Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400685.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3869.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6409
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 1230 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:361 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--957 Score: 1020
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 169
* * *
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTACA
** * ** * *
66 TTTTTAATCAAAA-AGGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACCTAAAGAACAAGGGATTCA
65 TTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-AAGAA-AAAGGATTCA
* * *
130 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAG
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
173 CCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTCTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
* * * * *
238 TTTTGGTTAAAACAGACTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAACGAAATAAGCATTTATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAA-GAAA-AAGGATTCATT
* * ****
303 GAG-AAGAAAACTCCATTTATAATCTTTTATTCCTTCAAAAG
129 G-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
344 CTTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
* *** * *
409 TATTGGTTAAAACAGATTGCGATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-AAGAAAAA-GGATTCATT
* * * *
474 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCTATTCTTTCAAAAG
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
515 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
* ** * * * ** *
580 TTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTATCTCAAGAAACGTGAGAAAAAATACATTCATG
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAG-AAAAA-GGATTCATT
* * *
645 GGCAAGAAAAGTCTA-TTAAAGTCACCCATTCCGTCAAAAG
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
685 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACA
* * * * * *
750 TTTTTGGTGAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTACCTCGAGATATGTGGAGAAAAAGAGATTCAT
65 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-AAGAAAAAG-GATTCAT
* ** *
815 TGGGAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * ** * * *
857 CCTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTATAAAATCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
* * * *
922 TTTTGATTAAAACAGATAATAATTCACTGTCTACCT
66 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
958 TGAAAAATAT
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 123, Indels: 25
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 77 0.12
171 451 0.69
172 122 0.19
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAGAAAAAGGATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
Found at i:654 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--957 Score: 1183
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 340
* *
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTACA
** * ** * *
66 TTTTTAATCAAAA-AGGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACCTAAAGAACAAGGGATTCA
65 TTTTTGGTCAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCA
*
130 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-TCCCATT-TCTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAAT
129 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAT-CCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
193 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTC-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
192 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTTACATTTTT-GTTAAAACAGACAA
* * * * *
257 TATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAACGAAATAAGCATTTATTGAGAAGAAAACTCCATTTA
255 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAACGAAAAAAACATTCATTGAGAAGAAAACTCCA-TTA
**** *
322 TAA-TCTTTTATTCCTTCAAAAG
319 -AAGTCACCCATTCCGTCAAAAG
* ** * * *
344 CTTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
* * *** * *
409 TATTGGTTAAAACAGATTGCGATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATT
66 TTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATT
*
474 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
131 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
539 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATT
196 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTT-GTTAAAACAGACAATAATT
* * * * * *
604 GAATGTGTATCTCAAGAAACGTGA-GAAAAAATACATTCA-TGGGCAAGAAAAGTCTATTAAAGT
260 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTAACGAAAAAA-ACATTCATTGAG-AAGAAAACTCCATTAAAGT
667 CACCCATTCCGTCAAAAG
323 CACCCATTCCGTCAAAAG
*
685 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTTAAGTTCAATTTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACA
* * * * *
750 TTTTTGGTGAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTACCTCGAGATATGTGGAGAAAAAGAGATTCAT
65 TTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCAT
* * * *
815 TGGGAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATTG
130 TGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
** * * * * *
879 TTTTATAAAATCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATAATAA
194 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTG-TTAAAACAGACAATAA
* *
944 TTCACTGTCTACCT
258 TTGAATGTCTACCT
958 TGAAAAATAT
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 77, Indels: 21
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 80 0.15
342 395 0.75
343 50 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
TTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATT
GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGTTAAAACAGACAATAATTG
AATGTCTACCTCAAGAAACGTAACGAAAAAAACATTCATTGAGAAGAAAACTCCATTAAAGTCAC
CCATTCCGTCAAAAG
Found at i:2502 original size:174 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2135--2689 Score: 635
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
2125 NNNNNNNNNN
* * *
2135 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATT
* * *
2199 GAATGTGTACCTCGAGAAATGT-GAGAAAAAATGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCA-TTAAAGT
66 GAATGTCTACCTCGAGAAATGTGGAG-AAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
2262 CA-CACA-TTCTGTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTT
130 CACCA-ATTTCT-TCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATTG-TTT
* * * * * *
2305 TATAATCTCAAAATTGTTTTTAAGTTTAATTTTTTTTTTACATTTTTTGTGAAAACATATTATAA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA--TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAA
* * * **
2370 TTGAATGTCTACCTCGAGATATGTGGAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAG
64 TTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGGAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
2435 TCACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTT
129 TCACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATTGTTT
* * * *
2479 TATAATATCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTT--ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATT
* * * * * * * *
2542 GATTGTCTACCTTGATAAATATGAAGAAAAATACATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTCATAGTC
66 GAATGTCTACCTCGAGAAATGTGGAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * **
2607 AACC-ATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTCCTTTAAATAATTT
131 -ACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCCTTTAAATTGTTT
*
2649 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATT
2690 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 49, Indels: 23
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 152 0.47
171 12 0.04
172 8 0.02
173 74 0.23
174 63 0.19
175 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATT
GAATGTCTACCTCGAGAAATGTGGAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTAAATTGTTT
Found at i:3206 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2784--3362 Score: 594
Period size: 172 Copynumber: 3.4 Consensus size: 172
2774 NNNNNNNNNN
* * * * * ** * *
2784 GAAGAAAAAAGCATTCATTAGG-AAGAAAACTTCATTTATAATCTTCTATTCCTTCAAAACCCTT
1 GAAGAAAAAGGAATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
2848 ATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAGGTTCAA-TATTTTTATATTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTT
* * *
2912 TGGTTAAAACAGATAATAATTCAATGTCTATCTTGAGAAACAT
130 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * *
2955 GAAGAAAAA-TAATTTCATGGGCAAGAAGAAG-CCA-TTAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 GAAGAAAAAGGAA-TTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
**********
3017 NNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTAAGTTCAATTTGTTTTTACAT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTCAATTT-TTTTTACAT
* * * * **
3081 TTTTTGTCAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGATATGT
127 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * *
3127 GGAGAAAAAGGGACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
3192 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTACGTTATT
66 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT
* * * *
3257 GGTTACAACAGAATATAATTGAATGTTTAGCTTGAGAAACAT
131 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * *
3299 GAAGAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
3363 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 73, Indels: 19
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 60 0.18
171 25 0.08
172 169 0.52
173 69 0.21
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
GAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT
Found at i:4269 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3807--5159 Score: 1379
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 172
3797 NNNNNNNNNN
* * * * *
3807 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAA-ATG
1 AGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * * **
3870 TGAGGAAAAATGCATTCATGGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGTAAGCCTT
66 -AAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
*
3935 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-AGTGTTA
130 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTA
* * * * * *
3978 AGCTCAATTTGTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATGGAATGTTTACATC-AGGAAACA
1 AGTTCAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACA
* * * *
4042 TGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCT
64 TGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCT
* **
4106 TATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCTTAATTGATTTTA
129 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * *
4150 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTT-TAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACAT
1 AGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* * * ** *
4214 GAAGAAAAAAAGCTTTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCTTC-ATTCCTTCAAAAGTCTT
65 GAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
4278 ATTACGCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
130 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * **
4321 AGTTCAATTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTACCTTGGGAAATGT
1 AGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACAT
* * * * * *
4385 GAAG-AAAAAGGGATTCACTAGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTT
65 GAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
4449 ATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATT-ATTTTTA
130 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTA
** * * * * *
4492 AAATCAATTTTTTTTTACA-TTTTAGGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGGAAAC
1 AGTTCAA--TTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * *
4556 ATGAAG-AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACACT-TTCTTTCAAAAG-
63 ATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGC
* * *
4618 CTTAATTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
127 CTT-A-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * *
4666 AGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAACAT
1 AGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACAT
** * ** *
4730 TTA-AAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
65 GAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
4794 AATACTCGCTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
130 ATTACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * *
4837 AGTTGAA-TTTTTTAAATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAGCGT
1 AGTTCAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT
* * * ** *
4900 AAAG-AAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTACAAAAGCCTT
65 GAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
4964 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCAAAATTTATTTTA
130 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
5007 GGTTCAATTTATTTATATTATTAGTTAAAACAAATTGTATTTGAATGTCTA-GT-GTAAGAAATA
1 AGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG--AGAAACA
* * * * *
5070 TGAAGAAAAAGAG-ATTTATTGGCAAAAAAAGTCCGA--TAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
64 TGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCC
*
5132 TTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAA
128 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
5160 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 984, Mismatches: 162, Indels: 73
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 222 0.23
171 334 0.34
172 266 0.27
173 113 0.11
174 46 0.05
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
AAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
Found at i:4866 original size:515 final size:511
Alignment explanation
Indices: 3807--5159 Score: 1621
Period size: 515 Copynumber: 2.6 Consensus size: 511
3797 NNNNNNNNNN
* * * *
3807 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTG
1 AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
* * * **
3872 AGGAAAAATGCATTCATGGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGTAAGCCTTAT
66 AAGAAAAAAGCATTCAT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
3937 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAGTGTTAAGCTCAATTTGTTTTACATTTTTG
130 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTATTTTTAAGATCAATTTTTTTTACATTTTAG
* * * * * * *
4002 GTCAAAACAGATTATAATGGAATGTTTACATCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
195 GTCAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAG-GATTCATTGGCAA
* *
4067 GAAAAGT-CTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTAT
259 GAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCT-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
4131 AATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTTTAATTAAAT
322 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACTATAATTAAAT
* ** **
4196 GTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCTTTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCTTC
387 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAGAATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCCCC
* * **
4261 ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACGCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
452 ATTCCTTCAAAAGCCTTAATACGCGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * *
4321 AGTTCAATTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTACCTTGGGAAATGT
1 AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAATGT
* * * * *
4385 GAAGAAAAAGGGATTCACTAGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTA
65 GAAGAAAAAAGCATTCA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
4450 TTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTATTTTTAAAATCAATTTTTTTTTACATTTT
129 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTATTTTTAAGATCAA-TTTTTTTTACATTTT
* *
4515 AGGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGC
193 AGGTCAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGG-ATTCATTGGC
* *
4580 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACACTTTCTTTCAAAAG-CTTAATTTACTCGCTTTAAATGGTTT
257 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCAC-CTTTCCTTCAAAAGCCTT-A-TTACTCACTTTAAATGGTTT
*
4644 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACTATAATTG
319 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACTATAATTA
** * * **
4709 AATGTCTACCTC-AGGAAACATTTA-AAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGT
384 AATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAAAGAATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGT
* *
4772 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
448 C-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACGCGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* **
4837 AGTTGAA-TTTTTTAAATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAGCGT
1 AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGT
* * * ** *
4900 AAAGAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAACTCCATTTATAGTCTTCTATTCCTACAAAAGCCTTA
65 GAAGAAAAAAGCATTCA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * *
4965 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCAAAATT-TATTTTAGGTTCAA-TTTATTTATATTAT
129 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAT-TTTTAAGATCAATTTTTTTTACATT-T
* * * * * * * *
5028 TA-GTTAAAACAAATTGTATTTGAATGTCTAGTGTAAGAAATATGAAGAAAAAGAGATTTATTGG
192 TAGGTCAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAG-GATTCATTGG
* ** * * *
5092 CAAAAAAAGTCC-GATAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTT
256 CAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCA-CCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
5156 ATAA
320 ATAA
5160 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 716, Mismatches: 106, Indels: 37
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 23 0.03
512 20 0.03
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516 161 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
AGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTG
AAGAAAAAAGCATTCATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTATTTTTAAGATCAATTTTTTTTACATTTTAGG
TCAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCTTTTATAGTCACCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACTATAATTAAATGTCT
ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAGAATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCCCCATTC
CTTCAAAAGCCTTAATACGCGCTTTAAAGAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
Found at i:5938 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5347--6409 Score: 1046
Period size: 172 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
5337 NNNNNNNNNC
* * * * *
5347 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCCCATAATTAATTTTAAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTT
* * * ** * *
5412 AATTTTTTTACATTTTTGGTTACAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAAGAGGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGAA
* * * * ** *
5477 AAATGCATTCATGGGCAAAAAAAGTCCA-TTAAAGTCACCC
130 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT
** * * * ***
5517 ATTCCCACAAAAGCCCTATTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGGGTTAAGTTC
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
** * * * * * *
5582 GATTTTTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACTGATTATAATGGAATGTCGACATTAAGAAACATGAA
65 --TAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTAC-CTAAGAAACATGAA
* * ** *
5647 GAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
127 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT
* * * * *
5691 ATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATTGATTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGATG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTT
* * * * * * * **
5755 AATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATGATAATTAAATGTTTACCTAGAGAAATGTGAAGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTA-AGAAACATGAAGAA
* * * *
5820 AAAAGCTTTCATTGACAACAAAAAGTCTATTTATAGTCTTCT
130 AAAAGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT
* * *
5862 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCA-ACATTGATTTTAGGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTT
* * * **** * *
5926 TACTTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGATTGCGATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGA
65 TAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGA
* * *
5991 AAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACT
129 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT
* * * * * *
6032 CATTCGTTCAAAAAGCCTTATTACTAACTTTATACGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGT
1 -ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
6097 TGAATTTTTGTATAGTTTTT-GTTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGA-GA
64 TTAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAAC-ATGA
* * * *
6160 GGAAAAAAACATTCATTAGG-AAGAAAACTCCATTGATAGTCTTCT
126 AGAAAAAAGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT
* ** *
6205 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTT
* * *
6270 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAG-
66 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGA
*
6333 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCTTCT
129 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT
*
6375 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 147, Indels: 44
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
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174 26 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTT
AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGAAA
AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT
Found at i:6278 original size:343 final size:336
Alignment explanation
Indices: 5346--6409 Score: 1182
Period size: 343 Copynumber: 3.1 Consensus size: 336
5336 NNNNNNNNNN
* * *
5346 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCCCATAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * ** *
5411 AAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAAGAGGA
66 GAA-TTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGAGAGGA
* * * ** * ** *
5476 AAAATGCATTCATGGGCAAAAAAAGTCCATTAAAGTCACCCATTCCCACAAAAGCCCTATTACTC
129 AAAAAGCATTCATTGG-AAAAAAAGTCCATTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *** ** *
5541 ACATTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGGGTTAAGTTCGATTTTTTTTTTACATTTTTGGTC
193 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAAGTT---TAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * *
5606 AAAACTGATTATAATGGAATGTCGACATTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAA
254 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
*
5671 AAGTCCATTTATAGTCACC
318 AAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
5690 CATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATTGATTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGAT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
** * * * * *
5754 GAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATGATAATTAAATGTTTACC-TAGAGAAATGTGAAG
66 GAATT-TTTTATA-TTTTTGTTAAAATAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACGAGAGG
* * *
5818 AAAAAAGCTTTCATTGACAACAAAAAGTCTATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
128 AAAAAAGCATTCATTG-GAA-AAAAAGTCCA-TTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
5883 CTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCAACATTGATTTTAGGTTTACTTTTTTTATATTATTGGTT
190 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-ATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTT
*** * * *
5948 AAAACAGATTGCGATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAA
254 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
6013 AAGTCCATTTATAGTCACT
318 AAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
6032 CATTCGTTCAAAAAGCCTTATTACTAACTTTATACGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGAAGT
1 CATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGT
*
6097 TGAATTTTTGTATAGTTTTTGTTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGAGAGG
65 TGAATTTTT-TATA-TTTTTGTTAAAATAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGAGAGG
* * * *
6162 AAAAAAACATTCATTAGGAAGAAAACTCCATTGATAGTCTTCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
128 AAAAAAGCATTCATT-GGAAAAAAAGTCCATT-ATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** *
6227 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
191 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * *
6292 AAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAT
255 AAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
*
6356 AGTCCATTTATAGTC-TT
319 AGTCCATTTATAGTCACT
*
6373 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 108, Indels: 35
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 25 0.04
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344 135 0.23
345 62 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTATATTTTTGTTAAAATAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGAGAGGAAA
AAAGCATTCATTGGAAAAAAAGTCCATTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTCTACTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACT
Found at i:6334 original size:515 final size:513
Alignment explanation
Indices: 5347--6407 Score: 1204
Period size: 515 Copynumber: 2.1 Consensus size: 513
5337 NNNNNNNNNC
* *
5347 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCCCATAATTAATTTTAAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTA
* * * * *** *
5412 AATTTTTTTACATTTTTGGTTACAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAAGAGGAA
66 AATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAA
* *
5477 AAATGCATTCATGGGCAAAAAAAGTCCATTAAAGTCACCCATTCCCACAAAAGCCCTATTACTCA
131 AAAGGCATTCATGGGCAAAAAAAGTCCATTAAAGTCACCCATTCCCACAAAAGCCCTATTACTAA
* * * * * *
5542 CATTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGGGTTAAGTTCGATTTTTTTTTTACATTTTTGGTCA
196 CATTAAACGGTTTTATAATCCCAAAATTGGAGTTAAGTTCGAATTTTTGTATACATTTTTGGTCA
* ** ***
5607 AAACTGATTATAATGGAATGTCGACATTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAA
261 AAACAGAAAATAATGGAATGTCGACATTAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAA
* * *
5672 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATACTCACTTTAAATTGATTTATAATCTC
326 ACTCCATTGATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTC
* * * * * **
5737 ATCATTGATTTTAAGATGAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATGATAATTAAATGTTTAC
391 ATAATTAATTTTAAGATGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATGATAATTAAATGCCTAC
** * *
5802 CTAGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCTTTCATTGACAACAAAAAGTCTATTTATAGTCTTCT
456 CTAGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGACAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT
* * * * *
5862 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCA-ACATTGATTTTAGGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATA-ATTAATTTTAAGTT
* * * *** * * * *
5926 TACTTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGATTGCGATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGA
65 AAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGA
* * * * * * *
5991 AAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCGTTCA-AAAAGCCTTATTA
130 AAAAGGCATTCATGGGCAAAAAAAGTCCA-TTAAAGTCACCCATTC--CCACAAAAGCCCTATTA
* * * * *
6055 CTAACTTTATACGGTTTTATAATCCCATAATT-GATTTGAAGTT-GAATTTTTGTATA-GTTTTT
192 CTAACATTAAACGGTTTTATAATCCCAAAATTGGAGTT-AAGTTCGAATTTTTGTATACATTTTT
* * * * *
6117 -GTTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGA-GAGGAAAAAAACATTCATTAGG
256 GGTCAAAACAGAAAATAATGGAATGTCGACATTAAGAAAC-ATGAAGAAAAAAACATTCATT-GG
** * * ** *
6180 -AAGAAAACTCCATTGATAGTCTTCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
319 CAAGAAAACTCCATTGATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGATTT
* * *
6244 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTA
383 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGATGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TGATAATTA
* * * *
6308 AATGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCTT
447 AATGCCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTT
6373 CT
512 CT
6375 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
6408 GG
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 85, Indels: 20
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 52 0.12
514 102 0.23
515 225 0.50
516 28 0.06
517 43 0.10
518 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTA
AATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAAGAAGAA
AAAGGCATTCATGGGCAAAAAAAGTCCATTAAAGTCACCCATTCCCACAAAAGCCCTATTACTAA
CATTAAACGGTTTTATAATCCCAAAATTGGAGTTAAGTTCGAATTTTTGTATACATTTTTGGTCA
AAACAGAAAATAATGGAATGTCGACATTAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAA
ACTCCATTGATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTC
ATAATTAATTTTAAGATGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATGATAATTAAATGCCTAC
CTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT
Done.