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATCCCTTTAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGATTAT
380 AAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAATACTCCCTTTAAATGATTAT
* * * *
852536 ACAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTACAATG
445 ACAATCTCATATTAGATTTTAAGATGAA--TTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTACAATG
* * *
852601 GAATGTTTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAACACATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTC
508 CAATGTCTACCTCAAGAAAGATGAAG-AAAACACATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTC
* * ** * * * *
852666 ACCCATTCCTTCATAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTAA
572 ACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAATTTTATAATATCAAAATTGATTATAA
* * * * *** * **
852731 GTTCAATTTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGTCTTAGGAAATGTG
637 GTTCAATTTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACACACTATAAATGAATGCCAACCTGAGGAAACATG
** * * *
852796 TTGAAAAAGTCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATGTTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
702 AAGAAAAAGTCATTCATTAGGAAAAAAAGTCCATTTATGTTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTAT
* * * *
852861 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTT-T
767 TACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTCA
*
852924 TATTAAAACAGACTATAGTTG
832 T-TTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
852945 AATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
1 AATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCA
* * * * *
853010 TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTCAAAATGGTTGTATACTCTCATAATTGATTTTAAG
66 -CCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
853075 TTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGGAACGTGAA
130 TTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-A
** * * * * ** *
853140 ACAAAAGCTAACCATTGGCATGAGAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTA
193 A-AAAAGC-ATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
853205 CTAGCTTTAAATGGCTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTT
255 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * *
853270 CAAATAGACTACAATTGAATGTCGACCTTAAGAAATGGGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGTACA-
320 AAAACAGACTACAATTGAATGTCGACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTCAATCATTGG-AAAG
* * * * * * *
853333 AAAAGTCCATTTATTGCCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTAGTCCCTTTAAATGGTTTTATAA
384 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAATACTCCCTTTAAATGATTATACAA
* * * *
853398 TCTCATAATTAG-TTTTAAGATGAA-TTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTCAATG
449 TCTCAT-ATTAGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTACAATGCAATG
* * ** ** *
853461 TCTGCCTCGAGAAAGATGAAG-AAAGGCATTCATTTGGTATTAAAAGTCTATTTATAGTTACCCA
513 TCTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAACACATTCA-TTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
* ** * *
853525 TTATTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTATAAGTTGA
577 TTACTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAATTTTATAATATCAAAATTGATTATAAGTTCA
* * *
853590 ATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAGCACACTATAAATGAATGTCAACCTCGA-GAAACATGAAGA
642 ATTTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACACACTATAAATGAATGCCAACCT-GAGGAAACATGAAGA
* * *
853654 AAAA-TGCATTGATT-GGCAAAAAAAGTCTATTTATAG-TCACTCATTTCTTCAAAAACCTTATT
706 AAAAGT-CATTCATTAGG-AAAAAAAGTCCATTTAT-GTTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATT
* *
853716 ACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCA-AGATTGATTTTAAGTTCAGTTGTTTTTACATTTTCA
768 ACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTCA
*
853780 TTTAAAACAGATTATAATTG
832 TTTAAAACAGACTATAATTG
** * * * * * * * *
853800 AATG-TTATCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGGCTTTCATTGTCAAAAAAAAATCCATTTATGGCC
1 AATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGAC-AAGAAAAATCTATTTATAGTC
* * *
853864 ACTCATT-CTTCAAAAGCATTATTACTCAGTCTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCA
65 AC-CATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A
* ** * * * * * *
853928 A-TTGAATTTTGTTACTTTTTTCATTAAAACAGACTATAGTTAAATGCCTACCTCATGAAACATG
128 AGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG
* * * ** *
853992 TAGAAAGAGCAGTTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGAATAAT
192 -A-AAAAAGCA-TTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * **
854057 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTATACATTTTCAG
253 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGG
* * * * *
854122 TTTAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAATAAAAA
318 TTAAAACAGACTACAATTGAATGTCGACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAA
854171 GGTTAAATAT
Statistics
Matches: 998, Mismatches: 196, Indels: 64
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
853 65 0.07
854 599 0.60
855 109 0.11
856 1 0.00
857 28 0.03
858 106 0.11
859 90 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (851 bp):
AATGTTTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCA
CCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAAA
AAGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
GACTACAATTGAATGTCGACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTCAATCATTGGAAAGAAAAGTC
CATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAATACTCCCTTTAAATGATTATACAATCTCATA
TTAGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTACAATGCAATGTCTACCTC
AAGAAAGATGAAGAAAACACATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAA
AAGCCTTATTACTCAATTTAAATAATTTTATAATATCAAAATTGATTATAAGTTCAATTTTTTTT
ATATTTCTAGTTAAAACACACTATAAATGAATGCCAACCTGAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
CATTAGGAAAAAAAGTCCATTTATGTTCACTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTCATTTAAAACAGACTA
TAATTG
Found at i:853888 original size:683 final size:674
Alignment explanation
Indices: 852146--854164 Score: 2008
Period size: 683 Copynumber: 3.0 Consensus size: 674
852136 GAAAACTTTT
* * * *
852146 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG-TTGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
1 TTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
852210 TTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATATCTAA-CT
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-AACCT
* * * * * * *
852274 CAAGAAACGTGAAG------GCATTCATTAGTAACAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTC
129 CAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC
* * * *
852333 AAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTA
194 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATTATCTC-AAATTGATTTTAAGTTC-ATTGT-
* * * * * *
852397 TTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTCTAATTGATTGCTGCCTTGGAAA-ATGTGTAGAAAAAG-
255 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTGCCTTGGAAAGA--TGAAGAAAAAGC
* * * * * *
852460 TTAATCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATCCCTTTAAAAGCCTTAATACTCGCTT
318 TT--TCATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTT
* *
852525 TAAATGATTATACAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
380 TAAATGTTTATA-AA-CTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* *
852590 AGACTACAATGGAATGTTTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAACA-CATTCATTGGTAAAAAAAGT
441 AGACTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGT-AAAAAAGT
* * * * * *
852654 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCATAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATTATCTTAA
504 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
852719 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGTC
569 AATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCC
* * *
852784 TTAGGAAATGTGTTGAAAAAGTCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCA
632 TGAGGAAA--TGATGAAAAAGGCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCA
*
852829 TTTAT-GTT-CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 TTTATAGTTAC-C-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* **
852892 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAGTTGAATGTTTACC
64 ATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACC
* *
852955 TCAAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATTCCT
128 TCAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATTCCT
* ** * * * *
853019 TCAAAAGCCTTATTGCTCACTCAAAATGGTTGTA-TACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT
192 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTA-TCTCA-AATTGATTTTAAGTTCATTGT
* ** *
853083 TTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGGAACG-TGAA-ACAAAA
255 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TGCCTT--GGAAAGATGAAGA-AAAA
** * * * * *
853146 GCTAACCATTGGC-ATGAGAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTAGC
316 GCT-TTCATT-GCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGC
* *
853210 TTTAAATGGCTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTCAAAT
378 TTTAAAT-G-TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * **
853275 AGACTACAATTGAATGTCGACCTTAAGAAATGGGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTACAAAAAGTC
441 AGACTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA-AAAAAGTC
* * * * * * *
853340 CATTTATTGCCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTAGTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
505 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
853405 ATT-AGTTTTAAGATGAATTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTGCCTC
570 ATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCT-
* ** *
853469 GA-GAAA-GATGAAGAAAGGCATTCATTTGGTATTAAAAGTCTA
633 GAGGAAATGATGAA-AAAGGCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCA
* ** *
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* * * * * * *
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* *
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131 AGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
*
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*** **
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259 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTGCCTTG-GAAAGATGAAGAAAAA-GCTTTC
* * * * * * *
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* * * * * ** *
853900 AGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTGAATTTTGTTACTTTTTTCATTAAAACAGACTA
385 -G-TTTATAAACTCATAATTGATTTT-AAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTA
* * * * * * * *
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447 CAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGCA-TTCATTG-GTAA-AAAAGTCTATT
* * * *
854027 TATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGAATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
509 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** * * * * *
854092 ATTTTAAGTTGAATGTTTATACATTTTCAGTTTAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGA
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Statistics
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Consensus pattern (674 bp):
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TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
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ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTGCCTTGGAAAGATGAAGAAAAAGCTTTCATTG
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AAACTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTACAATTGAAT
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GCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCA
Found at i:854177 original size:35 final size:35
Alignment explanation
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854128 CAGACTATAA
* *
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1 TTAAATATCTACCTTAAGAAACGTGAATAAAAAGG
854208 CATTCATTGG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
35 33 1.00
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Consensus pattern (35 bp):
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Done.