Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397589.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5569.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 463 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1922 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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1372 NNNAATATTT
* * *
1382 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATTAGATTA-A
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* ** * * * * * * * *
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* * *
1510 GCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCT-AAGAAAAAAATTC
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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128 GCCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTC
* * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * * *
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66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
* *
1852 AATGAATTGGTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
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* ** * * *
1893 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * * *
1958 AAGCGTTTAAAGAGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGCGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCC
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
* *
2023 AATAAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGAAAACATTC
131 AATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTC
* * * *
2064 AATTATAAAT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATG
1 AATTAT-AATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
* * * * * * *
2128 AAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATAATTGGACTTTT-TATA
65 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TG
* * * *
2192 CAAATGAATGGCTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGAAAACATTC
129 CCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTC
* * * ** * *
2234 AATTATAATATGTTTTAGCTAAAAGCGTAAGAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * ** *
2299 AACCGTCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAATTTAGCTATTCTTGCC
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
** * * * *
2364 AACAAATTGGTTTTTCTTTATTTTTTTCAAGGTAAACATTC
131 AATGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTC
* * * * * **
2405 AATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCAATTTTGAGGCCATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * *
2470 AACCGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCC
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
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131 AATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTC
* * * *
2576 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAAACAATTTTGAGTTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * * *
2641 AACCATTTAAAGAGAATAATAAGGATTTTGGAGGCTTGGGTAACTATAAATAGGCTTTTCTTGCC
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
* **
2706 AATGAATGGTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGAAAACCCTC
131 AATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTC
* * * *
2746 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACAACTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTAT
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
* * * * * *
2811 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGATGACTATAAAGGGGTTTTTCTTG
64 AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * * * *
2876 CCAATGAAAGTGTTTTTCCTCATGTTTC-CAAAGGCAACCATTG
129 CCAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTC
* * * * * * * *
2919 AATTACAATTTGTTTTAGCCAAAAGTGTAAAAACATTCACCTT-AAA--AATTTTGAGGTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * * * * *
2981 AATCATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGTTGACTATAAATGGGGTTTTCTTACT
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
* ** *
3046 AATGAATGTGGTTTTCTTCATGTTTCAAAAAGAAAACATTC
131 AATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTC
* *
3087 AATTACAATCTGTTTTAACAAAAAACGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGGATTAT
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTAT
* * *
3151 AAAACCATTCAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-ATTTC-TG
64 AAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * *
3214 CCAATGAATGGGTTTTCTTCATGTTTATGAA-GACAAACATTC
129 CCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA-AAACATTC
* * *
3256 GATTATAATCTGCTTTGAAC--AAAATGTAAAAAAATTTCAAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 AATTATAATCTG-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-TTC-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
* * *
3319 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
63 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * ** *
3383 AG-CAATGAATGGGTTTTTGTTCATGTTTTTTGAGGTAAACAATT-
128 -GCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAAC-ATTC
* * * * * * *
3427 AATTATAATTTTTTTTAACGAAAAATATAAAAAACATTCGATTTAAAATCAATTATGAGATTA-A
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
* * **** * * * * *
3491 CAAACCATTTGAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAAAATAGCTGACTATAAGTTGACTTTTCTTG
65 -AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* *
3556 CCAATAAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGTAAAA-ATTT
129 CCAATGAATGG-TTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGG-AAAACATTC
* * * * *
3599 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTCAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * * *
3664 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGAGACTAT-AATTGGCTTTTTGTATG
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC-TTTTCT-TG
* * * *
3728 --AATGAATGGCTTTTACTTCACGTTT-TCCTAGGTAAACATTC
129 CCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGAAAACATTC
* * * * * *
3769 GATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * *
3834 AACCGTTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAATTGGGCTTTTCTTGCC
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
* * *
3899 AATGAATTGGTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTC
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* * * * *
3940 AATTATAATCTGTTTTAATAAGAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * *
4005 AAGCGTTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
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*
4070 AATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTA
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* * * * *
4111 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGGTTATGA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * * * * *
4176 AACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTAGACTTTT-TGTAC
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGC
* * * *
4240 AAATGAATGGCTTTTTCTTTAGGTTT-TCAGAGGAAAGCATTC
130 CAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGAAAACATTC
** * * * * * * * *
4282 AATTGCAATTTGTTTTAATAAAAAACGTAAGAAAATTAAATTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * *
4347 AACCATCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATCATTGGGCTATTT-TTGC
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT-TTTCTTGC
* * * *
4411 CAATGAATTGTTTTTTCTTTATGTTTTTCAAGGCAAACATTC
130 CAATGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTC
* * * * * *
4453 AATTATATTCTATTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCAATTTTGAGGCTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
* * * *
4517 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCTTAGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTAC
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* * * *
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130 CAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTC
* * * * *
4624 AATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATCAACCTAAAAAT-AATTTTGAGGTTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
* * *
4688 AAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGGAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
65 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
* * *
4753 CAATGAAAGTGTTTTTCCTCAT-TCTTC-CAATGGCAAACATTC
130 CAATGAATG-GTTTTTCTTCATGT-TTCTCAA-GGAAAACATTC
* * * *
4795 AATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * * * *
4859 AACTATTTAAAGAGGGCAATAAGACTCTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCC
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
* * * * *
4924 AATG-ATTGTATTTCTCGTCATGTTTCTCAGGGCAAAGATTC
131 AATGAATGGT-TTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTC
* * * * * * **
4965 AATTACAGTTTGTTTTAA-AGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGACATTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
* * * *
5029 AAACTATTTAGAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTCGGGTGACTATAAATGGGATTTTCTTG
65 AAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * *
5093 CCAATAAATTGGTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGAAAATATTC
129 CCAATGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTC
* * * * *
5136 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAAT-TAAAACAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
5200 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
65 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
5223 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3085, Mismatches: 489, Indels: 191
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 5 0.00
168 256 0.08
169 163 0.05
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173 57 0.02
174 3 0.00
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Consensus pattern (170 bp):
AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
AATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTC
Found at i:2384 original size:512 final size:511
Alignment explanation
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1372 NNNAATATTT
** **
1382 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATT-AGATTA-
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATT-TTGAGGCTAT
* ** * * * * * * * *
1445 ACAAACCATTTGAAGAGAGTAGCAAGGCTTTTGAAAAGATAGCTCACTATAATTTGACTTTTCTT
64 A-AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* *
1510 GCCAATAAATG-GCTTTTTCTTCACAT-TTTCT-AAGAAAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAA
127 GCCAATAAATGTG-TTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * * *
1572 ATAAAAATCTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA-T-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
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* **
1635 ATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGAGACTATAATT-GACTTTTTGTATGAATGAATGGCTTTTACTT
254 ATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGACTTTTTGTACCAATGAATGGCTTTT-CTT
* * * *
1699 CATGTTTCCCTAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTTAACT
318 CATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTAAACT
* * * *
1764 TAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATG
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* *
1829 ACTATAATTGGGTTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
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* **
1893 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAA
* * * *
1958 AAGCGTTTAAAGAGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGCGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCC
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
*
2023 AATAAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGAAAACATTCAATTATAAAT-TGTTTTAACCAAA
130 AATAAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACCAAA
* * * * *
2087 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATGAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAG
194 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
* * * *
2152 GCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATAATTGGACTTTTTATACAAATGAATGGCTTTTCTTCAAGTT
259 GCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGACTTTTTGTACCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTT
* * **
2217 TCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAGCGTAAGAAAATTAAACTTAAAAT
324 TCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTAAACTTAAAAT
* * *
2282 CAATTATGAGGTTATAAAACCGTCTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATA
389 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATA
** * ** * * *
2347 ATTTAGCTATTCTTGCCAACAAATTGGTTTTTCTTTATTTTTTTCAAGGTAAACATTC
454 ATTGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * * *
2405 AATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCAATTTTGAGGCCATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAA
* * *
2470 AACCGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCC
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
* *
2535 AATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA
130 AATAAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * * *
2599 AATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAAACAATTTTGAGTTTATAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAG
194 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
* * * * * * * *
2664 GATTTTGGAGGCTTGGGTAACTATAAATAGG-CTTTTCT-TGCCAATGAATGGTTTTTTTTCATG
259 GCTTTTGAAGGATTGGGTGACTAT-AATTGGACTTTT-TGTACCAATGAATGGCTTTTCTTCATG
* ** * * * *
2727 TTTCTCAAGGAAAACCCTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACAACTCAACTGA
322 TTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAGAA-AATTAAACTTA
* * * *
2792 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGATGAC
385 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
** * * * * * *
2857 TATAAAGGGGTTTTTCTTGCCAATGAA-AGTGTTTTTCCTCATGTTTC-CAAAGGCAACCATTG
450 TATAATTGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-GTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTC
* * * * * * * * *
2919 AATTACAATTTGTTTTAGCCAAAAGTGTAAAAACATTCACCTT-AAA--AATTTTGAGGTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAA
* * * * * *
2981 AATCATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGTTGACTATAAATGGGGTTTTCTTACT
66 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
* * ** * * *
3046 AATGAATGTGGTTTTCTTCATGTTTCAAAAAGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAA
130 AATAAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* *
3111 ACGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGGATTATAAAACCATTCAAAGAGAGTAATAA
195 ATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
* * * *
3175 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGA-TTTCTG--CCAATGAATGGGTTTTCTTCATG
258 GGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTAT-AATTGGACTTTTTGTACCAATGAATGGCTTTTCTTCATG
*** * * *
3237 TTTATGAA-GACAAACATTCGATTATAATCTGCTTTGAAC--AAAATGTAAAAAAATTTCAAACT
322 TTTCCCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACTAAAAATGTAAGAAAA-TT-AAACT
* * *
3299 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGATTGAGTG
383 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * * * **
3363 ACTATAAATGGGCTTTTCTTAG-CAATGAATGGGTTTTTGTTCATGTTTTTTGAGGTAAACAATT
448 ACTATAATTGGGCTTTTCTT-GCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAC-ATT
3427 -
511 C
* * * * ** * * **
3427 AATTATAATTTTTTTTAACGAAAAATATAAAAAACATTCGATTTAAAATCAATTATGAGATTA-A
1 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATA
* * *** * * * * *
3491 CAAACCATTTGAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAAAATAGCTGACTATAAGTTGACTTTTCTTG
65 -AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* *
3556 CCAATAAATG-GCTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGTAAAA-ATTTAATTATAATCTATTTTAA
128 CCAATAAATGTG-TTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGG-AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
3617 CCAAAAATCTCAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
189 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
* **
3682 ATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGAGACTATAATTGG-CTTTTTGTATGAATGAATGGCTTTTACTT
254 ATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGACTTTTTGTACCAATGAATGGCTTTT-CTT
* * * * * * * *
3746 CACGTTTTCCTAGGTAAACATTCGATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAGAAAATTTAACT
318 CATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTAAACT
* * * * *
3811 TAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCGTTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATG
383 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* *
3876 ACTATAATTGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTC
448 ACTATAATTGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* *
3940 AATTATAATCTGTTTTAATAAGAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAA
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* * *
4005 AAGCGTTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC
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* * *
4070 AATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTAAATTATAATTTGTTTTAACCAAAA
130 AATAAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
4135 ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGGTTATGAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGG
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* * * *
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260 CTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGACTTTTTGTACCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTT
* * ** * * *
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* *
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* * * * *
4393 TCATTGGGCTATTT-TTGCCAATGAATTGTTTTTTCTTTATGTTTTTCAAGGCAAACATTC
452 TAATTGGGCT-TTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * *
4453 AATTATATTCTATTTTAA-ACAAAAATGTAAAAAAATTAAATTTAAAATCAATTTTGAGGCTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATA
* * *
4517 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCTTAGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTAC
65 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
* * * * * * **
4582 CAATGAATGTGTTTTTCTTTATGTTTC-CTAGGGCAAACAATCAATTATAATATGTTTTAATAAA
129 CAATAAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * * *
4646 AAATGTAAAAAAAATCAACCTAAAAAT-AATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATA
193 AAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
* * * * * * * * *
4710 AGGCTTTCGGAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCCAATGAAAGTGTTTTTCCTCA
257 AGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGACTTTT-TGTACCAATGAATG-GCTTTTCTTCA
* * *
4774 T-TCTT-CCAATGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGTAA-AAAATTTAACT
320 TGT-TTCCCAA-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTAAACT
* * * * *
4836 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGGGCAATAAGACTCTTGAAGGCTTGGGTG
383 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * * * * *
4901 ACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATG-ATT-GTATTTCTCGTCATGTTTCTCAGGGCAAAGATT
448 ACTATAATTGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGT-TTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATT
4964 C
511 C
* * * * * * * ***
4965 AATTACAGTTTGTTTTAA-AGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGACATTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATA
* * * *
5029 AAACTATTTAGAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTCGGGTGACTATAAATGGGATTTTCTTG
65 AAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * *
5093 CCAATAAAT-TGGTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGAAAATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCA
128 CCAATAAATGT-GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-
* * * *
5157 AAAAAT-TAAAACAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
191 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
5221 AA
256 AA
5223 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2820, Mismatches: 427, Indels: 165
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
507 2 0.00
508 93 0.03
509 82 0.03
510 196 0.07
511 288 0.10
512 1314 0.47
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAA
AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCA
ATAAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGACTTTTTGTACCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTC
CCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTAAACTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAT
TGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
Found at i:5604 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 5414--5739 Score: 329
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
5404 NNAATAATTG
* * *
5414 GACT-TTTCTTGCCAAATGAATG-GCTTTTTCTTTAGGTTTCCTAAGGTAAACAATCAATTACAA
1 GACTATTTCTTGCCAAATGAATGTG-TTTTTCCTCAGGTTTCCTAAGGCAAAC-ATCAATTACAA
* * * * * * *
5477 TCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAA-ATAATTCAGCTT-AAATCAATTTTGGGCTTATAAAACCATA
64 TCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAACA-AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATA
* **
5540 TAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGT
128 TAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGT
* *
5574 GACTANNNNNNNNNNTTTCTTGCC-AATGAATGTGTTTTTCCTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
1 GACTA----------TTTCTTGCCAAATGAATGTGTTTTTCCTCAGGTTTCCTAAGGCAAACATC
* * *
5638 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAACAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATCA
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*
5703 AACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
121 AACCATATAAAGAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
5740 GGATGACTAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 19, Indels: 18
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 4 0.03
169 38 0.29
170 81 0.61
171 10 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
GACTATTTCTTGCCAAATGAATGTGTTTTTCCTCAGGTTTCCTAAGGCAAACATCAATTACAATC
TGTTTTAACCAAAAAAGTAAACAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAA
AGAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGT
Done.