Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397288.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_60.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 73296 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:1407 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 883--5290 Score: 3301
Period size: 171 Copynumber: 26.0 Consensus size: 170
873 TATTAATCTT
* * * * * *
883 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTAAATTTTATTTTCAATGTTGG-TAAAA
1 TTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** ** * **
947 -AAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGT
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** *** * *
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* * * * * ** **
1053 TTTAATTGTTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAACC
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* * * * *
1118 AGATTATAATTGAATGTCTA--TGC-TGAAAAATG-TG---AAGATATTCATTGACAAAAAAAGT
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* * ********** *
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** * * *
1218 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCCCTTTATGGTTAAAAT
1 TTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * *
1283 AGGTTATAATTGAATGTTTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* ** * *
1348 CATTGATAGTCACTTATGTCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
1389 TTTACATGGTTGTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAATTTTTTT--ATTTTTTGTTAAAA
1 TTTAAATGGTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * ** * * * * * * *
1452 GATAGTGCAATTAAATATCTACCTTAAGAAACGTGAA-AAAAAAATCCACTCATTGGTAAGAAAA
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT--ATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
1516 GTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAGCCCTATTACTCGC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ******** * * *
1560 TTTAAATAGTTT-TANNNNNNNNNNATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTCT-CATTTTTGGTCAAA
1 TTTAAATGGTTTATA--ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAA
* * * *
1623 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGATGAAAAAGATATTCATTGGCAGGAAAAG
63 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
1688 TCCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGT
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ********* *
1730 TTTAAATGG--T-T--T-T-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTNNNNNNNNNNT-ATTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGGTTAAAAT
* * ** * *
1787 AGATTATAATTAAATGTCTACTTCTGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCTTTGGTAAGAAAAGTC
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
** *
1852 CATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTAC
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GC
* * * *
1893 TTTAAATGATTGTATAATCTCATAATTGACTTTGAGTT-AA-----AT-C--TTTT-GTTAAAAT
1 TTTAAATGGTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * ** * *
1948 AAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * *
2012 TTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCATATTACTCAC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** * * * *
2054 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGCCTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAG
1 TTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* *
2119 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAG-TCATTCATT----------GT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * **
2173 -TATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTAC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
2214 TTTAAATAGTTTTATCATCTCATAGTTGATTTTAA-TT---TTTTTTTA-TTTTTCTAGTTAAAA
1 TTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAA
* * * *
2274 TAGATAACAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAG
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
2338 TTCATTTATACTCACCCATG-CTTCCGAAAGCGTTATTACTCGC
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
2381 TTTAAATGGTTAGATAATTTCGTAGTTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTACAAT
1 TTTAAATGGTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * ** * *
2445 AGA-TAGTAATTGAATGTCTACATTAAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGT
65 AGATTA-TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
2509 CCATTTATACTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
********* * * * *
2551 NNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
1 -TTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * ** * ** ** * *
2615 ATATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAATTT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* **
2680 CATTTATAGTCACCTATAACTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
********* * * * *
2721 TTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATT-ACCTTTAAGATGAATTATTTTTATATTTTTTGTTAAA
1 TT-TAAATGGTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *
2785 ATAGATTATAGTTGAATGTCTGCCT-AAGAAAATATGAAGACAAGGATATTCATTGG-AAGGAAA
63 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA-GAAA
* * * *
2848 AG-CTCATTTATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACGCAC
126 AGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * * *
2893 TTTAAATGATTTTATAATCGGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGATAAAAT
1 TTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * *
2958 AGATAATAATTGAATATCTACCTCCAGAAACAAT-AAGAAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAG
* ** * *
3021 TCCCTTTATACACACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACACGC
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * **
3064 TTTAAATGGTTTGATAATCTAAGAGTTGATTTTAAGTCT-AATTTTTTTACATTTTTTTATTAAA
1 TTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAA
* ** ** * ** *
3128 ATAGATT-TGAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATTCATCAGCAAGAACA
63 ATAGATTAT-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
* ** *
3192 GTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
3236 TTTAAATAGTTTTATAATC-CTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTGTACATTCTTGATAAAAA
1 TTTAAAT-GGTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * *
3300 TAGATAATAATTGAATGTCTACATC--GAAAAATGTAAAGAAAAAGAAATTCATT-GCTAAGAAA
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG--AAGAAAAAGATATTCATTGGC-AAGAAA
* * * *
3362 AGTTCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGG
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
3407 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATAGACTTTAAATTGAATGTTTTTT-C-TTTATGGTTAAAA
1 TTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * **
3470 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAA-AGTGAAGAACAAGCCATTCATTGGCAA-AAACA
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAA-A
* *
3533 GTCCATTTATAGTCACCTATG-CTGTCAAAAGTCTTATTACTCGC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *** * * *
3577 TTTAAGTGGTTTAATAATCTAAGGGTTTATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAA
* * * * *
3642 CAGATTTTAGTTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGT
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
3707 TCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCTCGC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCGC
** * * *
3750 TTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * *
3815 AGATAATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTTGG-AAGAAAAG
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCA-TTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
3878 TCTATTTACACTCACCCATGCTTTCGAAAGCGTTATTACTCGC
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* * * *
3921 TTTAAATGGTTTGATAATTTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAAT
1 TTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * *
3986 AGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGATATTCATTGCCAAGAAAAATC
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
4051 CATTTATAGCCATCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** * *
4092 TTTAAATGGTTTGATAATCCCATAGTTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTTACATTTTTTGTAAAAA
1 TTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * *
4157 TATATAATAATCGAATGTCTACCTCAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCTATTCTTTGACAAGAAGAG
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
4221 TCCCTTTATACTCACCCATACCATCGAAAGCCTTATTACTCAC
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** *
4264 TTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCATGGTTACAAT
1 TTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * *
4329 AGATAATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAATATGAAGAACAA-ATCATTCATTGGCAAGAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *** * *
4393 CCCTTTATACTCACCCATGCCTTGGTAGGCCTTATTACTTGC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
4435 TTTAAACGGTTTGATAATTTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACAGTCTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * ** * *
4500 AGATAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTAAAGAAGAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCC
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* ** * * * *
4565 CATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTGTCACTCGT
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** * * *
4606 TTTAAATGATTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAAGCTTTTTGCATTTTT-ATTTAAAT
1 TTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * ** * ** * *
4670 AGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAGGCCATTCCTTGACAAGAAAAGTC
65 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* ** * *
4734 CATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCAC
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
** * *
4775 TTTAAATGGTTTGATAATCTCATTGTTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTACATTTTTAGTTAAACA
1 TTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-A
* ** ** *
4839 -A-ATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGTAAGAAAAG-
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
4900 CCTATTCATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCGC
129 CC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * ** *
4942 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTT-AGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAN
1 TTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
********* * * *
5006 NNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
64 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * ** * * * *
5071 CTATTTAGAGTCACTTATGCCTTGAAAACCCTTTTTACTCAC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
5113 TTTAAGTGATTTTATAATTTCATAATTGACTTTAAGTT-ACATTTTTTTTTCATTTTTGATGAAA
1 TTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * ** ** *
5177 ACAAATTATAATTCAATGTCTACCTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-TAAA
63 ATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
5240 GTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
5284 TTTAAAT
1 TTTAAAT
5291 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3417, Mismatches: 679, Indels: 283
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
155 4 0.00
156 65 0.02
159 1 0.00
160 72 0.02
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173 66 0.02
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:1981 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1780--2079 Score: 446
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
1770 NNNNNNNNTA
* * * *
1780 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACTTCTGGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCTTTGGTAA
1 TTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTACCTCTGGAAACATGAA-AAAAAAACTATTCATTGGTAA
* *
1844 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAAT-GATTGTA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTC-ACTTTAAATAG-TTGTA
1907 TAATCTCATAATTGACTTTGAGTTAAATCTTTTG
128 TAATCTCATAATTGACTTTGAGTTAAATCTTTTG
1941 TTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAAAAAAAACTATTCATTGGTAA
1 TTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTACCTCTG-GAAACATGAAAAAAAAACTATTCATTGGTAA
** * *
2005 GAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTGTATA
2070 ATCTCATAAT
130 ATCTCATAAT
2080 CGCCTTTAAG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 10, Indels: 8
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 8 0.06
161 115 0.92
162 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
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AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTGTATAA
TCTCATAATTGACTTTGAGTTAAATCTTTTG
Found at i:2315 original size:156 final size:159
Alignment explanation
Indices: 2012--2327 Score: 442
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
2002 TAAGAAAAGT
* *
2012 TTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
1 TTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * *
2077 AATCGCCTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAGAGATAATAATTGAATGTCTACCT
66 AATCGCATTTAAGAT-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAGAGATAACAATTGAATGCCTACCT
*
2142 CAAGAAACATGATGAAAAAGTCATTCATTG
130 CAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
* * * *
2172 TTATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATCATCTCAT
1 TTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
2237 AGTTG-ATTTTA-AT-TTTTTTTTAT-TTTTCTAGTTAAAATAGATAACAATTGAATGCCTACCT
66 AATCGCATTTAAGATAATTTTTTTATATTTT-TAGTTAAAAGAGATAACAATTGAATGCCTACCT
*
2298 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG
130 CAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
2328 GCAAGAAAAG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 16, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
155 4 0.03
156 67 0.48
158 2 0.01
159 4 0.03
160 62 0.45
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (159 bp):
TTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
AATCGCATTTAAGATAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAGAGATAACAATTGAATGCCTACCTC
AAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
Found at i:3225 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 883--5290 Score: 3027
Period size: 343 Copynumber: 13.0 Consensus size: 341
873 TATTAATCTT
* * * * * * * * *
883 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTAAATTTTATTTTCA-ATGTTGGTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTTGATAAAA
* * ** * * **
947 -AAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAGT
65 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *** * * * *
1011 CCATTTATACACAAGTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-CTGTTTTAATTGTTTTTATAATCTCA
130 CCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTGATAATCTCA
** * * ** *
1075 TAAATGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAACCAGATTATAATTGAATGTCTATG
194 TAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATT-TAATTGAATGTCTA-C
* * * * * * * *
1140 CTGAA-AAATGTGAAG----A--TATTCA-TTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACN
257 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCC
********* *
1197 NNNNNNNNNCTTATTATTCGC
321 TTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** * * * * *
1218 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCCCTTTATGGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAAT
* * * * * * *
1283 AGGTTATAATTGAATGTTTATCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTTATTGGCAAGAAAAGT
66 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** * * *
1347 TCATTGATAGTCACTTATGTCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGG-TTGTATAATCTCA
130 CCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTG-ATAATCTCA
* * * ** * *
1411 TAATTGACTTTAAGTTGAAATTTTTTT--ATTTTTTGTTAAAAGATAG-TGCAATTAAATATCTA
194 TAGTTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTATT-AAA-ATAGATTTAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
1473 CCTTAAGAAACGTGAAAAAAAAATCCACTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGT
256 CCTTAAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGC
* *
1538 CTTCAAAAGCCCTATTACTCGC
320 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
********* * * *
1560 TTTAAAT-AGTTTTANNNNNNNNNNA-TTGACTTTAAGTTAAATTTTTTCT-CA-TTTTTGGTCA
1 TTTAAATGA-TTTTA-TAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTGAT-A
* * * * * *
1621 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGATGAAAAAGA-TATTCATTGGCAGGAA
62 AAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
1685 AAGTCCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGTTTTAAATGGTTT--T-A--
126 AAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATC
* ********** *
1744 T-A-A-TTGATTTTAAGTTAAATTTTTNNNNNNNNNNTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCT
191 TCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATT-TAATTGAATGTCT
** * ** * * **
1806 A-CTTCTGGAAACATGAAGAAAAAGATATTC-TTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAT
255 ACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTT-GCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCAT
* *
1869 GCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTAC
318 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GC
* * * * * *
1893 TTTAAATGATTGTATAATCTCATAATTGACTTTGAGTT--A-------A-ATCTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAAT
* * * ** * * * *
1948 AAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTT
66 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * * *
2013 TATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
131 CATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATA
* * ** * * * *
2078 ATCGCCTTTAAGATGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAAGAGATAATAATTGAATGTCTACCT
196 GTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGAT-TTAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * * *
2142 CAAGAAACATGATGAAAAAGTCATTCA-TT---------GT-TATTTATAGTCACCTATACCTTC
259 TAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTC
**
2196 GAAAGCCTTATTACTTAC
324 GAAAGCCTTATTACTCGC
* *
2214 TTTAAAT-AGTTTTATCATCTCATAGTTGATTTTAA-TT---TTTTTTT--ATTTTTCTAGTTAA
1 TTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-T-GATAA
* * * **
2272 AATAGATAACAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA
63 AATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
2337 GTTCATTTATACTCACCCATG-CTTCCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTAGATAATTT
128 GTCCATTTATACTCACCCATGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCT
* ** * *
2401 CGTAGTTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTACAATAGATAGTAATTGAATGTCTA
192 CATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT-TTAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
2465 CATTAAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATACC
256 CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCC
*
2530 TTCAAAAGCCTTATTACTCGC
321 TTCGAAAGCCTTATTACTCGC
********** *
2551 NNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGATTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAA
* * * * ** * * ** *
2614 CATATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAATT
65 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** * *********
2679 TCATTTATAGTCACCTATAACTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNT-ATAATCTCA
130 CCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTGATAATCTCA
* * * * * * *
2743 TAATT-ACCTTTAAGATGAATTATTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTCTG
194 TAGTTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATT-TAATTGAATGTCTA
** * * ** * * *
2807 CC-TAAGAAAATATGAAGACAAGGATATTCA-TTGGAAGGAAAAG-CTCATTTATAATCACCTAT
256 CCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAA-GAAAAGTC-CATTTATACTCACCCAT
* * *
2869 GCCTTCAAAAGCCTTATTACGCAC
318 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
** * *
2893 TTTAAATGATTTTATAATCGGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGATAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAAT
* *
2958 AGATAATAATTGAATATCTACCTCCAGAAACAAT-AAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGT
66 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
3022 CCCTTTATACACACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTGATAATCTAAG
130 CCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCAT
*
3087 AGTTGATTTTAAGTCT-AATTTTTTTACATTTTTTTATTAAAATAGATTTGAATTGAATGTTTAC
195 AGTTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAATAGATTT-AATTGAATGTCTAC
* * *** ** * * *
3151 CTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAATATTCATCAGCAAGAACAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTT
257 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCT
* *
3216 TTGAAAGCCTTATTACTCAC
322 TCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
3236 TTTAAAT-AGTTTTATAATC-CTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTGTACA-TTCTTGATAAA
1 TTTAAATGA-TTTTATAATCTC-ATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGAT-AA
* * *
3298 AATAGATAATAATTGAATGTCTACATC--GAAAAATGTAAAGAAAAAGA-AATTCATT-GCTAAG
63 AATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG--AAGAAAAA-ACCATTCATTGGC-AAG
* * * * * * * *
3359 AAAAGTTCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAA
124 AAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAA
* * * * * ** * *
3424 TCTCATAATAGACTTTAAATTGAATGTTTTTT-C-TTTATGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
189 TCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATT-TAATTGAATG
* * * * *
3487 TCTACCTTAAGAAAAGTGAAGAACAAGCCATTCATTGGCAA-AAACAGTCCATTTATAGTCACCT
252 TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAA-AGTCCATTTATACTCACCC
* *
3551 ATG-CTGTCAAAAGTCTTATTACTCGC
316 ATGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * ** * * *
3577 TTTAAGTGGTTTAATAATCTAAGGGTTTATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GATAAAA
* ** * * * *
3642 CAGATTTTAGTTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTTATTGGCAAGAAAAG
65 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** *
3706 TTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTC
129 TCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTC
* * * * *
3771 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTA
193 ATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGAT-TTAATTGAATGTCTA
** * * * * *
3835 CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTACACTCACCCATGCT
256 CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCC
*
3900 TTCGAAAGCGTTATTACTCGC
321 TTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
3921 TTTAAATGGTTTGATAATTTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAAT
* * ** * *
3986 AGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAA-AAAAAAGATATTCATTGCCAAGAAAAAT
66 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
4050 CCATTTATAGC-CATCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCCCA
130 CCATTTATA-CTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCA
** * * * * *
4114 TAGTTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTTACATTTTTTGTAAAAATATATAATAATCGAATGTCTAC
194 TAGTTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT-TTAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
4179 CTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGCTATTC-TTTGACAAGAAGAGTCCCTTTATACTCACCCATACC
257 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCC
* *
4243 ATCGAAAGCCTTATTACTCAC
321 TTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * ** * * *
4264 TTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCATGGTTACAAT
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAAT
* * * *
4329 AGATAATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAATATGAAGAACAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
66 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *
4394 CCTTTATACTCACCCATGCCTTGGTAGGCCTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTGATAATTTCATA
131 CATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATA
* * * ** * * *
4459 GTTGATTTTAAGTTGAATTTTTATACAGTCTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAACTC
196 GTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT-TTAATTGAATGTCTACCTT
* * * *
4524 AAGAAACGTAAAGAAGAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCATGCCTTT
260 AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTC
* * * *
4588 GAAAGCTTTGTCACTCGT
324 GAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * *
4606 TTTAAATGATTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAAGCTTTTTGCA-TTTTT-ATTTAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGA-TAAAA
* ** ** * *
4669 TAGATAATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAGGCCATTCCTTGACAAGAAAAGT
65 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
4733 CCATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCAT
130 CCATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCAT
* * *
4798 TGTTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTACA-TTTTTAGTTAAACA-A-ATTATAATTAAATGTCTAC
195 AGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAA-ATAGATT-TAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * *
4859 CTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCTATTCATAGTCACTCAAGCC
257 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCC-ATTTATACTCACCCATGCC
*
4922 TTCAAAAGCCTTA-TACTCGC
321 TTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * *
4942 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTT-AGATTTTTTTATATTTTTT-ATTAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGA-TAAA
********** * * * *
5005 NNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAA
64 ATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * ** * * * * * * *
5069 GTCTATTTAGAGTCACTTATGCCTT-GAAAACCCTTTTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTT
128 GTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCT
* * * * * * * *
5133 CATAATTGACTTTAAGTT-ACATTTTTTTTTCATTTTTGATGAAAACAAATTATAATTCAATGTC
192 CATAGTTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATT-TAATTGAATGTC
* * * * *
5197 TACCTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-TAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
254 TACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCAT
*
5260 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
318 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
5284 TTTAAAT
1 TTTAAAT
5291 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3221, Mismatches: 696, Indels: 305
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 3 0.00
321 63 0.02
322 3 0.00
323 69 0.02
324 40 0.01
325 5 0.00
326 63 0.02
327 124 0.04
329 1 0.00
330 1 0.00
331 4 0.00
332 76 0.02
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339 17 0.01
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344 175 0.05
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAAT
AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATA
GTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTTAATTGAATGTCTACCTTA
AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCGA
AAGCCTTATTACTCGC
Found at i:6034 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 5893--6198 Score: 163
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 160
5883 NNNNNNNNNN
* * *
5893 TTTTTACAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATC-TCGAAAAATATCAAGAAAAA
1 TTTTTACAGTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-GAAAAACATCAAG-AAAA
* * ** *
5957 GG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTATTTTC-AAAGCCTTATTACTCA
63 GGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGCCTCATTACTCA
* * * *
6020 TTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGACTTTAAGTTCAAAT
127 CTGTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGA---T---TT----T
* * * * ** * *
6064 TTATTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTCTAGC-TCGGGAAACGTGAAGAAAA
1 TT-TTTACAGTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-GAAAAACATCAAGAAAA
* * * * * * *
6128 AGACATTTATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTATTCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCA
63 GGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGCCTCATTACTCA
*
6192 CTTTAAA
127 CTGTAAA
6199 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 22, Indels: 7
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 7 0.06
172 102 0.94
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
TTTTTACAGTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAAAAACATCAAGAAAAGGA
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTGT
AAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
Found at i:6159 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5732--6354 Score: 554
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
5722 NNNNNNNNNT
* *
5732 TTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACATGAAGAAAAGGATATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAT
* * * *
5795 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTGTAAAAGGT
65 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGT
* * **********
5860 TTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACAG
129 TTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAAATTTTTTACAG
* * * * * *
5902 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAAAAATATCAAGAAAAAGGCATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT
* * * ** * *
5967 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTATTTTCAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTT
66 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTT
* *
6032 TTATAATCTTAAAATTGACTTTAAGTTCAAATTTATTTACAT
130 TTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAAATTT-TTTACAG
* * * * * *
6074 TTTTGGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTCTAGCTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTTATT
1 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT
* * * * *****
6139 GGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTATTCCCTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNN
66 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTT
***** * ** * *
6204 NNNNNATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTCTATACAT
130 TTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAAATT-T-TTTACAG
* * * * * *
6246 TTTTTGTTAAACCAGAATATAATTGAATATTTACCTCGAG-AACATGAAGAAAAA-ATCTTTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCAT
6309 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
65 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCCTT
6355 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 86, Indels: 13
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.03
171 186 0.52
172 163 0.45
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT
GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTT
TATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTCAAATTTTTTACAG
Found at i:9247 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 9071--9737 Score: 330
Period size: 170 Copynumber: 4.0 Consensus size: 160
9061 NNNNNNNNNN
*
9071 TCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACATTT-TGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTGTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
*
9135 GCCT-TATGAAACATAAAAGAAA-AGCCATTCATTGATAAGAAGAGTCCATTTATACTCACCCAT
66 GCCTCTA-GAAACAT-AAAGAAACAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCAT
*
9198 TCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATC
129 TC-CTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA----------ATC
* * * * * * * *
9241 TCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTACATTTGTGGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTGTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
9306 GCCTCTAGAAACATGAAGAAACAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCTATTC
66 GCCTCTAGAAACATAAAGAAACAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTC
* * * * *
9371 CTTCAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTT
131 CTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA--ATC
* * ***** * * * * *
9403 TTATAATCTTATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATGATT
1 TCATAAT-TGAT--T-----TTAAGTTGAATATTTTTACATTTGTGGCTAAAACAGACTATAATT
* * * ** *
9468 GAATGTCTACCT-TGGGAAACTTGCAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAA
58 GAATGTCTGCCTCT-AGAAACATAAAGAAACAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTAT-A
* * **
9531 C-CACTCATACCTCCGAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATC
120 CTCACCCATTCCT-TAAAAGCCTTATTACTCAC-TTT-A-------A-AATC
* * * * * *
9582 TCATAATTAATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTAT-TTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATT-TGTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* ** * * * * * *
9645 TGCCT-TGAGAAACAT-GA-AAACAAGGTATTAATCGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCC
65 TGCCTCT-AGAAACATAAAGAAAC-AGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCA
* *
9707 TCCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAA
128 TTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
9738 TAATTTTATA
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 85, Indels: 71
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 1 0.00
162 7 0.02
163 3 0.01
165 1 0.00
167 1 0.00
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180 1 0.00
181 1 0.00
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GCCTCTAGAAACATAAAGAAACAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATTC
CTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAATC
Found at i:9501 original size:341 final size:329
Alignment explanation
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9085 AAGTTTAATA
* *
9095 TTTTTACATTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTATGAAACATAAAAGAAAAGC
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* * * **
9160 CATTCATTGA-TAAGAAGAGTCCATTTAT-ACTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACT
66 CATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAAC-CACCCATACCTCCAAAAGCCTTATTACTCACT
********** * * * *
9223 TTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTACATT-TGTGGTTCAAAT
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGA-ATTTTTTACATTAT-TGGTTAAAAC
* * * *
9287 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCT-AGAAACATGAAGAA-ACA-GTCATTCATTG-GTAAGAAA
192 AGATTATAATTAAATGTCTGCCT-TGAGAAACATGAA-AACA-AGGT-ATTAATCGAG-AAGAAA
* * * * * * * **
9348 AGTTCATTTATAGTTACCTATTCCTTC-AAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCT
252 AGTCCATTTATAGTAACCCATCCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCT
*
9412 TATAATNNNNNNNNNNTTGAATT
317 CATAAT----------TTGAATT
* * * * ***
9435 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATGATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC-TTGCAGAAAAA
1 TTTTTACA-TTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAAG-AAAA
* *
9499 GCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAACCACTCATACCTCCGAAAGCCTTATTACTCACT
64 GCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATACCTCCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
9564 TTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTATTTGTTAAAACAG
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTATTGGTTAAAACAG
9629 ATTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAAACAAGGTATTAATCGAGAAGAAAAGTCCAT
194 ATTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAAACAAGGTATTAATCGAGAAGAAAAGTCCAT
*
9694 TTATAGTAACCCCTCCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
259 TTATAGTAACCCATCCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
9759 GATTTTAGGT
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TTTTTACATTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAAGAAAAGC
CATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATACCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGAT
TATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAAACAAGGTATTAATCGAGAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTAACCCATCCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTTG
AATT
Found at i:10094 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 169
8866 NNNNNNNNNN
* * * *
8876 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-TTGTAATTTTGA
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTAAT-T--TTTTGA
* * * * * * * *
8940 TTAAAATATATTATAATTGATTATTTACCTTGA-AAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTG-GTAT
63 -TAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTA-
* ** * * *
9003 GAAAAGTTCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
126 GAAAAGTTAATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
* * ********** * * * *
9047 CTCACTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACA-TTTTGGCT
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAAT-TTTTTA-ATTTTTTGAT
* * * * * * * *
9111 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT-ATGAAACAT-AAAAGAAAAGCCATTCATTGA-TAA
64 AAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGA-GAAACGTGAAGA-AAAAGTCATTCATTGACT-A
* ** * * * * * *
9173 GAAGAGTCCATTTATACTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTA
126 GAAAAGTTAATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
* ********** * * * * *
9217 CTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTACATTTGTGGTT
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGA-ATTTTTTA-ATTTTTTGAT
* * * * * * * *
9282 CAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCT-AGAAACATGAAGAAACAGTCATTCATTG-GTAAG
64 AAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACT-AG
* * *
9345 AAAAGTTCATTTATAGTTAC-CTATTCCTTC-AAAGTCTTATTA
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* * * ********** * *
9387 CTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTA-ATTTTTTGAT
* * * * * * * *
9452 AAAACAGATTATGATTGAATGTCTACCTTGGGAAACTTGCAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAA
64 AAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAA
** ** * * * * *
9517 AAGTCCATTTATAACCACTCATACCTCCGAAAGCCTTATTA
129 AAGTTAATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
* * * * * *
9558 CTCACTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTATTTGTTA
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTA-ATTTTTTGATA
* * * * * * * * * **
9623 AAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAA-AACAAGGT-ATTAATCGAGAAGAA
65 AAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA-AAAGTCATTCATTGACTAGAA
** * * * * * *
9686 AAGTCCATTTATAGTAACCCCTCCCTTCAAAAGCCGTATTA
129 AAGTTAATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
* ** * *
9727 CTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GGTAAAGTTTTTTTACATTTTTT-A
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA--TTTTTTA-ATTTTTTGA
* * ** * *
9790 TTAGAACAGATTACAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAG
63 -TAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAG
** ** * ** ** *
9855 GGAAGTCCATTTATAGTTAC-CTATGGGTTTGAAAGCCTTATTA
127 AAAAGTTAATTTATAGTCACGC-ATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
* ********** *
9898 CTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATATTTTTAATGTTTTTGCT
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAAT-TTTTTAAT-TTTTTGAT
* * * * *
9963 AAAATAGATTTTGATTGAATATCTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAA
64 AAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAA
* * **********
10028 AAGTTCATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAANNNNNNNNNN
129 AAGTTAATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
* * * * *
10069 CTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATGTTATGTTGAATTTTCTTATATTTTTTTAA
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTT-TTA-ATTTTTTGAT
* * * * *
10134 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCAATAACTAGAA
64 AAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAA
* *
10199 AAGTGAATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
129 AAGTTAATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
* * * *
10240 CTCAATTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACTTTTTTGAT
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGA--ATTTTTTAATTTTTTGA-
* * * * *
10305 TAGAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAAC
63 TAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACT-AG
* * ** ** *
10369 AAAAGTTTATTTATAGTCATC-TATTTCTTCAAAAACCTCATTA
127 AAAAGTTAATTTATAGTCA-CGCATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
** * * * *
10412 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTTAT
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA--TTTTTTAATTTTTTGA-
* * * * * * * * * *
10477 TAAAACACACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGCAGAAAAAGACATTAATTG-GTA-A
63 TAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGA
** * * * * *
10540 GAAAGTCCATTTATCGTCACCCATTCCTTCAAAACTCTGATTA
128 -AAAGTTAATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
* * * * ** * *
10583 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCTTTTTCAGTT
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATT-TTTTAATTTTT-TGAT
** ** * * * *
10648 ACAACA-AG-TTGGAACAGAA-AGTCTGCCTTTG-GAAACATGAAGAAAAAG-CTATTTATT-AA
64 A-AA-ATAGATTTTAATTGAATA-TCTACC-TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGAC
** * ** *
10707 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAG-CTTTATTA
124 T-AGAAAAGTTAATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGTC-TTATTA
* *
10754 ATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
10791 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTAATTTTTTGATAA
AATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAAAA
GTTAATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
Found at i:10167 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 8876--10790 Score: 1114
Period size: 342 Copynumber: 5.6 Consensus size: 342
8866 NNNNNNNNNN
* * * * *
8876 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTGTAA--TTTTG
1 CTCAATTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATATATTTT-TAATTTTTTG
* * * * * ** * * * *
8939 ATTAAAATATATTATAATTGATTATTTACCTTGA-AAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAT
64 ACTAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGCTAA
* * ** * * * * *******
9003 GAAAAGTTCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGNNNNNNN
129 CAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
*** * * *** *
9068 NNNTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACA--TTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAAT
194 ATCTCATAATTGATTTT-AGTTAAAT-TTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
9131 GTCTGCCTT-ATGAAACAT-AAAAGAAAAGCCATTCATT-GATAAGAAGAGTCCATTTATACTCA
257 GTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGA-AAAAGACATTCATTGGCTAGGAA-AGTCCATTTATAGTCA
* * * *
9193 CCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTA
319 CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* *********** * *
9217 CTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGT-T-TTTTTACA-TTTGTG
1 CTCAATTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TATATTTTTA-ATTTTTTG
** * * * * * * * * *
9279 GTTCAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCT-AGAAACATGAAGAAACAGTCATTCATTGGTA
64 ACTAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCT-TGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGCTA
* * ** * *
9343 AGAAAAGTTCATTTATAGTTA-CCTATTCCTTC-AAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTA
128 ACAAAAGTTCATTTATAGTCATCC-ATTCCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ********* * * ** *
9406 TAATCTTATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATGATTGA
192 TAATCTCATAAT-TGATTTTAGTTAAATTTTTTATA-TTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * **
9470 ATGTCTACCTTGGGAAACTTGCAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAACCAC
255 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAGGAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
9535 TCATACCTCCGAAAGCCTTATTA
320 TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
9558 CTCACTTTTAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGA-AT-TTTTTACATTATTTG
1 CTCA-ATTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATATTTTTA-ATTTTTTG
* * * * * * * * ** * * **
9620 -TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAA-AACAAGGTATTAATCGAGAA
64 ACTAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGCTAA
* * * * * * * **
9683 GAAAAGTCCATTTATAGTAACCCCTCCCTTCAAAAGCCGT-ATTACTCACTTTAAATAATTTTAT
129 CAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAACC-TCATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
9747 AATCTCATAATTGATTTTAGGTAAAGTTTTTT-TACATTTTTTATTAGAACAGATTACAATTGAA
193 AATCTCATAATTGATTTTAGTTAAA-TTTTTTATA-TTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
9811 TATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAGGGAAGTCCATTTATAGTTAC-
256 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAGGAAAGTCCATTTATAGTCACT
** **
9875 CTATGGGTTTGAAAGCCTTATTA
321 C-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ********** *
9898 CTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGA-ATATTTTTAATGTTTTTG-
1 CTCAATTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATATTTTTAAT-TTTTTGA
* * * *
9961 CTAAAATAGATTTTGATTGAATATCTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACT-A
65 CTAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-CTAA
* ********** *
10025 GAAAAGTTCATTTATAGTCA-CGCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATGGTTTTTT
129 CAAAAGTTCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
10089 AATCTCATAATTGATGTTATGTTGAATTTTCTTATATTTTTTTA-AAAAATAGATTATAATTGAA
193 AATCTCATAATTGATTTTA-GTTAAATTTT-TTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * ** * **
10153 TGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCAATAACTAGAAAAGTGAATTTATAGTCACT
256 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAGGAAAGTCCATTTATAGTCACT
*
10218 CATGCCTTCAAAAGTCTTATTA
321 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
10240 CTCAATTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACTTTTTTGAT
1 CTCAATTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATATTTTTAATTTTTTGAC
* * * * *
10305 TAGAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAACA
66 TAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGCTAACA
* * * *
10370 AAAGTTTATTTATAGTCATCTATTTCTTCAAAAACCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
131 AAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
10435 CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACACACTATAATTGAATGT
196 CTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTTTTTATA-TTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
10500 CTACCTTGAAAAACGTGCAGAAAAAGACATTAATTGG-TAAGAAAGTCCATTTATCGTCACCCAT
259 CTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* *
10564 TCCTTCAAAA-CTCTGATTA
324 GCCTTCAAAAGC-CTTATTA
* * * * **
10583 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-AT-TGTTTTCCTTTTTCAG
1 CTCAATTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATAT-TTTTAATTTTT---
* * ** ** * * * * *
10646 TTAC-AACA-AG-TTGGAACAGAA-AGTCTGCCTTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTA
62 TGACTAAAATAGATTTTAATTGAATA-TCTACC-TTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * * * *
10706 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGGTTT
125 CTAACAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTTT
10771 TATAATCTCATAATTGATTT
190 TATAATCTCATAATTGATTT
10791 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1222, Mismatches: 305, Indels: 93
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 53 0.04
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341 249 0.20
342 338 0.28
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344 54 0.04
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
CTCAATTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATATTTTTAATTTTTTGAC
TAAAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGCTAACA
AAAGTTCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAACCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAGTTAAATTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGC
CTTCAAAAGCCTTATTA
Found at i:10691 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 8876--10790 Score: 1516
Period size: 511 Copynumber: 3.7 Consensus size: 507
8866 NNNNNNNNNN
* ** **
8876 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTGTAATTTTGAT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTG-T
* * * * * * * ** * * * *
8941 TAAAATATATTATAATTGATTATTTACCTT-GAAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTG-GTATG
65 TAAAACAGATTATGATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGCAGAAAAAGACATTCATTGACTA-G
* ** ** * * * ********
9004 AAAAGTTCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGNNNNNNNN
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAACCTGATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
** * * * * *
9069 NNTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTGGCTAAAAC-AGACTATAATTGAATGT
193 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-CATTTTTGTTAAAACAAGATTATAATAGAATGT
* * * * * *
9133 CTGCC-TT-ATGAAACAT-AAAAGAAAAGCCATTCATTGATAAGAAGAGTCCATTTATACTCACC
256 CTGCCTTTGA-GAAACATGAAGA-AAAAGTCATT-AATAAT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * ********** *
9195 CATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAGGTT
317 CATCCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * *
9260 GAGTTTTTTTACATTTGTGGTTCA-AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAACATGAAG
381 GAGTTTTTTTACTTTTTTGATT-AGAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTTAGAAACGTGAAG
* * *
9324 AAACAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAGTCTTATTA
445 AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAGCCTTATTA
* * ********** * *
9387 CTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTT
* *
9452 AAAACAGATTATGATTGAATGTCTACCTTGGGAAACTTGCAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAA
66 AAAACAGATTATGATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGCAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAA
** * * * * * *
9517 AAGTCCATTTATAACCACTCATACCTCCGAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATC
131 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAACCTGATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* *
9582 TCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTATTTGTTAAAAC-AGATTATAATTA-AATGTC
195 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-CATT-TTTGTTAAAACAAGATTATAA-TAGAATGTC
* *
9645 TGCC-TTGAGAAACATGAA-AACAAGGT-ATTAATCGAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTAACCC
257 TGCCTTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGTCATTAAT--A-ATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * ** * **
9706 CTCCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAA
318 ATCCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
9771 AGTTTTTTTACATTTTTT-ATTAGAACAGATTACAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
382 AGTTTTTTTAC-TTTTTTGATTAGAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTTAGAAACGTGAAGA
** * *** *
9835 AAAAGCCATTCATTGGCT-AGGGAAGTCCATTTATAGTTACCTATGGGTTTGAAAGCCTTATTA
446 AAAAGCCATTCATTGG-TAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCTAT-TCCTTCAAAGCCTTATTA
********** * * * * *
9898 CTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATATTTTTAATGTTTTTGCT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTT
* * * * ** *
9963 AAAATAGATTTTGATTGAATATCTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGAA
66 AAAACAGATTATGATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGCAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAA
* * ********* *
10028 AAGTTCATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATGGTTTTTTAATC
131 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-ACCTGATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
10093 TCATAATTGATGTTATGTTGAATTTTCTT-ATATTTTTTTAAAAAATAGATTATAATTGAATGTC
195 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTCAT-TTTTGTTAAAACA-AGATTATAATAGAATGTC
* * ** *
10157 T-ACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCAATAACTAGAAAAGTGAATTTATAGTCACTCAT
257 TGCCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATT-AATAA-TAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * *
10221 GCCTTCAAAAGTCTTATTACTCAATTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
320 CCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-
* *
10286 TTTTTTTTACTTTTTTGATTAGAATAGATTTTAATTGAATATCTACCTTTAGAAACGTGAAGAAA
383 GTTTTTTTACTTTTTTGATTAGAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTTAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * * *
10351 AAGCCATTCATTGGTAACAAAAGTTTATTTATAGTCATCTATTTCTTCAAAAACCTCATTA
448 AAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCTATTCCTTC-AAAGCCTTATTA
* * *
10412 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTTAT
1 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACTTTTTTTGT
* * * ** * * *
10477 TAAAACACACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGCAGAAAAAGACATTAATTG-GTA-A
65 TAAAACAGATTATGATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGCAGAAAAAGACATTCATTGACTAGA
* *
10540 GAAAGTCCATTTATCGTCACCCATTCCTTCAAAACTCTGATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
130 -AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAC-CTGATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * *
10605 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCCTTTTTCAGTTACAACAAG-TTGGAACAGAAAG
193 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCATTTTT--GTTAAAACAAGATTATAATAGAATG
*
10669 TCTGCCTTTG-GAAACATGAAGAAAAAG-CTATTTATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
255 TCTGCCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTC-A-TTAATAAT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * *
10732 CATTTCTTTAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
317 CATCCCTTCAAAAGC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
10791 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
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516 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTT
AAAACAGATTATGATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGCAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCTGATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATTTTTGTTAAAACAAGATTATAATAGAATGTCTGCC
TTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTAATAATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTC
AAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTT
ACTTTTTTGATTAGAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
CATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAGCCTTATTA
Found at i:11254 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10909--11331 Score: 479
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 168
10899 NNNNNNNNNN
* * **
10909 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGATTAAAACGG
1 TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT-TTGATTAAAACAA
* * *
10974 ATTAGAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGATGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA
63 ATTAGAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTA
* *** * *
11039 TTTATTGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTT
128 TTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
11080 TAAATGTTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTCGGTTAAGACAA
1 TAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTT-GATTAAAACAA
* *
11145 ATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAG-CTC
63 ATTAGAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCT-
* * * *
11209 ATTTATAGTCACCTAAGACTTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTT
127 ATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
11251 TAAATGGTTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTATTTAGAATATA
1 TAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTTTGA-TTAAAACAAA
*
11316 TTATAATTGAATGTTT
64 TTAGAATTGAATGTTT
11332 GCCTTAGGAA
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 34, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 65 0.31
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ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
TAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTGATTAAAACAAATT
AGAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTT
ATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
Found at i:11928 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11530--12605 Score: 532
Period size: 172 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
11520 CATCCATTCT
* * * *
11530 TTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTCTAAGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
*
11595 TTTTACATTTGTGATTAAAATATATTATAATTGAACATCTGTCTTGCGAAACATGAAGAAAAAGC
66 TTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAACATCTGTCTTGCGAAACATGAAGAAAAAGC
* **
11660 CATCCATTGACTTGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCC
131 CATCCATTAACACGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * * **********
11701 TTCAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TT
* * * *
11766 TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCT-TCTTTGGGAATCGTGAA-ACAAA
65 TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAACATCTGTC-TTGCGAAACATGAAGA-AAA
* * *
11829 AGCCATTCATTAACACGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCC
128 AGCCATCCATTAACACGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCC
** * * * **
11873 TTTGAAAGCCTTCTTACTCG-TCTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * ** ** *** ** * * *
11937 TTTTTACA-TTTTCAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAATAGAGA
65 TTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAACATCTGTCTTGCGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
12001 GACATTCAATAA-A--AAAAATCTATTTATAGTCAC-CAATTCC
129 GCCATCCATTAACACGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAA-GCC
* ********** * *
12041 TTCAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * *
12106 TTTTACATTTTTTATT---GTA-A-TGTAATTGAATATTTGTCTCTG-AAAACGTGAAGAAAAAG
66 TTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAACATCTGTCT-TGCGAAACATGAAGAAAAAG
* * ** * * **
12165 CTATGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
130 CCATCCATTAACACGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCC
*********** * *
12207 TTCAAAAGCNNNNNNNNNNACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * ** * * ** *
12272 TTTAACATTTTT-AGTTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAGAAG
66 TTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAACATCTGTCTTGCGAAACATGAAGAAAAAG
* * * ** * * **
12336 ACATTCATTGACAAAAAAAAGTCTATTTGTAGTCACTCATTCC
130 CCATCCATTAACACGAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * **********
12379 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * ** ** ** ** * *
12444 TTTTATATTTTTTATTAAAATGA-ACTATAATTGAATGTCTACCTT-ATAAATGTAAAGAAAAAA
66 TTTTACATTTTTGATTAAAAT-ATATTATAATTGAACATCTGTCTTGCGAAACATGAAGAAAAAG
** ** * * * * *
12507 TAATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTG-C
130 CCATCCATTAACACGAAAAATCCATTTATAGTCACTCA-AGCC
* * * * *
12549 TTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
12606 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 208, Indels: 53
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 30 0.04
164 2 0.00
165 2 0.00
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
TTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAACATCTGTCTTGCGAAACATGAAGAAAAAGC
CATCCATTAACACGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCC
Found at i:13652 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13400--13772 Score: 384
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
13390 NNATAATCTA
* * * * * * * * * *
13400 ATAATTGATTTTAAATTAAATATTGTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTCTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * *
13465 CTTAAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTTATTTGCA-A-GAAAAGT-CGATTTATAGCCA-CTCAT
66 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TCG-ATACGAAAAGTAC-ATTTATAGCCATC-CAT
* * *
13525 TCTTTC-AAAAGCCTTATTA-TTCATTTTAAAAATTTTTATAATATC
127 TCATTCAAAAAG-CTTATTACTT-ACTTTAAAAAGTTTTATAATATC
*
13570 ATAATTGATTTTAGGTTGTA-TTTTTTTACATTCTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
1 ATAATTGATTTTAAGTTG-AGTTTTTTTACATTCTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * ** *
13634 TCTCGAGAGATGTGAAGAAAAAGACATTCATCGATACGAAAAGTACATTTATGGCCATCCATTCA
65 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATCGATACGAAAAGTACATTTATAGCCATCCATTCA
* *
13699 TTCAAAAAGCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
130 TTCAAAAAGCTTATTACTTACTTTAAAAAGTTTTATAATATC
*
13741 GTAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATT
13773 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 27, Indels: 17
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 72 0.43
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172 9 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTCTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATCGATACGAAAAGTACATTTATAGCCATCCATTCAT
TCAAAAAGCTTATTACTTACTTTAAAAAGTTTTATAATATC
Found at i:14470 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 14448--14489 Score: 66
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
14438 TTAATAATTT
14448 AATAACATTTTATTCATAA
1 AATAACATTTTATTCATAA
**
14467 AATATTATTTTATTCATAA
1 AATAACATTTTATTCATAA
14486 AATA
1 AATA
14490 TTCTTTTTAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
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AATAACATTTTATTCATAA
Found at i:14490 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 14454--14496 Score: 77
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
14444 ATTTAATAAC
14454 ATTTTATTCATAAAATATT
1 ATTTTATTCATAAAATATT
14473 ATTTTATTCATAAAATATT
1 ATTTTATTCATAAAATATT
*
14492 CTTTT
1 ATTTT
14497 TACCTATCAC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 23 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTATTCATAAAATATT
Found at i:14896 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 14600--15922 Score: 502
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
14590 TGTTATAGTT
* * *
14600 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
1 TGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
* * *
14665 CATTCAATTATAATATGTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
66 CATTCAACTATAATATATTTAAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
*
14730 TATAAAACCACTTAAAGCA-AGTAATAAGGCGTTCGAAGGCA
131 TATAAAACCACTTAAA-AATAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCA
* * * *
14771 TGGGTGGCTATAAACGGACTTTTGTTGTC-AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCAT-AAGGCA
1 TGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTG-CAAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TCAAGGCA
* * * ** * *
14834 AACATTTAACTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAACGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
64 AACATTCAACTATAATATATTTAAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * *
14899 GTTATAAAACCATTTAAAAATAGTAATAATGCTTTCGAAGGCA
129 ATTATAAAACCACTTAAAAATAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCA
* * * * * * * * **
14942 TGAGTGACTATAAATAAACTTTTCACT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTC-CTGAGATA
1 TGGGTGACTATAAACAGACTTTTC-TTGCAAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCA
* * ** * * * **********
15005 GACATTCAATTGCAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCNNNNNNNNNNCAATTATGAG
64 AACATTCAACTATAATATATTTAAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * ** *
15070 ATTATAAAACCA-TT-TAAGTGAGCAATAATACTTTCGAAGGCA
129 ATTATAAAACCACTTAAAAAT-AGTAATAAGGCGTTCGAAGGCA
** * ** ** * * * **
15112 -AAGTGGCTAT-AAGTGAGCTTTTCTCT-CCCATGGATGGCTTTCGCTTCACG-TTC-CCAGATA
1 TGGGTGACTATAAACAGA-CTTTTCT-TGCAAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCA
* * * *****
15172 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAACCTAAAATCANNNNN
64 -A-ACATTCAACTATAATATATTTAAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTAT
***** * * *** *
15237 NNNNNTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TATTGAAGGCA
126 GAGATTATAAAACCACTTAAAAATAGTAATAAGGCGT-TCGAAGGCA
* * * * * * * ** **
15283 TGGGCGAATATGAATAGACTATTT-TTCCCAATGAATGACTTTTTTTTTCACGTTT-TCTAATAC
1 TGGGTGACTATAAACAGACT-TTTCTTGCAAATGAATGGC-TTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGC
* * * * * * ******
15346 AGACATTCAATTATGATATATTTTAATC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCANNNNNN
63 AAACATTCAACTATAATATA-TTTAAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
**** * * * * *
15410 NNNNTATAAAACTATTTAAAAAAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCA
127 AGATTATAAAACCACTTAAAAATAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCA
* * * * * * **
15455 TGAGTGACTATAAATCA-ACTTTTCACT-CCAATGGATGGATTTTGCTTCACATTTC-CTAAGAT
1 TGGGTGACTATAAA-CAGACTTTTC-TTGCAAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGC
* * * * * * * **********
15517 AGATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAGAAATNNNNNNNNNNATCAATTATGA
63 AAACATTCAACTATAATATATTTAAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * ** *
15582 GATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAATAC-TTGGGAAGGCA
128 GATTATAAAACCACTTAAAAAT-AGTAATAAGGCGTT-CGAAGGCA
* * * ** * **
15626 TGAGTGACTATAAAC-GAACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTCACTTTACGTTTCT--AGAAA
1 TGGGTGACTATAAACAG-ACTTTTCT-TGCAAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCA
* * ** ** *
15687 TAGACATTCAATTATAATATATTTCAATTAAAAATGTAAACAAAATT-AAATTAAAATTAATTAT
64 -A-ACATTCAACTATAATATATTTAAACAAAAAATGTAAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * ** * * * *
15751 GAGATTATAAGACCATTTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTA
126 GAGATTATAAAACCACTTAAAAATAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCA
* * ** * * * * * * ** *
15797 TGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAACAGA
1 TGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
* * * * * * *
15862 CATTCAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTAT
66 CATTCAACTATAATATATTTAAACAAAAAATG-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
15923 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 868, Mismatches: 236, Indels: 95
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 7 0.01
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172 133 0.15
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174 8 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
TGGGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
CATTCAACTATAATATATTTAAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCACTTAAAAATAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCA
Found at i:15863 original size:513 final size:501
Alignment explanation
Indices: 14664--15922 Score: 1311
Period size: 513 Copynumber: 2.5 Consensus size: 501
14654 CTCAAGGCAA
* *
14664 ACATTCAATTATAATATGTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
14729 TTATAAAACCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCGTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAACGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
** * * ** * * *
14794 GTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATAAGGCAAACATTTAACTATAATATATTTTAA
131 -TTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAACAGACATTCAATTAT-ATATATTTTAA
** ** * *
14859 TAAAAAATGTAAACGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAAATAGTA
194 TCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAAAAAGTA
* *
14924 ATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCACTCTAATGGATGGCTTTTGCTT
259 ATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCACTCCAATGGATGGATTTTGCTT
* * * *
14989 TACGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTGCAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCNNNN
324 CACATTTCCTAAGATAGACATTCAATTACAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC----
** * *
15054 NNNNNNCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGCAATAATACTTTCGAAGGCAAAGTGGC
385 ----ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGCAATAATACTTGCGAAGGCAAAGTGAC
** * * * *
15119 TATAAGTGAGCTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTCGCTTCACGTTCCCAGATATAG
446 TATAAACGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTCCCAGAAATAG
* ********
15175 ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAACCTAAAATCANNNNNNNN
1 ACATTCAATTATAATATATTTAAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
** * * * * *
15240 NNTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATT-GAAGGCATGGGCGAA-TATGAATAGACT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATGGG-TAACTATAAATGGACT
* * * * *
15303 ATTTTTCCCAATGAATGACTTTTTTTTTCACGTTTTCTAATACAGACATTCAATTATGATATATT
128 -TTTTTCCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAAACAGACATTCAATTAT-ATATATT
********** *
15368 TTAATCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACTATTTAAAAAA
190 TTAATCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAAAA
*
15433 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATCAACTTTTCACTCCAATGGATGGATTTT
255 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCACTCCAATGGATGGATTTT
* * *
15498 GCTTCACATTTCCTAAGATAGATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAGAAATNN
320 GCTTCACATTTCCTAAGATAGACATTCAATTACAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT--
** * * *
15563 NNNNNNNNATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTGGGAAGGCATG
383 ------TCATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGCAATAATACTTGCGAAGGCA-A
* * * *
15628 AGTGACTATAAACGAACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTCACTTTACGTTTCTAGAAATAG
440 AGTGACTATAAACGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTCCCAGAAATAG
* * ** *
15690 ACATTCAATTATAATATATTTCAATTAAAAATGTAAACAAAATT-AAATTAAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTAAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
15754 ATTATAAGACCATTTAAAGCTAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGAGTAACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTT
* * * *
15819 TCTTCCCAATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAACAGACATTCAATTATATTCTGTTTTA
130 T-TTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAACAGACATTCAATTATA-TATATTTTA
* *
15884 A-CCAAAAATGTTAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTAT
193 ATCC-AAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
15923 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 602, Mismatches: 124, Indels: 41
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 36 0.06
512 79 0.13
513 283 0.47
514 112 0.19
515 90 0.15
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (501 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
TTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAACAGACATTCAATTATATATATTTTAATC
CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAAAAAGTAAT
AATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCACTCCAATGGATGGATTTTGCTTCA
CATTTCCTAAGATAGACATTCAATTACAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAGTGAGCAATAATACTTGCGAAGGCAAAGTGACTATAAACGAA
CTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTCCCAGAAATAG
Found at i:16371 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16190--16585 Score: 395
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
16180 TTTTATTATT
* * * * *
16190 AATGAATGGCTTTTGCTTCGCG-TTCTCAAGGTAGACATTTAAATATAATATATTTCAATCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAAATATAATATATTTCAATAAAAA
* * *
16254 ATGTAAAAGAATTCAACCTAAAGTCAATTGCAAGA-TTATAAAACCATTTATAGTGAGTAATAAT
66 ATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATT--AAGAGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAT
* *
16318 ACCTTT-GAAGGCATGAGTCTCTATAAATGAGCTTTTCTCTCC
129 A-CTTTCGAAGGCATGAGTCACTATAAATGAACTTTTCTCTCC
* * * * * * * ***
16360 AATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAGATGGATATTCAATTATAATATATTTTAATAANNN
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAAATATAATATATTTCAATAAAAA
******* * *
16425 NNNNNNNACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATAC
66 ATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTAAGAGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATAC
* *
16490 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTCC
131 TTTCGAAGGCATGAGTCACTATAAATGAACTTTTCTCTCC
* ** * * *
16530 GATGGATGGCTTTCACTTCACGTTCCT-AGATATAGACATTCAATTATAATATATTT
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCA-AGATAGACATTCAAATATAATATATTT
16586 TAACCAAAAG
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 40, Indels: 8
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.04
170 123 0.68
171 51 0.28
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAAATATAATATATTTCAATAAAAA
ATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTAAGAGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATAC
TTTCGAAGGCATGAGTCACTATAAATGAACTTTTCTCTCC
Found at i:17841 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17485--18332 Score: 539
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 171
17475 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
17485 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-GGGGACTATAAATCAACTTTTCATGCTAATGG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGG-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * *
17549 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAAACAATCAATTATAATATATTTTAATTAAAATTACA
65 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATA
* * **********
17614 AAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNN
130 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCC
* * *
17656 TTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCGAGGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * *
17721 TGACTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTAAACCAAAAATATAA
66 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAA
* *
17786 AAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCCC
131 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCC
* * * * * * *
17827 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGGCTATAAACGGACTTTTGTTGTCAATGAA
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** * * * *
17892 TGGCTTTTGT-TTCATGTTTCCTGAGGTGAACATTTAACTATAATATATTTTATTCAAAAATGTA
66 TGGCTTTT-TCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATA
* ********** **
17956 AAAGAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCAT
130 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCC
** * * * * ** * * * * *
17998 TTAAAAAGAGTAATAATGCTTTGGAATGCATGAGTAACAATAAATGAACATTTCACT-CTAAT-A
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGA
* * * * *
18061 GATGGCTTTTACTTTACAT-TTT-CTAA-GATAGATATTCAATTGTAATATATTTTAATAAAAAA
65 -ATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCCTAAGGA-AAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA
* * * ***
18123 TATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACNNN
126 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCC
******* ** * * ***
18169 NNNNNNNGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTCT-TTGATG
1 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGA-CTTTTCT-TGCCAATG
* * ** * *
18232 GATGGCTTTTACTTCACATTT-CT-AGAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT
64 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG-GA-AAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT
* *
18295 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
127 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
18333 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 518, Mismatches: 145, Indels: 28
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 10 0.02
171 492 0.95
172 10 0.02
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCCC
Found at i:18820 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18522--20306 Score: 975
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 170
18512 NNNNNNNNNN
* ** * ** * * *
18522 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAGAATAATATTGCTTTCGAAGGCA-AGAGTGACTATA
1 AATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGA-TGACTATA
* * ** * ** * ** * *
18586 AATGAACTTTTTTTTTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCT-AGAGATAAAAATTCAATTAT
64 AATGCACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTAT
* * *
18650 AATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-ATATTCAACTTAAAATT
128 AATATATTTTAATCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACCTAAAATC
* * * * **
18693 AATTATTAGATTATAAGACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGACAACTATAA
1 AATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGATGACTATAA
* *
18758 ATGCACTTTTCTTCCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAT
65 ATGCACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * * *
18823 TCTGTTTTAATGAAAAATATTAAAACAATTTAACCTAAAATC
130 TATATTTTAATCAAAAAT-GTAAAACAATTCAACCTAAAATC
********* * * *
18865 AATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTCACAGATAT-GAGTGACTATA
1 AATTAT-GAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGA-TGACTATA
*** * * * * * * *
18929 AACAAACTTTTTTTCTCAATGAGTGACTTTTT-TT-ATACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTA
64 AATGCACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT--GTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * * *
18992 TAATCT-GTTTAAACAAAATATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATC
127 TAATATATTTTAATCAAAA-ATGT-AAAACAATTCAACCTAAAATC
********* * * *
19037 AATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG-TGGCTATAA
1 AATTATGAGA-TTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGATGACTATAA
* * ** * * * * * *
19101 ATGGACTTTTGTTGTCAGTGAATGGCTTTTGCTTCACG-TTCCCAAGGCAGACATTTAACTATAA
65 ATGCACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * *
19165 TATATTTTAATCAAAAATGTAAAAGAATTGAACTTAAAGTC
130 TATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATC
* * ** ********** * *
19206 AATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAACGAGTNNNNNNNNNNTCGAAGGCAT-GAGTGACTATA
1 AATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGA-TGACTATA
* * *
19270 AAT-CAACTTTTC-ACTCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGCAA--TAGACATTCAAT
64 AATGC-ACTTTTCTTC-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CT-CAAGGCAGACATTCAAT
* * * * ** *
19331 TATAGTATAGTTTCATAAAAAAAATAAAA-AAGTTCAACTTAAAATC
125 TATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAA-TTCAACCTAAAATC
********* * * * *
19377 AATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGATGACTATAA
* * * ** ** * *
19442 ATGAACTTTTC-TCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCT-AGAGATAGATATTTAATTAT
65 ATGCACTTTTCTTC-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTAT
* * * * *
19505 AATATATTTTAACCAAAAAGGTTAAAA-AATTTAACTTAAAATT
128 AATATATTTTAATCAAAAATG-TAAAACAATTCAACCTAAAATC
* * * *
19548 AATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTATTAAAGCTTTCAAAGGTAT-GA-GCAATTAT
1 AATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGATG--ACTAT
* *
19611 AAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCACGGCAGACATTCAATTA
63 AAATGCACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTA
* * * * *
19675 TATTCTGTTTTAACCAAAAATATTAAAACAATTCAACCTAAAATC
127 TAATATATTTTAATCAAAAAT-GTAAAACAATTCAACCTAAAATC
********* * ** *
19720 AATTATGAGATNNNNNNNNNNTCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGAATGACTATAA
1 AATTATGAGAT-TATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGATGACTATAA
* * * * * * *
19785 ATACGCTTTT-TTCCCTAGTGAGTGGCTTTTT-TTGTATGTTTC-CAAAGGCTGATATTCAATTA
65 ATGCACTTTTCTTCCC-AATGAATGGCTTTTTCTT-CATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTA
* * *
19847 TAATATGTTTAAACCAAAAATGTAAAA-AACTTCAACCTAAAATC
127 TAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAA-TTCAACCTAAAATC
********* * *
19891 AATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGGCTATAA
1 AATTATG-AGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGATGACTATAA
* * *** * * * * * *
19956 ATGGACTTTTGTTGTTAGTGAATGGCTTTTGCTTCATGTTAC-CAAGGTAGACATTTAACTATAA
65 ATGCACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
* * * ** *
20020 TATATTTTAATAAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAGTC
130 TATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATC
* * ** * *
20061 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCTAAGATAT-GAGTGACTATA
1 AATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGA-TGACTATA
* * * * * *
20125 AATG-AGCTTTTCTGT-ACAATGGATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGACAGATATTCAATTA
64 AATGCA-CTTTTCT-TCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
* * *
20188 TAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAACACTTCAACCTAAAACC
127 TAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATC
* * * *
20232 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCAT-TAGTGACTATA
1 AATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGA-TGACTATA
*
20296 AATGAACTTTT
64 AATGCACTTTT
20307 TGTTGGTCCC
Statistics
Matches: 1224, Mismatches: 333, Indels: 114
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 49 0.04
170 198 0.16
171 659 0.54
172 307 0.25
173 8 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGATGACTATAAA
TGCACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT
ATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATC
Found at i:20185 original size:855 final size:843
Alignment explanation
Indices: 18522--20306 Score: 2157
Period size: 855 Copynumber: 2.1 Consensus size: 843
18512 NNNNNNNNNN
* ** * * *
18522 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAGAATAATATTGCTTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
* * * *
18587 ATGAACTTTTTTTTTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGTTTCTAGAGATAAAAATTCAATTATAA
66 ATGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCTAGAGATAAAAATTCAATTATAA
* * *
18652 TATATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAGACTATTT
131 TATATTTTAACCAAAAAGGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATTT
18717 AAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGACAACTATAAATGCACTTTTCTTCCCAATAAATG
196 AAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGACAACTATAAATGCACTTTTCTTCCCAATAAATG
**
18782 GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAATGAAAAATATTAAA
261 GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATATTAAA
* ***** * *
18847 ACAATTTAACCTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTCAC
326 ACAATTCAACCTAAAATCAATTAT-----GAGATAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTCAA
* * * *
18912 AGATATGAGTGACTATAAACAAACTTTTTTTCTCAATGAGTGACTTTTTTTATACGTTTCCCAAG
386 AGACATGAATGACTATAAACAAACTTTTTTCCTCAATGAGTGACTTTTTTTATACGTTTCCAAAG
*
18977 GTAGATATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAATATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
451 GTAGATATTCAATTATAATATGTTTAAACAAAATATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
***
19042 TGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGTGGCTATAAATGGAC
516 TGAGA-------ACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGTGGCTATAAATGGAC
*
19107 TTTTGTTGTCAGTGAATGGCTTTTGCTTCACGTTCCCAAGGCAGACATTTAACTATAATATATTT
574 TTTTGTTGTCAGTGAATGGCTTTTGCTTCACGTTACCAAGGCAGACATTTAACTATAATATATTT
* * *
19172 TAATCAAAAATGTAAAAGAATTGAACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAACGA
639 TAATAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAACGA
********** * *
19237 GTNNNNNNNNNNTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATCAACTTTTCACTCCAATGAATGGCTTTTG
704 GTAATAATACTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATCAACTTTTCACTACAATGAATGGCTTTTG
** * * * *
19302 CTTCATGTTTCCTGCAATAGACATTCAATTATAGTATAGTTTCATAAAAAAAATAAAAAAGTTCA
769 CTTCATGTTTCCTAAAACAGACATTCAATTATAATATAGTTTAATAAAAAAAATAAAAAACTTCA
* *
19367 ACTTAAAATC
834 ACCTAAAACC
********** *
19377 AATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
** * * *
19442 ATGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTAGAGATAGATATTTAATTATAA
66 ATGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCTAGAGATAAAAATTCAATTATAA
*
19507 TATATTTTAACCAAAAAGGTTAAAAA-ATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATT
131 TATATTTTAACCAAAAAGG-TAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATT
* * * *
19571 TAAAGCGAGTATTAAAGCTTTCAAAGGTAT-GAGCAATTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAA
195 TAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGA-CAACTATAAATGCACTTTTCTTCCCAATAAA
*
19635 TGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCACGGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATATT
259 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATATT
***** *
19699 AAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
323 AAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT-----AACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGCGTT
* ** * * * *
19764 CAAAGACATGAATGACTATAAATACGCTTTTTTCC-CTAGTGAGTGGCTTTTTTTGTATGTTTCC
383 CAAAGACATGAATGACTATAAACAAACTTTTTTCCTC-AATGAGTGACTTTTTTTATACGTTTCC
*
19828 AAAGGCT-GATATTCAATTATAATATGTTTAAACCAAAA-ATGT-AAAAAACTTCAACCTAAAAT
447 AAAGG-TAGATATTCAATTATAATATGTTTAAA-CAAAATATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAAT
*** * *
19890 CAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGGCTATA
510 CAATTATG-------AGAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGGCTATA
* * *
19955 AATGGACTTTTGTTGTTAGTGAATGGCTTTTGCTTCATGTTACCAAGGTAGACATTTAACTATAA
567 AATGGACTTTTGTTGTCAGTGAATGGCTTTTGCTTCACGTTACCAAGGCAGACATTTAACTATAA
* *
20020 TATATTTTAATAAAAAATATAAAAGAATTCAATTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA-TCATT
632 TATATTTTAATAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAACT-ATT
* * * * * ** *
20084 TAAAGCGAGTAATAATACTTTCTAAGATATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTGTACAATGGAT
696 TAAAACGAGTAATAATACTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATCAACTTTTCACTACAATGAAT
* * * * **
20149 GGCTTTTTCTTTATGTTT-CTAAAGACAGATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAA
761 GGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAA-ACAGACATTCAATTATAATATAGTTTAATAAAAAAAATAA
*
20213 AACACTTCAACCTAAAACC
825 AAAACTTCAACCTAAAACC
*
20232 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
20297 ATGAACTTTT
66 ATGAACTTTT
20307 TGTTGGTCCC
Statistics
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0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (843 bp):
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
ATGAACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCTAGAGATAAAAATTCAATTATAA
TATATTTTAACCAAAAAGGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATTT
AAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGACAACTATAAATGCACTTTTCTTCCCAATAAATG
GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATATTAAA
ACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTCAAAGACA
TGAATGACTATAAACAAACTTTTTTCCTCAATGAGTGACTTTTTTTATACGTTTCCAAAGGTAGA
TATTCAATTATAATATGTTTAAACAAAATATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
ACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGTGGCTATAAATGGACTTTTGTTGTCAG
TGAATGGCTTTTGCTTCACGTTACCAAGGCAGACATTTAACTATAATATATTTTAATAAAAAATA
TAAAAGAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATACTT
TCGAAGACATGAGTGACTATAAATCAACTTTTCACTACAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
TAAAACAGACATTCAATTATAATATAGTTTAATAAAAAAAATAAAAAACTTCAACCTAAAACC
Found at i:20209 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 18640--20306 Score: 898
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18630 AGAGATAAAA
* * * * * *
18640 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAA-ATATTCAACTTAAAATTAATTATTAGA
1 ATTCAACTATAATATATTTTAACAAAAAATATTAAAACA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** **
18703 TTATAAGA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATG-GACAACTATAAATGCA-CT
65 TTATAAAATC-ATCTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAG-TGACTATAAATG-AGCT
** * * * * * * *
18765 TTTCTTCCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATATTCTGTTT
127 TTTCTT--CAATGGATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGACAGATATTCAATTATAATATATTT
** * * *********
18830 TAATGAAAAATATTAAAACAA-TTTAACCTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNA-ACCATTTAAAG
190 TAACCAAAAAT-GTAAAA-AACTTCAACCTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAGACCATTTAAAG
* * * * * ** *** * * * *
18893 TGAGTAATAAGGCGTTCACAGATATGAGTGACTATAAACAAACTTTTTTTCTCAATGAGTGACTT
252 CGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTT
* * * *
18958 TT--TTTATACGTTTCCCAAGGTAGAT
317 TTGCTTCAT--GTTTACCAAGGCAGAC
* * * * * * * * *
18983 ATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAATATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAN
1 ATTCAACTATAATATATTTTAACAAAAAATATTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
********* * * * * *
19048 NNNNNNNNNATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GTGGCTATAAATG-GACTTTT
66 TATAAAATCATCTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGAG-CTTTT
* * * * * * ** * * * *
19111 GTTGTCAGTGAATGGCTTTTGCTTCACG-TTCCCAAGGCAGACATTTAACTATAATATATTTTAA
130 -CT-TCAATGGATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGACAGATATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * * * * * *
19175 TCAAAAATGTAAAAGAA-TTGAACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAACGAGT
193 CCAAAAATGTAAAA-AACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGT
********** * * ** ** *
19239 NNNNNNNNNNTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATCAACTTTTC-ACTCCAATGAATGGCTTTTGC
257 AATAAAGCTTTCAAAGGTATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTC-CCAATGAATGGCTTTTGC
* *
19303 TTCATGTTTCCTGCAA--TAGAC
321 TTCATGTTTAC--CAAGGCAGAC
* * * * * * *
19324 ATTCAATTATAGTATAGTTTCATAAAAAA-AATAAAA-AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAACTATAATATATTTTAACAAAAAATATTAAAACAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
********** * * * *
19387 TTATNNNNNNNNNNAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTT
65 TTATAAAATCATCTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGAGCTTTT
* * ** * * *
19452 CTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTAGAGATAGATATTTAATTATAATATATTTTAA
130 CT-T-CAATGGATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGACAGATATTCAATTATAATATATTTTAA
* * * *
19517 CCAAAAAGGTTAAAAAA-TTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGT
193 CCAAAAATG-TAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGT
* * *
19581 ATTAAAGCTTTCAAAGGTATGAGCAATTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCT
257 AATAAAGCTTTCAAAGGTATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTGCT
* *
19646 TCATGTTTTCCACGGCAGAC
322 TCATGTTTACCAAGGCAGAC
* * * * *
19666 ATTCAATTATATTCTGTTTTAACCAAAAATATTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAACTATAATATATTTTAACAAAAAATATTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
********** * *
19731 NNNNNNNNNNTCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGAATGACTATAAAT-ACGCTTTT
66 TATAAAATCATCTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGA-GCTTTT
** * * * * *
19795 -TTCCCTAGTGAGTGGCTTTTT-TTGTATGTTTCCAAAGGCTGATATTCAATTATAATATGTTTA
130 CTTCAAT-G-GA-TGGCTTTTTCTT-TATGTTTCTAAAGACAGATATTCAATTATAATATATTTT
********** *
19858 AACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGTGAG
191 AACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAG
* * *** * *** *
19923 TAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTGTTGTTAGTGAATGGCTTTTGC
256 TAATAAAGCTTTCAAAGGTATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTGC
*
19988 TTCATG-TTACCAAGGTAGAC
321 TTCATGTTTACCAAGGCAGAC
* * * ** *
20008 ATTTAACTATAATATATTTTAATAAAAAATA-TAAAAGAATTCAATTTAAAGTCAATTATGAGAT
1 ATTCAACTATAATATATTTTAACAAAAAATATTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
20072 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCTAAGATATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTC
66 TATAAAATCATCTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTC
*
20137 TGTACAATGGATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGACAGATATTCAATTATAATATATTTTAAT
131 T-T-CAATGGATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGACAGATATTCAATTATAATATATTTTAAC
* * * * *
20202 AAAAAATGTAAAACACTTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
194 CAAAAATGTAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * ** *
20267 TAATGCTTTCGAAGGCATTAGTGACTATAAATGAACTTTT
259 TAAAGCTTTCAAAGGTATGAGCAACTATAAATGGACTTTT
20307 TGTTGGTCCC
Statistics
Matches: 1021, Mismatches: 268, Indels: 72
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 68 0.07
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345 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
ATTCAACTATAATATATTTTAACAAAAAATATTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAATCATCTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATGAGCTTTTC
TTCAATGGATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGACAGATATTCAATTATAATATATTTTAACCA
AAAATGTAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATA
AAGCTTTCAAAGGTATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTGCTTCAT
GTTTACCAAGGCAGAC
Found at i:28880 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
28602 GTCACCCATT
* * * * * * *
28612 CCTTTAAAAACCTTATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTAATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * * * *
28677 TTTTTTACAATTTAAATTAAAATATATTATAATTGAGTGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGCAAA
66 ATTTTTACAATTTAAATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAG-GAAACGTAAAGAAAA
*
28741 AGCCATCAATT-AGCACGAAAAGTCTATTTATACTCACTCAAG
130 AGCCATCAATTGA-CACGAAAAGTCTACTTATACTCACTCAAG
* * *
28783 CCTTCGAAAGCCTTTTTAG-TAATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATT-GCTAATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAA
* * ** *
28847 TATTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTAGGAAACGTAAAGAAAA
65 TATTTTTACAATTTAAATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAA
** * **
28912 AGCCATTTATTGACACGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCATT
130 AGCCATCAATTGACACGAAAAGTCTACTTATACTCACTCAAG
* * *
28954 CTTTCAAAAGTCTTATTGCTTATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTAATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
29000 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 33, Indels: 8
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 177 0.98
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.40
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CCTTCAAAAGCCTTATTGCTAATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAAT
ATTTTTACAATTTAAATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAA
GCCATCAATTGACACGAAAAGTCTACTTATACTCACTCAAG
Found at i:32736 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 32336--32949 Score: 707
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 166
32326 NNNNNNNNNN
* * *
32336 AATTTAACTTAAAATTAACTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAA
1 AATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * *
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* * * *
32465 TGGACATTCAATTATAATATGTTCTAACAAA---AAA
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* * ** * * *
32499 AA-ATAACTTAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAG
1 AATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
** * * **
32563 GCATAGAAGACTATAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACCTTTTTCGAGG
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*
32628 AAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAGCATGAATGTAAA
130 TAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-CA--AATGTAAA
* *
32668 ACATTTAACTTAAAATCAACTATAAAATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 A-ATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* **
32733 GGCATAGGTGAGTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTGCTCGAGG
65 GGCATAGGTGAGTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGG
* * *
32798 TAGACAATCAATTATTATCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAA
130 TAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA-C--AAATGT--AAA
* * * *
32840 AATTCAACTTAAAATCAACTATGAGTTTATCAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 AATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* *
32905 GCATGGGTGAGTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTT
66 GCATAGGTGAGTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
32950 ATCCTATACT
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 56, Indels: 20
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
162 73 0.19
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.17, T:0.34
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AATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GCATAGGTGAGTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTCGAGGT
AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAATGTAAA
Found at i:33133 original size:41 final size:42
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33066 AAAAGTGCTT
*
33076 TCAAACTTAAATGTAAATCTTTTTG-AAAAAGCACAAATTCA
1 TCAAACTAAAATGTAAATCTTTTTGAAAAAAGCACAAATTCA
33117 TCAAACTAAAATGTAAATCTTTTTGAAAAAAGCACAAATTCA
1 TCAAACTAAAATGTAAATCTTTTTGAAAAAAGCACAAATTCA
33159 GGTGGAGCTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
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TCAAACTAAAATGTAAATCTTTTTGAAAAAAGCACAAATTCA
Found at i:35760 original size:25 final size:28
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Indices: 35732--35792 Score: 74
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35722 TATTTTAATT
*
35732 ATAAATTATTAATATT-T-TAAA-TGAA
1 ATAAATTATTAATATTCTATAAATTAAA
35757 ATAAACATTATTAATATTCTATAAATTAAA
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1 ATAAAT
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Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAATTATTAATATTCTATAAATTAAA
Found at i:35791 original size:30 final size:27
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Indices: 35736--35817 Score: 83
Period size: 30 Copynumber: 2.8 Consensus size: 27
35726 TTAATTATAA
*
35736 ATTATTAATATTTTAAATGAAATAAAC
1 ATTATTAATATTTTAAATAAAATAAAC
*
35763 ATTATTAATATTCTATAAATTAAAATAAATA
1 ATTATTAATATT-T-TAAA-TAAAATAAA-C
*
35794 ATCATATTAAAATTTTAAATAAAA
1 AT--TATTAATATTTTAAATAAAA
35818 ATTTATTTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 9
0.79 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
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ATTATTAATATTTTAAATAAAATAAAC
Found at i:36584 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36291--36726 Score: 583
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
36281 NNNNNNNNNN
* *
36291 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTA
* * *
36356 CATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCTATTC
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* * * * *
36421 ATTGGCAAGAAAA-ACCTATTTATTCTCACCCATGCCTTCGA
130 AATGACAAGAAAAGA-CTATTTATACTCACCCATACCTTCAA
* * * *
36462 AAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTCT-ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT-TGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
* * *
36526 CATTTTTGGTTCAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGGA-AAACAT-AACGAAAAAGCCAT
65 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-GGATAAACATGAA-GAAAAAGCCAT
36589 TCAATGACAAGAAAAGACTATTTATACTCACCCATACCTTCAA
128 TCAATGACAAGAAAAGACTATTTATACTCACCCATACCTTCAA
* * *
36632 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTA
* * *
36697 CATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAA
65 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
36727 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 29, Indels: 12
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGGATAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
ATGACAAGAAAAGACTATTTATACTCACCCATACCTTCAA
Found at i:37154 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 36867--42541 Score: 4363
Period size: 171 Copynumber: 33.3 Consensus size: 171
36857 NNNNNNNNNN
* * * * *
36867 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAG
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * *
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66 TAGATTA-TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
*
36996 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAACCCTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* ************* *
37038 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTTA-ATTTTTGGTCAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * **
37102 ACAGATTACAATTGAATGTTTACCTCAAGTAACATGAAGAAAATGTCATTCATTGATAA-AAATA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-A
* *
37166 GTCCATTTATAGTCA-CTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
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* * * * * * * *
37209 CCTTCAATAGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * *
37274 TAGATGACAATTGAATGTCTACCTCAATAAACATG-AGAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
37338 TCTATTTATAGTCACGTTTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * **
37380 CTTTAAATGGTTGTATAATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTGTCATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * *
37445 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATT-ATTGGCAAGAAAAAT
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *
37509 CCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTAG
131 CCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
37550 CTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * ** *** * * *
37615 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAATAAATTAATTGGTAAGAAAA-A
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
37679 CCTATTTATAGTCA-CTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
131 CC-ATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * * *
37721 CAATAAA-GAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * *
37785 ATAGA-TAGTAATTGAATG-CTTACTTCAAAAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
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* * * * *
37848 AATCCATTTATAGTCACCTATGCCTGCAAAACCCATATTACTTG
128 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
37892 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA-TGACTTTAAGTT-AATTTTTTT--ATTTTTGATCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * *
37953 CAGATTATCATTGAATGTCAACCTCAAGTAACGTGAAGAACAATCTATTGATTGGCAA-AAATAG
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AG
*
38017 TCAATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * *
38059 CTCTAAATGGGTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * *
38124 TAGATAATAATTGACCGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGT
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
38189 CTATTTATAGTCACCTTTGCCTTCAAAAGCCTTACTATTCG
131 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * **
38230 CTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAGTTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTACATTCATGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *
38294 ATAGATAATTATTGAATGTCTTCCTCAAGAAA-AGTAAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAA
* *
38358 AGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAACCCTTATTACTCG
128 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
38402 CTTTAAATGGTTTTGTAATATCATAATTGACTTTAAGTT--ATTTTTTTTCATTTTTGGTCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * *
38465 CATATTATAATTGAATGT-TCACCTCAAG-AA-ATGCACAGAAAAAGCCATTGATTGGCAACAAC
66 TAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAACATG-A-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* *
38527 AGTCCATTTATACTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
128 AGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
38571 CTTTAAATGATTTGATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT--TTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * ** * *
38634 CAGATAATAATTGAATGTCTACCAT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCCTTAGCAAGAAAAG
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * ** *
38698 TCCATTTATACTCA-CTCATACCTTTGAAAGCTTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
38740 CCTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTGGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * *** **
38805 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAG-
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * *
38869 CCTATTTATTCTCA-CTCATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCA
131 CC-ATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * ********** *
38911 CTTTAATTGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAA-NNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTCAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * ** * * *
38975 CAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGTTATTCAATAGCAAGAAAAGA
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
39040 CCATTTATACTCACTTATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCG
131 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * *********
39081 CTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAGTTAAGTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTNNNNNNNNN
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * *
39146 NAGATAATAATTGAATGTTTACC-CTTAGAACCATGAAGAAAAAGCCATTGATTGGAAAGAAAAG
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
** * * * * * *
39210 TTTATTTATACTCACCAATACTTTCGAAAGCATTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * **********
39252 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * *
39317 TAGA-TAGTAATTGAATGTC-ACTTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
66 TAGATTA-TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
39380 TTCATTTATAGTCACATATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
39422 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAACTT-AATTTTTTT--ATTTTTGGTCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* *
39484 TAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTCAAGTAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAA-AAATAG
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AG
* ** *
39546 TCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * **
39588 CTTTTAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTAATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * *
39653 TAGATAATAGTTGAATGTCTACCTTAAGAAAAATGAGGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGT
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
39718 CTATATATAGTCACATTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
131 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * ** * ** * **
39759 CTTTAAATGGTTGTAGAATTTTATAATTAACCTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTGTCATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
39824 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATT-ATTGGCAAAAAAAGT
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * **
39888 TCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTNN
131 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
******** * * *
39929 NNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAC-TGTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAA
* * * * ** * * * *
39993 ACAGATAATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATG-TATTAATTGGTAAGAAAA
65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAA
*
40057 G-CCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-G
129 GTCC-ATTTATAGT--C---A-CC-T---ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * ** * * * *
40109 ACTATAAA-GAGTCTTATAATCTTATAATTGATTTGGAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTGTTAA
1 -CTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * **********
40173 AATAGA-TAGTAATTGAATGCCTACTTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCNNNNNNNNNNAA
64 AATAGATTA-TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
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128 AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
********** * ** *
40281 CTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTT-CATTTTTAATCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * *
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* ********** *
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* * * * * * * **
40450 CTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATACTTTTATTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* *
40515 TAGA-TATTGATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGGAA-AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
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* **********
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* * * * **
40621 CTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAGTTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTCATGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
** ** * ** *
40686 TAGACAATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAAGGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAAA
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAG
* * *
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* ** * *
40793 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT--ATTTGTTTTTTATTTTTTGTCAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * ** * * * *
40856 ACATATTATAATTGAATGTCCACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAACAATAG
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* * * * *
40921 TCCGTTTATACTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
40963 CTTTAAATGGTTTGATTATCTCATAGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTT--TTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAA
* * *
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65 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA-AACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
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* * * * * *
41133 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTATATTTTCGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** *
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* ** * *
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* * ********** *
41304 CTTTAATTGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTNNNNNNNNNNACATTTTTGGTTCAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
41369 CAAATTATAGTTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-AATGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAG
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* * * * *
41433 ACCATTTATACTCACTCT-TACCATCAAAAGCCTTATTACTCA
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********** * * * *
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* * * * **********
41540 TAGATAATAATTGGATGTCTACCTTTAA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCANNNNNNNNNNAAG
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* * * * * * * *
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* * * * *
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * *
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* * *
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* * * *
41817 CTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCT-AATTTTTTT-TATTTTTGGTCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* *
41879 TAGAATATAATTGAATGTCTACCTCAAGTAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCTAA-AAATA
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAA-A
* * * *
41942 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTG
129 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * * * * *
41985 CTTTCGATGGTTTGATAATCTTATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * *
42050 TAGGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AGAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* ***************
42114 TCTATTTATAGT----NNNNNNNNNNNNNNNCTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * **
42152 CTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATATTTTTTT--ATTTTTCATTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * * * *
42215 AATAGATTTTAATTAAATGTTTAACTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTC-TTTATTGGCAAGAAAA
64 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * **
42279 GTTCATTCATAGTCGCAC-ATGTCTTCAAAAGTTTTATTACTCG
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* * * * * *
42322 CTGTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * ** * * * *
42387 CAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAATACATTAATTAGTAAAAAAAG-
66 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
42451 CCTATTTATAGCCA-CTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
131 CC-ATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* ** * *
42493 CTATAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
42542 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4333, Mismatches: 1031, Indels: 280
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 125 0.03
167 244 0.06
168 138 0.03
169 422 0.10
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171 2076 0.48
172 202 0.05
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174 1 0.00
175 2 0.00
176 2 0.00
177 2 0.00
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179 1 0.00
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181 114 0.03
182 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
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TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:37686 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 36867--42541 Score: 4345
Period size: 341 Copynumber: 16.6 Consensus size: 339
36857 NNNNNNNNNN
* *
36867 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
36931 GTAGATAGTAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
65 ATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-
* * *
36996 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
129 ACCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
************* * * * * *
37061 TAATTGNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTTAATTTTTGGTCAAAACAGATTACAATTGAATGTTTACC
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* * * ** *
37126 TCAAGTAACATGAAGAAAATGTCATTCATTGATAA-AAATAGTCCATTTATAGTCACTCATACCT
258 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCT
*
37190 TCGAAAGCCTTATTACTCG
321 TCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
37209 CCTTCAATAGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTAATATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAA
* * * * * *
37273 ATAGATGACAATTGAATGTCTACCTCAATAAACATG-AGAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
65 ATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
37337 GTCTATTTATAGTCACGTTTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTA
129 -ACCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* ** * *
37402 ATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTGTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC
193 ATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
** * * *
37467 CTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATT-ATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCT
257 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCT
* *
37531 TCAAAAGTCTTATTACTAG
321 TCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
37550 CTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
* *** * *
37615 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAATAAATTAATTGGTAAGAAAAAC
66 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAAC
* * * ** *
37680 CTATTTATAGTCA-CTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACAATAAA-GAGTTTTATAATCTT
131 C-ATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTC
* *
37743 ATAATTGA-TTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA-TAGTAATTGAATG-CT
193 ATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTC-
* * * * *
37805 TACTTCAAAAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATG
254 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATG
* * * *
37870 CCTGCAAAACCCATATTACTTG
318 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
37892 CTTTAAATGGTTTTG-TAATCTCATA-ATGACTTTAAGTT-AATTTTTTTA-TTTTTGA-TCAAA
1 CTTTAAATGG-TTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAA
* * * * * * * * * *
37952 ACAGATTATCATTGAATGTCAACCTCAAGTAACGTGAAGAACAATCTATTGATTGGCAA-AAATA
65 ATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-A
* * * * *
38016 GTCAATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGGTTGATAATCTC
129 -ACCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * **
38081 ATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGACCGTCTAC
193 ATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT-TTATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
38146 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTTTGCCT
257 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCT
* *
38211 TCAAAAGCCTTACTATTCG
321 TCAAAAGCCTTATTACTCG
* * ** *
38230 CTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAGTTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTACATTCATGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACTTTTTTAGTTAAA
* * * * * *
38294 ATAGATAATTATTGAATGTCTTCCTCAAGAAAAGTAAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAA
65 ATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAA
* * * *
38359 GTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATATC
130 --CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
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193 ATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTT-ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-A
* * * *
38486 CCTCAAG-AA-ATGCACAGAAAAAGCCATTGATTGGCAACAACAGTCCATTTATACTCACTCATG
256 CCTCAAGAAACATG-A-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATG
*
38549 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
318 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
38571 CTTTAAATGATTTGATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT--TTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
* * * * * *
38634 CAGATAATAATTGAATGTCTACCATAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCCTTAGCAAGAAAAGT
66 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-A
* * ** * * *
38699 CCATTTATACTCA-CTCATACCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTGATAATCTCA
130 CCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** * * *
38763 TAGTTAATTTTAAGTTTAATGTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
194 TAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
*** ** **
38828 TTGGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATTCTCACTCATGCCT
258 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCAC-CATGCCT
* *
38892 TCAAAATCCTTATTACTCA
321 TCAAAAGCCTTATTACTCG
* * ********** * * *
38911 CTTTAATTGGTTCT-ATAATCTCATAATTGATTTTAA-NNNNNNNNNNTTACATTTTTGGTTCAA
1 CTTTAAATGGTT-TGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAA
* * * * * * ** * *
38974 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGTTATTCAATAGCAAGAAAAG
65 ATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-
* * * * * *
39039 ACCATTTATACTCACTTATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATTTCA
129 ACCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * ********** * *
39104 TAGTTAAGTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTNNNNNNNNNNAGATAATAATTGAATGTTTACC
194 TAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * ** * * *
39169 -CTTAGAACCATGAAGAAAAAGCCATTGATTGGAAAGAAAAGTTTATTTATACTCACCAATACTT
258 TC-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCT
* *
39233 TCGAAAGCATTATTACTCG
321 TCAAAAGCCTTATTACTCG
********** * *
39252 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
* * * * * * *
39317 TAGATAGTAATTGAATGTC-ACTTTGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGT
66 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-A
* * * *
39381 TCATTTATAGTCACATATGCCTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
130 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
39446 AATTAACTTTAACTT-AA-TTTTTTTATTTTTGGTCAAAATAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTC
195 AATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * *
39508 AAGTAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAA-AAATAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTT
260 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTC
* *
39571 GAAAGCCTTATTACTCA
323 AAAAGCCTTATTACTCG
* * *
39588 CTTTTAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTAATATTTTTAATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAA
* ** * * *
39652 ATAGATAATAGTTGAATGTCTACCTTAAGAAAAATGAGGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG
65 ATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-
* * * * * * * * * *
39717 TCTATATATAGTCACATTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTAGAATTTTA
129 ACCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * ** * *
39782 TAATTAACCTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTGTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
194 TAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
39847 TCGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATT-ATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTT
258 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTT
* **
39911 CAAAAGTCTTATTACTNN
322 CAAAAGCCTTATTACTCG
******** * ** * * * *
39929 NNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACTGTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * *
39994 CAGATAATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATG-TATTAATTGGTAAGAAAAG
66 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAA
* *
40058 CCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GACTATAAA-GAGT
130 CC-ATTTATAGT--C---A-CC-T---ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATG-GT
* * * * *
40121 CTTATAATCTTATAATTGA-TTTGGAGTTGAATTTGTTTATATTTTTTGTTAAAATAGA-TAGTA
182 TTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTT-TTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATTA-TA
* * * * **********
40184 ATTGAATGCCTACTTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCNNNNNNNNNNAAAGTCCATTTATA
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* * *
40249 GTCACCTATGCCTGCAAAACCCTTATTACTCA
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********** * * * * *
40281 CTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTT-CATTTTTAATCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * *
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66 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-A-
* * ********** * * *
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* * * * ** *
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* * ***
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*******
40601 NNNNNNNGCCTTATTACTCG
320 TTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * ** *
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1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
* ** ** *
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* * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * *
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*
40945 CGAAAGCCTTATTACTCG
322 CAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
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1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT-T-TTTTAGTTAA
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * **
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*
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* * ********** * * *
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1 CTTTAAATGGTT-TGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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192 CATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA
* * ********** * * *
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* * * *
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* *
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1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAA
* * * **
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* *
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130 -CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
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*
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258 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCA-CCATGCC
* * *
41965 TTCGAAAGCTTTATTACTTG
320 TTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * *
41985 CTTTCGATGGTTTGATAATCTTATAGTTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTAATATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAA
* * * *
42049 ATAGGTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AGAAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
65 ATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *************** *
42113 GTCTATTTATAGT----NNNNNNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTC
129 -ACCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
** * * * *
42174 ATAATTGACTTTAAGTTGAATATTTTTTTATTTTTCATTAAAATAGATTTTAATTAAATGTTTAA
193 ATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * * *
42239 CTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTC-TTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTCATAGTCGCACATGTCT
257 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCT
**
42303 TCAAAAGTTTTATTACTCG
321 TCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
42322 CTGTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
* * * ** * * *
42387 CAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAATACATTAATTAGTAA-AAAAAG
66 TAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAA-
* * * * * **
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130 CC-ATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
42515 ATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTT
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42542 NNNNNNNNNN
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AGCCTTATTACTCG
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** *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * *
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* * * * * *****
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***** * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *** * * ** *
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********* * *
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* * * * * **
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1 T-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
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****
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*** ** * * *
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** * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
44607 AGAT-ATTCATTGG-AATGAACAGTCCATTTATAGTCATCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTC
65 AG-TCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
44670 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGAATTTAAGTTGAAT
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* *
44714 TTTTTTATAATTTTTGG-TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * * * *
44778 AGCCATTCAATGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAGAGTCTTATTACTTGT
65 AGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
44843 TTTAAATAGTTTTATAATCCCATAACTGATTTTAAGTTGAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
** ********* * ** * *
44884 TTTTTTATATTTTTTATNNNNNNNNNNT-ATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAA
1 TTTTTTATATTTTTGGT-TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * * * * **
44948 AGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCAACTATGCCCTCGAAAGCCTTATTACTTA
65 AG-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
**********
45012 CTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * * *
45054 TTTGTTTACATTTTTAGTTATAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAA-AAGAAAGAAA
1 TTT-TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAA
* * * * * * *
45118 AAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCGTGCCTTCGAAAGCTTTATTGCTTG
64 AAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
45183 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* ** * * * ** * *
45225 TTTATTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATT-AATTATCTACCTTGAGAAACGTGATGAAA
1 TTT-TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA
* * * * *
45289 AAGTTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
64 AAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
45354 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
Found at i:44677 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 42683--45353 Score: 1937
Period size: 341 Copynumber: 7.9 Consensus size: 336
42673 TTTTTTACTT
* * ** * ** *
42683 TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACATGAAGAAAAATACATTAATT
1 TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * * * * *
42748 GGTATGAAAAG-CCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTATAAAGAGT
66 AGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * *
42812 TTTATAATCAT-ATAATTGATTTGAAGTT-GAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGTAGT
129 TTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAAT
* * * *** *
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191 AATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGAGAA-AAAAAAATATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
42939 TAGTCACATATACCTTCAAAACCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGAC
253 TAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAC
*
43004 TTTAAGTTAATTTTTTTTA
318 TTTAAGTTGATTTTTTTTA
* * * * *
43023 TTTTTGGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGTAACATGAAGAAAAAGCCATTGAT
1 -TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
43088 T-GACAA-AAATAATCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATG
65 TAG-CAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * * * * *
43151 GTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATAGTTTTGGTTAAAATAGATAATA
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATA
* * * * * *
43216 ATTGAATGTCTACCTCAAAAAAC-ATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTAT
192 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGAGAAA-AAAAAAT-ATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTAT
* *
43280 AGTCACCTT-TGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATTGAC
254 AGTCA-CTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAC
*
43344 TTTAAGTTGAATTTTTTTA
318 TTTAAGTTGATTTTTTTTA
** * * * * *
43363 TTTGTCATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAATATGAA-AAAAAGCCATT-AT
1 TTT-TGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * **********
43426 TAGCAAGACAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTTATTACNNNNNNNNNNTAGT
65 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* ** *
43491 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTA-ATAGTTTTACT-TTTTTGGTTAAAATAGATAATA
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAGATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATAATA
* * * * *
43554 ATTGAACT-TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATATATTAATTAGTAA-AAAAG-CCTATTTA
192 ATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACGAGAA-AAAAAAATATTCATT-GGAAGAAAAGTCC-ATTTA
* * *
43616 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTATAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTG
253 TAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTG
**
43679 A-TTTGAAGTT-AAATTTTTTA
316 ACTTT-AAGTTGATTTTTTTTA
** * * * * * **
43699 TTTTTTTTAAAAACAGATTATAAATGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGACAAAGATATTCAT
1 TTTTGGTT-AAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * ** *
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65 TAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * * *
43828 TTTTATAATCTTATAGTTGACTTTAAGTTA-ATTGTTTTT-CATTTTTGGTCAAAACAGATTATA
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATA
** * * *
43891 ATTGAATG-CTTACCTCGAGAAACGTG-AAAAAAACTATTCATT-GATGAGAAAAGCCCATTTAT
192 ATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACGAGAAAAAAAAATATTCATTGGA--AGAAAAGTCCATTTAT
* * ********* *
43953 ACTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG-TTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGAT
254 AGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAC
* **
44017 TTTAACTTGAATGTTTTTACA
318 TTTAAGTTG-AT-TTTTTTTA
* * * ** *
44038 GTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAT
1 -TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * * *
44103 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTCAAGAGTCTTATTGCTTGCTTTAAATGGT
65 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-
******** **
44168 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TNNNNNNNNNNTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAAT
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT--TAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAAT
* *
44232 AATTGAATATCTACCTT-AGAAAAC-ATGAATAAAAAAA-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
191 AATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGA-GAA-AAAAAAATATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
44294 ATAGTCACTTATGCCTTCACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGGA
252 ATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
*
44359 CTTTAAGTTAGATTTTTTTTCC
317 CTTTAAGTT-GATTTTTTTT-A
* * * * *
44381 TTTATGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGT-TCACCTCAAGAAACGTGAAGAACAAGCTATTTA
1 TTT-TGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * *
44445 TTACCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATACCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTATAAATAG
64 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * * *
44510 TTTGATAATCTGATAGTTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTAGTTGAAACAGATTATAA
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAA
* * ** * *
44575 TTCAATGTTTACCTTAAGAAACGAGAAGGGAAAGATATTCATTGGAATGAACAGTCCATTTATAG
193 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGAGAA-AAAAAAATATTCATTGGAA-GAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
44640 TCA-TCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGAATT
256 TCACT-TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTT
44704 TAAGTTGAATTTTTTTATAA
320 TAAGTTG-ATTTTTTT-T-A
* * *
44724 TTTTTGG-TAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAA
1 -TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * * * *
44788 TGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAGAGTCTTATTACTTGTTTTAAATAGT
65 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * ** *********
44853 TTTATAATCCCATAACTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTTTTTATNNNNNNNNNNT-ATAA
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGT-TAAAACAGATAATAA
* * * * * *
44916 TTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAC
193 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGAGA-AAAAAAAATATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** ********** *
44981 TCAAC-TATGCCCTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTT
256 TC-ACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTT
* **
45045 TAAGTTAAATTTGTTTACA
320 TAAGTT-GATTT-TTTTTA
* * * * * * * *
45064 TTTTTAGTTATAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTCGAGAAA-AAGAAAGAAAAAGTCATTCA
1 -TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * * *
45128 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCGTGCCTTCGAAAGCTTTATTGCTTGCTTTAAATAG
64 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * ** * *
45193 TTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTT-GAATTTATTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATA
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATA
* * * * ** * *
45257 ATT-AATTATCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGTTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTAT
192 ATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACGAGA-AAAAAAAATATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
45321 AGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
254 AGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
45354 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1845, Mismatches: 396, Indels: 177
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
AATGTCTACCTTAAGAAACGAGAAAAAAAAATATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT
GATTTTTTTTA
Found at i:45009 original size:512 final size:505
Alignment explanation
Indices: 42689--45353 Score: 2145
Period size: 512 Copynumber: 5.2 Consensus size: 505
42679 ACTTTTTTGG
* * * * * *
42689 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACATGAAGAAAAATACATTAATTGGTATG
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAG
* * * * * *
42754 AAAAG-CCTACTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTATAAAGAGTTTTAT
65 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * *
42817 AATCAT-ATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG-GTAGTAATT
128 AATC-TCATAATTGACTTT-AAGTT-AATT-TTTTT-CATTTTTGATTAAAACAGATTA-TAATT
* * * * * * * *
42879 GAATGTCTGCTTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTC
187 AAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-AGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTC
* * * * * *
42944 -ACATATACCTTCAAAACCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGACTTTA
251 AAC-TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * ** *
43008 AGTTAATTTTTTT-TATTTTTGGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGTAACATGA
315 AGTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-GA
** * * * * * **
43072 AGAAAAAGCCATTGATT-GACAAAAATAATCCATTTACAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
379 AGAAAAAGATATTCATTGGA-AGAAA-AGTCCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * **
43136 TACTCGTTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATAGTTTTGG
441 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTA
* * * * * *
43201 TTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAG
* * * * * *
43266 AAAAATCTATTTATAGTCACCTTTGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
43331 TCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATTTGTCATTAAAATAGATTATAATTAAATGTC
130 TCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
* ** * * * * * * * *
43395 TATCTCAAGAAATATGAAAAAAAGCCATT-ATTAGCAAGACAAGTCAATTTATAGTCACCCATGC
194 TACCTCAAGAAACGTGAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCAACTATGC
* ********** * *
43459 CTTCAAAAGCGTTATTACNNNNNNNNNNTAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATA
259 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATT
* * * *
43524 GTTTTACT-TTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAACT-TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
323 TTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAAC-AGAAGAAAA
* * * *
43587 ATATATTAATTAGTAA-AAAAG-CCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-
385 AGATATTCATT-GGAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
43649 ATTATAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AAATTTTTTAT--TTTTT-
447 CTT-TAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTA
* * * * *
43705 TTAAAAACAGATTATAAATGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGACAAAGATATTCATT-GTCA
1 TT-AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAG-CA
* * * ** *
43769 AGAAAAGTGCATTTATAGTCACCTATGCATTCAAAACCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
43834 AATCTTATAGTTGACTTTAAGTTAATTGTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATG
128 AATCTCATAATTGACTTTAAGTTAATT-TTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATG
* * *** *
43899 -CTTACCTCGAGAAACGTGA-AAAAAACTATTCATTGATGAGAAAAGCCCATTTATACTC-ACTT
192 TC-TACCTCAAGAAACGTGAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCAAC-T
********* *
43961 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG-TTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTT
255 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
44025 GAATGTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACATGAAGA
319 -AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-GAAGA
* * * * *
44090 AAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTCAAGAGTCTTATTGCT
382 AAAAGATATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ******** *
44155 TGCTTTAAATGGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TNNNNNNNNNNTTTATATTTTTTA
445 CGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT--TGAATTTTTTTATAATTTTTA
* * *
44218 TTAAAACAGATAATAATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAATAAAAA-AAATTCATTAGCAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAG
* * *
44282 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
44347 TCTCATAATGGACTTTAAGTTAGATTTTTTTTCCTTTATGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGT
130 TCTCATAATTGACTTTAAGTTA-A-TTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGT
* * ** * * * *
44412 -TCACCTCAAGAAACGTGAAGAACAAGCTATTTATTACCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCA
193 CT-ACCTCAAGAAACGTG-AGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCAACTA
* * * * * * * *
44476 TACCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTATAAATAGTTTGATAATCTGATAGTTGATTTTAAGTTAG
256 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-
* * * * * **
44541 ATTTTTTTATATTTTTAGTTGAAACAGATTATAATTCAATGTTTACCTTAAGAAACGAGAAGGGA
320 ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-AGAAGAAA
* * *
44606 AAGATATTCATTGGAATGAACAGTCCATTTATAGTCATCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCA
384 AAGATATTCATTGGAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
44671 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGAATTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTG
447 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTA
* * * * * * *
44730 GTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATGGTAAA
1 TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAG
* * * * * * *
44795 AAAAGTTCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAGAGTCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * ********** * *
44860 TCCCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATTTTTTATNNNNNNNNNNTATAATTGATTGT
130 TCTCATAATTGACTTTAAGTT-AATTTTTT-TCATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGT
** *
44924 CTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCAACTAT
193 CTACCTCAAGAAACGTGA-GAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCAACTAT
* * * * **********
44989 GCCCTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAA
257 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA
* * * *
45054 TTTGTTTACATTTTTAGTTATAACAGATAATAATTGAATGTCTA-CTTCGAGAAAAAGAAAGAAA
321 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACAG-AAGAAA
* ** * * * *
45118 AAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCGTGCCTTCGAAAGCTTTATTGCTT
384 AAGAT-ATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
45182 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTA
446 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTTA
* * * * * **
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* *
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* *
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* * *
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*
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* **
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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* *
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* ***
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* ** *
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* *
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* * * *
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** * * *
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* *
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1 AATTTA
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* **
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* * *
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*
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* ** *
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* * * * * *
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*
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*
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* * *
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*** * *
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* *
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*
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* *
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*********
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* *
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* *
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*
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* *
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*** *
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* * *
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**
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* *
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1 T
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*
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* *
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* *
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*
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*
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1 AGC
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** *
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1 TTTTGTTAT
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* **
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* *
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1 ATTTTGTTTTGTTATAATTGATGTTATAATT
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1 ATT
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*
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*
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** *
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*
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*
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* * *
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*
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* * * *
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* * *
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*
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* * *
198226 AAAAAAT-TTGTTTTTATCTTAAATTAAGAC
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*
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*
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198321 AAAGTTGTCA
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1 T
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Consensus pattern (20 bp):
TCTTTTTTCTCTCTCCTTTC
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213891 TAGTTTTTTT
*
213901 TCTTTTTTCTC
1 TCTTCTTTCTC
*
213912 TCTCCTTTCTC
1 TCTTCTTTCTC
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1 TCTTCTTTCTC
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1 TCTTCTTTCT
213943 TCCTTCTTAT
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TCTTCTTTCTC
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223910 NNNNNNNNNN
* *
223920 TTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGAC-TTT-TTGTCCAATG
1 TTAAAGCTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATG
* ** * * * ********** *
223982 AATTCTTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGGTAGGCATTCAATTNNNNNNNNNNTTAACCAAAACTA
65 AA-TCCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATA
* ** *
224046 CAAAAATATTCAACTTAAAATTC-ATTATTGGATTATAAAACCAT
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* * * * * * *
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1 TTAAAGCTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
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66 AT-CCTTTTTCTTCACATTTC-TCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA--T
* * * * *
224218 TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTGTTAGATTATAAAACCAT
127 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
********** * * * * * *
224262 TTAAA-NNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACAATAAATAGACATTTT-TTGCAAATA
1 TTAAAGCTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATG
** * *********
224325 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAACG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTNNNNNNNNNNG
65 AAT-CCTTTTTCTTCACATTTCTCAA-GATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT--AACCAAAAA
* * * * *
224389 TAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAGTTGTAAGACTATAAAATAAT
126 TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
* * *
224434 TTAAAG-TGAGTAATAAAGCGTTTAGAA-GAATAGGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 TTAAAGCTGAGTAATAAGGCATTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** * *
224496 AATCCATTTTTCTTCACATTTCTCGTGATAGACATTAAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAATATA
65 AATCC-TTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATA
* *
224561 AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATAAT
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
224604 TTAAAGCT-AGTAATAAGGC-TTTCGAAGGAATGGGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAA
1 TTAAAGCTGAGTAATAAGGCATTT-GAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAA
* * * * * ** * * * *
224665 TGAATGGCTTTCTCTACACATTTCCCACGGCAGACATTCAATTGTAGTTTATTTT-ACGGAAAAA
63 TGAAT-CCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-CAAAAA
* * * * **
224729 TATAAAAAAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGAGTATAAAACCGT
126 TA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
* * * *
224775 TTAAA-ATGAGTAATAAGTCATTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
1 TTAAAGCTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* ** * * * *
224839 ATCCCTTGTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATAATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA
66 AT-CCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-AA
* * ** *
224904 AAACAATTCAACTTAAATTCAGCTATGAGATTATAAAACAAT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
* * *
224946 TTAAAGC-GAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTAT
1 TTAAAGCTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACTAT
224987 TAATAGGCTT
Statistics
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TTAAAGCTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
ATCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATAAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
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Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
224946 TTAAAGCGAG
*
224956 TAATATGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTAT
1 TAATATGGCTTTTGAAGAAATAG-GTGACTAT
224987 TAATA-GGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTAT
1 TAATATGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTAT
225017 AAGTGGACTT
Statistics
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TAATATGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTAT
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Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
225094 CCAAAAATGT
* *
225104 AAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATTAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTT
* * * * *
225169 TGAAGGAATTGGTAACTATAAGTGGACTTTTTATCCAATGAATTCCTTTTT-CTTCATGTTTCCT
66 TGAAAGAATGGGTAACTATAAGTGGACTTTTTATCCAACGAATTACTTTTTCCTTCACGTTT-CT
* *
225233 AG-GGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTNNNNNNNNNNACTAC
130 AGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGT----------ACTAC
* * * * *
225274 AAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAA-TAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGC-AAGTAATAAGCCTT
* *
225338 TTGAAAGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCT-TGCCAACGAA-TACTTTTTCCTTTACGTTT
65 TTGAAAGAATGGGTAACTATAAGTGGACTTTT-TAT-CCAACGAATTACTTTTTCCTTCACGTTT
*
225401 CTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCT
128 CTAGAAGTAGACATTCAATTATAGTCT
225428 AATTCAACCA
Statistics
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AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTT
TGAAAGAATGGGTAACTATAAGTGGACTTTTTATCCAACGAATTACTTTTTCCTTCACGTTTCTA
GAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTACTAC
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225082 NNNCTGTTTT
* * **
225092 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATTAGACTATAAAACTATTTAAAGCAAG
1 AACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * *
225157 TAATAAGCCTTTTGAAGGAATTGGTAACTATAAGTGGACTTTTTAT-CCAATGAATTCCTTTTTC
66 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTGCCAATGAA-TCCTTTTTC
* * * * ***
225221 TTCATGTTTC-CTAGGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTNNN
130 TTCATGTTTCTCGAGAGTAGACATTCAATTATAGTCTATATC
******* ** * * * *
225262 NNNNNNNACTACAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-TCGA
1 AACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGACTATAAAACTATTTAAAGT-GA
* * * * *
225326 ATAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAACGAATACTTTTTC
65 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTGCCAATGAATCCTTTTT-
* *
225391 CTTTACGTTTCTCGA-AGTAGACATTCAATTATAGTCTA-ATTC
129 CTTCATGTTTCTCGAGAGTAGACATTCAATTATAGTCTATA-TC
* * * *
225433 AACCAAAACTGTAAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTGTTAGACTATAAGACCATTTAAAGTGA
1 AACCAAAACTGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATTAGACTATAAAACTATTTAAAGTGA
* * * ** *
225498 GTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACAATAAATAAACTTTTTTTGCCAATAAATGCCTTTTT
65 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTGCCAATGAAT-CCTTTTT
225563 CTTCATGTTTCTC
129 CTTCATGTTTCTC
225576 AACGTAAAAA
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 65, Indels: 14
0.75 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 93 0.39
171 44 0.18
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173 7 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTGCCAATGAATCCTTTTTCT
TCATGTTTCTCGAGAGTAGACATTCAATTATAGTCTATATC
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Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 341
225847 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
225857 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGT-GAACTTTTCTTCTCAATGAAT
1 AAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATAG-ACTTTTCTTATCAATGAAC
* * * * ** * *
225921 GGC-TTTTCTTACATGTTTCCCAAGGAAGGCATTCAGTTATAGACTGTTTTATTGAATAATG-TA
65 GCCTTTTTC-TACATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAGACTATTTTA-ACAAAAAAGATA
* * ** * * *
225984 AAAAACTTCAA-CTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTN
128 AAAAAATTTAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCCTT
********* * * * * *
226048 NNNNNNNNNGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATAAAT-TATTTTT-TCTGCACGTTTC
192 TCAAGGAATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTTCTCT-CACGTTTC
* * ********* * * *
226111 TTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTNNNNNNNNNNATATAAAACAATTTAACTTAAAATCA
255 TTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTT-TTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
226176 GTTATGAGATTGTAAAACTATTT
319 ATTATAAGATTATAAAACTATTT
* * * * * * ** *
226199 AAAGCACGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATG
1 AAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAACG
* * * * * * * ** * * ** *
226264 TCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGGTAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAAC-CAAACTACAAAA
66 CCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAGACTATTTTAACAAAAAAGATAAAA
* ** * * * ** * * * *
226328 AAATTCAAGTTACAATAAATTATAAGATTATAAAATTA-TGTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGA
131 AAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTG-AAATCGAGTAATAAGGCCTTTCA
* * * * *
226392 AGAAATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCT-TCACGTTTCTCGA
195 AGGAATGGGTGACTATAA-TGGACTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTTCTCTCACGTTTCTTGA
* * ** *
226456 AGCAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTA
259 GGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
226521 TTAGACTATTAAACTATTT
323 TAAGATTATAAAACTATTT
* *
226540 AAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAGGT-AATAATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAAC
1 AAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAGGTGAAT-ATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAAC
* ** * * * * *
226604 GCCTTTTTTCTTCATGTTTCTGAATGTAGATATTCAATTATA-ATCTGTTTTAACAAAAAAGGTA
65 GCC-TTTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAGA-CTATTTTAACAAAAAAGATA
* * * * *
226668 AAAAACAGTTTGACCCTAAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAGGT-GAGTAATAAGG-
128 AAAAA-A-TTT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAA-ATCGAGTAATAAGGC
*
226731 CTTTCAGAGGAATGGGTGACTATAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTTCTCT-ATGTT
189 CTTTCA-AGGAATGGGTGACTATAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTTCTCTCACGTT
* * *
226795 TTTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAAT
253 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** *
226860 CAATTGTGGGATTATAAAACCATTT
317 CAATTATAAGATTATAAAACTATTT
* * * * * * * *
226885 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTCTCAATGAATG
1 AAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAACG
* * * *** *
226950 GCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAGGCATTCAGTTATAGACTATTTTATTGAAAAATATAAAA
66 CCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAGACTATTTTAACAAAAAAGATAAAA
** * ** *
227015 AAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGGCATTGAAATCGAGTAATAAGGCCTTTGAA
131 AAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCCTTTCAA
* * * * *
227080 GGAATGAGTGACTATAAATGTACTTTTTTTACCAATAAAT-GATTTTT-TCTTCACGTTTCTTGA
196 GGAATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTTCTC-TCACGTTTCTTGA
* * * * *
227143 GGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAACAAGAAATATAAAACAATTCAAATTAAAATAAATTA
259 GGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*
227208 TAAGATTATAAAATTATTT
323 TAAGATTATAAAACTATTT
227227 AAAG
1 AAAG
227231 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 814, Mismatches: 190, Indels: 56
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 10 0.01
341 267 0.33
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343 17 0.02
344 50 0.06
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347 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAACG
CCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAGACATTCAATTATAGACTATTTTAACAAAAAAGATAAAA
AAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCCTTTCAA
GGAATGGGTGACTATAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTTCTCTCACGTTTCTTGAGG
TAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAA
GATTATAAAACTATTT
Found at i:227046 original size:171 final size:171
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Indices: 225857--227230 Score: 1099
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
225847 NNNNNNNNNN
* *
225857 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGAACTTTTCTT-CTCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT
* * * * * * * * * * *
225921 GGC-TTTTCTTACATGTTTCCCAAGGAAGGCATTCAGTTATAGACTGTTTTATTGAATAATGTAA
65 GACTTTTTCTT-CACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAA
* * *
225985 AAAACTTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* ********** * * * *
226028 AAAGCGAGTAATAAGGCCTNNNNNNNNNNGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATAAATT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * * * **********
226093 ATTTTTTCTGCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTNNNNNNNNNNATATAAAA
66 ACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAA
* * * *
226158 CAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTGTAAAACTATTT
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * *
226199 AAAGC-ACGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT
1 AAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * *
226263 GTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGGTAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-CCAAACTACAAA
65 GACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAA
* * * * * *
226327 AAAATTCAAGTTACAATAAATTATAAGATTATAAAATTATGT
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * *
226369 AAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * *
226433 ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAA-GCAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
66 AC-TTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAA
* * * *
226497 AAAAATTCAACTTAATATCAATTATTAGACTATTAAACTATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * * * * * ** *
226540 AAAGCAAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATAGGT-AATAATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAAC
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * *
226604 GCCTTTTTTCTTCATGTTT-CTGAATGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-AGG
65 GAC-TTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATA--
* * * * * *
226666 TAAAAAACAGTTTGACCCTAAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACCATTT
126 TAAAAAA-A--TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * * *
226715 AAGGTGAGTAATAAGGC-TTTCAGAGGAATGGGTGACTAT-AATGGACTTTTTTTGCCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* ** * * * *
226778 -ACATTTTTC-TCTATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTTTGTTTTAATCAAAAATGTA
65 GAC-TTTTTCTTC-ACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATA
* * * *
226841 AAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTGTGGGATTATAAAACCATTT
128 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
*
226885 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTT-CTCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT
* * * * * * * * * * *
226949 GGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAGGCATTCAGTTATAGACTATTTTATTGAAAAATATAAA
65 GACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAA
* * * * *
227014 AAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGGC-ATTG
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACTATTT
* * * * * * *
227056 AAATCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGTACTTTTTTTACCAATAAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * *
227121 ATTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAA-CAAGAAATATAAA
66 ACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAA-AAATATAAA
* * * * *
227185 ACAATTCAAATTAAAATAAATTATAAGATTATAAAATTATTT
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
227227 AAAG
1 AAAG
227231 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 934, Mismatches: 238, Indels: 62
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 204 0.22
171 537 0.57
172 62 0.07
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AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
ACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
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229497 TGACAGCTTT
* *
229507 AACATGTTTGTCTTAATTTAGACAAAAA
1 AACATATTTGTCTTAATTTAGATAAAAA
*
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1 AACATATTT-GTCTTAATTTA-GATAAAAA
*
229564 AACATGTTTGTCTTAATTTAAGATAAAAAAA
1 AACATATTTGTCTTAATTT-AGAT--AAAAA
* * *
229595 AACATATTTTGTCCTAATCTAGATAAGAA
1 AACATA-TTTGTCTTAATTTAGATAAAAA
* *
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AACATATTTGTCTTAATTTAGATAAAAA
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229497 TGACAGCTTT
* * *
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*
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* *
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229649 GATAAAATAT
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AACATGTTTGTCTTAATTTAAGATAAAAAAAAACATATTTGGTCCTAATCTATGTAAGAA
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229497 TGACAGCTTT
* * * *
229507 AACATGTTTGTCTTAATTTAGACAAAAA
1 AACATATTTGTCTTAATTTAAATAAGAA
**
229535 AACATATTTGGTCTTAATTTATGTAAGAA
1 AACATATTT-GTCTTAATTTAAATAAGAA
* *
229564 AACATGTTTGTCTTAATTTAAGATAAAAAAA
1 AACATATTTGTCTTAATTTAA-AT--AAGAA
* * *
229595 AACATATTTTGTCCTAATCTAGATAAGAA
1 AACATA-TTTGTCTTAATTTAAATAAGAA
*
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229661 TTNNNNNNNN
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AACATATTTGTCTTAATTTAAATAAGAA
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229813 ATCCTAATAA
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1 AATAAGGAGTTTTATT
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AATAAGGAGTTTTATTC
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233229 CTTTCAAAGG
* **
233239 CCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAAAGCTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATT
* * * * *** *
233304 TTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCCTTGGGAAACGTATAGAAAATACCATTTATTG
66 TTTCACTAAAACAGACTATAAGTAAATGCCTACATCAAGAAACGTATAGAAAATACCATTCATTG
* ********** *
233369 AGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAACCTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTT
131 AGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTATTCACTTTAAATGCTTT
*
233434 TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATCGGTTTATAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
196 TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATCGGTTTATAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTA
* * * * *
233499 GATGCCTACCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-TAGAAAAAGTCTATTTATAGTC
261 AATGCCTACCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAG-AAAAGTCCATTTATAGTC
233563 ACTCATT
325 ACTCATT
* *
233570 CCTNNNNNNNNNNTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATTTCATAAATGATTTTAAGTTGAA-
1 CCT----------TATTACTCGCTTTAAAAGCTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAT
* *
233634 TTTTTTTATTTTTTTACTAAAACAGACTATAAGTAAATGCCTACATCAAGAAACGTGTA-AACAA
56 TTTTTTTA-TTTTTCACTAAAACAGACTATAAGTAAATGCCTACATCAAGAAACGTATAGAA-AA
** * * *
233698 -AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATCTTTACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCA
119 TA-CCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTATTCA
* * * *** *
233762 CTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTCA-TTAA
183 CTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATCGGTTTA-TAATTTT-AGTTAA
* ** * * *
233825 AACAGATTATAATTAAATG-CTTGCCTTGCAAAACGT-ATAGAAAATGCCATTCATTGAGAAGAA
246 AACAGACTATAATTAAATGCCTACCCTAG-AAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAA
233888 AAGTCCATTTATAGTCACT
309 AAGTCCATTTATAGTCACT
233907 NNNNNNNNNN
Statistics
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CCTTATTACTCGCTTTAAAAGCTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATT
TTTCACTAAAACAGACTATAAGTAAATGCCTACATCAAGAAACGTATAGAAAATACCATTCATTG
AGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTATTCACTTTAAATGCTTT
TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATCGGTTTATAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTA
AATGCCTACCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CTCATT
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Indices: 233101--235012 Score: 793
Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 170
233091 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
233101 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTCTAGTTAAAACA-AATATTAGTTGTAA-GT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTA-TTAAAACAGATTA-TAATT-AAATGC
* * ** * *** *
233164 CTACCTCAAGAAAC--ATGAAAAAAAGTGATTTATTG-GCAAGAAAAGTATGTTTATAGTCTCTC
63 CTACATCAAGAAACGTAT-AAACAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * *
233226 ATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATC
126 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
233271 TCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGCCT
* * *** * * *
233335 GCCTTGGGAAACGTATAGAA-AATA-CCATTTATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT
65 ACATCAAGAAACGTATA-AACAA-AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
* * **********
233398 TCTTTCAAAAACCTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTATAATC
128 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *** * * **
233441 TCATAATTGATTTAAAGTTAAATCGGTTTA-TAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGGATGCC
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGCC
* * * * * *
233505 TAC-CCTAGGAAAC--ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-TAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACT
64 TACATC-AAGAAACGTAT-AA-ACAAAGCCATTCATTGAGAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACT
********** * *
233566 CATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATT
125 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
233612 TCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTACTAAAACAGACTATAAGTAAATGCCTA
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTA
* * ** *
233677 CATCAAGAAACGTGTAAACAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATCTTTACTCATTCC
66 CATCAAGAAACGTATAAACAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* * *
233742 TTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGCTTTTATAATC
131 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* *
233782 TCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGCTT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTAAATGCCT
* * * **
233847 GCCTTGC-A-AAACGTATAGAA-AATGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTNN
65 -ACAT-CAAGAAACGTATA-AACAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
********
233909 NNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
127 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** * * * * * *
233953 TTATAATTAATTTTAAACTGAATTGTATTACGTTTTTAGTTAAAACAGATGATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGCCT
* * * ** * ** ****
234018 ACCTCAAGGAACTTATAGAA-AAAATCATTTATTG-GCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACNNNN
65 ACATCAAGAAACGTATA-AACAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
****** * *
234081 NNNNNNAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATCATC
128 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * *
234124 TAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGTATTAAAAGAAACTATATTTAAATACCT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGCCT
* * * * * * * **********
234189 ACCTTAGGAAACATGTAGAA-AAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATNNNNNNNNNNTCATT
65 ACATCAAGAAACGTATA-AACAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* *
234253 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATC
129 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** * * * * * * * *
234295 TCACAATCGATTTCAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGCCT
* * ** * * * * ** *
234360 CCCTTGAG-AA-GGATGAAGAAAAATG-TATTCATTG-GCAAGAAATGTTTA-TTATAGCCACTC
65 ACATCAAGAAACGTAT-AA-ACAAA-GCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* *
234420 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATC
126 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ******** ** *
234465 -CTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNAGTTAAAACAGACAATAATTGAATG
1 TC-ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ACTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTAAATG
** * *** ** *
234529 TATACCTTGTGAAACGTGA-AGAA-AAATACATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCA-TTATCGTCAC
62 CCTACATCAAGAAACGT-ATA-AACAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * * *
234590 CCATTCCACCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATT
124 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
234637 TCAAAACTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTTTACTTTTTT-TGGCTCAAAA-AGATTATAATTGA
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACTTTTTTAT---T-AAAACAGATTATAATTAA
* * * * * ** * * * ****
234700 ATGTCTACGTCGAGAGACATGACGAAGAAAG-CAATCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATNNNN
59 ATGCCTACATCAAGAAACGT-ATAAACAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
****** * * * *
234763 NNNNNNTCCTTCAGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATC
122 ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** * * *
234812 TAATAATTAATTTTAAGTTG-ATTTTTTTGACATTCTTGGA-TAAAACAGACTATAATTGAATGT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT-AC-TT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGC
* ** * * * * * *
234875 TTACATTGAGAAATGTGA-AGAAGAAAG-CGTTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
63 CTACATCAAGAAACGT-ATA-AACAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * *
234938 ATTCCTTCAAACGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGATTTTATAATC
126 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
*
234983 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
235013 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1304, Mismatches: 374, Indels: 127
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 36 0.03
170 331 0.25
171 667 0.51
172 137 0.11
173 8 0.01
174 55 0.04
175 68 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTA
CATCAAGAAACGTATAAACAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
Found at i:235857 original size:171 final size:169
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Indices: 235402--236429 Score: 686
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 169
235392 NNNNNNNNNN
* * * * * *
235402 TATTACT-TGCTTTAAATGCTTTTATAATCGCATAATTTATTTTAAGGTGAATTTTTTTACA-TT
1 TATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTT
** * * *
235465 TTCAATAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTACCTCTAGAAACAT-ATAGAAAAAG-CTATTCAT
65 TTCGTTAAAACAGATTATAATTG-ATGTC-TA-CTCGAGAAACATGA-AGAAAAAGAC-ATTCAT
* * * * * *
235527 TGAGAAGAAAAGTTTATTTATTA-TCACCTATTACTTCAAAAGCCT
125 TGACAAGAAAAGTCTACTTA-TAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCT
** ** * * *** *
235572 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATAGCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTAAAAAAAT
1 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TGCATT
* * * ** * * * * * *
235637 TTT-ATTAAAATATACAATAATTAAATGTCTATTTTGAAAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTG
64 TTTCGTTAAAACAGATTATAATT-GATGTCTA-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG
*
235701 ACAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCC
127 ACAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCT
* * * * *
235743 TATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTTGCATTT
1 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTGCATTT
* * * * *
235808 TTGGTTAAAACAAATTATAATTCATTGTCTACGTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
65 TTCGTTAAAACAGATTATAATTGA-TGTCTAC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA
* * * * * * *
235873 CAAAAAAAGTCTATTTCTTGTTACCCATTCTTTCAAAAGCCT
128 CAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCT
* * * * * *
235915 TAGTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAGT-TTAATAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTACATTT
1 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTT
* * * * * *
235979 TTTGTTGACACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAATAAACGTGAAGAAGAAAGA-ATTCATT-
65 TTCGTTAAAACAGATTATAATTG-ATGTCTAC-TCGAGAAACATGAAGAA-AAAGACATTCATTG
*
236042 AGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCC-CTCAAAAGCCT
127 A-CAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTC-CAAAAGCCT
* * * * *
236086 TATTATTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-ATGTTTAAGTTGAATATTTTTGTAGTT
1 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTT
* * * *
236150 TTCGTTAAAACAGACTATAATTGGATGCCTAC-CAGAGGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTG
65 TTCGTTAAAACAGATTATAATT-GATGTCTACTC-GA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG
* ** * * *
236214 GCAA-AACAAGTCCGCGTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCT
127 ACAAGAA-AAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCT
* * * * ***********
236257 TATTACTCGCTTTAAATGGATTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNTATTTT
1 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTT
* * * * * * * *
236322 TCATTAAAATAGACTATAATTGAGTGCCTGGCT-TAGGAAACATGTAGAAAAA-ATTATTCATTG
66 TCGTTAAAACAGATTATAATTGA-TGTCT-ACTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTG
* * *
236385 AGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
127 ACAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCT
236428 TA
1 TA
236430 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 680, Mismatches: 144, Indels: 67
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 70 0.10
171 467 0.69
172 135 0.20
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTT
TCGTTAAAACAGATTATAATTGATGTCTACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAA
GAAAAGTCTACTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCT
Found at i:235940 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 235478--236302 Score: 859
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
235468 AATAAAATAG
* * ** *
235478 ACTATAATTGAATGCTTACCTCTAGAAACAT-ATAGAAAAA-GCTATTCATTGAG-AAGAAAAGT
1 ACTATAATTGCATGCCTACC-AGAGAAACATGA-AGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAAAAAAGT
* * * * *
235540 TTATTTATTATCACCTATTACTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATAGCAT
62 CTATTTATTGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAT
* *
235605 AATTGATTTTAAGA-TG-AATTTTTTAAAAAAATTTTATTAAAATATACAATAATTAAATGTCTA
126 AATTGATTTTAAGATTGAAATTTTTT--AAAAATTTTATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTA
* * * *
235668 TTTTGAA-AAACGTGAAGAA-AAATACATTCATT-GACAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCAT
189 -CTTCAATAAACGTGAAGAAGAAAGA-ATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCAT
235729 T-CCTCCAAAAGCCCTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGAT-TTTAAGTTC
251 TCCCT-CAAAAGCCCTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAA-TGATGTTTAAGTTC
* * *
235792 AATTTTGTTTGCATTTTTGGTTAAAACAA
314 AATATT-TTTGCAGTTTTCGTTAAAACAA
* *
235821 ATTATAATT-CATTGTCTACGTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTC
1 ACTATAATTGCA-TGCCTAC--CAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTC
* * * * * * *
235884 TATTTCTTGTTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAGTTTAATA
63 TATTTATTGTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATA
* ** * * * ** *
235949 ATTGATTTTAA-ATTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTGACACAGATTATAATTGAATGTCTACTT
127 ATTGATTTTAAGATTGAAATTTTTTAAAAATTTTATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACTT
236013 CAATAAACGTGAAGAAGAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCCTC
192 CAATAAACGTGAAGAAGAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCCTC
* * * * * * * *
236078 AAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATGTTTAAGTTGAATATTTT
257 AAAAGCCCTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAATGATGTTTAAGTTCAATATTTT
* *
236143 TGTAGTTTTCGTTAAAACAG
322 TGCAGTTTTCGTTAAAACAA
* * * **
236163 ACTATAATTGGATGCCTACCAGAGGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAACAAGTCCG
1 ACTATAATTGCATGCCTACCAGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTA
** * * * *
236228 CGTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATGATCTCATAAT
65 TTTATTGTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAAT
236293 TGATTTTAAG
129 TGATTTTAAG
236303 TTGNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
ACTATAATTGCATGCCTACCAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTAT
TTATTGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTG
ATTTTAAGATTGAAATTTTTTAAAAATTTTATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACTTCAAT
AAACGTGAAGAAGAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAA
GCCCTATTACTCACTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAATGATGTTTAAGTTCAATATTTTTGCA
GTTTTCGTTAAAACAA
Found at i:236342 original size:342 final size:337
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 337
235551 CACCTATTAC
* * * * ***
235561 TTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATAGCATAATTGATTTTAAGA-TG-AAT
1 TTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGATTTATAGTCTAATAATTGATTTTAA-ATTGAAAT
* * * * * *
235624 TTTTTAAAAAAATTTTATTAAAATATACAATAATTAAATGTCTATTTTGAAAAACGTGAAGAAAA
65 TTTTT---ACATTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTA-CTT-AAAAACGTGAAGAAAA
*
235689 ATACATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCCATT-CCTCCAAAAGCCCTATTACTCA
125 ATA-ATTCATTAG-CAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCCATTCCCT-CAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
235752 CTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTTGCATTTTTGGTTAAA
187 CTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATATTGTTTGCAGTTTTCGTTAAA
* *
235817 ACAAATTATAATTCATTGTCTACGTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAG
252 ACAAACTATAATTCATTGCCTACG-CGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAG
* ** * * * *
235882 TCTATTTCTTGTTACCCATTCT
316 TCCACGTATAGTCACCCATTCA
* * *
235904 TTCAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAGTTTAATAATTGATTTTAAATTGAAATT
1 TTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGATTTATAGTCTAATAATTGATTTTAAATTGAAATT
* * * * * *
235969 TTTTACATTTTTTGTTGACACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAATAAACGTGAAGAAGAAAG
66 TTTTACA-TTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACTT-AA-AAACGTGAAGAA-AAAT
* * * *
236034 AATTCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTT
127 AATTCATTAGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTG
* * * * *
236099 AAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTATGTTTAAGTTGAATATT-TTTGTAGTTTTCGTTAAAACA
191 AAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGAT-TTTAAGTTCAATATTGTTTGCAGTTTTCGTTAAAACA
* * * *
236162 GACTATAATTGGA-TGCCTAC-CAGAGGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAACAAGT
255 AACTATAATT-CATTGCCTACGC-GA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGT
*
236225 CCGCGTATAGTCACCCATTCA
317 CCACGTATAGTCACCCATTCA
* * * ****
236246 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTAT-GATCTCATAATTGATTTTAAGTTGNNNN
1 TTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGATTTATAG-TCTAATAATTGATTTTAAATTGAAAT
******* * * * * * *
236310 NNNNNNTATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAGTGCCTGGCTTAGGAAACATGTAGAAAAAA
65 TTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-ACTTA-AAAACGTGAAG-AAAAA
* *
236375 TTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
126 TAATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTA
236430 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 80, Indels: 37
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Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
TTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGATTTATAGTCTAATAATTGATTTTAAATTGAAATT
TTTTACATTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACTTAAAAACGTGAAGAAAAATAATT
CATTAGCAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATA
GTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATATTGTTTGCAGTTTTCGTTAAAACAAACTAT
AATTCATTGCCTACGCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCACGTATA
GTCACCCATTCA
Found at i:241122 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 241078--241123 Score: 58
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241068 GTCATGAATT
* *
241078 CAAAACAAGAAAATAAGACTAACA
1 CAAAAAAAGAAAAGAAGACTAACA
241102 CAAAAAAAGAGAAAGAA-ACTAA
1 CAAAAAAAGA-AAAGAAGACTAA
241124 TGTTGAATCC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (24 bp):
CAAAAAAAGAAAAGAAGACTAACA
Found at i:243637 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 243086--243701 Score: 429
Period size: 172 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
243076 GTTGAATTGT
* ** * * * * * * * **
243086 TTTACATTTTTAGTTAAAACTGACAATAACTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAATATT
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTCCCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAAGC
** * * * * * **
243151 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAT-ATTCCTTCAAAAGTCATATTACTTGCTTT
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* ** * * * * *
243215 AAATAATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTT-AATTT-T
129 AAATGA-TTTATAATCCCAAAATTGATGTTAAATTCAATTTGC
* * * * * *
243256 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT-GTAATTGAAT-ACTTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAG
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACA-AATAATAATTAAATGTC-TCCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAG
* * *
243319 CATTGATTGAAAAAAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATTCGTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTT
64 CATTCATTGAAAAAAAAAGTACATTTATAGTCACTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * **
243384 AAATGATTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTT
129 AAATGATTTATAATCCCAAAATTGATGTTAAATTCAATTTGC
* *
243426 TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTCCCTTGAGAAACTTGAAAAAAAAAAG
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTCCCTTGAGAAACGTG--AAAAAAAAG
* ** *
243491 CATTCATT-AGGAAAAAAAG-ACAATTTATAGTTGCTCATTCTTTCCAAAA-CCTTATTACTCAC
64 CATTCATTGA-AAAAAAAAGTAC-ATTTATAGTCACTCATTCGTT-CAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
243553 TTTAAGTGGTTTTATAATCTCAAAATTGATGTTAAATTCAATTTGC
126 TTTAAAT-GATTTATAATCCCAAAATTGATGTTAAATTCAATTTGC
* * * * * * * * * * * *
243599 TTTACTTTTTTGGTTAAGACAGATTATATTTAAATGTCTACGTTAAAAAACATGAAGAAAAACGT
1 TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTCCCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAAGC
** * * * *
243664 ATTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATTGTCACCCATT
65 ATTCATTGAAAAAAAAAGTACATTTATAGTCACTCATT
243702 TCTTCTAATA
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 72, Indels: 30
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTCCCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGCA
TTCATTGAAAAAAAAAGTACATTTATAGTCACTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGATTTATAATCCCAAAATTGATGTTAAATTCAATTTGC
Found at i:244399 original size:171 final size:169
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Indices: 242750--246455 Score: 1643
Period size: 171 Copynumber: 21.7 Consensus size: 169
242740 CTTTTCTTGA
* * * *
242750 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGCAGAAAAATA-CATTCAT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCAT
* * * ***********
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* *
242879 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACAT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGTTTTACAT
** * * * * * * *
242922 TTTTCATGAAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGTA-AAAAAAGTCATTTAT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCAT
*********** ** *
242986 TGAG-AAGAAAAGTCTNNNNNNNNNNACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGG
64 TG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
***********
243050 TTTTATAATCTCCNNNNNNNNNNTAAGTTGAATTGTTTTACAT
127 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
* * * * ** * * **
243093 TTTTAGTTAAAACTGACAATAACTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAATATTATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAA-TTAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * * ** *
243158 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGTCATATTACTTGCTTTAAATAATT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * *
243223 TTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTATAT
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
* * * *
243263 TTTTGGTTAAAACAGACTGTAATTGAAT-ACTTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAAGCATTGAT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTC-TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
** * * * * *
243326 TGAAAAAAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATTCGTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GA
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * *
243390 TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACAT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACAT
* * * * *
243433 TTTTGGTTAAAACA-AATAATAATTGAATGTCTCCCTTGAGAAACTTGAAAAAAAAAAGCATTCA
1 TTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATT-AATGTCTACCTTAAGAAACGTG-AAGAAAAAAGCATTCA
* * * ** * *
243497 TTAGG-AAAAAAAGACAATTTATAGTTGCTCATTCTTTCCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAGT
63 TT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * *
243560 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATGTTAAATTCAATTTGCTTTACTT
125 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACAT
* * * * * * * *
243606 TTTTGGTTAAGACAGATTATATTTAAATGTCTACGTTAAAAAACATGAAGAAAAACGTATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
** * * * **************
243671 GGCAAGAAAAGTATATTTATTGTCACCCATTTCTTCTAATA-CCTTATTACNNNNNNNNNNNNNN
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
**** * * *
243735 NNNNTAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACAT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
* * ** * ** * * * *
243777 TTTTGATTAAAACAAAAAATAATTGATTGTCTACCACAAGAAACATGAAAAAAAAATCATTTATT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
* ********* * *
243842 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCANNNNNNNNNNCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGAT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
*
243907 TTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAA-TGTTTTTACAT
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACAT
* * * * *
243948 TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGCAACTTGAAGAAAAACGCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * * * * ** *
244013 GGCAAAAAAAATTCTATTTATAGTCATCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGN
65 GGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
********* *
244078 NNNNNNNNNTCATAATTGATTTTGAGTTGAATT-TTTTACAT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
** * * * **
244119 TTTTTATTCAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACGT-ATAG-AAAAAGCCATTCA
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAAG-CATTCA
* ********** * * *
244182 TTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCACTTTTAGTG
63 TTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
*
244246 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACAT
126 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
* * * * **
244290 TTATGGCTAAAACAGACAATAATTAAGTATCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAATTATAT-AT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAA-TGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT-TCAT
* * * *
244354 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* *
244419 TTTATAATCTCAT-ATTGATTTT-TG-TGAATTTTTTTACAT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
** * * * * * *
244458 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATG-CTTACCCTAGGAAGCATGAAGGAAAAGGCATTCAT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTC-TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * ***
244522 TAGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAANNN
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAG
******* * * * *
244586 NNNNNNNATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATAT
127 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACAT
** * * * * ** * *
244630 TTTTAATTAAAAGA-AGCAATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAATCAGTCAT
1 TTTTGGTTAAAACAGA-CTATAATT-AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
** * * * *
244694 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACGTATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
********** * *
244759 TTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTTATAT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACAT
** * * * * *
244802 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTA-CTCTAGGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTAT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * ** * ** *
244866 TAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCGTTTATTCAAAAGCCATATTACTTGCTTTAAATTG
64 T-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * ***
244930 TTCTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTANNN
127 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
******* * * * * * * *
244973 NNNNNNNTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACATGAAGAACAAGGAATTCAAT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * *
245038 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * ********** *
245103 TTGTACTCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACAT
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
*** * * ** ** * *
245144 TTTTCAATAAAATAGACTATAACTGAATCCCTGTCTCT-AGAAACATGTAG-AAAAAGTCATTCA
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAA-TTAATGTCTACCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCA
********** * *
245207 TTGAG-AAGAANNNNNNNNNNATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGGTTTAAAT
63 TTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAAT
*
245270 -GATTTTATAATC-CTATAATTTATTTTAAGTTGAATAAT-TTTTACAT
125 AG-TTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TGTTTTACAT
* ********* ** * *
245316 TTTTGGTTAAAACAGACAATAANNNNNNNNNNACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAATA-CATTCTT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAA-TTAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCAT
* * * * * * * *
245380 TGGAAAGAAAAGTCCA-TTACAGTTACCTATTTCTCCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGA
64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * *
245444 TTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTTACTGTTTTTTTAC-T
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTGTTTTACAT
* * * * * * ** * * *
245487 TTTTCAGTTAAAACAGATTATTATTGAACGTTTACATCGAGAAACATGAA-AAAAATGACATTCG
1 TTTT-GGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCA
* * * * * ********** *
245551 TTGGCCAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGG
63 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* *
245616 TTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTATATAT
127 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACAT
** * * ** * * * *
245659 TTTTCATTCAAATAGACTATAATTAAATACCTACCTT-GGAAAACAT-ATAG-AAAAAGTTATTT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCTTAAG-AAACGTGA-AGAAAAAAG-CATTC
* * * **********
245721 ATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAAT
62 ATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
245785 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGCATTGTTTTACAT
125 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
* * * * * *
245830 TTTTAGTTAAAACAAACAACAATTAAATGTCTA-CTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTTAT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * * * *
245894 TGGCAAGAAATGTCCATTTTTAGTCACCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAT-GA
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* *
245958 TTTATAATCTCATAGTTGATTTCAAGTTGAA-TGTTTTTACAT
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACAT
* * * * * * * *
246000 TTTTGATTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTCCCTCAGGAAGCATGAAG-AAAATGCATTCATT
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* *********
246064 GGCATGAAAAGTCCA-TTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTNNNNNNNNN
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGT
* *
246127 NTTATAATC-CAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACA-
128 TTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTGTTTTACAT
* * * * *
246170 TTTTGATTAAAACAGA-TAATAGTTAAATGTCTACCTTGAA-AAACGTAAAGAAAAATGCATTTA
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* * * * * *
246233 TTGGTCAAAAAAAGTCCA-TTATCGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTATTCACATTAAATG
63 TTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * * * *
246297 GCTTTATAATCTCAAAACTGACTTGAAGTTTAATTTCTTTTACTT
126 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACAT
* * * * * * * * * * *
246342 TTTTAGCTAAAATAGATTATAATTGATTGTGTACGTCT-AGAGACATGAAGAAAAAAGTAATCAT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AATGTCTACCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * *
246406 TAGCAA-AGAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
64 TGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
246456 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
Found at i:244768 original size:340 final size:331
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244238 TTTTAGTGGT
* * ** *
244248 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTATGGCTAAAACAGACAATAAT
1 TTTAAAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTATAACTAAAAAAGACAATAAT
* * * * * *
244313 TAAGTATCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAATTATATATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
66 TAAG-ATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATACATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGC
* **
244378 CACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTC-ATATTGATTTTT
130 CACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCAATATTGATTTAA
* *
244442 G-TGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCCTAGGAAGCATG
195 GTTGAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCCTAGGAAACATG
* * * * *
244505 AAGGAAAAGGCATTCATT-AGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
260 AAGAAAAAGGCATTCATTAAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCATA
244569 TTACTCGA
324 TTACTCGA
* * * *
244577 TTTAAANNNNNNNNNNATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAA
1 TTTAAA----------ATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTGTTTTACATTTATAACTAAAA
*
244642 GAAG-CAATAATTGAACG-TCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAATCAGT-CATTGATAAGAAA
55 -AAGACAATAATT-AA-GATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCA-TACATTGATAAGAAA
** * *
244704 AGTCCATTTATAGCCACGTATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
116 AGTCCATTTATAGCCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCT
********* *
244769 CANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCT
181 CA-ATATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCT
* ** * * * * *
244834 ACTCTAGGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCGTTT
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* *
244899 ATTCAAAAGCCATATTACTTGC
310 ATTCAAAAGCCATATTACTCGA
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1 TTTAAA
244927 TTGTTCTATA
Statistics
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TTTAAAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTATAACTAAAAAAGACAATAAT
TAAGATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATACATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
ACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCAATATTGATTTAAG
TTGAATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCCTAGGAAACATGA
AGAAAAAGGCATTCATTAAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCATATT
ACTCGA
Found at i:244955 original size:344 final size:339
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Period size: 344 Copynumber: 2.1 Consensus size: 339
244240 TTAGTGGTTT
* ** *
244250 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTGTTTTACATTTATGGCTAAAACAGACAATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTATAACTAAAAAAGACAATAATT
* * * * * *
244314 AAGTATCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAATTATATATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 AAG-ATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATACATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
* **
244379 ACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATATTGATTTTTGT
130 ACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATATTGATTTAAGT
* * *
244444 GAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCCTAGGAAGCATGAAGG
195 GAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCCTAGGAAACATGAAGA
* * * *
244509 AAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
260 AAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCATATTACT
******
244574 CGATTTAAANNNNNN
325 CGATTTAAATTGTTC
**** * * * *
244589 NNNNATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAAGAAG-CAATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTATAACTAAAA-AAGACAATAAT
*
244653 TGAACG-TCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAATCAGT-CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
65 T-AA-GATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCA-TACATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * ********
244716 GCCACGTATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNN
127 GCCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCA--TATTGATT
* * *
244781 TAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACTCTAGGAAAT
190 TAAG-TGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCCTAGGAAAC
* * * * * *
244846 GTGAAGAAAAAGGCATTTATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCGTTTATTCAAAAGCC
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* *
244910 ATATTACTTGCTTTAAATTGTTC
317 ATATTACTCGATTTAAATTGTTC
* * * *
244933 TATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
244969 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 67, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
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TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTATAACTAAAAAAGACAATAATT
AAGATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATACATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
CCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATATTGATTTAAGTG
AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCCTAGGAAACATGAAGAA
AAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCATATTACTC
GATTTAAATTGTTC
Found at i:247026 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 246648--247174 Score: 465
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 167
246638 NNCTCGCTTT
* ** * *
246648 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTGTATTTTCATTAAAACAGAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGAC
* * *
246713 TATAATTGAATGCCTACCCTAAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATGCATTGGCAAAAAAAGTCCAA
66 TATAATTGAATGCCTA-CCTTAGAAACATGTAAG--AAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCC-A
* * * ***
246777 TTACAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATGACTCGTTTTA
127 TTATAGTCACCAATTCCTTGAAAAGCCTTATTACT-AACTTA
* **********
246819 AAA-GATTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTACATTTTATATTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TATTAAAATAGA
* *
246883 CTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTACAGAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCA
65 CTATAATTGAATGCCTACCTTA-GAAACATGTA-AGAAAGTCATTCATTG-GCAAAAAAAGTCCA
* * *
246947 TTTATAGTTACCTATTCCTTGAAAAGCCTTGTTACTAACTTA
127 -TTATAGTCACCAATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTAACTTA
* *
246989 AAATGGTTTTATAATCAT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 AAATGGTTTTATAATC-TCATAATTAATTTTAAGTTGAA--TT-TTTTTACATTTTT-ATTAAAA
* * * *
247053 TAGACAATAATTGAATGTCTACCTT-GAAA-ATTGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAAAAAA
61 TAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAAACA-TGT-AAG-AAAGT-CATTCATTGGCAAAAAAA
* * * *
247116 GTCCATTATCGTCACCCATTCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCACTTT
122 GTCCATTATAGTCACCAATTCC-TTGAAAAGCCTTATTACTAACTTA
247162 AAATGGTTTTATA
1 AAATGGTTTTATA
247175 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 53, Indels: 34
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
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AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGAC
TATAATTGAATGCCTACCTTAGAAACATGTAAGAAAGTCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTAT
AGTCACCAATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTAACTTA
Found at i:247104 original size:174 final size:173
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Indices: 246858--247174 Score: 412
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246848 NAGTTGAATT
* * *
246858 TTTTTACATTTTATATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTACAGAAAG
1 TTTTTACATTTTATATTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTACCTTAGAAAACGTGTACAGAAAA
* * * *
246923 TCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCC-TTGAAAAGCCTTGTTACTAAC
66 TCATTCATTG-GTAAAAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTTG-AAAGCCTTATTACTAAC
246986 TTAAAATGGTTTTATAATCATATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTA
128 TTAAAATGGTTTTATAATCATATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTA
* * *
247032 TTTTTACATTTT-TGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAA-TTGTGA-AGAA
1 TTTTTACATTTTAT-ATTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTACCTTAGAAAACGTGT-ACAG-A
* *
247093 AAATGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTATCGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
63 AAAT-CATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTAA
*
247158 CTTTAAATGGTTTTATA
127 CTTAAAATGGTTTTATA
247175 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 13, Indels: 13
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
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TTTTTACATTTTATATTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTACCTTAGAAAACGTGTACAGAAAA
TCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTAACTTA
AAATGGTTTTATAATCATATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTA
Found at i:248213 original size:171 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
247870 NNNNNNNNNN
* * **
247880 TTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATTTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATT
* * * * * *
247945 TTA-GTTAAAACAGACTATAATTGATCCCTACCCTAGGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTG
65 TTACATTAAAACAGACTATAATTAATGCTTA-CCTAGGAAACGT-ATAAAAAAAGCCATTCATTG
* * * *
248008 -GCAAAAAAATATCTATTTA-CAGTCACCTATTCCTTGAAAAGCC
128 AG-AAGAAAA-GTCTATTTATTA-TCACCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * **
248051 TTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATTTGATAATTAATTTTAAGTTTTATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
248116 TACATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTAGGAAACATATAAAAAAAACCATTCATTGA
66 TACATTAAAACAGACTATAATT-AATGCTTACC-TAGGAAACGTATAAAAAAAGCCATTCATTGA
* *
248181 GAAGAAAAGTCCATTTATTATCACCCATTCCTTCAAAAGCC
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* * * * *
248222 TTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
248287 TTCAATAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCGAGAAACGTGT-ATAAAAGCTATTCATTGA
66 TACATTAAAACAGACTATAATT-AATGCTTACCTAG-GAAACGTATAAAAAAAGCCATTCATTGA
248351 GAAGAAAAGTCTATTTATTATCACCTATTCCTTCAAAAGCC
129 GAAGAAAAGTCTATTTATTATCACCTATTCCTTCAAAAGCC
248392 TTAT
1 TTAT
248396 CACTAGNNNN
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 50, Indels: 15
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 65 0.23
171 187 0.65
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173 1 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TACATTAAAACAGACTATAATTAATGCTTACCTAGGAAACGTATAAAAAAAGCCATTCATTGAGA
AGAAAAGTCTATTTATTATCACCTATTCCTTCAAAAGCC
Found at i:249812 original size:171 final size:171
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Indices: 248502--252801 Score: 2656
Period size: 171 Copynumber: 25.2 Consensus size: 171
248492 NNNNNNNNNN
* *
248502 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAAT-GATTTTATAATCCCATAATTGA
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * **
248566 TTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGGCAATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
65 TTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-GTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGA
* * *
248630 AACATGAAG-AAATA--TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA-TTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * ** * *
248670 TAGTCACCCATTCC-TCTGAAAGCTTTATTACTCACTGGAAATGGTTTTATAATCTCA-AAGCTG
1 TAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTG
* * * *
248733 ATTTTAGGTTTAATTTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATAGA
64 ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGA
* * *
248797 GAAACATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTA
126 GAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * ********** * * *
248843 TTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTAATAATTGAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
248908 TTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTGAAACAGACTATAATCGAATGTCTACTTTGAGAAA
66 TTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAA
* * * * *
248973 CGTGAAGAAGAAA-GCATTCATTAGCAA-AAAATGTCTACTTA
130 CATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTA
* * ********** *
249014 TAGTCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTAAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * * * **
249078 TTTAAGTTGAATATTTTTGTAGTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTCACTG-CTTACCCT-ATGA
66 TTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACATTGA-GA
* * * *
249141 AACATAAAG-AAAGAGGCATTCATTGAG-AAAAAAAGTTCATTTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * * *
249184 TAATCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GCTTTTATGATCTCATCATTGA
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *** * * * *
249248 TTTTAAATTTAATTTTGTATATTTTTCAATAAAATATACTATAATTGAAT-TCTTACCTTGGGAA
65 TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACATTGAGAA
* * * **
249312 ACATGTAG-AAAAAGCCATTCAATGAG-AAGAAAAGTCCATTNN
129 ACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
******** * * * *
249354 NNNNNNNNCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTTATCCCATAATTGAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * * * *
249419 TTTAAACTGAATTATTTTATATTTCTAG-TTAAACCAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCGAGA
66 TTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT-TTGTTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACATTGAGA
* * *
249482 AACGT-AA-AAAAATA--TATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTA
128 AACATGAAGAAAAA-AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
249522 TAGTCACCCATTCC-TCTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGA
1 TAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
******** * *
249586 TTTTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACATTGA
65 TTTT---AAGTTGAATTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGA
*
249650 GAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
126 GAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * **********
249696 TTGTCACCCATTCCTTCAAGAGACTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
249761 TTTAAGTTGAATTTTTGACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGAAAAAC
66 TTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAAC
* * * * *
249826 ATGAAGAAAAAA-GTATTCATCGACAGGAAAAGTCCACTTA
131 ATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
249866 TAGCCACCCATTCCTTC-AAAGTCCTTATTACTCGCATTACATGGTTTTATAATCTTATAATTCA
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
249930 TTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-GTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACACT-AGAA
65 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAG-A
* * * * * *
249993 AACGTGACG--CAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGCCCATTTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
250035 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACGT-GCTTTCAATGGTTTTACAGTCTCATAACTGA
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
250099 TTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTT-TATTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTGTC-TT-AG
65 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACATTGA-
* * * * *
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126 GAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCC-ATTTA
* * * *
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1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
250270 TCTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAAACAATTATTGAATGTCTACCTTGAGA
65 TTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGA
* *
250334 AACATGAA-AAACAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
********** * * * * *
250377 TAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTATACTCCCATAATTCAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *** * * *
250442 TTTAAATTGAATTCTTTTATATTTTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATGCCGGT-CA-TGGGA
66 TTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC--TACATTGAGA
* * * *
250505 AACGTGGAGAAAAAA-TCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
250548 TAG-CTACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTGTTTTATAATC-CTATAATTG
1 TAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTG
* * * * * * * **
250611 ATTTTAAGTTGATTTGTTTTATA-TTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCAACCTCAAGA
64 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGA
* *
250675 AACATGAA-AAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
250717 TAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGT-ATCTCAAAAGTGA
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCATAATTGA
* * * *
250781 TTTTAAGTTCAATTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACATTGAGA
65 TTTTAAGTTGAA-TTT-TTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGA
* * * * * *
250846 AACGTGTAG-AAAAAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * ** * * * * *
250889 TTGTCACCCATTGCTTTTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTAATAATTCAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
250954 TTTCAGTTCATTTTTTTTTACATTTTTAGTTGT--AACAGACTATAATTGAATATCTAC-TTCAA
66 TTTAAGTTGA--ATTTTTTACATTTTT-GTT-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATT-GA
* * * *
251016 GAAACGTGAAGAAGAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTA
126 GAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** *
251061 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTAA
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA
** * * * * * *
251125 TTTTAAGTTGAATATTTTTGTAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTATCATAG-GA
65 TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATTGAGA
** **
251189 AACATGAAG-AAAAAGATATTCATTGGCAA-AAAAGTCCGCTTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
251231 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
251296 TTTAGGTTTAATTTTTTTCATATTTT-TCATTAAAATAGACTACAATTGAA--CCTACCTTGGGA
66 TTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTGT--TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGA
* * * *
251358 AACGTGTATAAAAAA-TCATTCATTAAGG--AGAAAAG-CCTATTTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATT--GGCAAGAAAAGTCC-ATTTA
* * * ** * * *
251401 TTGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCATATTGTTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAGAACTGAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
*
251466 TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACTATTATTGAATGTCTACCA-TGAGA
66 TTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATTGAGA
* * * * * * *
251529 AACGTGAA-AAACATGGGATCCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * **
251572 TAGTCACCCACTCCTTCACAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCACAATACAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *** * ** * * *
251637 TTTAAATTCAATTTTTTTACATTTTTCAATAAAATAGACTCCAATTGATTGCCTGCCA-TGAGAA
66 TTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACATTGAGAA
* * **********
251701 ACGTGTAG-AAAAAGNNNNNNNNNNAG-AAGAAAAGTCCATTTA
129 ACATGAAGAAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * ** *
251743 TAGTTAGCCATTCCATCAAAAGTCTTATTACTAACTTTAAATTGTTTTATAATCAT-ATAATTGA
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGA
* * * * *
251807 TTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT-TGATAAAATAGACAATAATTGAATG-CTTGTC-TTGA
65 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-T-ACATTGA
* * *
251869 GAAACATGTA-AAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCAATTTA
126 GAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
********** *
251914 TAGTCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AG
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-
* * * ** * *
251978 TTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTGGTTCAAATGGA-TGATAATTGAATGCCTATC-TTGGG
65 TTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTA-CATTGAG
* * * *
252041 AAACATGTA-AAAAAAGCCTTTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTA
127 AAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
** * * * *
252085 TAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAA-CGCTTTTATAATCTCAGAATTGA
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA
* *** *********** *
252149 TTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTCAATAAAATNNNNNNNNNNTGAATGTCTACCTT-AGGA
65 TTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGA-GA
* * * *
252213 AACGTGTAG-AAAAA-GCTATTCATTAAG-AAG-AAACTCCATTTA
128 AACATGAAGAAAAAAGGC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
252255 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAAT-GACTTTATAATCGCATAATTGA
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
252319 TTTTATGATGAATCTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGACAATAATTAAATGTCTA-TTTCGA
65 TTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTT-GTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATT-GA
* * * * **
252382 GAAACGTAAAG-AAAAATGCTTTCATTGATAAGAAAAGTCCA-TTA
126 GAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * **********
252426 TAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * * * * * *
252491 TTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTCATTAAAGCAAATTATAATTTAATGTTTACATAGAGAA
66 TTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAA
* * * * * *
252556 ATATTAA-AAAAAAGGTATTCATTGGAAAAAAAAGTCTATTTA
129 ACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
252598 CT-GTCACTCATTTCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTAATAATT-A
1 -TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
252660 GTTTAAAGTTGATTTCTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACATTAAG
65 -TTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-GTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAG
* ** * *
252724 AAACAT-ATGGACGAAA-GCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTA
127 AAACATGA-AGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
252768 TAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
252802 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3180, Mismatches: 784, Indels: 334
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.00
168 116 0.04
169 287 0.09
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171 1396 0.44
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173 84 0.03
174 54 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAAC
ATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
Found at i:249880 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 248502--252800 Score: 2526
Period size: 512 Copynumber: 8.4 Consensus size: 507
248492 NNNNNNNNNN
* * * * *
248502 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAT
* * * * * *
248567 TTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGCAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
65 TTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTA-CT-TAGAAA
* * * * *
248632 CATGAAG-AAATA--TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCC-TCTGAAAG
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** * * ** * *
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191 C-TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACA
* * *
248757 TTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATTC
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** * * * **********
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* ** * * * * *
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381 GTTTTATACTCCCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
248951 ATCGAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAGAAA-GCATTCATTAGCAA-AAAATGTCTACTTA
446 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAA-AA-AAATGCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTA
* * ********** * *
249014 TAGTCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTAAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAT
* * * * * * * *
249078 TTTAAGTTGAATATTTTTGTA-GTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTCACTG-CTTACCCTATGA
65 TTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGACAATAATTGAATGTC-TA-CTTA-GA
* * * * **
249141 AACATAAAG-AAAGAGGCATTCATTGAG-AAAAAAAGT-TCATTTATAATCATTCATTCCTTCAA
125 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * * *
249203 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GCTTTTATG-ATCTCATCATTGATTTTAAATTTAATTTTGT
188 AAG-CTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTA-GAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* *** * * * * * * **
249266 ATATTTTTCAATAAAATATACTATAATTGAAT-TCTTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCAT
250 ACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTAT
* * **********
249330 TCAATGAGAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
314 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
249395 TGGTTTTGTTA-TCCCATAATTGATTTTAAACTGAATTATTTTATATTTCTAGTTAAACCAGA-T
379 TGGTTTT-ATACTCCCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT
** *
249458 AATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGT-AAAAAAATATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA-TT
443 -ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
249521 A
507 A
* *
249522 TAGTCACCCATTCC-TCTAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGA
1 TAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGA
******* * * ** *
249586 TTTTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACATTGAG
64 TTTT---AAGTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTAC-TT-AG
* *
249651 AAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAG
124 AAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
** *********** *
249716 AGACTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGACA
189 AG-CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
* * *
249781 TTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCAT
253 TTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCAT
* * * * * *
249846 CGACAGGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATTCCTTC-AAAGTCCTTATTACTCGCATTACATGG
318 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* ** * * * * *
249910 TTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-GTTTGGTTAAAACATACTATAA
382 TTTTATACTCCCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAA
* *** * * * *
249974 TTGAATGTCTACACTAGA-AAACGTGACGCAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGCCCATTTA
447 TTGAATGTCTAC-CTCGAGAAACGTGAAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
250035 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACGTGCTTTCAATGGTTTTACAGTCTCATAACTGAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAT
* * * *
250100 TTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTGTCTTAGGGAA
65 TTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCT-ACTTA-GAAA
* * * * * *
250165 CATGTAG-AAAAAGCCATTCGTTGAG-AAGAAAAGCCTATTAATAGCCACCCATTCCTTCAAAAG
127 CATGAAGAAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
250228 CCATATTACTCACTTTAAATTA-TTTTATAATCTCAGAATTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTACA
191 -CTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA
* ** * * *
250292 TTTTT-TGTTAAAACAAACAATTATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAACAAGGGATTC
253 TTTTTGT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAA-AAGGTATTC
* ********** * *
250355 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATA
316 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
250420 CTTTTATACTCCCATAATTCATTTTAAATTGAATTCTTTTATATTTTTCA-ATAAAACAAACTAT
381 GTTTTATACTCCCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTAT
* * * *
250484 AATTGAATGCCGGT-CAT-GGGAAACGTGGAGAAAAAAT-CATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTAT
445 AATTGAATGTC--TACCTCGAGAAACGT-GA-AAAAAATGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCAT
250545 TTA
505 TTA
* * * *
250548 TAG-CTACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTGTTTTATAATC-CTATAATTG
1 TAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAACTG
* * * *
250611 ATTTTAAGTTGATTTGTTTTATA-TTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCAACCTCAAGA
63 ATTTTAAGTTAATTT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTA-CT-TAGA
* * * *
250675 AACATGAA-AAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAA
125 AACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * *
250738 GCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGTATCTCAAAAGTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTTAC
190 GC-TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTAC
* * * * *
250803 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACATTGAGAAACGTGTAGAAAAAGGTATTTA
252 ATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCA
* * * ** *
250868 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTGCTTTTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
317 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* ** * * * * **
250933 TTTTATAGTCTAATAATTCATTTTCAGTTCATTTTTTTTTACATTTTTAGTTGTAACAGACTATA
382 TTTTATACTCCCATAATTCATTTTAAATTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * * *
250998 ATTGAATATCTACTTCAAGAAACGTGAAGAAGAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTA
446 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAA-AA-AAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
251061 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAT
* * * * * * * *
251126 TTTAAGTTGAATATTTTTGTAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTATCATAGGAAA
65 TTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTA-CTTA-GAAA
** ***
251191 CATGAAG-AAAAAGATATTCATTGGCAA-AAAAGTCCGCTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
127 CATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-
* * * * * * *
251254 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTCATAT
191 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-T
* * * * * * * * * *
251319 TTT-TCATTAAAATAGACTACAATTGAA--CCTACCTTGGGAAACGTGTATAAAAA-ATCATTCA
255 TTTGT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCA
* ** * * * ** *
251380 TTAAGGAGAAAAG-CCTATTTATTGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCATATTGTTCGCTTTAAATT
317 TTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * * * *
251444 GTTTTATAATCTCAGAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATT
381 GTTTTATACTCCCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATA
* * * * *
251509 ATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACGTGAAAAACATGGGATCCACTGGCAAGAAAAGTTCATTTA
446 ATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACGTGAAAAAAAT-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * * *
251572 TAGTCACCCACTCCTTCACAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCACAA-TACA
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACT-GA
* * *** *** * * * *
251636 TTTTAAATTCAATTTTTTTACATTTTTCAATAAAATAGACTCCAATTGATTGCCTGCCATGAGAA
64 TTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCT-AC-TTAGAA
* * ********** * * * *
251701 ACGTGTAG-AAAAAGNNNNNNNNNNAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTAGCCATTCCATCAAAA
126 ACATGAAGAAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
251764 GTCTTATTACTAACTTTAAATTGTTTTATAATCAT-ATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAC
190 G-CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC
* * ** *
251828 ATTTTT-TGATAAAATAGACAATAATTGAATG-CTTGTC-TTGAGAAACATGTAA-AAAAA-GTC
252 ATTTTTGT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-T-ACATTGAGAAACATG-AAGAAAAAGGT-
* * **********
251888 ATTCATTGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCGCTTTA
312 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ** * * **
251953 AATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTGGTTCAAATGGA
377 AATGGTTTTATACTCCCATAATTCA-TTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * *
252017 -TGATAATTGAATGCCTATCTTGGGAAACATGTAAAAAAA-GCCTTTCATTGAG-AAAAAAAGTC
441 CT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAAAAAATG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTC
252079 CATTTA
502 CATTTA
** * * * * * *
252085 TAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAACGCTTTTATAATCTCAGAATTGAT
1 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAT
* * *** **********
252150 TTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTCAATAAAATNNNNNNNNNNTGAATGTCTACCTTAGGAAA
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* * * * * *
252215 CGTGTAG-AAAAA-GCTATTCATTAAG-AAG-AAACTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
127 CATGAAGAAAAAAGGC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * * * *
252276 GCCTTATTACT-AGTTTTAAAT-GACTTTATAATCGCATAATTGATTTTATGATGAATCTTTTTT
190 G-CTTATTACTCA-CTTTAAATAG-TTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTT
* ** * * * * *
252339 ACATTTTTAG-TTAAAATAGACAATAATTAAATGTCTA-TTTCGAGAAACGTAAAGAAAAATGCT
250 ACATTTTT-GTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATT-GAGAAACATGAAGAAAAA-GGT
* * * *
252402 -TTCATTGATAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCCTATTACTCACTTTA
312 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ********** * * * * *
252465 AATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTCA-TTAAAGCAA
377 AATGGTTTTATACTCCCATAATTCATTTTAAATTGAA-TTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAG
* * * * * ** * * * * * *
252529 ATTATAATTTAATGTTTACATAGAGAAATATTAAAAAAAAGGTATTCATTGGAAAAAAAAGTCTA
440 ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CGTGAAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
252594 TTTA
504 TTTA
* * * * * *
252598 CT-GTCACTCATTTCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTAATAA-TTA
1 -TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGA
* * * * * *
252660 GTTTAAAGTTGATTTCTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACATTAAGA
64 -TTTTAAGTTAATTT-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTAC-TT-AGA
* ** * * * *
252725 AACAT-ATGGACGAAA-GCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAA
125 AACATGA-AGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
252788 AGCCTTATTACTC
189 AG-CTTATTACTC
252801 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2922, Mismatches: 711, Indels: 306
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 18 0.01
509 56 0.02
510 111 0.04
511 756 0.26
512 936 0.32
513 808 0.28
514 232 0.08
515 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (507 bp):
TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATT
TTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACTTAGAAACATG
AAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTAT
TACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTT
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATACT
CCCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
TACCTCGAGAAACGTGAAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
Found at i:250169 original size:852 final size:852
Alignment explanation
Indices: 248506--251641 Score: 2449
Period size: 852 Copynumber: 3.7 Consensus size: 852
248496 NNNNNNTAGT
*
248506 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
1 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
* * *
248571 AGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGCAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
66 AGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATA
* * * *
248636 AAGAAATATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTCTGAAAGCTTTATTAC
131 AAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTCTAAAAGCCTTATTAC
*
248701 TCACTGGAAATGGTTTTATAATCTCAAAGCTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTT
196 TCACTGGAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTT
* *
248766 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGA
261 AAAACAGATTATAATAGAATGTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* ********** *
248831 AAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTATAGT
326 AAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGT
* *
248896 CTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTGAAACAGACTATAATCGAATGTC
391 CTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATCGAATGTC
* * * * * *
248961 TACTTTGAGAAACGTGAAGAAGAAAGCATTCATTAGCAAAAAATGTCTACTTATAGTCACCCATC
456 TACTTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGAGCAAAAAATGTCCACTTATAGCCACCCATC
* * **********
249026 CTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTAATTTTAAGTTGAATA
521 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATA
* * *
249091 TTTTTGTAGTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTCACTGCTTACCCTATGAAACATAAAGAAAGAG
586 TTTTTGCAGTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTCAATGCTTACACTATGAAACATAAAGAAAGAG
** * *
249156 GCATTCATTGAGAAAAAAAGTTCATTTATAATCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
651 GCATTCATTGAGAAAAAAAGCCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTT
* * * *
249221 TAAATGCTTTTATGATCTCATCATTGATTTTAAATTTAATTTTGTATATTTTTCAATAAAATATA
716 TAAATGCTTTTAAGATCTCATAACTGATTTTAAATTTAATTTTGTATATTTTTCAATAAAATAGA
* * *
249286 CTATAATTGAATTCTTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCAATGAGAAGAAAAGTCC-A
781 CAATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCAATGAGAAGAAAAG-CCTA
******
249350 TTNNNNNN
845 TTAATAGC
**** * * *
249358 NNNNCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTTATCCCATAATTGATTTTA
1 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
* * * * * *
249423 AACTGAATTATTTTATATTTCTAGTTAAACCAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTA
66 AGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATA
*
249488 AAAAAATATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTCTAAAAGCCTTATTAC
131 AAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTCTAAAAGCCTTATTAC
* *********
249553 TCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTTGT
196 TCACTGGAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTT-AGGTTTAATTTTTTTTACATTTTTTGT
* *
249618 TAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
260 TAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* ****
249683 AAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAGAG-ACTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTNNNN
325 AAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCA-TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
****** * * * *
249747 NNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTGACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATG
389 GTCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATCGAATG
* *
249811 TCTACTTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATCGA-CAGGAAAA-GTCCACTTATAGCCACC
454 TCTACTTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT-GAGCA-AAAAATGTCCACTTATAGCCACC
* * *
249874 CATTCCTTC-AAAGTCCTTATTACTCGCATTACATGGTTTTATAATCTTATAATTCATTTTAAGT
517 CA-TCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
* * * * * *
249938 TGAATTTTTTTGCAG-TTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATG-TCTACACTA-GAAAACGTGA
580 TGAATATTTTTGCAGTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTCAATGCT-TACACTATG-AAACATAA
* * *
250000 CGCAA-AGGCATTCATTG-GTAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAG
643 AGAAAGAGGCATTCATTGAG-AAAAAAAGCCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAG
* * * * *
250063 TACGT-GCTTTCAATGGTTTTACAG-TCTCATAACTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTT
707 TAC-TCACTTTAAATGCTTTTA-AGATCTCATAACTGATTTTAAATTTAA-TTTTGTATATTTTT
* * ** **
250126 TATTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTGTCTTAGGG-AACATGTAGAAAAAGCCATTCGTTGAG
769 CAATAAAATAGACAATAATTGAATGCCTACCTT-GGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCAATGAG
250190 AAGAAAAGCCTATTAATAGC
833 AAGAAAAGCCTATTAATAGC
* * * * * *
250210 CACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAGAATTGATCTTA
1 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
* * * * * *
250275 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACAATTATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
66 AGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-
*** ********** *
250340 AAAAACAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNT-TCAAAAGACTTA
130 AAAAA-AATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTCT-AAAAGCCTTA
* ** ** * * * * * ** * * *
250404 TTACTCGCTTTAAATACTTTTATACTCCCATAATTCATTTTAAATTGAA-TTCTTTTATATTTTT
192 TTACTCACTGGAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTACATTTTT
*** * * * * * * * *
250468 CAATAAAACAAACTATAATTGAATGCCGGT-CAT-GGGAAACGTGGAG-AAAAAATCATTCATTG
257 TGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTC--TACATAGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATTCATTG
* * * * * *
250530 AG-AAGAAAAGTCTATTTATAG-CTACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTGT
320 -GCAAGAAAAGTCTATTTATTGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGT
* * * * *
250593 TTTATAATCCT-ATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTGTTTTATA-TTTTGGTTAAAATAGACAATA
383 TTTATAGT-CTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTGAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * *
250655 ATTGAATGTCAAC-CTCAAGAAACATGAA-AAAAAATGCATTCATTGA-CAAGAAAA-GTCCA-T
446 ATCGAATGTCTACTTTGAA-AAACATGAAGAAAAAA-GCATTCA-TGAGCAA-AAAATGTCCACT
* * * * * * * *
250715 TATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGT-ATCTCAAAAGT
507 TATAGCCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATT
* * * * * * * * * *
250779 GATTTTAAGTTCAATTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTG-TCTACATTG
570 AATTTTAAGTTGAATATT-TTTGCAGTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTCAATGCT-TACACT-
* ** * * * * * * * ** * * **
250843 A-GAAACGTGTAGAAAAAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTGCTTTT
632 ATGAAACATAAAGAAAGAGGCATTCATTGAGAAAAAAAGCCCATTTATAATCACTCATTCCTTCA
* ** * * * * * * **
250907 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAG-TCTAATAATTCATTTTCAGTTCATTTTTTT
697 AAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGCTTTTA-AGATCTCATAACTGATTTTAAATT--TAATTTT
* * * ** * * ** ** * *
250971 TTACATTTTT-AGTTGTAACAGACTATAATTGAATATCTA-CTTCAAGAAACGTGAAGAAGAAAG
759 GTATATTTTTCA-ATAAAATAGACAATAATTGAATGCCTACCTT-GGGAAACATGTAGAA-AAAG
* * *
251034 -TATTCATTG-GCAAGAAAAGTCC-ACTT-ATAGT
821 CCATTCAATGAG-AAGAAAAG-CCTA-TTAATAGC
* ** * *
251065 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
1 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * *
251130 AGTTGAATAT-TTTTGTAGTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTATCATAG-GAAACA
66 AGCTGAAT-TGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTA-CCTCGAGAAACA
* *
251193 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA-AAAAGTCCGCTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCT
129 T-AA-AAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTATAGTCACCCATTCCTCT-AAAAGCCT
* ** * * * *
251256 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTCATATTT
190 TATTACTCACTGGAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTACATTT
** * * * * * * * * * * * *
251321 TTCATTAAAATAGACTACAATTGAA--CCTACCTTGGGAAACGTGTA-TAAAAAATCATTCATTA
255 TTTGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATTCATT-
* * * *
251383 AGG--AGAAAAGCCTATTTATTGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCA-TATT-GTTCGCTTTAAATT
319 -GGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CATTATTACTT-GCTTTAAATA
* * * * * *
251444 GTTTTATAATCTCAGAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
381 GTTTTATAGTCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTGAAATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * ** * * ** * * * *
251508 TATTGAATGTCTACCATGAGAAACGTGAA-AAACATGGGATCCACTG-GCAAGAAAA-GTTCATT
445 AATCGAATGTCTACTTTGAAAAACATGAAGAAA-AAAGCATTCA-TGAGCAA-AAAATGTCCACT
* * * * * * *
251570 TATAGTCACCCACTCCTTCACAAGACTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCACAA-TA
507 TATAGCCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
251634 CATTTTAA
571 -ATTTTAA
251642 ATTCAATTTT
Statistics
Matches: 1847, Mismatches: 368, Indels: 135
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
850 1 0.00
851 168 0.09
852 672 0.36
853 404 0.22
854 255 0.14
855 331 0.18
856 16 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (852 bp):
CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTA
AGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATA
AAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTCTAAAAGCCTTATTAC
TCACTGGAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTT
AAAACAGATTATAATAGAATGTCTACATAGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
AAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGT
CTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGAAATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATCGAATGTC
TACTTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGAGCAAAAAATGTCCACTTATAGCCACCCATC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATA
TTTTTGCAGTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTCAATGCTTACACTATGAAACATAAAGAAAGAG
GCATTCATTGAGAAAAAAAGCCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTT
TAAATGCTTTTAAGATCTCATAACTGATTTTAAATTTAATTTTGTATATTTTTCAATAAAATAGA
CAATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCAATGAGAAGAAAAGCCTAT
TAATAGC
Found at i:253469 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 253076--254631 Score: 1037
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
253066 NNNNNNNNNN
* * * *
253076 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGTGACTATAAGTGGACTTTTTTTGCCAATGAATA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
* * * * * * * *
253141 CCTTTTTCTTCATGGTTCCT-AGGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-CTACA
65 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTCA-AGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-A
* * * * **
253203 AAAATATTGAACTTAAAATTAACTATGGGATTATAAAATTATTT
128 AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * ** * * * * *
253247 AATGTGAATAATAAGGCTTTTAAAAAAATAGGTGGCTATAAGTGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* *
253312 CTTTGTTCTTCACGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAA
66 CTTT-TTCTTCACGTTTCTTCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
253377 AAATACAACTTAAAATCAATTATTAGAATATAAAATCATTT
130 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * ** *
253418 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTCACAATAAATACACTTTTCTTATCAATCAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * ** * * *
253483 CCTTTTCTTCACATTTCTTCATGTTTCTTATCAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA
66 CTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAG--T-AGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-
********** * * *
253548 AAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTTTGATATTATAAAACTATTT
126 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
253593 CAGGTGAGTAATAGGGCTTTTGGAGGAATGAGTGACTAT-AATAGACTTTTCTT-CTCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAAT
* * *** *
253656 AGCTTTTT-TTACACGTTTC-CCAAGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTATTGAAAAATGC
65 -GCTTTTTCTT-CACGTTTCTTCAA-GTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* ** * *
253718 CAAATTATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAGCATTT
126 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
**********
253763 AAAG-GAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGNNNNNNNNNNAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAA
1 AAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAA
* * ** * * * ***
253826 TGACTTTTTCTACACATTTCTAGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTATTTTAATGTAAAATGTAA
64 TG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * **
253891 AAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTT
128 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * *
253934 ATAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTGTAAATAGACTTTTTTTACCAATGAAAG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * *
253999 CCCTTTTT-TTCATGTTTCGT-AGGGTAGGCAATCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTCA
66 --CTTTTTCTTCACGTTTCTTCA-AGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-A
* * * **
254062 AAACAA-TCAACTTAAAATCAATTATTAGATCATAAAACCATNN
127 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
******** * * * *
254105 NNNNNNNNTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGATTG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * ** *
254170 CCTTTTTCTTCACGTCTC-TCGATGTAGATAATCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAAAGTAAA
66 -CTTTTTCTTCACGTTTCTTC-AAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* ********** *
254234 AAAATTAAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAGCCATTT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * *
254276 AAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGGAGGAATAGGTGACGAT-AATAGACTTTTCTTACCAATGAATA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * *
254340 CATTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATTGTTTGTTTTAACTAAAAATATGAA
66 C-TTTTTCTTCACGTTTCTTCAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AA
254404 AAAAATGT-AACTTAAAATCAATTAT-AGGATTATAAAACCATTT
128 AAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTT
** * * *
254447 AAAGTTAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGGGTGACCAT-AATCGACTTTTCTTGCCAATGAATA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
** * * * * * * *
254511 TATTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGGAAATATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAA
65 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTCAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
254575 AACATTCCACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
129 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
254617 AAAGCGAGTAATAAG
1 AAAGCGAGTAATAAG
254632 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1063, Mismatches: 284, Indels: 77
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 205 0.19
171 695 0.65
172 30 0.03
173 3 0.00
174 53 0.05
175 73 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG
CTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
Found at i:255990 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 255078--256175 Score: 524
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 171
255068 NNNNNNNNNN
* * * *
255078 AATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTTAATAAAATAGA
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Done.