Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400621.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3810.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2739
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.09, T:0.30
Warning! 539 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:897 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2--1648 Score: 843
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 171
1 T
* * * * * *
2 AGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAATGTG-AAGAAAAAGATATCCACTGGCAAGAAAAGT
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACG-GAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAAAGT
* * * * * * **
66 CCATTTAAAGTCACCCATGCCTTCGAATGGCTTATTACTCGCTTTAAAGGTTTTTATAATCTTAT
65 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATATTTTTATAATCTTAT
* * ********** *
131 AATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTNNNNNNNNNNATTAAAAT
130 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * ** *
173 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGGCAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAAAAAAATC
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGGAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAAAGTC
* * * * * * ********
238 CATCTATTGTCACCTACAT--CTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATGTTTTTANNNNNNNN
66 CATTTATAGTCACC--CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATATTTTTATAATCTTA
** * * *
301 NNATGGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
129 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* ** * ** **
344 AGATAGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAGG-AAGAAAAAGATATTCATCAGCAAAAAAAGT
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-GGAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAAAGT
* * * * * * * * *
408 CTATTCATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTTTTACTTGCTTGAAATATTTTCATAATCTCAT
65 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATATTTTTATAATCTTAT
**** * * *
473 AATTGATTTTAAACCAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT
130 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * *******
515 AAATAATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATG-AAGAAAAAGATATCCAGTGGCAANNNNNNN
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-GGAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAAAGT
*** * * * * * *
579 NNNTTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTATAAATATTTTAATAATCTCAT
65 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATATTTTTATAATCTTAT
** * * *
644 AATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTATGTGTTTCATTAAAAA
130 AATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * ********** *
686 AAATAATTATTGAATGTCTGCCTCNNNNNNNNNNAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGGAAAGTC
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGGAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAAAGTC
*
751 C-TGTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATATTTTTATAATCTTAT
66 CAT-TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATATTTTTATAATCTTAT
*********
815 AATTGATTTTAAGTTGAATTNNNNNNNNNNTTTT-ATTAAAAC
130 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * ** * *
857 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGGGAAGAAAAAGATATTAATTGTCAAGAAAAGTC
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGGAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAAAGTC
* ** * *
922 CATCTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCATTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
66 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGA-TTTAAATATTTTTATAATCTTAT
**********
986 AATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
130 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * *
1028 AGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAG-AAAAGATATCCATTGGTAAGGTAAGTC
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGGAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAAAGTC
* * * *
1092 CATTTATACTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTTATA
66 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATATTTTTATAATCTTATA
*******************
1157 ATTGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTT-ATTAAAAC
131 ATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * ** * * *
1198 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAATGATATCTATTGGCAA-AAAGAGT
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGGAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAA-AGT
* * * * * ** *
1262 CCATTTATAATCACCTATGACTTCGAAAGCCTTATTAC-TCATTTTAAATGCTTTTATAATCTCA
65 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGA-TTTAAATATTTTTATAATCTTA
********** * * *
1326 TNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTT-CTATTTTTGGTTAAAAT
129 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAAC
* * * * * *
1369 AAATAATAATTGAATGTTTAACTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGATATCCATT-GCTAAGAAAAG
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-GGAAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AAGGAAAG
* * * *
1432 TCCATTTATATTCA-CC-TGTCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATATTTTTATAATCTN
64 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGA-TTTAAATATTTTTATAATCTT
********* * * * *
1494 NNNNNNNNNTTTAAATT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
128 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * **** **
1537 AGATTATAATTGTATGTCTA-CTACGAGAAATATTAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGT
1 AGATAATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACGGAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAAAGT
* * * *
1601 CCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
65 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAA
1649 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1116, Mismatches: 329, Indels: 63
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 80 0.07
169 58 0.05
170 163 0.15
171 799 0.72
172 11 0.01
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGGAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATATTTTTATAATCTTATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
Found at i:1238 original size:341 final size:313
Alignment explanation
Indices: 845--1492 Score: 570
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 313
835 NNNNNNNNNN
* * *
845 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGGGAAGAAAAAGATAT-TAATT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAGAAAGAAAAAGATATCT-ATT
* * *
909 GTCAAGAAA-AGTCCATCTATAGTCACCCA-CACCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAT
65 GGCAA-AAAGAGTCCATCTATAATCACCCATCA-CTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAC
*** * *
972 TTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAACAGATAATA
128 TTTTATAATCTCATAAT-------AAGTTAAATTTTTTT-CTATTTTTGATTAAAACAAATAATA
** * * **
1036 ATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAG-AAAAGATATCCATTGGTAAGGTAAGTCCATTTATA
185 ATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATA
1100 CTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATT
250 CTCA-CC-TGTCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATT
1164 TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
312 T--------------------T
* * *
1186 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAATGATATCTATTG
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAGAAAGAAAAAGATATCTATTG
* * * * *
1251 GCAAAAAGAGTCCATTTATAATCACCTATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGCTTT
66 GCAAAAAGAGTCCATCTATAATCACCCATCACTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATACTTT
*** * *
1316 TATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTG
131 TATAATCTCAT-------AATAAGTTAAATTTTTTTCTATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTG
* * * *
1381 AATGTTTAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATATTCA
189 AATGTCTAACTCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATACTCA
*
1446 CCTGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCT
254 CCTGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCT
1493 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 35, Indels: 27
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 46 0.18
341 175 0.68
342 37 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (313 bp):
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAGAAAGAAAAAGATATCTATTG
GCAAAAAGAGTCCATCTATAATCACCCATCACTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATACTTT
TATAATCTCATAATAAGTTAAATTTTTTTCTATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCT
AACTCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTGTCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTT
Found at i:2551 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2165--2735 Score: 462
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
2155 NNTGCCTCAG
** *
2165 GAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGGTAAGGTAAGTCCATTTATACTCACCCAT-ATCTTCAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGA-CTTCAA
* * * ****
2228 AAGCCTTATTACT-ATATTTAAATAATTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTNNNN
65 AAGCCTTATTACTCATATTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTATTT
****** * *
2292 NNNNNNTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTCGA
130 TCTATTTTTTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACGTCGA
* * * **
2334 GAAACATGAAGAAAATGATATCCATTGGTAAGAAGAGTCCATTTATAATCACCCATGACTTCGTA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGACTTCAAA
** *
2399 AGCCTTATTACTCAT-TTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTT-TTTT
66 AGCCTTATTACTCATATTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTATTTT
* * * *
2462 CTATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTAAC-TTGC
131 CTATTTTT--TTAAAACAAATAATAATTGAATGTCT-ACGTCGA
* * * *
2505 GAAACGTGAAGAAAAAAATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCTATGTCTTCAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGACTTCAAA
********* * * * *
2570 AGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNT--TTTTATAATCTTATAATTGATTTTCAATTAAATTT-TTA
66 AGCCTTATTACTC-ATATTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTATTT
* * * * *
2632 TAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTAC-TATGA
130 TCTATTTTT-TTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACGT-CGA
** * * * * * *
2674 GAAATATTAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
1 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGACTTC
2736 GAAA
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 67, Indels: 18
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 88 0.27
170 99 0.30
171 133 0.41
172 2 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGACTTCAAA
AGCCTTATTACTCATATTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTATTTT
CTATTTTTTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACGTCGA
Done.