Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400664.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3850.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6459
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.08, T:0.26
Warning! 2037 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:396 original size:171 final size:163
Alignment explanation
Indices: 1--741 Score: 420
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 163
* * * * * *
1 CATAATTGATTTTAAGTTAAATGT-TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAATGAATTTCT
1 CATAATTGATTTTGAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCC
**
65 ACCTCATGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCANNNNNNNNNNCCCATGC
65 ACCTCATGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA--------CACCCATGC
* *
130 TTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTGTAATCT
122 CTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTGTGTAATCT
*
172 CATAATTGATTTTGAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTATTAAAACAA-ATTATAATTGAATGTCC
1 CATAATTGATTTTGAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAA-AAGATTATAATTGAATGTCC
* * **
236 ACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCTAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACCCATGC
65 ACCTCATGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC--------CACACCCATGC
*
301 CTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGTTTGTGTAATCT
122 CTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTGTGTAATCT
********* *
343 CATAATT-AGTTTNNNNNNNNNNTTC-TTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAAT-CC
1 CATAATTGA-TTT-TGAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
405 CTACCTTAGGAATCGTGAAA-AAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCA
64 C-ACCTCATGAAACAT-AAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC--C----A--CACCCA
** * ** * *
469 TGCCTTCAAAACCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
119 TGCCTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTGTGTAATCT
* * ** * * *
514 CATAAATGATTTTAAAATGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATACTTGAATGTCTC
1 CATAATTGATTTTGAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTC-C
* * * * * * * * *
579 -CTTCGA-GAAACGTGAAGAGAAAGATATCCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATA
65 ACCTC-ATGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC------CA--CACCCATG
* * * * * * *
642 CCTTTGTAAGCTTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATAA-CTT
121 CCTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTGTGTAATC-T
* * * * * *
685 CACAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
1 CATAATTGATTTTGAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTG
742 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 449, Mismatches: 89, Indels: 64
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.02
171 426 0.95
172 9 0.02
173 1 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (163 bp):
CATAATTGATTTTGAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCCA
CCTCATGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCACACCCATGCCTTTGAAAG
CCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTGTGTAATCT
Found at i:2791 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1623--3028 Score: 932
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 171
1613 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1623 ACTCACTTTAAATGCTTTTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTTAATTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * * *
1687 TTAAAATAGATTATAATTGAATGCCT-CCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCGTTAGTAA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAA
* * * *
1751 GAAAAGTTTATTTATATTCACCCATGTCTTC-ATGAGCCTTATT
129 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTTATT
* * * ** *
1794 ACCCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAACTGATTTTACA-TT-AAAGTTTTTACATTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
** *
1857 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCATG-AAACGTGAAGAAAAAGATA-TCATTGGTAA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCT-TTGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAA
* **
1920 GAAAAGT-TCATTTATACTCACCCATGCCTTCGTGAGCCTTATT
129 GAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * * *
1963 ATTCGCTTTAAACGATTTTATAACCTTATAATTAATTTTAATTTAAAATTTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * *
2028 TAAAACATATTATAATTGAATGCCTACC-TCGGAAACGTAAAGAAAAA-AAATTCATTGGTAAGA
66 TAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGA
* *
2091 AAAGTCTACTTATAGTCACCCATGCCCTT-AAAAGCCTTATT
131 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAAGCCTTATT
* ********** * * * * * * ***
2132 ACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAAATGATTTCAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGG
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * ** ** * *
2197 TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTA--TCTGAACAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGCTAG
66 TAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTTG-A-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAA
********** * **
2260 GNNNNNNNNNNTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGATTTATT
129 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
2303 GCTCGCTTTAATTGATTTTATAACTTCATAATTGATTTTAA-TTTAAGTTTTTTTATATTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTA
********** * * *
2367 TTAAAACAGATTATANNNNNNNNNNTACC-TCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAA
65 TTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAA
* * * * *
2431 GAAAAGTCCATATATAGTCACCCTTGTCTTTGAAAGCCTTATT
129 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
2474 AC-CTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTATTTATATTTTTT
1 ACTC-GCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTT
* ** * * * * * *
2538 ATTAAAACAGATTAGAATTGAATGTTTGCCTCATG-AATCGTGAAGAAAAAAATATCCATTGATA
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCT-TTGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTA
* * * *
2602 AGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGTAAGCTTTATT
128 AGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
2646 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTGAATTTGAATTTTTTTATGTTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * *
2711 TAAAACATATTATAATTGAATACCTACCTTTGAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAGGA
66 TAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGA
* ********
2776 AAAGTCTACTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAANNNNNNNNN
131 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTATT
* * * * * * **
2817 NCTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATCAA-TGAATTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
** * ** * * ** ***
2880 AAAAAAACAGATAATAATTGAATGTTTA--TCTGAATAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTNNN
64 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTTG-A-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGT
******* * * *
2943 NNNNNNNGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTTGAAAGCCTTATT
127 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
2988 GCTCGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA
3029 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 926, Mismatches: 273, Indels: 72
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 199 0.21
170 132 0.14
171 440 0.48
172 147 0.16
173 1 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
TAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGA
AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
Found at i:2827 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1623--3030 Score: 1051
Period size: 343 Copynumber: 4.1 Consensus size: 338
1613 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
1623 ACTCACTTTAAATGCTTTTGTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTTTAATTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAA-TTTAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * * * * *
1688 TAAAATAGATTATAATTGAATGCCTCCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCGTTAGTAAGA
65 TAAAACATATTATAATTGAATACCTACCTCGA-AAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGA
* * * * * * * * *
1753 AAAGTTTATTTATATTCACCCATG-TCTTCATGAGCCTTATTACCCT-CTTTAAATGATTTTATA
129 AAAGTCTACTTATAGTCACCCATGCCCTT-A-AAACCCTAATA-ACTACTTTAAATGATTTTATA
* * *
1816 ACCTCATAACTGATTTTACA-TTAAAG-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
191 ATCTCATAAATGATTTTA-AGTTGAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* *
1879 GTTTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGATATCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATACTCACCCA
255 GTTTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGATATCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
* *
1944 TGCCTTCGTGAGCCTTATT
320 TGCCTTCGTAAGCTTTATT
* * * *
1963 ATTCGCTTTAAACGATTTTATAACCTTATAATTAATTTTAATTTAAAATTTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTT-AATTTTTTTATATTTTTTAT
* * *
2028 TAAAACATATTATAATTGAATGCCTACCTCGGAAACGTAAAGAAAAA-AAATTCATTGGTAAGAA
65 TAAAACATATTATAATTGAATACCTACCTCGAAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAA
* * * **********
2092 AAGTCTACTTATAGTCACCCATGCCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATC
130 AAGTCTACTTATAGTCACCCATGCCCTTAAAACCCTAATAACT-ACTTTAAATGATTTTATAATC
* * *** * * *
2157 TCATAAATGATTTCAAGTTGAA-TGTTTTCACATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTC
194 TCATAAATGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * ** ** * * **********
2221 TATCTGAACAAACAAGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGCTAGGNNNNNNNNNNTTATAGTCACCCAT
258 TACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAG--ATATCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT
* * *
2285 GCGTTCGAAAGATTTATT
321 GCCTTCGTAAGCTTTATT
* * * *
2303 GCTCGCTTTAATTGATTTTATAACTTCATAATTGATTTTAATTTAAGTTTTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTAA-TTTTTTTATATTTTTTAT
* ********** *
2368 TAAAACAGATTATANNNNNNNNNNTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGA
65 TAAAACATATTATAATTGAATACCTACCTCGA-AAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGA
* * * * * * * * *
2433 AAAGTCCA-TATATAGTCACCCTTGTCTTTGAAAGCCTTATTACCTGCTTTAAATGATTTTATAA
129 AAAGTCTACT-TATAGTCACCCATGCCCTT-AAAACCCTAATAACTACTTTAAATGATTTTATAA
* * *
2497 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTATTTATATTTTTTATTAAAACAGATTAGAATTGAATG
192 TCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAGTTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
2562 TTTGCCTCATGAATCGTGAAGAAAAAAATATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA
256 TTTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGATAT-CATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
*
2627 AGCCTTCGTAAGCTTTATT
320 TGCCTTCGTAAGCTTTATT
* *
2646 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTGAATTTGAATTTTTTTATGTTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTT-AATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * *
2711 TAAAACATATTATAATTGAATACCTACCTTTGAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAGGA
65 TAAAACATATTATAATTGAATACCTACC-TCGAAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGA
********** *
2776 AAAGTCTACTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAAT-AGTTTTATA
129 AAAGTCTACTTATAGTCACCCATGCCCTT-AAAACCCTAATAACT-ACTTTAAATGA-TTTTATA
* * * ** ** *
2839 ATCTCATCAATGAATTTAAGTTGAA-TGTTTTCACATTTTAGAAAAAAACAGATAATAATTGAAT
191 ATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * ********** *
2903 GTTTATCTGAAT-AAATGTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTNNNNNNNNNNGTCCATTTATAGTCAC
255 GTTTACCT-CATGAAACGTGAAGAAAAAG--ATATCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* * * *
2966 CCATGCGTTTGAAAGCCTTATT
317 CCATGCCTTCGTAAGCTTTATT
* * *
2988 GCTCGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATT
1 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATT
3031 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 808, Mismatches: 233, Indels: 52
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.00
337 5 0.01
338 60 0.07
339 73 0.09
340 187 0.23
341 19 0.02
342 201 0.25
343 253 0.31
344 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
ACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTAATTTTTTTATATTTTTTATT
AAAACATATTATAATTGAATACCTACCTCGAAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAA
AGTCTACTTATAGTCACCCATGCCCTTAAAACCCTAATAACTACTTTAAATGATTTTATAATCTC
ATAAATGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC
CTCATGAAACGTGAAGAAAAAGATATCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTT
CGTAAGCTTTATT
Found at i:6204 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5867--6459 Score: 528
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
5857 NNNNNNNNNN
* * *
5867 TTAAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACTTGAA
1 TTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACATGAA
* * * * **
5932 GAAAAAGATATCCATTGGCAACAAAAGT-TCATTTATAGTCATCTATGCCTTCATGAGCCTTATT
65 GAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCTATG-CTTCAAAAGCCTTATT
* ********** *
5996 ACTCGCTTTAAATANNNNNNNNNNCTTATAATTGATTTTAAT
128 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAT
* ** ** *
6038 TTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAAC-GTCTTATAATTGAATACCTACCTCAAAAATGTGAG
1 TTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACATGAA
* *
6102 GAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTA
65 GAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATG-CTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * *
6167 CTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAAATGATTTTAAG
129 CTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAT
* * * *** * * * * *
6208 TT-GAATATTTTCACATTTTTGGGTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTATCTAAACAAACATAA
1 TTAAAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACATGA
** * * * * * *
6272 AGAAAAAGCCATTTATTGCTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCATTCGAAAGCCTTATT
64 AGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGC-TTCAAAAGCCTTATT
* *
6337 GCTCACTTTAAAT-GATTTTATAACCTCATAATTGTTTTTAAT
128 ACTCACTTTAAATAG-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAT
* * * *
6379 TTAGAATTTTTTATATTTTTAATTAACACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
1 TTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACATGAA
*
6444 AAAAAAGATATTCATT
65 GAAAAAGATATTCATT
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 82, Indels: 18
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 126 0.38
171 197 0.60
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAACATGAAG
AAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCTTCAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAT
Done.