Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397602.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_87.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5123
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Warning! 329 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:494 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 83--1691 Score: 1217
Period size: 170 Copynumber: 9.4 Consensus size: 167
73 NNNNNTTGGG
* * *
83 AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAA
1 AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * * * *
148 GTCTTACTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTGAGTTGATTTTTTATACT
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATATT
* * *
213 TTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGA
131 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
250 GAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATT-GCAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTAA
1 -AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
314 AAGCCTTATTACT-GACTTTAAGTATTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTT
64 AAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTT-TT
* * * *
378 ATATTTTTGGTGAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTGA
126 ATATTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *
421 AAATCATGAA-AAAAATGATATCCATTGGCAAG-AAAGTCCGTTTATAGTCTCCCATGCCTTCAA
1 AAAT-GTGAAGAAAAA-GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * **
484 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT---------------TA
********************* ** *
549 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAGGAGATTATAATTGAATGTCTACCATGA
114 AGTTAATTTTTTATATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
** * * * * *
603 AACACATGAGGAAAAAGATATGCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCATT-GA
1 AA-ATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAA
**********
667 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTCTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTT-TTA
* * ** * * * *
732 CATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTAAATGTTTGCCTTAA
127 TATTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * *
774 GAAACGTGAAGAAAATGATATCCATTAGCAAG-AAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAA
1 -AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * * *
838 AGCTTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTCAGTTGAATGTTTGTAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTAT
* **
903 ATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCACAGA
128 A-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TTGA
* * *
945 ACACATGT--AGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGA
1 A-A-ATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * *
1008 AAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAACTTGATTTTTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A-ATTTTTTA
* * * * *
1073 TACTTTTTATTAAAATATATTACAATTAAATGTCTACCTCAGG
127 TA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGA
* * * * * * * * ** *
1116 AAATGTGAATAAAAAGTTATCCGTTGACAAGAGAAGTCCGTTTGTGGTCGTCCATGCCTTCGAAA
1 AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * *
1181 GCCTGT-TTACTTGCTTTAAATGTTTTTGTAATCTCATAATTGATTTAAAGCTT-ATTGTATGTA
66 GCCT-TATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATT-T-TTTA
* * * *
1244 TATTTTTATTAAAATAGGTTCTAATTGAATGTTTACCTCGA
127 TATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *** *
1285 GAAA-GATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCATTTATGCCTTCGA
1 -AAATG-TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * *
1349 AAGTCTTAATACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGATGTTTTTAT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAT-TTTTTAT
* * * * *
1414 ACTTTTTATTCAAATAAATTATAATTGAATGTTTATCTCGA
128 A-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * ** * * *
1455 GAAATGTGAATAAAAAGATATTCGTTGACAAGAAAAATCTGTTTATAGTCACCCAAGCATTCGAA
1 -AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * ** *
1520 AGCCTGT-TTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTTATTTTTTTAT
65 AGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTAT
* *
1584 ATTTTTTTATTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTTAGA
128 A--TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GA
* *
1627 AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAA
1 AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
1692 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1113, Mismatches: 270, Indels: 113
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 99 0.09
169 23 0.02
170 459 0.41
171 401 0.36
172 13 0.01
182 47 0.04
183 66 0.06
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATATT
TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
Found at i:1102 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 82--1687 Score: 1275
Period size: 341 Copynumber: 4.7 Consensus size: 336
72 NNNNNNTTGG
* * *
82 GAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATT-GCAAG-AAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * *
147 AG-TCTTACTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-GAGTTGAT-TTTTTA
64 AGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTT-ATGTTTGTA
* * ** *
209 TACTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCA
126 TATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* * ** *
274 TT-GCAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-GACTTTAAGT
190 TTAGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAAT
* * * *
337 ATTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTATATTTTTGGTGAAAATAGATAAT
253 ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTGATTAAAATAGATAAT
* * **
402 AATTGAATGTCTGCCTTGA
318 AATTAAATGTCTACCTCAA
* *
421 -AAATCATGAA-AAAAATGATATCCATTGGCAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCCCATGCCTTCAA
1 GAAAT-GTGAAGAAAAA-GATATCCATT-GCAAGAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
484 AAG-TCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTNNNNNNNNNNNNNNNN
63 AAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT---------------A
********************** ** *
548 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAGGAGATTATAATTGAATGTCTACCATGA-AACACATGA
112 AAGTTATGTTTGTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAA-ACATGA
* * * * *
612 GGAAAAAGATATGCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCATT-GAAAGCCTTAT
175 AGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTAT
* ********** * *
676 TACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGG
239 TACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTGA
* * * *
741 TTAAAATAGAGAATAATTAAATGTTTGCCTTAA
304 TTAAAATAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAA
* * * * *
774 GAAACGTGAAGAAAATGATATCCATTAGCAAGAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATT-GCAAGAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
* * * **
839 GCTTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTCAGTTGAATGTTTGTATA
65 GCTTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTT--ATGTTTGTATA
* * * *
904 TTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCACAGAACACATGTAGAAAAAGATATCTAT
128 -TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAA-ACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * *
969 TGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGTT
191 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATT
* * * * * * *
1034 TTTATCATCTCATAATTGATTTTAACTTGATTTTTTTTATACTTTTT-ATTAAAATATATTACAA
256 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATA-TTTTTGATTAAAATAGATAATAA
*
1098 TTAAATGTCTACCTCAG
320 TTAAATGTCTACCTCAA
* * * * * ** *
1115 GAAATGTGAATAAAAAGTTATCCGTTGACAAGAGAAGTCCGTTTGTGGTCGTCCATGCCTTCGAA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG-CAAGA-AAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * *
1180 AGCCTGT-TTACTTGCTTTAAATGTTTTTGTAATCTCATAATTGATTTAAAGCTTATTGTATGTA
64 AG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAG-TTA-TGTTTGTA
* * * * *
1244 TATTTTTATTAAAATAGGTTCTAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAGATGAAGAAAAAGATATCCA
126 TATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* *** * *
1309 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCATTTATGCCTTCGAAAGTCTTAATACTCGCTTTAAATAT
190 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAT
* * * *
1374 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTG-ATGTTT-TTATACTTTTT-ATTCAAATAAATTAT
255 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTCTTATA-TTTTTGATTAAAATAGATAAT
* * * *
1436 AATTGAATGTTTATCTCGA
318 AATTAAATGTCTACCTCAA
* * * * * * * *
1455 GAAATGTGAATAAAAAGATATTCGTTGACAAGAAAAATCTGTTTATAGTCACCCAAGCATTCGAA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG-CAAG-AAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * * *
1520 AGCCTGT-TTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTTATTTTTTTAT
64 AG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAG-TTATGTTTGTAT
* *
1584 ATTTTTTTATTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA-ATGTGAAGAAAAAGATATC
127 A--TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACA--TGAAGAAAAAGATATC
*
1648 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTC
188 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
1688 AAAANNNNNN
Statistics
Matches: 1015, Mismatches: 207, Indels: 88
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.00
338 78 0.08
339 27 0.03
340 152 0.15
341 405 0.40
342 80 0.08
343 5 0.00
352 2 0.00
353 250 0.25
354 13 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
GAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCAAGAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
CTTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTATGTTTGTATATTT
TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTAAAT
GTCTACCTCAA
Found at i:2632 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1903--2748 Score: 739
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 169
1893 NNNNNNNNNN
*
1903 GATATCGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAGAGCTTTATTACTCGC
1 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGC-TTATTACTCGC
* * * * * * *
1967 TTTCAATGATTTTATAATTTCATAATGGATTTTTAGTTGAATGTTTTTA-CATTTTGTATTAAAA
64 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATAATTTT-TATTAAAA
* * * * * * **
2031 AAAATTATAATTGAATGGCTATCACGGGACA-GATATGGAAAAA
127 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATG-TAAAGAAAAA
* * *
2074 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATGCCTTTC-AAAGCCTACTTACTCGC
1 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCTTA-TTACTCGC
* **
2138 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTCTATTCTTTTTATTAAAACA
64 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACA
* * * * *
2203 GAATATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAATGTGAATAAAAA
129 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTAAAGAAAAA
* * ********** * * *
2244 GATATCCGTTGACAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTGTTGACTTGCT
1 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTATT-ACTCGCT
** *
2309 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGATT-ATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAAC
65 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGATTTTTTTATA-ATTTTTATTAAAAC
*********** *
2373 AGATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNAAAATGTGAAGAAAAA
128 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTAAAGAAAAA
* * * ** *
2415 GATATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCCTTCGAAAGTCTTAATACTCGCT
1 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-CTTATTACTCGCT
* * *
2480 TTAAATGTTTTTATAGTCTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTGTAATTTTTATTAAAACAG
65 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAG
* *
2545 ATTATAGTTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTAAAGAAAAC
130 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTAAAGAAAAA
* * * *********
2585 GATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAANNNNNNNNNNTCGCT
1 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCTTATTACTCGCT
* * * * *
2650 TTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAATA
65 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACA
* * * *
2715 GATTATAATTAAATATCTGCCTCGAGAAATGTAA
129 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTAA
2749 GTTGAATTTT
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 129, Indels: 24
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 256 0.48
171 265 0.50
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTATTACTCGCTT
TAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTAAAGAAAAA
Found at i:2653 original size:341 final size:330
Alignment explanation
Indices: 2068--2724 Score: 672
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 330
2058 GACAGATATG
* *
2068 GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATGCCTTTCAAAGCCTACTTA
1 GAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATGCCTTTCAAAGCCTACATA
* **
2133 CTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTCTATTCTTTTTATTA
66 CTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTCTATAATTTTTATTA
* * * * * ***
2198 AAACAGAATATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAATGTGAATAAAAAGATATCCGTTGACAAGNNN
131 AAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAA
******* * * *
2263 NNNNNNNTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTGTTGACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCT
196 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTGTTGACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCT
* *
2328 CATAATTGATTCAAAGATT-ATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGNNN
261 CATAATTGATTCAAAG-TTAATTGTGTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG---
2392 NNNNNNNAAAATGTGAA
321 -------AAAATGTGAA
* ** * ** *
2409 GAAAAAGATATCCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCC-TTCGAAAGTCTTA-A
1 GAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATGCCTTTC-AAAG-CCTACA
* * *
2472 TACTCGCTTTAAATGTTTTTATAGTCTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTGTAATTTTTAT
64 TACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTCTATAATTTTTAT
* * * * **
2537 TAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTAAAGAAAACGATATCTATTGGTAAGA
129 TAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGA
**********
2602 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATATTTTTATAAT
194 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTGTTGACTCGCTTTAAATATTTTTATAAT
** *
2667 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
259 CTCATAATTGATTCAAAGTT-AATTGTGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
2725 AAATATCTGC
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 54, Indels: 8
0.81 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.02
341 241 0.93
342 12 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (330 bp):
GAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATGCCTTTCAAAGCCTACATA
CTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTCTATAATTTTTATTA
AAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTGTTGACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCT
CATAATTGATTCAAAGTTAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGAAAAT
GTGAA
Found at i:2793 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 2681--2811 Score: 174
Period size: 65 Copynumber: 2.0 Consensus size: 65
2671 TAATTGATTT
* * * * *
2681 TAAGTTGAATTGTGTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTGCCTCGAGAAATG
1 TAAGTTGAATTGTCTTATAATTTTTATTAAAACAGATAATAAATAAATATCTGCCTCGAGAAATG
* * *
2746 TAAGTTGAATTTTCTTA-AATTTTTAGTTAAAACAGATAATAAATAAATATCTGCCTTGGGAAAT
1 TAAGTTGAATTGTCTTATAATTTTTA-TTAAAACAGATAATAAATAAATATCTGCCTCGAGAAAT
2810 G
65 G
2811 T
1 T
2812 GAAGAAAATT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
64 7 0.12
65 50 0.88
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (65 bp):
TAAGTTGAATTGTCTTATAATTTTTATTAAAACAGATAATAAATAAATATCTGCCTCGAGAAATG
Found at i:3182 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2746--4878 Score: 1552
Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 171
2736 TCGAGAAATG
* * * * * * * ***
2746 TAAGTTGAATTTTCTTA-AATTTTTAGTTAAAACAGATAATAAATAAATATCTGCCTTGGGAAAT
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAT
** ** * *
2810 GTGAAGAAAATTATATCCATTAACAAG-AAAGTCCATTTATAGT----CA--CC--C-AAAGGCT
65 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* *
2865 TATTACTCGCTTT-AATAG-TTTTATAATCTCATAGTT-AGTTT
130 TGTTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGA-TTT
* * * * * **
2906 TAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCACGGGACACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA-A-A
** * * *
2971 TGT--AGAAGCAGATATCGATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTTACCAATGCCTTCGAAAGC
64 TGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * *
3033 CATGCTACTCGCTTTAAATATTTTTAGAATCTCATAATTGATTT
128 CTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
3077 TAAGTTGAATTGTGTTATATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATG
* * * * *
3142 TAAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTT
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * * * *
3207 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATGT
131 GTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
3248 TAACTTGAA--TTTTT-TA----TTA--AAAA-AGATTATAACTGAATGTCTACCTC-AGAGAAT
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA-AAT
* * * * ** * * *
3302 ATGAAGAAAAAGAAATCTATTGGGAAGAAAAGTGGATTTCTAGGCACCCATG-TTGTCGAAAGCC
65 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT-TCGAAAGCC
* ** * *
3366 TTGTTACACATTTTAAATAG-TTTTACAATCTCATAATTAATTT
129 TTGTTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
** ** * * * *** ** *
3409 TGTGTTGAATTTCATTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGGATGTCTGTATTGAGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATG
* * * * ** * * **
3474 AGAAGAAAAATATATCTATTCAG-AAGAAAAGTCCGTTTATAGTTACCCATGTCTTTAAAAGCC-
66 TGAAGAAAAAGATATCCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
3537 TGTTTACTTGCTTTACATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTC
130 TG-TTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * ***
3580 CAAGTT-TATTTTTTTCTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGGTAAAT
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAAT
* * * * *
3643 GTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTC----TATAGTCACTCATGGCTTCAAAAGCC-
65 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* *
3703 TGTTGACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTC
130 TGTT-ACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
3746 AAAG--CATATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-C-CATAGTA
1 TAAGTTGA-ATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AG-A
* * * * ** *
3807 AATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCACACATTCGAAAG
62 AATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* *
3872 CGTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
127 CCTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
3917 TATGATG-ATTTTTTCATACTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTC-GGGAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATG
* * * * ** * *
3980 TGAATAAAAAGATATCTATTGACAAGAAAAGACTGCTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCC-T
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * ********** *
4044 GTTTACTTGCTTTAAATATNNNNNNNNNNTCATAATTGATTC
131 G-TTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * *
4086 AAAGTTTATTTTTTTTTTATATTTTT-TTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTACCTCAGGAAAT
1 TAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAT
********** * * * *
4150 GTGAAGAAAAAGATATCCATTNNNNNNNNNNGT-TCATTTATAGTCACCCATACCTTTGTAAGCT
65 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* **
4214 TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGGCTT
129 TTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
4257 TAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATG
* * * *
4321 TGAAGAAAAAGATATCAATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTT
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* *
4386 ATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTT
131 GTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
4427 TAAGTTCAATTTTCTTAT-CTTTTTAGTTGAAACAGATAATAATTGAATATTTACCTTGAA-AAA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAA
* * * * * *
4490 TGTGAAGAAAATGATATCCATTGGCAAG-AAATTCTATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCT
64 TGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
4554 TTATTACTCGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAATGATTT
129 TTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* *
4597 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAATA-AGAGTATAATTGAATGTCTACCATGAA-ACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGA-A
* * *** **
4660 A-ATGAGGAAAAAGATATCCATCACCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGC
63 ATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * ********** *
4724 CTTGTTACTCACTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAACTGATTT
128 CTTGTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * **
4768 TAAGTTAAATTTTTTTATATATTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATTTTTACCTCGAGAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATG
* * * *
4833 TGAAGACAAATATATCCATTAGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
4879 TCATTCATTA
Statistics
Matches: 1557, Mismatches: 343, Indels: 135
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATG
TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
GTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT
Found at i:4140 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 2764--4651 Score: 1283
Period size: 340 Copynumber: 5.6 Consensus size: 338
2754 ATTTTCTTAA
* * * * * ** **
2764 ATTTTTAGTTAAAACAGATAATAAATAAATATCTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAATTATATCCA
1 ATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCA
* *
2829 TTAACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCA-A-A---G---GC-TTATTACTCGCTTT-AATAG
65 TTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACACATTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAAT-G
* * * *
2883 -TTTTATAATCTCATAGTT-AGTTTTAAGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTTATTAAAATATATTA
129 TTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTG-AT-TTTTTCATATTTTTTATTAAAACAGATTA
** * * *
2945 TAATTGAATGTCTACC-ACGGGACACATGT--AGAAGCAGATATCGATTGGCAAGAAAAGTTCAT
191 TAATTGAATGTCTACCTA--GGA-A-ATGTGAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAAAGCTC--
* * * * * *
3007 TTATAGTTACCAATGCCTTCGAAAGCCATG-CTACTCGCTTTAAATATTTTTAGAATCTCATAAT
250 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC-TGTTTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAT
** * * *
3071 TGATTTTAAG-TTGAATTGTGTTATAT
314 TGATTCAAAGCAT--ATTTTTTTATAT
* * * * * * *
3097 -TTTCTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGATATCTAT
1 ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCAT
** * * ** * * * *
3161 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
66 TGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACACATTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGTT
* * * * * *
3226 TTTACAATCTCATAATTAATGTTAACTTG--------A-ATTTTTTATTAAAAAAGATTATAACT
131 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTCATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* * * ** * *
3282 GAATGTCTACCTCA-GAGAATATGAAGAAAAAGAAATCTATTGGGAAGAAAAG-TGGATTTCTAG
196 GAATGTCTACCT-AGGA-AATGTGAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAAAGCT---CTTATAG
* * * * * * * *
3345 GCACCCATG-TTGTCGAAAGCCTTGTTACACAT--TTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAAT
256 TCACCCATGCCT-TCAAAAGCC-TGTT-TACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGAT
**** * ** *
3407 TTTGTG-TTGAATTTCATTACAT
318 TCAAAGCAT--ATTTTTTTATAT
* * * * * * * *
3429 -TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGGATGTCTGTA-TTGA-GAAACGAGAAGAAAAATATATCT
1 ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC--TACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCC
* * * * * ** ** * * *
3491 ATTCAGAAGAAAAGTCCGTTTATAGTTACCCATGTC-TTTAAAAGCCTGT-TTACTTGCTTTACA
64 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCA-CACATTCGAAAGCGT-TATTACTCGCTTTAAA
* ** *
3554 TGTTTTTATAATCTTATAATTGATTCCAAGTTTATTTTTTTC-TATTTTTTATTAAAACAGATTA
127 TGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTCATATTTTTTATTAAAACAGATTA
* * * * **
3618 TAATTGAATGTCTACTTTGGTAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAG-TC-TATA
191 TAATTGAATGTCTACCTAGG-AAATGTGAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAAAGCTCTTATA
* * * *
3681 GTCACTCATGGCTTCAAAAGCCTGTTGACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTC
255 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTGTTTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTC
3746 AAAGCATATTTTTTTATAT
320 AAAGCATATTTTTTTATAT
* *
3765 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-AGTAAATGTGAAGAAAAAGATATCCA
1 ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCA
*
3829 TTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCACACATTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGT
65 TTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACACATTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGT
* * * *
3894 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGATGATTTTTTCATACTTTTTATTAAAACAAATTATAAT
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTCATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
3959 TGATTGTCTACCTCGGGAATGTGAATAAAAAGATATCTATTGACAAGAAAAGACTGCTTATAGTC
195 TGAATGTCTACCTAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAAAG-CT-CTTATAGTC
* **********
4024 ACCCACGCCTTCAAAAGCCTGTTTACTTGCTTTAAATATNNNNNNNNNNTCATAATTGATTCAAA
258 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTGTTTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAA
** *
4089 GTTTATTTTTTTTTTAT
323 GCATA-TTTTTTTATAT
* *
4106 ATTTTT-TTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCAT
1 ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCAT
********** * * * * * * *
4170 TNNNNNNNNNNGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTTGTAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGTT
66 TGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACACATTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGTT
** *
4235 TTTATAATCTCATAATTGGCTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
131 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTCATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
4300 GAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCAATT-AGCAAGAAAAG-TCCATTTATAG
196 GAATGTCTACC-TAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCAATTGA-CAAGAAAAGCT-C--TTATAG
* * * *
4363 TCACCCATACCTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTT
256 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTGT-TTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTC
* *
4427 TAAGTTCA-A-TTTTCT-TAT
320 AAAG--CATATTTTTTTATAT
* * * * * * * *
4445 CTTTTTAGTTGAAACAGATAATAATTGAATATTTACCT-TGAAAAATGTGAAGAAAATGATATCC
1 ATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAATGTGAAGAAAAAGATATCC
* * * ** ** * * * *
4509 ATTGGCAAG-AAATTCTATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCGTTAAATG
64 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACACATTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
4573 GTTTTATAATCTCGTAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAATA-AGAGTAT
129 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTCATATTTTTTATTAAA-ACAGATTAT
4637 AATTGAATGTCTACC
192 AATTGAATGTCTACC
4652 ATGAAACAAA
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 259, Indels: 128
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
330 3 0.00
331 56 0.05
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333 5 0.00
334 6 0.00
335 5 0.00
336 53 0.04
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339 12 0.01
340 307 0.25
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342 30 0.02
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCAT
TGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACACATTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGTT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTCATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
GAATGTCTACCTAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAAAGCTCTTATAGTCACC
CATGCCTTCAAAAGCCTGTTTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCA
TATTTTTTTATAT
Found at i:4510 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2746--4878 Score: 1547
Period size: 341 Copynumber: 6.3 Consensus size: 339
2736 TCGAGAAATG
* * * * * * * ***
2746 TAAGTTGAATTTTCTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATAATAAATAAATATCTGCCTTGGGAAATG
1 TAAGTTCAATTTTCTTATATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAATG
** * * * *
2811 TGAAGAAAATTATATCCATTAACAAG-AAAGTCCATTTATAGT----C--ACC--CAAAGGC-TT
64 TGAAGAAAAAGATATCCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTT
* * * *
2866 ATTACTCGCTTT-AATAG-TTTTATAATCTCATAGTTAGTTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTT
129 ATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTT
* * *** ** *
2929 TTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCACGGGACACATGT--AGAAGCAGATATCGATTG
192 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-A-ATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * *
2992 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCAATGCCTTCGAAAGCCATGCTACTCGCTTTAAATATTTT
255 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTT
*
3057 TAGAATCTCATAATTGATTT
320 TATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
3077 TAAGTTGAATTGTGTTATATTTTCTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAATG
1 TAAGTTCAATTTTCTTATATTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAATG
* * * * *
3142 TAAAGAAAAAGATATCTATTG-GTAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCC
64 TGAAGAAAAAGATATCCATTGAG-AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCT
* * * ** * *
3205 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATGTTAACTTG--------A-ATTTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTT
* * * * * *
3261 TTATTAAAAAAGATTATAACTGAATGTCTACCTCA-GAGAATATGAAGAAAAAGAAATCTATTGG
192 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-AATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* ** * * * * ** *
3325 GAAGAAAAGTGGATTTCTAGGCACCCATG-TTGTCGAAAGCCTTGTTACACATTTTAAATAGTTT
256 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTT
* *
3389 TACAATCTCATAATTAATTT
320 TATAATCTCATAATTGATTT
** * * * * * * *
3409 TGTGTTGAA-TTTCATTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGGATGTCTGTA-TTGAGAAA
1 TAAGTTCAATTTTC-TTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC--TACCTCAAAAA
* * * * * * * * ** *
3472 CGAGAAGAAAAATATATCTATTCAGAAGAAAAGTCCGTTTATAGTTACCCATGTCTTTAAAAGCC
62 TGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG-C
* * * * * ** * *
3537 TGT-TTACTTGCTTTACATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTCCAAGTTTATTTTTTTCTATTT
126 TTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGATTTTTTTATATTT
* *
3601 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGGTAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTG
191 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * *
3665 GTAAGAAAAGT-C---TATAGTCACTCATGGCTTCAAAAGCC-TGTTGACTTGCTTTAAATGTTT
255 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTT-ACTCGCTTTAAATATTT
*
3725 TTATAATCTCATAATTGATTC
319 TTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
3746 AAAG--CATATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-AGTAA
1 TAAGTTCA-ATTTTCTTATA--TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCA-AAA
* * * * * * *
3808 ATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCACACATTCGAAAGC
61 ATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * * * *
3873 GTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGATGATTTTTTCATACTT
126 TTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGATTTTTTTATATTT
* * * * * * *
3938 TTTATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACC-TCGGGAATGTGAATAAAAAGATATCTATTGA
191 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* *** * * * ***
4002 CAAGAAAAGACTGCTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCC-TGTTTACTTGCTTTAAATATNNN
256 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTG-TTACTCGCTTTAAATATTTT
******* *
4066 NNNNNNNTCATAATTGATTC
320 TATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * *
4086 AAAGTTTATTTTTTTTTTATATTTTT-TTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTACCTCAGGAAAT
1 TAAGTTCA--ATTTTCTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAAT
********** ***
4150 GTGAAGAAAAAGATATCCATTNNNNNNNNNNGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTTGTAAGCTT
63 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTT
*
4215 TATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGGCTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTT
128 TATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTT
* *
4280 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCAATTAGCA
193 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
* *
4345 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
258 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTTTAT
4410 AATCTCATAATTGATTT
323 AATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
4427 TAAGTTCAATTTTCTTATCTTTTTAGTTGAAACAGATAATAATTGAATATTTACCTTGAAAAATG
1 TAAGTTCAATTTTCTTATATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAATG
* * *
4492 TGAAGAAAATGATATCCATTG-GCAAG-AAA-TTCTATTTGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCT
64 TGAAGAAAAAGATATCCATTGAG-AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCT
* * * * *
4554 TTATTACTCGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
127 TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTT
* * * ** * *
4619 TTTATTAAATA-AGAGTATAATTGAATGTCTACCAT-GAAACAAATGAGGAAAAAGATATCCATC
191 TTTATTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA-ATGTGAAGAAAAAGATATCCATT
** * ** * **
4682 ACCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTT
254 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTT
********** *
4747 NNNNNNNNNNATAACTGATTT
319 TTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * **
4768 TAAGTTAAATTTTTTTATATATTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATTTTTACCTCGAGAAACA
1 TAAGTTCAATTTTCTTATAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAATG
* * *
4833 TGAAGACAAATATATCCATT-AGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
64 TGAAGAAAAAGATATCCATTGAG-A-AGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
4879 TCATTCATTA
Statistics
Matches: 1416, Mismatches: 314, Indels: 133
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 4 0.00
331 76 0.05
332 250 0.18
333 11 0.01
334 2 0.00
335 3 0.00
336 43 0.03
337 215 0.15
338 3 0.00
339 17 0.01
340 304 0.21
341 422 0.30
342 53 0.04
343 13 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TAAGTTCAATTTTCTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAATGTG
AAGAAAAAGATATCCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTAT
TACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTAT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAAT
CTCATAATTGATTT
Done.