Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400750.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_393.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19629
ACGTcount: A:0.27, C:0.08, G:0.10, T:0.26
Warning! 5802 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5024 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4648--6071 Score: 1346
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 169
4638 NNNNNNNNTC
* * * * *
4648 TCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTATTTATAATATGTTTTAAT-AAAAATATTAAA
1 TCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-TAAA
* * * * *
4712 AAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGTG-TTTTGA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAT-AATTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGA
* * * *
4776 AGGCATGAGTGACTATAAAT-AGATTTTTCTT-ACAATTGCATA
128 AGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAA-TGGATA
* * * * * *
4818 TGTTTTTCTTCACGTATCTC-ACGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTGTAAA
1 TCTTTTTCTTCACGTTTTTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
* * *
4882 AAATTTCTAA-TTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTAATTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
65 AAA-TTC-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-TAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
4946 AAGGTATGGGTTAGTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATA
* * * *
4989 TCTTTTTTTTTACGTTTTTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA
1 TCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * * * *
5054 AAGTTCAACCTAAAA-CTAATTATGAGATTAAAAAATAATTTCAAGCGAATAATAAGGCTTTCAA
66 AA-TTCAACTTAAAATC-AATTATGAGGTTATAAAATAA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* *
5118 AGGCATGGGTGATTATAAAAGGAA--TTTCTTGCCAATGGATA
128 AGGCATGGGTGACTAT-AAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATA
* * * *
5159 TCTTTTTCTTCGCGTTTCAT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAA
1 TCTTTTTCTTCACGTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AA
* * * * * *
5223 AAAATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-TAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
5288 CGGTATAGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGGCAATGGATG
128 AGGCATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGGATA
* * * **
5330 TCTTTTTCTTCACGTTTCTT-TAGGTA-AGCATTCAGTTATAATCTATTCCAATAAAAGACATA-
1 TCTTTTTCTTCACGTTT-TTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA-A-ATAT
* *
5392 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTC
62 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-TAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * *
5457 GAAGGCATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGGACA
126 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGGATA
* * ** *
5501 TCTTTTTTTTTACGTTTTTCGAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAGAA
1 TCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATA-AA
* * * * * * *
5566 AAATT-TACATTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAGCATTTAAAGCGATTAAGAAGACTTTCGA
65 AAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-TAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* ** * * *
5630 TGGCATACGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
128 AGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATA
* * ** * * * *
5672 TCTTTTTCTACATGTTTTTTTAGGTAGGCATTCAGTTATAATCTGTTCTAATAAAAAACATTAAA
1 TCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-TAAA
*
5737 AAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-ACATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATA-A-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* *
5800 AGGCATGGGTGGCTATAAAT-AGACTTTTGTTGCCAATGGATA
128 AGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGGATA
** ** * * *
5842 TCTTTTT-TTCTACGTTTTTTAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTGTAATAAAAAATGTAAA
1 TCTTTTTCTTC-ACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
* * * * * * *
5906 AACGTTCAACTTTAAAAT-AACTATGAGATTAAAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
65 AA-ATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-TAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
5970 AAGGCATTGGTGAGTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATA
127 AAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATA
* *
6013 TTTTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGAG-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT
1 TCTTTTTCTTCACGTTT-TTCGAG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
6072 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1036, Mismatches: 173, Indels: 89
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 16 0.02
170 317 0.31
171 668 0.64
172 30 0.03
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TCTTTTTCTTCACGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
CATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATA
Found at i:5272 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4648--6071 Score: 1550
Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 341
4638 NNNNNNNNTC
** * * * *
4648 TCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTATTTATAATATGTTTTAAT-AAAAATATTAAA
1 TCTTTTTCTTCACGTTT-TTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATTAAA
* * * * *
4712 AAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGTG-TTTTGA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTTAAGGCGAGTAATAAG-GCTTTCGA
* * * * * *
4776 AGGCATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTT-ACAATTGCATATGTTTTTCTTCACGTATC-TCA
129 AGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA-TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
** * * * * *
4839 CGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTGT-AAAAAATTTCTAATTAAAACCAAT
193 -GACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTT-AAATTAAAATCAAT
* * * * * * * *
4903 TATGAGATTATAAAACTAATTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTTAGTATAAATG
256 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
* *
4968 AACTTTTCTTGCCAATGAATA
321 GACTTTTCTTGCCAATGGATA
* * *
4989 TCTTTTTTTTTACGTTTTTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATA-TAAA
1 TCTTTTTCTTCACGTTTTT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATTAAA
* * * *
5053 AAAGTTCAACCTAAAA-CTAATTATGAGATTAAAAAATAATTTCAA-GCGAATAATAAGGCTTTC
65 AAA-TTCAACTTAAAATC-AATTATGAGGTTAAAAAATCATTT-AAGGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
5116 AAAGGCATGGGTGATTATAAA-AGGA-ATTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCGCGTTTCAT
127 GAAGGCATGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* *
5179 GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAAT
191 GAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAAT
* * ** * * * *
5244 TTTGAGGTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGACGGTATAGGTGACTATAAATT
256 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
* *
5309 GACTTTTCTTGGCAATGGATG
321 GACTTTTCTTGCCAATGGATA
* * ** * * *
5330 TCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGGTA-AGCATTCAGTTATAATCTATTCCAATAAAAGACATAAA
1 TCTTTTTCTTCACGTTT-TTGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATTAA
* *
5394 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * *
5459 AGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGACATCTTTTTTTTTACGTTT-TTCGA
129 AGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTT-GA
* * * *
5523 GACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAGAAAAATTTACATTAAAATCAATTT
193 GACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTA
* * * * * * *
5588 TGAGGTTATAAAAGCATTTAAAGCGATTAAGAAGACTTTCGATGGCATACGTGACCATAAATGGA
258 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
*
5653 CTTTTCTTGCCAATGGATG
323 CTTTTCTTGCCAATGGATA
* * * * * * * *
5672 TCTTTTTCTACATGTTTTTTTAGGTAGGCATTCAGTTATAATCTGTTCTAATAAAAAACATTAAA
1 TCTTTTTCTTCACG-TTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATTAAA
5737 AAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAA-CATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA-AAAAATCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
5800 AGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGGATATCTTTTT-TTCTACGTTTTTTAA
129 AGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTC-ACGTTTCTTGA
* * * ** * * *
5864 GACAGACATTCAATTATAATCTATTGTAATAAAAAATGTAAAAACGTTCAACTTTAAAAT-AACT
193 GACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAA-ATTAAAATCAATT
* * * * * *
5928 ATGAGATTAAAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGAGTATTAATGG
257 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGG
5993 ACTTTTCTTGCCAATGGATA
322 ACTTTTCTTGCCAATGGATA
*
6013 TTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGAG-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT
1 TCTTTTTCTTCACGTTT-TTGAG-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT
6072 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 917, Mismatches: 140, Indels: 52
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 9 0.01
341 571 0.62
342 332 0.36
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TCTTTTTCTTCACGTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATTAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGAC
AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTGCCAATGGATA
Found at i:5751 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 4648--6071 Score: 1622
Period size: 512 Copynumber: 2.8 Consensus size: 507
4638 NNNNNNNNTC
* * * *
4648 TCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGACATTTATTTATAATATGTTTTAAT-AAAAATATTAA
1 TCTTTTTCTACACGTTTCAT-GAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATTAA
*
4711 AAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGTG-TTTTG
65 AAAATT-AAATTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTG
* * * * *
4775 AAGGCATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTT-ACAATTGCATATGTTTTTCTTCACGTATC-TC
128 AAGGCATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAA-TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTT
* * * * *
4838 ACGGT-AGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTGTAAAAAATTTCTAA-TTAAAACCA
191 A-GGTAAGACATTCAATTATAATCTATTCTAATAAAAA-TGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCA
* * *
4901 ATTATGAGATTATAAAACTAATTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTTAGTATAAA
253 ATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGAGTATAAA
* ** *
4966 TGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTTTTTACGTTTTTCGAGGTAAACATTCAATTATAAT
316 TG-ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTTTTTACGTTTTTCGAGACAGACATTCAATTATAAT
* *
5031 CTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTCAACCTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAATAATTTC
380 CTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTCAACCTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAAGAATTTA
* * ** **
5096 AAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTATAAAAGGAATTTCTTGCCAATGGATA
445 AAGCGAATAAGAAGACTTTCAAAGGCATACGTGACCATAAAAGGAATTTCTTGCCAATGGATA
* * * *
5159 TCTTTTTCTTCGCGTTTCATGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAA
1 TCTTTTTCTACACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATTAAA
* * *
5224 AAATTTAAATTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAC
66 AAA-TTAAATTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
5289 GGTATAGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGGCAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGG
130 GGCAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGG
* * **
5354 TAAG-CATTCAGTTATAATCTATTCCAATAAAAGACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
194 TAAGACATTCAATTATAATCTATTCTAATAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
5418 GAGGTTATAAAATTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC
258 GAGATTATAAAATAATTTAA-GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTGAGTATAAAT-GAC
* * * *
5483 TTTTCTTGTCAATGGACATCTTTTTTTTTACGTTTTTCGAGACAGACATTCAATTATAATTTGTT
320 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTTTTTACGTTTTTCGAGACAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
5548 TTAATAAAAAATATAGAAAAA-TT-TACATTAAAA-TCAATTTTGAGGTTATAAAAGCATTTAAA
385 TTAATAAAAAATATA-AAAAAGTTCAAC-CTAAAACT-AATTATGAGATTAAAAAAGAATTTAAA
* * * * * *
5610 GCGATTAAGAAGACTTTCGATGGCATACGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
447 GCGAATAAGAAGACTTTCAAAGGCATACGTGACCATAAAAGGA-ATTTCTTGCCAATGGATA
* ** * * * * * *
5672 TCTTTTTCTACATGTTTTTTTAGGTAGGCATTCAGTTATAATCTGTTCTAATAAAAAACATTAAA
1 TCTTTTTCTACACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATTAAA
* * * * *
5737 AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
66 AAATTAAATTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
5802 GCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGGATATCTTTTT-TTCTACGTTT-TTTAAG
131 GCAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAATGGATATCTTTTTCTTC-ACGTTTCTTTAGG
* ** *
5865 -ACAGACATTCAATTATAATCTATTGTAATAAAAAATGTAAAAACGTTCAACTTTAAAAT-AACT
194 TA-AGACATTCAATTATAATCTATTCTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAAATCAATT
* ** *
5928 ATGAGATTAAAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGAGTATTAATGG
256 ATGAGATTATAAAATAATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGGTGAGTATAAAT-G
* *
5993 ACTTTTCTTGCCAATGGATAT-TTTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGAGAGACATTCAATTATAATC
318 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTT-TTTACGTTT-TTCGAGACAGACATTCAATTATAATC
6056 TATTTTAATAAAAAAT
381 TATTTTAATAAAAAAT
6072 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 112, Indels: 51
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 74 0.10
512 595 0.77
513 105 0.14
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (507 bp):
TCTTTTTCTACACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATTAAA
AAATTAAATTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GCATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGGTA
AGACATTCAATTATAATCTATTCTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAATAATTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTGAGTATAAATGACTTTTCT
TGCCAATGGATATCTTTTTTTTTACGTTTTTCGAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA
AAAAATATAAAAAAGTTCAACCTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAAGAATTTAAAGCGAATAAG
AAGACTTTCAAAGGCATACGTGACCATAAAAGGAATTTCTTGCCAATGGATA
Found at i:6899 original size:173 final size:174
Alignment explanation
Indices: 6320--6915 Score: 648
Period size: 169 Copynumber: 3.5 Consensus size: 174
6310 NNNNNNNNAC
* * * * * *
6320 TTCTTGCCAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATAATTTGTTTT
1 TTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * *
6385 AATAAAAATATTAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGAA-GTTGTAAAAACATTTAAGGCGAG
66 AATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT-AAGGTTATAAAAATATTTAAAGCGAG
* *
6449 TAATAAGGTTTTCGAAGGCAT-AG-G--TGACTATAAATGGACTT
130 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * *
6490 CTCTTGCCAGTGGATATCA-TTTTCTTTACGTTTTTGGAGGCAAATATTCAATTATAATCTCTTT
1 TTCTTACCAATGGATAT-ATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
6554 TAA-AAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTA-AAAAACTATTTAAAGCT
65 TAATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATAAGGTTATAAAAA-TATTTAAAGCG
*
6616 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACT-AC---AAATGGACCTT
128 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTGACTATAAATGGA-CTT
** * * *
6660 TT-TTACCAATGGATACCTTTTTCATCATGTTTCTC-ATGGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
1 TTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
6723 TAATAAAAATACAAAAAAAATTAA-TTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAATTATTTAAAGCGAG
65 TAATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAAATATTTAAAGCGAG
6787 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTGACTATAAATGGACTT
130 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
6832 TTCTTATCAATGGATATATTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTT
1 TTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
6897 AATAAAAATATAAAAAAAT
66 AATAAAAATATAAAAAAAT
6916 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 60, Indels: 37
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.02
169 171 0.49
170 81 0.23
171 1 0.00
172 7 0.02
173 77 0.22
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (174 bp):
TTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
AATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAAATATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTGACTATAAATGGACTT
Found at i:7335 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7025--7345 Score: 473
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
7015 NNNNNNNNNN
* *
7025 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATTGTAAAAAAATTCAAATTAAAACCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAACCAATTATGAGA
* *
7090 TTATAAAACCAATTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTT
66 TTAAAAAACCAATTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAAGGGTGAGTATAAATGGACTTTT
*
7155 CCTGCTAATGAATATCTTTTCCTTTACATTTTTTGAGGCAG
131 CCTGCTAATGAATATATTTTCCTTTACATTTTTTGAGGCAG
* * * *
7196 ACATTCCATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTCAACCTAAAACTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAACCAATTATGAGA
* * * * **
7261 TTAAAAAACTATTTCAAGCGAGTCATAAGTCTTTTGAAGGCAAGGGTGAGTATAAATGGACTTTT
66 TTAAAAAACCAATTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAAGGGTGAGTATAAATGGACTTTT
* *
7326 -TTGGCTAATGGATATATTTT
131 CCT-GCTAATGAATATATTTT
7346 TCTTCACGTT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 17, Indels: 2
0.87 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 131 0.99
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAACCAATTATGAGA
TTAAAAAACCAATTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAAGGGTGAGTATAAATGGACTTTT
CCTGCTAATGAATATATTTTCCTTTACATTTTTTGAGGCAG
Found at i:7978 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7452--8322 Score: 941
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
7442 TATTTAAAGG
* * *
7452 TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGGCATTTAATTATAATCTGTTTTAATATAAAAT
1 TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AAAAT
* * * *
7517 ATAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAAACATTTAAGGCGAGTAATAAGGC
65 ATAAAA-AAGTTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
7581 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAA
129 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAA
* * * * * *
7623 TGGATATCATTTTCTTTACATTTTTTAAGGTAGACATTCCATTATAATCTCTTTTAATAAAAAAT
1 TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAAT
* * *
7688 ATATAAAAGTTTAACTTAAAACCAATTATGAGATTA-AAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
65 ATAAAAAAGTTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
7752 TTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACCATTT-TTACCAA
129 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTA-CAA
* * * * * *
7794 TGGACA-CTTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAT
1 TGGATATC-TTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAT
* * * * * * * *
7858 GTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATGTG-
65 ATAAAAAAGTTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAG-GC
* * *
7922 TTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACAA
129 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAA
* * * * *
7963 TTGCATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAT
1 -TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA-
* * * * *
8028 TTTAAAAAAGTTCAAATTAAAACCAATTATGAGATTAT-AAAACTAATTCAATCGAGTAATAAGG
64 TATAAAAAAGTTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGG
*
8092 CTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
128 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAA
* * * *
8135 TGGACATCTTTTT-TTTACGTTTTTTTAGGTAGACATTCAATTATAATGTATTTTAATAAAAAAT
1 TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAAT
* * * * * * * *
8199 TTAAAAACGTTTAACCTAAAACTAATTATGAGATTA-AAAAATAATTTTAAGCGAATAATAAGGC
65 ATAAAAAAGTTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
8263 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGA-ATTTCTTGCGAA
129 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-AA
8304 TGGATATCTTTTTCTTCAC
1 TGGATATCTTTTTCTTCAC
8323 ATTTCTAGAA
Statistics
Matches: 586, Mismatches: 94, Indels: 41
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 27 0.05
170 269 0.46
171 282 0.48
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATA
TAAAAAAGTTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAA
Found at i:8088 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 7452--8331 Score: 1080
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
7442 TATTTAAAGG
* * * *
7452 TGGATATC-TTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGGCATTTAATTATAATCTGTTTTAATATAAAA
1 TGGACATCTTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATA-AAAA
* * *
7516 TATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAAA-CATTTAAGGCGAGTAATAAGG
65 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTT-AAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
7580 CTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTACAT
129 CTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATGGATATCTTTTTCTTCACA-
* * * * * *
7644 TTTTTA-AGGTAGACATTCCATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATATAAAAGTTTAACTTAAA
191 TTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTCAAATTAAA
* *
7708 ACCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTA
256 ACCAATTATGAGATTAAAAAACTAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
7773 TAAATAGACCATTT-TTACCAA
321 TAAATAGA-CATTTCTTACCAA
* * *
7794 TGGACA-CTTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAT
1 TGGACATCTTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAT
* * * *
7858 GTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATGTG-
66 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GC
* * *
7922 TTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACAATTGCATATCTTTTTCTTCACATTT
130 TTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAA-TGGATATCTTTTTCTTCACATTT
* * *
7987 CTAGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATTTTAAAAAAGTTCAAATTAAAACC
194 CTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTCAAATTAAAACC
* * * * * *
8052 AATTATGAGATTATAAAACTAATTCAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAA
259 AATTATGAGATTAAAAAACTAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
* *
8117 ATGGACTTTTCTTACCAA
324 ATAGACATTTCTTACCAA
* * *
8135 TGGACATCTTTTTT-TT-ACGTTTTTTTAGGTAGACATTCAATTATAATGTATTTTAATAAAAAA
1 TGGACATCTTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAA
* ** * * * * * *
8198 TTTAAAAACGTTTAACCTAAAA-CTAATTATGAGATTAAAAAATAATTTTAAGCGAATAATAAGG
65 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGGTTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
8262 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAAGGA-ATTTCTTGCGAATGGATATCTTTTTCTTCACATT
129 CTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-AATGGATATCTTTTTCTTCACATT
8326 TCTAGA
193 TCTAGA
8332 AGTTATAAAA
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 65, Indels: 26
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 87 0.19
341 316 0.69
342 58 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TGGACATCTTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCT
AGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTCAAATTAAAACCAA
TTATGAGATTAAAAAACTAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
AGACATTTCTTACCAA
Found at i:8715 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8430--9246 Score: 787
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 171
8420 CATCACGTTA
* * * * * * *
8430 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATAAAAATAAACTATGAGGTTAT-AAAATCATTTA
1 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT-AATTC
* * * * * * * *
8494 AAACGAGTAATATGTG-TTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCGTA-CAATTGCAT
65 AAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGGAT
* *
8557 ATCTTTTTCTTCACATTTCTGGAGGTAGATATTCAATTATAATC
128 ATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATC
* *
8601 TATTTTAATAAAAACT-TAAAAAAAGTTCAAATTAAAA-CTAATTATAAGATTATAAAACTAATT
1 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TTCAAATTAAAATC-AATTATAAGATTATAAAAATAATT
* * * *
8664 CGATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
64 CAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
* * * * * * *
8729 TTTTTTTTTTTACGTTTTTTTAGGTAGACAGTCAATTATAATC
129 TCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * ** *
8772 TATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAGTTCAACCTAAAA-CTAATTATGAGATTA-AAAAATAATTT
1 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATC-AATTATAAGATTATAAAAATAA-TT
* * * * *
8834 CAAGCGAATAATAAGGCTTCCG-AAGCTATGTGTGACTATAAAAGGA-ATTTCTTACCAATGGAT
64 CAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGC-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * *
8897 ATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGATATTAAATTATAATT
128 ATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * *
8941 TATTTTACTAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT-T-TGATGATATAAAATCATTT
1 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAGATTATA-AAAAT-AATT
* * * ** * * * * * *
9004 AAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGACGGCATAGGTGACTATACATGTACTTTTTTTGCCAATGGTTA
64 CAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
* * * *
9069 TCTTTTTCGTCACGTTTCTTTAGGTAGGCATTCAATTATAATC
129 TCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATC
* * * * *
9112 TATTTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAAT-ATTTA
1 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATAATTCA
* * * *
9176 ATGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATAGACCTTTCTTACCAATGGATAT
66 A-GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAT
*
9241 ATTTTT
130 CTTTTT
9247 TTATATGTTT
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 108, Indels: 36
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 70 0.13
170 142 0.27
171 286 0.55
172 13 0.03
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATAATTCA
AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATC
TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATC
Found at i:9093 original size:929 final size:929
Alignment explanation
Indices: 7503--9216 Score: 2227
Period size: 929 Copynumber: 1.8 Consensus size: 929
7493 TTATAATCTG
* * * * * * * **
7503 TTTTAATATAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAAACATTTAAGG
1 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATAAAAATAAACTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAA
* * * *
7568 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCAT
66 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCGTGACAATGCATATCAT
* * * * * *
7633 TTTCTTTACATTTTTTAAGGTAGACATTCCATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATATAAAAGT
131 TTTCTTCACATTTCTGAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGT
* * * * *
7698 TTAACTTAAAACCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA
196 TCAAATTAAAACCAATTATAAGATTAAAAAACTAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTA
7763 TGAGTGACTATAAATAGACCATTTTTACCAATGGACACTTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAGA
261 TGAGTGACTATAAATAGACCATTTTTACCAATGGACACTTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAGA
* * * * *
7828 TATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTT
326 CAGTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
7893 ACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATGTGTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCG
391 AAAAAATAATTTAAAGCGAATAATAAGTGTTCAGAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGACATTTCG
* *
7958 TACAATTGCATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATA
456 TACAATTGCATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGGCAGATATTAAATTATAATCTATTTTAATA
* * * * * * *
8023 AAAATTTTAAAAAAGTTCAAATTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTAATTCAATCGAGTAAT
521 AAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGCAAGTAAG
* * * *
8088 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGACATCTTTTTTTTAC
586 AAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGACATCTTTTTGTCAC
* * * * *
8153 GTTTTTTTAGGTAGACATTCAATTATAATGTATTTTAATAAAAAATTTAAAAACGTTTAACCTAA
651 GTTTCTTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAACCTAA
*
8218 AA-CTAATTATGAGATTA-AAAAATAATTTTAA-GCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
716 AATC-AATTATGAGATTATAAAAAT-A-TTTAATGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATG
8280 ACTATAAAAGGAATTTCTTGCGAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAAGTTATAAAATCA
778 ACTATAAAAGGAATTTCTTGCGAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAAGTTATAAAATCA
8345 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTGTAAATGGACCTTTTTTACCAATGG
843 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTGTAAATGGACCTTTTTTACCAATGG
8410 ATACCTTTTTCATCACGTTATA
908 ATACCTTTTTCATCACGTTATA
*
8432 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATAAAAATAAACTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAA
1 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATAAAAATAAACTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAA
* * *
8497 CGAGTAATATGTG-TTT-AGAAGGCATGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCGT-ACAATTGCATAT
66 CGAGTAATAAG-GCTTTCA-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCGTGACAA-TGCATAT
* * * *
8559 CTTTTTCTTCACATTTCTGGAGGTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAACT-TAAAAA
128 CATTTTCTTCACATTTCTGAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAA
* * ** * *
8623 AAGTTCAAATTAAAACTAATTATAAGATTATAAAACTAATTCGATCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
192 AAGTTCAAATTAAAACCAATTATAAGATTAAAAAACTAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG-A
* * * * * * * * * **
8688 AGCT-TGGGTGAGTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGGATATTTTTTTTTTTACGTTTTTTTA
256 AGCTATGAGTGACTATAAATAGACCATTT-TTACCAATGGACACTTTTTTCTTCACGTTTATCGA
* * *
8751 GGTAGACAGTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAGTTCAACCTAAAA-CTAATTA
320 GGTAGACAGTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATC-AATTA
* * *
8815 TGAGATTAAAAAATAATTTCAAGCGAATAATAAG-GCTTCCGAA-GCTATGTGTGACTATAAAAG
384 TGAGATTAAAAAATAATTTAAAGCGAATAATAAGTG-TTCAGAAGGC-ATGAGTGACTATAAAAG
* * * *
8878 GA-ATTTCTTACCAA-TGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGATATTAAATTATAATT
447 GACATTTCGTA-CAATTGCATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGGCAGATATTAAATTATAATC
* * * *
8941 TATTTTACTAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGATGA-TATAAAA-TCATTT
511 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAACCAATTATGA-GATTATAAAACT-AATT
* * * * * **
9004 AAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGACGGCATAGGTGACTATACATGTACTTTTTTTGCCAATGGTTA
574 AAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGACA
*
9069 TCTTTTTCGTCACGTTTCTTTAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA
639 TCTTTTT-GTCACGTTTCTTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAA
* * *
9134 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAATATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
703 ACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAATGCGAATAATAAGGCTTTCGAA
9199 GGCATGGATGACTATAAA
768 GGCATGGATGACTATAAA
9217 TAGACCTTTC
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 105, Indels: 32
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
927 1 0.00
928 178 0.27
929 473 0.71
930 12 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (929 bp):
TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATAAAAATAAACTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAA
CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCGTGACAATGCATATCAT
TTTCTTCACATTTCTGAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGT
TCAAATTAAAACCAATTATAAGATTAAAAAACTAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGCTA
TGAGTGACTATAAATAGACCATTTTTACCAATGGACACTTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAGA
CAGTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATT
AAAAAATAATTTAAAGCGAATAATAAGTGTTCAGAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGACATTTCG
TACAATTGCATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGGCAGATATTAAATTATAATCTATTTTAATA
AAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTAATTAAAGCAAGTAAG
AAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGACATCTTTTTGTCAC
GTTTCTTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAACCTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAATGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACT
ATAAAAGGAATTTCTTGCGAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAAGTTATAAAATCATTT
AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTGTAAATGGACCTTTTTTACCAATGGATA
CCTTTTTCATCACGTTATA
Found at i:9468 original size:230 final size:231
Alignment explanation
Indices: 9040--9486 Score: 595
Period size: 230 Copynumber: 1.9 Consensus size: 231
9030 CATAGGTGAC
* * * * * * *
9040 TATACATGTACTTTTTTTGCCAATGGTTATCTTTTTCGTCACGTTTCTTTAGGTAGGCATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCGTCACGTTTCTGTAGGCAGACATTCAAT
* * *
9105 TATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAA
66 TATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAA
* *
9170 TATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATAGACCTTTCTTACCAAT
131 TATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACCTTTCTTACCAAT
9235 GGATATATTTTTTTAT-ATGTTTTTTGAGTGGATGAG
196 GGATATATTTTTTT-TCATGTTTTTTGAGTGGATGAG
*
9271 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTGGT-GGCAGACATTCAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCGTCACGTTTCT-GTAGGCAGACATTCAA
* * * *
9335 TTATAATATGTTTTTAT-AAAACTATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAA
65 TTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
* *
9398 ATCATTTAGA-G-GAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGG-TGACTATAAAT-GAACTTTTGTT
130 AT-ATTTA-ATGCG-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGAAT-GGATGACTATAAATAG-ACCTTTCTT
*
9459 ACTAATGGATATATTTTTTTTCATGTTT
190 ACCAATGGATATATTTTTTTTCATGTTT
9487 CTCGATGTAG
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 20, Indels: 15
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
229 8 0.04
230 109 0.58
231 71 0.38
232 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (231 bp):
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCGTCACGTTTCTGTAGGCAGACATTCAAT
TATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAA
TATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACCTTTCTTACCAAT
GGATATATTTTTTTTCATGTTTTTTGAGTGGATGAG
Found at i:12670 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12383--13721 Score: 1483
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 171
12373 NNNNNTCTCA
12383 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCGAA-TTAAAA-TCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAACT-AA
* * * *
12445 CTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * *
12510 GGACTTTTCTTACCAATGGATATGTTTTGCTCTACGTTTCTTG
129 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * * * *
12553 AAGTAGACATTCAATAATAATTTGTTTTAATAACAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATT
* * *
12618 ATTAGATTATAAAATCAATTT-AAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATG
66 ATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * *
12682 AATTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTTTTG
130 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * * *
12724 AGGCAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAGTAAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAACTAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATT
* * * *
12789 ATGAGATTA-AAAAGTCATTTCAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGCGAGTATAAATG
66 ATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * *
12853 GACTTTTCTTACCAATGGATGTCTTTTTCTTCATGCTTCTCT-
130 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCT-TG
** * * * * * *
12895 AGGTAGGTATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAAACATAAAAACATTCAGCTTAAAACAAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATT
* * * * *
12960 ATGAGGTTATAAAAACATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTACGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
66 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* *
13025 ACTTTTCTTGTCAATGGATATCATTTTCTTTACGTTT-TTG
131 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * * * * *
13065 AGGCAAACATTCAATTATAATTTCTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAACTAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATT
* * ** * * * *
13130 ATGAGATT-TAAAAACTATATAAAATGAGAAATAAGGCATTCGAAGGCGTGGGTGACTACAAATG
66 ATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * *
13194 GACCTTTT-TTGTCAATGGATAGCTTTGTCTTTACGTTTTTTG
130 GA-CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * * *
13236 AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATTTAAAAAAATTCAAATTAAAA-TCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACT-AAT
* * * * *
13299 TATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGACGGTATGAGTGACTAAAAATG
65 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * **
13364 GACCTTTT-TTACCAATGAATAT-TTTTTCTTCACATTTCTCA
130 GA-CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
*
13405 AGGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTT--T-----A-ATAAAAAAATTCAAATTAAAACTAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATT
* * * *
13461 ATGAGATTATAAAA-CTAATTGAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC----GTGAGTATAAATG
66 ATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* *
13521 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTTTTTACGTTTTTTG
130 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
* * * *
13563 AGGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAA-TAAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACT-AAT
* * * * * * * *
13627 TATGAGATTAAAAAACCATTTGAAGCGAGTCATAAGTCTTTTGAAGGCATGGGTGAGTATAAATA
65 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
*
13692 GACTTTTTTTGCCAATGGATATCTTTTTCT
130 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCT
13722 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
156 5 0.01
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AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATT
ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTG
Found at i:16197 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15974--16493 Score: 586
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
15964 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
15974 AAAACCATTTCAAGCGAGTCATAAGTCTTTTGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGGCCTTTCTTG
1 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ***********
16039 CCAATGGATATGTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCNNNNNNNNNNTTATAATCTATTTTAATAAA
66 CCAATGGATATGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
* *
16104 AAAATAAATAAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAGGCTAT
131 AAAATAAA-AAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAT
* * *
16145 AAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGACGGCATAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * *
16210 CTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTGTCTGGAGGTAACCATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AA
66 CCAATGGATATGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
*
16274 AAAAT-AAAAAA---AACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
131 AAAATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAT
* * **
16310 AAAAAT-ATTTAAGGCGAGAAATAAGGCTTTCAACGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 -AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
16374 CCCAATGGATATGTTTTT-TTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAAACTATTTTAATAA
65 GCCAATGGATATGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA
*
16438 AAAATATAAAAAAATTCAAATCAAAATCAATTATGAGGTTAT
130 AAAA-ATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAT
*
16480 GAAATCATTTAAAG
1 AAAATCATTTAAAG
16494 TGAGNNNNNN
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 52, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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168 4 0.01
169 6 0.02
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGACGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAATGGATATGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
AAAATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAT
Found at i:16370 original size:165 final size:163
Alignment explanation
Indices: 16084--16461 Score: 470
Period size: 165 Copynumber: 2.3 Consensus size: 163
16074 NNNNNNNNNN
16084 TTATAATCTATTTTAATAAAAAAATAAATAAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAGGCTATAAAA
1 TTATAATCTATTTTAAT-AAAAAAT--A-AAAA---AAATTAAAATCAATTATAAGGCTATAAAA
* ** * * *
16149 TCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGACGGCATAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAA
59 TCATTTAAAGCGAGAAAGAAGGCTTTCAACGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAA
** * *
16214 TGGATATCTTTTTCTTCATGTGTCTGGAGGTAACCATTCAA
124 TGGATATCTTTTT-TTCACATGTCTCGAGGTAAACATTCAA
* * *
16255 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAAT-ATT
1 TTATAATCTATTTTAATAAAAAATAAAAAAAA-TTAAAATCAATTATAAGGCTAT-AAAATCATT
* * *
16319 TAAGGCGAGAAATAAGGCTTTCAACGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGAT
64 TAAAGCGAGAAAGAAGGCTTTCAACGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGAT
* *
16384 ATGTTTTTTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAA
129 ATCTTTTTTTCACATGTCTCGAGGTAAACATTCAA
* *
16419 TTATAAACTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATCAA
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16462 AATCAATTAT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 21, Indels: 13
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 57 0.31
165 93 0.51
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167 4 0.02
168 1 0.01
170 7 0.04
171 16 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (163 bp):
TTATAATCTATTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTAAAATCAATTATAAGGCTATAAAATCATTTA
AAGCGAGAAAGAAGGCTTTCAACGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGATAT
CTTTTTTTCACATGTCTCGAGGTAAACATTCAA
Found at i:18541 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18250--18669 Score: 563
Period size: 169 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
18240 NNNNNNNNNT
* * * *
18250 GAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAGTTGAAATCAAT
1 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT-A-AAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAAT
* *
18315 TATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATATAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
64 TATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATAGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATG
* **
18380 GACTTTTCTTACCAATGGATATCGTTTTCTTTATGTTTCTC
129 GACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACATTTCTC
* * *
18421 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTAATTTAAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATAAACTA
1 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTA
* * **
18486 TGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTA-AGGCTTTCGACTGCATAGGTGACTATAAATGG
66 TGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATA-GCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGG
* *
18550 ACTTTTCTTACCAATGGATGTCATTTTTTTTACATTTCTC
130 ACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACATTTCTC
* * * * *
18590 GAGGTAGGCATTCAATTACAAACTTTTTTAATAATAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
1 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-AA-AAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAAT
* *
18655 TATAAGGTTGTAAAA
64 TATGAGGTTATAAAA
18670 ACATCTAAGG
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 28, Indels: 6
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 148 0.68
170 3 0.01
171 66 0.30
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTA
TGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATAGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACATTTCTC
Found at i:19237 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18809--19629 Score: 548
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 171
18799 NNNNNNNAGG
* * ** *
18809 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA-AAATTATAAAAAAATTCAAATTAAGATAAACTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAACAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTAT
* * * * * * * *
18873 GAGGTTATAAAATC-ATTTAAAGC-AAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
65 GAGATTAAAAAACCTA-TTCAAGCGAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCAGTATAAATGA
* * * * *
18936 ACTTTTCATGCCAATGGATAT-TGTTTTCTCTATGTTTCTCGAGG
128 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCT-TTTTCTCCACGTTTCTTGAGC
********** * * *
18980 TAGACATTCAATTATAATNNNNNNNNNNAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTAT-
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAACAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATG
* * * * * ********** *
19044 ACGATTATAAAATCAATTCAAGCGAGTAATAAGGCTATCGAAGGNNNNNNNNNNTATAAATGGAC
66 A-GATTAAAAAACCTATTCAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCAGTATAAATGAAC
** * *
19109 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTTTTGAGGC
130 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTCCACGTTTCTTGA-GC
* * ** * *
19152 -AGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAACAAATGTAAAAACGTTCCACTTAAAACTAATTAAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAACAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATT-AT
*
19216 -TGATTAAAAAACC-ATTTCAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCAGTATAAATGAA
65 GAGATTAAAAAACCTA-TTCAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCAGTATAAATGAA
**
19279 CTTTTCTTGTTAATGGATATCTTTTTCTCCACGTTTCTTGAGC
129 CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTCCACGTTTCTTGAGC
* * *
19322 TAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAATAACAGATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAACAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATG
* * * * ** * * *
19387 AGATTATAAAATCTATTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGACGGCATATGTGACTATAAATGGACT
66 AGATTAAAAAACCTATTCAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCAGTATAAATGAACT
*********** * * * *
19452 TTTCTTANNNNNNNNNNTTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGG
131 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTCCACGTTTCTTGAGC
* * * * *
19493 TAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAATAA-AAATTATAAAAAAATTCAAATCAAAATCAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAACAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTAT
* ** * * * * * * *
19557 GAGGTTATGAAATC-ATTTGAAGTGAGTAATATA-GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
65 GAGATTAAAAAACCTA-TTCAAGCGAATAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTCAGTATAAATGA
19620 ACTTTTCTTG
128 ACTTTTCTTG
Statistics
Matches: 511, Mismatches: 125, Indels: 28
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
171 491 0.96
172 11 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAACAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATG
AGATTAAAAAACCTATTCAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCAGTATAAATGAACT
TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTCCACGTTTCTTGAGC
Found at i:19596 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 18806--19629 Score: 859
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
18796 NNNNNNNNNN
* * *
18806 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATTATAAAAAAATTCAAATTAAGATAAACT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATTATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT
*
18871 ATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
66 ATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * ***
18936 ACTTTTCATGCCAATGGATATTGTTTTCTCTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATNNN
130 ACTTTTCTTGCCAATGGATATTGTTTTCTCCACGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATTTT
******* *
19001 NNNNNNNAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATACGATTATAAAATCAATTCAAG
195 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAACCAATTATACGATTATAAAATCAATTCAAG
********** *
19066 CGAGTAATAAGGCTATCGAAGGNNNNNNNNNNTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
260 CGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTT
* * * *
19131 TTTCTTTATGTTTTTTG
325 TTTCTTCACGTTTCTCG
* * * ** * *
19148 AGGCAGATATTCAATTATAATCTATTTTAATAACAAA-TGTAAAAACGTTCCACTTAAAA-CTAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAA-AAATTATAAAAAAATTCAAATTAAAATC-AA
* * * * * *
19211 TTAATTGA--TTAAAAAACCATTTCAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTCAGTATAA
64 TT-A-TGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
* ** *
19274 ATGAACTTTTCTTGTTAATGGATATCT-TTTTCTCCACGTTTCTTGAGCTAGACATTCAATTATA
126 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAT-TGTTTTCTCCACGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATA
* * * *
19338 ATTTTTTTTAATAACAGATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGA-GATTATAAAATCTA
190 ATTTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAACCAATTAT-ACGATTATAAAATCAA
* * ********
19402 TTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGACGGCATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTANNNNNNNN
254 TTCAAGCGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGA
** *
19467 NNTTTTTTTCTTCACGTTTCTCG
319 TATCTTTTTCTTCACGTTTCTCG
* * *
19490 AGGTAGACATTCAATTATAAACTGTTTTAATAAAAATTATAAAAAAATTCAAATCAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATTATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT
* * *
19555 ATGAGGTTATGAAATCATTTGAAGTGAGTAATATAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
66 ATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA-AGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
19620 ACTTTTCTTG
130 ACTTTTCTTG
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 87, Indels: 24
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 4 0.01
342 364 0.95
343 9 0.02
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATTATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT
ATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGGATATTGTTTTCTCCACGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATTTTT
TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAACCAATTATACGATTATAAAATCAATTCAAGC
GAGTAATAAGGCTATCGAAGGCATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTT
TTCTTCACGTTTCTCG
Done.