Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400666.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3852.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 621
Length: 1035
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Found at i:686 original size:339 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--910 Score: 902
Period size: 339 Copynumber: 2.7 Consensus size: 337
* * * * * * *
1 TTTTATAATCACATAATTCATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAACACGGATTACAA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGA-TACAA
* * * ** * *
66 TTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTAACTAAAAAAGTCTATTTATA
63 TTGAATGTCTGTCTCGAA-AAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAAAAAAGTCAATTTATA
* * * * * * * *
130 GTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTT
126 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATAT
* * * *
195 TAAGTTGAATTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATATATTTGAATGTCTGTCTTGAAAAAATAT
191 TAAGTTGAATTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATAGAATTGAATATCTGTCTTGAAAAAACAT
**
260 AAAGAAAAACCCATTCATTGACTACAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
256 AAAGAAAAACCCATTCATTGACTACAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA
* *
325 TTTCTCGCTTTAAATGG
321 TTACTCGCTTTAAATAG
*
342 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATAGAATT
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATACAATT
*
407 GAATGTCTGTCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTC-ATTTATAGT
65 GAATGTCTGTCTCGAAAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAA-AAAAAGTCAATTTATAGT
* * *
471 CACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATATT-
128 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTA
** * * ** *
535 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGATTATCTGT-TTGAGGAAACGT
193 AGTTGAA-TTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGA-TAGAATTGAATATCTGTCTTGAAAAAACAT
* * * * * * ** * *
599 GAAGAAAAAGCCGTTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCTTTTAAAAGCCTT
256 AAAGAAAAACCCATTCATTGACT-ACAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* *
663 ATTACTCGTTTTGAATAG
320 ATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * * *
681 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTATTTCTTTT-ATATTTTTGACTAAAACAAGCTATA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTT-TTTTCAT-TTTTAG-TTAAAAC-AGATACA
* * * * *
745 ATTAAATGT-T-TACTTCGAAAAACCTGAAGAAAAACCCATTCATAGGTAAAAAAAGTCAATTTA
62 ATTGAATGTCTGT-C-TCGAAAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAAAAAAGTCAATTTA
* * * * *
808 TAGTCACCCGTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTCAT
124 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
873 TTTAAATTGAGTATGTTAATATTTTTTA-TTAAAACAGA
189 ATTAAGTTGAAT-TTTTTATA-TTTTTACTTAAAACAGA
911 CTATAATAAA
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 82, Indels: 31
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 14 0.03
339 235 0.50
340 59 0.13
341 138 0.29
342 20 0.04
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (337 bp):
TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATACAATTG
AATGTCTGTCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCAATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGT
TGAATTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATAGAATTGAATATCTGTCTTGAAAAAACATAAAGA
AAAACCCATTCATTGACTACAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATAG
Found at i:801 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1035 Score: 857
Period size: 170 Copynumber: 6.1 Consensus size: 170
* * * * * * ** * * *
1 TTTTATAATCACATAATTCATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAACACGGATTACAA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ACTAAAACAGA-TAGAA
* * * * * **
66 TTGAATGTCTG-CCTC-AAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTAACT-AAAAAAGTCTATTTA
64 TTGAATGTCTGTCTTCGAA-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-GGTAAAAAAAGTCTATTTA
* * * * *
128 TAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAAT-G
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* *
171 ATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTACTTAAAACAGATATAT
1 -TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAC-TAAAACAGATAGAA
* * * * *
235 TTGAATGTCTGTCTT-GAAAAAATATAAAGAAAAACCCATTCATTGACT-ACAAAAGTCCATTTA
64 TTGAATGTCTGTCTTCG-AAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTG-GTAAAAAAAGTCTATTTA
* ** * *
298 TAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGG
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* *
342 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGATAGAAT
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-CTAAAACAGATAGAAT
** * *
406 TGAATGTCTGTC-TCGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATTC-ATTTATA
65 TGAATGTCTGTCTTCGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAA-AAAAAGTCTATTTATA
* * *
469 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGG
129 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * ** *
511 TTTTATAATCTCGTAATTGATATT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTAGAA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTACTAAAACAGA-TAGAA
* * * * * * *
575 TTGATTATCTGT-TT-GAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
64 TTGAATGTCTGTCTTCGA-AAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
638 AGCCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTGAATAG
128 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
681 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-TATTTCTTTTATATTTTTGACTAAAACAAGCTATA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTT-ACTAAAAC-AGATAGA
* * * *
745 ATTAAATGT-T-TACTTCGAAAAACCTGAAGAAAAACCCATTCATAGGTAAAAAAAGTCAATTTA
63 ATTGAATGTCTGT-CTTCGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTA
* *
808 TAGTCACCCGTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * * * * * * *
852 TTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAATTGAGTATGTTAATATTTTTTATTAAAACAGACTATAA
1 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTACTAAAACAGA-TAGAA
** * * * * ** * * * ** *
917 TAAAATGT-TAGTC-ACTAGACATGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGG-CGAAAAAGCTCTATTTG
64 TTGAATGTCT-GTCTTCGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAAAAAAG-TCTATTTA
* *
979 TAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAG
127 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
*
1023 TTTTATAATCTCA
1 TTTTGTAATCTCA
Statistics
Matches: 709, Mismatches: 125, Indels: 60
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 14 0.02
169 124 0.17
170 289 0.41
171 270 0.38
172 11 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTACTAAAACAGATAGAATT
GAATGTCTGTCTTCGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
Done.