Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400597.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_379.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3545
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.09, T:0.27
Warning! 980 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1552 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 767--1802 Score: 757
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 170
757 ACCCTTTTTT
* * * * * * *
767 TTCAAAAGTCGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAAAATCTCAAAATCGGTTTTAAGTTCAA-TT
1 TTCAAAAG-CTTATTACT-ACCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * * * *
831 TTTTTACACTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAAAGTGA-ATAAAAA
64 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGT-ATAGAAAAA
* * * * * *** *
895 GGCATTTATTCG-CAAGAAAATTCCATTTATAGTAACCTATTCT
128 GCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCTATTCC
* * *
938 TTCAAAACCTTATTACTCACGTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATTTT
1 TTCAAAAGCTTATTACT-ACCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* * * * * * * * *
1001 TTTTATATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAGTGCCTACCTCGAAAAACGTGTAGAAAAAGT
65 TTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTATAGAAAAAGC
* * * * *
1066 CATTCATTGATAAGATAAGTCCATTTATTATCC-CCTATTCC
130 CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTA-CAGCCTCCTATTCC
*
1107 TTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAAT-GATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 TTCAAAAG-CTTATTACTAC-C-TTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* ** * *
1170 TTTTTTTACA-TTTT-AGTTAAAACAAACCATAATTGAATATTGAATATCTACCTAGAAACATGA
62 TTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTG-A-A-TGTCTATCT--CGAGAAACGT-A
* * * * *
1233 -AGAAAAAG-CATTCATTGCCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCTCTTATTCC
120 TAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCTATTCC
* * * * *
1282 TTCAAAAGCTTTATAAC-ACACTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTAATTTTAAATTAAA-A
1 TTCAAAAGC-TTATTACTAC-C-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * *
1345 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACGTATAGAAAAA
63 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTATAGAAAAA
* * * *
1410 GCCATTTACTT-AAAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCCATACC
128 GCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCTATTCC
* * * *
1453 TTCAAAAGTCTTATTACTATCCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT-CTATTTAAGTTGAATT
1 TTCAAAAG-CTTATTACTA-CCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTAAATT
* * *
1517 TTTCTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATG-CTTATCTCGAGAAACGTGTAAAAAA
63 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTC-TATCTCGAGAAACGTATAGAAAA
* *
1581 AGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCTTCTATTCC
127 AGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCTATTCC
* * * *
1625 TTCGAAAGCTTTATTACT-CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTGTAAGTTGAA-T
1 TTCAAAAGC-TTATTACTAC-C-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * ** * * * * * *
1688 TTTTTAATAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAA
63 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGT-ATAG-AAA
* ** * * * *
1752 AAG-AATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC
126 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCTATTCC
*
1796 TACAAAA
1 TTCAAAA
1803 ATCTTAGNNN
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 124, Indels: 82
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 92 0.13
170 106 0.15
171 190 0.27
172 168 0.24
173 3 0.00
174 19 0.03
175 102 0.15
176 17 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTCAAAAGCTTATTACTACCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
TTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTATAGAAAAAGCC
ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCCTATTCC
Found at i:1773 original size:343 final size:334
Alignment explanation
Indices: 740--1808 Score: 1026
Period size: 343 Copynumber: 3.1 Consensus size: 334
730 NNNNNNNNNN
* * * ** * * *
740 AAAGTCCATTTATAGTCACCCTTTTTTTTCAAAAGTCGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAAAA
1 AAAGTCCATTTATAGCCTCCC-ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
805 TCTCA-AAATCGGT-TTTAAGTTCAATTTTTTTACACTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
64 TCTCATAATTC--TATTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAAT
* * * * * *
868 GTTTACCTCCAGAAAAGTGAATAAAAAGGCATTTATTCGCAAGAAAATTCCATTTATAGTAAC-C
126 GATTATCTCCAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT--CTC
* * * * *
932 TATTCTTTCAAAACCTTATTACTCACGTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
187 TATTCCTTCAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * *
997 TTTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAGTGCCTACCTCGAA-AAACGTGTAGAA
252 -ATTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACGTGAAGAA
*
1061 AAAGTCATTCATTGATAAGA
315 AAAGCCATTCATTGATAAGA
* * * * * * *
1081 TAAGTCCATTTATTATCC-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTAATAA
1 AAAGTCCATTTA-TAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
1145 TCTCATAATT-GATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTT-AGTTAAAACAAACCATAATTGAAT
64 TCTCATAATTCTA-TTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTG-A-
* * *
1208 ATTGAATATCTACCTAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCGATTTATAGTC
124 A-TGATTATCT-CC-AGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
1273 TCTTATTCCTTCAAAAGCTTTATAACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTAATTTTAA
185 TC-TATTCCTTC-AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** ** *
1338 ATTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACGT-A
248 GTT--AATTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
* *
1402 TAGAAAAAGCCATTTACTT-AAAAGA
311 -AGAAAAAGCCATTCA-TTGATAAGA
* * * * *
1427 AAAGTCTATTTACAGCCTCCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTATCCTTAAATGGTTTTGTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
1492 CTCATAATTCTATTTAAGTTGAATTTTTCTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGC
65 CTCATAATTCTATTTAAGTTAAATTTTT-TTACA-TTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGA
* * *
1557 TTATCTCGAGAAACGTGTAA-AAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCTTCTA
128 TTATCTCCAGAAACGTG-AAGAAAAAG-CATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTA
* * *
1621 TTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTGTAAGTTGA
189 TTCCTTC-AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A
* * * * *
1686 ATTTTTTAATAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA
252 ATTTTTT-ATATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AA
* *
1751 AAAG-AATTCATTGATGAGA
315 AAAGCCATTCATTGATAAGA
* * *
1770 AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTACAAAAATCTTA
1 AAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTA
1809 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 102, Indels: 66
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
340 68 0.11
341 27 0.05
342 29 0.05
343 179 0.30
344 54 0.09
345 70 0.12
346 138 0.23
347 26 0.04
348 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (334 bp):
AAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTACTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTCTATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGATTA
TCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTATTCCTTC
AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTAT
ATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
TTGATAAGA
Done.