Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400744.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3924.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8234
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.08, T:0.25
Warning! 2814 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2293 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1796--3777 Score: 1267
Period size: 171 Copynumber: 11.7 Consensus size: 170
1786 NNNNNNNNNN
* * *
1796 TGATTTTAAGTTGAATTTCTTTT-CATTTTT-GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTT
1 TGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * **
1859 -GAGAAACATGAAGAAAAAGAC-ATTCATTTGCAAGAAAAGTTCGTTTATTGTCACCTGTGCCTT
64 AG-GAAACGTGAAGAAAAA-ACTATTCA-TTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTT
* * ********** *
1922 CAAAAGTCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNATAATCTCAAAAT
126 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* *** * * *
1967 TAATTTTAAGTTGTGGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ACTTATAATTGAATGTTTACCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * * ********
2031 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCANNNNNNNN
65 GGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGG-AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATTTCTTCA
** * * *
2095 NNAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
2138 TGATTTTACGTTGAATATTTTT-CATTTTTTGTTAAAACAGATTATCATTCAATGTTTGCCTTAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * *
2202 GAAACGT-AACAAAAAAACTATTCATTGAGAAGAGAAGTTCATTTATAGTCATCTATTTCTTCAA
66 GAAACGTGAA-GAAAAAACTATTCATTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAA
* ** * * * *
2266 AAGCATTATTACTCGCAGTACATGGTTTTATAATTTCATAGT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
2308 TGATTTTAAGTTGAGTTTATTTACATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATGCCTATCTTAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * **** * * * * *
2373 AAAACATGAAGAAAAAA-TGATTCACTCCTTAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGTCTTCGA
66 GAAACGTGAAGAAAAAACT-ATTCA-TTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAA
* *
2437 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAAT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* *
2479 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
** * * *
2542 GAGAAGTGTGAAGGAAAAAGC-ATTAATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
65 G-GAAACGTGAA-GAAAAAACTATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTC
*
2606 AAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* ** ** * * *
2650 TGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTCAT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * * *** * ** *
2715 GAAACGTGAAG-AAAAGCTATTGATTTGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
66 GAAACGTGAAGAAAAAACTATTCA-TTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAA
** *
2779 AGCCTTATTACAT-ATTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAAC
130 AGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * * * *
2820 TGATATCAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTATTTGAAACGGACTATTATTAAATGTCTGCCTT-G
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * * * * * * * **
2884 AAAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATCGTCACCCATGTCTTTG
66 -GAAACGTGAAGAAAAA-ACTATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCA
* * * *
2948 AAACCCTTATTTAGTACGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAAT
128 AAAGCCTTA-TTACT-CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * **
2993 TGATTTTAAATT-ATATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAACATCTACCTT-
1 TGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
** * * * * * * *
3056 GAGAAATATAAAGAAAAAGCCATTTATT---AG-CAAG---A---AAAGT--CC-ATTT-TTAAA
65 G-GAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAA
* * * *
3107 AAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
3149 TGATTTTAAGCT-AACTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * ** * * * ** **
3213 GGAAATGTTAAGGAAAAGGC-ATTCATTGAAAAGAAAAGTGCATTTATCGTCACCGGTGCCTTCA
65 GGAAACGTGAA-GAAAAAACTATTCATTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCA
* * *
3277 GAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
3320 TGATTTTTAGTT-ATAGTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTTCCTT-
1 TGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * ** * * * * *
3383 GAGAAACATAAAGAAAAAGCCT-TTTGTTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGCCACAC-ACTCCTT
65 G-GAAACGTGAAGAAAAA-ACTATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATTTCTT
* ** *
3446 CAAAAGCCTTACTACTCAATTTAAATAGTTTAATAATCTCATAAT
126 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
3491 TGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * * * *
3556 GAAACGTGAAGAAAAAA-TCATTCATTGAGAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTTAA
66 GAAACGTGAAGAAAAAACT-ATTCATTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAA
* * * * * *
3620 ATGCTTTATTACTCTCATTAAGTAGTTTTATAATCTTATAAT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
3662 TGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATACTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTTAACGTCTGCCTTAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * * *
3727 CAAACATAAAGAAAAAGGC-ATTCATT-GATTAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
66 GAAACGTGAAGAAAAA-ACTATTCATTGGA--AGAAAAGTTCATTTATAGTCA
3778 ATCATACCTT
Statistics
Matches: 1418, Mismatches: 323, Indels: 140
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
155 1 0.00
156 93 0.07
157 11 0.01
158 10 0.01
159 3 0.00
160 4 0.00
161 3 0.00
162 3 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
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168 2 0.00
169 16 0.01
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173 87 0.06
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
GAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:2688 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1796--3774 Score: 1546
Period size: 342 Copynumber: 5.8 Consensus size: 340
1786 NNNNNNNNNN
* * * * *
1796 TGATTTTAAGTTGAATTTCTTTT-CATTTTT-GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTT
1 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * ** *
1859 GAGAAACATGAA-GAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTTCGTTTATTGTCACCTGTGCCTTC
64 GAGAAACGTGAAGGAAAAAG-CATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
** * ********** * * * *
1923 AAAAGTCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGTGGTTTTT
127 AAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT
* * * * *
1988 TACATTTTTGGTTAAAACA-ACTTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
192 TATATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCA
* * * * * *********
2052 TTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAGCCTTACTACTCACTTTAA
256 TTTATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCA-TCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAA
*
2117 ATGGTTTTATAATCTCATAAT
320 ATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
2138 TGATTTTACGTTGAATATTTTTCAT-TTTTT-GTTAAAACAGATTATCATTCAATGTTTGCCTT-
1 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
** * * * * * *
2200 AGGAAACGT-AACAAAAAAACTATTCATTGAGAAGAGAAGTTCATTTATAGTCATCTATTTCTTC
65 A-GAAACGTGAAGGAAAAAGC-ATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * ** * * * * *
2264 AAAAGCATTATTACTCGCAGTACATGGTTTTATAATTTCATAGTTGATTTTAAGTTGAGTTTATT
127 AAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT
* ** * * * * ***
2329 TACATTTTTAATTAAAACAGATAATAATTGAATGCCTATCTTAAAAAACATGAAGAAAAAATGAT
192 TATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCAT
* * * * * **
2394 TCACT-CCTTAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
257 TTATTGCC-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAT-CCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAA
*
2458 ATAGTTTTATAATCTCCTAAT
320 ATAGTTTTATAATCTCATAAT
*
2479 TGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
** * * *
2544 GAAGTGTGAAGGAAAAAGCATTAATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
66 GAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
2609 AACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTGT
130 ACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTAT
* * * * * * * * *
2674 ATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTGCCTCATGAAACGTGAAG-AAAAGCTATTGA
195 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTTA
* ** * * *
2738 TTTG-TAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACAT-ATTTTAAAT
260 -TTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAT-CCTTCGAAAGCCTTACTAC-TCACTTTAAAT
*
2801 -GATTTTATAATCTCATAAC
322 AG-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * * * * *
2820 TGATATCAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTATTTGAAACGGACTATTATTAAATGTCTGCCTTGA
1 TGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * **
2885 AAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATCGTCACCCATGT-CTTTG
66 GAAACGTGAAGGAAAAA-GCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCA
* * * * *
2948 AAACCCTTATTTAGTACGCTTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAATT-ATATTTT
128 AAACCCTTA-TTACT-CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-GTTTT
* * * * ** * *
3012 TTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAACATCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAAAGCC
190 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCC
*
3077 ATTTATTAG-CAAGAAAAGTCCATTT-T---TA---A-------AAAGCCTTACTACTCACTTTA
255 ATTTATT-GCCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTA
* *
3127 AATGGTTTTATAATCTCATAAC
319 AATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
3149 TGATTTTAAGCTAACTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGG
1 TGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * * ** * *
3214 GAAATGTTAAGGAAAAGGCATTCATTGAAAAGAAAAGTGCATTTATCGTCACCGGTGCCTTCAGA
66 GAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
3279 ACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTATAG-TTTTTTA
130 ACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAGTTTTTTTA
* * * * * *
3343 TATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCTTTT
194 TATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTT
* * * *
3408 GTTGGCC-AGAAAAGTCCATTTATAGCCACACACTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCAATTTAAAT
259 ATT-GCCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCA-TCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT
*
3472 AGTTTAATAATCTCATAAT
322 AGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
3491 TGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACC-TC
1 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
3554 AGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGAGAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTGCTTTA
65 A-GAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** * * * * *
3619 AATGCTTTATTACTCTCATTAAGTAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTT
128 AAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTT
* * * * *
3684 ATACTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTTAACGTCTGCCTT-AGCAAACATAAAGAAAAAGGCAT
193 ATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATAAAGAAAAAGCCAT
* *** *
3748 TCATTGATTAGAAAAGTTCATTTATAG
257 TTATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAG
3775 TCAATCATAC
Statistics
Matches: 1316, Mismatches: 269, Indels: 104
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
327 121 0.09
328 7 0.01
329 139 0.11
330 6 0.00
331 1 0.00
334 1 0.00
337 1 0.00
340 26 0.02
341 426 0.32
342 467 0.35
343 97 0.07
344 24 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
GAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
CCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATA
TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTTAT
TGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTT
TTATAATCTCATAAT
Done.