Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397588.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_750.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 5822
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:287 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--314 Score: 449
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
**
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAACGAAATATCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTACGTTAAAATATATTATAACGAAATATCTA
66 CCATGGGAAATGTGCAGCAAATGTCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCATAAGTC
66 CCATGGGAAATGTGCAGCAAATGTCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCATAAGTC
131 TTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAAACT
131 TTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAAACT
* * * *
172 CATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATA-TTTACGTTAAAATATATTATAATTG-AATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTACGTTAAAATATATTATAA-CGAAATATCT
* * * * *
235 ACC-TCGGGAAATGTG-AGGCGAAA-GTTATCTATTTGCAAGCAAAGTTTATTTATAGTCGCTTA
65 ACCAT-GGGAAATGTGCA-GC-AAATGTCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCATA
*
297 AGTCTTTGAAAGCCTTAT
127 AGTCTTCGAAAGCCTTAT
315 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 12, Indels: 9
0.86 0.08 0.06
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169 2 0.02
170 92 0.72
171 33 0.26
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTACGTTAAAATATATTATAACGAAATATCTA
CCATGGGAAATGTGCAGCAAATGTCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCATAAGTC
TTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAAACT
Found at i:508 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 325--5818 Score: 3716
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315 NNNNNNNNNN
* * *
325 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTCTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * *
390 TGATATTTGGATGTCTACATTGAAAAATATGAA-AAAAATATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
*
454 TGTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
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* * * ** *
496 AAATGGTTTTATAAACTC-TAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTAATATTTTTAATTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * * *
559 TAATATTTGATTGTTTACATT-AGGAAGCATGAAGCAAAAGACATTTATTGACAAGAAAAGTCCA
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGA-AAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * *
623 TCCATAGTCACTCATGTATTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTT
129 TCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
665 AGATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAGTTTTTGTTAAAACAGAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAT
* * * * * *
730 AATATTTCAATATCTAC-CTCAAAAA-ATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAAGTGC
66 AATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACAT--GAAGAAAAAGTCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
792 AACTATAGTTACTCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
128 ATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
********** * *
835 AAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTGTTCAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * *
900 TAATGTTTGAATGTCTAC-CTCATAAAACGA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGA-AAAAC-ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * **
963 ATCTATAGTCACCCATACGTTCGGAAGCCTTCTTACTTACTTT
128 ATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * * ** * *
1006 AAATCATTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACACATTTGGTTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * ** * *
1071 TAATATTTAAATGTCTACATAGGTAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT---T
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
1133 C---A-T--CT-AT-AG-T-GAAAGCCTTATTTACTCGCTTT
130 CTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTT
* * *
1165 AAAATTGTTTTATAATCTCATAATT--TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
1 -AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
* * ** ** *
1228 ATAATATTTGAATGTTTACCTCAAAAAACGGGAAGAAAAAGTCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCA
64 ATAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
1293 TCTATAGTTACTCATGCATTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 TCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
1334 AAATGATTTTATAATCTC-TAACTTGACTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGCTAAACACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAA-ACAG
* * * * * * *
1398 ATAATATTT-AATTTTTTATATT-AGAAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAATAAAAGTC
64 ATAATATTTGAA-TGTCTACATTGA-AAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
1461 CA-CTATAGTCACTCATGAGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
127 CATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * * ** * *
1504 AAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATAGAATATTTTGCA-TTTTTGATTCAAACAGG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGA
* * * * * * * * *
1568 TAATATTTTAATGTCTACATAGGAAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCAATGGCAGGAAAGGTTCAT
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
1633 CTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTT
130 CTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
1674 AAATAGTTTTATGAA-CTCATAATTGATTTTATGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT
1 AAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * * * *
1738 ATTATAATTGAATATGTACCTTGAAAACCATGAAGTAAAAGTCA-TCAATTGACAAGAAAATTCC
64 ATAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
1802 ATTTGTAGTCACTTAAGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 ATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * **
1845 AAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTGAATTCAATTTTCT
1 AAATG--GT-TT--T-A---T-AA---TCTCATAAT-TGAT--TTTAAGTTGAATT---TTTT--
* ** * * **
1910 TTCATTTTTT-TCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGTA-TCAGGAAATGTGAAGAAAAAGTC
45 AT-ATTTTTTGT-TAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGA-AAAACATGAAGAAAAAGTC
* * * * * * *
1973 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTGACCCATGCCTTTGAAAGCCTAATGACTCGCTTT
107 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
2037 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAAATTTTTTATCTTTTTTATGAAAATAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * * * * *
2102 TTATAATTAAATGCCGACCTTGGAAAACAT-AA-AACACAAGTTATTGATTGGCAAGAATAGTCC
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAA-A-AAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * * *
2165 ATTTAGAGTTGCTCAAGTC-TTCGAAAGCCTTTTTACTTGCTTC
128 ATCTATAGTCACTCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
2208 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTATGTTTAATTTTTTAATATTTTTGGTCAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTTGTTAAAACAGA
* ** * *
2272 TAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTG-A-AAAAAG-CTATTAATTGACAAGAAAAGTCCA
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
2334 TCTAGAGTCACCCCTGCCTTCGAAGGCCATATTACTCGCTTT
129 TCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
2376 AAATGGTTTTAGAATTTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTGAAACAGG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * **
2441 TAATATTTGAAAGTCTACATTGAAAAACCA-AAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAGGTTTA
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAA-CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
2505 TCTATAATCATTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTGT
129 TCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
2547 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTCAACATTTTTTGTTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTTGTTAAAACAGA
** * * * * * * * *
2612 TGGTAATTGAATGTCTGTC-TCGAGAAATATGAAGCAAAAGTCATCCA-TGGAGAAGAAAAGTCC
65 TAATATTTGAATGTCT-ACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCC
** * * ** * **
2675 AGT-TATAGTTGCTTAAGTC-TTTAAAAGCTTTATTACTCATTTT
128 A-TCTATAGTCACTCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
2718 AAATGCTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTGGCTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * **
2783 TAATATATGAATGTCTACA-TCAGAAA-ATGTTAAGAAAAAGCCATTCAGTGTTAAGAAAAGTCC
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATG--AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
2846 ATCAATAGTTACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 ATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * *
2889 AAAAAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * ** * * * * *
2954 TTATAATTGAATGTCTACCTAGGGAAACGTGAGGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAATCCAT
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
3019 TTATAGCCACTTAAGTC-TT-GAAAATCCTTGTTACTCGCTTT
130 CTATAGTCACTCATG-CGTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
3060 AAATGGTTTTATAGTCTGATAATTGATTTTAAGCT-AATTTTTTTTACATTTTT-TTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAACAGA
* * *
3123 TAATATTTGAATGTCTA-ACTCGAAAAATGA-GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
65 TAATATTTGAATGTCTACA-TTGAAAAA-CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
3186 ATCTATAGTCACTTATGCGTCCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 ATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** * * *
3229 AAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTACA-ATTTTTTTTTAAAATATAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA-
* * * * * * * * * * *
3293 T-GTAGTTGAATGTCTATATCGAGAAACGTG-AGGAAAAGCCATCCATGGGAAAGAAAAGTCCAT
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** * * * *
3356 TTATAGTTGCTTAAGTC-TTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTT
130 CTATAGTCACTCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
3397 AAATGCTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTTGCTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * ** * **
3462 TAATATATAAATGTCTACATCGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGTTAAGAAAAGTCCAT
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * * *
3527 CTGCAGTCA-TCCATGTGTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
130 CTATAGTCACT-CATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
3568 AAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATATTTTT-TTAAAATA
1 -AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATAT-TTTTTGTTAAAACA
* * * * * * * * * * ** *
3632 TATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACGTGGAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCT
63 GATAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * * * * * *
3697 ATTTTTTA-CCGCTTAAG-TTTTGAAAATCCTTGTTACTCACTTT
128 A-TCTATAGTCACTCATGCGTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
** ** * *
3740 AAATAATTTTATAGCCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * *
3804 TAATATTTGATTGTCTGCCTT--AAAAGATGAGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAGAATAGTCC
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACAT--GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
3867 ATCTATAGTCACCCATCCGTACGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
128 ATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
3910 AAATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTT-TATATTTTT-TTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTTTGTTAAAACAGA
** * * * * * *
3973 TTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAGGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
4038 TTATGGCCACTTAAAT-C-TTCGAAATCCTTATTTCTCACTTT
130 CTATAGTCAC-T-CATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
4079 AAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
** * * ** * *
4144 TAATATTTGAACATTTTCATTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
4209 CTATAGTCACCCATGCGTT-GAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
130 CTATAGTCACTCATGCGTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
4250 AAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * * * *
4315 TTATAATTAAATGTCTGCCTTTG-GAAACAAGAGGCAAAAGTC-TTGCATTGGCAAGAAAAGTCC
65 TAATATTTGAATGTCT-ACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATT-CATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * ** *
4378 ATTTTTATTCGCTTAAGTC-TTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
128 ATCTATAGTCACTCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * **
4421 CAATAGTTTT-TTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTGATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGA
* * ** * *
4484 TAATATTTGATTGTCTACATAGGTAAACATGAAG-AAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTCCAT
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
4548 CTATAGCCA-TCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTT
130 CTATAGTCACT-CATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * * * * *
4589 AAATAGTTTTATAATCTCATACCTAATTTTGAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * * * * * * * *
4654 TTAGAATTAAATGTCTGC-CTCAAGAAATATGAAGCAAAAGTTATCCCTTTGCAAGAAAAGTCCA
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
4718 TTTATATTCGCTTAAGTC-TTCAAAAGCTTTATTACTCACTTT
129 TCTATAGTCACTCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
4760 AAATGATTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTAAATTTCTTTTTATATTTTTTGTTAAAATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--T-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * * ** * * *
4825 TATTATAATTGAATGTCTACTTTCAGAAATGTAAAGGAAAAGTCA-TCTATTGACAAGAAAAGTC
63 GATAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * ** * *
4889 TATTTATAATAACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTAGTACTAGCTTT
127 CATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
4933 AAAAGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
** * *
4998 ATAATATTT-AGATGTCTACATTAGGAAACGCA--AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGT
64 ATAATATTTGA-ATGTCTACATT--GAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
5060 CCATCTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTT
126 CCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
5105 AAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTATT-AAA-ATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * ** ** * *
5168 TAATATATTGAATGTCTTCTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGTTA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCC
65 TAATAT-TTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
5232 ATTTATAGTCACTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
128 ATCTATAGTCACTCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
5275 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* ** * * * * * * * * * * *
5340 TTATAACTAAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAGGCAAAAGTTA-TCTATTAGTAAGAAAAGTCCA
65 TAATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
5404 TTTATAGTCGCTAAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTT
129 TCTATAGTCACTCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
5446 AAGTGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTATATTTTTT-TTAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * * *
5509 ATTAA-AATTGAATGTTTGC--TCAGGAAACATGAAGCAAAAA-TTA-TCAATTGGCAAGCAATG
64 A-TAATATTTGAATGTCTACATTGA-AAAACATGAAG-AAAAAGTCATTC-ATTGGCAAGAAAAG
* * * * * **
5569 TCCATTTAGAGTCGCTTAAAT-C-TTTGAAAGCCTTATTACTTACTTT
125 TCCATCTATAGTCAC-T-CATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * * *
5615 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTAAATTTTTAGTCAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * *
5680 TAATATTTGAACGTTTACATTAGGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTA
65 TAATATTTGAATGTCTACATT-GAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
5745 TCTATAGTCACCCATGCCTTTGAACA-CCTTATTACTCACTTT
129 TCTATAGTCACTCATGCGTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTT
* *
5787 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
5819 ATTG
Statistics
Matches: 4147, Mismatches: 975, Indels: 401
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 2 0.00
158 90 0.02
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162 1 0.00
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189 6 0.00
190 1 0.00
191 3 0.00
192 90 0.02
193 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAT
AATATTTGAATGTCTACATTGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATC
TATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:831 original size:339 final size:339
Alignment explanation
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85 AATGTCATCT
* * * * **
95 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCAT-AAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-TCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * ** * *
158 TAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTACGTTAAAATATATTAT
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATAT-TTTTTGTTAAAATAGATAAT
* * ** * * * * * ** *
223 AATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTGAGGCGAAAGTTA-TCTATTTG-CAAGCAAAGTTTATTT
128 ATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTC-A-TTGACAAGAAAAGTCCATCT
* * * * * **********
286 ATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
191 ATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
351 TTTTAAGTTGTA-TTCTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATGATATTTGGATGTCTACATTGAAA
256 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTTT-GTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACA-TCAAA
*
415 AATATGA-AA-AAAATA-TCATTC
318 AA-ATGAGAAGAAAA-AGCCATTC
*
436 ATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * **
501 GTTTTATAAACTC-TAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTAATATTTTTAATTAAAATAGATAATAT
66 GTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATAT
* * * * * * *
565 TTGATTGTTTACATTAGGAAGCATGAAGCAAAAGACATTTATTGACAAGAAAAGTCCATCCATAG
130 TTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAG
* * * *
630 TCACTCATGTATTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAGATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTT
195 TCACTCATGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
695 AAGTTGAATTTTTTTTAGTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTCAATATCTACCTCAAAAAATGAG
260 AAGTTGAATTTTTTTTAATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAAAAAATGAG
760 AAGAAAAAGCCATTC
325 AAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
775 ATTTGG-AAGAAAAGTGCAACTATAGTTACTCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 A-TTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
********** * * * *
839 GGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTGTTCAAACAGATAAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
* * * ** * * * **
904 GTTTGAATGTCTACCTCATAAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTAT
128 ATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTAT
* * * * * ** ** *
969 AGTCACCCAT-ACGTTCGGAAGCCTTCTTACTTACTTTAAATCATTTTATAATCTCTTAATTGAT
193 AGTCACTCATGTC-TTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
1033 TTTAACTTGAA-TTTTTTTACACATTTGGTTAAAACAAATAATATTTAAATGTCTACAT-AGGTA
257 TTTAAGTTGAATTTTTTTTA-A-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCA---A
* *
1096 AACAT--GAAGAAAAAGACATTC
317 AAAATGAGAAGAAAAAGCCATTC
* *
1117 ATTGACAAGAAAAGT---TC---A-T--CT-AT-AG-T-GAAAGCCTTATTTACTCGCTTTAAAA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTT-AAA
* * * * *
1169 TTGTTTTATAATCTCATAATT--TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAA
* * * ** * * *
1232 TATTTGAATGTTTACCTCAAAAAACGGGAAGAAAAAGTCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATCTA
127 TATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTA
* * *
1297 TAGTTACTCATG-CATTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC-TAACTTG
192 TAGTCACTCATGTC-TTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTG
* ** * * * * * * *
1359 ACTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGCTAAACACAGATAATATTT-AATTTTTTATATTAGA
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAATTTTTGTTAAA-ACAGATAATATTTGAA-TGTCTACATCAAA
*
1423 AAAT-ATGAAGAAAAAGACATTC
318 AAATGA-GAAGAAAAAGCCATTC
* * * * **
1445 ATTGGTAATAAAAGTCCA-CTATAGTCACTCATGAGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* ** * * *
1509 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-ATAGAATATTTTGCA-TTTTTGATTCAAACAGGTAAT
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AAT-TTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
1572 ATTTTAATGTCTACA-TAGGAAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCAATGGCAGGAAAGGTTCATCTA
128 ATTTGAATGTCTACATTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTA
* * * *
1636 TAGTCACCCATG-CGTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATGAA-CTCATAATTG
192 TAGTCACTCATGTC-TTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTG
* * * * * * * * * *
1699 ATTTTATGTTGAA-GTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATGTACCTTGAA
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTTT-GTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTA-CATCAA
* * *
1763 AACCAT--GAAGTAAAAGTCA-TC
317 AA-AATGAGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * *
1784 AATTGACAAGAAAATTCCATTTGTAGTCACTTAAGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 -ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-TCA-TG--C----G------T--T--C--GAAA-
* * * *
1849 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTGAA-TTCAATTTTCTTTC
44 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTT-TAT-
* ** * * *
1913 ATTTTTT-TCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGTATCAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTC
106 ATTTTTTGT-TAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTC
** * * * * * * *
1977 ATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTGACCCATGCCTTTGAAAGCCTAATGACTCGCTTTAAATG
170 ATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * ** * * * * *
2042 GTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAAATTTTTTATCTTTTTTATGAAAATAAATTATA
235 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTTAATTTTTGTTAAAACAGATAATA
* * * * * * * * ** *
2107 ATTAAATGCCGACCTTGGAAAACAT-A-AA-ACACAAGTTATTG
299 TTTGAATGTCTA-CAT-CAAAAAATGAGAAGA-AAAAGCCATTC
* * * ** * * * *
2148 ATTGGCAAGAATAGTCCATTTAGAGTTGCTCAAGTC-TTCGAAAGCCTTTTTACTTGCTTCAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
2212 GATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTATGTTTAATTTTTTAATATTTTTGGTCAAAACAGATAAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTT-ATATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
* *
2276 ATTTGAATGTCTACATT-GAGAAATGTGAA--AAAAG-CTATTAATTGACAAGAAAAGTCCATCT
128 ATTTGAATGTCTACATTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGTC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCT
* * * * * * * * *
2337 AGAGTCACCCCTGCCTTCGAAGGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATTTCATAATTGA
191 ATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * **
2402 TTTCAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTGTGGTTGAAACAGGTAATATTTGAAAGTCTACATTGAAA
256 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTT-TTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAAAA
** * *
2466 AACCAAAAGAAAAAGACATTC
319 AATGAGAAGAAAAAGCCATTC
* ** * * * *
2487 ATTGGCAAGAAAGGTTTATCTATAATCATTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * **
2552 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTCAACATTTTTTGTTAAAATATATGGTA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT--ATATTTTTTGTTAAAATAGATAATA
* * * ** * * *
2617 ATTGAATGTCT--GTCTCGAGAAATATGAAGCAAAAGTCATCCATGGAGAAGAAAAGTCCAGT-T
129 TTTGAATGTCTACAT-TAG-GAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TCT
** * * ** ** * *
2679 ATAGTTGCTTAAGTCTTTAAAAG-CTTTATTACTCATTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTC
191 ATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
2743 ATTTTAAGTT-AAATTTTCTTACATTTTTGGCTAAAATAGATAATATATGAATGTCTACATCAGA
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTTT-GTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAAA
**
2807 AAATGTTAAGAAAAAGCCATTC
318 AAATGAGAAGAAAAAGCCATTC
* ** * * * * * **
2829 AGTGTTAAGAAAAGTCCATCAATAGTTACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
2894 GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATA
* * * * * * *
2959 ATTGAATGTCTAC-CTAGGGAAACGTGAGGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAATCCATTTAT
129 TTTGAATGTCTACATTA-GGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTAT
* * * * * * *
3023 AGCCACTTAAGTCTT-GAAAATCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTGATAATTGAT
193 AGTCACTCATGTCTTCGAAAGT-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
3087 TTTAAGCT-AATTTTTTTTACATTTTT-TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTA-ACTCGAAAA
257 TTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACA-TCAAAAA
*
3149 ATGAGAAGAAAAAGTCATTC
320 ATGAGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
3169 ATTGGCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACTTATGCGTCCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
3234 GTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAA-TTTTACAATTTTTTTTTAAAATATACT-GTA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTA-TATTTTTTGTTAAAATAGA-TAATA
* * * * * * * *
3297 GTTGAATGTCTATA-TCGAGAAACGTG-AGGAAAAGCCATCCATGGGA-AAGAAAAGTCCATTTA
129 TTTGAATGTCTACATTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCAT-TGACAAGAAAAGTCCATCTA
** * * * * *
3359 TAGTTGCTTAAGTCTTTGAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTCA
192 TAGTCACTCATGTCTTCGAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
3423 TTTTAAGTT-AAATTTTCTTACATTTTTTGCTAAAACAGATAATATATAAATGTCTACATCGAAA
256 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-A-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAAAA
*
3487 AATGTGAAGAAAAAGCCATTC
319 AATGAGAAGAAAAAGCCATTC
** ** * * *
3508 ATTGTTAAGAAAAGTCCATCTGCAGTCA-TCCATGTGTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACT-CATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAA
* * *
3572 AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATATTTTT-TTAAAATATATT
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTATAT-TTTTTGTTAAAATAGATA
* * * * * *
3636 ATAATTGAATGTCTAC-CTAGAGAAACGTGGAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATT
126 ATATTTGAATGTCTACATTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-T
* * * * * * * * * * ** ** *
3700 TTTTA-CCGCTTAAGT-TTTGAAAATCCTTGTTACTCACTTTAAATAATTTTATAGCCTTATAAT
189 CTATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGT-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
3763 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGATTGTCTGCCTTAA
253 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAA
*
3827 AAGATGAGAAGAAAAAGCCATTC
317 AAAATGAGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
3850 GTTGGCAAGAATAGTCCATCTATAGTCACCCATCCGTACGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * ** *
3915 GTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-TTAAAATATATTGTAA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATAT-TTTTTGTTAAAATAGATAATAT
* * * * * * *
3979 TTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAGGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATG
130 TTGAATGTCTACATTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATA
* * ** * * *
4043 GCCACTTAAATCTTCGAAA-TCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATT
194 GTCACTCATGTCTTCGAAAGT-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ** * * ** *
4107 TTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAACATTTTCATTGGGAAAC
258 TTAAGTTGAATT-TTTTTTAATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACA-T-CAAAAA
4172 AT--GAAGAAAAAGCCATTC
320 ATGAGAAGAAAAAGCCATTC
* *
4190 ATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTT-GAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
4254 TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA--TTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
* * * * * ** * * * *
4319 AATTAAATGTCTGCCTTTGGAAACAAGAGGCAAAAGTC-TTGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTT
128 ATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATT-CATTGACAAGAAAAGTCCATCTA
* * * * ** * * * * * *
4383 TATTCGCTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATAGTTTT-TTATCTCAAAATTGAT
192 TAGTCACTCATGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
*
4447 TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGATAATATTTGATTGTCTACAT-AGGTA
257 TTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTTTG-TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCA---A
* * *
4509 AACAT--GAAG-AAAAGTCATTT
317 AAAATGAGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
4529 ATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGCCA-TCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACT-CATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* ** * * * * * * *
4593 AGTTTTATAATCTCATACCTAATTTTGAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTAG
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
* * * * * * ** * * * *
4658 AATTAAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGTTATCCCTTTG-CAAGAAAAGTCCATTTA
128 ATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCAT-TCATTGACAAGAAAAGTCCATCTA
* * * * * * * * *
4722 TATTCGCTTAAGTCTTCAAAAG-CTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAACTGA
192 TAGTCACTCATGTCTTCGAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
4786 TTTTAAGTTAAATTTCTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTC-A
256 TTTTAAGTTGAATTT-TTTTTA-A-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAC-ATCAA
* * *
4850 GAAATGTA-AAGGAAAAGTCA-TC
317 AAAATG-AGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * * * ** * * *
4872 TATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATAACTTAAGTTTTCGAAAGCCTTAGTACTAGCTTTAAAA
1 -ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
4937 GGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAA
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-AT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAA
** * * * *
5002 TATTT-AGATGTCTACATTAGGAAACGCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATCT
127 TATTTGA-ATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCT
* ** * * *
5066 ATAGTCACCCATACCTTTGAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTG
191 ATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * ***
5130 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTCTATT-AAA-ATATAATATATTGAATGTCTTCTTTGG
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-ATTTT-TGTTAAAACAGATAATAT-TTGAATGTCTACATCAA
* * * **
5192 GAAATGTGAAGCAAAAGTTA-TC
317 AAAATGAGAAGAAAAAGCCATTC
* * *
5214 TATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 -ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
5278 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA--TTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAA
** * * * * * * * * *
5343 TAACTAAATGTTTGC-CTCGAGAAACATGAGGCAAAAGTTA-TCTATT-AGTAAGAAAAGTCCAT
127 TATTTGAATGTCTACATTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGTCATTC-ATTGA-CAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * * * *
5405 TTATAGTCGCTAAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAGTGATTTTATAATCTCAGAATT
189 CTATAGTCACTCATGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
5470 GATTTTAAGTT--ATATTTTTTTATATTTTTTTTAAAATATATTAA-AATTGAATGTTTGC-TCA
254 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTA-ATTTTTGTTAAAACAGA-TAATATTTGAATGTCTACATCA
* **
5531 GGAAACAT--GAAGCAAAAA-TTA-TC
316 --AAAAATGAGAAG-AAAAAGCCATTC
* * * * * * * **
5554 AATTGGCAAGCAATGTCCATTTAGAGTCGCTTAAAT-C-TTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAA
1 -ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-T-CATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
** * * * * *
5617 ATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTAAATTTTTAGTCAAAACAGATA
63 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTTATATTTTTTGTTAAAATAGATA
* * ** * * * * *
5682 ATATTTGAACGTTTACATTAGGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTATC
126 ATATTTGAATGTCTACATTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATC
* * * * * *
5747 TATAGTCACCCATGCCTTTGAACA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
190 TATAGTCACTCATGTCTTCGAA-AGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
5811 TATTTTAA
254 GATTTTAA
5819 ATTG
Statistics
Matches: 4297, Mismatches: 865, Indels: 442
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
326 4 0.00
327 13 0.00
328 95 0.02
329 123 0.03
330 13 0.00
331 13 0.00
332 2 0.00
333 3 0.00
334 1 0.00
335 1 0.00
336 4 0.00
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338 108 0.03
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342 858 0.20
343 145 0.03
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345 126 0.03
347 1 0.00
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357 1 0.00
360 2 0.00
361 7 0.00
362 52 0.01
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364 22 0.01
365 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATATT
TGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGT
CACTCATGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTTTAATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAAAAAATGAGA
AGAAAAAGCCATTC
Found at i:1008 original size:510 final size:509
Alignment explanation
Indices: 1--5818 Score: 3735
Period size: 510 Copynumber: 11.4 Consensus size: 509
* * * ** *
1 CATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATA-ACGAAATATC
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAAA--TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTG-AATGTC
* ** * * * * * * *
64 TACCATGGGAAATGTGCAGCAAATGTCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCAT-A
63 TA-CATAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-TCA
* * * *
127 AGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTT-A
125 TGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * * * * *** * **
191 TATTTTTTTATA-TTTACGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTGAGGCG
190 -ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAA
** * ** * ** * * **
255 AAAGTTA-TCTATTTGCAAGCAAAGTTTATTTATAGTCGCTTA-AGTC-TTTGAAAGCCTTATNN
254 AAAGCCATTC-A-TTGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATA--CATTCGAAAGCCTTATTA
******** * * * * *
317 NNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTCTTTTATATTTTTAGTC
315 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * ** *
382 AAAACAGATGATATTTGGATGTCTACATTGAAAAATATGAA-AAAAATATCATTCATTGGCAAGA
380 AAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATAGAAAACGA-GAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGA
* * *
446 AAAGTCCATGTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAA
443 AAAGTCCATCTATAGTCACTCATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
511 CT
508 CT
* * * * *
513 C-TAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTAATATTTTTAATTAAAATAGATAATATTTGATTGTTTA
1 CAT-AATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTA
* * * * * *
576 CATTAGGAAGCATGAAGCAAAAGACATTTATTGACAAGAAAAGTCCATCCATAGTCACTCATGTA
65 CA-TAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGTG
* ** * * *
641 TTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAGATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * *
706 TTTTTA-GTTTTT-GTTAAAACAGATAATATTTCAATATCTACCTCAAAAAATGAGAAGAAAAAG
193 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAG
* * *
769 CCATTCATTTGGAAGAAAAGTGCAACTATAGTTACTCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
258 CCATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** ** *
834 TAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTTGTTCAAACAG
322 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * *
899 ATAATGTTTGAATGTCTACCTCATAAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
387 ATAATATTTGAATGTCTACAT-AGAAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * ** **
964 TCTATAGTCACCCATACGTTCGGAAGCCTTCTTACTTACTTTAAATCATTTTATAATCT
451 TCTATAGTCACTCATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * ** ** * * *
1023 CTTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACACATTTGGTTAAAACAAATAATATTTAAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTA
* *
1088 CATAGGTAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT---TC---A-T--CT-AT-AG
65 CATAGG-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGTG
* *
1142 -T-GAAAGCCTTATTTACTCGCTTTAAAATTGTTTTATAATCTCATAATT--TTTTAAGTTGAAT
129 TTCGAAAGCCTTA-TTACTCACTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
1203 TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACCTCAAAAAACGGGAAGAAAAA
192 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAA
* *
1268 GTCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATGCATTC-AAAGCCTTATTACTCGCT
257 GCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
1332 TTAAATGATTTTATAATCTC-TAACTTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGCTAAACA
321 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA-A
* * * * * * *
1395 CAGATAATATTT-AATTTTTTATATTAGAAAA-TATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAATAAAA
384 CAGATAATATTTGAA-TGTCTACA-TAGAAAACGA-GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA
* **
1458 GTCCA-CTATAGTCACTCATGA-GTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAATCT
446 GTCCATCTATAGTCACTCAT-ACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * * *
1521 CATAATTGATTTTAAATAG-AATATTTTGCATTTTTGATTCAAACAGGTAATATTTTAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTA
* * * * * * * * *
1585 CATAGGAAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCAATGGCAGGAAAGGTTCATCTATAGTCACCCATGCG
65 CATAGG-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGTG
* * * *
1650 TTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATGAA-CTCATAATTGATTTTATGTTGAAGT
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * ** *** *
1714 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATGTACCTTGAAAACCATGAAGTAAAAG
193 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAG
* * * *
1779 TCA-TCAATTGACAAGAAAATTCCATTTGTAGTCACTTAAGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
258 CCATTC-ATTG-CAAGAAAAGTCCA----T-CT-A--T-A--GTT----A--CTCA-TA--CA-T
* * * *
1843 T-TAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTGAA-TTCAATT
300 TCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT
** * * *
1906 TTCTTT-CATTTTTT-TCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGTATCAGGAAATGTGAAGAAAA
363 TT-TTTACATTTTTTGT-TAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACAT-AGAAAACGAGAAGAAAA
* * * * * * * *
1969 AGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTGACCCATGCCTTTGAAAGCCTAATGACTCGC
425 AGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
2034 TTTAAATGGTTTTATAATCT
490 TTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * * * *
2054 CATAATTCATTTTAGGTTGAAATTTTTTATC-TTTTTTATGAAAATAAATTATAATTAAATGCCG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTA-CATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCT
* * * * * * * * ** *
2118 ACCTTGGAAAACAT-AA-AACACAAGTTATTGATTGGCAAGAATAGTCCATTTAGAGTTGCTCAA
64 ACATAGG-AAACATGAAGAA-A-AAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCAT
* * ** * * *
2181 GTCTTCGAAAGCCTTTTTACTTGCTTCAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTATGTTTA
126 GTGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * ** *
2244 ATTTTTTAATATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAATGTG-A-AAA
190 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAA
* * * * * * * * * *
2307 AAGCTATTAATTGACAAGAAAAGTCCATCTAGAGTCACCCCTGCCTTCGAAGGCCATATTACTCG
255 AAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
2372 CTTTAAATGGTTTTAGAATTTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTGAAA
319 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * *
2437 CAGGTAATATTTGAAAGTCTACATTGAAAAACCAAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAGGT
384 CAGATAATATTTGAATGTCTACATAG-AAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * * *
2502 TTATCTATAATCATTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCT
448 CCATCTATAGTCACTCATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * ** *
2564 CATAATTGATTTTCAGTTG-AATTTTTCAACATTTTTTGTTAAAATATATGGTAATTGAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTT--ACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCT
* * * * * * * ** * *
2628 GTC-TCGAGAAATATGAAGCAAAAGTCATCCATGGAGAAGAAAAGTCCAGT-TATAGTTGCTTAA
64 -ACATAG-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TCTATAGTCACTCAT
* ** * * * *
2691 GTCTTTAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAA
126 GTGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
2755 ATTTTCTTACATTTTTGGCTAAAATAGATAATATATGAATGTCTACATCAGAAAATGTTAAGAAA
190 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAA
* * * * * * * *
2820 AAGCCATTCAGTGTTAAGAAAAGTCCATCAATAGTTACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCA
255 AAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCG
** * * *
2885 CTTTAAAAAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTGTTAAAA
319 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * * * * * * * *
2950 TATATTATAATTGAATGTCTACCTAGGGAAACGTGAGGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAAT
384 CAGATAATATTTGAATGTCTACATA-GAAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
3015 CCATTTATAGCCACT--TAAGTCTTGAAAATCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCT
448 CCATCTATAGTCACTCATACGT-TCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
3077 GATAATTGATTTTAAGCT-AATTTTTTTTACA-TTTTT-TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAA--ATTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCT
* * * * *
3139 A-ACT-CGAAAAATGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACTTAT
64 ACA-TAGGAAACAT--GAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCAT
* * * *
3202 GCGTCCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AA
126 GTGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * * * ** * * * *
3266 --ATTTTACAATTTTTTTTTAAAATATACT-GTAGTTGAATGTCTATATCGAGAAACGTG-AGGA
191 TTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAA
* * * * * * * *
3327 AAAGCCATCCATGGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTA-AGTC-TTTGAAAGCTTTATTAC
254 AAAGCCATTCAT-TGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATA--CATTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
3390 TCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTTGCTA
316 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* * * * * * **
3455 AAACAGATAATATATAAATGTCTACATCGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGTTAAGAAA
381 AAACAGATAATATTTGAATGTCTACATAG-AAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAA
** ** * * *
3520 AGTCCATCTGCAGTCA-TCCATGTGTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAAAGGTTTTATAAT
445 AGTCCATCTATAGTCACT-CATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAAT
3584 CT
508 CT
* * * *
3586 CATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATATTTTT-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTACAT-TTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCT
* * * * * * * * * * * * *
3650 ACCTAGAGAAACGTGGAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTTTTA-CCGCTTAAG
64 ACATAG-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TCTATAGTCACTCATG
* * * * ** *
3714 T-TTTGAAAATCCTTGTTACTCACTTTAAATAATTTTATAGCCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA
127 TGTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
3778 TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATAATATTTGATTGTCTGCCTTAAAAGATGAGAAGAAAA
191 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAA
* * * * * * *
3842 AGCCATTCGTTGGCAAGAATAGTCCATCTATAGTCACCCATCCGTACGAAAGCCTTATTACTCGC
256 AGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
3907 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTT-TTAAAAT
320 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* ** * * * * * *
3970 ATATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-ATGAGGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGT
385 AGATAATATTTGAATGTCTACATAGA-AAACGA-GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * * *
4034 CCATTTATGGCCACTTAAATC-TTCGAAATCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
448 CCATCTATAGTCACTCATA-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * ** * ** * *
4096 CTTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAACATTTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTA
* * * *
4161 CATTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCG
65 CA-TAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGTG
* * *
4226 TT-GAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
129 TTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * **** *** * *
4290 TTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCCTTTGGAAACAAGAGGCAAAAG
193 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAG
* * * * * **
4355 TC-TTGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTA-TT-CGCTTA-AGTCTTTAAAAGCCTTATTACTC
258 CCATT-CATT-GCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATACA---TTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
4416 ACTTTCAATAGTTTT-TTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTGATTAA
318 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAA
* * * *
4478 AACAGATAATATTTGATTGTCTACATAGGTAAAC-ATGAAG-AAAAGTCATTTATTGACAAGAAA
382 AACAGATAATATTTGAATGTCTACATA-GAAAACGA-GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
4541 AGTCCATCTATAGCCA-TCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
445 AGTCCATCTATAGTCACT-CATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
4605 T
509 T
** * * * * ** * * * * * *
4606 CATACCTAATTTTGAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTAGAATTAAATGTCTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTA
* * * * * * * * * * * *
4671 CCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGTTATCCCTTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATATTCGCTTAAGT
65 CAT-AGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT-TCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGT
* * * * * *
4735 CTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTAAAT
128 GTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * * * * * *
4799 TTCTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTC-AGAAATGTAAAGGA
191 TT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAC-CTCAAAAAATGTGAAGAA
* * * * * * ** *
4863 AAAGTCA-TCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATAACTTA-AGTTTTCGAAAGCCTTAGTAC
254 AAAGCCATTC-ATTG-CAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATA-CATTCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
4926 TAGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTT
316 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTT
* *
4991 AAAACAGATAATATTT-AGATGTCTACATTAGGAAACGCA-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
380 AAAACAGATAATATTTGA-ATGTCTACA-TAGAAAACG-AGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
5054 AAATGTCCATCTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAG
442 AAAAGTCCATCTATAGTCACTCATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
5119 TCT
507 TCT
* *
5122 CATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAAT--ATAATATATTGAATGTC
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAAA--TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAT-TTGAATGTC
* * * ** * * * * * *
5184 TTCTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGTTA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAA
63 TAC-ATAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCAT
* * * *
5248 GTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAA
126 GTGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * ** * * * * * ** * *
5312 ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTAAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAGGCAA
190 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAA
** * * ** *
5377 AAGTTA-TCTATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCT-AAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTAC
255 AAGCCATTC-ATT-GCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATA--CATTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
5439 TTGTTTTAAGTGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTATATTTTTT-TT
316 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * *
5502 AAAATATATTAA-AATTGAATGTTTGC-TCAGGAAAC-ATGAAGCAAAAA-TTA-TCAATTGGCA
380 AAAACAGA-TAATATTTGAATGTCTACAT-AGAAAACGA-GAAG-AAAAAGTCATTC-ATTGGCA
* * * * * * * * ** **
5562 AGCAATGTCCATTTAGAGTCGCTTAAATC-TTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAATTTTA
440 AGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATA-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
5626 TAATCT
504 TAATCT
* * * * * * *
5632 CATAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTA-AATTTTTAGTCAAAACAGATAATATTTGAACGTTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATAATATTTGAATGTCT
* * * * * *
5696 ACATTAGGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTATCTATAGTCACCCATG
64 ACA-TAGG-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATG
** * *
5761 CCTTTGAACA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAA
127 TGTTCGAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
5819 ATTG
Statistics
Matches: 4156, Mismatches: 937, Indels: 426
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
496 1 0.00
497 71 0.02
498 93 0.02
499 126 0.03
500 96 0.02
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503 3 0.00
504 1 0.00
505 1 0.00
506 2 0.00
507 4 0.00
508 209 0.05
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513 494 0.12
514 28 0.01
515 156 0.04
516 116 0.03
517 2 0.00
518 1 0.00
519 1 0.00
520 2 0.00
521 3 0.00
522 1 0.00
525 2 0.00
526 1 0.00
527 4 0.00
528 1 0.00
530 2 0.00
531 29 0.01
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534 110 0.03
535 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTAC
ATAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGTGTT
CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCA
TTCATTGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACTCATACATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAA
TATTTGAATGTCTACATAGAAAACGAGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTAT
AGTCACTCATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
Found at i:1275 original size:158 final size:159
Alignment explanation
Indices: 1012--1639 Score: 407
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 159
1002 CTTTAAATCA
* *
1012 TTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACACATTTGGTTAAAACAAATAATAT
1 TTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAACTTGAATTGTTTTACACATTTGGTTAAAACAAATAATAT
** * *
1077 TTAAATGTCTACATAGGTAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTTCATCTATAG
65 TTAAATGTCTACATAGAAAAACAGGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAG
1142 TGAAAGCCTTATTTACTCGCTTTAAAATTG
130 TGAAAGCCTTATTTACTCGCTTTAAAATTG
* ** *
1172 TTTTATAATCTCATAATT-TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATT
1 TTTTATAATCTCATAATTATTTTAACTTGAATTGTTTTACACATTTGGTTAAAACAAATAATATT
* * * * * *
1236 TGAATGTTTACCTCA-AAAAACGGGAAGAAAAAGTCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATCTATAG
66 TAAATGTCTACAT-AGAAAAACAGGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAG
1300 TTACTCATGCATTCAAAGCCTTA-TTACTCGCTTT-AAA-TG
130 -------TG-----AAAGCCTTATTTACTCGCTTTAAAATTG
* * ** * * *
1339 ATTTTATAATCTC-TAACTTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGCTAAACACAGATAA
1 -TTTTATAATCTCATAA-TT-ATTTTAACTTGAATTGTTTTACACATTTGGTTAAA-ACAAATAA
* * * * * * ** *
1402 TATTTAATTTTTTATATTAG-AAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAATAAAAGTCCACTA
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1466 TAGTCACTCATGAGTTTGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAACA--G
122 -A-T--CT-AT-AG--TGAAAGCCTTATTTACTCGCTTTAAA-ATTG
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1510 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATAGAA-TATTTTGCATTTTTGATTCAAACAGGTAATAT
1 TTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAACTTGAATTGTTTTACACATTTGGTTAAAACAAATAATAT
* * ** * * * * * *
1574 TTTAATGTCTACATAGGAAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCAATGGCAGGAAAGGTTCATCTATAG
65 TTAAATGTCTACATAGAAAAACAGGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAG
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130 T
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Statistics
Matches: 377, Mismatches: 56, Indels: 73
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (159 bp):
TTTTATAATCTCATAATTATTTTAACTTGAATTGTTTTACACATTTGGTTAAAACAAATAATATT
TAAATGTCTACATAGAAAAACAGGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGT
GAAAGCCTTATTTACTCGCTTTAAAATTG
Found at i:1854 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1828--1870 Score: 86
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1818 GTGTTCGAAA
1828 GCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 GCCTTATTACTCACTTTAAAT
1849 GCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 GCCTTATTACTCACTTTAAAT
1870 G
1 G
1871 GTTTTATAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.23, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
GCCTTATTACTCACTTTAAAT
Done.