Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400717.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3898.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8203
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.12, T:0.31
Warning! 1065 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:388 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--2390 Score: 2086
Period size: 171 Copynumber: 14.0 Consensus size: 169
* * * * * *
1 TTTAAAACGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * * * * *
66 ATG-CTTGTTTCTTGATGTTTCTTAAGCTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGT
66 ATGACTT-TTTCTACATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTG-TTTAACCAAAAATAT
130 AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * *
171 TTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAAGAATTGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATG
* * *
235 AATGACTTTTTCAACATGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAGTTTGTTAAAGCCAAAAATAT
65 AATGACTTTTTCTACATG-TTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTAA-CCAAAAATAT
* *
300 AAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAATAA
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * *
342 TTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGTAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * * *
407 ATG-CTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTTTATTTTAACTAAAAATCT
66 ATGAC-TTTTTCTACATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTTT-GTTTAACCAAAAATAT
* * *
471 AAAAATATTCTA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * ** *
512 TTTAAAGTGAGTGAA-AAGGGTTTTGAAAAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTG
1 TTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** * * * *
576 AATG-CTTGTTTCTTGACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAGAATCTAT-TTTAACCAATAAT
65 AATGACTT-TTTCTACATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGT-T-TGTTTAACCAAAAAT
* * ** * *
639 GTAATAAAAATT-GACTTAAGCTCAATTATTAGATTATAAAATAA
126 ATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
** * * * *
683 TTTAAAGCGAGTAATAATCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAAG-AAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATG
* * * * * *
747 AATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGCTGTAACAAAAAATAT
65 AATGACTTTTTCTACATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTTTG-TTTAACCAAAAATAT
* * *
812 AAAAAAATTCAACTTGAAATTAATTATCAGATTATAAAACAA
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* ** * * * *** *
854 TTTAAAGCAAGTAATGCGGCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTTTTAATAA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * **
918 ATGACTTTTTCTGCATGTTTCCCAAGGCA-AGCATTCAATTGTCA-TCTAT-TTTAATGAAAAAT
66 ATGACTTTTTCTACATGTTT-CTAAGGTAGA-CATTCAATTAT-AGT-T-TGTTTAACCAAAAAT
* *
980 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAA
126 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
** * * * * *
1024 TTTAAAGTAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATTGATGACAATAAAT-GAGTTTTCTT-CTCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATG
* ** * ** * * *
1087 AATGACTTTTTCAACACAT-TTTGC-AAGACAAACATTCAACAATAGTCTGTGTTAGCCAAAACT
65 AATGACTTTTTC--TACATGTTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGT-TTAACCAAAAAT
*
1150 ATAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAGAA
126 AT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
** * *
1194 TTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * *
1259 ATG-CTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATCT
66 ATGAC-TTTTTCTACATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGT-TTGTTTAACCAAAAATAT
* *
1323 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCA
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * *
1364 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGAACTTTT-TTACCAGTA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * * *
1427 AATGTCTTTTTCTTA-ATGTTTCTTGAGGTAAACCTTCAATTATAGTCTGTTTTAGCTAAAATAC
65 AATGACTTTTTC-TACATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTAACCAAAAATAT
* * ** *
1491 AAAAACATTCGACTTAAAATCAATTATGACTTTATAAAACCA
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * * *
1533 TTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATAA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
1598 AT-ACTTGTTTTTTCATGTTTCTGGAGGTGGACATTCAATTATA-TTGTGTTTTAACTAAAAA-A
66 ATGACTT-TTTCTACATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTT-TG-TTTAACCAAAAATA
* * * * *
1660 GTAAATAACTTCAGCTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCA
127 -TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * *
1704 TTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTTCTAAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATG
* * * *
1768 AAT-AGCTTTTTCTATACAT-TTTCCCAA-GTAGACATTCAATTGTAGTCTGTGTTAACTAAAAA
65 AATGA-CTTTTTC--TACATGTTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGT-TTAACCAAAAA
* *
1830 TGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
125 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* *
1875 TTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACAATAAAT-GAGCTTTTCTT-CTCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGC-CAAT
* * *
1938 GAAT-AGCTTTTTCTACATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCC-AAAAT
64 GAATGA-CTTTTTCTACATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTG-TTTAACCAAAAAT
* * **********
2001 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACAA
126 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * * * *
2045 TTTAAAGCGAGTAGTAAAGCTTTTGAAGAAATGGGTGACAATAAATGGGCTTTT-TTTCTTAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATG
* * **
2109 AATGACTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGC
65 AATGACTTTTTCTACATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTTTG-TTTAACCAAAAATAT
* * *
2174 AAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * *
2216 TTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAGTGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * ** * *
2281 AT-ACCTTTCTCTTA-ATGTTTCTAGAGGTAAACATTCAACCATAGTCTAT-TTTAACTAACAAT
66 ATGA-CTTTTTC-TACATGTTTCTA-AGGTAGACATTCAATTATAGT-T-TGTTTAACCAAAAAT
* * *
2343 ACATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
126 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
2387 TTTA
1 TTTA
2391 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1822, Mismatches: 316, Indels: 163
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.01
169 171 0.09
170 757 0.42
171 843 0.46
172 33 0.02
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGACTTTTTCTACATGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTAACCAAAAATATAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
Found at i:667 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1--2390 Score: 2290
Period size: 341 Copynumber: 7.0 Consensus size: 338
* * * * *
1 TTTAAAACGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTACCAATGA
* * * * * * * * *
66 ATGCTTGTTTCTTGATGTTTCTTAAGCTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTA
65 ATGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTA
* *
131 AAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA-AAAGGCTTTT
* * * * **
195 GAAAGAATTGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTCAACATGTTT-TC
193 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * *
258 TAAGATAGACATTCAATTATAGT-T-TGTTAAAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAC
256 -AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTAT-TTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
*
321 AATTATGAGATTATAAAATAA
318 AATTATGAGATTATAAAACAA
* * ** * *
342 TTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGTAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTACCAATGA
* * * *
407 ATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAGTTTATTTTAACTAAAAATCTA
65 ATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTA
* * * * *
472 AAAATATTCTA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGAAAAGGGTTTT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT-AAAAGGCTTTT
** * * *
536 GAAAAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATGCTTGTTTCTTGACGTTTCTCA
193 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCA
* * * * **
601 AGGTAGACATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAATAATGTAATAAAAATT-GACTTAAGCTCAAT
257 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
665 TATTAGATTATAAAATAA
321 TATGAGATTATAAAACAA
** * * **
683 TTTAAAGCGAGTAATAATCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAAGAAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTACCAATGA
* * * * *
748 ATGGCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGCTGTAACAAAAAATATA
65 AT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTA
* * * * **
813 AAAAAATTCAACTTGAAATTAATTATCAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATGCGGCTTTT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA-AAGGCTTTT
* * * *** * * *
878 GAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTTTTAATAAATGACTTTTTCTGCATGTTTCCCA
193 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * ** *
942 AGGCA-AGCATTCAATTGTCA-TCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAA
257 AGGTAGA-CATTCAATTAT-AGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1005 TTATGAGATTATAAAACAA
320 TTATGAGATTATAAAACAA
** * * * * *
1024 TTTAAAGTAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATTGATGACAATAAAT-GAGTTTTCTT-CTCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTAC-CAATG
** ** ** ** * * * * *
1087 AATGACTTTTTCAACACATTT-TGCAAGACAAACATTCAACAATAGTCTGTGTTAGCCAAAACTA
64 AATG-CTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATC
* **
1151 TAAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAGAATTTAAAGCGAGTAATAAAACT
127 T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA-AAGGCT
* * *
1215 TTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTC
190 TTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTC
* * *
1280 TCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATCT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
254 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
1344 ATTATAAGATTATAAAACCA
319 ATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * *
1364 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTACCAGTAAA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTACCAATGAA
* ** * *
1429 TGTCTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGGTAAACCTTCAATTATAGTCTGTTTTAGCT-AAAATAC-A
66 TG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-CTA
* * ** * * *
1492 AAAACATTCGACTTAAAATCAATTATGACTTTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA-AAGGCTTTT
* * * * * * * **
1557 GAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATAAATACTTGTTTTTTCATGTTTCTGG
193 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCA
* * * * * * * * *
1622 AGGTGGACATTCAATTATATTGTGTTTTAACTAAAAAAGTAAATAACTTCAGCTTAAAATCAATT
257 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
1687 ATTAGATTATAAAACCA
322 ATGAGATTATAAAACAA
* * * * *
1704 TTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCTAAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTAC-CAATGA
* * * * *
1769 ATAGCTTTTTCTATACAT-TTTCCCAA-GTAGACATTCAATTGTAGTCTGTGTTAACTAAAAATG
65 AT-GCTTTTTCT-T-CATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATC
* *
1832 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTT
127 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTA-AAAGGCTT
* *
1897 TTGAAGGAATAGGTGACAATAAAT-GAGCTTTTCTT-CTCAATGAATAGCTTTTTCTACATGTTT
191 TTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTT
** * * *
1960 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCC-AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
253 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
**********
2024 AATTNNNNNNNNNNAAAACAA
318 AATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * * *
2045 TTTAAAGCGAGTAGTAAAGCTTTTGAAGAAATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTTTTCTTAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTAC-CAATGA
* * * *
2110 ATGACTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGC-
65 ATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-CT
* * * * *
2174 AAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTT
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA-AAGGCTTT
* * * * * *
2239 TGAAGGAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAGTGAATACCTTTCTCTTAATGTTTCT-
192 TGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* ** * * ** *
2303 AGAGGTAAACATTCAACCATAGTCTATTTTAACTAACAATACATAAAAATTCAACTTAAAATCAA
256 A-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*
2368 TTATGAGATTATAAAACTA
320 TTATGAGATTATAAAACAA
2387 TTTA
1 TTTA
2391 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1670, Mismatches: 329, Indels: 99
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 15 0.01
339 135 0.08
340 354 0.21
341 890 0.53
342 270 0.16
343 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTACCAATGAA
TGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAAAGGCTTTTGAA
GGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACAA
Found at i:2947 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2623--4934 Score: 2132
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 171
2613 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2623 AATTATA-TCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTGAACTCAAAATTAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
2687 AGCAATATAATGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACGACAAATGGACTTTTCTTCT
66 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
* * * ** * *
2751 CAATAAATGGCTTTTTCTACACATTTTCTAAGACAGATAGTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTC
* ** *
2793 AATTATCA-TCCATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
1 AATTAT-AGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * *
2857 AAACCATTTAAAGCGGGTAATGTGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGC
65 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* * * *
2922 -CAGTGAAT-GCTTGTTTCTTCACA-TTTCTTGAGGTAAACATTC
129 TCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATATTTTC-TAAGGTAGACATTC
** * * * * * * * *
2964 AACCATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGGAAAAAACTTCAA-TTGAAAATCAATTATTAGATTACA
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
3028 AAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
65 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-
* * *
3092 C-AAATGAATGTCTTTTTCTT--TATGTTTCTAAAGCTAGACATTC
128 CTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATAT-TTTCT-AAGGTAGACATTC
* * * * *
3135 AATTATAATCTATTTTAA-CAAATAATGTAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTAC
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAA-AATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
3199 AAAACCATTTGAAGCAAGTAAAAAAGG-TTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
64 AAAACAATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
3263 GC-CAATGACT-GCTTGTTTCTTGAT-GTCTCTCAAGGTAGACATTC
128 -CTCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAGACATTC
* * * * * * * *
3307 AATTATAATTTATTTTAACCAATAGTGCAATAAAAATT-GACTTAAAATCAATTATTAGATGATA
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
3371 AAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATTAATGGA-ATTT-TTC
65 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
* * * * * * *
3433 TTAATGAATGGCGTTTTT-TGCATGTTTTTTGAGGCAAACATTC
129 TCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTC
* * * * * *
3476 AATTCTAGCCTACTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAA
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
3541 AACAATTTCAAGCGAGTAGTTAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCTC
66 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
*
3606 AATGAATGGC-TTTTC--CAATATGTTTCCTAAGATAGACATTC
131 AATGAATGGCTTTTTCTTC-ATAT-TTT-CTAAGGTAGACATTC
* * * * * *
3647 AATTATAGTCTGTTGTAGCAAAAAATGTAAAGAAATTCAATTTAAAAAT-AATTATGAGATTATA
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
3711 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGT
65 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
* * * * *
3776 CAATGAAT-GCTTTTTTCTTTACATTTTCCAAGGAATACATTC
130 CAATGAATGGC-TTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTC
* ** *
3818 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAGCATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
3883 AATC-ATTTAAAGTGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATATGAGACTATTAATGGACTTTTCTTAC
66 AA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-C
* *
3947 -CAATGAAT-GCTTGTTTCTTAACA-TTTCTCAAGGTAGACATTC
129 TCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATATTTTCT-AAGGTAGACATTC
* * * * *
3989 AATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAATAAAAATT-TACTTAAAATCAATTATTAGATTATA
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
4053 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCT
65 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
* * * * * *
4118 AAACGAATGG-TATTTTCTGT-ATGTTTCCTAAGGAAAACATTC
130 CAATGAATGGCT-TTTTCT-TCATATTTTCTAAGGTAGACATTC
* * * * * *
4160 AATTATAGTC-AGCTTTAACTAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTATGGGATTATA
1 AATTATAGTCTA-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * * *
4224 AAATAACTTAAAGCGAGTAGCAAGG-TTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTCT
65 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
* * *
4288 AAATGAATGGCTTTTTCTGT-ATGTTTTCTGAGGTAGACATTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCT-TCATATTTTCTAAGGTAGACATTC
** * ** * *
4330 AATTATAGTCTGCTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGTTTATAA
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
4395 AATAATTTAAAGCGAGTAGTAAAGC-TTGGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCTC
66 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
* * *
4459 AATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTCTAAGGTAAACATTC
131 AATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTC
* * * *
4500 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAATATTTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAG
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * * * * * * *
4565 AGTAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTCATTATAAATGAATTTTTCTTCTA
66 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
** * *
4630 AATGAATGGCTTTTTCAACAT-GTTTCTTGAGGTAGACATTC
131 AATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTC-TAAGGTAGACATTC
** *
4671 AATTATAGTCTGCTTTAACCAACAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * *
4735 AAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAATAAATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCT
65 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
* *
4800 CAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTGATGG-AGACATTC
130 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTC-T-AAGGTAGACATTC
* * ** *
4842 AATTATAGTATGTTTTGGCCAAAAATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
4907 AAATAATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTT
65 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
4935 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1764, Mismatches: 313, Indels: 128
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.00
169 116 0.07
170 369 0.21
171 1029 0.58
172 228 0.13
173 13 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
AATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGTAGACATTC
Found at i:4454 original size:682 final size:678
Alignment explanation
Indices: 2623--4934 Score: 2396
Period size: 682 Copynumber: 3.4 Consensus size: 678
2613 NNNNNNNNNN
* * * * *
2623 AATTAT-ATCTGTTTTAACAAAAAATATAA-AAAAATTGAACTCAAAATTAATTATGAGATTATA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAATAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
2686 AAGCAATATAATGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACGACAAATGGACTTTTCTTCT
65 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
* * ** * * * * * **
2751 CAATAAATGGCTTTTTCTACACATTTTCTAA-GACAGATAGTCAATTATCA-TCCATTTTAATGA
130 CAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCCTAAGGA-AAACATTCAATTAT-AGT-CACTTTAACCA
* * * * * *
2814 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATG
192 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTA
* * * *
2879 TGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGC-CAGTGAAT-GCTTGTTTCTTC
257 AGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTT-TTTCTT-
** * ** * * * *
2942 A-CATTTCTTGAGGTAAACATTCAACCATAGTTTGTTTTAACTAAAAAA-G-GAAAAAACTTCAA
319 ATGTTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTTAAA
* * * * * *
3004 TTGAAAATCAATTATTAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGAG
381 TT-AAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* *
3069 TGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAAATGAATG-TCTTTTTCTTT--ATGTTTCTAAAGCTAGA
445 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCT-TTTTTCTTTACAT-TTTC-AAAG-GAAA
* * * *
3130 CATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAATAATGTAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAG
505 CATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAA-AATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
3194 ATTACAAAACCATTTGAAGCAAGTAAAAAAGGTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTT
567 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTT
* * ** *
3259 TCTTGCCAATGACTGCTTGTTTCTTGATGTCTCTCAAGGTAGACATTC
632 TCTT-CCAATGAATGCTTGTTTCTTAACATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * * *
3307 AATTATAATTTATTTTAACCAATAGTGCAATAAAAATTGACTTAAAATCAATTATTAGATGATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAATAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
3372 AACAATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATTAATGGA-ATTT-TTCTT
66 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
** * * * *
3435 AATGAATGGCGTTTTT-TGCATGTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTCTAGCCTACTTTAACCAAA
131 AATGAATGGC-TTTTTCTGCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAGTC-ACTTTAACCAAA
* * * *
3499 AATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACAATTTCAAGCGAGTAGTTAG
194 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAG
* * * * *
3564 GCTTTTGAA-AGAATAGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTCCAATATG
259 GCTTTTGAAGA-AATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTC-TTATG
* * * * * * *
3628 TTTCCTAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTGTAGCAAAAAATGTAAAGAAATTCAATTTAAA
322 TTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT-TAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAAATTAAA
* * * *
3693 AATAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGAATAGGAGACTA
386 ATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
*
3758 TAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTTCCAAGGAATACATTCAATTA
451 TAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTTCAAAGGAA-ACATTCAATTA
* * *
3823 TAGTCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAGCATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCA
515 TAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA
* * *
3888 TTTAAAGTGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATATGAGACTATTAATGGACTTTTCTTACCAATGA
579 TTTAAAGCGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGA
3953 ATGCTTGTTTCTTAACATTTCTCAAGGTAGACATTC
643 ATGCTTGTTTCTTAACATTTCTCAAGGTAGACATTC
* *
3989 AATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAATAAAAATTTACTTAAAATCAATTATTAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAATAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
4054 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTA
66 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
* * *
4119 AACGAATGG-TATTTTCTGTATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAGTCAGCTTTAACTAAA
131 AATGAATGGCT-TTTTCTGCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAGTCA-CTTTAACCAAA
* * * * * *
4183 AATATAAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTATGGGATTATAAAATAACTTAAAGCGAGTAGCAAG
194 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAG
* * *
4248 G-TTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTTCTGTATGT
259 GCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCT-TATGT
* * * *
4312 TTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGCTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTTGACTTAAAA
323 TTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAAATTAAAA
* * * * * *
4377 TTAATTATGAGTTTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAGTAAAGC-TTGGAAGGAATGGGTGACAAT
387 TTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
4441 AAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATGGC-TTTTTC--TACATGTTTTCTAAGGTAAACATTCAAT
452 AAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTTCTTTACA--TTTTCAAAGG-AAACATTCAAT
* * * *
4503 TATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAATATTTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAGT
513 TATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* * ** * ** * * * *
4568 AATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTCATTATAAATGAATTTTTCTTCTAAAT
577 CATTTAAAGCGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAAT
**
4633 GAATGGCTT-TTTC--AACATGTTTCTTGAGGTAGACATTC
641 GAAT-GCTTGTTTCTTAACA--TTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * *
4671 AATTATAGTCTGCTTTAACCAACAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAATAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** * *
4736 AACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAATAAATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCTC
66 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
* * * * * **
4801 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGATGG-AGACATTCAATTATAGT-ATGTTTTGGCCAA
131 AATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCCT-AAGGAAAACATTCAATTATAGTCA--CTTTAACCAA
* * * *
4864 AAATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGAGAGTAGTA
193 AAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTA
4929 AGGCTT
257 AGGCTT
4935 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1358, Mismatches: 228, Indels: 84
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 8 0.01
681 6 0.00
682 603 0.44
683 498 0.37
684 153 0.11
685 83 0.06
686 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (678 bp):
AATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAATAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTC
AATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAGTCACTTTAACCAAAAA
TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGC
TTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTTATGTTTT
CTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAAATTAAAATTAA
TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
AGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTTCAAAGGAAACATTCAATTATAGTCT
ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
CGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCTTGT
TTCTTAACATTTCTCAAGGTAGACATTC
Found at i:4808 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4779--4819 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
4769 AAATGGGTGA
4779 CAATAAATGGGC-TTTTCTTCT
1 CAATAAAT-GGCTTTTTCTTCT
*
4800 CAATGAATGGCTTTTTCTTC
1 CAATAAATGGCTTTTTCTTC
4820 ATGTTTCTTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.17
21 15 0.83
ACGTcount: A:0.22, C:0.20, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
CAATAAATGGCTTTTTCTTCT
Found at i:5713 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5419--6688 Score: 1097
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 169
5409 NNNNNNNNNT
* * * * * * * * *
5419 TTTTTCTTTATGTTTATCGAGGTAAACTTTCAATTATTATCTATTTTAATCAGAAATCTAAGAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCA-AAATATAAAAAA
** *
5484 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCTAGTAA-GAAGGCTTTTGAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATG-AGGCTTTTGAAG
**
5548 GAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
129 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
* * ** *
5589 ATTTTTCTTCATGTTTC-CTGATGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGACAAATATAAAA
1 -TTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCA-AAATATAAAA
* *
5653 AAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAA
**
5718 GGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-CTCAATGAATGGC
128 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GC
* * * * * *
5761 TTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCA-AGCAATT-AATTATCATCTGTTTTAATGAAAAAAGTAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-C-ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAATA-TAAAA
* * * * * *
5824 AAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTAGTAATGTGACTTTTGAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAA
* ** **
5888 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTATTAGCGAATGCC
128 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-C
* * * * ** * * * *
5930 CTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACGTTCAACCATAGTTTGTTTTAA-CTAAAAAAGCAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAATA--TAAAA
* * * * *
5994 AAAATCAA-TTAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAAT-ATGGCTTTTA
63 AAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGA-GGCTTTTG
* * * *
6057 AAGGAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC
126 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-C
* * *
6102 TTTTTCTTTATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CGAATAATATAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AA-AATATAAAAA
* ** * * * * * * *
6166 AATTGAACAAAAAATCAATTTTGAGATTATGAAACTATTTGAAGTGAGT-A-GAACGGGTTTTAA
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATG-A-GGCTTTTGA
** * * *
6229 AGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACTGC
127 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
* * * *
6272 TTGTTTCTT--TGTCTCTCAAGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAACAATATAATAA
1 TT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAA-AATATAA-AA
* * * * *
6335 AAATT-GACTTAAAATCAATTATTAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAA
* *
6399 GGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTT-TTTCTTAATGAATGGC
128 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-TAATGAAT-GC
* * * ** * * *
6442 TTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGCCTGCTTTAACCAAAA-ATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAATAT-AAAAAA
* * * *
6506 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACAATTTAAA-CTGTGTAGTTAGGCTTTTGAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC-GAGTAATGAGGCTTTTGAAG
* * *
6570 GAATAGGTGACAATAAATAGG-CTTTT-TTTCTCAATGAATGGC
129 GAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCT-AATGAAT-GC
* * * * * ** * *
6612 TTTTCCTACATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAACA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAATATAAAAAA
6677 ATTCAACTTAAA
65 ATTCAACTTAAA
6689 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 905, Mismatches: 156, Indels: 76
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 179 0.20
170 241 0.27
171 416 0.46
172 60 0.07
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAATATAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGA
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
Found at i:6043 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5481--6659 Score: 1133
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 339
5471 GAAATCTAAG
* *
5481 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCT-AGTAA-GAAGGCTTTT
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-CTGAGTAATG-TGGCTTTT
* ** ** *
5544 GAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTC-CT
64 GAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTATTAGCGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-
* * * * * * *
5608 GATGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-TGACAAATATAAAAAAATTAAACTCAAAATCAA
127 GAGGTAGACATTCAACTATAGTATGTTTTAACTAAAAAATA-AAAAAAATTAAA-TTAAAATCAA
*
5672 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
190 TTATTAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* *
5737 AAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCAAG-CAATT-AATTATCA
254 AAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCTAGAC-ATTCAATTAT-A
*
5800 TCTGTTTTAATGAAAAAAGTAAA
317 TCTGTTTTAACGAAAAAAGTAAA
* * * *
5823 AAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACT-AGTAATGTGACTTTTGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACTGAGTAATGTGGCTTTTGA
** *
5887 AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTATTAGCGAATGCCCTTTTCTTCATGTTTCTCGAGG
66 AGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTATTAGCGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGG
* * * * * * *
5952 TAAACGTTCAACCATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGCAAAAAAAAATCAATTAAAAATCAATTAT
131 TAGACATTCAACTATAGTATGTTTTAACTAAAAAA-TAAAAAAAATTAAATT-AAAATCAATTAT
* * * * * *
6017 TAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATATGGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATAGAC
194 TAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATA-GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAAC
* ** *
6082 TTTTCTTGC-CAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCAA-GCTAGACATTCAATTATAATTTG
258 TTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCTAGACATTCAATTAT-ATCTG
*
6145 TTTTAACGAATAATA-TAAA
321 TTTTAACGAA-AAAAGTAAA
* ** * * * * *
6164 AAAATTGAACAAAAAATCAATTTTGAGATTATGAAACTATTTGAAGTGAGTAGAACG-GG-TTTT
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACTGAGT--AATGTGGCTTTT
* * * * * *
6227 AAAGGAATAAGAGACTATAAATGGAC--TTTTCTT-GCCAATGACTGCTTGTTTCTT--TGTCTC
64 GAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTATTAGCGAATG-C--CTT-TTTCTTCATGTTTC
* * * * * * *
6287 TCAAGGTAGACATTCAACTATAATATGTTTTAACCAACAATATAATAAAAATTGACTTAAAATCA
125 TCGAGGTAGACATTCAACTATAGTATGTTTTAACTAA-AAAATAAAAAAAATTAAATTAAAATCA
* *
6352 ATTATTAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
189 ATTATTAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * *
6417 TGGAA-TTTTTTTCTTAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTCTA
253 T-AAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCTAGACATTCAATTATA
* * * *
6480 GCCTGCTTTAACCAAAAATGT-AA
317 -TCTGTTTTAACGAAAAAAGTAAA
* * * *
6503 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACAATTTAAACTGTGTAGT-TAGGCTTTTG
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACTGAGTAATGT-GGCTTTTG
* * * ** * * *
6567 AAGGAATAGGTGACAATAAATAGGCTTTTTT-TCTCAATGAATGGCTTTTCCTACATGTTTCTCG
65 AAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTAT-T-AGCGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCG
* * *
6631 AGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
128 AGGTAGACATTCAACTATAGTATGTTTTA
6660 GCCAAAAATG
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 129, Indels: 69
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 2 0.00
339 81 0.12
340 190 0.28
341 306 0.45
342 80 0.12
343 11 0.02
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACTGAGTAATGTGGCTTTTGA
AGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTATTAGCGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGG
TAGACATTCAACTATAGTATGTTTTAACTAAAAAATAAAAAAAATTAAATTAAAATCAATTATTA
GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTT
TCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGCTAGACATTCAATTATATCTGTTTTA
ACGAAAAAAGTAAA
Found at i:6459 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 5481--6659 Score: 1238
Period size: 512 Copynumber: 2.3 Consensus size: 506
5471 GAAATCTAAG
* ** * * *
5481 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCTAGTAAGAAGGCTTTTGA
1 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGA
* * * *
5546 AGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCCTGAT
66 AGGAAT-AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTT-CTCAA
* * **
5611 G-TAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGACAAATATAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTA
128 GCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGACAAATATAAAAAAATTAAACAAAAAATCAATTA
* ** *
5675 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAA
193 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAA-GAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATAAA
* * * *
5740 CTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCAAGCAATTAATTATCATCTGT
257 CTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTA-ATGTCTCCCAAGGCAAGCAATTAACTATAATATGT
** * * * *
5805 TTTAATGAAAAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACT
321 TTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAACG
** *
5870 AGTAATGTGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTATTAGCGAATGCCCTTTT
386 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTATTAACGAATGCCCTTTT
* * * * ** * *
5935 CTTCATGTTTCTCGAGGTAAACGTTCAA-CCATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGCAAAA
451 CTACACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATCC-TAGCCTGCTTTAACCAAAAAAG--AAA
* * * *
5993 AAAAATCAA-TTAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATATGGCTTTTA
1 AAAAATCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTG
* *
6057 AAGGAATGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCAA
65 AAGGAAT-AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAA
* * *
6122 GCTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACGA-ATAATATAAAAAAATTGAACAAAAAATCAATT
128 GCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGACA-AATATAAAAAAATTAAACAAAAAATCAATT
* * * * * * *
6186 TTGAGATTATGAAACTATTTGAAGTGAGT-AGAACGGGTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATG
192 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAG-A-GGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATA
* * * * *
6250 GACTTTTCTTGC-CAATGACT-GCTTGTTTCT-TTGTCTCTCAAGG-TAG-ACATTCAACTATAA
255 AACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTT-TTTCTAATGTCTCCCAAGGCAAGCA-ATT-AACTATAA
* * *
6310 TATGTTTTAACCAACAATA-TAATAAAAATT-GACTTAAAATCAATTATTAGATCATAAAACAAT
316 TATGTTTTAACCAA-AAAAGTAA-AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAAT
* * * * *
6373 TTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTTTTTCTTAATGAA
379 TTAAA-CGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTTTATTAACGAA
* * * * * *
6438 TGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGCCTGCTTTAACCAAAAATGTAA
442 TGCCCTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATCCTAGCCTGCTTTAACCAAAAAAGAAA
* * * *
6503 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACAATTTAAA-CTGTGTAGT-TAGGCTTTT
1 AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC-GAGTAATAT-GGCTTTT
* * * * *
6566 GAAGGAATAGGTGACAATAAATAGGCTTTT-TTTCTCAATGAATGGCTTTTCCTACATGTTTCTC
64 GAAGGAATA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTC
*
6630 GAGGC-AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
126 -AAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
6660 GCCAAAAATG
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 92, Indels: 46
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 11 0.02
510 186 0.34
511 65 0.12
512 287 0.52
513 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGA
AGGAATAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCT
AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGACAAATATAAAAAAATTAAACAAAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAGAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATAAACTTT
TCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTAATGTCTCCCAAGGCAAGCAATTAACTATAATATGTTTTAA
CCAAAAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAACGAGTAA
TAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTATTAACGAATGCCCTTTTCTACA
CGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATCCTAGCCTGCTTTAACCAAAAAAGAAA
Found at i:7343 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6990--7535 Score: 441
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
6980 NNNNNNAAGG
* *
6990 CTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAAT-TTCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACA
1 CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTT-ATAATTAATTTTAA-TT-AAATTTTTTTACA
* * * * * ** ** *
7054 TTTTGCATTAAAATAGATAACAATTGTATGCCTACCTTGGGAAATGTTTAGAGAAAGCCATTCAT
63 TTTTTCATTAAAACAGAT-ATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCAT
*
7119 TGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGC
127 TGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
** *
7162 CTCGTTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTGAATTAAATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTAATTTT-AATTAAATTTTTTTACATT
*
7227 TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAGGAAACATGCA-AAAATAGCCATTCATT
65 TTTCATTAAAACAGA-TATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGCAGAAAA-AGCCATTCATT
* * *********
7291 TAGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCNNNNNNNNN
128 GAGAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * *
7333 NTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTCAATTTTTATTAGATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAATTAAATTTTT-TTACATT
* * *
7398 GTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTT--GAGAA-ATGTCAAGAAACAAG-CATT
65 TTTCA-TTAAAACAGA-TATAATTGAATGCCTACCTTAGGA-AACATG-C-AGAAA-AAGCCATT
* * * *
7458 CATT-AGCAAGAAAAGTCCAATTATAG--ACCTTTATTCCTTCAAAA-C
124 CATTGAG-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACC--CATTCCTTCAAAAGC
* * *
7503 CTTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCT
1 C-TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
7536 CAAAAGTGAT
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 56, Indels: 35
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.03
170 20 0.07
171 221 0.73
172 47 0.16
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAATTAAATTTTTTTACATTT
TTCATTAAAACAGATATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGAG
AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
Done.