Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400565.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3758.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6098
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 1226 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1058 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 765--2446 Score: 1605
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 172
755 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
765 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATA
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATT
* * *
830 ATTATCT-GTTTTAATGAAACACGTTAAAAAAATT-AA-TCTAAAATCAATTATGAGATTACT-A
66 ATTATCTAGTTTTAATAAAAAATG-TAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA-TAA
*
891 AAACATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACT
128 AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACT
* * *
936 ATAAATGAACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATT
* * * * ** * *
1001 ACTATTTATTTTTAA-AAAAAATGTTAAAAAATTCGTCATAAAATCTATTATGAGATTATAAAAA
66 ATTATCTAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * ** *
1065 CATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATAGGTGACT
131 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACT
* * * * * *
1107 ATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTC-TCTTTTTCTAAGGCAGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGCAGACATTCAAT
* * *
1171 TATTATCT-GTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAA
65 TATTATCTAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
1235 ATATTTAGAA-CTAGTAAAAATGCTTTTGAA-AGCGTGCGTGACT
130 ACATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGGGTGACT
* * * * * * * * * *
1278 ATAAGTGAACTTTTCTTGACAATGAATATCTTATTCTTCATGTTTCCCAAAGTAGACATTTAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATT
* * * * **
1343 ATAATCTA-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTGTAAAGC
66 ATTATCTAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* **
1407 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACT
131 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACT
* * * * * * *
1449 ATAAATGGACATTTCTTATCAAATGGATATCTTTCTCTTCATATTTCTCGAGG-TGAACATACAA
1 ATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAG-ACATTCAA
* * * * * * *
1513 TTATAATCT-GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATAAATTATAAGAATATAAA
64 TTATTATCTAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
1577 AATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGCATGCGTGAAT
129 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGGGTGACT
** * * * **
1621 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGTTAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATT
* * *
1686 ATTATTTA-TTTTAGCT-AAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
66 ATTATCTAGTTTTA-ATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* ** * *
1749 ATATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGA-ATGAGTGACT
130 ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGACATGGGTGACT
* * *** * *
1792 ATAGATGGACTTTTATTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCCCATTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATT
* * * *
1857 ATAATCT-GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAA
66 ATTATCTAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * * * *
1921 TATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTT-AAAAGCATGGGAGACT
131 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CATGGGTGACT
* *
1963 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG-TATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATA
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATT
* * ** *
2027 ATTATC-AGTTTTAATGAAACATGCCAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
66 ATTATCTAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * ********
2091 CA-TTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATNNNNNNNN
131 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACT
** * *
2132 NNAAATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATT
* * ** * * *******
2197 ATTATTTA-TTTTAATGAAAAATACAAAACAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNN
66 ATTATCTAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
*** * * * * * *
2261 NNNTTAAAGCAAGTAAAAAGCCTTTTAAAGGCATGAGTGACT
131 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACT
* *
2303 ATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-T-GTTAGGCAGACATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCG--AGGCAGACATTCAA
* * * * * * *
2366 TAATTATC-AGTTTTAATGAAACACGTGAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
64 TTATTATCTAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
2430 AACATTTAAAGCGAGTA
129 AACATTTAAAGCGAGTA
2447 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1221, Mismatches: 257, Indels: 66
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 49 0.04
170 202 0.17
171 815 0.67
172 154 0.13
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATT
ATTATCTAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACT
Found at i:1739 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 854--2446 Score: 1599
Period size: 514 Copynumber: 3.1 Consensus size: 508
844 TGAAACACGT
*
854 TAAAAAAATTAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTACTAAAACATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
918 TTGAAGACATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
64 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * *
983 CAAGGCAGACATTCAATTACTATTTATTTTTAA-AAAAAATGTTAAAAAATTCGTCA--TAAAAT
129 CGAGGCAGACATTCAATTA-TATCT-GTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT--TAATTTAAAAT
* * * * *
1045 CTATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATA
190 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGAATATA
* * * * * *
1110 AATAGACTTTTCTTTCCAATGAATATCTTTTTCTTCTCTTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATT
254 AATGGACTTTTCTTT-CAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATT
* * * * *
1175 ATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAATATT
318 ATTTATTTTAATCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATT
* * * ** * *
1240 TAGAACT-AGTAAAAATGCTTTTGAAAGCGTGCGTGACTATA-AGTGAACTTTTCTTGACAATGA
383 TA-AAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAGA-TGAACTTTTATTGACAATGA
** *
1303 ATATCTTATTCTTCATGTTTCCCAAAGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
446 ATATCTTATTCTTCACATTTCCCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
* * *
1366 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTGTAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
1431 TCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTATCAAATGGATATCTTTCTCTTCATATTTC
64 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * *
1496 TCGAGG-TGAACATACAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATA
128 TCGAGGCAG-ACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATC
* * * * *
1560 AATTATAAGAATATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGCGTGAATATAA
191 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG-GTGAATATAA
**
1625 ATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGTTAGACATTCAATTATTA
255 ATGGACTTTTCTT-TCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATTA
*
1690 TTTATTTT-AGCTAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATT
319 TTTATTTTAATC-AAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATT
* * * *
1754 TAAAATGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAGATGGACTTTTATTGCCAATGGAT
383 TAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAGATGAACTTTTATTGACAATGAAT
* * *** * *
1819 ATCTTTTTCTTCCCATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
448 ATCTTATTCTTCACATTTCCCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
* * * *
1880 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGACTT
1 TAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
1945 TTAAAAGCATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG-TATCTTTTTCTTCATGTTTCT
64 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * ** *
2009 TGAGGCAGACATTCAATAATTATCAGTTTTAATGAAACATGCCAAAAAATTCAATTTAAAATCAA
129 CGAGGCAGACATTCAATTA-TATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAA
* *********
2074 TTATGAGATTATAAAAACA-TTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATNNNNNNNNNNAAAT
193 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGAATATAAAT
* * * * * *
2138 GGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATTATT
257 GGACTTTTCTT-TCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATTATT
* * * * **********
2203 TATTTTAATGAAAAATACAAAACAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAA
321 TATTTTAATCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAA
*** * * * * * * *
2268 AGCAAGTAAAAAGCCTTT-TAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATAT
386 AATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAA-GAATGAGTGACTATAGATGAACTTTTATTGACAATGAATAT
* ** **** * * * * * * **
2332 CTTTTTCTTCATGTTTTGTTAGGCAGACATTCAATAATTATC-AGTTTTAATGAAACACG
450 CTTATTCTTCACATTTCCCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAATAAAAAATA
* *
2391 TGAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTA
1 T-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTA
2447 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 893, Mismatches: 165, Indels: 47
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 274 0.31
512 107 0.12
513 95 0.11
514 407 0.46
515 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
TAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCG
AGGCAGACATTCAATTATATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTGAATATAAATGGAC
TTTTCTTTCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATTATTTATTT
TAATCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGA
GTAAAAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAGATGAACTTTTATTGACAATGAATATCTTATT
CTTCACATTTCCCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA
Found at i:3582 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3266--6096 Score: 2681
Period size: 171 Copynumber: 16.6 Consensus size: 170
3256 NNNNNNNNNA
** ** * *
3266 TATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCTTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAACG
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * * * *
3331 AACTTTTCTTGTCAATGGGTATCTTTTTCTTTATGTTT-ATCAAGGTAAATATACAATTATAATC
66 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAAACATTCAATTATTATC
* * *
3395 TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAAT
130 TGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
3437 TATAAGATTATAAAAATAATTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGAATATAAATG
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * ** * * *
3502 GACTTTCCTTGTCAGTGGACATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAATTAAACATTTAATTGTTATTT
66 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATCT
*
3567 ATTTTAACTAAAAATA-AAAAAAA-TCAACTTAAAATCAAT
131 GTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** * * * *
3606 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAGGGCTTCCGAAGGCATAGGTGACTATAGATG
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * * *
3671 GACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAATGCAGACATTTAATAATTATCT
66 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATCT
* ** *
3736 GTTTTAATGAAACACGTAAAAAAATTTAA-TCTAAAATCAAT
131 GTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAAT
* * * *
3777 TATGAAATTATAAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAAAT
1 TATGAGATTAT-AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * *
3842 GGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATATTT-CTGAGGTAGACATTCAATTATTATT
65 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATC
* * * *
3906 TATTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCGACTTAAAATCAAT
130 TGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
3948 TATGAGATTAT-ATAATAATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCAGGGGTGACTATAAAT
1 TATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * **
4012 AGACTTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTCCA--TTTCCTGAGGCAGGCATTCAATTATTA
65 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC-TT-CATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTA
* * * * * *
4075 TTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCCAT
128 TCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * ** ** *
4119 TATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCTAGTAAAAAAGTTTTTAAAGGTGTGGGTGACTATAAATA
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * *
4184 GACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACCTTCAATTATAATCT
66 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATCT
* * *
4249 GTTTTAAAAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAAA
131 GTTTTAATAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** * *
4289 TATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * *
4354 AACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGTAAACATAT-AATTATAAT
66 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAAACAT-TCAATTATTAT
* * * *
4417 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTTAA-TCTAAAATTAAG
129 CTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAAT
* * *
4460 TATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAAATATAAATG
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* ** *
4525 GACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGCTAAACATTCAATTATTATCT
66 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATCT
* * * *
4590 GTTTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAAGTTAAAATCAAT
131 GTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * ** * * * * * * * *
4631 TACGAAATTCTAAAACCATTTTAGGCGCGTAATAAGACTTTTGAAGACCTAGGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * * * * *
4696 AACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTTCTTTAGGTTTTCCT-AGGCAAACATTCAGTTACTAT
66 GACTTTTCTTGCCAATGGAT-ATCTTTTTCTTCATG-TTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTAT
* * * * *
4760 -TTTTGTTAATTAAAAATGTAAAAATATTCAGCTTGAAATCAAT
129 CTGTT-TTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** *
4803 GATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
4868 GGCTTTTCTTGCCAATGAATA-CGTTTTTCTTCACAG-TTCTTGAGGTAAATATTCAATTATAAT
66 GACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTTCTTCA-TGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTAT
* * * * * * *
4931 CTATTTTAACAAAAAAACATAAACAAATTGAACCTAAAATCAAA
129 CTGTTTT-A-ATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *** * *
4975 TACGAGATTATAAAGCCATTTACAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * **
5040 GCCTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAACTACAATC
66 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAAACATTCAATTATTATC
*
5104 TGTTTTAA-AAAATATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAAT
130 TGTTTTAATAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
** *
5145 TATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTAATGGGTGATTATAAAT
1 TATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * * *
5209 GGACTTTTCCTGCCAACGAATATCTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCAATTATAATC
65 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATC
5274 TGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
130 TGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
5315 TATGACATTAT-AAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGCCATTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * ** * * *
5379 GACTTTTCTTGTCAGTGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCT
66 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATCT
*
5444 GTTTTAATAAAAAATATAAAAACTATTCAACTTAAAATCAAT
131 GTTTTAAT-AAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * ** *
5486 TATAAGATTAT-AAAATCATTTAAATCTAGTAATAAGGCTTTCAAAACCATGGATGACTATAAAT
1 TATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
5550 GGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCAGGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATAATTATT
65 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATC
*** * *
5615 TGTTTTAA-AGAAACACGCAAAACAATTCAATTTAAAATCAAT
130 TGTTTTAATA-AAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * ** *
5657 TATAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * *
5722 GACTTGTT-TTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATTATT
66 GACTT-TTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATC
* * * *
5786 TATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTC-ACTTAAAATCAAT
130 TGTTTTAA-TAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * * * * *
5828 TACGAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATA
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * * * *
5893 CACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTCCTATTTTCTAAGGTAGATATTCAATTATTATCT
66 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATCT
* * * * * *
5958 GTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAAATTAAATTTAAAATCCAT
131 GTTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * **
6000 TATGAGATTATAAAAATATTT-AA-CTTAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGTGTGGGTGACTATAAAT
1 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* *
6063 GGACTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCA
65 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCA
6097 CA
Statistics
Matches: 2196, Mismatches: 408, Indels: 112
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 246 0.11
170 431 0.20
171 996 0.45
172 513 0.23
173 9 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATTATCT
GTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
Found at i:4674 original size:683 final size:681
Alignment explanation
Indices: 3266--6094 Score: 2802
Period size: 683 Copynumber: 4.1 Consensus size: 681
3256 NNNNNNNNNA
* * ** * ** *
3266 TATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCTTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAACG
1 TATGAAATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
** ** * * * * *
3331 AACTTTTCTTGTCAATGGGTATCTTTTTCTTT--ATGTTTATCAAGGTAAATATACAATTATAAT
65 -ACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTTCCAT-TTCCT-GAGGCAAACATTCAATTATTAT
* * * * * * *
3394 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAATAATTA
127 -TTTTTTAATAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTA
* ** * * * * * *
3459 AAG-TGAGT-AATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTCCTTGTCAGTGGAC
191 AAGCT-AGTAAAAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
** * * * * *
3522 ATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAATTAAACATTTAATTGTTATTTATTTTAACTAAAAA-TAAAA
254 ATCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAGTAAAA
* * ** * **
3586 AAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAGGGCTTCCGA
319 AAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGA
* *
3650 AGGCAT-AGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
384 AGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
* * * * * **
3714 TGCAGACATTTAATAATTATCTGTTTTAATGAAACACGTA-AAAAAATTT-AATCTAAAATCAAT
448 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAA-AAATATAAAAAATTTCAATCTAAAATCAAT
* * *
3777 TATGAA-ATTATAAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAAA
511 TAT-AAGATTAT-AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
3841 TGGACTTTTCTTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCATATTT-CTGAGGTAGACATTCAATTATTAT
574 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTAT
* * * *
3905 TTATTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCGACTTAAAATCAAT
639 CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
3948 TATGAGATTATATAATA-ATTTAAAGCGAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCAGGGGTGACTATAAAT
1 TATGAAATTATA-AA-ACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * **
4012 AGACTTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTCCATTTCCTGAGGCAGGCATTCAATTATTATT
64 -GACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTTCCATTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTATT
** * * *
4077 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAACATTTAA
128 T-TTTTAATAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAA
* * ** *
4142 AGCTAGTAAAAAAGTTTTTAAAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
192 AGCTAGTAAAAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* *
4207 TTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACCTTCAATTATAATCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAA
257 TTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAA-GTAAAAAA
*
4271 AATT-AACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAG
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* *
4335 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTCATGTTTC-TAGAGG
386 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGG
* * * *
4399 TAAACATAT-AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTTAATCTAAAATTAAGTAT
450 CAAACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTCAATCTAAAATCAATTAT
* *
4463 AAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAAATATAAATGGAC
514 AAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
4528 TTTTCTTGCCAAT-AGATATCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGCTAAACATTCAATTATTATCTGT
579 TTTTCTTGCCAATGA-ATATCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGT
* * *
4592 TTTAACCAAAAATGTATAAAAATTCAAGTTAAAATCAAT
643 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * * *
4631 TACGAAATTCTAAAACCATTTTAGGCGCGTAATAAGACTTTTGAAGACCTAGGTGACTATAAATG
1 TATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * *** * *
4696 AACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTTCTTTAGGTTTTCCT-AGGCAAACATTCAGTTACTAT
65 -ACTTTTCTTGTCAATGAAT-ATCTTTTTCTTT-CCATTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTAT
* * * * * * *
4760 TTTTGTTAATTAAAAATGTAAAAATA-TTCAGCTTGAAATCAATGATGAGATTATAAAACCATTT
127 TTTT-TTAATAAAAAATATAAAAA-ACTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTT
* * * *
4824 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATA
190 AAAGCTAGTAAAAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* ** * **
4889 -CGTTTTTCTTCACAG-TTCTTGAGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAACATA
255 TC-TTTTTCTTCA-TGTTTCCCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAGTA-A
* * * * * * * * *
4952 AACAAATTGAACCTAAAATCAAATACGAGATTATAAAGCCATTTACAGCAAGTAATAAGGCTTTC
317 AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTA
* * * *
5017 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGCCTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
382 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTA
* * * * *
5082 AGGTAGACATTCAACTACAATCTGTTTTAA-AAAATATATAAACAAA-TTCAA-CTTAAAATCAA
447 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA-AAATTTCAATC-TAAAATCAA
* ** *
5144 TTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTAATGGGTGATTATAAA
510 TTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * ** * * *
5208 TGGACTTTTCCTGCCAACGAATATCTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCAATTATAAT
574 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTAT
*
5273 CTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
639 CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
5315 TATGACATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGCCATTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
1 TATGAAATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-G
* * * * * *
5380 ACTTTTCTTGTCAGTGGATATCTTTTTC-TTCACATTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCT
65 ACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTTC-CATTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTAT-T
* *
5444 GTTTTAATAAAAAATAT-AAAAACTATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTA
128 TTTTTAATAAAAAATATAAAAAAC--TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTA
* * * ** * *
5508 AATCTAGTAATAAGGCTTTCAAAACCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-AGATA
191 AAGCTAGTAAAAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATA
* * * * * * * * * *
5572 TCTTTTTCTTCAGGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATAATTATTTGTTTTAA-AGAAACACG-CAA
255 TCTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACA-AAA-AAGTAAA
* * * * * *
5635 AACAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTT
318 AAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT
* *
5699 A-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTGTT-TTGCCACTGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
381 AGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * ** * *
5762 TAAAGCAAACATTCAATTATTATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTCACT-TAAAATCA
445 TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AATTTCAATCTAAAATCA
** ** * * * *
5826 ATTACGAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAAAAAGCCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAA
509 ATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
** * * * *
5891 TACACTTTTCTTCCCAATGAATATCTTTTTCTTC-CTATTTTCTAAGGTAGATATTCAATTATTA
574 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAC-ATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTA
* * * * *
5955 TCTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAAATTAAATTTAAAATCCAT
638 TCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * **
6000 TATGAGATTATAAAA-ATATTTAA-CTTAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGTGTGGGTGACTATAAAT
1 TATGAAATTATAAAACAT-TTAAAGC-GAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* *
6063 GGACTTTTCTT-ACTAATGGATATCTTTTTCTT
64 -GACTTTTCTTGTC-AATGAATATCTTTTTCTT
6095 CACA
Statistics
Matches: 1776, Mismatches: 307, Indels: 124
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 21 0.01
682 493 0.28
683 618 0.35
684 250 0.14
685 255 0.14
686 137 0.08
687 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (681 bp):
TATGAAATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA
CTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTTCCATTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATTATTTTT
TTAATAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCT
AGTAAAAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
TCTTCATGTTTCCCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAGTAAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTCAATCTAAAATCAATTATAAGATTA
TAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
Done.