Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400592.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3785.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2865
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Warning! 93 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:649 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 468--2853 Score: 2240
Period size: 171 Copynumber: 14.0 Consensus size: 170
458 NNNNNNNNNN
* *
468 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAAT-AACTGC
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGG
* * * * * * * *
532 ATTTTTCTACACGTGTTCAATGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATATAAAAA
65 GTTTTTCTTCATGTTTTCAA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
* *
597 AATTTAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* ** * *
639 AGATAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTAGGGTGACTATAAAGGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGG
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
* * * * ********
704 CTTTTCTTCATGTGTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAANNNNNNNNNN
66 TTTTTCTTCATGT-TTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA--ATATAAAA
** * * * *
768 CTATTCAGCTTAAAATCAATTATGGGACTACAAAACTATTTAA
128 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
811 AGTGAGTAATAAAGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTTGCCAATGAATGG
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGC-TTTTCTTGCCAATGAATGG
* ***********
876 GTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAANNNNNNNNNNN
65 GTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
******** * *
941 NNNNNNNNTTAAAATTAATTATGAGATGATAAAACTATTTAA
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * *
983 AGAGAGTAATAAGG-TTGTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GTCTTTTCTTTCCAACGAATGG
1 AGAGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * *
1046 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACTAACATTCAATTATAATCTGTTTTATCGAAAAATGTAAAAA
65 GTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * *
1111 AACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
1153 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAGTGACCATAAATGGGCTTTGCTTGCCAATGAATTG
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
* *
1217 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCTAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAA
65 GTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
* ** * * ** *
1282 AATTGAACCAAAAATCAATTTTAAGGCTACAAAA-TCATTTAA
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAA
* ** * *
1324 AGA-AGGCAATAAGGCTTACGAAGGCTTAGGTGACTATAAAAGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
1 AGAGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
* *
1388 GTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAC
65 GTTTTTCTTCATGTTTT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * *
1453 AACTCTACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAA
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
1495 AAAGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGC-TTGAGTGACCATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTG
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * *
1559 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTGACTAAAACTATAAAAA
65 GTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * * * ** *
1624 AATTAAACCTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAA
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * *
1666 AGAG-GATAATAAGGCTTCCGAAGGCTTAT-TTGACTATTAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG
1 AGAGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-TGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * *
1729 GGTTTTTATTCATGTTTTCTAAGGAAAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATGAAA
64 GGTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
** * * *
1794 ATCTTCAACTTAAAATCAATTATGAAATCATAAAACCATTTAA
128 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * ** * *
1837 AGAGAGTAATAAAGCTGTTGAA-GCTTTGGGTGACTATAAAT-ATCTTTTCTTACCAACGAATGG
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * *
1900 ATTTTTCTCCATATTTCTTAAGGCTAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATTGAAAAATATAAAA
65 GTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAA
* * *
1964 AAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
128 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* ** * * * **
2007 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAC-TTGGATGACCATAAATGGGCTTTGCTTGCCAATGAATTA
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * *
2071 GTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA
65 GTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * * **
2136 AATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACTATTTAA
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * *
2178 AGAGGGTAATAAGGATTCTGAAGGCTTAGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGG
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
* * *
2243 TTCTTT-TTCATGTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAACTA-AAAAAA
66 TT-TTTCTTCATGTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * *
2306 A-TAAACTTAAAATCAATTTTAAG-TCCATAAAA-TAGTTTAA
130 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACTA-TTTAA
* *
2346 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTTCGGTGAATATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * *
2410 GTTTTTCTTCATGTGTTCCTTA-GCAAACGTGCAATTATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
65 GTTTTTCTTCATGT-TTTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
* * ** *
2474 AAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTGAACAATTTAA
128 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *******
2517 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAGTTNNNNNN
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
**** * * * * *
2582 NNNNTCTTCATGTTTCACAAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAA
66 TTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAA
* * ********** * *
2647 AACTCAACTTAAAATCAATTTTNNNNNNNNNNAACCATTGAA
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * **
2689 AAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTGTAAATAGGCTTTTCTTGCCAGTTAATTAG
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
* * *
2754 TTTTTCTTCATGTTTCACAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTATAAAAAA
66 TTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAA
* *
2819 AACTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
2854 CATTGAAAAA
Statistics
Matches: 1811, Mismatches: 355, Indels: 97
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.00
168 96 0.05
169 49 0.03
170 319 0.18
171 930 0.51
172 346 0.19
173 61 0.03
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
TTTTTCTTCATGTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
Found at i:1427 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1--2857 Score: 2305
Period size: 342 Copynumber: 8.4 Consensus size: 342
* *
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATCGTTT-TCAAGGCAAACATTCGATTATAATCTATT
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * * *
65 CTAACTGAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAAAG
65 TTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
* * ********* * *
130 AGTAATAAGGCATTT-GAAGGATTGGGTGACTATAANNNNNNNNNNT-GTACCAATGAA-TGGCT
130 AGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA-ATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-T
* * * * * ** * ****
192 TTTTCATGAAGTTTCTCAAGGCAAACACTCAATTATAAACTGGCTTAACCAAAAATGCCTAAAAA
192 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * * * * * *
257 CTAACCTTAAAATCAATTATAAGGCTATAAAATCATTTGAAGAGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGC
257 TTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * *
322 TTTGGTGTCTATAAATGGGCT
322 TTAGGTGACTATAAAAGGGCT
* ** * * * **
343 TTTCTTGCCAATTAATGATTTTTTCTTCAGGTTTTTCAAGGAAAACATTCAATTATGTTCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * **********************************
408 TAAAC-AAAAATATAAAATAATTCAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAG
66 T-AACTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
* * * *
472 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAAT-AACTGCATT
130 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-GTT
* * * * * * *
535 TTTCTACACGTGT-TCAATGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATATAAAAAAA
193 TTTCTTCATGTTTCTCAA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * * * ** * * *
599 TTTAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
257 TTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
*
664 -TAGGGTGACTATAAAGGGGCT
322 TTA-GGTGACTATAAAAGGGCT
* * * * *
685 TTTGTTGCCAATGAATGGGCTTTTCTTCATGTGTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAATCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
********** * * * * * * *
750 TAA-TAAAANNNNNNNNNNCTATTCAGCTTAAAATCAATTATGGGACTACAAAACTATTTAAAGT
66 TAACTAAAA--ATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * * * * *
814 GAGTAATAAAGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTTGCCAATGAATGGGTT
129 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGC-TTTTCTTGCCAATGAATTGGTT
*************
879 TTTCTTCATGTTTC-CAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAANNNNNNNNNNNNN
193 TTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
****** * * * * * *
943 NNNNNNTTAAAATTAATTATGA-GATGATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGG-TTGTTGAAG
257 TTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCT-ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT-TCGAAG
* * *
1006 GCTTGGGTGACTAT-AAATGTCT
320 GCTTAGGTGACTATAAAAGGGCT
* * * *
1028 TTTCTTTCCAACGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACTAACATTCAATTATAATCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
1093 TATCGAAAAATGTAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
66 TAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
* *
1158 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACCATAAATGGGCTTTGCTTGCCAATGAATTGGTTTTT
131 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTT
* * *
1223 CTTCATGTTTCTCAAGGCTAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTGA
196 CTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAA
** * * * *
1288 ACCAAAAATCAATTTTAAGGCTACAAAATCATTTAAAGA-AGGCAATAAGGCTTACGAAGGCTTA
261 ACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTA
1352 GGTGACTATAAAAGGGCT
325 GGTGACTATAAAAGGGCT
1370 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
1434 TTAACTAAAAATGTAAAACAACTCTACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAAAG
65 TTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
* *
1499 AGTAATAAGGCCTTT-GAAGGCTTGAGTGACCATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTGGTTT
130 AGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTT
* * *
1563 TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTGACTAAAACTATAAAAAAATT
194 TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
* *
1628 AAACCTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAG-GATAATAAGGCTTCCGAAGGCT
259 AAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCT
** * *
1692 TATTTGACTATTAATGGGCT
323 TAGGTGACTATAAAAGGGCT
* * *
1712 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTATTCATGTTT-TCTAAGGAAAACATTAAATTATAATCTGTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
1776 TTAACTAAAAATAT-GAAAATCTTCAACTTAAAATCAATTATGAAATCATAAAACCATTTAAAGA
65 TTAACTAAAAATATAAAAAAAC-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * ** * *
1840 GAGTAATAAAGCTGTT-GAA-GCTTTGGGTGACTATAAAT-ATCTTTTCTTACCAACGAA-TGGA
129 GAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG-
* * * * *
1901 TTTTTCTCCATATTTCTTAAGGCTAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATTGAAAAATATAAAAA
191 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAA
* * * * * ** * *
1965 AACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
255 AATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * *
2030 ACTT-GGATGACCATAAATGGGCT
320 GCTTAGG-TGACTATAAAAGGGCT
* ** * *
2053 TTGCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * ** * *
2118 TAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACTATTTAAAGAGG
66 TAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
* * * *
2183 GTAATAAGG-ATTCTGAAGGCTT-AGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTC
131 GTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTT-
* *
2246 TTT-TTCATGTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAACTA-AAAAAAA-
193 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * *
2307 TAAACTTAAAATCAATTTTAAGTCCATAAAA-TAGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
258 TAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCA-TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * **
2371 TTCGGTGAATATAAATTGGCT
322 TTAGGTGACTATAAAAGGGCT
* * * *
2392 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTGTTC-CTTA-GCAAACGTGCAATTATAATCAGT
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGT-TTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * ** * *
2455 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTGAACAATTTAAAGC
64 TTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * *********
2520 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTG-GTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAGTTNNNNNNNN
129 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTT
** * * * * *
2584 NNTCTTCATGTTTCACAAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAAA
193 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAA
* * ********** * *
2649 CTCAACTTAAAATCAATTTTNNNNNNNNNNAACCATTGAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
257 TTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* *
2714 TTTGGTGACTGTAAATA-GGCT
322 TTAGGTGACTATAAA-AGGGCT
* * ** *
2735 TTTCTTGCCAGTTAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
2800 TAACCAAAACTATAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
66 TAACTAAAAATAT-AAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
2858 GAAAAAGA
Statistics
Matches: 1985, Mismatches: 465, Indels: 128
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 218 0.11
340 61 0.03
341 447 0.23
342 847 0.43
343 248 0.12
344 156 0.08
345 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACTAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTT
CTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAA
ACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAG
GTGACTATAAAAGGGCT
Found at i:2134 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 468--2857 Score: 2275
Period size: 512 Copynumber: 4.7 Consensus size: 511
458 NNNNNNNNNN
* * * *
468 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAAT-AACTG
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGATGACCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG
* * * * * * *
531 CATTTTTCTACACGTGT-TCAATGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATATAAA
65 -GTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
* * * * * * * *
595 AAAATTTAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGA-TAGTAATAAGGCTTTTG
128 AAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAGAGGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
659 AAGGC-TAGGGTGACTATAAAGGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGGCTTTTCTTCATGTGTCTCA
193 AAGGCTTA-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-A
* * ********** *
723 AGGAAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAANNNNNNNNNNCTATTCAGCTTAAAATCAA
256 AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA--ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
** * * *
787 TTATGGGA-CTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAA
319 TT-TGAAATC-ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAA
* * **
851 TGGGCTTTTTTTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAAACATTCAATTATAA
382 T-AGC-TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAA
******************* * *
916 TCTGTTTTAACTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAATTAATTATGAGATGATAAAACTATTT
445 TCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
981 AA
510 AA
* * * * * * *
983 AGAGAGTAATAAGG-TTGTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GTCTTTTCTTTCCAACGAATGG
1 AGAGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTGGATGACCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG
* * * *
1046 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GACTAACATTCAATTATAATCTGTTTTATCGAAAAATGTAAAA
65 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* * * * * * *
1110 AAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGA
129 AAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAGAGGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * *
1174 AGGCTT-GAGTGACCATAAATGGGCTTTGCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
194 AGGCTTAG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-AA
* * * **
1238 GGCTAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTGAACCAAAAATCAATTT
257 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
* ** * * * * ** * *
1303 TAAGGCTACAAAATCATTTAAAGA-AGGCAATAAGGCTTACGAAGGCTTAGGTGACTATAAA-AG
322 GAAATC-ATAAAACCATTTAAAGAGA-GTAATAAAGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAATA-
*
1366 GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGCAAACATTCAATTATAATC
384 -GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * *
1430 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAACTCTACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAA
447 TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* *
1495 AAAGAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGCTT-GAGTGACCATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATT
1 AGAGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGGA-TGACCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATT
* * * * *
1558 GGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTGACTAAAACTATAAAA
64 GGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* * *
1623 AAATTAAACCTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGGA-TAATAAGGCTTCCGA
129 AAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAGAGGAGTAATAAGGCTTTCGA
** * *
1687 AGGCTTATTTGACTATTAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTATTCATGTTTTCTAAG
194 AGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTAAG
* * * **
1752 GAAAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATGAAAATCTTCAACTTAAAATCAATTAT
258 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-T
* *
1817 GAAATCATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTGTTGAA-GCTTTGGGTGACTATAAATATC
322 GAAATCATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAACGC-TTGGGTGACTATAAATAGC
* * * * * *
1881 TTTTCTTACCAACGAATGGATTTTTCTCCATATTTCTTAAGGCTAACATTCAATTATAATCTGTT
386 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
1946 TT-ATTGAAAAATATAAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
451 TTAACT-AAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * *
2007 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGGATGACCATAAATGGGCTTTGCTTGCCAATGAATTAG
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG
* *
2072 TTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
66 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * *
2137 ATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACTATTTAAAGAGG-GTAATAAGG-ATTCTGAA
131 ATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAGAGGAGTAATAAGGCTTTC-GAA
* * *
2200 GGCTTAGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTCTTT-TTCATGTTTCCAAGG
195 GGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTT-TTTCTTCATGTTTCTAAGG
* * * *
2264 CAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAACTA-AAAAAAA-TAAACTTAAAATCAATTTTA
259 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGA
* * * * * * * *
2327 AGTCCATAAAA-TAGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTCGGTGAATATAAATTGGC
324 AAT-CATAAAACCA-TTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAA-TAGC
* * *
2391 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTGTTCCTT-A-GCAAACGTGCAATTATAATCAG
386 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGT-TT-CTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* ** *
2454 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTGAACAATTTAA
449 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * ******
2517 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGG-TGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAGTTNNNNN
1 AGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGGATGACCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG
***** * * * * *
2581 NNNNNTCTTCATGTTTCACAAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAA
65 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAA
* * ********** * *
2646 AAACTCAACTTAAAATCAATTTTNNNNNNNNNNAACCATTGAAA-AAGAGTAATAAGGCTTTCGA
129 AAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAGAGGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * ** *
2710 AGGCTTTGGTGACTGTAAATAGGCTTTTCTTGCCAGTTAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCACAAG
194 AGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTC-TAAG
* * *
2775 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTATAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTT
258 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TT
* *
2840 TGAGATTATAAAACCATT
321 TGAAATCATAAAACCATT
2858 GAAAAAGA
Statistics
Matches: 1554, Mismatches: 270, Indels: 102
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 5 0.00
509 61 0.04
510 206 0.13
511 150 0.10
512 498 0.32
513 339 0.22
514 221 0.14
515 68 0.04
516 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (511 bp):
AGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACCATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGG
TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
ATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAACCATTTAAAGAGGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGCA
AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAAA
TCATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAATAGCTTTTC
TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
TAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
Done.