Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397593.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2226.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5513
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.11, T:0.29
Warning! 1202 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:571 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6--1009 Score: 600
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
1 AATGT
* * * *
6 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAATCATTTAAAGC-ACGTAATAAGGCTT
1 AAAA-AATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTT
* * * ************ *
70 TCG-AAGTCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGNNNNNNNNNNNNTTCATGTTT-
64 TTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTGCATGTTTC
* * * * * *
133 CTCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-TAT
128 CT-AAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAAGT-G
* * * * * * * * *
177 AAAAAATTTAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAGGGGAGTAATAAGACTTTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * *
242 GAAGGCATGGTTGGCTATAAATAGTC-TTT-TT-----TGGAT-T-TTTTT-T-CATGTTTCCTA
66 GAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTGCATGTTTCCTA
* *
296 AGACAGACATTCAATTATTATCTATTTTAAC-AAAAATTG
131 AGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAAGTG
* * *** * * *
335 TAACAAAATTCAATTTAAAATCAGTTATGA-TATAATAAAATTGTTTAAAGCGAATACTGAGGCT
1 -AA-AAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAAT-ATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* **********
399 TTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGGATATNNNNNNNNNNATGTTTC
63 TTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTGCATGTTTC
* *
464 CTAAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAAAGTG
128 CTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA-CAAAAAAGTG
*
508 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
573 -TAAGACATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTGCCTGTTTCCT
66 GAAAGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTGCATGTTTCCT
** * * *
637 AAGGCAGATGTTAAATTATTATCTATTTTAGCCAAAAAAGTAA
130 AAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTA-ACAAAAAAGT-G
* * * * * * * *
680 AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTAAGAGATTATAATAACATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* ** * * ********* * * *
745 GAAGGCGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT-GANNNNNNNNNNCTTCACGTTTCTT
66 GAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TATCTTTTTCTGCATGTTTCCT
* * * * *
809 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAAA-TAT
130 AAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAAGT-G
* * * * *
850 AAAAATATTTAACTTT-AAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAA-ATTCAA-TTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * **
914 TT-AAAGGCATTGGTGGCTAT-AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCGTTTTT-TTTATGTTT
64 TTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTTCTGCATGTTT
* * *
976 -CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
127 CCT-AAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA
1010 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 161, Indels: 65
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 5 0.01
159 37 0.06
160 69 0.11
161 3 0.00
162 2 0.00
163 2 0.00
167 5 0.01
168 3 0.00
169 4 0.01
170 134 0.21
171 243 0.38
172 124 0.19
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTGCATGTTTCCTA
AGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAAGTG
Found at i:1674 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 1149--1697 Score: 550
Period size: 173 Copynumber: 3.2 Consensus size: 173
1139 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1149 CAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATCGATGGCTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * *
1214 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATAACTTTCTCTTTATGTTT-TCTGAGGCAAACATTGAAGTAT
66 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCT-TGAGGAAAACATTAAATTAT
* * * * *
1278 TATCTATTTTAACAAAAAATGT--AACAAAATTTAA-TTTAAAT
130 TATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAACTCAACTTAAAAT
* * ********** *
1319 CAATTATGAGATAATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGNNNNNNNNNNCATGAGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * **
1384 AATGGACTTTTC-TACCAATGGATATCTTTTTATTCATGTCTCTCAAGGAAAACATTAAATTATT
66 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGAAAACATTAAATTATT
* * * *
1448 ATCTGTTTTAGTTAAAGATGTAAAAAAAAACTCAACTTAAAAT
131 ATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAACTCAACTTAAAAT
* * *
1491 CAATTATGAGATTATAATAACATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * ** * *
1556 AATAGAGTTTTCTTACCAATTGATATGTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATA
66 AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGAAAACATTAAATTATT
* * * *
1621 ATTTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAAAGTCAACTTAAAAT
131 ATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAACTCAACTTAAAAT
* *
1664 CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGT
1 CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGT
1698 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 77, Indels: 7
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 56 0.19
170 60 0.20
171 9 0.03
172 65 0.22
173 107 0.36
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (173 bp):
CAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGAAAACATTAAATTATT
ATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAACTCAACTTAAAAT
Found at i:2741 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2274--3935 Score: 633
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
2264 NNNNNNNNNT
* * * * ** * * **
2274 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAACCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTATCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTT
* * * * * * *
2339 TAATAAAAAATATAAAAATAATT-AACTAAAAATCAGTTATGAGGTTAT-AAAATCATTTAAAGT
66 TAACAAAAAATATAAAAA-AATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGC
* ** *
2402 GAGTAATCAGGCTTTCAAAGGT-ATGGGTGGCTATAAATGGAC
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGAC
** * * * * ** * * * *
2444 TTTTCTTGCCTGTGGATATCTTTTTCCTCACT-TTTTTCGCAGTAGACTTTCAATTATAATCTGT
1 -TTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCA-TATTTATCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGT
* * * * **********
2508 TTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATT-NNNNNNNNNNAAAATCATTTAAAG
64 TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAG
* *
2572 CGAGCAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGAC
128 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGAC
********* * * * * *
2615 TTNNNNNNNNNNTGAATATCTTTTTCTTCATGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTATAATATTTT
1 TT-TCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTATCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTT
* * * *
2680 TTAATAAAAAATATTAAAAAATTCAAG-TTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGT
65 TTAACAAAAAATATAAAAAAATTC-AGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC
* * *
2744 GAGTAATAAAGTTTTTGAAGGT-ATGGGTGACTACAAATGGAC
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
2786 ATTTCTTGCCAATGCATAACTTTTTCTTCATATTTATTAAGGCAAACATTTAATTATTATCTGTT
1 -TTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTATCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTT
* * * * *
2851 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCGGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCG
65 TTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCG
* *
2916 AGTTAA-AAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGAC
130 AG-TAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * * * *
2957 TTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTTACCTTT-CCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
1 -TTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTATC-AAAGCAAACATTCAATTATAATATGT
* ** * * * **********
3021 TTCATTAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAAATATTTAAAGC
64 TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC
* * * * * *
3086 GAGTAA-ATAGCCTTTTAAAGGCGTGGGTGACTATTAACGGAC
129 GAGTAATA-AGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * ************* * *
3128 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGNNNNNNNNNNTATACATTCAATTATAATCTGTT
1 -TTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTATCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTT
* * * * * *
3193 TTTATAAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATGAATTATGAGATTAT-AAAATCAGTTAAAG
65 TTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAG
* * * *********
3256 TG-GCTAATAAAGCTTTCGAAGGT-ATGGGTGACTANNNNNNNNNN
128 CGAG-TAATAAGGCTTTTGAA-GTCATGGGTGACTA-TAAATGGAC
* * * * * * * * * * * *
3300 TTTCTTACTAATGGATATA-TTTTTATTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTT
1 TTTCTTGCCAATGAATA-ACTTTTTCTTCATATTTATCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTT
* * * * * *
3364 TTAATAAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GGCGTTAT-AAAATCGTTTAAA
65 TTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAG-ATTATAAAAAT-ATTTAAA
*** * * * * *
3427 ATTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT-ATGAGTGGCTAAAAATGAAC
127 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GTCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * * *
3471 TTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTCACGTTTCTC-GAGATAAATATTCAATTATAATTTGT
1 -TTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTATCAAAG-CAAACATTCAATTATAATATGT
* * * ** *
3534 TTTAATAAAAAAAAGT-AAAACATTCAATTTAAAATCAATTATCAA-ATTATAAAAACATTTAAA
64 TTTAACAAAAAATA-TAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * * * *
3597 GCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCAGGGGTGGCTATAACTGGAC
127 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * * ********** *
3641 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCNNNNNNNNNNTATT
1 -TTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTATCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTT
* * * ** *
3706 TTAATAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATGT-TAAGATTATAAAAACCTTTAAGGC
65 TTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAAT-TATAAGATTATAAAAATATTTAAAGC
* * * *
3770 AAGTAATAATGCTTTTCAAAG-CATAGGTGACTATAAATGGAC
129 GAGTAATAAGGCTTTT-GAAGTCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * * *
3812 TTTTCTTGCCAATTG-ATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
1 -TTTCTTGCCAA-TGAATAACTTTTTCTTCATATTTATCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGT
* * * * * *
3876 TTAAATAAAAAA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAA-ATTATGAAAACATTTA
64 TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAAATATTTA
3936 GGTGGCGTTT
Statistics
Matches: 1143, Mismatches: 304, Indels: 89
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 152 0.13
171 871 0.76
172 117 0.10
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCATATTTATCAAAGCAAACATTCAATTATAATATGTTT
TAACAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGAC
Found at i:2975 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 2273--3935 Score: 1296
Period size: 342 Copynumber: 4.9 Consensus size: 343
2263 NNNNNNNNNN
* * * *
2273 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAACCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
2338 TTAATAAAAAATATAAAAATAATT-AACTAAAAATCAGTTATGAGGTTAT-AAAATCATTTAAAG
66 TTAATAAAAAATATTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-ATTTAAAG
* * * * **
2401 TGAGTAATCAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCTGTGGATATCTT
130 TGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
* * * * * * * *
2466 TTTCCTCACTTTTTTCGCA-GTAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAA
195 TTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAA
* * ********** * * * *
2530 TTTAGCTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGTC
259 TTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGC
2595 ATGGGTGACTATAAATGGAC
324 ATGGGTGACTATAAATGGAC
********** * * * * *
2615 TTNNNNNNNNNNTGAATATCTTTTTCTTCATGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTATAATATTTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* *
2680 TTAATAAAAAATATTAAAA-AATTCAAGTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGT
66 TTAATAAAAAATATTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGT
* * * * * *
2744 GAGTAATAAAGTTTTTGAAGGTATGGGTGACTACAAATGGACATTTCTTGCCAATGCATAACTTT
131 GAGTAATAAAGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
** * * * * * **
2809 TTCTTCATATTTATTAAGGCAAACATTTAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
196 TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATT
** * * * * *
2874 CGGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTTAA-AAGGCTTTTGAAGGCG
261 CAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAAGCGAG-TAATAAAGCTTTCGAAGGCA
2938 TGGGTGACTATAAATGGAC
325 TGGGTGACTATAAATGGAC
* * **
2957 TTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTTACCTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * **********
3021 TTCATTAAAAAAT-GTAAAAAAATTTAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAAATATTTAAAG
65 TTTAATAAAAAATATTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAG
* * ** * * * *
3085 CGAGTAA-ATAGCCTTTTAAAGGCGTGGGTGACTATTAACGGACTTTTCTTACCAATGAATATCT
130 TGAGTAATAAAG-CTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
********** * * * *
3149 TTTTCTTCACGNNNNNNNNNNTATACATTCAATTATAATCTGTTTTTATAAAAAATATAAAAAAA
194 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAAATGT-AAAAAA
* * * * * *
3214 ATT-AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCAGTTAAAGTG-GCTAATAAAGCTTTCGAAG
258 ATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAAGCGAG-TAATAAAGCTTTCGAAG
* *********
3277 GTATGGGTGACTANNNNNNNNN
322 GCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
3299 NTTTCTTACTAATGGATATATTTTTATTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
3364 TTAATAAAAAA-ATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GGCGTTAT-AAAATCGTTTAA
66 TTAATAAAAAATAT-TAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG-ATTATAAAAAT-ATTTAA
* * * ** * * * *
3426 AATTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGGCTAAAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATATC
128 AGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC
* * * * *
3491 -TTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAAATATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAAAAGT-AAAA
193 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-AAAAAAATGTAAAAA
* * **
3554 CATTCAATTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAG
257 AATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAG
* * *
3619 GCAGGGGTGGCTATAACTGGAC
322 GCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * ********** *
3641 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCNNNNNNNNNNTATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
** *
3706 TTAATAAAAAATA-TAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATGT-TAAGATTATAAAAACCTTTAAGG
66 TTAATAAAAAATATTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAAT-TATAAGATTATAAAAATATTTAAAG
** * * * *
3769 CAAGTAATAATGCTTTTCAAA-GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATATCT
130 TGAGTAATAAAGCTTTT-AAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
* * *
3833 TTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAAATAAAAAA-ATAAAAAA
194 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAA-AAAAAATGTAAAAAA
* *
3896 ATTTAACTTAAAATCAATTATCAAATTATGAAAACATTTA
258 ATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTA
3936 GGTGGCGTTT
Statistics
Matches: 1009, Mismatches: 286, Indels: 53
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 160 0.16
342 748 0.74
343 97 0.10
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
TTAATAAAAAATATTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGT
GAGTAATAAAGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
TTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT
GGGTGACTATAAATGGAC
Found at i:3364 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 2316--3935 Score: 1046
Period size: 513 Copynumber: 3.2 Consensus size: 503
2306 TTCTTGAGGT
* * * *
2316 AAACATTCAATTATAACCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAATAATT-AACTAAAAATCAGTTAT
1 AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * * * * * *
2379 GAG-GTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATCAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGA
65 G-GCATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAAAAATGAA
** * * * * * *
2443 CTTTTCTTGCCTGTGGATATCTTTTTCCTCACTTTTTTCGCAG-TAGACTTTCAATTATAATCTG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTCTTCACCTTTCTCG-AGATAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * ********** *
2507 TTTTGAT-AAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAATCATTTAAA
192 TTTTAATAAAAAAAAGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAA
* * ** * * * **********
2571 GCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGGACTTNNNNNNNNNNTGAATATCT
256 GCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCAGGGGTGACTATAACTGGACTTTTCTTACCAATGAATATCT
* *
2636 TTTTCTTCATGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATATTAAAAAA
321 TTTTCTTC------A-C---GTATACATTCAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
2701 TTCAAGTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTTGAAGGT
376 TTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAAATAGTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGT
* * *
2766 ATGGGTGACTACAAATGGACATTTCTTGCCAATGCATAACTTTTTCTTCATATTTATTAAGGC
441 ATGGGTGACTACAAATGGACATTTCTTACCAATGCATAACTTTTTATTCATATTTATCAAGGC
* ** * **
2829 AAACATTTAATTATTATCTGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCGGCTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
2893 AG-ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTTAA-AAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGA
66 -GCATTATAAAAACATTTAAAACGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAAAAATGAA
* * * *
2956 CTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTTACCTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTCTTCACCTTTCTC-GAGATAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * ********** * *
3020 -TTTCATTAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAAATATTTAAA
192 TTTTAATAAAAAAAAGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAA
*
3084 GCGAGTAA-ATAGCCTTTTAAAGGC-GTGGGTGACTATTAAC-GGACTTTTCTTACCAATGAATA
256 GCGAGTAATAAAG-CTTTTAAAGGCAG-GGGTGACTA-TAACTGGACTTTTCTTACCAATGAATA
*
3146 TCTTTTTCTTCACGNNNNNNNNNNTATACATTCAATTATAATCTGTTTTT-ATAAAAAATATAAA
318 TCTTTTTCTTCACG----------TATACATTCAATTATAATAT-TTTTTAATAAAAAATAT-AA
*
3210 AAAAATT-AACTTAAAATGAATTATGAGATTAT-AAAATCAGTTAAAGTG-GCTAATAAAGCTTT
371 AAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAAAT-AGTTAAAGTGAG-TAATAAAGCTTT
********** * * * *
3272 CGAAGGTATGGGTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTACTAATGGATATA-TTTTTATTCATGTTTCT
434 CGAAGGTATGGGTGACTACAAATGGACATTTCTTACCAATGCATA-ACTTTTTATTCATATTTAT
* *
3336 CGAGGT
498 CAAGGC
* *
3342 AGACATTCAATTA-TATTCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 AAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * *
3406 GGCGTTATAAAATCGTTTAAAATTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGGCTAAAAATGAAC
65 GGCATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAAAAATGAAC
* * * *
3471 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATAAATATTCAATTATAATTTGTTT
130 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCTTCACCTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
3536 TAATAAAAAAAAGTAAAACATTCAATTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAAGCGA
195 TAATAAAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAAGCGA
*
3601 GTAATAAAGCTTTTAAAGGCAGGGGTGGCTATAACTGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTT
260 GTAATAAAGCTTTTAAAGGCAGGGGTGACTATAACTGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTT
* * * * *
3666 TTTCACGT-TTC--TCAAGGTAGACAT-TCNNNNNNNNNNTATTTTAATAAAAAATATAAAAGAA
325 CTTCACGTATACATTCAA-TTATA-ATAT-----------T-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* *** * ** * *
3727 TTCAACTTAAAATCAATGT-TAAGATTATAAAAACCTTTAAGGCAAGTAATAATGCTTTTC-AAA
376 TTCAACTTAAAATGAAT-TATAAGATTATAAAAATAGTTAAAGTGAGTAATAAAGC-TTTCGAAG
* * * * * * * * ** *
3790 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTG-ATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGG
439 GTATGGGTGACTACAAATGGACATTTCTTACCAA-TGCATAACTTTTTATTCATATTTATCAAGG
*
3854 T
503 C
* * * * *
3855 AGACATTCAATTATAATCTGTTTAAAT-AAAAAA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATC
1 AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** *
3918 AAATTATGAAAACATTTA
66 GCATTATAAAAACATTTA
3936 GGTGGCGTTT
Statistics
Matches: 866, Mismatches: 186, Indels: 112
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
500 4 0.00
501 4 0.00
502 4 0.00
503 2 0.00
506 1 0.00
507 1 0.00
511 40 0.05
512 44 0.05
513 620 0.72
514 146 0.17
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (503 bp):
AAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
GCATTATAAAAACATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAAAAATGAACT
TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCTTCACCTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
AATAAAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAAACATTTAAAGCGAG
TAATAAAGCTTTTAAAGGCAGGGGTGACTATAACTGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTC
TTCACGTATACATTCAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGA
ATTATAAGATTATAAAAATAGTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTACAAA
TGGACATTTCTTACCAATGCATAACTTTTTATTCATATTTATCAAGGC
Done.