Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397583.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4687.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6077
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Warning! 375 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:308 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--4760 Score: 3541
Period size: 171 Copynumber: 27.8 Consensus size: 171
* * * * **
1 TTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGTGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* ** * ********** *
66 CATGAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCAAAAGCT
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
131 TTATTACTCGTTTTAAATAGTATTATAATCTCGTAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * * * * **
172 TTTAAGGAGAATTTTTTCACATTTTCAGTTAAAACAGACCATAATTGAATGTTTACATCCAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * * *
237 TGTGAAGAACAAGGCATTCAATGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCATAAGCC
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
302 TTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** * * *
343 TTTAAAG-TGAATTTTTTTACACTTTGGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTTCCTTAAGAA
1 TTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * * * * * * ** *
407 ACATGAAGGAAAAGCCATCCATTGGTACA-AAAGGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCAAAAG
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * ********** * *
471 CCTTATAACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAAACTAATAATTGAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
514 TTTAAGTTAAATTTGTTTTTAAATTTTTAGTCAAAACAGACTATAATTGAAATGTCTACCTTAAG
1 TTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG-AATGTCTACCTTAAG
* * * * * * * * *
579 AAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGACAATAAAATTTCATTTATATTTACCCGTTCCTTCAAAA
63 AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
********** *
644 GCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTAAAATCTCATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** * * * * *
688 TTTTAGTTGAATTTTCATACATTTTTCA-TTAAAAAAGAATAAAATTGAATGTCTGCCTGAAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * * * * **********
752 ACATGTAGAAAAAGTCATCCATTAGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCNNNNNNNNNNAAAAG
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
816 CCTTATTACTCGCTTT-AATCGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * * * * *
859 TTTAAGTTGAATAGTTATACATATTTT-CTTTAAACAGATTATGATTGAATGTCTACTTTAAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * * *
923 ACGTGATGAAGAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTGATAGTCACTCCA-ACCTTCAAAAG
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAG
** * * * *
987 CCTTATTACTTACTTTTAAATGGCTTTATAAACTAACAATTGAT
129 CCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
1031 TTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTTTAAGTGAATATCTACCTCT-AG
1 TTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAAG
* * * ** *
1095 AAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAATA
63 AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* *
1160 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
1204 TTGATA-TTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAACTGAATGTCTACCTCT-AG
1 TTTA-AGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAAG
* * * ********** *
1267 AAACATGAA-AAGAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTTAAA
63 AAACGTGAAGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
1331 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAGTCTCATAATT-ATT
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
* * * * * * ** *
1376 TTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATG-CTGCCTTGGGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* ** * * * * * ** ** *
1440 CATGAAGTCAAAGCCATCCATTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGTTACTTAGGCCTTCGAAAGCC
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* *
1505 TTATTACCTACG--TTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGAA
131 TTATTA-CT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** *
1546 TTTAAGTTGAGTTTTTCTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATG-CTTGTCTTAGGA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGA
* * * * * *
1609 AACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGTG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCCCGCCATTCCATCAAA
64 AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAA
*
1673 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * *
1718 TTTAAGTAGAAATTTTCTACATTTTTGGCTAAAA-AGGCTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAGA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA-A
* * * * * * * ** **
1781 ACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGACACGAAAAGTCTATTTATAGTTACTTAAGCCTTCAAAAGC
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * *****
1846 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTCATAATCTCA-AANNNNNN
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGAT
**** * ** * * **
1888 NNNNAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTTTGGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
** ** * * *
1953 CGTGAA-AAAAAAACATTCATTGATAA-AAACAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAGAAGG
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
2016 TTTACTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * **
2058 TTGAGGTT-AATTTTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTGCCTCGAG
1 TTTAAGTTGAA--TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
* * * * * * *
2121 AAACGTCAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATGGTCTCTCATTCCTTCAAAA
63 AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
********** * *
2186 GCCTTANNNNNNNNNNTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
2230 TTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATG-TTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * * * * * *
2293 ACATGATGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAAGTCTATTTAGAGTCACCTATTCCTTTAAAAG
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
2358 CCTTATTATTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATT-AGT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
* * * * * * * * * *
2401 TTTAAGGTGAATTCTTTCACATTTTTATTTGAAACAAACTATACTTAAATGTCTGCCTTGAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
** * * * * *
2466 TATGAAGAAAAAGACATTTAATGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
** * * *
2531 TTATTACTCGAGTAAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * * * *
2572 TTTAAGTTGAATCGTTTTT-CATTTTTGGTTAAAAAAGGTTATAACTGAATGTCTGCTTTAGGGA
1 TTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * * * ** * *
2636 ACGTTGAAGCCACAAGG-ATCCA-TGGCATGAAACGT-CA-TTATAGTCCATTCA-GCCTTCGAA
65 ACG-TGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCCATTCCTTCAAA
* * *
2696 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGAT
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
2741 TTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTTAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * ** ** *
2805 CATGAAGAAAAAGACATTCATTTTCAA-ATAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGA
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
2869 CTTATTACTC-ATTCTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGAT
130 CTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** *
2911 TTTAAGGT-AGATTTTTTCATATTTTTAGTTAAAACAGACTATGTTTGAATGTCTTCCTTAAGAA
1 TTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * ** * * *
2975 ATGTGAAG-AAAAGGCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTTATTCCCTCGAAAGT
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
3039 CTTATTACTCACATTAAATGGTTCTATAATCTCAAAACTGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * * ** *
3081 TTTTATTTCAATTTTTTTATATTTTTTGTGAAAGA-AGGCTACAATTGAATGTCTGCCTTGGGGA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * * ** *
3145 ACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCATA-AAAAGTCTATTTATAGTC-CCTCAAGCCTTCGAAA
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAA
* * ** * * * *
3208 GCCTTATTACTTGCCTTAAATGCCTTTATAAACTAATACTTAAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
3252 TTTGAGTTGAATTTTTTTAAATATTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
** * * ** * * * * *
3317 TATGAAGAAAAAGGCATTTACTAACAAAAAAAGAT-CATTTATTGCCACCTATTCCTTCAAAGGC
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
*
3381 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
3423 TTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTTAATGTCTACCTTAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * *
3488 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCGAACGCC
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
3553 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATTTCAAAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
3594 TTTAAGTTAAATTTTTATTATATTTTTTGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGCCTGCCTT-GGAG
1 TTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA-
* * * * * * * ** *
3658 AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACACA-AAACGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
64 AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
3722 GCCTTATTACGCGCTTTAATTGGTTTTGTAAACTAATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
3766 TTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * *
3830 CGTTAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGAC
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
3895 TTATAACCCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAC
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
3936 TTGAAGTTGAATTTTTTTTTAGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGAG
1 TTTAAGTTGAA--TTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
* * * *
4001 AAACGTGAAAAAAAAAGGCATTCATTGG-TAGCAAAAGTCCATTTATATTCACTCATTCCTTCAA
63 AAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
4065 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
126 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * **
4111 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTCTAATTGAATGTTTATCTCGAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * *** * *
4176 CAG-GTAA-ACAAAGCCATCCATTAGG-AACAAAAGTCCATTTATA-TGCTTTCATTTCTTGAAA
66 C-GTG-AAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCCATTCCTTCAAA
* *
4237 AGCCTTTTTACTCGCTTTACAA-GGTTTTATAATCTCGTAATTGAT
127 AGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** * * *
4282 TTT-AGTTGAAGTTTTCAACATTTTTCA-TTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
* * * * *
4345 ACATGATGAAAAAGGGATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTTCCTTTC-AAAG
65 ACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAG
** * * * *
4409 CCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTACAATCTTATAGTTGAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
4452 TTTAAGGTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTTTGCCTTAAAAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * * * *
4517 TGTGAAGAAAAAGACATTCAATGGCGATAAAAGTACATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCC
66 CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
4582 TTATTATTCACGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * * ** *
4623 TTTAAGTTGAAGTTTTTTAAATTTTTGGATAAAAAAGGCTCTAATTGAATGTCTGCATTGGGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
* * * * ** ** *
4688 CATGAAGCAAAAA-CCATCCATTGGCACA-AAAGGTCCATTTATAGTCATTCACACCTTCGAAAG
66 CGTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
4751 CCTTATTACT
129 CCTTATTACT
4761 TGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 3580, Mismatches: 897, Indels: 224
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 10 0.00
168 42 0.01
169 97 0.03
170 781 0.22
171 1588 0.44
172 620 0.17
173 101 0.03
174 240 0.07
175 97 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
CGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
Found at i:5963 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5758--6073 Score: 428
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
5748 TATTACTTGC
*
5758 TTTAAATTGCTTTATAAACTAATAATTAATTTTAAGTTAAAT-TGTTTTAAATTTTTGGTT-AAA
1 TTTAAATGGCTTTATAAACTAATAATTAATTTTAAGTTAAATGTGTTTTAAATTTTTGGTTCAAA
* * *
5821 ACAGACTT-TAAATGAATGTCTACC-TCATGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGTAA
66 A-AGA-TTATAAATAAATGTCTACCTTCA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAA
5884 AGTC-CATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCGTATTGCTCAA
128 AG-CACATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCGTATTGCTCAA
* * * *
5929 TTTAAATGGTTTTATAATCTGAA-AATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTTATATTTTTGGTTCAA
1 TTTAAATGGCTTTATAAACT-AATAATTAATTTTAAGTTAAATGTGTTTTAAATTTTTGGTTCAA
* * * *
5993 GAAGATTATAACTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAG
65 AAAGATTATAAATAAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAG
*
6058 CACATTTATATTCACC
130 CACATTTATAATCACC
6074 GATT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 13, Indels: 11
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 39 0.31
172 82 0.65
173 5 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAATGGCTTTATAAACTAATAATTAATTTTAAGTTAAATGTGTTTTAAATTTTTGGTTCAAA
AAGATTATAAATAAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGC
ACATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCGTATTGCTCAA
Done.