Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400608.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_38.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16239
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.09, T:0.28
Warning! 4197 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:536 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 359--2165 Score: 1824
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 170
349 NNNNNNNNNN
* *
359 CTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAAAGTCCAT
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ********* *
424 TTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAANNNNNNNNNNT-ATCTCATAAC
65 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATTGTTTTATAATCTCATAAT
* **
488 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATGGA
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * *
530 CTATAATTCAATGTCTA-CTTAGAGAAACATGAAGATAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCC
1 CTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
** *
594 TTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAA
64 TTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
** * * * * *
658 CCGATTTTAAATTGAATATTTATACTTTTTTGGTTAAAACAGA
128 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * ** * *
701 CTATAATTGAATGTTTACC-TCAGGAA-ATGTTCAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAGAGTTC
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG--AAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
764 TTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTTGTTTTATAATCTCATAA
63 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
* * *
829 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-GGAA
128 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG-A
* * * ** * **
872 GTATAATTCAATGTCTA-CTTATAGAAACGCGAAGAAAAATGAATTTGTTGGCAAGAAAAGTCCA
1 CTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
936 TTTATAGTCA-CTCATTCCTTCTAAAGCCATATTACTC-ATTTAAGTTGTTTTATAATTTGATAA
64 TTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
* * *
999 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAATAGA
128 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * ** ** * * *
1042 CTATAATTCAATATGTA-CTTAGAGAAATGTGAAGAAAACTCATTCGTTGTCAAGAAAAGTCCCT
1 CTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
1106 TTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATT
65 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
*
1171 GATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
130 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * *
1212 CTATAATTGAATGTCTA-CTTAGATAAACATGAAGAAAAATGCGTTCGTTGGTAAGAAAAGTCCA
1 CTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ** *
1276 -TTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGAATTATTACTCGCTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAAT
64 TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
** *
1340 T-ACTTTTAAGTTGAATTTTTTTACCCTTTTAGTTAAAATAGA
129 TGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* ** * * * * *
1382 CTATAATTCAATGTCTA-CTTCGAGAAATGTGAAGTAAAACGTATTCGTTGACAAAAAAAGTCTC
1 CTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-C
* * *
1446 -TTTATAATCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGAC-TTAAATTGTTTTATAATCTCAT
63 ATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATTGTTTTATAATCTCAT
* * *
1508 TATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
126 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * ** *
1553 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAACCATGAAGAAAAAGGCATTCATTCCCAAGAAAAGTTCAT
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * ** *
1618 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCATATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
65 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* *
1683 GATTTTAAGCT-AATTTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAA
130 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGA
* * * * *
1724 CTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGTAACAAAAGTCTAT
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * **
1789 TTATAGTCCCCTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAACC
65 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
1854 AATTTTAAGTTGAATTTTTATACTTTTTTGGTTAAAACAGA
130 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * ** * *
1895 CTATAATAGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAATAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
1960 TTATAGTCACCAATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTCTTTTATAAACTCATAATT
65 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
*
2025 GATGTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGA
130 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGA
* * * ** *
2066 CTATAATTGAATG-CTTTCCTCT-ATAAACATGTAGAAAAATAAATTAATTGAG-AAGAAAAGTC
1 CTATAATTGAATGTC-TACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTG-GCAAGAAAAGTC
* *
2128 CATTTCTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
62 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
2166 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1362, Mismatches: 235, Indels: 78
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 55 0.04
170 356 0.26
171 931 0.68
172 19 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
Found at i:739 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 132--2165 Score: 1993
Period size: 342 Copynumber: 6.0 Consensus size: 341
122 NNNNNNNNNN
* * * * *
132 ATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** * *
197 ATGTCTACCTCGAGAAGTATGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 ATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
262 CCCATTCCTTCAAAAATCA-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
130 CCCATTCCTTC-AAAAGCATTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
*************************** *
326 GTTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGA
194 GTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC-TCAGAAACATGA
* *
391 AGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
258 AGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* ********
456 ACTAGCTTTAANNNNNNNNN
323 ACTCGCTTTAA-ATTGTTTT
* * * ** *
476 NT-ATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATGGACTATAATTCA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * *
540 ATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGATAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC
66 ATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * ** *
605 TCATTCCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAACCGATTTTAAAT
131 CCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
670 TGAATATTTATACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAA-ATGTTCA
196 TGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAACATG--AA
** * * * *
734 GAAAAAG-CTATTCATTGATAAGAAGAGTTCTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
259 GAAAAAGAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
798 ACTCGCTTTAAGTTGTTTT
323 ACTCGCTTTAAATTGTTTT
* * * * *
817 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-GGAAGTATAATTC
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG-ACTATAATTG
* ** * * **
881 AATGTCTACTTATAGAAACGCGAAGAAAAATGAATTTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 AATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
946 CTCATTCCTTCTAAAGCCA-TATTACTCA-TTTAAGTTGTTTTATAATTTGATAATTGATTTTAA
130 CCCATTCCTTCAAAAG-CATTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * **
1009 GTTGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTCAATATGTACTTAGAGAAATGTGA
194 GTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT-CAGAAACATGA
** * * * *
1074 AG-AAAACTCATTCGTTGTCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
258 AGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
1138 ACTCGCTTTAACTTGTTTT
323 ACTCGCTTTAAATTGTTTT
*
1157 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * *
1222 ATGTCTACTTAGATAAACATGAAGAAAAATGCGTTCGTTGGTAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCAC
66 ATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
1286 CCATTCCTTCGAAAGAATTATTACTCGCTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATT-ACTTTTAAG
131 CCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAG
** * * * * * **
1350 TTGAATTTTTTTACCCTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTCAATGTCTACTTCGAGAAATGTGAA
195 TTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC-AGAAACATGAA
* * * * * *
1415 GTAAAACG-TATTCGTTGACAAAAAAAGTCTC-TTTATAATCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
259 G-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
1477 TTAGTTGAC-TTAAATTGTTTT
321 TTACTCG-CTTTAAATTGTTTT
* * *
1498 ATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * ** *
1563 ATGTCTACCTCGAGAACCATGAAGAAAAAGGCATTCATTCCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
1628 CCATTCCTTCAAAAGTCA-TATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
131 CCATTCCTTCAAAAG-CATTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
1692 CT-AATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGA
195 TTGAA-TTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACC-TCAGAAACATGA
* * * * * *
1756 AGAAAAAGGA-ATTCATTGGTAACAAAAGTCTATTTATAGTCCCCTATTCTTTCGAAAGCCTTAT
258 AGAAAAA-GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
*
1820 TACTCGCTTTAAATTATTTT
322 TACTCGCTTTAAATTGTTTT
*** * * * *
1840 ATAATCTCATAACCAATTTTAAGTTGAATTTTTATACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATAGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * *
1905 ATGTTTGCCTCA-AGAAACATGAATAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 ATGTCT-ACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
1969 CCAATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTCTTTTATAAACTCATAATTGATGTTAAG
130 CCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
2034 TTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTT-CCTCTATAAACATGT
195 TTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTTACCTC-AGAAACATGA
* * * * *
2098 AGAAAAATAAATTAATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
258 AGAAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
2162 TACT
322 TACT
2166 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1403, Mismatches: 250, Indels: 76
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 32 0.02
340 265 0.19
341 265 0.19
342 735 0.52
343 104 0.07
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
ATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAACATGAAGA
AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATTGTTTT
Found at i:2781 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2470--2956 Score: 511
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
2460 NNNNNNNNGA
* * * * * *
2470 TTTTAAGTTGAAT-TATTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATAATAATTCAATGCCAACTTAGAG
1 TTTTAAGTTAAATGT-TTTTATATTTTT-AGCTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACTTAGAG
* * *
2533 AAACATGAAG-AAAACGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTACAAAT
64 AAACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-
*********
2597 A-CCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATANNNNNNNNNNTGA-
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA-ATCTCATAATGAC
* * * *
2640 TTTTCAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTGGCTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAA
1 TTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAA
*
2704 ACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
66 ACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* *
2769 CTTATTACTCGCTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTAC
131 CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATGAC
* * * * *
2810 TTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTCAATGTCTACTTTGAGAA
1 TTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAA
* ** ** * * *
2875 ATGTGAAGAAAAACATATTTATTGGCAAAAAAAAGTCTC-TTTATAATCACCCATTGCTTCAAAA
66 ACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGGC-AAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* *
2939 GCCTTATTAGTCGATTTA
129 GCCTTATTACTCGCTTTA
2957 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 44, Indels: 14
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 45 0.17
170 114 0.43
171 58 0.22
172 47 0.18
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAA
ACGTGAAGAAAAACGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATGAC
Found at i:3612 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3184--3621 Score: 514
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
3174 NNNNNNNNTT
*
3184 TTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAA-TAAATGTCT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
3248 GGCATTCATTGGTAACAAAAGT-CTTCTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGC
63 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
3312 TTTAAATGTCTTTATTATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAATG
127 TTTAAATGTCTTTATAATCTCATAACCGATTTTAAGTTGAAA-G
* * *
3356 TTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AGGA-TAATAATTCAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGATAA
1 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-GACT-ATAA-TAAATGTCTCCTT-GAGAAACATGAAGAAAA
* * *
3419 AGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGT
62 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
3483 TTTAAAT-TATTTTATAATCTCATAACCGATTTTAAGTTG-AA-
127 TTTAAATGT-CTTTATAATCTCATAACCGATTTTAAGTTGAAAG
* * * *
3524 TTTTTACACCTTTTTGGTTAAAACAAACTATAATAGAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTACA--TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATA-AATGTCT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAA
3589 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
62 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
3622 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 24, Indels: 26
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.03
169 1 0.00
170 72 0.31
171 64 0.28
172 83 0.36
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATAAATGTCTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGC
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGTCTTTATAATCTCATAACCGATTTTAAGTTGAAAG
Found at i:4621 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4205--5844 Score: 520
Period size: 170 Copynumber: 9.6 Consensus size: 171
4195 NNNNNNNNNN
* * *
4205 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAGATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAACAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATGTCT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
4270 CTATTTATAGACACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTCTTTATTATCTCAT
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTCTTTATAATCTCAT
* * *
4335 AACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
130 AACCGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACATTTTTAGTTAAAA
* * *
4377 CAGA-TAATAATTCAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGATAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
1 CAGACT-ATAATTGAATGTCTCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* ********** *
4441 TCCCTTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-TATTTTATAATCTC
64 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT-CTTTATAATCTC
* * *
4505 ATAACCGATTTT-ATTTGAATT-TTTATACCTTTTTGGTTAAAA
128 ATAACCGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACATTTTTAGTTAAAA
* * * *
4547 CAGACTATAATAGAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATGTCT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* **************************** *
4612 CCATTTATAGTCACCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTGT-TTTATAAACTCA
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTCTTTATAATCTCA
** *
4676 TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCCA-TTAAAA
129 TAACCGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACATTTTT--AGTTAAAA
* * * * ** *
4719 TAGACTATAATTGAATGCTTTCCTCT-AGAAATATGTAGAAAAAGAAATTAATTGAG-AAGAAAA
1 CAGACTATAATTGAATG-TCTCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAA
* * ****************** * *
4782 GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGAAACTC
63 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTCTTTATAATCTC
** * * * *
4847 ATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTGCATTTTTAGATAAAA
128 ATAACCGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACATTTTTAGTTAAAA
* * ** * *
4890 CTGACTATAATTGAATGTATACCTCCAAAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATGTCT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ********** * * *
4955 CTATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATTATCTCAT
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTCTTTATAATCTCAT
** * *
5020 AATAGATTTTAAGTTCAATTATTT-TACATTTTTCA-TTAAAA
130 AACCGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACATTTTT-AGTTAAAA
* * ** ******** * *
5061 TAGA-TAATAATTCAATGTCAACTT-AGANNNNNNNNNNG-AAAACGCATTCGTTGGCAAGAAAA
1 CAGACT-ATAATTGAATGTCTCCTTGAGA--AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
5123 GTCTATTTATAGTCACTCATTCCTGC-AAATGCCTTATTACTCACTTTATATTGT-TTTATAATC
63 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTA-AATGTCTTTATAATC
** *********** *
5186 TCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ANNNNNNNNNNTTTTGGTTAAAA
126 TCATAACCGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * **
5230 CAAATTATAATTCAATGTCTACTTAAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTTTTTGGCAAGAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATGTCTCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
5295 CCATTTATAGTCACTCATTCTTTC-AAATGCCTTATTACTTGTTTTAAATTGT-TTTATAACCTC
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTCTTTATAATCTC
********** * * * *
5358 ANNNNNNNNNNTAAGTTAAATT-TTTTTATA-TTTTGGTTAAAA
128 ATAACCGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACATTTTTAGTTAAAA
* * * ** * *
5400 CAGACTATAATTGAATGTCTACTTAGAAAAACGTGAAGAAAAACTCATTCGTTGATCAA-AAAAG
1 CAGACTATAATTGAATGTCTCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAA-
********* *
5464 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAATGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNT-TTTATGATC
63 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCG-CTTTAAATGTCTTTATAATC
** * * * *
5527 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATA-TTTTGGTTAAAA
126 TCATAACCGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * *
5571 CAGACTGTAATTGAATTTCTACTTAGAGAAACGTAAAGAAAAACGCATTCGTTGGCAAGAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATGTCTCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * ********** * *
5636 CTATTTATAGTCACTCATTCCTTNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAAT-TATTTTAAAATCTCA
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT-CTTTATAATCTCA
** * * *
5700 T-ACTTAATTTTAA-ATGAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
129 TAAC-CGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACATTTTTAGTTAAAA
* * * * ** * * *** *
5742 TAGATTATAATTCAATGTCTACC-TCAGGAAATGTGCAG-AAAAGCCATTCATTAATAAGAAACG
1 CAGACTATAATTGAATGTCT-CCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
5805 TCTATTTGTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
64 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT
5845 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1089, Mismatches: 332, Indels: 96
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 43 0.04
170 455 0.42
171 346 0.32
172 239 0.22
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CAGACTATAATTGAATGTCTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTCTTTATAATCTCATA
ACCGATTTTAAGTTGAATTGTTTATACATTTTTAGTTAAAA
Found at i:6628 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6450--7166 Score: 686
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
6440 NNNNNNNNNN
* *
6450 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGCTTTATTATCTCATAATTTATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * *
6515 TGTATTTTAGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACGCGGAG
64 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAAACGTGAAG
**
6580 AAAAATGTATTCGTT-CATTAGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC
129 AAAAATACATTCGTTGCA-TAGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC
* ** * *
6621 TCATTCCTTCAAAAGCCTTAGGACTCACTGTAAATTGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
*
6686 TGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTATAACAGACTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAAATCG-GA
64 TGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAAA-CGTGA
* * * *
6750 AGAAAAACATATTTGTTGACAT-GAAAAGTCCATTTATAGTCAC
127 AGAAAAATACATTCGTTG-CATAGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC
* * ***************
6793 CCATTCCTTCAAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGT
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA--ATGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
6858 T-AAATTTTTTAGCATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTCAATGTCTACTTCGAGAAACGTGAA
64 TGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAAACGTGAA
6922 GAAAAATACATTCGTTGGCA-AGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC
128 GAAAAATACATTCGTT-GCATAGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC
* * *
6964 CCATT-CTTGCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTGATAATCTCATAATT-ATTTTTTA
1 CCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTT-ATAATCTCATAATTGA-TTTTAA
* * * * *
7027 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACACACTA-AATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATG
62 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTA-CTTAGAGAAACGTG
* * * *
7090 AAGAACAAA-GCAGTCATTAGCA-A-AAAAGTCTAC-TTATAGTCAC
126 AAGAA-AAATACATTCGTT-GCATAGAAAAGTC-CCTTTATAGTCAC
7133 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
7167 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 80, Indels: 44
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 46 0.10
170 53 0.12
171 204 0.46
172 137 0.31
173 3 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAAACGTGAAGAA
AAATACATTCGTTGCATAGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC
Found at i:6884 original size:343 final size:322
Alignment explanation
Indices: 6499--7165 Score: 690
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 322
6489 TTATTATCTC
* ** * *
6499 ATAATTTATTTTAAGTTGTATTTTAGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTAGTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTCAATGTCTAC
* ** *
6564 TTAGAGAAACGCGGAGAAAAATGTATTCGTT-CATTAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCATTCC
66 TTAGAGAAACGCGAAGAAAAATACATTCGTTGCA--AGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATT-C
*
6628 TT-CAAAAGCCTTAGGACTCACTGTAAATTGTGTT-ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA
128 TTGCAAAAGCCTTAGGACTCACTGTAAATTAT-TTGATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAA
* *
6690 TTTTTTTTACATTTTTGGTTATAACAGACTATAATTCAATGTCTA-CTTAGAGAAATC-GGAAGA
191 -TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACACACTA-AATTCAATGTCTACCTTA-AGAAA-CAGGAAGA
* * * *
6753 A-AAA-CA-T-ATTTGTTGACATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTAT
252 ACAAAGCAGTCA--T-TAG-CA-AAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
*
6814 TAGTCGCTTTA
312 TACTCGCTTTA
* *
6825 ANNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTAGCATTTTTGGTTAAAACAAA
1 A-----------------TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTAGTA-CATTTTTAGTTAAAACAAA
* *
6889 CTATAATTCAATGTCTACTTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCCT
48 CTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAAACGCGAAGAAAAATACATTCGTT-GCAAGAAAAGTCCCT
** *
6954 TTATAGTCACCCATTCTTGCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTGATAATCTCATAATT
112 TTATAGTCACCCATTCTTGCAAAAGCCTTAGGACTCACTGTAAATTATTTGATAATCTCATAATT
* * * *
7019 ATTTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACACACTAAATTGAATGTCTACCTTAAGA
177 ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACACACTAAATTCAATGTCTACCTTAAGA
* *
7084 AACATGAAGAACAAAGCAGTCATTAGCAAAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
242 AACAGGAAGAACAAAGCAGTCATTAGCAAAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
7149 CTTATTACTCGCTTTA
307 CTTATTACTCGCTTTA
7165 A
1 A
7166 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 30, Indels: 44
0.79 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
340 50 0.18
341 25 0.09
342 43 0.15
343 159 0.56
344 1 0.00
345 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (322 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTAGTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTCAATGTCTAC
TTAGAGAAACGCGAAGAAAAATACATTCGTTGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCTTG
CAAAAGCCTTAGGACTCACTGTAAATTATTTGATAATCTCATAATTATTTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACACACTAAATTCAATGTCTACCTTAAGAAACAGGAAGAACAAAGCAG
TCATTAGCAAAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
Found at i:8913 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 7697--8945 Score: 728
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 172
7687 AACGTAAAGG
* ** * * *** * * *
7697 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAGAGCTTCTAAAGCCTTATAAGT
1 AAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * * * * *
7762 GGCTTTAAATAGTTTTGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT-TTGTTGTAATTTTTATTA
66 CACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTT-TTATATTTTTTATTA
* * * *
7826 AAACAGACTATAATTGAATGTC-TATCTTAGGAAACGTGAAGA
130 AAACAGACTATAATTGAATGTCTTACCTCAAGAAACATGAAGA
* * * * * * *
7868 AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACT
1 AAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** ** * ********** * **
7933 TGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTTATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTGGTTAA
66 CACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAA
* * * * *
7998 AATAGACTATAATTAAAGGTC-TA-CTTAGAGAAACGTGAAGA
131 AACAGACTATAATTGAATGTCTTACCTCA-AGAAACATGAAGA
* ** * * * *
8039 AAAA-TGCATTCGTTTGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCATTCCTCCAAAA-ACTTGATTA
1 AAAAGT-CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTA
* * * * * * * **
8102 CTCATTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATT-TTTTA-ACGGTTTTGG
64 CTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA--TTTTTTA
* ********** *
8165 TTAAAACAAACTATAA-NNNNNNNNNNA-CTTAGAGAAACATGAAGA
127 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTACCTCA-AGAAACATGAAGA
* *** * *
8210 AAAACG-CATTCGTTGGTAAGAACAA-TCCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA
1 AAAA-GTCATTCATTAACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * * *
8273 CCCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAATAT-TTTTATATGTTTTAT
64 CTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTATATTTTTTAT
* * * * *
8337 TAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTT-CCTCGATAAACATGAAGG
128 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTACCTCAAGAAACATGAAGA
* ** * * *
8381 AAAAGGCATTCATTTGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
8446 CACTTTAAATGGTTTTATAAACTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT-A
66 CACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAA
* * *
8510 AACAGA-TAATAATTAAATGTC-TACCCCAAGAAACATGTAG-
131 AACAGACT-ATAATTGAATGTCTTACCTCAAGAAACATGAAGA
** * * ********** *
8550 -AAACCCATTCATTAAGAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAGTCTTATTACT
1 AAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
8614 CGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATAGTTTTAATTAA
66 CACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAA
* ********** **
8678 AACAGACCATAA-NNNNNNNNNNACCTTGAGAAACATGAAGA
131 AACAGACTATAATTGAATGTCTTACCTCAAGAAACATGAAGA
* * *
8719 AAAA-TGCATTTATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATAT-CTTCAAAAGCGTTATTA
1 AAAAGT-CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
8782 CTCGCTTTAAATGGTTATATAAACTCATAATTAATTTTAATTTGAATTGTTTTATATTTTTTATT
64 CTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATT
* ** * * **
8847 AAAATAGACTATAATTGAAT-TCTTGTCTCAAGAAGCGTCTAGA
129 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTTACCTCAAGAAACATGAAGA
* * * *
8890 AAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
1 AAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
8946 TTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 819, Mismatches: 228, Indels: 62
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 43 0.05
168 79 0.10
169 3 0.00
170 99 0.12
171 580 0.71
172 14 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAA
AACAGACTATAATTGAATGTCTTACCTCAAGAAACATGAAGA
Found at i:10567 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10250--10828 Score: 518
Period size: 170 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
10240 NNNNNNNNNT
* * *
10250 GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATACCTTCA
1 GAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCA
* * * * *
10315 AAAACCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACCCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTT
*
10380 GTAATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCATGT-CTCA
130 GTAATTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATG--TGTACTCA
* * * * *
10422 G-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGAGAATAAAAGTCCATTTAGAGTCATCCATTCCTTTA
1 GAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCA
* * * *
10486 AAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAATT-AATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACCCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTT
* * ** *
10550 TTCATTTTTGGTTAAAACGGACTATAATTAAATGTGTACTCA
130 GT-AATTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACTCA
* * * * * *
10592 GAGAAACGCGAAGAAAACGCATTCGTTGATAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCATCCATTCCTTCAA
1 GAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAA
********** ** * * * * * * * *
10657 AAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTAAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACCCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTG
** * * *
10722 TAATTTTTGTTAAAACATACTATAATTTAATGTCTACCTC-
131 TAATTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTA-CTCA
** * * * * * *
10762 GAGAAATATGAAGAAAAGGCATTCATTGATAAGAAACGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1 GAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAA
10827 AA
66 AA
10829 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 64, Indels: 14
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 179 0.53
171 154 0.46
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACCCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTG
TAATTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTACTCA
Found at i:11790 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11415--11799 Score: 481
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
11405 NNNNNNNNNN
* *
11415 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATT
* *** * *
11480 AATTTTCGGTTGAATTTTTTTTCTTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAT
66 AATTTTCGGGTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCCCGAT
* *
11545 AAACATGAAAGAAGAGACATTCATTTACAAGAAAAATCCAT
131 AAACATGAAAGAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATCCAT
* * * * *
11586 TTATAGTCACCCATTCCTTGAAATGCCTCATTACTCATTTTTAATGGTTTTATAAACTCATGATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATT
* * *
11651 GATTTTCGGGT-AATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGA-TAATAATTGAATTTTTACCCCAG
66 AATTTTCGGGTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCCC-G
* ** * * *
11714 AT-AACGTG-TTGAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
129 ATAAACATGAAAGAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATCCAT
* * *
11755 TTATAGTCACCGATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAAT
11800 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 31, Indels: 6
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 65 0.36
170 46 0.25
171 70 0.39
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATT
AATTTTCGGGTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCCCGAT
AAACATGAAAGAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAATCCAT
Found at i:12219 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12033--12566 Score: 481
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
12023 NNNNNNNNNN
* * * *
12033 ATAAACTCCTAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTGCATTTTTCATTAAAATAAACTATAATTGA
1 ATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGA
*
12098 ATTTTTATCTCAG-GAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCA
65 ATGTTTA-CTCAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCA
* * * **
12162 CTTATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAACGGCTTT
129 CTTATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * ********* *
12204 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTANNNNNNNNNNTTAAAACAGACTATAATTA
1 ATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--GCATTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* * ** * * *
12269 AATGTCTACGT-AGAGAAACGTCAAGAAAAA-CGTATTCGTTG-GCAAGAAAAGTCCCTTTATG-
64 AATGTTTAC-TCAGAGAAACATGTAGAAAAAGC-CATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTA-GA
* * * * * *
12330 GTTACTAATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTTCAAATTATTTT
125 GTCACTTATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * ** *
12376 ATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGACCATAATTGA
1 ATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
12441 ATGTTGACCTC-GAGAAA-A-GTGAGGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 ATGTTTA-CTCAGAGAAACATGT-A-GAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGT
* * *
12503 CACCTATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTT
127 CACTTATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
12547 ATAAACTCATAATTGATTTT
1 ATAAACTCATAATTGATTTT
12567 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 69, Indels: 30
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 149 0.53
172 128 0.46
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTTTACTCAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACT
TATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
Found at i:13470 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13144--13934 Score: 548
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 170
13134 NNNNNNNNNN
* ** ****
13144 TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGTGAAAC
1 TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTCAAAAAAC
* * * * * * *
13209 GTG-ATAAAAAGTCATTTATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCC
66 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
********** *
13272 TTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAAACTCATAATTGATT
130 TTATTACT-CGCTTTAAATGCTTTATAAACTCATAATTGATT
* *
13314 TTAACTTGAATTGTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGAGTATAATTG-ATATCCTGTCTCAAAAA
1 TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATA-CCTGTCTCAAAAA
* *
13377 ACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTTAAAAG-
64 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTTAAAAGC
** *
13441 CTTGATTACTTTCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATT
129 CTT-ATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTATAAACTCATAATTGATT
********** ** * * *
13485 TTAAGTTNNNNNNNNNNACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT-AA-ATGTTTACTTAGAGAA
1 TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGT-CTCA-AAAA
* * * * * *
13548 ACATGAAGAAAAA-CGCATTCGTTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAG
64 ACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTTAAAAG
* * * * * *
13612 TCTTATTACTCGCCTTAAATTCTTTTATAATCCCATAATTAATT
128 CCTTATTACTCGCTTTAAATGC-TTTATAAACTCATAATTGATT
* * * ** ** **
13656 TTAAGTTGAATAT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACCACAATTGAATGTCTACCTTGAAAAA
1 TTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTCAAAAAA
* * ** * ** * * *
13720 CGT-AACGAAAATGGTATTCAATG-GCAAGAAAAGTTTAATTATTA-TCACCTATAT-CTTTAAA
65 CATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTA-GAGTCACCCAT-TCCTTTAAA
* * *
13781 AGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTGTAAACTCATAATTGATT
126 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTATAAACTCATAATTGATT
* * * **
13827 TTAAGTTGAATTGTTTTACAATTTTCA-TTAAAATAAACTATAATTGAATACCTGTCTCAGGAAA
1 TTAAGTTGAATTGTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTCAAAAAA
*
13891 CGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAG
65 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAG
13935 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 120, Indels: 53
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 67 0.14
171 380 0.80
172 21 0.04
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATACCTGTCTCAAAAAAC
ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGCTTTATAAACTCATAATTGATT
Found at i:14381 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14035--14644 Score: 469
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
14025 NNNNNNNNNN
* * * * *
14035 AAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAT-ATACCTTCAAAAGCTTT
1 AAGAAAAA-ACCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC-TCATTCCTTTAAAAGCCTT
* * * * **********
14098 ATTACTCG-TTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTNNNNNNNNNNTT
63 ATTACTCGCTTTTAATTG-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGCATTTT
** * * ** * * **
14162 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGTCTAAG-GAAACATG
127 TGGTTAAAACAAACTATAATTAAATATCT-ACTTAGAGAAATGTG
* * *
14206 AAGAAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCAATTTAGAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAACCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
* * * * *
14271 TACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTT
65 TACTCGCTTTTAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAGCATTTTTG
* *
14335 GTTAAAATATACTATAATTAAATATCTACTTAGAGAAATGTG
129 GTTAAAACAAACTATAATTAAATATCTACTTAGAGAAATGTG
** * * * * * *
14377 AAGAAAAATGCATTTATTTGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCTTTAT
1 AAGAAAAAACCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
* **********
14442 TACTCAC-TTTAGATTGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGCATTTTTG
65 TACTCGCTTTTA-ATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGCATTTTTG
* * *
14506 GTTAAAACAAAGTATAATTCAATGTCTACTTAGAGAAATGTG
129 GTTAAAACAAACTATAATTAAATATCTACTTAGAGAAATGTG
* * *
14548 AAAAAAAAACGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTTACTCATT-CTTTCAAAAGCCTT
1 AAGAAAAAAC-CATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTT-AAAAGCCTT
* *
14612 ATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
63 ATTACTCGCTTTTAATTGTTTTATAATCCCATA
14645 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 87, Indels: 23
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 19 0.06
171 250 0.74
172 68 0.20
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAAACCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTTAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGCATTTTTGGT
TAAAACAAACTATAATTAAATATCTACTTAGAGAAATGTG
Done.