Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397595.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4560.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5449
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.10, T:0.34
Warning! 502 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:850 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2723 Score: 2092
Period size: 171 Copynumber: 16.0 Consensus size: 171
* * *
1 AATTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACGT
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * *
65 GAAGAAAAA-ATATCCA-TGGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCTT
66 GAAGAAAAAGATATCCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
** * *
128 ATTACTAACTTTATACGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
130 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * ** * *
170 AATTTAAATTTTTTTATATATATT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAACAAACAT
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * * * * **********
234 GAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGACAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTNNNNNNNNNNTA
66 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
299 TTACTCG-TATTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
131 TTACTCGCT-TTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
340 AAGTT-AATTTTTTCTACATTTTTTACTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACATTGAGAAACA
1 AATTTAAATTTTTT-TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
********** * * * *
404 TGAAGAAAAAGANNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCATGCCTACTG-AAGGCT
65 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAAAGCCT
**********
468 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTANNNNNNNNNNATTGATTTT
129 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* ** *
511 AATTTAAAATTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGGGTGTCTACCTTGAGAAATGT
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* *
575 AAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTA
66 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* **********
639 TTACTCGCTTTAAATAATTTTATANNNNNNNNNNTGATTTT
131 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * *
680 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTACAATTGATTGTCTGCCTTAAGAAACGT
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * *
745 GAAGAAAAAGATAACCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAAG-CTT
66 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTT
* * *
809 ATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTT
130 ATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * ** * *
851 AATTTAAAGTTTTTTATA-TTTTTATTGAAAA-ATATTATTTTTGAATGTCTACGTCGAGAAACG
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
** * * * * * *
914 CAAAGAAAAAGATATCCTTTGGCAAGAAAAATCTATTTATGGTCACCCATTCCTTCGAAAG-TTA
65 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-
* **********
978 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCNNNNNNNNNNTT
129 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * ** * *
1021 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTAT-A---AATATCTGCCTCAAAAAATGT
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * * * * * *
1082 GAAGAAACAGATATTCATTGGTAAAAAAAGTCCTTTTAAAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
66 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * ****
1147 TTACTCGCTTTGAATGATTTTTTAATCTCATAATT-AGNNNN
131 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGA-TTTT
****** * * ** * * * *
1188 NNNNNNAACTTTTTTACAACTTTTATTAAAA-AAATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAAAACAT
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * **********
1251 AAAGAAAATGATATCCATTGGCAA-AGGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCNNNNNNNNNNTT
66 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * *
1315 ATTACTCGCCTTAAATAATTTTATATCCTCATAATTGATTTT
130 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * *
1357 AATTTAAATTTTTTTATATTTTGTATAAAAACAAATTATAATTGAATATCTA-CTTCGAGAAACG
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACG
********** * *
1421 TGAAGAAAAAGATATCCATTNNNNNNNNNNGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTT
65 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * *
1486 ACTATTTGCTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
130 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * **
1528 AATTTTAA-TTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTATATTGAGAAACGT
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * *
1591 GAAGGAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTA
66 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
1656 TTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAACCTTATAATTGATTTT
131 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * *
1697 AA-GTAGAATTTCTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCG-GAAAA
1 AATTTA-AATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAA
* * ** *
1760 TGAGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCC
63 CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * *
1825 TTATTGCTCGCTTAAAATAGATTTT-TAATCTCATAATT-AGTTTT
128 TTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAACCTCATAATTGA-TTTT
* * * * * * * * * ** *
1869 GAGTTGAACTTTTTAACAATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGA-CTCAAAAAAAC
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCT-TGAGAAAC
* * * ** * * *
1933 GTAAAG-AAATGATATCCATTGACAAGAGGAGTCCACTTAGAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCT
64 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * **********
1997 TATTACTCACCTTAAATGCTTTTATAACCTCATNNNNNNNNNN
129 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * *
2040 AAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTCGAAAAACAT
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * *
2105 TAAG---AA-A-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTA
66 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *
2165 TTATTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
131 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
********** * * * ** *
2206 NNNNNNNNNNTTATAATATTTTTTATT-AAATAGATTATAATTGAATG-CTTACCTCAAAAAACG
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACG
* *
2269 T-AAGGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCT
65 TGAA-GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
2333 TATTACTCACATTAAATGATTTCATAACCTCATAATTAATTTT
129 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * *
2376 AAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGT
1 AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
* * * * * * * *
2441 GAAAAAAAAAGATATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAATAACCCATACCTTCGAGAGCCTT
66 G-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * *
2506 ATTACTCGCTCTAAAT-AGTTTTGTAAACTCATAATTTG-TTTT
130 ATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAA-TTGATTTT
* * * * * * *
2548 AAGTTGAATTTTTTTAT-TATTTTTATTTAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTCGAGAAACA
1 AATTTAAATTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * * * ** * *
2612 TGAAGAAAAAGATATCTAGTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATTCCTTCGAAAGCTTT
65 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* *
2677 ATTACTCACTTTAAGTGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
130 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
2719 AATTT
1 AATTT
2724 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 2002, Mismatches: 490, Indels: 122
0.77 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 33 0.02
166 93 0.05
167 112 0.06
168 7 0.00
169 380 0.19
170 516 0.26
171 555 0.28
172 295 0.15
173 9 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
Found at i:3116 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2899--3247 Score: 364
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
2889 NNNNNNNNNN
* * * * *
2899 CTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTTTAATCTCATAGTTATTTTTAAGCT-GAACTTTTTACAAT
1 CTTATTACTCCCTATAAATGCTTTTATAAACTCATAATTATTTTTAAGCTAGAACTTTTTACAAT
* *
2963 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATCAAAAAACTTAAAG-AAAATGATATCCATT
66 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATCAAAAAACATAAAGCAAAA-AATATCCATT
* * * **
3027 AGCAAGAGAAGGCCATTTATAGTCACCCATGGCTTTGAAAGG
130 AGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAC
* ********** *
3069 CTTATTACTCCCCT-TAAATGCTTTTATAAACTCATAATTGA-TTTTAAGTTNNNNNNNNNNATA
1 CTTATTACT-CCCTATAAATGCTTTTATAAACTCATAATT-ATTTTTAAGCTAGAACTTTTTACA
* * * *
3132 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCATAAAACATAAAGCAAAAAATATTCAT
64 ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATCAAAAAACATAAAGCAAAAAATATCCAT
* * *
3197 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAC
129 TAGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAC
3240 CTTATTAC
1 CTTATTAC
3248 ACGTTTTAAA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 30, Indels: 7
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 38 0.26
171 103 0.71
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCCCTATAAATGCTTTTATAAACTCATAATTATTTTTAAGCTAGAACTTTTTACAAT
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCATCAAAAAACATAAAGCAAAAAATATCCATTA
GCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAC
Found at i:5040 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4006--5064 Score: 745
Period size: 172 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
3996 NNNNNNTTGA
* * * *
4006 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
********** *
4071 ATNNNNNNNNNNTTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAA-ATATTATAATTGA
66 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
* * * *
4134 ATATCTATCTCAAGAAATGTAAAGAAAAGGATATCCATTGG
131 ATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-GATATCCATTGG
* * * * *
4175 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGTCACCCATGCCTTCGAACGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-AG
1 CAAGAAAAGTCCATTTATA---GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-
* ** * * * * *******
4239 TTTTTTAATTTCATAATTCG-TTTTAATTTGGATTTTTTTATA-TTTTTATAAAAAAANNNNNNN
62 TTTTATAACCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATA
*** * *** **
4302 NNNGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-AATGAAAAAGATATTTTTTAA
126 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA-G-AAAAGATATCCATTGG
** * * ********** **
4348 CAAGAAACCTCTATTTATGGTCACCCATGCCTNNNNNNNNNNTATTACTTACTTTAAATGATTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * * *
4413 ATAACCTCATATTTGATTTTAATTTG-ATTTTTTTATATTTTTTACTAAAATATATTATAATTGA
66 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
* *********
4477 TTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAANNNNNNNNNNATTGG
131 ATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA-AAGATATCCATTGG
* * **
4518 CAAGAAAAGTCCTTTTATAGTTACACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ANNN
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TT
******* * * * *
4582 NNNNNNNCTCATAATTAGA-TTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTATCAAAAGAGATTATAAT
64 TTATAACCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAAT
* * * *
4646 TGAATGTCTGCCTCAAAAAACGT-AGAGAAAATTACATCCATTGG
128 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAA-GATATCCATTGG
* * * * *
4690 CAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATAATTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * **********
4755 ATAACATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTATATTTTTTATTAAAANNNNNNNNNNTTG
66 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
* *
4820 AATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTAG
130 AATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGG
* * * * *
4862 TAAGAAAAGTCCATTTAT-GTTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATGATTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * *
4926 CATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTTATTAAAACATATTATAATTG
65 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
* *
4991 AATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGATATCCATTGG
130 AATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAGATATCCATTGG
*
5033 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
5065 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 199, Indels: 50
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 32 0.05
170 108 0.16
171 182 0.27
172 290 0.44
173 49 0.07
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
ATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGATATCCATTGG
Done.