Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400649.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3837.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 852
Length: 1420
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.09, T:0.31
Warning! 269 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:827 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--916 Score: 628
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 168
* * * *
1 TTTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTTAACTTTTTTATGGTTTTTATTAAAACATATTATAATT
1 TTTAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTTAATTTTTTTAT-ATTTTTAATAAAACAGATTATAATT
* * * ** * * * **
65 AATTGTCTGCTTCAAGAAATGTGAAGTCAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGNN
64 AAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAA-AAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
******** *
130 NNNNNNNNCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTT
128 ACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
** * * *
171 TCGAAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTAATTAAAACAGATTATAATT
1 T-TTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAA-TAAAACAGATTATAATT
* * **********
236 TAATGTCTA-TCTCGAGAAA-GATGAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAANNNNNNNNNNAG
64 AAATGTCTACT-TCAAGAAACG-TGAAAAAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * *
299 TCACACATACCTTCGAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATGATT
126 TCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* * ** * * * * *
342 GTATAACCTCATAATTGGCTTTAGGTTGAATTTTTGTACAATTTTT-ATAAAAAAAGA-TATAAT
1 -TTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA-TATTTTTAAT-AAAACAGATTATAAT
** * * * * *
405 TGGACGTCTACCTCAAGAAACGTGATTAAAAACATATCCATTGGCAAGAAAA-TTTCATTTATAG
63 TAAATGTCTACTTCAAGAAACGTGA-AAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAG
* * * * * ** *
469 TCACTCACGCCTTCAAAAACCTCATCGCTCGCTTTTTAATGATT
126 TCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGATT
* * * * * *
513 TTATAACCTTATAAATGATTTTAA-TTTAGATTTTTTTATATTTTTAATCAAATAGCTTATAATT
1 TT-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTA-ATTTTTTTATATTTTTAATAAAACAGATTATAATT
* * * * * ********** *
577 GAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAACAAAAAGATATCCATTGGCAAGNNNNNNNNNNTTAGAGTC
64 AAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAA-AAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * *
642 ACCCATGCTTTCGAAAGCCTTACTAGTCGCTTTAAATGCATT
128 ACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-ATT
684 TTTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTCAATAAAACAGATTATAATT
1 TTTAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTT-AATAAAACAGATTATAATT
*** *
748 AAATGTCTACTTTGGGAAACGTGAAAAAAAAATATCCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCA
64 AAATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
**
813 CACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-ATTT
129 CACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TT
* * *
853 TTGTAATCAT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAAT
1 TT-TAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAA-TAAAACAGATTATAAT
917 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 153, Indels: 58
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 7 0.01
170 240 0.43
171 309 0.55
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAATAAAACAGATTATAATTAA
ATGTCTACTTCAAGAAACGTGAAAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACA
CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
Done.