Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400688.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3872.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1387 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:474 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11--560 Score: 464
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
1 TCGAGGTAGG
* * *
11 CATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGAAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGAAT
* * ******** *
76 ATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAAT-AG-GNNNNNNNNNNTGAACTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAG--ACTACAAATGGACTTTT
* * *
139 CTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTGCTCGAGGCACA
129 CTTGCAAATAAATACGTTTTTCTTCACGTTGCTCGAGGCACA
* * ** *
181 CATTTAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAAATGTAAAACAATTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATT-TAACTTAAAATCAATTTTGAGA
********** * * * * * *
245 NNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGAGACTAGAAATGGATTTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTACAAATGGACTTTT
** * *
310 CTTGCAAATAAATGGGTTTTTCTAT-ATGTTTCTCGAGGCA-A
129 CTTGCAAATAAATACGTTTTTCT-TCACGTTGCTCGAGGCACA
* * *
351 CCATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTTTGAGAT
1 -CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGAA
* * *
416 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATGAGAGACTTCAAATGGACTTCTC
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTACAAATGGACTTTTC
* * * * * *
481 TCTGTCAAAT-AATACCTTTGTGCTTCACGTTTCTTGAGGAAGA
130 T-TG-CAAATAAATACGTTT-TTCTTCACGTTGCTCGAGGCACA
* **
524 CATACAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
561 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 76, Indels: 22
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 103 0.35
171 131 0.45
172 55 0.19
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGAAT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTACAAATGGACTTTTCT
TGCAAATAAATACGTTTTTCTTCACGTTGCTCGAGGCACA
Found at i:2081 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1343--3087 Score: 1500
Period size: 170 Copynumber: 10.2 Consensus size: 170
1333 NNNNNNNNNN
* * *
1343 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTCATAATCTCAT
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * **
1408 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACACTTTT-AGTTAAAATAGACTATAATTGAACATCTACC
66 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
** *
1472 TTAAGAAACA-TGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAGGAAAAGT
129 TCGAGAAA-AGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * * * *
1513 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACATTACTACTCACTATAAATAGTTTTATACTCTCAA
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
1578 AATTAATTTTTAGTTAAATTTTTTTAATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTG
66 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * **
1643 GAGAACAA-TGTAGAGAAACCCA-TCTATTTGG-AAGAAAAGT
131 GAGAA-AAGTGAAGAAAAAAGCATTC-A-TTGGCAAGAAAAGT
* * * *
1683 CTATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCG-TGTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
1747 TAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTATA-TTTCTCATTAAAACAAACTATAATTG-ATGTCTAC
65 TAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTT-TACTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * *
1810 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTT
128 CTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-T
* * * ** * *
1854 CT-TTTATAGTCTCTCATTCCTTTAATGGCCTTATTACTCGCGTTATATGGTTTTATAATCTCAT
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
** * *
1918 AATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACTGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TCAC
66 AATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACT-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-AC
* * *
1982 CTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCAATCATTAGCAAGAAAAGT
128 CTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
2025 CTATTTATAG-CAACCCATTCTTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCA
1 CTATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
2088 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTCATTAAAACAAACTATAATTCATTGTCTACC
65 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
2152 AT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTGATTAGTAAGAAAAGT
129 -TCGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *
2194 -TCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 CT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
2258 TAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACGGACTATAATTGCATGTCTTCC
65 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
2323 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGGTATTAATTGGCAGAGAGAAGT
129 TCGAGAAAAGTGAAGAAAAAA-GCATTCATTGGCA-AGAAAAGT
* * * * *
2367 CCATTTGA-AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 CTATTT-ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * ** *
2431 AAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATG-CTTG
65 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTC-TA
** * *
2493 CCTCGAG-AAAGAT-ATAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAAT
127 CCTCGAGAAAAG-TGA-AGAAAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
2537 CTATTTCTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGACTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCAT
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
2602 AATTGATTTTACG-TAGAATTGTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATGATTAAATGTGTGCC
66 AATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTAC-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
2666 TCGAGCAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATCGGCAAGAAAAGT
129 TCGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * ** * * *
2708 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTGTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATATTCTC-T
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *********** *
2772 AAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTNNNNNNNNNNTAGACTATAATTGAATGCCTACC
66 -AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * *
2836 TCGAGAAATGT-ATA-AAAAAATCCATTTATTTGG-AAGAGAAA-T
129 TCGAGAAAAGTGA-AGAAAAAA-GCATTCA-TTGGCAAGA-AAAGT
* * * **********
2878 TTATTTTTAGTC-CCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNN
1 CTATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
2942 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCACTAAAAAAAACTATAAGTGAATGTGTATC
65 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
3007 TCAAGAGACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGT
129 TCGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *
3049 CTATTTATATTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
3088 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1270, Mismatches: 247, Indels: 115
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 141 0.11
170 528 0.42
171 382 0.30
172 137 0.11
173 80 0.06
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
GAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
Found at i:2191 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1343--3087 Score: 1549
Period size: 341 Copynumber: 5.1 Consensus size: 342
1333 NNNNNNNNNN
* * *
1343 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTCATAATCTCAT
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * **
1408 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACACTTTT-AGTTAAAATAGACTATAATTGAACATCTACC
66 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
1472 TTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
130 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * * * * * *
1536 CAAAAACATTACTACTCACTATAAATAGTTTTATACTCTCAAAATTAATTTTTAGTTAAATT-TT
194 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTT
* * * * * *
1600 TTTA-ATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTGGAGAACAA-TGTAGAGAAA-C
259 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAA-AAGTGAAGAAAAAGG
*
1662 CCATCTATTTGG-AAGAAAAGT
323 CAATC-A-TTGGCAAGAAAAGT
* * * *
1683 CTATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCG-TGTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
1747 TAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTATA-TTTCTCATTAAAACAAACTATAATTG-ATGTCTAC
65 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTT-TCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC
* * *
1810 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCTCTCATTCCT
129 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCT
* ** * * *
1875 TTAATGGCCTTATTACTCGCGTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGT
193 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGT
** * * *
1940 TTTTAC-TGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TCACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAA
258 TTTTACAT-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-GCCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAA
*
2003 GGCAATCATTAGCAAGAAAAGT
321 GGCAATCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
2025 CTATTTATAG-CAACCCATTCTTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCA
1 CTATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
2088 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTCATTAAAACAAACTATAATTCATTGTCTACC
65 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
2152 ATGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTGATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTT
130 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTT
*
2217 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTT
194 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTT
* * * * *
2281 TTTACATTTTTCATTAAAACGGACTATAATTGCATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGG
259 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAAGTGAAG-AAAAAGG
* * * *
2346 TATTAATTGGCAGAGAGAAGT
323 CAATCATTGGCA-AGAAAAGT
* * * * *
2367 CCATTTGA-AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 CTATTT-ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * ** * *
2431 AAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATG-CTTG
65 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTCATTAAAACAAACT-ATAATTGAATGTC-TA
* ** * * * * *
2493 CCTCGAGAAA-GAT-ATAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAA-ATCTATTTCTAGTCTCCCAT
128 CCTTGAGAAACG-TGA-AGAAAAAAGCATTCA-TTGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAT
* * * * *
2555 TCCTTCAAAAGACTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTACG-TAGA
189 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-A
* * * * * *
2619 ATTG-TTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATGATTAAATGTGTGCCTCGAGCAACGTGAAGAA
253 ATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAAGTGAAGAA
* * * *
2683 AAAAGTATTCATCGGCAAGAAAAGT
318 AAAGGCAATCATTGGCAAGAAAAGT
* * ** * * *
2708 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTGTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATATTCTC-T
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
********** * *
2772 AAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTNNNNNNNNNNTAGACTATAATTGAATGCCTAC
66 -AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTT-TCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
2835 CTCGAGAAATGT-ATA-AAAAAATCCATTTATTTGGAAGAGAAA-TTTATTTTTAGTC-CCTCAT
129 CTTGAGAAACGTGA-AGAAAAAA-GCATTCA-TTGCAAGA-AAAGTTCATTTATAGTCACC-CAT
** ********** *
2896 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAA
189 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * ** * * *
2961 TTG-TTTTACATTTTTCACTAAAAAAAACTATAAGTGAATGTGTATCTCAAGAGACGTGAAGAAA
254 TTGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAAGTGAAGAAA
** *
3025 AAATCATTCATTGGCAAGAAAAGT
319 AAGGCAATCATTGGCAAGAAAAGT
* *
3049 CTATTTATATTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
1 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
3088 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1170, Mismatches: 193, Indels: 83
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 25 0.02
340 269 0.23
341 506 0.43
342 142 0.12
343 222 0.19
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT
TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTT
TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCAA
TCATTGGCAAGAAAAGT
Found at i:3012 original size:684 final size:681
Alignment explanation
Indices: 1345--3087 Score: 1597
Period size: 684 Copynumber: 2.6 Consensus size: 681
1335 NNNNNNNNCT
* * *
1345 ATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAAT-GATTTCATAATCTCAT
1 ATTTATAG-CAACCCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGATTT-ATAACCTCAT
* * * * * ***
1408 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACACTTTT-AGTTAAAATAGACTATAATTGAACATCTACC
63 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTCA-TTAAAACAAACTATAATTCAATGCCTACC
* * * * * * * *
1472 TTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATT-GGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
126 ATGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTGATTAGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCT
* * * * * * * * *
1535 TCAAAAACATTACTACTCACTATAAATAGTTTTATACTCTCAAAATTAATTTTTAGTTAAATTT-
190 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTG
* * * * * * ** * * * *
1599 TTTTA-ATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTGCCTGGAG-AACAATGTAGAGAAAC
254 TTTTACATTTTTCACTAAAAAAAACTATAAGTGAATGTCTTCCTCAAGAAAC-GTGAAGAAAAAA
* * * * *
1662 CCATCTATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTG
318 TCAT-TAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC-TTATTACTCCTG
* *
1726 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTATATTTCTCATTAAAACA
381 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTCTCATTAAAACA
* * *
1791 AACTATAATTGATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCT
446 AACTATAATTGATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGATCT
* * ** * * *
1856 TTTATAGTCTCTCATTCCTTTAATGGCCTTATTACTCGCGTTATATGGTTTTATAATCTCATAAT
511 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCGTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAAT
** * * * *
1921 TGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACTGTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTCACCTCG
576 TGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACTGTTTTCATCAAAACAGACTATAATTAAATGTTCACCTCG
* * *
1986 AGAAAAGTGAAGAAAAAGGCAATCATTAGCAAGAAAAGTCT
641 AGAAAAGTGAAGAAAAAAGCAATCATCAGCAAGAAAAGTCC
* * *
2027 ATTTATAGCAACCCATTCTTTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAT
1 ATTTATAGCAACCCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAACCTCATAAT
* * *
2092 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCATTAAAACAAACTATAATTCATTGTCTACCATGAG
66 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCATTAAAACAAACTATAATTCAATGCCTACCATGAG
*
2157 AAACGTGAAGAAAAAAACATTGATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
131 AAACGTGAAGAAAAAAACATTGATTAGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
*
2222 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACA
196 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTGTTTTACA
* *** * *
2287 TTTTTCATTAAAACGGACTATAATTGCATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGGT-ATTA
261 TTTTTCACTAAAAAAAACTATAAGTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAA--TCATTA
*
2351 ATTGGCAGAGAGAAGTCCATTTGA-AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACT-TTAA
324 ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTT-ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTC-CTGTTAA
* * * ** *
2414 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-T
385 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTCTCATTAAAACAAACT
* * * *
2477 AATAATTGAATG-CTTGCCTCGAGAAA-GAT-ATAGAAAAACCCATTTATTTG-GAAGAAAA-AT
450 -ATAATTG-ATGTC-TACCTCGAGAAACG-TGA-AGAAAAAACCATTCA-TTGACAAGAAAAGAT
* * *
2537 CTATTTCTAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGACTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCAT
509 CT-TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCGTTAAATGGTTTTAGAATCTCAT
* *
2602 AATTGATTTTACG-TAGAATTG-TTTTACAT-TTTTCATCAAAACAGACTATGATTAAATGTGT-
573 AATTGATTTTAAGTTA-AATTGTTTTTAC-TGTTTTCATCAAAACAGACTATAATTAAATGT-TC
* * * * * *
2663 GCCTCGAGCAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATCGGCAAGAAAAGTCC
635 ACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCAATCATCAGCAAGAAAAGTCC
* ** * **
2710 ATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGTGTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATATTCTC-TA
1 ATTTATAG-CAACCCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAACCTCAT-
* ********** * *
2773 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTNNNNNNNNNNTAGACTATAATTGAATGCCTACC-
63 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TCATTAAAACAAACTATAATTCAATGCCTACCA
* * * * * * *
2836 TCGAGAAATGT-ATA-AAAAAATCCATTTATTTGGAAGAGAAA-TTTATTTTTAGTCCCTCATTC
127 T-GAGAAACGTGA-AGAAAAAA-ACATTGATTAGGAAGA-AAAGTTCATTTATAGTCACTCATTC
** **********
2898 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAA-T
188 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT
* *
2962 TGTTTTACATTTTTCACTAAAAAAAACTATAAGTGAATGTGTAT-CTCAAGAGACGTGAAGAAAA
252 TGTTTTACATTTTTCACTAAAAAAAACTATAAGTGAATGTCT-TCCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * *
3026 AATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
316 AATCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACT
3088 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 872, Mismatches: 152, Indels: 74
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
680 44 0.05
681 150 0.17
682 117 0.13
683 159 0.18
684 390 0.45
685 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (681 bp):
ATTTATAGCAACCCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAACCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCATTAAAACAAACTATAATTCAATGCCTACCATGAG
AAACGTGAAGAAAAAAACATTGATTAGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTGTTTTACA
TTTTTCACTAAAAAAAACTATAAGTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTAAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTATTACTCCTGTTAAATGGTT
TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTCTCATTAAAACAAACTATAATT
GATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGATCTTTTATAGTCT
CCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCGTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTAAATTGTTTTTACTGTTTTCATCAAAACAGACTATAATTAAATGTTCACCTCGAGAAAAGTGA
AGAAAAAAGCAATCATCAGCAAGAAAAGTCC
Done.