Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397601.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1090.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5124
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Warning! 192 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1205 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 641--1345 Score: 583
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 169
631 ACTTAAAATC
* * * * * * *
641 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-ATGAGGCCATAAATAGACTTTTCTTTTGAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGAATGA-GAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAAT
* * * ** * * * * **
705 AAAT-GTGTTTTTCTATACGTTTCCCGAGGA-AGGTATTTAATTATTATCTATTTTAATGAAAAA
65 AAATAG-GTTTTTCTACACGTTTCTCGA-CATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAA
* * * * *
768 -TATAAAAAATTTAACTTAAAATTAAATATAAGATTTTAAAACT
128 TTA-AAAAAATTAAACTTAAAA-TCAATTTGAGATTATAAAACT
* * * * *
811 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTT-GAAGGAATAAAAGACTATAAAT-GTACTTTTCTTGCCAA
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGGAAAGAATGAGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAA
** * * * *** * * *
874 CGAAT-GGCTTTTCTACAAGTTTCTCAAGGCAGTCATTCAATTATAGTCA-GTTTTAA-TAAAAA
64 TAAATAGGTTTTTCTACACGTTTCTCGACATAGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACAAAAAA
* *
936 TATAAAAATATTAAACTT-AAATGCAATTATGAGATTATAAAACC
128 T-TAAAAAAATTAAACTTAAAAT-CAATT-TGAGATTATAAAACT
* *
980 ATTTAAGGCT-AGTAATAAAGCTTTGGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-TCAAA
1 ATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AA
**
1043 TAAATAGGTTTTTCTACACGTTT-TTTATCATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAGCAAAAA
64 TAAATAGGTTTTTCTACACGTTTCTCGA-CATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAA
* * *
1107 ATTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATCTTGAGATTATACAATT
127 ATTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAT-TTGAGATTATAAAACT
* * * * * *
1151 ATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGAC-AGTAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGAATGAGAGACTA-TAAATAGACTTTTCTTGTCAAT
* * * * *
1215 AGATATGTTTTTCTTCACGTTTCTCGACTTCGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAG
65 AAATAGGTTTTTCTACACGTTTCTCGACATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAA-
* *
1280 TGAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACT
128 TTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTTGAGATTATAAAACT
1323 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1346 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 75, Indels: 50
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 16 0.04
169 112 0.26
170 95 0.22
171 136 0.31
172 73 0.17
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATA
AATAGGTTTTTCTACACGTTTCTCGACATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATTA
AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTGAGATTATAAAACT
Found at i:2107 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1421--4601 Score: 1953
Period size: 171 Copynumber: 18.6 Consensus size: 170
1411 NNNNNATGCA
* * *
1421 TTTTTCTTTATGTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAATAATAT-TAAA
1 TTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAA-AA-ATGTAAA
** * * * ** * * *
1484 AAATTTGACTTAAAATCAATTTTGAGAATACAAAAATTATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * *
1549 AAGAATGGGTGACTATAAAT-AGATTTTTCTTGCCAACGACTACC-
127 AGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCT
** * * * *
1593 TTTTT-TTCATGTTTTTTGAGATAGACATACAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
1657 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTTGAAGGA
66 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * **
1722 ATGGGTGACTGTGAATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATAGT
131 ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATCCT
* ** ** ** ** *
1762 TTTTTCTACACATTTCCCAAGCCA-AGC-TTCAATTATAGTCTGTTTTGTTGAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAA
* * * *
1825 AATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGA-TA-CAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* **** * * *
1888 AAAAAAATAAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-
129 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCT
* *
1930 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTGGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAACATGTAAAACA
1 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-A
* * * *
1994 ATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
2059 AAATGGGTTACTATAAATCAACTTTTCTTGCCATTGAATCCT
129 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCT
* * * *
2101 TTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGGTAGACACTCAATTATAGTTTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAG
1 TTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGT-AA-
********* *
2164 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAA-CAAGTAATAAGGCTTTTG
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * **
2228 AAGGAATGGGTGATTGTAAATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATAGT
126 AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATGAATCCT
** * *
2273 TTTTTCTATACA---TTTTCAAAGCCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA
1 TTTTTCT-T-CATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAA
* * *********** *
2335 ACCATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNNTAAGACTTTTGA
63 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *
2400 AGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATACT
127 AGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCT
* * *
2444 TTTATCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAGA
1 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAA-A
* *
2508 AATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
2573 GAATGGGTGACTATATATGAACTTTTCTTGCCATTAAATCCC
129 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCT
* * * *
2615 TTTTTCTTCATG-TTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAA-CTAGAAATGTAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAA
* **
2678 ATATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAA
64 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
2743 CGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TT
128 GGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCT
** *
2785 CTTTTTCTTCACATTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
1 -TTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAA
* * * * * * *
2849 AAATTCAACATATAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAA-CCTTTTTTA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGA
* * * *
2913 AGGAATGGGTGACTATAGGA-GGACTTTTCTTCCCAATGAATGGC-
127 AGGAATGGGTGACTATA-AATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCT
* * ** * * * *
2957 TTTTTCTACTTGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAATGACAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAA
* ** **********
3022 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATTATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * **
3087 AATAGGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAAGC-
130 AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG-AATCCT
* ** * * * * *
3128 TTTATCTAAATGTTTCTTGC--GGCA-AGCATCCAATTCTAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
1 TTTTTCTTCATGTTT-TT-CAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT-AA
* * * * * * *
3190 AAAATTTAACTTAAAATC-AGTATGAGATTATAAAATCAATTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTTA
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
3254 AGGAATGGATGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGAATGCT
127 AGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCT
* * * * * * * *
3298 TTTTTCTTTAGGTTTCTCAAGGTACACGTTCAATTATTA-TCTATTTTAACCAAAATTGTAAAAC
1 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-
* * * * ********** *
3362 AATTCAACTTAAAATAAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTTTGAAA
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * ** * *
3427 GAATAGGTGACTATAAA-CAGAGTTTTCTTATCAATAAATGGC-
129 GAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCT
* * * * * ** * *
3469 TTCTTCTACACGTTTCTCGAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCAATTTTATTGAAAAATGTTAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATG-TAAAA
* * *
3533 AA-TCAACTTAAAATCAATT-TCTAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAA
64 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** * * * * **
3595 AGAAAAGGTTATTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGCC-
128 GGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCT
* * * * * * *
3638 TTTTTCTTCA-GTTTTCTCGAGGTAAACATTCAATCATAATCTATTTTAA-CCAAAATGCAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATG---TAA
* * * * **********
3701 AAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATACAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGA
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *** * *
3766 AAGAATCGGTGACTATAAATGGACTTTGCTCATCAATGCAT-GT
127 AGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCT
* * * *
3809 ATTTTTCTTTAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTA-TTTGTTTTAA-CAAAAAATGTTAA
1 -TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATC-AAAAATG-T--
* **********
3872 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTT
60 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * ***
3937 TGAAGGAATGAGAGGCTATCAAT-AGACTTTTCTT-CTAAATAAATGGG
124 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGC-CAATGAATCCT
* * * * * * * * * *
3984 TTTCTCTACACGTTTCTCAAGGAAGGCATTGAATGATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
4049 TTCAACTTAAAATCAATTATAAAATT-TTAAACCTTTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
66 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
********** * *
4113 ATNNNNNNNNNNAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-
131 ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-CCT
* * * *
4153 TTTTTCTAT-ATGTTTCTT-GAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAATGTAAA
1 TTTTTCT-TCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-CAAAAATGT-AA
********** * * *
4216 ACAAATTCAACTT-AAATACNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAGGCTAGTAATAAGGTTTTT
62 A-AAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ***
4280 GTAA-GAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGAA
125 G-AAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC-AATGAATCCT
* * ** * * *
4326 TTTTTCTAT-ACGTTTCTCATCGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGCAAAAAAT-TAAAA
1 TTTTTCT-TCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGT-AAA
* * * *
4389 AAACTTGAACTTAAAATTAATCT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTG
63 AAA-TTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * ** **
4453 AAAGAATGGATGAC-AGTAAATGGATTTTTCTTATCAATGAATTTT
126 AAGGAATGGGTGACTA-TAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCT
* * * * * * * *
4498 TTTTTCTTCACGTTTCTCAACGTCGAGATTCAATTATAATCTGGTTTAA-CAAAAAAGTTGAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAA--TGTAAA
* *
4562 AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
4602 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2350, Mismatches: 545, Indels: 228
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 117 0.05
169 285 0.12
170 295 0.13
171 979 0.42
172 370 0.16
173 162 0.07
174 137 0.06
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATCCT
Found at i:2941 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1421--4601 Score: 2218
Period size: 512 Copynumber: 6.2 Consensus size: 512
1411 NNNNNATGCA
* ** * *
1421 TTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAATAATATTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATA-TAAAAA
** * * * ** * * * *
1486 ATTTGACTTAAAATCAATTTTGAGAATACAAAAATTATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAA
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* *** * *
1551 GAATGGGTGACTATAAAT-AGATTTTTCTTGCCAACGACTACCTTTTT-TTCATGTTTTTTG-AG
129 GAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCATTAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAG
* * *
1613 ATAGACATACAATTAT-TGTCTGTTTTAA-TCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
193 -TAGACATTCAATTATAT-TCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
1675 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTGAATGA
255 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGA
*
1740 ACTTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTCTACACATTTCCCAAGCCA-AGC-TTCAATTATAGTCT
320 ACTTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGCCAGA-CATTCAATTATAGTCT
** * * * *
1803 GTTTTGTTGAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGA-TACAAATC-ATTTAAA
384 GTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * **** * * *
1866 GCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGAAAAAAATAAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
449 GAGAGTAATAAGACTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * * *
1930 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTGGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAACATGTAAAACA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAA-A
* * * *
1994 ATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
2059 AAATGGGTTACTATAAATCAACTTTTCTTGCCATTGAAT-CCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
129 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCATTAAATACC-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAAG
*
2123 TAGACACTCAATTATAGTT-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
193 TAGACATTCAATTATA-TTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*********
2187 TGAGATTATANNNNNNNNNNAAA-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-TTGTAAATG
256 TGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTT-TAAATG
* * *
2250 AACTTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTCTAT-ACATTTTCAAAGCCAGGCATTCAATTATAGTC
319 AACTTTTCTTCTCAATGAATAGTTTTTTCT-TCACATTTCCCAAGCCAGACATTCAATTATAGTC
* ** **
2314 TGTTTTAATAAAAAATGTAAAACCATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTNN
383 TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
********* * * *
2379 NNNNNNNNNTAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAT-AC
448 AGAGAGTAATAAGACTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
*
2443 TTTTATCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGA
1 TTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAA-A
* *
2508 AATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
2573 GAATGGGTGACTATATATGAACTTTTCTTGCCATTAAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGT
129 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCATTAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGT
* * *
2638 AGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAGAAATGTAAAAATATTCAAATTAAAATCAATTATGA
194 AGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
2703 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTGACTTTAAATGGACTT
259 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGAACTT
* ** *
2768 TTCTTGC-CAATGAAT-TTCTTTTTCTTCACATTTCTTGAAG-TAGACATTCAATTATAGTCTGT
324 TTCTT-CTCAATGAATAGT-TTTTTCTTCACATTTC-CCAAGCCAGACATTCAATTATAGTCTGT
* * *
2830 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATATAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGA
386 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGA
* * * *
2895 GAGTAATAA-CCTTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAGGA-GGACTTTTCTTCCCAATGAATGGC
451 GAGTAATAAGAC-TTTTTAAGGAATGGGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * * * * * * *
2957 TTTTTCTACTTGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAATGACAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATAT-AAAAA
* ** **********
3022 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATTATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * ** ** *
3087 AATAGGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAA-AGCTTTATCTAAATGTTTCTTGCGGC
130 AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCC-ATTAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGT
* * ** * * *
3151 A-AGCATCCAATTCTAGCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-AGTATG
194 AGA-CATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * * * * *
3214 AGATTATAAAATCAATTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGATGACTATAAATGGATT
258 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGAACT
* * ** * ** * * *
3279 TTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTTCTTTAGGTTTCTCAAGGTACACGTTCAATTATTA-TCTAT
323 TTTCTTCTCAATGAATAG-TTTTTTCTTCACATTTCCCAAGCCAGACATTCAATTA-TAGTCTGT
* * * * * *
3342 TTTAACCAAAATTGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
386 TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGA
********** * * * ** * ** * *
3407 GNNNNNNNNNNCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAACAGAGTTTTCTTATCAATAAATGGC
451 GAGTAATAAGACTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * * * ** ** *
3469 TTCTTCTACACGTTTCTCGAGGTA-AGCATTCAATTATAGTCAATTTTATTGAAAAATGTTAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAAT-ATAAAA
* * *
3533 AA-TCAACTTAAAATCAATT-TCTAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAA
64 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** * * * * * *** * * *
3595 AGAAAAGGTTATTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGCCTTTTTCTTCA-GTTTTCTCGAG
128 GGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCATTAAATACCTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAA
* * * * * * * *
3659 GTAAACATTCAATCATAATCTATTTTAAC-CAAAATGCAAAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATT
192 GTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATG--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ********** * * * *
3723 TTGAGATTATACAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGAAAGAATCGGTGACTATAAATGG
255 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGA
* * * * **
3788 ACTTTGC-TCATCAATGCAT-GTATTTTTCTTTA-AGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTA-
320 ACTTTTCTTC-TCAATGAATAGT-TTTTTCTTCACA-TTTCCCAAGCCAGACATTCAATTA-TAG
* * *
3849 TTTGTTTTAA-CAAAAAATGTTAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
381 TCTGTTTTAATC-AAAAATG-T--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
********** * * * * * * * *
3913 ANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGGCTATCAATAGACTTTTCTT-CTAAAT
442 ATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAAT
* **
3977 AAATGGG
506 GAATGAC
* * * * * * * **
3984 TTTCTCTACACGTTTCTCAAGGAAGGCATTGAATGATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAA
* * * * *
4049 TTCAACTTAAAATCAATTATAAAATT-TTAAACCTTTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
66 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
********** * * * * * *
4113 ATNNNNNNNNNNAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTAT-ATGTTTCTTGAGGCA
131 ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCATTAAATACCTTTTTCT-TCATGTTTCTTGAAGTA
* * *****
4177 GGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAAATGTAAAACAAATTCAACTT-AAATACNNNNN
195 GACATTCAATTATATTCTGTTTTAACT--AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAAT-CAATTA
***** * * * * * * *
4240 NNNNNTTATAAAACCATTTAAGGCTAGTAATAAGGTTTTTGTAA-GAATGAGAGACTATAAATGG
256 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGGGTGACTTTAAATGA
* * * * * * *
4304 ACTTTTCTTC-CAAATAAAT-GAATTTTTCTAT-ACGTTTCTC-ATCGTAGACATTCAATTATAA
320 ACTTTTCTTCTC-AATGAATAG-TTTTTTCT-TCACATTTCCCAAGC-CAGACATTCAATTATAG
* * * * *
4365 TCTATTTTAAGCAAAAAAT-TAAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATCT-TGAGATTATAAAACCA
381 TCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACTA
* * * * * * * **
4428 TTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAAGAATGGATGAC-AGTAAATGGATTTTTCTTATCAATG
443 TTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTTAAGGAATGGGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
***
4492 AATTTT
507 AATGAC
* * * * * * *
4498 TTTTTCTTCACGTTTCTCAACGTCGAGATTCAATTATAATCTGGTTTAACAAAAAAGT-TGAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAA-TAT--AAA
* *
4562 AAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
4602 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2100, Mismatches: 486, Indels: 164
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
507 12 0.01
508 85 0.04
509 92 0.04
510 76 0.04
511 179 0.09
512 427 0.20
513 427 0.20
514 371 0.18
515 273 0.13
516 131 0.06
517 27 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (512 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCATTAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAG
ACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGAACTTTT
CTTCTCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGCCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTA
ATAAGACTTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
Found at i:4889 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 4864--4929 Score: 132
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22
4854 GTCTCTTTTT
4864 ACTTAAAATTTAAAAAAATTCA
1 ACTTAAAATTTAAAAAAATTCA
4886 ACTTAAAATTTAAAAAAATTCA
1 ACTTAAAATTTAAAAAAATTCA
4908 ACTTAAAATTTAAAAAAATTCA
1 ACTTAAAATTTAAAAAAATTCA
4930 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 44 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.09, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
ACTTAAAATTTAAAAAAATTCA
Done.