Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397598.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1519.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1156 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2043 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1828--2232 Score: 481
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
1818 CTACCTTGAG
* * *
1828 AAATATGAAGAAAAAGC-TATTCATTAGCAAAAAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAA
1 AAATATGAAGAAAAAGCAAATTCATTAGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
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1892 AAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG-TCAAATCTTTTT
* *
1957 ACATTGTTTGCTAAACTAGACAATAAATGAATATCAACCTCAAA
129 ACATT-TTTGCTAAACCAGACAATAAATGAATATCAAACTCAAA
* * * *
2001 AAATATGAAGAAAAA-CACATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGACACCCATTCCTTCAAA
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* *
2065 AGCCTTGTTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATCTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTCAAATCTTTTTAC
* * * * *
2130 ATTTTTGTTAAACCAGACAATAATTGAATGTCAAACTCTAG
131 ATTTTTGCTAAACCAGACAATAAATGAATATCAAACTCAAA
* * *
2171 AAACATGAAAAAAAAGGAAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
1 AAATATGAAGAAAAAGCAAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
2233 GAANNNNNNN
Statistics
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0.83 0.15 0.03
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171 55 0.28
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173 30 0.15
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Consensus pattern (171 bp):
AAATATGAAGAAAAAGCAAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTCAAATCTTTTTAC
ATTTTTGCTAAACCAGACAATAAATGAATATCAAACTCAAA
Found at i:2229 original size:171 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 23.5 Consensus size: 168
828 NNNNNNNNNN
** **
838 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTCCATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ********** * * *
903 TTGATTTTAAGTTCAACTTTTTTACATTTTTCATTAAAACNNNNNNNNNNTAAATGTTTAGCT-T
66 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT
*** * *
967 GAGAAACGCAAAGAAAAAAGCATTCATTCGCAAGAAAAATCC
129 -AGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* ********** * *
1009 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCANNNNNNNNNNTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * **
1074 TTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTCGTTTAAACTAGAAAATAATTGAATGTCTACCT-
66 TTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTACATTTTTGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* ****
1138 TA-AAAAATGTAAAGAGAAACA-CATTCATT-G-ATACGAAAANNNN
128 TAGAAACATG--AAGA-AAA-AGCATTCATTAGCA-A-GAAAAGTCC
****** * * * * * * *
1181 NNNNNNAGTCACACGTTCATTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTAATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
********* * * * * *
1246 TTNNNNNNNNNNTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAACCAG-GTAATAATTGAATGTATACCT
66 TT-GATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
1310 -TAAGAAACGTGAAGAGAAAAGTATTCATTGGCAATAAAAGTCC
127 CT-AGAAACATGAAGA-AAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * * **********
1353 ACTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
1418 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAAGACAATAATTGAATGTCTACCTC
66 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* ** *
1482 TAGAAATGTGATGAA-AAAAATAATTCATTAGCAAGAAAAGTTC
128 TAGAAA---CATGAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * ********** *
1525 ATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAATCCTTANNNNNNNNNNTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * ** * *
1590 TTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACAGTTTTAGTCAAAACAGACTGTAATTAAACATTTGCCT-T
66 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT
* * *
1654 GAGAAACATGCAGGAAAAAGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCC
129 -AGAAACATG-AAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * * * *****
1696 ATTTATAATCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTAGTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNN
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
***** * * * * * *
1761 NNNNNTTTAAGCTGAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGATTGCCTACCT-T
66 TTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT
* *
1825 GAGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAGGTCC
129 -AGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTAGCAAGAAAA-GTCC
* ********** *
1868 ATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCCCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
1933 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTGTTTGCT-AAACTAGACAATAAATGAATATCAACCT
66 TTGATTTTAAGTT-AAAT-TTTTTACATT-TTTGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * *
1997 CAAAAAATATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAACTCC
127 CTAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * * **
2040 ATTTATAGACACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
2105 TTGATTTTAAGTCAAATCTTTTTACATTTTTGTTAAACCAGACAATAATTGAATGTCAAACTCTA
66 TTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTA
* *
2170 GAAACATGAAAAAAAAGGAAATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
130 GAAACATGAAGAAAAA-G-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* ********** * *
2211 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAANNNNNNNNNNCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
2276 TTGATTTTAAGTTGAACATTTTTGTA-TTTTTTATTAAAACAG-CTTATAATTGAATGCCAACCT
66 TTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTT-TACATTTTTGTTAAAACAGAC-TATAATTGAATGTCTACCT
*
2339 C-AGAAAACAT-ATGGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCC
127 CTAG-AAACATGA-AGAAAAAG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCC
********** * *
2382 ATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
2447 TTAATTTTAAGTTTAACTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGGCTATAATTAAATGCCTGCCT-
66 TTGATTTTAAG-TTAA-ATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
*
2511 TAGAGAACAT-ATAGAAAAAGCCATTTATTGAG-AAGAAAAGTCC
128 TAGA-AACATGA-AGAAAAAG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCC
************************* * *
2554 A-TTATAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCGTAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
2617 TTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAC-AAAATTGAATGTCTACCT-
66 TTGATTTTAAGTTAAA--TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* *
2680 TGAGAAACATGAAGAAAAAGGGATTCATTCA-CAAGAAAAGTCT
128 T-AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCC
* * **********
2723 ATTTATAGTCACCCATCCCTTTAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
2788 TTGATTTTAAGTTGAACTCTTTTACATTTTTCATTAAAACA-AGCTATAATTGAATGT-TGACC-
66 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCT-ACCT
* * *
2850 CCAGAAAACATGTTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-ATGAAAAGTCC
127 CTAG-AAACATG-AAGAAAAAG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCC
********** * * * *
2895 ATTTATANNNNNNNNNNCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * * *
2960 TTGATTCGAAGTTGAAATATTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATAGAATG-CATGCCT-
66 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTC
* * *
3023 TAGAAA-ATGTGTACAAAAAGACATTCATTGAG-AAGAAATGTCC
128 TAGAAACA--TGAAGAAAAAG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCC
********** * *
3066 ATTTATAGTCACCCATTCCTTNNNNNNNNNNATTACTAGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
3131 TTAATTTTACGTTGAATTTTTT---TTTAT-TTAAAACAGACTGTAGTTGAATGTCTACCT-TGA
66 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-A
********* * * *
3191 GAAACATGAANNNNNNNNNNTTCATTGGTAAGAAAAGTCT
130 GAAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *******
3231 ATTTATAATCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACCCGCTTTGAATGGTTTTATAATNNNNNNN
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*** * *
3296 NNNATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTCTACC-C
66 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTC
* * *
3359 CAGAAAACAT-ATTAAAAAAAGCCATTCATTGAG-ATGAAAAGTCC
128 TAG-AAACATGA--AGAAAAAG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
3403 ATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTTGCTTTGAATTGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
3468 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTATCTTT
66 TTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT
* ** * *
3533 AAAAATGTGAAGAAAAAAAG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
129 AGAAACATGAAG--AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
3574 ATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTAGTCCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
3639 TTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTCATTCAAATAGACTATAATTG-ATGACCTACCTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTC
* * * ** * **
3703 GATAAACATGAGGAAAAAGGTGTTCATTAGTAAGAAAAGTTT
128 TAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * ********** *
3745 ATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGNNNNNNNNNNTTTTATAATCCCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
3810 TTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAACCAGACAATAATTGAATATCTACCT-
66 TTGATTTTAAGTTAAA-TT-TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * *
3874 T-GAAAAATGTATAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
128 TAGAAACATG-A-AGAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* **********************
3917 ATTTATAGTCACCCATTCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
3982 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTCAAACCAGACAATAATTGAATGTGC-ACCTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-CTACCTC
* * * * * *
4046 AAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAAGCAAAGTCC
128 TAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* **
4088 ATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTGGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
********* * *
4153 TTGATTTTAAGTTAAATTTNNNNNNNNNNTGGTT-AAACTAGACAATAATTGAATGTCTACCTCT
66 TTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTCT
* *
4217 AGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
129 AGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
4258 ATTGATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTACATAGTTTTAAAATC-CTATA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATA
** * **
4322 ATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTGTCATTAAAACACG-CTATAATTGAATGCCTGTCT
65 ATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTT-TTGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
4386 C-AGAAAACATGTAGAAAAGGTCATTCATTGAG-AAGAAAAATCT
127 CTAG-AAACATGAAGAAAAAG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCC
* * * **********
4429 ACTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
4494 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTT-CAACAGACTGTAATTGAATGTCCACCT-T
66 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT
* **********
4557 GAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTNNNNNNNNNNAAAAGTCC
129 -AGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * * **********
4599 ATTTATAGTCATCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
4664 TTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTCCTTAAAATAGACTATAATTGATTG-CTTACCTC
66 TTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTC
* *
4728 AAGAAACGTGAAGAAACAAAG-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
128 TAGAAACATGAAG-AA-AAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * * *
4770 GTTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-CTATA
1 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATA
4834 ATTGATTTTAAG
65 ATTGATTTTAAG
4846 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2822, Mismatches: 869, Indels: 292
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 94 0.03
166 17 0.01
167 1 0.00
169 78 0.03
170 432 0.15
171 1179 0.42
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Consensus pattern (168 bp):
ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAG
AAACATGAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
Found at i:3603 original size:343 final size:344
Alignment explanation
Indices: 3299--4845 Score: 866
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 344
3289 NNNNNNNNNN
* *
3299 ATTTTAAGTTGAACTTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAAG-CTATAATTGAATG-TCTACCCCA
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTGTTTACATTTTTCATTAAAA-AAGACTATAATTG-ATGACCTACCCC-
* * *
3361 GA-AAACAT-ATTAAAAAAAGCCATTCATTGAG-ATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTTCT
62 GATAAACATGA--AAAAAAAGCCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * *
3423 TCAAAAGCCCTATTACTTGCTTTGAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTG
124 TCAAAAGCCCTATTACTAGCTTTGAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTG
* ** * * *
3487 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGTCTATCTTTAAAAATGTGA-AGAAAAAA
189 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCTTGAAAAATGT-ATAGAAAAAA
*
3551 AGATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTT-AAAAGCCTTAGTCCTCACT
253 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCCTTAGTCCTCACT
3615 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
318 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
3642 ATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTCATTCAAATAGACTATAATTGATGACCTACCTCGATA
1 ATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAAAAGACTATAATTGATGACCTACCCCGATA
** *** ** *
3707 AACATGAGGAAAAAGGTGTTCATTAGTAAGAAAAGTTTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAG
66 AACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* **********
3772 CCTTATTACTAGNNNNNNNNNNTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACA
131 CCCTATTACTAGCTTTGAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACA
* *
3837 TTTTTAGTTAAACCAGACAATAATTGAATATCTACCTTGAAAAATGTATAGAAAAACACATTCAT
196 TTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCTTGAAAAATGTATAGAAAAAAACATTCAT
* * **********************
3902 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGG
261 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCCTTAGTCCTCACTTTAAATGG
3966 TTTTATAATCTCATAATTG
326 TTTTATAATCTCATAATTG
* ** * ** * *
3985 ATTTTAAGTTGAATTAT-TTTACATTTTT-AGTCAAACCAGACAATAATTGAATGTGC-ACCTCA
1 ATTTTAAGTTGAATT-TGTTTACATTTTTCA-TTAAAAAAGACTATAATTG-ATGACCTACCCCG
* * * * * *
4047 AGAAACATAAAGAAAAAAG-CATTTATTGGTAAGCAAAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCA
63 ATAAACATGAA-AAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
4111 AAAG-CCTGGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TT-TN
127 AAAGCCCT-ATTACTAGCTTTGAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTT
********* * * * *
4173 NNNNNNNNNTGGTT-AAACTAGACAATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGA-AGAAAAAG
191 TTACATTTTTAGTTAAAAC-AGACAATAATTGAATATCTACCT-TGAAAAATGT-ATAGAAAAA-
* * * * * * * * * **
4235 GA-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTGATTGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGC
252 AACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCCTTAGTCCTCAC
* * *
4298 TTTACATAGTTTTAAAATC-CTATAATTG
317 TTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTG
* * * * *
4326 ATTTTAAGTTGAAATTT-TTTACATTTGTCATTAAAACACG-CTATAATTGAATG-CCTGTCTCA
1 ATTTTAAGTTG-AATTTGTTTACATTTTTCATTAAAA-AAGACTATAATTG-ATGACCT-ACCCC
* * * * * * * * *
4388 GA-AAACATGTAGAAAAGGTCATTCATTGAG-AAGAAAAATCTACTTATAGTCACCTATTCCTTT
62 GATAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * ********** * *
4451 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TT
126 AAAAGCCCTATTACTAGCTTTGAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTT
* ** * *
4515 TTACATTTTT-GCTT-CAACAGACTGTAATTGAATGTCCACCTTGAGAAATATG-A-AGAAAAAA
191 TTACATTTTTAG-TTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCTTGA-AAA-ATGTATAGAAAAAA
* ********** * * * * * ** *
4576 GCATTNNNNNNNNNNAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA-TTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCT
253 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCCTTAGTCCTCACT
********** *
4640 TTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTA
318 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
4667 ATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTCCTTAAAATAGACTATAATTGATTG-CTTACCTCAAG
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* * * *
4731 AAACGTGAAGAAACAAAG--ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCTTGAA
65 AAACATGAA-AAA-AAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
4794 AAGCCATATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCCTATAATTGATTTTAAG
128 AAGCCCTATTACT-AGCTTTGAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG
4846 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 259, Indels: 86
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 22 0.02
341 432 0.48
342 132 0.15
343 305 0.34
344 12 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (344 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAAAAGACTATAATTGATGACCTACCCCGATA
AACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
CCCTATTACTAGCTTTGAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACA
TTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTACCTTGAAAAATGTATAGAAAAAAACATTCAT
TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAGCCTTAGTCCTCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:4325 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 4017--4343 Score: 347
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
4007 ATTTTTAGTC
* * * * *
4017 AAACCAGACAATAATTGAATGTGCACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAAGCA
1 AAACCAGACAATAATTGAATGTGCACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGAA
* * * *
4082 AAGTCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTGGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
66 AAGTCCATTGATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATC
4147 TCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTNNNNNNNNNNTGGTT
131 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTT----------TGGTT
* * * * *
4187 AAACTAGACAATAATTGAATGT-CTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCAAGA
1 AAACCAGACAATAATTGAATGTGC-ACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGA
* * * *
4251 AAAGTCCATTGAT-TGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTACATAGTTTTAAAA
65 AAAGTCCATTGATAT-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAA
4315 TC-CTATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTT
129 TCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTT
4344 TTACATTTGT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 18, Indels: 17
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
169 3 0.02
170 125 0.93
171 6 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (161 bp):
AAACCAGACAATAATTGAATGTGCACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGAA
AAGTCCATTGATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAAAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTGGTT
Done.