Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397597.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1056.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5395
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 1004 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3422 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1591--4440 Score: 2169
Period size: 172 Copynumber: 16.6 Consensus size: 171
1581 NNNNNNNNNN
** * * * *
1591 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAA
1 AATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* ** * * * * * * *
1656 TGTCTACCTCGAGAAATGTAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCTAGAAAACTCTATTTACAGTCACC
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * **********
1721 CATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNAT
130 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * ** * * * *
1763 AATCTCAAGATTGATTTTAAGCTCAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACATA-TAATAACTGA
1 AATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGA
* * * *
1827 ATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-GATATTCATTGGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCA
64 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
1891 TCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTATTGACTTTAAATGGTTTTAT
128 CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** * * * *
1935 AATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTCGATCAGTTTTGATGT-AAATAGACTAGAATTGA
1 AATCTCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGT-TAAAACAGACTATAATTGA
* * * * ** *
1999 ATGCCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
64 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * ***********
2064 TCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTAT
129 CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
2107 AATGC-CATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACAGATTATAATTGA
1 AAT-CTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** * * * *
2169 ATGCCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCGTTGGTAAGAAAACTCTATTTATAGTCAC
64 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
2234 CTATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTAT
129 CCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * ** * * * *
2277 AA-CGTCATAATTGATTTTAGATTGAA-TTTTTGATGTATTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAG
1 AATC-TCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * *
2340 TGTTTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCAC
65 TGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
2404 TCATTTCTTCAGAAGCTTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTAT
129 CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* ** * * *
2447 AATCTCAAAAATTAATTTTCGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAA
1 AATCTC-AAAATTGATTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * ** * *
2512 TGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAA-AATATTTATTGATAAGAAAAGTCTAATTATAGTCAC
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
2576 CTATACTTTTAAAAAGTCTTCTTACTCCCTTTAAATAGTTTTAT
129 CCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * * *
2620 AATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATATGTTTATATTTTTGGATAAAATAGACTATAATTGAAT
1 AATCTCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * *
2685 GTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAGA-CATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
66 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * ** *
2749 CATACCTTCAAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
130 CATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** *
2792 AGTGC-CATAATTGATTTTAGGTTT-AATTTTTTTACATTTTAAGTTAAAACAGACTAGAATTGA
1 AAT-CTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * * *
2855 AGGTTTGCCTT-AGGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTGATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
64 ATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
2919 CCCATTTCTTCAAAAGCTTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
128 CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
2963 AATCTCAAAATTGATTTACA-TTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGA
1 AATCTCAAAATTGATTTA-AGTTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
3027 ATGTCTACCTTGAG-AACAATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
64 ATGTCTACCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** * *
3091 CCCGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTGT
128 CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** * *
3135 AATGC-CATAATTGATTTTACGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTA
1 AAT-CTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* ** * * * * *
3199 AATGTCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGGTATTCAATGGCAAAAAAAGTCCATTTAAAGTCA
63 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
3264 CCCATTCCTTTAAAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGTTTTAT
128 CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
3308 ATTCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** * *
3373 GTCTACCTTGAGAAATGTGGAGAAAAAGGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
66 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * ** *
3438 ACACCTTTAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTGT
131 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
3479 AATAC-CATAATTGATTTTAAGGTTGAATTTTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAAACTATAATA
1 AAT-CTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
3543 GAATCTCTACCTCT-AGAACCATAAAG-AAAACGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
62 GAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
3606 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTAT
125 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * * * *
3653 ATTCTCAAAATTAATTTAAATTTGAAATCTTTGTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATAGAA
1 AATCTCAAAATTGATTTAAGTTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
3718 TGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*********
3783 CATT-CTTTNNNNNNNNNNATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
130 CATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * ** * * * *
3825 AACCTCATAATTGATTTTGGCTTGAA-GTTTTTAGCATTTTTTGTTAGAAA-AGATTATAATTGA
1 AATCTCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTA-AAACAGACTATAATTGA
* * * * *
3888 ATGTTTACCTTG-GAAA-ATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTT
64 ATGTCTACCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** * *
3951 GCTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTAT
127 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
3996 AATCTCCAAATTTATTTTAAG--TCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAACAA-AGGCTATAATTTA
1 AATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA-AACAGACTATAATTGA
* * * * * * * * *
4058 ATGCCTGCCCT-AGGGAACATGAAGCAAAAGCCAA-CCATTGAC-ACAAAAGTTCCATTTATTA-
64 ATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAG-GAATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTA-TAG
** ** ** * **
4119 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTNN
125 TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
******** ** ** *
4166 NNNNNNNNAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTAGGAGTGAA
1 AATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * *
4230 CGTCTACCTTGAGAAACCTGAAGGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAA
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * **
4294 CCATACCTTCGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
129 CCATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
4338 AA-CGCCATAATTGATTTTAAGTCT-AATTTTTTTACATTTCTGGCTAAAATAGACTATAATTGA
1 AATC-TCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* *
4401 ATGTCTACCTTGAG--AGATGCAAAGAAAAAGGCATTCATTG
64 ATGTCTACCTTGAGAAACATG--AAGAAAAAGGAATTCATTG
4441 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2124, Mismatches: 477, Indels: 154
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 31 0.01
170 343 0.16
171 421 0.20
172 995 0.47
173 204 0.10
174 128 0.06
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATCTCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:5376 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4859--5388 Score: 409
Period size: 172 Copynumber: 3.1 Consensus size: 168
4849 NNNNNNNNNC
* * *
4859 ATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAA
* * * *
4924 TTGATTTAAATTTAAATTCTTCAACCATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGATTGCCTACGTA
66 TTGATTTAAATTTGAATTCTTCAATCA-TTTT-GTTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTA
* *
4989 GAGAAAAATAAAGAAAAAAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCC
129 -A-AAAACTAAAGAAAAAAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCT
********** * * * * * *
5031 ANNNNNNNNNNCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTGCAATGC-CAT
1 ATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAATAGTTTTGTAAT-CTCAA
* *** * ** * **
5094 AATTGATTTCAAGTTTGAATT-TTTTTTACAATTTAAGTTCCAACAGACTATAATTGAATGTGTA
64 AATTGATTT-AAATTTGAATTCTTCAAT-C-ATTT-TGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTA
* * * * * **********
5158 CCTTGAGAACCATAAAGAAAAAGGCATTCANNNNNNNNNNAAGTCT
125 CC-TAAAAAAC-TAAAGAAAAAAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCT
5204 ATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAA
* *
5269 TTGAATTAAATTTGAATTCTTCAGTCATTCTTGTTTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTAGCCT
66 TTGATTTAAATTTGAATTCTTCAATCATT-TTG-TTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTA-CCT
*
5334 AACAAAACTAAAGAAAAAAGTATTAATTTGCAAGAAAAGTCT
128 AA-AAAACTAAAGAAAAAAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCT
*
5376 ATTTTTAGTCACC
1 ATTTATAGTCACC
5389 CATACCT
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 93, Indels: 30
0.67 0.25 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.02
172 126 0.50
173 118 0.47
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
ATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAA
TTGATTTAAATTTGAATTCTTCAATCATTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTAAA
AAACTAAAGAAAAAAGCATTAATTTGCAAGAAAAGTCT
Done.