Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397599.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2082.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5295
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 634 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:287 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2--1640 Score: 1318
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 170
1 T
* * *
2 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTGATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * ** ** *
67 GACGACTTAAGCAACTATAAATGGACTTTT-TTAACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCC
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTT-CC
* * * **
131 TAGGCAGACATTCAATTAATATATATTTTTAGAAAAAATATA
129 AAAGCAGACATTCAATTAATATATATTTTAACCAAAAATATA
* * * * *
173 AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGACTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * **
238 GAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTGTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTG
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTC-CA
* * * ***
303 AAGTAGAGATTCAATT-ATAACATATTTTAGTTAAAAATATA
130 AAGCAGACATTCAATTAAT-ATATATTTTAACCAAAAATATA
* * * * *
344 AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
*** * * * *
409 GAAGGCATAAATTACTATAAATGGTA-TTTTCTTGCCAAT-GATTGATTTTTTTTCTTCACATGA
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTGCCAATGGA-TGA--CTTTTGCTT--CATGT
* * * * * * * *
472 TT-CGAGGCAAACATTCAAATATTATTTATTTTAACTAAAAGTATA
125 TTCCAAAGCAGACATTCAATTAATATATATTTTAACCAAAAATATA
* * ** * *
517 AAATATATTCAACTTAAAATCTATTGGGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
582 CAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTTGACAATGGATGGCTTTAGCTTTATGTTTCT
65 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTC-
** * *
647 TGAAGCAGACATTCAATT-ATAATCTATTTTAACCAACAATATA
128 CAAAGCAGACATTCAATTAAT-ATATATTTTAACCAAAAATATA
* * * *
690 AGAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * ** * * *
754 GAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AATTA-TTTTTTTTAATTTTTTGC
66 G-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCA-TGTTTCC
* * * *
817 -AACCAGATATTCAATT-ATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTA
129 AAAGCAGACATTCAATTAATA-TATATTTTAACCAAAAATATA
* * *
858 AAAAAATTCAACTGAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * *
923 AAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGTCAATGGATGACTTTTGCATT-ACGTTTCCA
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGC-TTCATGTTTCC-
* *
987 AAAGCAGACACTCAATT-ATAATATATTTTAACCACAAATATA
129 AAAGCAGACATTCAATTAAT-ATATATTTTAACCAAAAATATA
* * * ** *
1029 AAAAAATTCATCTGAAAATGAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * ** * * *
1094 GAAGACATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTCGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCC
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTT-CC
** * * * * * * * **
1158 ATGGCAAACATTCAAATATTTTCTGTTTTAACTAAAAGCATA
129 AAAGCAGACATTCAATTAATATATATTTTAACCAAAAATATA
* * * * *
1200 AAAAAATTCAAGTTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* ** * * * * * * * *
1265 GAAGGCTTAAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA-CGAGTGGCTCTTGGTTCAGGTTTCTG
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGACTTTTGCTTCATGTTTC-C
* * * *
1329 AAAGTAGAGATTCAATTACA-ACATATTTTAATCAAAAATATA
129 AAAGCAGACATTCAATTA-ATATATATTTTAACCAAAAATATA
* * * * *
1371 AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAACTAGCAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT
* * * * * ** ** *
1436 CGAAGGCATGGGTGAGTACAGATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTTTTACAT-TTTTC
65 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTT-CATGTTTCC
* * * * * **
1500 AAGGCAGACATTCCAA-CATTATTTGTTTTAATAAAAAATAT-
129 AAAGCAGACATT-CAATTAATATATATTTTAACCAAAAATATA
* * * * * * *
1541 AAAAAATTTAACTCAAAATCTATCATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* *
1606 GAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
1641 TCATGAATGG
Statistics
Matches: 1166, Mismatches: 262, Indels: 82
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 124 0.11
169 48 0.04
170 73 0.06
171 612 0.52
172 134 0.11
173 83 0.07
174 71 0.06
175 18 0.02
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCAA
AGCAGACATTCAATTAATATATATTTTAACCAAAAATATA
Found at i:1490 original size:685 final size:682
Alignment explanation
Indices: 154--1641 Score: 1625
Period size: 685 Copynumber: 2.2 Consensus size: 682
144 AATTAATATA
* * * * *
154 TATTTTTAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
219 AACAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTT-GTTGCTAATGGATGA
66 AGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCGTTGCTAATGGATGA
*** * * * ***
283 CTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGTAGAGATTCAATTATAACATATTTTAGTTAAAAATATAAAAA
131 CTTTTGCTTCACGTTTCCAAAAGCAGACACTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAA
* *
348 AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
196 AATTCAACTGAAAATGAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * ** *
413 GCATAAATTACTATAAATGGTATTTTCTTGCCAATGATTGATTTTTTTTCTTCACATGATTCGAG
261 ACATAAATGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAATGA-GCTTTTTCTTCACA-GATTCCAG
* * *
478 GCAAACATTCAAATATTATTTATTTTAACTAAAAGTATAAAATATATTCAACTTAAAATCTATTG
324 GCAAACATTCAAATATTATTTATTTTAACTAAAAGCATAAAATAAATTCAACTTAAAATCTAAT-
* * **
543 GGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAA
388 GGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTCAAAGGTATAAGTGACTATAAATGAA
* * * * *
608 CTTTTTTTTGACAATGGATGGCTTTAGCTTTATGTTTCTTGAAGCAGACATTCAATTATAATCTA
453 CTTTTTCTTGACAACGGATGGCTTTAGCTTCAGGTTTCTTGAAGCAGACATTCAATTACAATCTA
* * * * *
673 TTTTAACCAACAATATAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
518 TTTTAACCAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAATATAAAACCATTTAAAA
* * *
738 CGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAATTATTTT
583 CGAGCAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGGCTACAAATAGACTTTTCTTGCCAATAA-TATTTT
*
803 TTTTA-ATTTTTTGCAA-CCAGATATT-C-A-ATTATAGT
647 TTTTACA-TTTTT-CAAGCCAGACATTCCAACATTAT--T
* * * *
838 CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTA
1 -TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * *
903 AAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAACTTTTCG-TG-TCAATGGAT
65 AAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCGTTGCT-AATGGAT
* *
966 GACTTTTGCATT-ACGTTTCCAAAAGCAGACACTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATATAA
129 GACTTTTGC-TTCACGTTTCCAAAAGCAGACACTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAA
* * * *
1030 AAAAATTCATCTGAAAATGAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTC
193 AAAAATTCAACTGAAAATGAATTATGAGAATATAAAACT-ATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTC
*** * *
1094 GAAGACATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTT-TTCGTCAATAAATG-GCTTTTTCTTCAC-GTTT
257 GAAGACATAAATGACTATAAATGGAA-TTTTCTT-GCCAATAAATGAGCTTTTTCTTCACAGATT
* *
1155 CCCATGGCAAACATTCAAATATT-TTCTGTTTTAACTAAAAGCATAAAA-AAATTCAAGTTAAAA
320 -CCA-GGCAAACATTCAAATATTATT-TATTTTAACTAAAAGCATAAAATAAATTCAACTTAAAA
* * * *
1218 TCAGTAAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TAAGTGATT
382 TC--TAATGGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTCAAAGG-TATAAGTGACT
* * * *
1281 ATAAAT-AGAC-TTTTCTTGCCAAC-GAGTGGCTCTT-GGTTCAGGTTTC-TGAAAGTAGAGATT
444 ATAAATGA-ACTTTTTCTTGACAACGGA-TGGCT-TTAGCTTCAGGTTTCTTG-AAGCAGACATT
* *
1341 CAATTACAA-CATATTTTAATCAAAAATATAA-AAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
505 CAATTACAATC-TATTTTAACCAAAAATATAAGAA-AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAATA
* *
1404 TAAAACCATTTAAAACTAGCAATAAGGCTTTTCG-AAGGCATGGGTGAG-TACAGATAGACTTTT
568 TAAAACCATTTAAAACGAGCAATAAGGC-TTT-GAAAGGCATGGGTG-GCTACAAATAGACTTTT
* *
1467 CTTGCCAATGAATGGTTTTTTTTTACATTTTTCAAGGCAGACATTCCAACATTATT
630 CTTGCCAAT-AAT--ATTTTTTTTACATTTTTCAAGCCAGACATTCCAACATTATT
* * * * * *
1523 TGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTCAAAATCTATCATGAGAATATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
*
1587 AGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTC-TTGCT
66 AGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCGTTGCT
1642 CATGAATGGT
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 99, Indels: 67
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
680 7 0.01
681 113 0.17
682 113 0.17
683 140 0.21
684 45 0.07
685 244 0.36
686 4 0.01
687 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (682 bp):
TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTCGTTGCTAATGGATGA
CTTTTGCTTCACGTTTCCAAAAGCAGACACTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAA
AATTCAACTGAAAATGAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
ACATAAATGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATAAATGAGCTTTTTCTTCACAGATTCCAGGC
AAACATTCAAATATTATTTATTTTAACTAAAAGCATAAAATAAATTCAACTTAAAATCTAATGGA
GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTCAAAGGTATAAGTGACTATAAATGAACTT
TTTCTTGACAACGGATGGCTTTAGCTTCAGGTTTCTTGAAGCAGACATTCAATTACAATCTATTT
TAACCAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAATATAAAACCATTTAAAACGA
GCAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGGCTACAAATAGACTTTTCTTGCCAATAATATTTTTTTT
ACATTTTTCAAGCCAGACATTCCAACATTATT
Found at i:3351 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1761--4105 Score: 1181
Period size: 171 Copynumber: 13.8 Consensus size: 169
1751 TTCGTGGTAG
* * * * * * *
1761 ACATTCAAATATTATTTA-TTTTAACTAAAAGTATAAAAAATATTTAACTTAAAATCAATAATAA
1 ACATTCAATTA-TAATTAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * **
1825 GATTATAAAACTATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGG-TGACTATAAATGGACT
64 GATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-GAAGACAT-GGATGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * *
1889 TTTCATACTAATGGAT-GACTTTTGGTACATGTTTTCGGAGGTAG
126 TTTCTTGCCAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGTAA
* * * ********** *
1933 ACATTTAGTTGTAATATA-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCNNNNNNNNNNCAATTATAAG
1 ACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
1997 ATTATAAAACCATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTATAGATGGGCTT
65 ATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAGACATGGA-TGACTATAAATGGACTT
* * * * ** *
2061 TTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-CTCAAGGTAA
127 TTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAA-GTAA
* * * * **********
2104 ACATTCAAATATTATCT-GTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNN
1 ACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * *
2168 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGCTTTCGAATG-CTTAGG-TGACTATAAATGGACT
65 ATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-GAA-GACAT-GGATGACTATAAATGGACT
* * * * *
2231 TTTATTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAAGCAA
126 TTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGTAA
* * ** * * *
2275 AAATTCAATTACAATATA-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TCATCTTAAAATCAATAATTAG
1 ACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
2338 ATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGAC-T-TACGCAACTATAAATGGACT
65 ATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAGACATGGATG--ACTATAAATGGACT
* * ** * * *
2401 TTTCTTGTCAATGGAT-GACTTTTGTTTCACATTTCTTGAGGTAG
126 TTTCTTGCCAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGTAA
* * **********
2445 ACATT-AACTTATAATATA-ATTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACNNNNNNNNNNTTATGA
1 ACATTCAA-TTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * *
2508 GATTATAAAACCATTTAAAAC-AGATAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGTTTATCAATAGACT
64 GATTATAAAA-CATTTAAAGCAAG-TAATAAGGCTTT-GAAGACATGGATGACTATAAATGGACT
*** * * ** * * *
2572 TTTCTCATCAACGAAT-GACTTTTTTTTTATGTTTCTCATG--GCAG
126 TTTCTTGCCAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTC-C-TGAAGTAA
* *** * * * * * * * *
2616 ACATTCAATTATTATCTA-TTTTAGGTAAATATCTAAAAAACTCCAACTTCAAAGCGATTATGAA
1 ACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * **
2680 ATTAAAAAACTAGTTAAAGCGAA-TTATAATGCTTTTGAATG-CAT-GAGTGACTGTAAATATAT
65 ATTATAAAAC-ATTTAAAGC-AAGTAATAAGGC-TTTGAA-GACATGGA-TGACTATAAATGGA-
* * * ** * *
2742 TTTTCTCTTG--AATTGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-ATGGCAGA
124 CTTT-TCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA-AGTA-A
* * * * *
2788 A-ATTCAATTATAATCTA-TTTGAACTAAAAATGCAAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAGTTATG
1 ACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAAT--ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * **
2850 AGATTATAACACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGG-TTTCAAAGGCAT-GAGTGACTATAAATAAA
63 AGATTATAA-AACATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTT-GAAGACATGGA-TGACTATAAATGGA
* * ** ** **
2913 CTTTTCTTGCTAATGAAT-GACTTTTTTTTCATGTTTCCCAAAACAA
124 CTTTTCTTGCCAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGTAA
** * * * *
2959 ACATTCACGTATTATCT-GTTTTAACCAAATATGT-AAAAAATTCAACTTAAATTCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** ** * * *
3022 ATTATAAACCA-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-A-A-ATTTAAGTACTATAAGT-CACTTT
65 ATTATAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAGACATGGATG-ACTATAAATGGACTTT
3082 TCTTGCCAATGGATA-CTTTTGCTT-ATGTTTCCTG-AGTTAA
128 TCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAG-TAA
* *
3122 ACATTC-ATTATAA-TA-TATTTAA-CTAAAATAT-AAAAAA-TAAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATTAGT-TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * **
3181 ATTATGAAAACATTTAAAGTGATTAATAAGGCATTTGAAGGCATGGACAACTATAAATGGACTTT
65 ATTAT-AAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAGACATGGATGACTATAAATGGACTTT
*
3246 TCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGAAA
128 TCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGTAA
* *
3288 ACAATCAATTATAATTAGTTTTAACCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATTAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
3353 TTATAAAATCATTTAAAGCAAATAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTGTAGATGAACTTTT
66 TTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-GAAGACATGGATGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
3418 CCTGCCAATGAACATCTTTTTCTTCAAGTTT-CTCAAAGTAG
129 CTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAAGTAA
* * * * * **
3459 ACATTCAAATATTATCT-GTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATCAGCAAAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * * **
3523 ATTATAAAACCGTTTAAAGAAACTAATAAGGCTTTTGAAGGTAAGGGTGACTATAAATAAACTTT
65 ATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAGACATGGATGACTATAAATGGACTTT
* * * *
3588 TCTTGCCAATGGAT-GACTTTTGCTTCACG-TTCTTTGAGGTAG
128 TCTTGCCAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTC-CTGAAGTAA
* * * * * * *
3630 ATATTAAATTATAATAAATTTTAA-TAAAAGATATAATAAAATTCAACTTAACATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATTAGTTTTAACCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
3694 ATTTTAAAACCGTTTAAAGCAAGGAATAAGGCTTTCAAATACATAGATGACTGTAGATGGACTTT
65 ATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-GAAGACATGGATGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** *
3759 TCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTG-AGATAG
128 TCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAG-TAA
* * * ** * * * *
3801 CCATTCAAATATTATCCGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAAATTCAGCTTCAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATTAGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
3866 ATTATAAAACTATTTTAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGACTTAAGG--GACTATAAATAGACT
65 ATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-GAAGAC--ATGGATGACTATAAATGGACT
** * * *
3929 TTTCTTGCCAATGGAT-GACTTTTGCTTCACATTTCCTTAGGCAA
126 TTTCTTGCCAATGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGTAA
* * * *
3973 ATATTCAATTATAATATA-TTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAAT-TAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
4037 ATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAATACATGGATGACCATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTGAAGACATGGATGACTATAAATGGACTTT
4102 TCTT
128 TCTT
4106 ACTAATGAAT
Statistics
Matches: 1646, Mismatches: 423, Indels: 209
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 25 0.02
160 19 0.01
161 27 0.02
162 6 0.00
163 24 0.01
164 30 0.02
165 29 0.02
166 26 0.02
167 14 0.01
168 20 0.01
169 33 0.02
170 189 0.11
171 895 0.54
172 285 0.17
173 22 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ACATTCAATTATAATTAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAGACATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGTAA
Done.