Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400641.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_383.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.11, T:0.35
Warning! 785 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:855 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4--4429 Score: 3292
Period size: 171 Copynumber: 25.9 Consensus size: 171
1 ATA
* * * * * * **
4 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTACATTTTCGATTAAAATAGACTACG
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * *
69 ATTAAATGTCTATCTTGAGAAA-TGGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-TGAAAAAGTAC-ATTTA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGT-CTATTTA
* * * * * *
131 TTGTCACCTATTCCTTCCAAAGCCTTATTACCCACTTGAAATG
129 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
174 GTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTGTTACATTTTTGTTTAAAACA-A--AT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * *
236 TA-T--ATGTCTACCTTGAGAAA-TGTGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAATTTATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* ** * **
297 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAATCTTTTTACTTGCTTTAAATG
129 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
340 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * *
405 ATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAG-GAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* ** * * * * *
469 GTTTCTTATTTCTTCAAAAGCCTTGTTGCCCGCTTTAAATG
131 GTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * ** ******
510 TTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTGTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGNNNNNN
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
**** * ** * * *
575 NNNNAATGTCTACATCAAGAAACTTG-AGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTGC-ATTTAC
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTAT
* * * * * * *
638 AGTCTTCAATTTCTTCAAAAGCCTCATTGCTCAGTTTAAATA
130 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
680 GTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* ** ** * * * *
745 AATTAAATGTCTATATCAAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTCAC
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
810 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTATTCACTTTAAATA
130 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * ** * *
852 GTTTTATTATCTCAAAAATGATTTTGTGCTCAATTTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * *
917 TAATTGAATGTCTACCGTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATT-ACTAAGAAAAGT-TCATT
64 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCT-ATT
* * **********
980 TATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGTCTNNNNNNNNNNTTTAAATG
127 TATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
1025 ATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTGT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * *
1090 AATTGAATGTTTACCTTGAGAAA-TGTGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATTTATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
1154 TAGTCTCCTATTCCTTCTAAAG-CTTTTCTACTCGCTTTAAATA
129 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATG
* * ** * *
1197 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTCAAATTTTTCATTAAAATATACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
1262 ACTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * ** * *
1327 GTCTCTCATTGCTTCAAAAGCCTCGTTGCTCGCTTTAAATG
131 GTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
1368 TTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACGGA-TAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-AT
* * * * * * **
1432 AGTTGAATGTCTACTTTGAGAAACTTGAAAAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTGC
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * *
1497 AGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATG
130 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
1539 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * * *
1604 AATTAAATGTCTACATTGAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTAAA
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * *
1669 AGT-TACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACCCACTTTAAATA
130 AGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * *
1711 GTTTTATTATCTCA-AACATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTTTACATTTTTGCTGAAAACAGA
1 GTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTCAA----TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * *
1775 CTATAATTGAATATCTA-CTATGAGAAACATGAAGCAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
61 CTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
* * *
1839 TTTATAGTCTTCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
125 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
1886 ATTTTACAATCTCATAATTAATTTTATGTT---TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
1948 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGTA-AAAAAA-TATTCATTGGTAAGCAAAGT-TCATTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTAT
** *
2010 AGTCTCCCGATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAATG
130 AGTCTCCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * *
2052 GTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACACTTTTGGTTAAAACGGCCTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * *
2117 ATTGAATTTCGACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATCGTTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
** * * ** ** *
2182 GTCTCATATTCTTTTAAAAATCTTATTACTCGTTTTAAATA
131 GTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * ** * * *
2223 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTAAATTTAATTATACTTTTGGTTAAAACAGACAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* *
2288 ATTGAATGTCGACCTTGAGAAA-TGTAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTA
* * *
2350 TAGT-TACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATG
129 TAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * ** *
2393 GTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATGTT-TATTTTTTAACATATTTACTAAAAACAGACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * ** * * *
2457 ATTGAATGTTTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTAT
* * * * * *
2521 GGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTGCTCACTTTAAATA
130 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
2563 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTTAATTTTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGA-TC
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-
* * * *
2627 ATAATTTAATATCTACCTTGAGAAA-TGTTAAGAAAAAAGCATCCATTGGC-AGAAAAAGTAC-A
63 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGT-CTA
* ** * *
2689 TTTCTAGTCTCTTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAG
125 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * *
2736 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAATTGTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
********** * ** * * *
2801 AATTNNNNNNNNNNCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTTATTAGCAAGAAAGGTCTATTTAT
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * ******
2866 AGTCTCTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNN
130 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
**** * * * * * * * *
2908 NNNNTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTTAATTTATTTACACTTTTAGCTAAAATAGACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * *
2973 ATTGGATGT-TGAACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGTCAAAAAAAGTCTATTTAT
66 ATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
** * * * ***
3037 AGTCTTTCACTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAANNN
130 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
******* * * * * ** ** * * *
3079 NNNNNNNAATCTTAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTAATTACGCTTTTAGTTAAAA-ATAATAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-AT
* * * * * *
3143 AATTGAATGTCGACCTTGAGAAA-TATGAAG-AAAAAGTATCCATTGCCAAGAAAAGCCGATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * **********
3206 TATTATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNN
129 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * **
3249 GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAGGTAT-AATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAGTTTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TCAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * *** * ** * *
3313 TAATTAAATGTTTTTGTTGAGAAACATGAA-AAAAGGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTA
64 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * *
3377 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACCCACTTTAAATG
129 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * *
3420 GTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGACTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* ** ** * * * * ** *
3485 TAATTAAATACCTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAAGCATCCATTGGCAGGAAAAGTCCGTTGA
64 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
** *
3550 TAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
129 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * ** *
3593 GTTTTATAATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT-CACTTTTTCAATTAAAACTGA
1 G-TTT-T-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTT-GGTTAAAACAGA
* * * * ** * * *** * *
3657 TTATAATTGAGTATCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAAAAAAAAAAGTCCAT
61 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * *
3722 TTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGACTTATTAAC-CAATTTAAATG
126 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATG
* * * * * * * * *
3768 GTTTTATCATCCCGA-AATTGATTTTATGTTTATTTTTTTTTACATATTTGTTTACAATAGACTA
1 GTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
* ** * * * *
3832 TAATTGAATGTCTACGTCAAGAAA-TGTAAAGATAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
64 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* * ********** *
3896 ATGGTCTCCTATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATG
128 ATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
3940 GTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAACAGACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* ********* * * * * *
4005 ATTAAATGT-TNNNNNNNNNNAACATGAAGAAAAAAGCATCCATTGGTAGGGAAAGTCTATTTAT
66 ATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
*
4069 AGTCTCCCATTCCTTCAAAA-CTCTTATTACTCGCTTTAAATG
130 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * * *
4111 GTTATAAAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTTTTGCATATTTTTGGTCAGAAA-AGATTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-TACATTTTTGGTTA-AAACAGACTA
* * * * *
4175 TAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAA-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCTTTTTA
64 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
4238 TAGTCTCTCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAAAG
129 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * * * *
4281 GTTTTATAATTTTATACTT-ACATTTAAGTTGAATTTATTTACACTTTTGGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
4345 AATTGATTGT-TGAACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTA
65 AATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
*
4409 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
129 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
4430 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3356, Mismatches: 798, Indels: 203
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 34 0.01
166 176 0.05
167 10 0.00
168 58 0.02
169 142 0.04
170 601 0.18
171 985 0.29
172 715 0.21
173 353 0.11
174 20 0.01
175 233 0.07
176 29 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
Found at i:1387 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 4--4429 Score: 3327
Period size: 343 Copynumber: 12.9 Consensus size: 342
1 ATA
* * * * * *
4 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTACA-TTTTCGATTAAAATAGACTAC
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTAT
* * * * *
68 GATTAAATGTCTATCTTGAG-AA-ATGGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-TGAAAAAGTAC-ATT
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-GAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGT-CTATT
* * * * * * * * *
129 TATTGTCACCTATTCCTTCCAAAGCCTTATTACCCACTTGAAATGGTTTTATTATCTAAAAATTG
127 TATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
194 ATTTTATGTTCAATTTTTGTTACATTTTTGTTTAAAACA-A--ATTA-T--ATGTCTACCTTGAG
192 ATTTTAAGTTCAATTTTT-TTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * *
253 AAATGTGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
256 AAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
** * *
318 ATCTTTTTACTTGCTTTAAATG
321 GCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
340 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTCAAATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* *
405 ATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAGG-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * * * * *
469 GTTTCTTATTTCTTCAAAAGCCTTGTTGCCCGCTTTAAAT-GTTTTTATAGTCTCATAATTAATT
131 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ** * ********** * **
533 TTAAATTGAATTGTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGNNNNNNNNNNAATGTCTACATCAAGAAAC
195 TTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* * * * *
598 TTG-AGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTGC-ATTTACAGTCT-TCAATTTCTTCAAAAGC
260 GTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGC
* * *
660 CTCATTGCTCAG-TTTAAATA
323 CTTATTACTC-GCTTTAAATG
* * * * *
680 GTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* ** ** * * *
745 AATTAAATGTCTATATCAAGAAACTTGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTCA
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * * * * *
809 CAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTATTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAAATGAT
129 TAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * *
874 TTTGTGCTCAATTTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCGTGAGA
194 TTTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* *
939 AACGTAAAGAAAAAAGCATTCATT-ACTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCTC-CTATTCCTTCAA
257 AACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAA
* **********
1001 AAGTCTNNNNNNNNNNTTTAAATG
319 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
1025 ATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTGT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* ** * *
1090 AATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAATTTATTTAT
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * *
1155 AGTCTCCTATTCCTTCTAAAG-CTTTTCTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
130 AGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
1219 TTTAAGTTCAATTTTTTCAAATTTTTCATTAAAATATACTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAA
194 TTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * * *
1284 CGTAAAGAAAAAAGTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTGCTTCAAAAGCC
259 CGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC
** *
1349 TCGTTGCTCGCTTTAAATG
324 TTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * *
1368 TTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACGGA-TAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-AT
* * * ** * * * **
1432 AGTTGAATGTCTACTTTGAGAAACTTGAAAAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTGC
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
1497 AGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
130 AGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
1562 TTAAGTTCAAGTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACATTGAGAAA
195 TTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * * * * * *
1627 CTTGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTAAAAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGC
259 CGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
1691 CTTGTTACCCACTTTAAATA
323 CTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
1711 GTTTTATTATCTCA-AACATGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTTTACATTTTT-GCTGAAAACAG
1 GTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTTAA----TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAG
* *
1774 ACTATAATTGAATATCTA-CTATGAGAAACATGAAGCAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
60 ACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * *
1838 ATTTATAGTCTTCC-ATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTACAATCTCAT
124 ATTTATAGTC-TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAT
* * *
1901 AATTAATTTTATGTT---TTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
187 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
1962 TCGAGAAACGTGTA-AAAAAA-TATTCATTGGTAAGCAAAGT-TCATTTATAGTCTCCCGATT-C
251 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCTC-ATTCC
* *
2023 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAATG
314 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * * *
2052 GTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACACTTTTGGTTAAAACGGCCTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * *
2117 ATTGAATTTCGACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATCGTTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * ** ** *
2182 GTCTCATATTCTTTTAAAAATCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTT
131 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * ** * * * * * *
2247 TAAGCTAAATTTAATTATACTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAATG
196 TAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* *
2312 TAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGT-TACTCATTCCTTTAAAAGCC
261 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCC
* *
2374 TTATTACCCACTTTAAATG
324 TTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * * *
2393 GTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTATGTTT-ATTTTTTAACATATTTACTAAAAACAGACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * ** * * * *
2457 ATTGAATGTTTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTAT
* * * *
2521 GGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
130 AGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
2586 TAAAGTTTAATTTTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGA-TCATAATTTAATATCTACCTTGAGA
195 TTAAGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * * *
2650 AATGTTAAGAAAAAAGCATCCATTGGC-AGAAAAAGTAC-ATTTCTAGTCTCTTATTCCTTGAAA
257 AACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGT-CTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* *
2713 AGCCTTATTACTCACTTTAAAAG
320 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
2736 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAATTGTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
********** * * ** * * *
2801 AATTNNNNNNNNNNCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTTATTAGCAAGAAAGGTCTATTTAT
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * ********** * *
2866 AGTCT-CTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATTTTATAATTGAT
130 AGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
2930 TTTAAGTTTAATTTATTTACACTTTT-AGCTAAAATAGACTATAATTGGATGT-TGAACTTGAGA
194 TTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGA
* * * * *
2993 AACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGTCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCACTCCTTTAAAAG
257 AACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
***
3058 CCTTATTACTCGCTTTAANNN
322 CCTTATTACTCGCTTTAAATG
******* * * * * ** ** * *
3079 NNNNNNNAATCTTAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTAATTACGCTTTTAGTTAAAA-ATAATAAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-AT
* * * * * * *
3143 AATTGAATGTCGACCTTGAGAAATATGAA-GAAAAAGTATCCATTGCCAAGAAAAGCCGATTTAT
65 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * ********** *
3207 ATTATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTAATAATTGATT
130 AGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ** * * ***
3272 TTAGGTAT-AATTTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAATAGTTTATAATTAAATGTTTTTGTTGAGA
195 TTAAGT-TCAA-TTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* ** * * *
3335 AACATGAA-AAAAGGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAC
257 AACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* *
3399 CCTTATTACCCACTTTAAATG
322 CCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
3420 GTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGACTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
* ** ** * * ** *
3485 TAATTAAATACCTACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAAGCATCCATTGGCAGGAAAAGTCCGTTGA
64 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * *
3550 TAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATAATCTCAAAATT
129 TAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTT-T-ATAATCTCATAATT
* * * * * * * **
3615 GATTTTAAGTTTAATTTTTTT-CACTTTTTCAATTAAAACTGATTATAATTGAGTATCTACATCA
191 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTT-GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * *** * * * *
3679 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAA
254 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* **
3744 AAGACTTATTAAC-CAATTTAAATG
319 AAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATG
* * * * * * *
3768 GTTTTATCATCCCGA-AATTGATTTTATGTTTATTTTTTTTTACATATTT-GTTTACAATAGACT
1 GTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTTA-ATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACT
* ** * * *
3831 ATAATTGAATGTCTACGTCAAG-AA-ATGTAAAGATAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
63 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* ********** * * *
3894 TTATGGTCTCCTATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATT
126 TTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *******
3959 TATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAACAGACTATAATTAAATGT-TNNNNNNNN
191 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGA
** * * * * * *
4023 NNAACATGAAGAAAAAAGCATCCATTGGTAGGGAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAA
255 GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
4088 A-CTCTTATTACTCGCTTTAAATG
320 AGC-CTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * * * * * *
4111 GTTATAAAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTTTTGCATATTTTTGGTCAGAAA-AGATTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT-TACATTTTTAGTTA-AAACAGACTA
* * * *
4175 TAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAA-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCTTTTTA
64 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * * *
4238 TAGTCT-CTCAATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAAAAGGTTTTATAATTTTATACTT-
129 TAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
4300 ACATTTAAGTTGAATTTATTTACACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGT-TGAACTTGA
192 A-TTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGA
* * *
4364 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
255 GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
4429 A
320 A
4430 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3219, Mismatches: 752, Indels: 233
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 19 0.01
336 153 0.05
337 146 0.05
338 6 0.00
339 2 0.00
340 290 0.09
341 559 0.17
342 374 0.12
343 741 0.23
344 163 0.05
345 344 0.11
346 29 0.01
347 296 0.09
348 94 0.03
349 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATG
Found at i:6427 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 6095--6433 Score: 389
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 161
6085 TGCTTTTAAG
* * * * *
6095 TTGA-ATTTATTTACACTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTGAACCTGAGAAATGTGA
1 TTGATATTTAATTACACTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGAACCTGAGAAATGTGA
* * * * * *
6159 AGAAAAAAGTATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATT
66 AGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGCCCTATT
* *
6224 ACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTTATAA
131 ACTCGCTTTAAATGATTTAATAATCTCATAA
6255 TTGATNNNNNNNNNNATTTAATTACACTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCG-ACCTT
1 TTGAT----------ATTTAATTACACTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGAACC-T
* * *
6319 GAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTTATATTATCCCATTGCTTTA
55 GAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTTATAGTATCCCATTCCTTCA
* *
6383 AAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATTATCTCATAA
120 AAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGATTTAATAATCTCATAA
6425 TTGAT-TTTA
1 TTGATATTTA
6434 GGTACAATAT
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 18, Indels: 25
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.03
160 4 0.03
170 88 0.59
171 53 0.36
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TTGATATTTAATTACACTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGAACCTGAGAAATGTGA
AGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTTATAGTATCCCATTCCTTCAAAAGCCCTATT
ACTCGCTTTAAATGATTTAATAATCTCATAA
Found at i:6587 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6282--7558 Score: 438
Period size: 172 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
6272 TTAATTACAC
* * ** *
6282 TTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATTG
1 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCGACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTG
* *
6347 CCAAGAAAAGCCCATTTATATTATCCCATTGCTTTAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGATTT
65 CCAAGAAAAGCCCATTTATATTATCCCATTCCTTTAAAAGCCCTATTACCCGCTTTAAATGATTT
* *
6412 TATTATCTCATAATTGATTTTAGGTACAA-TATTTTTTAC-T
130 TATTATCTAAAAATTGATTTTAGGTACAATTATTTTTTACGT
* * * *
6452 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATTGTCTACGTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCAT
1 TTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTAA-TGTCGACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAAGCATTCAT
* * * * * ** * *
6517 TGGCAAGAGAAGTCCATTTA-ATGTCTCTCATTCCTTTATAAA-CTTTATTACCCGGTTTTAATG
63 TGCCAAGAAAAGCCCATTTATAT-TATCCCATTCCTTTA-AAAGCCCTATTACCCGCTTTAAATG
* * * *
6580 GTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACGT
126 ATTTTATTATCTAAAAATTGATTTTAGGTACAATTATTTTTTACGT
* * *********** *
6626 TTCTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTNNNNNNNNNNAACATGAAGAAAAAAGCATCCATT
1 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCGACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATT
* ** * * * * * * * *
6691 AG--TAGAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGTTTTAAATGG
64 -GCCAAG-AAAAGCCCATTTATATTATCCCATTCCTTTAAAAGCCCTATTACCCGCTTTAAATGA
* * * ** *
6754 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTTGAC-T
127 TTTTATTATCTAAAAATTGATTTTAGGTACAATTATTTTTTACGT
* * * ** * ** * * * *
6797 TTTTTGGTTCAAATAGATTATAATTGGGTATTTACAC-TAAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCA
1 TTTTT-GTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCGAC-CTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCA
* * *********** * * * *
6861 TTGGCAAGAAAAGTCCATNNNNNNNNNNTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAAT-A
62 TTGCCAAGAAAAGCCCATTTATATTATCCCATTCCTTTAAAAGCCCTATTACCCGCTTTAAATGA
** * * *
6925 GTTTTATTATCCCAAAATT-ATTTTTATGTTC-ATT-TTTTTTAC-A
127 -TTTTATTATCTAAAAATTGA-TTTTAGGTACAATTATTTTTTACGT
* * * * * *
6968 TATTTGTTTAAACCATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACCTGATAAAAAAAGTATTCAT
1 TTTTTG-TTAAAACAGACTATAATT-AATGTCGACCTTGAGAAACATGA-AAAAAAAGCATTCAT
* * ** * ** * **********
7033 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATTG-
63 TGCCAAGAAAAGCCCATTTATATTATCCCATTCCTTTAAAAGCCCTATTACCCGCTTTAAA-TGA
* * * * * * *
7097 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-GTTTTTACAT
127 TTTTATTATCTAAAAATTGATTTTAGGTACAATTATTTTTTACGT
*** * ** * *
7141 TTTTTACAAAAACATACTATAATTAAATGTTTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATCCATT
1 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCGACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATT
* * * * * * *********** * **
7206 AG-TAGGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTNNNNNNNNNNAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGAT
64 -GCCAAGAAAAGCCCATTTATATTATCCCATTCCTTTAAAAGCCCTATTACCCGCTTTAAATGAT
* ** * * * **
7270 TATAAAATCTCAAAATTGATTTTATGCT-CAATT-TGTTTTATAT
128 TTTATTATCTAAAAATTGATTTTA-GGTACAATTATTTTTTACGT
* * * * * *
7313 TTTTAGTTACAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA-TATTCATT
1 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCGACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATT
* * * * * * * * *
7377 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAATCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
64 GCCAAGAAAAGCCCATTTATATTATCCCATTCCTTTAAAAGCCCTATTACCCGCTTTAAATGATT
* * * * * ** * **
7442 TTATAATTTAATAATTGATTCTAAGTTGAA-T-TTATTTACAC
129 TTATTATCTAAAAATTGATTTTAGGTACAATTATTTTTTACGT
** * **
7483 TTTTCATTAAAACAGACTATATTTGAATGTCGACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
1 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCGACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATT
**
7548 ATCAAGAAAAG
64 GCCAAGAAAAG
7559 TTCATTTGTA
Statistics
Matches: 828, Mismatches: 245, Indels: 67
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 64 0.08
171 250 0.30
172 375 0.45
173 130 0.16
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAATGTCGACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTGC
CAAGAAAAGCCCATTTATATTATCCCATTCCTTTAAAAGCCCTATTACCCGCTTTAAATGATTTT
ATTATCTAAAAATTGATTTTAGGTACAATTATTTTTTACGT
Found at i:7460 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6046--7583 Score: 1038
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 171
6036 NNNNNNNNNN
* * * *
6046 CCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATTTTATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTATTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATTTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
* * * ** *
6110 CTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGT-TGAACC-TGAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTC
65 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT--ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
* * * *
6173 ATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCTTTCCTTCAAAAG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* * ********** **
6217 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTT-ATAATTGATNNNNNNNNNNATTTAATTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT-TTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
* * * **
6281 CTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCAT
65 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * * * * *
6345 TGCCAAGAAAAGCCCATTTATATTATCCCATTGCTTTAAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * *
6387 CCCTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATTATCTCATAATTGATTTTAGGTACAATATTTTTTACT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTAATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACA
* * * * *
6452 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATTGTCTACGTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCA
65 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* *
6516 TTGGCAAGAGAAGTCCATTTA-ATGTCTCTCATTCCTTTATAAA-
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCTCTCATTCCTTCA-AAAG
* * * * * * * * *
6559 CTTTATTACCCGGTTTTAATGGTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTAC
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTAATAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTAC
* * ********* *
6624 GTTTCTTA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGT-TNNNNNNNNNNAACATGAAGAAAAAAGCATC
64 ATTT-TTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * * *
6687 CATTAG-TAGAAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
127 CATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
6732 CCTTAATACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTGAC
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT-TTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-AC
* * * * * ** * * * * * *
6796 TTTTTTGGTTCAAATAGATTATAATTGGGTATTTACAC-TAAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTC
64 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
**********
6860 ATTGGCAAGAAAAGTCCATNNNNNNNNNNTCATTCCTTCAAAAG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* * * ** * *
6904 CCTTATTACGCACTTTAAAT-AGTTTTATTATCCCAA-AATT-ATTTTTATGTTCATTTTTTTTA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAAT-TTAATAATTGA-TTTTAAGTTCAATTTTTTTA
* * * * *
6966 CATATTT-GTTTAAACCATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACCTGATA-AAAAAAGTAT
63 CATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAAGCAT
* *
7029 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCTTATTCCTTCAAAAG
126 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
********** * *
7075 CNNNNNNNNNNGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTAC
1 CCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATTTAATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTAC
** * * * * *
7139 ATTTTTTA-CAAAAACATACTATAATTAAATGTTTACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATCC
64 A-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * ********
7203 ATTAGTAGGAAAAGTCTATTTATAGTCTC-C-TNNNNNNNNNNAAG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT--TCCTTCAAAAG
* * * * * * *
7247 CCTTATTATTCGCTTTAAATGATTATAAAATCTCAA-AATTGATTTTATGCTCAATTTGTTTTAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT-TTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTAC
* * * *
7311 ATTTTTAGTTACAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA-TATTCA
64 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* *
7375 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAATCCTTTAAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* * * *
7418 TCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTAATAATTGATTCTAAGTTGAATTTATTTACAC
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-
* * * **
7483 TTTTCA-TTAAAACAGACTATATTTGAATGTCGACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
65 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
** * *
7547 TATCAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCTCTCATTCCTTC
130 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 281, Indels: 96
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 146 0.14
171 381 0.37
172 372 0.36
173 130 0.13
174 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATTTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
Done.