Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400738.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3919.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 902
Length: 1504
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Found at i:322 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1504 Score: 1525
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 169
* *
1 ATAAATGGACTTTTGTTCTCAATGAATAAGCTTTTT-TCTACACGTTTC-CAAAGGTAGATATTC
1 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT--GCTTTTTCT-TACA--TTTCTC-AAGGTAGACATTC
* * * * *
64 AATTATTGTCTCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCATTTATGAGAATATA
60 AATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
129 AAACCATTAAAAGC-AGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTTACT
124 AAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * *
175 ATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGTATAGCTTTTTCTGTACATTTCTCGAGGTAGACAATCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCT-TACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
240 ATACTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
64 ATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * *
305 GTTTACAGCGAGTAATAAGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACT
129 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * **
346 CTAAATGGACTTTTCTTGTCTATGAATGCTTGTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTT-TTTC-TTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
411 ATAGTATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
64 ATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
*
475 AATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
128 CATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * *
517 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATTAATGGCTTTTT-TTGCATGTT-TCTAGAGGTA-AGCATTTA
1 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTACAT-TTCTC-A-AGGTAGA-CATTCA
* * * * * * *
579 ATTATAGTATAATTTTGACCAGAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTATGAGAATATAA
61 ATTATAGTCT-ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
644 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTCCGAAGGAATGGGTGACG
125 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT-TGAAGGAATGGGTGACT
* * * *
689 AAAAATAGA-TTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTTC-TACATCTT-TCCTAAGGTAGGC-TCTCA
1 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTACAT-TTCT-C-AAGGTAGACAT-TCA
* * * * *
750 ATTGTAGTCTATTTTAA-AGAACAATGTAAAAGAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAA
61 ATTATAGTCTATTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
814 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
125 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * ** * *
859 ATAAATAGACTTTTCCTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTGGCAAGGTAAATATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTT-TTTCTT-ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * * *
924 ATAATCTGTTTCAACTAAAATTGTAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTACGAGATTATAAAATC
64 ATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
989 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
129 ATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * ** * *
1030 ATAAATAGACTTTTCTTCTTAATCAATGGCTTTTT-TTGCATGTTTCTCGAGACAAACGTTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTACA--TTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * *
1094 TATTGTCTATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAAATAAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAGAC
63 TATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
1159 TATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTAAAGGAATGGGTGACC
128 CATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * *
1201 CTAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCTTGTTTCTT-CATGTTTCTCAAGGTTGACATTTAA
1 ATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCTT-TTTCTTACA--TTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * *
1264 TTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAGTTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
62 TTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
1329 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACT
127 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * *
1372 ACAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTC-TACACCTTTC-CTAAGGCA-AGCTTTCA
1 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTACA--TTTCTC-AAGGTAGA-CATTCA
* *** * *
1434 ATTATAGTCTGTTTTATGGAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAA
61 ATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1499 ACCATT
126 ACCATT
Statistics
Matches: 1116, Mismatches: 176, Indels: 79
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 112 0.10
171 805 0.72
172 152 0.14
173 12 0.01
174 29 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
Found at i:1061 original size:513 final size:505
Alignment explanation
Indices: 60--1504 Score: 1684
Period size: 513 Copynumber: 2.8 Consensus size: 505
50 AAAGGTAGAT
* * * * * * * *
60 ATTCAATTATTGTCTCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAAATCATTTATGAGAA
1 ATTCAATTATAGTATATTTTAGCCAAAAATAT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAA
* * * * *
125 TATAAAACCATTAAAAGCAGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTTACTATAAATAGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGGA-GTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTC
* * * * *
190 TTCTCAATGTATAGCTTTTTCTGTACA-TTTCTCGAGGTAGACAATCAATTATACTCTGTTTTAA
128 TTCTCAATGAAT-GCTTTTTC--TACATTTTCTCAAGGTAGAC-TTCAATTATAGTCTATTTTAA
* * *
254 CAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTACAGCGAGTA
189 CAAAAAATGTAAAAAAATTAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
319 ATAAGCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCTATGAATGCTTGTTTCTT
253 ATAAGCCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTT
* * * * * * *
384 TATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
318 CACGTTTC-CAAGGTAAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTGAACT
*
449 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTG
381 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * ** *
514 ACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATTAATGGCTTTTTTTGCATGTTTCTAGAGGTAAGC
446 ACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTTTGCATGTTTCTAGAGACAAAC
* * * *
574 ATTTAATTATAGTATAATTTT-GACCAGAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAGTAT-ATTTTAG-CCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
638 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTCCGAAGGAATGGGTGACGAAAAATAGA-TTTT
64 ATATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGCTTT-TGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTT
* * *
702 CTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTACATCTTTC-CTAAGGTAGGCTCTCAATTGTAGTCTATTTTA
127 CTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTACAT-TTTCTC-AAGGTAGACT-TCAATTATAGTCTATTTTA
* * *
766 A-AGAACAATGTAAAAGAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
188 ACA-AAAAATGTAAAAAAATTAAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
830 TAATAAGCCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTATCAATGAATGCTTGTTTC
251 TAATAAGCCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTC
* * * *
895 TTCACGTTTGGCAAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAATTGTAAAAAAATTGAA
316 TTCACGTTT-CCAAGGTAAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTGAA
* *
960 CTCAAAATCAATTACGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGG
379 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGG
* *
1025 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATCAATGGCTTTTTTTGCATGTTTCTCGAGACAAAC
444 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTTTGCATGTTTCTAGAGACAAAC
* * * * * * * *
1087 GTTCAATTATTGTCTATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAAATAAACTTACAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTATATTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAAT
* * * * *
1152 ATAAGACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTTTAAAGGAATGGGTGACCCTAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCT
* * *
1217 TGC-CAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTTGACATTTAATTATAGTCTATTTTAAC
129 T-CTCAATGAATGCTT-TTTCTACAT-TTTCTCAAGGTAGAC-TTCAATTATAGTCTATTTTAAC
* * *
1281 AAAAAATGTAAAACAGTTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
190 AAAAAATGTAAAAAAATT-AAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
1346 TAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATAGCTT-TTTCTA
254 TAAGCCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTGTTTCTT
* * *
1410 CACCTTTCCTAAGGCAAGCT-TTCAATTATAGTCTGTTTT-ATGGAAAAATGTAAAAAAATTGAA
318 CACGTTTCC-AAGGTAA-ATATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT--AAAAATGTAAAAAAATTGAA
* * *
1473 CTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATT
379 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 115, Indels: 53
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 5 0.01
512 93 0.12
513 582 0.74
514 98 0.12
515 12 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (505 bp):
ATTCAATTATAGTATATTTTAGCCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAAT
ATAAAACCATTTAAAGGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTC
TCAATGAATGCTTTTTCTACATTTTCTCAAGGTAGACTTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAA
TGTAAAAAAATTAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCT
TTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTC
CAAGGTAAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATA
GACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTTTGCATGTTTCTAGAGACAAAC
Done.