Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400724.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3903.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9357
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 1397 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:961 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 651--2026 Score: 1583
Period size: 170 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
641 TTAAAAAATT
* * *
651 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTAAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC--TG-
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAATGA
* * * * * *
712 ATG-TTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAATTGTA
66 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTA
* * * *
776 AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAAATTATAAAACC
131 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
816 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGCGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATG
* * *
881 AATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAATTGT
65 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGT
* *
945 AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
986 ATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTGTAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATG
* * * * * * *
1051 AATACCTTTTTTTTCACGTTTC-CTGAAGTAGGCATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATA
65 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATG
* * * *
1115 TAAAAAAATTTAACTTAAAATTATTTATGAGTTTATAAAACC
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * ** *
1157 ATTTAAAGCGGGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAAGGGACTTTTTTTTGCCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTG-CAAT
* * * * * * *
1222 GAATGCTTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
64 GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATG
* *
1287 TAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGATTATAAAACC
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
*
1329 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-AATG
* * * *
1394 AAT--CTCTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATG
65 AATGCCT-TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATG
* * * * * *
1457 TAAAAAAAATAAACCTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAATC
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* *
1499 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTAT-CAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTT-CT-TGCAA
* * * * *
1562 TGAATACCTTTTT-TTCTATATTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAA
63 TGAATGCCTTTTTCTTC-ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAA
* * * *
1626 AGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
127 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* *
1670 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-AATG
* * ** * *
1735 AATGCCTTTTTCTTCATGTCTCTCTAGGTAGACATTCAATCGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
65 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGT
* ** * * *
1800 AAAAAACTTCAGTTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAATC
130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * *
1841 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGGCTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAACG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATG
** ** * * *
1905 AATGTATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTT-ATCAAAACTG
65 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTTAACCAAAAATG
*
1969 TAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
*
2011 ATTTAAAGGGAGTAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAAT
2027 TTACTTTGAG
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 161, Indels: 43
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
165 31 0.03
166 23 0.02
167 1 0.00
169 6 0.01
170 408 0.40
171 406 0.40
172 150 0.15
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAATGA
ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
Found at i:1163 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 651--2026 Score: 1493
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 169
641 TTAAAAAATT
* * *
651 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTAAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-C--TG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
712 -AT-GTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAATTGT
66 AATCCTTTTTT-TTCATGTTTCTGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
775 AAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAAATTATAAAACC
129 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
816 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGCGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
881 AATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCG-AGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAATTGT
66 AAT-CCTTTTTTTTCATGTTTCT-GAAGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGT
* *
945 AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
129 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
986 ATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTGTAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
1051 AATACCTTTTTTTTCACGTTTCCTGAAGTAGGCATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATAT
66 AAT-CCTTTTTTTTCATGTTT-CTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
1116 AAAAAAATTTAACTTAAAATTATTTATGAGTTTATAAAACC
129 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * ** *
1157 ATTTAAAGCGGGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAAGGGACTTTTTTTTGCCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * *
1222 GAATGCTTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
65 GAATCCTTTTTT-TTCATGTTTCT-GAAGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATG
* *
1287 TAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGATTATAAAACC
128 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* *
1329 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
1394 AATCTCTTTTCTTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGT
66 AATC-CTTTTTTTTCATGTTTCTGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
1458 AAAAAAAATAAACCTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAATC
129 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * **
1499 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
1563 GAATACC-TTTTTTTCTATATTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAA
65 GAAT-CCTTTTTTTTC-ATGTTTCT-GAAGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAAT
* * *
1627 GAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
127 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * *
1670 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * ** * *
1735 AATGCCTTTTTCTTCATGTCTCTCT-AGGTAGACATTCAATCGTAATCTGTTTTAACCAAAAATG
66 AAT-CCTTTTTTTTCATGT-T-TCTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATG
* ** * * *
1799 TAAAAAACTTCAGTTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAATC
128 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * *
1841 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGGCTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAACG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
1905 AAT-GTATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTT-ATCAAAACT
66 AATCCT-TTTTT-TTCATGTTTCTGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTTAACCAAAAAT
*
1968 GTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
127 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
*
2011 ATTTAAAGGGAGTAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAAT
2027 TTACTTTGAG
Statistics
Matches: 1014, Mismatches: 168, Indels: 53
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
165 31 0.03
166 23 0.02
167 1 0.00
168 4 0.00
169 16 0.02
170 381 0.38
171 397 0.39
172 158 0.16
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
AATCCTTTTTTTTCATGTTTCTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
Found at i:1383 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 651--2018 Score: 1744
Period size: 513 Copynumber: 2.7 Consensus size: 510
641 TTAAAAAATT
*
651 ATTTAAAGCGAGTAATAAAGT-TTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-C-TG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAA-TCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCATG
* * * * *
712 -ATG-TTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAATTGT
65 AATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
775 AAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
130 AAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
840 TAAAGGAATGCGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTC
194 TGAAGGAATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTC
* * *
905 GA-GTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAATTGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAAT
258 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
969 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTGTAGGAAT-GAGTGACTATAAAT
323 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAAT
* * * * *
1033 GGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTTT-TCACGTTTC-CTGAAGTAGGCATTCAATTATAG
387 GGACTTTTCCTACCAATGAATACCTTTTTTTCT-ACATTTCTC-GAAGTAGACATTCAATTATAA
* * * *
1096 TCTTTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTTAACTTAAAAT-TATTTATGAGTTTATAAAACC
450 TCTTTTTTAACTAAAAA-AGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT-TGAGATTATAAAACC
* * ** *
1157 ATTTAAAGCGGGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAAGGGACTTTTTTTTGCCAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCC-AT
* * * *
1222 GAATGCTTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
64 GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* *
1287 TAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTT
129 TAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
1352 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT-C-TCTTTTCTTTATGTTTC
193 TTGAAGGAATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGC-AATGAATGCAT-TTTTCTTCATGTTTC
* * * * *
1415 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATAAACCTAAAATCA
256 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
1480 ATTATGAGAATGTAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAA
321 ATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAA
* * *
1544 ATGGACTTTTCCTATCAATGAATACCTTTTTTTCTATATTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAA
385 ATGGACTTTTCCTACCAATGAATACCTTTTTTTCTACATTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAA
1609 TCTTTTTTAACTAAAAAAGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
450 TCTTTTTTAACTAAAAAAGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
** * * *
1670 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA-TG
* * * * **
1735 AATGCCTTTTTCTTCATGTCTCTCTAGGTAGACATTCAATCGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
65 AATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* ** * *
1800 AAAAAACTTCAGTTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
130 AAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
1865 GGAAGGAATGGGTGGCTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGTATTTTTCTTCATGTTTCTT
194 TGAAGGAATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTG-CAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * *
1929 AAGGTAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTT-ATCAAAACTGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAA
258 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*
1993 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
322 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
2019 GGAGTAATTT
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 98, Indels: 44
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
505 1 0.00
506 29 0.04
507 14 0.02
508 7 0.01
509 1 0.00
511 24 0.03
512 249 0.34
513 407 0.55
514 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCATGA
ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGAATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
GTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCCTACCAATGAATACCTTTTTTTCTACATTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTTTT
TTAACTAAAAAAGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
Found at i:2026 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 651--2026 Score: 1667
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 340
641 TTAAAAAATT
* *
651 ATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTTAAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC---T
1 ATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAAT
* * * * * *
711 G-ATGTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAATTGT
65 GAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
775 AAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
130 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
840 TAAAGGAATGCGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTC
195 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTC
* * *
905 GA-GTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAATTGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAAT
260 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTT-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
*
969 TATGAGATTATAAAACT
324 TATGAGATTATAAAACC
* * * *
986 ATTTAAAGCGAGCAATAAGCCTTTTGTAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG
* * * * * * * *
1051 AATACCTTTTTTTTCACGTTTCCTGAA-GTAGGCATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATA
66 AAT-GCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * * * **
1115 TAAAAAAATTTAACTTAAAATTATTTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAATCTT
129 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
1180 TTGAAGGAATGGGTTACTATAAAGGGACTTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTA
194 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTC
* * * *
1245 TCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCA
258 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
*
1310 ATTATTAGATTATAAAACC
322 ATTATGAGATTATAAAACC
1329 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG
* *
1394 AAT-CTCTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATGT
66 AATGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * *
1458 AAAAAAAATAAACCTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
130 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * * **
1523 TGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATGAATACCTTTTT-TTCTATATTTCT
195 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTC-ACGTTTCT
* * * * *
1587 CGATGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAAGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
259 CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTT-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*
1652 TTTTGAGATTATAAAACC
323 TTATGAGATTATAAAACC
* * *
1670 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAGTA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG
* * ** *
1735 AATGCCTTTTTCTTCATGTCTCTCTAGGTAGACATTCAATCGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
66 AATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * ** * * *
1800 AAAAAACTTCAGTTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
130 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
1865 GGAAGGAATGGGTGGCTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGTATTTTTCTTCATGTTTCTT
195 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * *
1929 AAGGTAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTTATCAAAACTGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAAT
260 GAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1994 TATGAGATTATAAAACC
324 TATGAGATTATAAAACC
*
2011 ATTTAAAGGGAGTAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAAT
2027 TTACTTTGAG
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 138, Indels: 32
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
334 3 0.00
335 26 0.03
336 24 0.03
339 2 0.00
340 9 0.01
341 397 0.45
342 288 0.33
343 131 0.15
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATG
AATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCG
AGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACC
Found at i:2316 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2032--3174 Score: 1084
Period size: 170 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
2022 GTAATTTACT
* * *
2032 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* *
2097 CAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTT
66 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
2162 TTATATTTTGATTAAAACATATTATAGTTGAATGTCAACA
131 TTACATTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
2202 TCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTT
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* * * * *
2267 CGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTCAACTTGAATTTGT
66 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T
* * *
2332 TTTACGTTTATGGTTAAAA-TTATCTATAATTGAATGTCTACC
130 TTTACATTT-TGATTAAAACATAT-TATAATTGAATGTCTACC
* *
2374 TTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA-AAATA-TCTATTTATAGTCA-TCTATTC
1 TTGAGAAACA-TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTC-ATTC
* * * * * *
2435 CTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCCA-AATTAATTTTTAGTAGAAT
63 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * *
2499 TTTTTTTTACATTTTTAGTGAAGACAGATTACAATTGAATGTCTGCC
126 -TTTTTTTACATTTTGA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
2546 TTGAGAAAAATAAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
** * * * *
2611 CACCAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTTTT
66 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * *
2676 TTCCATTTTTTG-TTAAAAAAAAGGCTATAATTGAGTCTCTACC
131 TTACA--TTTTGATTAAAACATA--TTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * ** * * **
2719 TT-AGGACACATGAAGCAAAAGCCATCCATTCGCATGAAAAGTCTGTTAATAGTCATTCAAGCCT
1 TTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
** * * * * * * **
2783 TTGAAAGCCTTATTGCTTC-CTTTCAATGGTTTTGTAAACTTAAAATTGATTTTAAAATGAATTT
65 TCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * *
2847 CTTTACATTTTTATTTAAATAGACTATAATTGAATATCTA-C
129 TTTTACATTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
2888 TTAGAGAAACATGAAGATAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACTCCTTCCT
1 TT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
** * ** **
2953 TTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTTTAATTGATTTTAAGTTGAAGGTT
65 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * *
3018 TTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
130 TTTACA-TTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
3060 TTGAGAAACATGAAGAGAAAGGCATTTATTGGTAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACCCATCCCT
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
** *
3124 TCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
65 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
3175 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 158, Indels: 57
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 235 0.30
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174 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC
Found at i:3022 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 2044--3170 Score: 1256
Period size: 514 Copynumber: 2.2 Consensus size: 513
2034 GAGAAACGTG
* * *
2044 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTAT
1 AAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
2109 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGAT
66 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGAT
* * * * * * * * *
2174 TAAAACATATTATAGTTGAATGTCAACATCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCATGA
131 TAAAAAAAACTATAATTGAATCTCAACATAGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTAGCATGA
* ** *
2239 AAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAAT
196 AAAGTCCATTAATAATCACTCAAGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAAA
* ** * * * * *
2304 CTCATAATTGATTTCAACTTGAATTTGTTTTACGTTTATGGTTAAAATTATCTATAATTGAATGT
261 CTCAAAATTGATTTCAAAATGAATTTGCTTTACATTTATGATTAAAATTAACTATAATTGAATAT
* * *
2369 CTACCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAATATCTATTTATAGTCATCTATT
326 CTACCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAATACCCATTTATAGTCATCTATT
*
2434 CCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCCAAATTAATTTTTAGTAGAAT
391 CCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCCAAATTAATTTTAAGTAGAA-
** * *
2499 TTTTTTTTACATTTTTAGTGAAGACA-GATTACAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAATA
455 TGGTTTTTACATTTTTAGTGAAAACATG-TTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATA
**
2558 AAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCACCAGCCTTAT
1 AAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
2623 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCAAAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTCCATTTTTTG
66 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTTG
* * * * * * *
2688 -TTAAAAAAAAGGCTATAATTGAGTCTCTACCTTAG-GACACATGAAGCAAAAGCCATCCATTCG
129 ATTAAAAAAAA--CTATAATTGAATCTC-AACATAGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTAG
** * * * * * *
2751 CATGAAAAGTCTGTTAATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTTC-CTTTCAATGGTTT
191 CATGAAAAGTCCATTAATAATCACTCAAGCCTTCGAAACCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
2815 T-GTAAACTTAAAATTGATTTTAAAATGAATTT-CTTTACATTT-TTATTTAAA-TAGACTATAA
255 TAG-AAACTCAAAATTGATTTCAAAATGAATTTGCTTTACATTTATGATTAAAATTA-ACTATAA
* *
2876 TTGAATATCTA-CTTAGAGAAACA-TGAAGATAAAGGCATTTATTAGCAAGAAA-AGCCCATTTA
318 TTGAATATCTACCTTA-AGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA-AAATA-CCCATTTA
* * ** * * * *** *
2938 TAGTTA-CTCCTTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTTTAATTGA
379 TAGTCATCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCCAAATTAA
* * * * *
3002 TTTTAAGTTGAA-GGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
443 TTTTAAGTAGAATGGTTTTTACATTTTTAGTGAAAACATGTTACAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* *
3066 AACATG
508 AAAATA
* * *
3072 AAGAGAAAGGCATTTATTGGTAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
**
3136 TTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
65 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
3171 GATTNNNNNN
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 88, Indels: 30
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
514 250 0.49
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517 106 0.21
518 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
AAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGAT
TAAAAAAAACTATAATTGAATCTCAACATAGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTAGCATGA
AAAGTCCATTAATAATCACTCAAGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAAA
CTCAAAATTGATTTCAAAATGAATTTGCTTTACATTTATGATTAAAATTAACTATAATTGAATAT
CTACCTTAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAATACCCATTTATAGTCATCTATT
CCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCCAAATTAATTTTAAGTAGAAT
GGTTTTTACATTTTTAGTGAAAACATGTTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATA
Found at i:4325 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3928--6389 Score: 1817
Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 171
3918 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
3928 AATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGTAA-AAAAAGTCATTCATGGGTAAGAAATGTCCATATA
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * * *
3992 TAGTCACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA
65 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * *
4057 TTTTAAAG-TGAA-TTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGACTAT
129 TTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * * *
4099 AACTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGTAA-AAGAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTAATT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTT
** * * *
4162 ATAGTCTCTTATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCAAAATTGA
64 ATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * *
4227 TTTTAAGTAGAATTGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTAT
129 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* ** *
4271 AATTGAATGTATACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTTCAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *** * * ****
4336 AATCTCTCATTCTTTTAAAAGACTTATTACTTGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTNNNN
66 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
****** * *
4401 NNNNNNTGAATTGTTTTACATTTTTAT-TTAAAACAGACTAT
131 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TGTTAAAACAGACTAT
* * * * *
4442 AATTGAATATCTACCTC-ATGAAACATGAATG-AGAAGGCATTCATTCGCAAGAAAAATCCATTT
1 AATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
4505 ACACT-TACCCATTCCTTCAAAAACCTTACTACTCA-TTTAAAATAGTTTTATAATCTCCAAATT
64 ATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * *
4568 GATTTTAAATTGAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTAT
127 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * * ** * * *
4614 AATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCGTTAGTAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ********** ** *
4679 AGTCACCCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
66 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * ** * **
4744 TTAACTTGAATTATTTTACGTTTTTGGTTAAATTAGACTAT
131 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * * * *
4785 AATTGAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA-AAATGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ** * *
4849 GGTCAT-CTATTCCTTCAAAAGCCTTACAACTCACTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGAT
66 AGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * * *
4913 TTTAAGTAGAATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTAT
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAACAGACTAT
* * * * * *
4957 AATTGAATTTCTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATATAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
5022 AATCAT-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTTAT
66 AGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
*** * *
5086 TTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTCAGGTTAAAAAAGGCTAT
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * * * * * *
5127 AATTCAATCTCTGCCT-TAGGGAACATGAA-ATAGAAGCCATAT-ATTAGCATGAAAAGTTCATT
1 AATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGA-AAAAGGCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** ** * * ** *
5189 TATAGT-TACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTTC-CTTGAAATGGTTTTGCAAACT-AATAA
63 TATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AA
** * * *
5251 TTGATTTTAAAATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAACAGACTAT
125 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * * * *
5298 AATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG--AAAGACATTCATTGGCAATAAAATTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * * *
5361 AGTCACCAATTCTTTCAAAAACTTTATTGCTCACTTTAAATGGTGTTATAATCTCATACTTGATT
66 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* *
5426 TTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTTATTAAAACAGACTAT
131 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* ** * * * * *
5467 AATTAAATGTCTGTCTC-AGGAAATGT-ATAAAAAAAGCCATTCATT-ACAAAGAGAAGTCCATT
1 AATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATT
* ** * * * ** *
5529 TATAGTATTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTGATAACCTCTTAATGG
63 TATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * ** * * *
5594 GTTTTAAGTTGAATTTTTTTGTGCTTTTGGTAAAAACAAACTAT
128 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * ** *
5638 ACTTGAATCTCCACCTCGAGAAACATGAATAGAAAGGCATTCATTTACAAAAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
5703 TGACACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
66 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * *
5768 TTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAAATTAT
131 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * * *
5808 AATTGAATGTCAACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAGAAAATTTCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
5873 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
66 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * *
5936 TTCAGCTTGAATTTTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACTGTCTAT
131 TTAAG-TTGAATTTTTTTATA--TTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * ** * * *
5980 AATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGTATT-ATTAG-AA-AAAATGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTA
* * * ** * * *
6042 TAGTCAT-CTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTGAAACAGTTCTATAATCTCCAAATTAA
65 TAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * *
6106 TTTTTAG-TAAATTTTTTT-TACATTTTTGATGAAGACAGATTAT
129 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAACAGACTAT
* ** *
6149 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
6214 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTTATT
66 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * *
6279 TTAATTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTTAAAAAAGGCTAT
131 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGACTAT
* * * * * * * * * * * *
6321 AATTGAGTCTCTACCT-TAGGGAACATGAAGCAACAGCCATCCAATGGTATGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
6385 TAGTC
65 TAGTC
6390 ACTCAAGCCT
Statistics
Matches: 1796, Mismatches: 436, Indels: 117
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.01
169 217 0.12
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
Found at i:4559 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3928--6336 Score: 1311
Period size: 343 Copynumber: 7.0 Consensus size: 342
3918 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
3928 AATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGTAA-AAAAAGTCATTCATGGGT-AAGAAATGTCCATAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCAT-TGTCAAGAAAAGTCTATTT
* * ** * * *** *
3991 ATAGTCACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
64 ATAATC-TCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTT-AAATTGTTTTATAATCTCAAAATTG
** * * * *
4056 ATTTTAAAGTGAATT-TTTTACATTTTTAGGTAAAACAGACTATAACTGAATGT-T-TGCCTTGA
127 ATTTTAACTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTAT-CC-TCA
* * * * * * * * ** *
4118 GAAACGTGTAA-AAGAAGCCATTCATT-G-AGAAGAAAAGTCTAATTATAGTCTCTTATTCTTTC
190 GAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTCGCA-AA-AAAA-TCCATTTACACTCACCCATTCCTTC
* * * *
4180 AAAAGTCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTCTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTGTT
251 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTGTT
4244 TTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTAT
316 TTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTAT
* *
4271 AATTGAATGTATACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTTTCAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * ****
4336 AATCTCTCATTCTTTTAAAAGACTTATTACTTGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTNNNN
66 AATCTC-CATTCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
****** * *
4401 NNNNNNTGAATTGTTTTACATTTTTATTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTA-CCTCATGAAA
130 TTAACTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCCTCA-GAAA
* * *
4465 CATGAATG-AGAAGGCATTCATTCGCAAGAAAAATCCATTTACACTTACCCATTCCTTCAAAAAC
194 CATGAA-GAAAAAGGCATTCATTCGCAA-AAAAATCCATTTACACTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
4529 CTTACTACTCA-TTTAAAATAGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTTATA
257 CTTACTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTATA
* * *
4593 TTTTTAGTTAAAACAAATTAT
322 TTTTTTGTTAAAATAGATTAT
* * * ** * *
4614 AATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCGTTAGT-AAGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * ********** *
4678 TAGTCACCCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
65 TAATC-TCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * ** * * * *
4743 TTTAACTTGAATTATTTTACGTTTTTGGTTAAATTAGACTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAA
129 TTTAACTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCCTCAGAAA
** * ** *** * *
4808 TGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAATGTCCATTTATGGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCT
194 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTCGCAAAAAAATCCATTTACACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* ** * *
4873 TACAACTCACTTTAAACGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATT-TTTTTTTACA
259 TACTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTATA-T
4936 TTTTTGATTAAAATAGATTAT
323 TTTTTG-TTAAAATAGATTAT
* * * * * *
4957 AATTGAATTTCTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATATAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
5022 AATCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCAAAATTTAT
66 AATC-TCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * * * * * * * *
5086 TTTAAGTTGAATTTTTTTA-A-TTTCAGGTTAAAAAAGGCTATAATTCAATCTCT-GCCTTAGGG
129 TTTAACTTGAATTATTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCCTCA-GA
* * * * * * * * * * ** **
5148 AACATGAA-ATAGAAGCCATAT-ATTAGCATGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAA
192 AACATGAAGA-AAAAGGCAT-TCATTCGCA-AAAAAATCCATTTACACTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * ** * *
5211 AGCCTTATTGCTTC-C-TTGAAATGGTTTTGCAAACT-AATAATTGATTTTAA-AATGAATT-TT
254 AGCCTTACTAC-TCACTTTAAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTA-GAATTGTT
* * * * *
5271 TTTACATTTTTAGTTGAAACAGACTAT
316 TTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTAT
* * * * * * *
5298 AATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG--AAAGACATTCATTGGCAATAAAATTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * ** * * * *
5361 AGTCACCAATT-CTTTCAAAA-ACTTTATTGCTCACTTTAAATGGTGTTATAATCTCATACTTGA
66 AATCTCC-ATTCCTTT-AAAAGAC-TTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * *
5424 TTTTAAGTTGAATTTATTTATA-TTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGT-CTCAG
128 TTTTAACTTGAA-TTATTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCCTCAG
* * * * * * * **
5486 GAA-ATGTATAAAAAAAGCCATTCATT-ACAAAGAGAAGTCCATTTATAGT-ATTTCATTCCTTC
191 AAACATG-A-AGAAAAAGGCATTCATTCGCAAA-A-AAATCCATTTACACTCA-CCCATTCCTTC
* * * * * ** * * *
5548 AAAAGCCTTATTACTTACTTT-AAATGGTTTGATAACCTCTTAATGGGTTTTAAGTTGAATT-TT
251 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTGTT
* ** * * * * *
5611 TTTGTGCTTTTGGTAAAAACAAACTAT
316 TTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTAT
* * * * * * * *
5638 ACTTGAATCTCCACCTCGAGAAACATGAATAGAAAGGCATTCATT-TACAAAAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGT-CAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
5702 TTGACA-C-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
65 -T-A-ATCTCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * * * *
5765 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTC-AACCTCAAG
127 ATTTTAACTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCCTC-AG
** * * * * *
5828 AAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAG-AAAGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
191 AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTCGCAAA-AAAA-TCCATTTACACTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * * *
5892 AGTCTTATTACTCGCTTT--AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAGCTTGAATT-TTTT
254 AGCCTTACTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TAGAATTGTTTT
* *
5953 TTTACGTTTTTGGTTAAAACT-G-TCTAT
318 TATA--TTTTTTGTTAAAA-TAGAT-TAT
* * ** * * *
5980 AATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGTATT-ATTAG--AA-AAAATGTCCATTT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTCAAGAAAA-GTCTATTT
* * * * * ** * ** * * *
6041 ATAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTGAAACAGTTCTATAATCTCCAAATTAA
64 ATAATC-TCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * *
6106 TTTTTA-GTAAATTTTTTTTACATTTTT-GATGAAGACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAA
128 TTTTAACTTGAA-TTATTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCCTC-A
* * * * * * *
6168 GAAATATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
190 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTCGCAA-AAAAATCCATTTACACTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * *
6233 AGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAATTTA-AATT-TTTT
254 AGCCTTACTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-GTAGAATTGTTTT
* **
6295 TATATTTTTTGTTTAAAAAAGGCTAT
318 TATATTTTTTG-TTAAAATAGATTAT
* *
6321 AATTGAGTCTCTACCT
1 AATTGAATGTCTACCT
6337 TAGGGAACAT
Statistics
Matches: 1616, Mismatches: 361, Indels: 180
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 13 0.01
339 106 0.07
340 271 0.17
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342 344 0.21
343 595 0.37
344 16 0.01
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTAT
AATCTCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
TAACTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCCTCAGAAACA
TGAAGAAAAAGGCATTCATTCGCAAAAAAATCCATTTACACTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
CTACTCACTTTAAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTTATATTTT
TTGTTAAAATAGATTAT
Found at i:5948 original size:511 final size:511
Alignment explanation
Indices: 3928--6326 Score: 1890
Period size: 511 Copynumber: 4.7 Consensus size: 511
3918 NNNNNNNNNN
* * * *** * * *
3928 AATTGAATGTCTATCTCGAGAAACATGTAAAAAAAGTCATTCATGGGTAAGAAATGTCCATATAT
1 AATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCAT-TACAAAAAAAGTCCATTTAT
** * * *
3993 AGTCA-CCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAATTGTTTTATAATCT-CATAATTG
64 AGTCATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT-AAATAGTTTTATAATCTCCA-AATTG
* * * * * * * *
4056 ATTTTAAAG-TGAA-TTTTTTACATTTTTAGGT-AAAACAGACTATAACTGAATGTTTGCCTTGA
127 ATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATACTTTT-GGTAAAAACAAACTATAATTGAATCTCTACCTCGA
* * * * * * * ** *
4118 GAAACGTGTAAAAG-AAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTAATTATAGTCTCTTATTCTTTCA
190 GAAACATG-AAGAGAAAGGCATTCATTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * *
4181 AAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTT
254 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * *
4246 TATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-ATACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCA
318 TACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCA-ACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCA
* * * * * * * * ***
4310 TTCATTTTCAAGAAAAGTCTATTTATAATCTCTCATTCTTTTAAAAGACTTATTACTTGTTTTAA
381 TTCA-TTGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAA
* ********** *
4375 ATTGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTGTTTTACATTTTT-ATTTAAAACAGAC
445 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGAC
4439 TAT
509 TAT
* ** * *
4442 AATTGAATATCTACCTCATGAAACATGAATGAGAAGGCATTCATTCGCAAGAAAAA-TCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCA-GAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATT-ACAA-AAAAAGTCCATTTA
* * * *
4506 CACTTA-CCCATTCCTTCAAAAACCTTACTACTCA-TTTAAAATAGTTTTATAATCTCCAAATTG
63 TAGTCATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT-AAATAGTTTTATAATCTCCAAATTG
* * * * * * * *
4569 ATTTTAAATTGAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG
127 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATACTTTTGGTAAAAACAAACTATAATTGAATCTCTACCTCGAG
* * * ** * *
4634 AAACGTAAAGAAAAAGATATTC-GTTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
191 AAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
********** * * *
4698 NNNNNNNNNNCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTGAATTATTTTAC
256 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** ** * * *
4763 GTTTTTGGTTAAATTAGACTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCA
321 -ATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * ** *
4828 TTGGC-A-AAAATGTCCATTTATGGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTACAACTCACTTTAAACG
385 TT-GCAAGAAAAT-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * *
4891 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTA
448 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTA
4956 T
511 T
* * * * * *
4957 AATTGAATTTCTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATATAT
1 AATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATT-ACAAAAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
5022 AATCAT-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATTTA
64 AGTCATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCCAAATTGA
* ** * * *
5085 TTTTAAGTTGAATTTTTTTA-A-TTTCAGGTTAAAAA-AGGCTATAATTCAATCTCTGCCT-TAG
128 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTTT-TGG-TAAAAACAAACTATAATTGAATCTCTACCTCGA-
* * * * * * * ** *
5146 GGAACATGAA-ATAGAAGCCA-T-ATATTAGCATGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCCTTT
190 GAAACATGAAGAGA-AAGGCATTCAT-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * ** * **
5208 GAAAGCCTTATTGCTTC-CTTGAAATGGTTTTGCAAACT-AATAATTGATTTTAAAATGAATTTT
253 AAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
5271 TTTACATTTTTAGTTGAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG--AAAGAC
316 TTTACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * * *
5334 ATTCATTGGCAATAAAATTCCATTTATAGTCACCAATTCTTTCAAAA-ACTTTATTGCTCACTTT
380 ATTCATT-GCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGAC-TTATTACTCACTTT
* * * * *
5398 AAATGGTGTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTTATTAAAACAGA
443 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
5463 CTAT
508 CTAT
* ** * * *
5467 AATTAAATGTCTGTCTCAGGAA-ATGTATAAAAAAAGCCATTCATTACAAAGAGAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCAGAAACATG-A-AAAAAAAGGCATTCATTACAAA-AAAAGTCCATTTA
** * * * * * ** * *
5531 TAGT-ATTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTGATAACCTCTTAATGGG
63 TAGTCATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCCAAATTGA
* * * *
5595 TTTTAAGTTGAATTTTTTTGTGCTTTTGGTAAAAACAAACTATACTTGAATCTCCACCTCGAGAA
128 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTTTTGGTAAAAACAAACTATAATTGAATCTCTACCTCGAGAA
* * * *
5660 ACATGAATAGAAAGGCATTCATTTA-CAAAAAAAGTCCATTTATTGACACCCATTCCTTCAAAAG
193 ACATGAAGAGAAAGGCATTCATTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
*
5724 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
258 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
5789 TTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTA
323 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-
* * * *
5854 GAAAGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTT-AATGGTTT
387 GCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
5918 TATAATCTCATAATTGA-TTTCAGCTTGAATTTTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACTGTCTAT
452 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA--TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTAT
* * * * *
5980 AATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAA-GTATT-ATTAGAAAAAATGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAA-AAAAAAGGCATTCATTACAAAAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
6043 AGTCAT-CTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTGAAACAGTTCTATAATCTCCAAATTAAT
64 AGTCATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCCAAATTGAT
* * * * * * * * *
6107 TTTTAG-TAAATTTTTTT-TACATTTTTGATGAAGACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
129 TTTAAGTTGAATTTTTTTATAC--TTTTGGTAAAAACAAACTATAATTGAATCTCTACCTCGAGA
* * *
6170 AATATGAAGAGAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
192 AACATGAAGAGAAAGGCATTCATTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
6234 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAATTTAAATTTTTTTATA
257 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * *
6299 TTTTTTGTTTAAAAAAGGCTATAATTGA
322 --TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
6327 GTCTCTACCT
Statistics
Matches: 1485, Mismatches: 337, Indels: 127
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 3 0.00
509 13 0.01
510 193 0.13
511 364 0.25
512 162 0.11
513 309 0.21
514 173 0.12
515 263 0.18
516 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
AATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTACAAAAAAAGTCCATTTATAG
TCATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCCAAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTTATACTTTTGGTAAAAACAAACTATAATTGAATCTCTACCTCGAGAAACA
TGAAGAGAAAGGCATTCATTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGCAA
GAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTAT
Found at i:6451 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 5497--6350 Score: 822
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 340
5487 AAATGTATAA
* * * **
5497 AAAAAGCCATTCATTACAAAGAGAAGTCCATTTATAGT-ATTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * ** * * * * * * *
5561 CTTACTTTAAATGGTTTGATAACCTCTTAATGGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTGT--GCTTTTGG
65 CTCGCTTT-AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAACTTAAATTTTTTTATACGTTTTTGG
** * * * * * * * *
5624 -TAAAAACAAACTATACTTGAATCTCCACCTCGAGAAACATGAATAGAAAGGCATTCATTTACAA
129 TTAAAAA-AGGCTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCA-TCA-ATAGAA
* * * * * ** * * * * *
5688 AAAAAGTCCATTTATTGACACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
191 AAAATGTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTGAAACAGTTCTATA
* * * * *
5753 ATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
256 ATCTCCA-AATTAATTTTTAG-TAAATTTTTTTTACATTTTGATGAAAACAAATTATAATTGAAT
*
5816 GTCAACCTCAAGAAATGTAAAG
319 GTCAACCTCAAGAAATATAAAG
* * *
5838 AAAAAGGCATTCATTAGAAAGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAC
1 AAAAAGGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
5903 TCGCTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGCTTGAATTTTTTTTTACGTTTTTGGTT
66 TCGCTTTAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAACTTAAATTTTTTTATACGTTTTTGGTT
** * * * * * * *
5968 AAAACTGTCTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTATTAGAAAAAAT
131 AAAAAAGGCTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATCAATAGAAAAAAT
**
6033 GTCCATTTATAGTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTGAAACAGTTCTATAATCTC
196 GTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTGAAACAGTTCTATAATCTC
* * *
6098 CAAATTAATTTTTAGTAAATTTTTTTTACATTTTTGATGAAGACAGATTATAATTGAATGTCTAC
261 CAAATTAATTTTTAGTAAATTTTTTTTACA-TTTTGATGAAAACAAATTATAATTGAATGTCAAC
*
6163 CTCAAGAAATATGAAG
325 CTCAAGAAATATAAAG
* * * *
6179 AGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
6244 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAATTTAAATTTTTTTATA-TTTTTTGTT
66 TCGCTTT-AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAACTTAAATTTTTTTATACGTTTTTGGT
* * * *
6308 TAAAAAAGGCTATAATTGAGTCTCTACCTTAGGGAACATGAAG
130 TAAAAAAGGCTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACATGAAG
6351 CAACAGCCAT
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 84, Indels: 16
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 122 0.29
341 212 0.50
342 79 0.19
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAAAAGGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAACTTAAATTTTTTTATACGTTTTTGGTT
AAAAAAGGCTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATCAATAGAAAAAAT
GTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTGAAACAGTTCTATAATCTC
CAAATTAATTTTTAGTAAATTTTTTTTACATTTTGATGAAAACAAATTATAATTGAATGTCAACC
TCAAGAAATATAAAG
Found at i:8782 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8744--8782 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
8734 AAAAGTTCAG
**
8744 AATAAAATAATATTTTAAT
1 AATAAAATAATATTAAAAT
8763 AATAAAATAATATTAAAAT
1 AATAAAATAATATTAAAAT
8782 A
1 A
8783 GTAATATTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (19 bp):
AATAAAATAATATTAAAAT
Done.