Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397288.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_60.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 73296 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:293559 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 293538--293578 Score: 57
Period size: 14 Copynumber: 2.8 Consensus size: 15
293528 GAAAGTAGAG
293538 AGAGAAAGGAAGAAA
1 AGAGAAAGGAAGAAA
* *
293553 GGAGAAA-GAAAAAA
1 AGAGAAAGGAAGAAA
293567 AGAGAAAGGAAG
1 AGAGAAAGGAAG
293579 GTTCAGTTTT
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AGAGAAAGGAAGAAA
Found at i:317684 original size:24 final size:24
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317641 TGAATTTTTT
317651 ATATT-AAATAGCCACATTCTAGA
1 ATATTCAAATAGCCACATTCTAGA
*** *
317674 ATATTCAAATAGCTTTATTTTAGA
1 ATATTCAAATAGCCACATTCTAGA
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1 ATATTCA
317705 GTGTCATTGT
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ATATTCAAATAGCCACATTCTAGA
Found at i:321149 original size:24 final size:23
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321106 TGAATTTTTT
321116 ATATTAAATAGCCACATTCTAGA
1 ATATTAAATAGCCACATTCTAGA
** *
321139 ATATTCAAATAGCTTCATTTTAGA
1 ATATT-AAATAGCCACATTCTAGA
321163 ATATT
1 ATATT
321168 TAGTGTCATT
Statistics
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ATATTAAATAGCCACATTCTAGA
Found at i:325585 original size:23 final size:23
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325540 TGTGTTTGTT
* *
325550 TGTTTTAACAGATGTGTCTATTA
1 TGTTTCAATAGATGTGTCTATTA
* * *
325573 TGTTTCAATAGATGTATTTATTG
1 TGTTTCAATAGATGTGTCTATTA
* *
325596 GGTTTCAATAGTTGTGT
1 TGTTTCAATAGATGTGT
325613 TTGTTGAAAA
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TGTTTCAATAGATGTGTCTATTA
Found at i:327747 original size:19 final size:19
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327699 AATAATTATC
* * *
327709 TTAATAAATATTTTTCTAT
1 TTAAAAAATATTTCTATAT
327728 TTAAAAAATATTTCTATAT
1 TTAAAAAATATTTCTATAT
327747 T
1 T
327748 AAGATAATTT
Statistics
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19 17 1.00
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Consensus pattern (19 bp):
TTAAAAAATATTTCTATAT
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329025 TTTAACTGAC
* * * * *
329035 ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTGATATGGCTTTCAA
1 ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA
* * * ** * *
329100 AGGTAT-GAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATTG-ATGGTTTTGGATCACGTTT-CTTG
66 AGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGATTTT-CTTCATGTTTCCTAG
* * **
329162 AAGCAAACATTCAATTATAATATATTTT-ATTAAAAATGTAAA
128 -AGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA
* * * *
329204 AAAATTCAACTTAAAA-CTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTGA
1 ACAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * *
329268 AAGGCATGGATCACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCATTTTCTTCACGTTTCCTAG
65 AAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G-ATTTTCTTCATGTTTCCTAG
* * * *
329333 AGCAGACATTCAAATATACTCTGTTTTAACAAAAAATATAAA
128 AGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA
* * * *
329375 ACAATTCAACTTAAAATCAGTAATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGA
1 ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA
* * * * * *
329440 AGGTATAGG-TGACAACAAATGGATTTTTCTTGCCACTGAATTATGTTTTCTTCATGTTT--TAT
66 AGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA--TTTTCTTCATGTTTCCTA-
* *
329502 GAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTATCTAAAAATGTAAA
127 GA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA
* ** * *
329546 ACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAATT-TAAAACCATTTAAATTGGGTAATAAGGCTTTTA
1 ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * * ********** * * * * *
329610 GAGGCTTGGGTGACTNNNNNNNNNNTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGGTTCACGTTTCCTAA
65 AAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-TTTT-CTTCATGTTTCCTAG
* * *
329675 AGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAA
128 AGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA
* ********** * * * *
329717 A-AGATTCAACTTGAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTCGG
1 ACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA
* * ** * * * ** * * *
329781 AAGGCAT-GACTAACTAGAAATATAC-TTTCTAGCCAATGGATAGCTTTTGGATCATATTT-TTT
65 AAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GATTTT-CTTCATGTTTCCTA
* * *
329843 GAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAA
127 G-AGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA
******** * *
329887 A-AANNNNNNNNNNAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTT
1 ACAA--TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG
* * * * * ** * *
329950 AGAAGGCATGGGTAACTATAATTGAATTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTTCC
64 A-AAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G-ATTTTCTTCATG-TTTCC
* * * * *
330015 CAG-GAAAACATTCAAATATAATCTTTTTTAA-ACAAAAATGTAAAA
125 TAGAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACA-AAAAATGT-AAA
* * * *
330060 AAAAGTT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCG
1 ACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-G
* *
330124 -AAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTTCCA
64 AAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GA-TTTTCTTCATG-TTTCCT
* * * * * * *
330188 AG-GGAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAACCACAAATATAAA
126 AGAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA
** * * *
330231 ACAATTGTACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTT-AG
1 ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-
* *
330295 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAAT
65 AAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
330337 NNNNNNNNNN
Statistics
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174 3 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA
AGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTCTTCATGTTTCCTAGAGC
AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA
Found at i:334229 original size:22 final size:22
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334185 TGTGTTTGTC
* *
334195 TGTTTTAACAGATTGTCTATTA
1 TGTTTCAATAGATTGTCTATTA
* *
334217 TGTTTCAATAGATGTATCTATTG
1 TGTTTCAATAGAT-TGTCTATTA
*
334240 GGTTTCAATAG-TTGT
1 TGTTTCAATAGATTGT
334255 GTTTGTTGAA
Statistics
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Consensus pattern (22 bp):
TGTTTCAATAGATTGTCTATTA
Found at i:339208 original size:25 final size:25
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339156 GGTCACAACT
* **
339166 ACATATATCAGCTTGTGGCC-TAGCC
1 ACATATATCAACCCGTGGCCGT-GCC
339191 ACATATATCAACCCGTGGCCGTGCC
1 ACATATATCAACCCGTGGCCGTGCC
339216 ACAT
1 ACAT
339220 GTATATCACA
Statistics
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ACATATATCAACCCGTGGCCGTGCC
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354363 NTCAATAAGA
354373 TATTATTATTT
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354384 TATTATTATTT
1 TATTATTATTT
354395 TAT
1 TAT
354398 CACATAGGAA
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TATTATTATTT
Found at i:358135 original size:29 final size:28
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358073 TGGCAACATT
* * *
358083 AACATGTTTTTCTTAATTTTGACAAGAA
1 AACATGTTTATCTTAAATTAGACAAGAA
*
358111 AACATGTTTGGTCTTAAATTAGACAAGAA
1 AACATGTTT-ATCTTAAATTAGACAAGAA
*
358140 AATATGTTTATCTT-AATTCAAGACAAGAA
1 AACATGTTTATCTTAAATT--AGACAAGAA
358169 AA
1 AA
358171 ATATTTTTTG
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AACATGTTTATCTTAAATTAGACAAGAA
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365842 CAGCATCAAC
*
365852 ATGTTTGTCTTAATTTAGACAAGAAAAT
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1 ATGTTT-GTCTTAAATTAGACAAGAAAA
365908 NNNNNNNNNN
Statistics
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ATGTTTGTCTTAAATTAGACAAGAAAAT
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374280 GTTAAAGGAA
374290 AATTTTGAA-ATAAAATAAT
1 AATTTTGAATA-AAAATAAT
*
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1 AATTTTGAATAAAAATAAT
374328 A
1 A
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AATTTTGAATAAAAATAAT
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* *
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1 TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
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1 T
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TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
Found at i:388624 original size:18 final size:19
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388591 NNNCGGAAAG
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*
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1 AATATT
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AATATTTTGTAAATAAAAT
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397811 ATACTTTTCT
* * *
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397860 GTTGTTAGGT
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TTTTTA
Found at i:408063 original size:29 final size:29
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* *
408056 AATATCCACAGTAGCTAAGCAAGATATA
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408084 TTGAATGTCC
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AATATCCACAATAGCTAAACAAGATATAC
Found at i:416462 original size:29 final size:30
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416416 AAATATTTAT
416426 AATATCCACAATAGCTAAACAACATATA-C
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* * * *
416455 AATATCCACAGTAGCTAAGCAAGATATATTG
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416486 AATATCCACAATA
1 AATATCCACAATA
416499 ACTAGCACAT
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Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 2
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AATATCCACAATAGCTAAACAACATATATC
Found at i:436029 original size:25 final size:25
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435986 CGCAACTGCG
* *
435996 TATATCAACTCATGGCCTTGCCACA
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*
436021 TATAACAACTCGTGGCCTTGCCACG
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*
436046 TATAACCACAGAC-CGTGGCCTAGCCACA
1 TAT-A--ACA-ACTCGTGGCCTTGCCACA
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1 TATAACAAC
436083 CCATCGGGGA
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Matches: 53, Mismatches: 5, Indels: 9
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27 1 0.02
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TATAACAACTCGTGGCCTTGCCACA
Found at i:453830 original size:18 final size:19
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453789 AAGTGGAGAA
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1 TTTATTAATAAAATAATAT
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1 T
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TTTATTAATAAAATAATAT
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1 A
455399 AATCAAGGTT
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Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 1
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ATTTTCAAAACC
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**
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AAATGATAAGTGATTTGAT
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* * *
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* * **
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* **
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* * *
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*
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TCTTAATTTAGACAAGAAAACTATTTTTG
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* * ** * *
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*
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* * *
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468383 AACATGTTTA
* * * * *
468393 TCTTAATTTAGGCAAGAAAACATGATTGGTCTGAATTTATACAAGAAAATAAGTTTGTCTTAATT
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*
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* **
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468556 GTTGTCTTAA
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AAAGACAAGAAAACTATTTTTTG
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AATAAGAAGTTTTATTC
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468872 TCGTTAAGGT
* *
468882 AAGAGTTTTAATAAAAAAAG
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1 AA
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* *
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1 TTCTTTTTTTATTAAAACTC
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1 TT
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TTCTTTTTTTATTAAAACTC
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480905 AACATGTTTA
* * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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1 TCTTA
481065 NNNNNNNNNN
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TCTTAATTTAGACAAGAAAAATAATTTTG
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*
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1 AA
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Statistics
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19 3 0.15
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AAGAGTTTGAAAAAGAAAAG
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493516 GTGGTCATAA
*
493526 CCACGTATATCAACTCGTGGCCTAG
1 CCACGTATAACAAC-CGTGGCCTAG
*
493551 CCACGTATAACAACCAGTGGCCTTG
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493576 CCACGTATAATCATAGGCCGTGGCCTAG
1 CCACGTATAA-CA-A--CCGTGGCCTAG
493604 CCA
1 CCA
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CCACGTATAACAACCGTGGCCTAG
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1 TTTTTTCTCTTTTTTT
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TTTTTTCTCTTTTTTT
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512253 CCATTATAAT
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512287 ATGTCAACATTTTACATTAGTGCC
1 ATGTCAACATTTTACATTAGTGCC
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1 ATGTCAACAT
512321 NNNNNNNNNN
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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513810 TACATTCTTG
* *
513820 AATGTACCGACACTTTCATACATCTATTGATACATTAGTAA
1 AATGTATCGATACTTTCATACATCTATTGATACATTAGTAA
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1 AATGTATCGATACTTTCATACATCTATTGATACATTAGTAA
*
513902 AATGTATTGATA
1 AATGTATCGATA
513914 TATTTCACAC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 3, Indels: 0
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AATGTATCGATACTTTCATACATCTATTGATACATTAGTAA
Found at i:513910 original size:21 final size:21
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Indices: 513844--513913 Score: 81
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513834 TTCATACATC
513844 TATTGATACATTAGTAAAATG
1 TATTGATACATTAGTAAAATG
* * * *
513865 TATCGATACTTTCA-T-ACATC
1 TATTGATACATT-AGTAAAATG
513885 TATTGATACATTAGTAAAATG
1 TATTGATACATTAGTAAAATG
513906 TATTGATA
1 TATTGATA
513914 TATTTCACAC
Statistics
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TATTGATACATTAGTAAAATG
Found at i:520669 original size:51 final size:51
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Indices: 520614--520710 Score: 122
Period size: 51 Copynumber: 1.9 Consensus size: 51
520604 GACTCTGGGC
* * * * *
520614 GAGCCCGCCCAGCAAGGTGTCAGCAAAGGTGCACGGCACAGGCCCCCGAGT
1 GAGCCAGCCCAGCAAGGTGCCAACAAAGGCGCACAGCACAGGCCCCCGAGT
* * *
520665 GAGCCAGCCCGGCAAGGTGCCAACAAGGGCGCACATCACAGGCCCC
1 GAGCCAGCCCAGCAAGGTGCCAACAAAGGCGCACAGCACAGGCCCC
520711 TGGGCGAGCT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 38 1.00
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GAGCCAGCCCAGCAAGGTGCCAACAAAGGCGCACAGCACAGGCCCCCGAGT
Found at i:520760 original size:101 final size:102
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Indices: 520644--520853 Score: 262
Period size: 101 Copynumber: 2.1 Consensus size: 102
520634 CAGCAAAGGT
* * * * *
520644 GCACGGCACAGGCCCC-CGAGTGAGCCAGCCCGGCAAGGTGCCAACAAGGGCGCACATCACAGGC
1 GCACGGCACAAGCCCCTCG-GCGAGCCAGCCCGACAAGATGCCAACAAGGGCGCACAGCACAGGC
* *
520708 CCCTGGGCGAGCTAGCCTGACAGGATGCTAGCAGGGG-
65 CCCTGGGCGAGCCAGCCTGACAGGATGATAGCAGGGGC
* * * * * * *
520745 GCACGGCACAAGCCCCTTGGCGAGGCAGCCCGACATGATGCTAGCAGGGGCGCACGGCACAGGCC
1 GCACGGCACAAGCCCCTCGGCGAGCCAGCCCGACAAGATGCCAACAAGGGCGCACAGCACAGGCC
*
520810 CCTGGGCGAGCCAGCCTGACCGGATGATAGCAGGGGC
66 CCTGGGCGAGCCAGCCTGACAGGATGATAGCAGGGGC
520847 GCACGGC
1 GCACGGC
520854 GTAGGCCCCT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 15, Indels: 3
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
101 84 0.91
102 8 0.09
ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.37, T:0.08
Consensus pattern (102 bp):
GCACGGCACAAGCCCCTCGGCGAGCCAGCCCGACAAGATGCCAACAAGGGCGCACAGCACAGGCC
CCTGGGCGAGCCAGCCTGACAGGATGATAGCAGGGGC
Found at i:520818 original size:51 final size:51
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Indices: 520644--520864 Score: 239
Period size: 51 Copynumber: 4.4 Consensus size: 51
520634 CAGCAAAGGT
* * * * * * *
520644 GCACGGCACAGGCCCCCGAGTGAGCCAGCCCGGCAAGG-TGCCAACAAGGGC
1 GCACGGCACAGGCCCCTGGGCGAGCCAGCCCGAC-AGGATGCTAGCAGGGGC
** * *
520695 GCACATCACAGGCCCCTGGGCGAGCTAGCCTGACAGGATGCTAGCAGGGG-
1 GCACGGCACAGGCCCCTGGGCGAGCCAGCCCGACAGGATGCTAGCAGGGGC
* * * *
520745 GCACGGCACAAGCCCCTTGGCGAGGCAGCCCGACATGATGCTAGCAGGGGC
1 GCACGGCACAGGCCCCTGGGCGAGCCAGCCCGACAGGATGCTAGCAGGGGC
* * *
520796 GCACGGCACAGGCCCCTGGGCGAGCCAGCCTGACCGGATGATAGCAGGGGC
1 GCACGGCACAGGCCCCTGGGCGAGCCAGCCCGACAGGATGCTAGCAGGGGC
**
520847 GCACGGCGTAGGCCCCTG
1 GCACGGCACAGGCCCCTG
520865 ACCAGACTGG
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 28, Indels: 4
0.81 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
50 45 0.32
51 95 0.68
ACGTcount: A:0.21, C:0.34, G:0.37, T:0.09
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GCACGGCACAGGCCCCTGGGCGAGCCAGCCCGACAGGATGCTAGCAGGGGC
Found at i:521222 original size:35 final size:35
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Indices: 521143--521267 Score: 169
Period size: 35 Copynumber: 3.5 Consensus size: 35
521133 TAAATTAAAC
* * *
521143 AATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTTAATTTTTTT
1 AATTAAGTTATTAGGCCTAATTGA-TTAAATTGTTT
* ** *
521179 AATCAAGTTATTTTGCCTAACTGATTAAATTGTTT
1 AATTAAGTTATTAGGCCTAATTGATTAAATTGTTT
521214 AATTAAGTTATTAGGCCTAATTGATTAAATTGTTT
1 AATTAAGTTATTAGGCCTAATTGATTAAATTGTTT
*
521249 AATTAAGTTATTGGGCCTA
1 AATTAAGTTATTAGGCCTA
521268 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 11, Indels: 1
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
35 58 0.74
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Consensus pattern (35 bp):
AATTAAGTTATTAGGCCTAATTGATTAAATTGTTT
Found at i:524843 original size:8 final size:8
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Indices: 524830--524862 Score: 50
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524820 TAGCCTTTCG
524830 AAAAAAAT
1 AAAAAAAT
524838 AAAAAAAT
1 AAAAAAAT
*
524846 -AAAAAAC
1 AAAAAAAT
524853 AAAAAAAT
1 AAAAAAAT
524861 AA
1 AA
524863 TATATATTAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
7 6 0.27
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Consensus pattern (8 bp):
AAAAAAAT
Found at i:524851 original size:15 final size:15
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Indices: 524831--524862 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
524821 AGCCTTTCGA
*
524831 AAAAAATAAAAAAAT
1 AAAAAACAAAAAAAT
524846 AAAAAACAAAAAAAT
1 AAAAAACAAAAAAAT
524861 AA
1 AA
524863 TATATATTAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (15 bp):
AAAAAACAAAAAAAT
Found at i:529976 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 529935--529987 Score: 61
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
529925 CGCAACCGTG
* *
529935 TATATCATTCGTGGCCTAGCCACA
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* *
529959 TATATCAACTCGTAGCCTTGCCACG
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1 TATA
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Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 537231--537355 Score: 152
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537221 NNNNNNNNNN
* *
537231 TTGTTTAATCAAGTTATTGAGCCTAATTAATTAAA
1 TTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAA
* * *
537266 TTGTTTAATTAAGTTATTGGGCTTCATTGATTAAA
1 TTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAA
*
537301 ----TTAAACAAGTTATTGGGCCTAATTGA-TAAA
1 TTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAA
*
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TTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAA
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*
538706 TACACTGAAAGATTA
1 TACACTGAAAAATTA
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1 TA
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Statistics
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TACACTGAAAAATTA
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550614 A
1 A
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AATTAATTATATTTA
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1 ATTAATTA-ATTTAA-TTTAA
* *
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1 ATTAATTAATTTAATT
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ATTAATTAATTTAATTTAA
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* * *
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* * * ** *
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* *
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** *
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* *********
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1 CTAATTGATTAAATTGTTTAATCAAGTTATTGGGC
* * **** *
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1 CTAATTGATTAAATTGTTTAATCAAGTTATTGGGC
* * *
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*
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CTAATTGATTAAATTGTTTAATCAAGTTATTGGGC
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553757 NNNNNNNNNN
* * * *
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* *
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* * *** *
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**
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GAATTGTTTAATCAAGTTATTGAGCCTAATTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAGT
TGATTAATTTTC
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553757 NNNNNNNNNN
* * * * * *** * **
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*
553832 A-ATTG
66 ATTTTG
* * * * *
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*
553901 ATTTTC
66 ATTTTG
*
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*
553972 GTTTTG
66 ATTTTG
* *
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554023 NNNNNNNNNN
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ATTTTG
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554025 NNNNNNNNTC
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*** *
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*
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1 ATTGATTAAATTAAACAATTAAGTT-ATTGGGC
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Statistics
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ATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTATTGGGCCTA
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553757 NNNNNNNNNN
* * * * * *** * **
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*
553832 AATTG
66 AATTA
* * * *
553837 TTTAATCAAGTTATT-GGCCTGATTGGTTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAGTTGATTA
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* *
553901 ATTTTC
66 A-ATTA
** *
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** *
553972 GTTTTG
66 -AATTA
* * ********** *
553978 TTTAATCAAGTTATTGAGCCTAATTGATTAAATTGTTTAATTAAGNNNNNNNNNNTCATTGATTA
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554043 AATTA
66 AATTA
*** * * *
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554113 AATTA
66 AATTA
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AATTA
Found at i:559720 original size:21 final size:21
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*
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* * *
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*
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GGCATCTGTCTTTGTCACGAA
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* * *
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*
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1 ATAATTAAATTATTGGGCCTAA
*
571654 ATGATTAAATT
1 ATAATTAAATT
571665 TGTTTAATCA
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571622 TTGGGTCTAA
* * ********** *
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1 TTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGAGTCTAATTCATTA
*
571697 AATTGT
66 AATAGT
*
571703 TTAATTAAGTTAATGGGCCTAATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGAGTCTAATTCATTA
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571768 AATAGT
66 AATAGT
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571824 CGGCCTNNNN
Statistics
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AATAGT
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571680 NNNNNNNNNN
* *
571690 TTGATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTAATGGGCCTAA
1 TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAA
* *
571725 TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGAGTCTAA
1 TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAA
* * *
571761 TTCATTAAA-TAGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
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*
571796 TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTCGGCCT
1 TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCT
571830 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 13, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAA
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574142 TCCTCGGGAG
** * * * *
574152 ACATGAAGAAAAAGCCATTTATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCTTGCTTTTTAAAG
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* ** * * *
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*
574281 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGTG-A
129 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAG-GAA
* * * ** *
574323 ACATGATGCTAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATGCAAGCCTTTGAAAGC
1 ACATGAAG-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGC
* * * * * *
574388 CTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATT-AATTTAAGTAGAATTTTTTTTATAT
65 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT
* * * * * * * * *
574452 TTTTGGTAAAAACATATTCTAATGGAGTGTTTGCCTTGGGAA
129 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAA
* * * * * **
574494 ACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCCAAAGC
1 ACATGAAG-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGC
* ********** * *
574559 CATATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATT
65 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * **
574624 TTTAAG-TAAAATAGATTAAAATTTAAT-T-TTATCTTAGGAA
130 TTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCT-TTAGGAA
* * * * * * *
574664 ACATGAAGAGAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCTAT-ACTTTCGAAAG
1 ACATGAAGA-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT-GAAAG
* * * *
574728 CCTTACTACTCACTTTAAAAGG-TTTACAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT
64 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * *
574791 TTTTTGTTCAAATTTATCACAAATAAATGTCTG-TCTTGGGAA
129 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCT-TTAGGAA
* * * * * * * * **
574833 AGATAAAGAAATAGCCATTCATTTACAGGAAAAGTCCATTTACAGCCACTCATGCCTTCAAAAGC
1 ACATGAAGAAA-AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGC
********** * * *
574898 CTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAATTGAAATTGTTTTACAT
65 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACAT
* * * * * *
574963 TTTTGGATAAAATATAATGTAATTGAATGTTTGCTTCAGGAA
129 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAA
* * * * *
575005 ACATGATGCAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAG--------TAG-CTA-CCTTGGCCATTGAAA
1 ACATGAAG-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCAT-GCCTTTGAAA
* * * *
575060 GCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTAAAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTAC
63 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTAC
* * *
575125 ATTTTTAGGTAAAA-ATATTATAATTGAATGCCT--TTGTCGAGAA
127 ATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT-TAG-GAA
* * * *
575168 ACATGAAGAAAAAGCTA-CTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCATTCT---
1 ACATGAAG-AAAAGCCATC-CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGAA
* * *
575228 AGCGCTTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAGTTGATTTTTAGTTGAATTTTTTT
62 AGC-CTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
575293 ACA-TTCTAGTTGAAATATATTATAATTGTATGTCTGGTTCAGGAA
125 ACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAA
* * * * * * *
575338 ACGT-AATGCAAAAGCCATCTATTGTCAAGAAAAGTCAATTTGTAGCCACCCAAGCCTTTAGAAA
1 ACATGAA-G-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT-GAAA
* * * * * * * *
575402 -CTTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTTTATA
63 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
575466 TTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTGCCTCAGGAA
128 -TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAA
* ** **
575509 ACGTGAAGAAAAGGCCATTTATT-AGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAA
1 ACATGAAGAAAA-GCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGAAA
** * *
575572 GCCTTATTACTTCACTGAAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAC
63 GCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
575637 AACTTTT-GTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCAGCTTCCA-GAA
127 -ATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT-TAGGAA
** * * * **
575681 ATGTGATGTAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCCAAAGC
1 ACATGAAG-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGC
* *
575746 CATATTACTTGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCA
65 CTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
575780 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1112, Mismatches: 283, Indels: 124
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Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ACATGAAGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAA
Found at i:574899 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 574581--574906 Score: 367
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
574571 NNNAAATGGT
* *
574581 TTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAAGTAAAATAGATTAAAAT
1 TTTACAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAAGTAAAATAGATCAAAAT
* * * * *
574646 TTAATTTTATCTTAGGAAACATGAAGAGAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCC
66 TAAATTCTATCTTAGGAAACATGAAGAGAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGCC
* *
574711 ACCTATACTTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAAGG
131 ACCTATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAAGG
* * * **
574750 TTTACAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-TGTTCAAATTTATCACAA
1 TTTACAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAAG-TAAAATAGATCA-AA
* * * * *
574813 A-TAAATGTCTGTCTTGGGAAAGAT-AA-AGAAATAGCCATTCATTTACAGGAAAAGTCCATTTA
64 ATTAAAT-TCTATCTTAGGAAACATGAAGAGAAA-A-CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* *
574875 CAGCCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
126 CAGCCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTACTACT
574907 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 12
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.05
168 31 0.24
169 93 0.72
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTACAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAAGTAAAATAGATCAAAAT
TAAATTCTATCTTAGGAAACATGAAGAGAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGCC
ACCTATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAAGG
Found at i:575843 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 574155--575900 Score: 835
Period size: 341 Copynumber: 5.1 Consensus size: 341
574145 TCGGGAGACA
* * * * * * **
574155 TGAAGAAAAAGCCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCTTGCTTTTTAAAGACTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCTAGCG-CTT
** ** * * *
574220 -ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTTATATTT
65 CATTACTCACTGAAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTACA-TT
* * * * * * *
574283 TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTAGTG-AACATGATGCTAAAGCCATCCATT
128 CTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC-AGCTTCAG-GAAACGTAATGCAAAAGCCATCTATT
* * ** ** * * *
574346 GACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATGCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTC-ATTTTAAATAG
191 GACAAGAAAAGTCAATTTATAACCACCCAAGCCTTCAGAAA-CCATATTACTCGA-TTTAAATGG
* * * * * * * * *
574409 TTTTATAGTCTCATAATTAA-TTTAAGTAGAATT-TTTTTTATATTTTTGGTAAAAACATATTCT
254 TTTTATAATCTAATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTTTTTACATTTTTAGT-TAAATATATTAT
* * **
574472 AATGGAGTGTTTGCCTTGGGAAACG
318 AATTGAATGTTTG-CTCAGGAAACG
* * * *
574497 TGAAGAAAAAGTCATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCCAAAGC-C
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATT-C-TAGCGC
* ********** * * * *
574560 AT-ATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATT
63 TTCATTACTCACTGAAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACA-T
* * * * * * * * * *
574624 TTTAAG-TAAAATAGATTAAAATTTAATTTTATCTT-AGGAAACATGAA-G-AGAAAACCAT-TC
127 TCT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAGCTTCAGGAAACGT-AATGCA-AAAGCCATCT-
* * * * * * *
574684 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCTATA-CTTTC-GAAAGCCTTACTACTC-ACTTTAA
188 ATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAACCACCCA-AGCCTTCAGAAA-CCATATTACTCGA-TTTAA
* * * * * * * *
574746 AAGG-TTTACAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTTGTTCAAATTTA
250 ATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTTTTTACATTTTTAGTT-AAATATA
* * * * * **
574807 TCACAAATAAATGTCTGTCTTGGGAAA-G
314 TTATAATTGAATGTTTG-CTCAGGAAACG
* * * * * * *
574835 ATAAAGAAATAGCCATTCATT--TACAGGAAAAGTCCATTTACAGCCACTCATGCCTTCAAAAGC
1 -TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTC--TAGC
********** * * *
574898 -CTT-ATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAATTGAA-ATTGTTTTA
61 GCTTCATTACTCACTGAAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA-T-TTTTA
* * * * * * ** * * * *
574960 CATTTTTGGATAAAATATAATGTAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGACATCC
124 CA-TTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAGCTTCAGGAAACGTAATGCAAAAGCCATCT
* * * *** * *
575025 ATTGGCAAGAAAAG--------TAGCTACCTTGGCCATT--GAAAGCCTTATTACTC-ACTTCAA
188 ATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAACCACCCAAGCC-TTCAGAAA-CCATATTACTCGA-TTTAA
* ** * * * * * *
575079 ATGGTTTTAAAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATT-TGTTTTACATTTTTAGGTAAAAATAT
250 ATGGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAATATAT
*
575143 TATAATTGAATGCCTTTG-TC-GAGAAACA
315 TATAATTGAATG--TTTGCTCAG-GAAACG
* * *
575171 TGAAGAAAAAGCTACTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCATTCTAGCGCTTC
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCTAGCGCTTC
** * * * * *
575236 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAGTTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTCTA
66 ATTACTCACTGAAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTCTA
* * * * * *
575301 GTTGAAATATATTATAATTGTATGTCTGGTTCAGGAAACGTAATGCAAAAGCCATCTATTGTCAA
131 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAGCTTCAGGAAACGTAATGCAAAAGCCATCTATTGACAA
* * * ** * *
575366 GAAAAGTCAATTTGTAGCCACCCAAGCCTTTAGAAACTTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
196 GAAAAGTCAATTTATAACCACCCAAGCCTTCAGAAACCATATTACTCGATTTAAATGGTTTTATA
* * * *
575431 ATCTAATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAC
261 ATCTAATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTTTTTACATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAA
575494 TGTTTGCCTCAGGAAACG
325 TGTTTG-CTCAGGAAACG
* * * *
575512 TGAAGAAAAGGCCATTTATTAGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGC-CT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCT--AGCGCT
575576 T-ATTACTTCACTGAAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAAC
64 TCATTAC-TCACTGAAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAC-A-
* * * * *
575640 TT-TTGTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCAGCTTCCA-GAAATGTGATGTAAAAGCCATCTAT
126 TTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAGCTT-CAGGAAACGTAATGCAAAAGCCATCTAT
* * * * *
575703 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCCA-AAGCCATATTACTTGATTTAAATGG
190 TGACAAGAAAAGTCAATTTATAACCACCCAAGCCTT-CAGAAACCATATTACTCGATTTAAATGG
********** *
575767 TTTTATAATCTCAA-ANNNNNNNNNNAGTTG-ATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGTATATTA
254 TTTTATAATCT-AATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-TATATTA
* * *
575830 -AATTAAATGTTTGCTTCAGTAAATG
317 TAATTGAATGTTTGC-TCAGGAAACG
* * * * * *
575855 TGATGCAAATGCCGTCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCAC
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
575901 TTGAGCCCTT
Statistics
Matches: 1087, Mismatches: 250, Indels: 133
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
333 98 0.09
334 40 0.04
335 97 0.09
336 16 0.01
337 7 0.01
338 3 0.00
339 132 0.12
340 53 0.05
341 247 0.23
342 192 0.18
343 186 0.17
344 16 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCATTCTAGCGCTTC
ATTACTCACTGAAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTCTA
GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAGCTTCAGGAAACGTAATGCAAAAGCCATCTATTGACAA
GAAAAGTCAATTTATAACCACCCAAGCCTTCAGAAACCATATTACTCGATTTAAATGGTTTTATA
ATCTAATAATTAATTTTTAGTTGAATTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAATATATTATAATTGAAT
GTTTGCTCAGGAAACG
Found at i:576638 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 576461--577597 Score: 588
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 169
576451 TGTTTACTTT
*
576461 AGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTAAGCCTTTG
1 AGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-AAGCCTTT-
***********
576526 AAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAA-TTGTTT
64 AAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAATGAATTTGTTT
* * * *
576590 -TACATTTTTTGTTAAAATC-GATTATAATTGAGTTTCTACCTC
129 ATA-A-TTTTAGTTAAAA-CAGATTATAATGGAATGTCTACCTC
* * ** * * * * * *
576632 AGAAAACATGAAGGGAAATCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCAATGCCTTCT
1 AGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAA-GCCTT-T
** ** * ** *
576697 AAAGTGTTATTATTTCCTTTAAATGGTTTTATAAGGTTATAATTGATTTTAGAATGAATTTGTTT
64 AAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAATGAATTTGTTT
* *
576762 ATAATTTTAGTTAAAACAGATTGTAATGGAATGTCTACTTC
129 ATAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTC
* * * *
576803 AGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGGAAAGTCTAGTTATAGTCACCCATGCCTTTA
1 AGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAAGCCTTT-
* * * *
576868 AAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCA-AAGATGATTTTA-AACTGAATTT-T
64 AAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAGAA-TGAATTTGT
* * * * * *
576930 TTCACT-TTTTTTGTT-AAACTATATTATAATTGG-ATGTCTGCTTT
127 TT-A-TAATTTTAGTTAAAAC-AGATTATAA-TGGAATGTCTACCTC
* * * * *
576974 AGAGAACGTAATGTAAAAGCCATCCATTGACAA-AGAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATA-CCTT
1 AGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCAC-CA-AGCCTT
* * * * ** *
577037 TCAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTA-CCTCGAATTTT
63 T-AAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAAT-GAATTTG
*** * * * * * * *** *
577101 TTTACCTTTTTAGTTCAAATATAGTCTACCT-GAATGTCTGGTTT
126 TTTATAATTTTAGTTAAAACAGATTATA-ATGGAATGTCTACCTC
* * * * * * * ** *
577145 AGGAAACCTGATGCAAAA-TCTTCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCAACTGAGTCTTTG
1 AGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCAAGCCTTT-
** * * * * *
577209 AAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTA-AGT-AGCTTTTTT
64 AAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAATGA-ATTTGTT
* * * * * * * * *
577272 TACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTT
128 TATAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTC
* * * * * * * * *
577314 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCA-CTCATCGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTC
1 AGAAAACGTGATGCAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAAGCCTT-
* ** * * * *
577378 GAAATTCTTCTTACATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTAGAATTT-T
63 TAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAAT-GAATTTGT
* * * * * * * ** *
577441 CTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATACTTGAATGTCTGTCTA
127 TTATAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTC
* * * * * * * *
577484 AGGAAACGTG-TAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATACTCACCCATGCCCTC
1 AGAAAACGTGAT-GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAAG-CCTT
* * * *
577548 TAAAGCCTTATTACTCT-CTTTATATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTT
63 TAAAGCCTTATTGCT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
577598 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 175, Indels: 77
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 57 0.08
170 292 0.39
171 376 0.50
172 24 0.03
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AGAAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAAGCCTTTAA
AGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAATGAATTTGTTTAT
AATTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTC
Found at i:577246 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 576863--577523 Score: 432
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
576853 TCACCCATGC
* ** * **
576863 CTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCAAAGA-TGATTTTAAACT-GAA
1 CTTTCAAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAA-ATTGATTTT-AACTAG-A
* * * * * * * * * *
576926 TTTTTTCACTTTTTTTGTTAAACTATATTATAATTGGATGTCTGCTTTA-GAGAACGT-AATGTA
63 TTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATAGTATAACTGAATGTCTGCTTTAGGA-AACATGAA-GAA
* * * * * *
576989 AAAGCCA-TCCATTGACAA-AGAAAGTCTATTTATAGTC-TCTCA-T
126 AAAGCCACT-CATCGGCAAGA-AAAGTCCATTTCTAGTCAACTGAGT
* * * * *
577032 ACCTTTCAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTACCTCGAA
1 --CTTTCAAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAACTAG-A
* * * * * * * * *
577097 TTTTTTTACCTTTTTAGTTCAAATATAGTCTACCTGAATGTCTGGTTTAGGAAACCTGATGCAAA
63 TTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATAGTATAACTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAA
* ** *
577162 ATCTTCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCAACTGAGT
128 AGCCACTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCAACTGAGT
* * * *
577204 CTTTGAAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGCTTT
1 CTTTCAAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAACTAGATTT
* *
577269 TTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC
66 TTTTACATTTTTAGATAAAATATAGTATAACTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * **
577334 CACTCATCGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGT-TACCCA-T
131 CACTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCAACTGAGT
* ** * * * * * * * *
577372 GCCTTCGAAATTCTTCTTACATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAA
1 -CTTTC-AAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAACTAGAT
* * * * * * * *
577437 TTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TA-ATACTTGAATGTCTG-TCTAAGGAAACGTGTAGAA
64 TTTTTTACATTTTTAGATAAAATATAGTATA-AC-TGAATGTCTGCT-TTAGGAAACATGAAGAA
* **
577499 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGT
126 AAAGCCACTCATCGGCAAGAAAAGT
577524 TTATTTATAC
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 82, Indels: 29
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 68 0.17
170 218 0.55
171 101 0.26
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTTCAAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTAACTAGATTT
TTTTACATTTTTAGATAAAATATAGTATAACTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC
CACTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCAACTGAGT
Found at i:577440 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 576663--577587 Score: 777
Period size: 340 Copynumber: 2.7 Consensus size: 341
576653 ATTCATTAGT
* * * * *
576663 AAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCAATGCCTTCTAAAGTGTTATTATTTCCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTC-AAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
** * * * * * *
576728 TAAGGTTATAATTGATTTT-AGAATGAATTTGTTTATAATTTTAGTTAAAACAGATTGTAATGGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTA-GAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGAGTCTAATGGA
* * *
576792 ATGTCTACTTCAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGGAAAGTCTAGTTATAGTCAC
129 ATGTCTACTTCAGGAAACCTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCAC
** **
576857 CCATGCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCAAAGATGATTTTAAAC
194 CCATGCCTTTAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAGATGATTTTAAAC
* * * * * *
576922 TGAATTTTTTCACTTTTTTTGTTAAACTATATTATAATTGGATGTCTGCTTTAGAGAACGTAATG
259 TGAATTTTTTCACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAGAACATAATG
* *
576987 TAAAAGCCATCCATTGAC
324 AAAAAGCCATCCATCGAC
* * * * *
577005 AA-AGAAAGTCTATTTATAGTCT-CTCATACCTTTCAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTT
1 AAGA-AAAGTCCATTTATAGT-TACCCATGCC-TTCAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
* * ** * ** * * * *
577068 AATAATCTCAAAATTGATTTTACCTCGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTCAAATATAGTCTACCT-
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGAGTCTA-ATG
** * * * * * *
577132 GAATGTCTGGTTTAGGAAACCTGATGCAAAA-TCTTCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTC
127 GAATGTCTACTTCAGGAAACCTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTC
** * * * *
577196 AACTGA-GTCTTTGAAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAA-TTGATTTT
192 -ACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCA-AAGATGATTTT
* * *
577259 -AAGT-AGCTTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAG-GAAAC
255 AAACTGA-ATTTTTTCACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAG-AAC
*
577321 ATGAA-GAAAAAGCCA-CTCATCGGC
318 AT-AATGAAAAAGCCATC-CATCGAC
* * * *
577345 AAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTCGAAATTCTTCTTACATGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTC-AAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
577410 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATACTTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGAGT-CTAATGGA
* * * * * * ** * *
577473 ATGTCT-GTCTAAGGAAACGTG-TAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATACTC
129 ATGTCTACT-TCAGGAAACCTGAT-GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTC
* * * * * * *
577536 ACCCATGCCCTCT-AAAGCCTTATTACTCTCTTTATATGGTTTTATATTCTCA
192 ACCCATG-CCTTTAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCA
577588 TAATTAATTT
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 105, Indels: 44
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.01
339 55 0.12
340 193 0.42
341 79 0.17
342 120 0.26
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGAGTCTAATGGAAT
GTCTACTTCAGGAAACCTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCC
ATGCCTTTAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAGATGATTTTAAACTG
AATTTTTTCACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAGAACATAATGAA
AAAGCCATCCATCGAC
Found at i:577542 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 577208--577597 Score: 449
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
577198 CTGAGTCTTT
* * * ** *
577208 GAAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGCTTTTTTT
1 GAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTCT
* * * *
577273 ACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCACT
65 ACATTTTTAGATAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCTTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCACT
* * * *
577338 CATCGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTC
130 CATCAGCAAGAAAAGTCCATCTATACTCACCCATGCCCTC
** *
577378 GAAATTCTTCTTACATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTCT
1 GAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTCT
* * * * * *
577443 ACATTTTTGGTTAAAACAGATAATACTTGAATGTCTG-TCTAAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCAT
65 ACATTTTTAGATAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCT-TAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAC
* ** *
577507 TCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATACTCACCCATGCCCTC
129 TCATCAGCAAGAAAAGTCCATCTATACTCACCCATGCCCTC
* * * * *
577548 TAAAGCCTTATTACTCTCTTTATATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTT
1 GAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
577598 NNNNNNNNNN
Statistics
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GAAAGCCTTATTACTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTCTA
CATTTTTAGATAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCTTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCACTC
ATCAGCAAGAAAAGTCCATCTATACTCACCCATGCCCTC
Found at i:577589 original size:340 final size:339
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576454 TTACTTTAGA
* * * * *
576464 AAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTAAGCCTTTGAAA
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* * ***********
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* * ** * * * * * * ** * *
576592 CATTTTTTGTTAAAATCGATTATAATTGAGTTTCTACCTCAGAAAACATGAA-GGGAAATCCATT
129 CATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAGAACAT-AATGAAAAAGCCATC
* * * * * * *
576656 CAT-TAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCAATGCCTTCTAAAGTGTTATTATTTCCTTTAAA
193 CATCGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTC-AAAGTCTTATTACTTGCTTTAAA
** * * * *
576720 TGGTTTTATAAGGTTATAATTGATTTT-AGAATGAATTTGTTTATAATTTTAGTTAAAACAGATT
256 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTA-GAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-T
* * * * *
576784 GTAATGGAATGTCT-ACTTCAGG
318 ATACTTGAATGTCTGTC-TAAGG
* * *
576806 AAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGGAAAGTCTAGTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAA
1 AAACGTGATGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAA
* * * *
576871 GCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCA-AAGATGATTTTAAACTGAATTTTTTCAC
66 GCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAACTGAATTTTTTCAC
* * * * * * *
576935 TTTTTTTGTTAAACTATATTATAATTGGATGTCTGCTTTAGAGAACGTAATGTAAAAGCCATCCA
130 ATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAGAACATAATGAAAAAGCCATCCA
* * * * * *
577000 TTGACAA-AGAAAGTCTATTTATAGTCT-CTCATACCTTTCAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAAT
195 TCGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGT-TACCCATGCC-TTCAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * ** * * * *
577063 GGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTTACCTCGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTCAAATATAG-TC
257 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTACATTTTTAGTT-AAA-ACAGATA
* *
577127 TACCTGAATGTCTGGT-TTAGG
319 TACTTGAATGTCT-GTCTAAGG
* * * * ** * *
577148 AAACCTGATGCAAAA-TC-TTCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCAACTGA-GTCTTTGA
1 AAACGTGATGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCCATGCCTTTAA
* * * *
577210 AAGCCTTATAACT-TGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTT-AAGT-AGCTTTTTT
64 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGA-ATTTTTT
*
577272 TACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAG-GAAACATGAA-GAAAAAGCC
127 CACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAG-AACAT-AATGAAAAAGCC
* * * * *
577335 A-CTCATCGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATGCCTTCGAAATTCTTCTTACATGCTTT
190 ATC-CATCGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTC-AAAGTCTTATTACTTGCTTT
* *
577399 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
253 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
577464 AATACTTGAATGTCTGTCTAAGG
318 -ATACTTGAATGTCTGTCTAAGG
* * * * *
577487 AAACGTG-TAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATACTCACCCATGCCCTCT-A
1 AAACGTGAT-GCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG-CCTTTAA
* * * *
577550 AAGCCTTATTACTCTCTTTATATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTT
64 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
577598 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACGTGATGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAA
GCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTCACA
TTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAGAACATAATGAAAAAGCCATCCAT
CGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATATACTTGA
ATGTCTGTCTAAGG
Found at i:587813 original size:21 final size:20
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*
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1 AGAGAAAAGAAACAAAAATT
*
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Statistics
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AGAGAAAAGAAACAAAAATT
Found at i:590638 original size:171 final size:169
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590106 CATATTCTAG
* * * ** *
590116 AGCCTTATTACTCTCTTTATATGATTTTATATTCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATATTTTTTA
1 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-ATTTTTTA
* ** * * * ** *
590181 TATATT-TGGGTAAAACAGATAATATTTGAATATCTGCCTTGAAAAATGTGAACAAAAAG-CTAT
63 CAT-TTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTC-AT
* *
590244 TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
126 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAA
* * * * * *
590288 AGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGGTTTTTGCA
1 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT-TA
* * * * * * * * *
590353 CATTT-TTAGTAGAAACAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCACT
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** *
590417 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGTCAT-TCTTTCTAA
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* *
590460 AGCCTTATTACTCGTTGTAAATGGTTTTATAAACTCATTACTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCGTT-TAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAC
* * * ** * * * * * *
590525 ATTTCTGGCTAAAATAGATTGTCTTTGAATGTTTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAATGATTCA
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* * *
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* * * *
590631 GGCCTTATTACTCACTTTGAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTGTTTTTA
1 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTA
* * * * * * * * *
590695 CATTT-TGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTG-CTTCAGGAAACGTGATGTAAAATTCATC
63 CATTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* *
590758 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCGA-GCCTTTGAA
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* *
590801 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATA-TCATAATTTATTTTAA-TTAAATTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAA-ACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
* * * *
590864 ATTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGACTATTTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTAA
64 ATTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCA
* * *
590928 TTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
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* * * * * * *
590969 TGCCTTATTACTCG-----CT-G--TAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTATA
1 AGCCTTATTACTCGTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTA-C
* ** * * * * * * * *
591026 ATTT-GGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTG-C-TGTAGGAGACATGATGCAAAAGCCATC
64 ATTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTG-A-GAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * **
591088 CATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGCCACCCACACC-TTCTAA
127 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AA
* * * *
591131 AGCTTTTTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTATA
1 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T-
* * * * * * * * * * *
591195 AAATTT-T-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-TTTCAAGAAACATGATGCAAATGCCA
62 ACATTTCTGA-CTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGTCA
* * * * * * *
591257 TCCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTCTAGTTACACGA-GCCTTTGAA
125 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCATGCCTTTCAA
* * * *** * *
591302 AGACTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTTTCTCATAAATAATTTGT-AGTTGAATTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTT-TAAGTTGAA-TTTTTTA
* * * * * * * * *
591366 TATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGACTATTTCCCTTG-GAAAATATGAAGAAAAAGCCATT
63 CATTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * * * *
591430 CATTTGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCATCCATTCCTTCCAA
127 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAA
** * * *
591473 AGCCCAATTACTCACTGTAAATGGTCTTA-AAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTAA
1 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTT--
* ** * * * * * *
591537 TA-AGTT-TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCA
61 TACATTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGTCA
* ** * * ** *
591599 TCCATTAACAAGGAAAGTCAATTTATAGTTGTCCC--G---TCCAA
125 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACCCATGCCTTTCAA
* ** * * * * *
591640 AGCCTTATTACTCACTTCGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTACC
1 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
* ** * * * * * * * *
591705 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT-GCTTG-CTTCAGAAAACTTGATGTAAAA-TCCATC
65 TTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATC-TGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGT-CATT
** ** *
591767 CATTAACAAG-AAAG-C--CCTAT--T-ACTCA---CTTT-AA
127 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAA
* * * * ** ** ** ***
591799 ATG-GTTTTATAATC-TTATAATTTATTTTTAGTTAAACTTTTACATTTTTTGTTAA-AACATAT
1 A-GCCTTAT-TACTCGTT-TAA-ATGGTTTTA--TAAACTCATA-ATTGATT-TTAAGTTGA-AT
* * * ** * ** ** ***
591861 TATAATTGAC-TATT-TGCCT-CAGGAGACGT-TAA--GAA-A-AAGCCATCCATTGAC---AAG
57 T-T--TTTACAT-TTCTGACTAAAACAGA-TTATAATTGAATATCTGCC-TTGAGAAACATGAAG
* * * * *** * * * * ** *
591915 -AAAAGTTTATTTATAGTC-ACTCACGCCT-TGTAAAG-C-CTTATTACTCTTT---
116 AAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TGC-CTTTCAA
* * * ** * * * * * * * * * *
591964 -G---TA--AATGGTTT-TATAATCTCAT-AATTGAT-TTTAAGTTGAA-TT--TTTTTTTATAA
1 AGCCTTATTACTCGTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CA
* * * * * * * *
592017 TTT-TTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTC--CACTTCAGAAAACATGATGCAAAAGCCA-TC
65 TTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGC-CTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGTCATTC
* * ** *
592078 TATTGGGAA-ACAAAATCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCCAA
128 -ATTGGCAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAA
** * * * * * *
592121 ATTCTTATTACTCGTTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATTCATTTGAAGTTAAATTTTTATAC
1 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TAC
* * * * * * * * * *
592186 AGTTT-T-AGTTAAAATATATTATAATTGAGTGTCTG-CTTCAGGAAACGT-AATGCAAATGTTA
64 A-TTTCTGA-CTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGA-GAAACATGAA-GAAAAAGTCA
* * *
592247 TCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACTCCA-GCTTTTCAA
125 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCATGCCTTTCAA
* * * ** * *
592292 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTCATATTCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATATTTTTAC
1 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAC
* ** * * * * * * *
592357 ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTTACTATTTTCCTTGTGAAATATGAAGAAAAAGGT-ATTC
64 ATTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GTCATTC
* * * * * * *
592421 ATTTGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCATCCATTCATTCCAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAA
** * * * * * * * * *
592463 AGCCCAATTACTCACTGTAACTGATCTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATCGAATTTTTTGAT
1 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-A-
* * * * * * * * * *
592528 AATTT-T-AGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTC-GACTTTAGGAAACAT-AGTGCAAAAGCCA
63 CATTTCTGA-CTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGA-GAAACATGA-AGAAAAAGTCA
** * * * * *
592589 -TCCGTGAGCAAGGAAAGTCAATTTATAGTCACTCGTGCCTTCCAA
125 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAA
* * * ** *
592634 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAACCTAAATGTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAC
* * * * * * * * *
592699 CTTT-TTAGTTAAATATATTATAATTGAAT-GCTTG-CTTCAGAAA-ATGTAATGTAAAA-TCCA
64 ATTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATC-TGCCTTGAGAAACATG-AA-GAAAAAGT-CA
* * * *
592759 -TCAATTGGCAAGAAAAGTCTACTTCTAGTCACTCGA-GCCTTTGAA
125 TTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CCATGCCTTTCAA
* * * * *
592804 AGCTTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTAT-AACTCATAATTGATTTTTAGTTGAATCTTTTACA
1 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
* * * * * ** *
592868 TTTTTTG-TTAAAACATATTATAATTGACTATTTGCCTCAAGATAA-ATGAAGAAAAAGTCATCC
65 -TTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGA-AACATGAAGAAAAAGTCATTC
* * * *
592931 ATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATGCCTCGTC-A
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT-TTCAA
* * *
592973 AGCCTTAATACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTT
1 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTT-TT
* * * * * * * *
593038 ACAATTTTTG-TTAGAAA-AAATTATAATTGAATGTC--CACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGC
62 AC-ATTTCTGACTA-AAACAGATTATAATTGAATATCTGC-CTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGT
* * **
593099 CA-TCTATT-ACGAAGGAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTTCAA
123 CATTC-ATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAA
** * * * * * *
593146 ATTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTATGC
1 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TAC
* ** * * * * * * * * *
593211 AGATT-TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-TTTTAGAAA-AAGTAATGCAAATA-CCA
64 A-TTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATG-AA-G-AAAAAGTCA
* * * * *
593272 TCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCCA-GCTTTTGAA
125 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCCATGCCTTTCAA
* * ** * * *
593317 AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATATTCTCAAAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC
* * * * * * * * *
593382 ATTT-TTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTATTTTCCTTGTGAAATAT-AAAAAAAAG-CTATT
64 ATTTCTGA-CTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATT
* * * * * * *
593444 CATTTGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCATCAATTCCTTCCAA
127 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAA
** * * * * * * * **
593487 AGCCCAATTACTCGCTGTAAGTGGTCTTACAATCACATAATTTATTTTAAGTCAAATTTTTTA-A
1 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
* ** * * * * * * * *
593551 TACTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGGAAACGTGATG-CAAAGCCATC
65 T--TTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * *
593614 CA-TGAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CTAGTGCCTTCCAA
127 CATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TGCCTTTCAA
* * *** * **
593657 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTATTTTCAAAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC
* * ** * * * * * * *
593722 CTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT-GCTTG-CTTCAGAAAACGTGATGTAAAA-TCCAT
64 ATTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATC-TGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGT-CAT
* * * * *
593784 CCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTCTAGTCACCCCA-GCCTTTGAA
126 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCCATGCCTTTCAA
* * * * **
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1 AGCCTTATTAC-TCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
* * * * * * * ** * * *
593892 ATTCTTTG-TTAAAATATATTATAATTGACTATTTTCCTCAAGAGACATGAAGAAAAAGCCATCC
64 ATT-TCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
* ** * * * ** *
593956 CTTAACAAGAAAAGTTTATTTATAGCCACTCACACCTTGCAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAA
* * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * * * *
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** * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* ** ** *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* **********
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** *
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** * * *
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* * * * * * * * ** ** *
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64 A-TTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
* * * ** * * **
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* * *
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1 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTT
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62 ACATTTCTGACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGTCAT
* * * * * * *
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* * * *
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1 AGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAA-ACTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTA
* * *
595773 CATTTTTAGA-TAAAATATATTATAATTGAAT
63 CATTTCT-GACTAAAACAGATTATAATTGAAT
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Statistics
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* * * * ** * * ** * *
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* * * * * *** *
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* ** *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * * *
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* * *
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** * * * * * *
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1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA-AATT
* * *
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* * ** * ** * **
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* * * * * *
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* ** * * * * ** *
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* * *
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321 CACCCATGCCTTCCAAA-GCT
* * ** * *
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** * * ** ** * * * *
591855 A-CATA-TTATAAT-TGACTAT--TTGCCTCAG-GAGACGTTAAGAAAAAGCCATCCATTG-ACA
62 ATTTTAGTTAAAATAT-ATTATAATTGAAT--GTCTG-C-TTCAG-GAAA--CAT-GA-TGCAAA
** * *** * * * * * * ** * * *
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* ** * ** * * * ** * * * *
591968 ATGGTTT-TATAATCTCATAAT-TGAT-TTTAAGTTGAA-TT---TTTTTTTATAATTTTTATTA
177 CTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTATTA
* * * * * *
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241 AAACAAATTATAATTGACTATTTCC-CTTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
* * *
592088 CAAAATCCGTTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAA-TT
305 -AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCT
* * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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129 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
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193 TATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAAATTATAATTG
* ** ** * * *
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* * * *
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** * * * * * * * * *
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1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-AAAATT
* * * *
592532 TTAGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTC-GACTTTAGGAAACAT-AGTGCAAAAGCCATCC-GT
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* * * ** *
592594 GAGCAAGGAAAGTCAATTTATAGTCACTCGTGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
128 GA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGT
* ** * * * * *
592659 TTTGTAATCTCA-AAATTGATTTTAACCTAAATGTTTTTACCTTTTTAGTT-AAATATATTATAA
191 TTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAAATTATAA
* ** * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
592872 TTGTTAAAACATATTATAATTGACTATTTGCCTCAAGATAA-ATGAAGAAAAAGTCATCCATTGA
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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** * * * * *
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593556 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGATGC-AAAGCCATCCA-TGA
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* * * * *
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191 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTT-ACATTTTTATTAAAACAAATTATA
* * * * * * *
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253 ATTGACTATTTC-CCTTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTT
* *
594150 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAATCC
316 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCT
** * * * * * *
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1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TAAAATT
* * * * * *
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65 TTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTG
* * * * ** * **
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* * * * * * *
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192 TTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAAATTATAATT
* * * * **
594432 GACTATTTACC-TCGAGAAACATAT--AGAAATA-CTATTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATA
256 GACTATTTCCCTTC-AGAAA-ATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
594493 GTCACCCATACCTTCTAAAG-T
319 GTCACCCATGCCTTCCAAAGCT
* * *
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1 -TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTAAAA
* * * * * * *
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* * * * * *
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128 GACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTC-GAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT--CTTTAAATG
* * * * * *
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189 GTTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAAATTAT
* * * ** * * * *
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252 AATTGACTATTTCCCTTCAGA-AAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
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316 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCT
* ** * * *
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1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTT
* * * * * * **
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* * * * * * **
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128 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATGGT
* * * * * *
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191 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAAATTATAAT
** * * * * * * * *
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* * ** *
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* ********** * *
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1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTT
* * * * ** * * *
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* ** * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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252 AATTGACTATTTCCCTTCAGA-AAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* ** * ** *
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316 ATAGTCACCCATGCCT-TCCAAAGCT
* * * *
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1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTAAAA
* * * * * * *
595605 TTTTGGTTAAAATATAGTGTAATTGAATATCTACTTCAGG-AACTGTGATGCAAAAGTCATCCAT
63 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAAC-ATGATGCAAAAGCCATCCAT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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254 TTGA
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AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGACTA
TTTCCCTTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
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Alignment explanation
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591628 TGTCCCGTCC
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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1 AAA
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ATTAACAAG
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Alignment explanation
Indices: 591777--595805 Score: 2801
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591767 CATTAACAAG
* * * * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAAATTTTT
* * * ** * * *
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* * * * ** ** *
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127 ATCCATTGA-TAAGAAAAGT-TATTTATAGTCAC-CACAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * ** * * *
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188 TAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAA
* * * *
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253 ATTATAATTGAATGTTTCCTTCAGAAAACATG-AA-GAAAAAAGCCATCAATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** * *
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* * * * * * * *
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380 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * **
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445 CAAGA-AAATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTT
* * **
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* *
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* * *
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** * *
593144 AAATTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTAT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTAT
* ** *
593209 GCAGAT-TTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTTAGAAAAAGTAATGCAAATA-CCA
66 -CA-ATCTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTAAGAAAAAGTAATGCAAA-AGCCA
* * * *
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128 TCCATTGATAAGAAAAGT-TATTTATAGTCACCACAGC-TTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
593337 ATGATTTTATATTCTCAAAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATT
191 ATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATT
** * * *
593402 ATAATTGACTAT-TTTCCTTGTG-AAATAT-AA-AAAAAAGCTATTC-ATTTGCAAGAAAAGTCC
256 ATAATTGA--ATGTTTCCTTCAGAAAACATGAAGAAAAAAGCCA-TCAATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * * *
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318 ATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTG-AAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** *
593525 AATTTATTTTAAGTCAAATTTTTTA-ATACTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCT
381 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT--TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * *
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444 TCAAGAAA-ATGAAGAAAAAGCCATCCATTG-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-TGCC
* * * * * * **
593651 -TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTATTTTCAAAATTGATTTTAAACTGAATT
506 TTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
593715 TTTTTACCTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG-CTTGCTTCAGAAAACGTGATGTAAAA
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* * * *
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* * * *
593826 AAAGCCTTAATACAT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATCCTTT
1 AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTT
* * * * * * *
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64 ATCAATCTTAGTTAAAATATATTATAATTGA--ATGTTTACTTAAGAAAAAGT-AATGCAAAAGC
* * * * * *
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126 CATCCATTGATAAGAAAAG-TTATTTATAGTCAC-CACAGCTTTG-AAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
594460 ATACTATTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC-TTC
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* * *
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1 -AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTT
* * * * * * * * *
594573 TTACAATCTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACGTGATGCAAAATCCA
64 AT-CAATCTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTAAGAAAAAGTAATGCAAAAGCCA
* * * * * *
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128 TCCATTGATAAGAAAAGTT-ATTTATAGTCACC-ACAG-CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
594702 AATGATTTTATAACCTCAAAATTAATTTTTAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
190 AATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAT
* * *
594767 TATAATTGATTGTTTACC-TC-GAGAAACGTGAAGAAAAAA-CCATTC-ATTGGAAAGAAAAGTC
255 TATAATTGAATGTTT-CCTTCAGA-AAACATGAAGAAAAAAGCCA-TCAATTGGCAAGAAAAGTC
* * * **
594828 TATTTATACTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATT-TTCGCTTCCAATGGTTTTATAATCTCATA
317 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
594892 ATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTTGGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCCTC
382 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
* * * ** * *
594957 GAGGAACATGAAGAAATAGCCATTTATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG-CTTTT
446 -AAGAAAATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTT
* * * *
595021 TAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATTTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
510 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** *
595086 TACATTATTAGTTAAAATATATTATAATT-AAAGTCAACTTTAGGAAACACAATGCAAAAATCAT
575 TACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGC-AAAACCAT
* * * * * *
595150 CCATTGGCAAGAATAGTCGATTTATAGTCACCTAAGCCTTTA
639 CCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTC
********** *
595192 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTAT
* * * * * * * * *
595256 TACATTTTTGATAAAA-ATTAATTATAATTGAGTGTCTACCTT-AGGAAATGTAAAG-ACAAA-C
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* ** ** ** *
595317 CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCA-ATGCCTTCT-AAAGCCTCGTTACTCGC
126 C-ATCCATTGATAAGAAAAGT-TATTTATAGTCACCACA-G-CTT-TGAAAGCCTTATTACTCAC
** * * * *
595380 TTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
186 TTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * ** *
595444 CATATTAAAATTCAATGTTTACC-TCA-AGAAATGTGAAG-AAAAAGCCATTC-ATTGGTAAGAA
250 CAAATTATAATTGAATGTTT-CCTTCAGA-AAACATGAAGAAAAAAGCCA-TCAATTGGCAAGAA
* ** * * ** *
595505 AAGTCCATTTGTTTTTACCCATGCCTAT-GGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
312 AAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT-TCCAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
595569 CTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAGTGTAATTGAATA
376 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * ** * * * * * * * *
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* * * * ** * *
595698 TAGTC-TTTGAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAATT
502 T-GCCTTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
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CAATCTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTAAGAAAAAGTAATGCAAAAGCCATCC
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TTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAAT
TGAATGTTTCCTTCAGAAAACATGAAGAAAAAAGCCATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAATGA
AGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTTCAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
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* * * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTC-AAAT-TTTT
* *
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* * * * * **
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* * * * * ** *
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTA
* * * * * * * * * * *
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* **
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* * * **
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTT-
* * * **
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* * * * *
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** * * *
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** * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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** * * * * * * *
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTT-
* * * *
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65 ATACTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGAAAAGCCATCC
* *
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* * * * * *
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTC-AAATTTTTT
* * * *
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* * * **
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* * * * ** **
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1 AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTT
* * * * * * * * * *
593890 ACA-TTCTTTGTTAAAATATATTATAATTGACTATTTTCCTCAAGAGACATGAAGAAAAAGCCAT
65 ATACTT-TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCAT
* ** ** * *
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* * ** * * * * *
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TCAA--ATTTT
* * * * * * *
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* *
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* ** * * * **
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTA
* * * * *
594232 TACAGTTTT-GATTAAAATATATTATAATTTAATGTCTGCTTCAAGAAACGTAATGTAAATGCCA
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* ** **
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** ** * * * * **
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TCAAATTTTTT
* * * * * * * * *
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65 ATACTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAG-GAAACATGAT-GAAA-AGCCA
* ** * *
594466 TTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATACCTTCT
127 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCATGCCTTCC
* * * * ** *
594509 AAAGTCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTA
* * * * * *
594574 TACAATCTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACGTGATGCAAAATCCAT
66 TAC--TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCAT
* ** * * * * *
594639 CCACTGATAAGAATAGTTCATTTATAGTCAC-CTAAGCC-TCTA
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCATGCCTTC-C
* * * * * * * **
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAAT-TTTTT
* * * * * * * * * * *
594746 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTACCTC-GAGAAACGTGAAGAAAAAACCAT
65 ATACTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAG-GAAACATGATG-AAAAGCCAT
* * * *
594810 TCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATACTCACT-CATGCCTTCC
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCATGCCTTCC
* ** * * **
594852 AAAGCCTTATT-TTCGCTTCCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTG
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTT-
* * * * * *
594916 ATA-TTTTGGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCCTCGAGG-AACATGAAGAAATAGCCA
65 ATACTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTC-AGGAAACATGATGAAA-AGCCA
** ** * * * **
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* ** * * * **
595022 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATTTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTA
* ** * ** **
595086 TACATTATTAGTTAAAATATATTATAATT-AAAGTCAACTTTAGGAAACACAATGCAAAAATCAT
66 TAC-TT-TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCAT
* * * * **
595150 CCATTGGCAAGAATAGTCGATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTTA
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCATGCCTTCC
* ********** **
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1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTA
* * * * ** * *
595256 TACATTTTTGATAAAA-ATTAATTATAATTGAGTGTCTACCTT-AGGAAATGTAAAGACAAA-CC
66 TAC-TTTTAGTTAAAATA-T-ATTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACATGATGA-AAAGCC
* * * *
595318 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCAC-CAATGCCTTCT
126 -ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCATGCCTTCC
** * ** **
595363 AAAGCCTCGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTA
* * * * * * * * ** *
595427 TACATTTTTTGTTAAAACATATTAAAATTCAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAT
66 TAC--TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATG-AAAAGCCAT
* * * ** * *
595492 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTTTTTAC-CCATGCCTAT-G
128 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCATGCCT-TCC
* * * *
595534 GAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCAAATT-TTTT
* * * * * * * *
595599 TTACATTTTTGGTTAAAATATAGTGTAATTGAATATCTACTTCAGG-AACTGTGATGCAAAAGTC
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* * * **
595663 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATGA-TCC-TAGTCTTTG
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* * * * * ** *
595707 AAAGCCTTATGACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAAT-TGATTTTTTT
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*
595771 TACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGT
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Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
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Found at i:600547 original size:171 final size:170
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* *
599967 TTTAAATGGTTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGCTGAATT
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* * * *
600010 TTTTTACTTTTTGATTAAAATATATTACAATTGAATGTCTACTTCA-GAAACATGATGCGAAATC
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* * * * * *
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********* * *
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** * * * * * * * *
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1 TTTTTA-ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAT
* ** * * *
600241 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGC-
65 CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
600304 -T--A-----TAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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********** * * *
600636 CTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTTAGTTAAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAAT
* * * ** * * * * * * * * * *
600679 TTTTTATATTTTTTATAAAAAAATAAAATAATTTACTATTTACCTTGA-GAGACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTA-ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACATGATGCAAAA
* * ** * ** * *
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* * * * *
600805 G-TTGTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTAT
127 GCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCT-AA--AT
* **
600852 TTTTATAATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TCGCTTCAGGAAATGTGATGCAAAA
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* * * ** * * * * **
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64 TCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* ********** * * * *
600979 TTTAAACGGNNNNNNNNNNTCAAAATTTATTTGAAGTTGAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAAT
* * *
601021 TTTTATACAATTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTTAGGAAACATGATGCAAA
1 TTTT-TA-ATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAA
* ** * * * ** *
601085 ATTCATTTATTGACAAGAAAAGTCCCTTTCTAGTCAC-CCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
63 ATCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
********** * * * *
601149 CTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAAT
* * * * * * *
601192 TTTTTATATGTTTTG-TTAAAAAAAATTATAATTGACCAT-T-TGCCTT-GGGAGACGTGAAGAA
1 TTTTTA-AT-TTTTGATTAAAATATATTATAATTGA--ATGTCTG-CTTCAGGAAACATGATGCA
* * * ** ** *
601253 AAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTTTATTTATAGT--CTCCCACGCCTTTTAAAGCCTTATTAC
61 AAATCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTA-GCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * ** * * * * *
601316 TCACTGTAAATTATTTTATAGTCTCAAAATTAATTTGAAGTTAATTTT
125 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAA--AT
* * * * * **
601364 TTTTTACAATTTTTG-TTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTACTTCAGAAAACATGATATAAAA
1 TTTTT--AATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAA
* * * * * * * ** *
601428 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATA-TCTTCCAAAGCCTTATTACTTGC
64 TCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
601492 TTTAAATAGTTTTATCATCTCAAAATTGATTT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
601524 GAACTTGAAT
Statistics
Matches: 1137, Mismatches: 314, Indels: 125
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 25 0.02
160 11 0.01
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164 1 0.00
166 1 0.00
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173 19 0.02
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTAATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAATC
CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTAAAT
Found at i:601534 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 599962--601536 Score: 1600
Period size: 513 Copynumber: 3.1 Consensus size: 508
599952 NNNNNNNNNN
* *
599962 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACTTTTTGATTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAGCTGAA-TTTTTTACTTTTTGATTA
* * * *
600027 AAATATATTACAATTGAATGTCTACTTCAGAAACATGATGCGAAA-TCTATCCATTGGTAAGAAA
65 AAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAACATGATGCAAAATTC-ATCCATTGGCAAGAAA
* * * * **********
600091 AGTCTATTTCTAGTCACTCGAGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCT
129 AGTCCATTTCTAGTCACCCGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * *
600156 CATAATTGA-TTTTAATTAAATTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGACTATTTGC
194 CATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTATATTTTT-GTTAAAAAAAATTATAATTGACTATTTGC
** * * * * *
600220 CTCAGGAAACATGAAG-AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCT
258 CTTGGGAGACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCACGCCT
* * *
600284 TTCAAAGCCTTATTACTCGC--T--A-TA----ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
323 TTCAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTAATTTTT
** * *
600340 TCAATAATTTTAT-TTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGC
388 TTTATAATTTT-TGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGC
* * * * * * * *
600404 CATCCATTAAGAAGGAAGGTCCATTTATAGTCACTCGTACCTTCTAAAGCCTTATTA
452 CATCCATTGACAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATCTTCCAAAGCCTTATTA
* * **
600461 CTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAAGCCAAATGTTTTTACCTTTTTGATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAGCTGAAT-TTTTTA-CTTTTTGATT
* * * *
600526 AAAATATATTATAACTGAATGTTTGCTTCAAGAACCATGATGCAAAATCCATCCATTGGCAAGAA
64 AAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTC-AGAAACATGATGCAAAATTCATCCATTGGCAAGAA
* ********
600591 AAGTCCATTTCTAGTCACCTGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTNNNNNNNN
128 AAGTCCATTTCTAGTCACCCGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
** ** *
600656 NNATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTATATTTTT-TATAAAAAAATAAAATAATTTACTATTT
193 TCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTATATTTTTGT-TAAAAAAA-ATTATAATTGACTATTT
* * * * * *
600720 ACCTTGAGAGACGTGAAGAAAAAGCAATTGATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAATCACCCACGC
256 GCCTTGGGAGACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCACGC
* * * * *
600785 CTTGCAAAGCCTTATTACTCGTTGTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTG-AGTTAAAT
321 CTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATTATTTTATAATCTCATAATT-AATTTGAAGTT-AAT
* * * **
600849 TATTTTTATAATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTCGCTTCAGGAAATGTGATGCAAA
384 TTTTTTTATAATTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGATGCAAA
* * * * *
600914 AGCCATCTATTGGCAAGGAAAGTTTATTTATTGTCACCCATGTCTTCCAAAGCCTTATTA
449 AGCCATCCATTGACAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATCTTCCAAAGCCTTATTA
* ********** * * *
600974 CTCGCTTTAAACGGNNNNNNNNNNTCAAAATTTATTTGAAGTTGAATTTTTATACAATTTT-AGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAGCTGAATTTTT-TAC-TTTTTGA-T
* * ** *
601038 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTTTAGGAAACATGATGCAAAATTCATTTATTGACAAGA
63 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCA-GAAACATGATGCAAAATTCATCCATTGGCAAGA
* * **********
601103 AAAGTCCCTTTCTAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAAT
127 AAAGTCCATTTCTAGTCACCCGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
601168 CTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTATATGTTTTGTTAAAAAAAATTATAATTGACCATTT
192 CTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTATAT-TTTTGTTAAAAAAAATTATAATTGACTATTT
* * *
601233 GCCTTGGGAGACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCCCACGC
256 GCCTTGGGAGACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCACGC
* * * *
601298 CTTTTAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATTATTTTATAGTCTCAAAATTAATTTGAAGTTAATTT
321 CTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTAA-TT
* * * * **
601363 TTTTTTACAATTTTTGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTACTTCAGAAAACATGATATAAAA
385 TTTTTTATAATTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAA
* *
601428 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATATCTTCCAAAGCCTTATTA
450 GCCATCCATTGACAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATCTTCCAAAGCCTTATTA
* * *
601487 CTTGCTTTAAATAGTTTTATCATCTCAAAATTGATTTGAA-CTTGAATTTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAGC-TGAATTTT
601537 ATTCCATTAG
Statistics
Matches: 857, Mismatches: 190, Indels: 44
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
498 1 0.00
499 48 0.06
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515 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAAGCTGAATTTTTTACTTTTTGATTAA
AATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGAAACATGATGCAAAATTCATCCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTCTAGTCACCCGAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTATATTTTTGTTAAAAAAAATTATAATTGACTATTTGCCTT
GGGAGACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCACGCCTTTC
AAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATTATTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTAATTTTTTTT
ATAATTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATC
CATTGACAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATCTTCCAAAGCCTTATTA
Found at i:601984 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 601793--603299 Score: 943
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 168
601783 NNNNNNNNNN
* * *
601793 TTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCTTCAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCTT-AGGAAA
* * * * *
601858 CGTGATGCAAAATCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCACTCAAGTCTTTTAAAGCC
64 CGTGATGCAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCC
* * *
601923 TTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATGACGTCAAAATTGAT
129 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC-TCATAATTGAT
* * ** * * *
601964 TTTTAGTTGAATTATTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGACTGTTTACCTTAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT--CTTAGGAAA
* * * * * ** *
602029 TGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATGTCC-TTCAAAGC
64 CGTGATGCAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAG-CCTTTCAAAGC
* * * *
602093 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATGATAACTGAT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGAT
* * * * * *
602135 TTTAGGTTGAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTGACATTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TC-TTAGGAAA
** * * * * * *
602200 CGTGATATAAAAGT-CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAACC
64 CGTGATGCAAAA-TCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGC
* *
602264 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGGAT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGAT
* * ** * * ** *
602306 TTTATAGTCACCTAAAAATGGTTTATATTTTTAG-TAAAAGCTTATTATAATTG-A-GTGTC-T-
1 TTTA-AGT----T-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTCTTA
* * * * *
602366 ----ACCTTA-G-AAAAGTCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCTATA-TC-T
59 GGAAACGTGATGCAAAA-TCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCA-AGCCTT
* * *
602422 TCTAAAGCCTTATTACTC-CTTTACATGGTTTGA-AATTCTCATAATTAAT
121 TC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA--CTCATAATTGAT
* * * * * * *
602471 TTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATATCTGCCTCGAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCTTAG-GAAA
* * * *
602535 TGTGA-ACAAAAAGT-CATTCATTGATAAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAA
64 CGTGATGC-AAAA-TCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAA
* * * ********
602597 ACCTTATTA--CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNN
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGAT
** * * * * * * * * * *
602639 NNTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTGTGATGAAAAAAAATAATATTTGAATGTGTACCTTTGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCTTAGGAAA
* * * * ** * * *** *
602704 CGCGA-ACAAAAAGCCATTGATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCGTTCCTTCCAAAGC
64 CGTGATGC-AAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGC
602768 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-A-AATACTGAT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AACTCATAAT--TGAT
* * * * * * *
602810 TTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGCTCAAATAGATTGTATTTGAATGTCTGTCTT-GAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCTTAG-GAA
* * * * * * * *
602874 ACATGAAGAAAAAGT-CATTCATTAGCAAGAAAA-TTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTTCAAG
63 ACGTGATGCAAAA-TCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAA
* *
602937 GCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTATATAACCTCATAATTGAT
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGAT
* * * * *
602981 TTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAACATATATTATAGTTGAATGTTTGCTTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-C-TTAGGAAA
* * * * * *
603046 C-TGGATGCAAAAGCTATCCATTGTTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAACCTTTAAAAGC
64 CGT-GATGCAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGC
** * * *
603110 CTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATCATCTTAAAATTGAT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AACTCATAATTGAT
* * * * * *
603152 TTTAAGCTGAATTTTTTTACCTTTATAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-C-TTAGGAAA
* ** * * * * * * *
603217 CATGATATAAAATCTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCGAGCCTTTGAAAGGC
64 CGTGATGCAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCC
603282 TTATTACTCGCTTTAAAT
129 TTATTACTCGCTTTAAAT
603300 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1042, Mismatches: 233, Indels: 122
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
158 22 0.02
159 8 0.01
160 2 0.00
161 1 0.00
162 1 0.00
164 5 0.00
165 37 0.04
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167 6 0.01
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174 1 0.00
175 2 0.00
176 7 0.01
177 25 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCTTAGGAAACG
TGATGCAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTCATAATTGAT
Found at i:602170 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 601539--609829 Score: 5116
Period size: 342 Copynumber: 24.2 Consensus size: 341
601529 TGAATTTTAT
* * * * *
601539 TCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCGAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TTTCG
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-A
* *** * *
601603 AATGGTTTTATAATCTCAT-A---A--TT-AGTTGAGCGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAT
65 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATAT
** * * * * ** * * * * * *
601661 TATGTTTGACTCTTTACC-TCGAGAAATGTAAAGAAAAAACCATTCATTAGTAAAAAAAGTTCAT
130 TATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** * * * *******
601725 TTATATTCACTCATATCTTCCAAAGTCTCATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTNNNNNNN
194 TTATAGTCACCCATGCCTT-CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
*** * * * * * *
601790 NNNTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CTTCAG
258 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGT-TTGCTTTAG
* *
601854 GAAACGTGATGCAAAATCCA
322 GAAACATGATGCAAAAGCCA
* * * * * * *
601874 TCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCACTCAAGTCTTTTAAAGCCTTATTACTCCCTTTAA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * *
601939 ATGGTTTTATGA-CGTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTATTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT
66 ATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATAT
* * * ** * * *
602003 TATAATTGACTGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGACCATT
130 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
602068 TATAGTCACCCATGTCCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATGATAACTG
195 TATAGTCACCCATG-CCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
602133 ATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACATATTATAATTAAATG-TTGACATTAGG
259 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTG-CTTTAGG
* ** *
602197 AAACGTGATATAAAAGTCA
323 AAACATGATGCAAAAGCCA
* * *
602216 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTTGCTTTAA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * ** * *
602281 ATGGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTATAGTCACCTAAAAATGGTTTATA-TTTTTAGTAAAA
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGT----T-GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* *
602345 GCT-TATTATAATTGAGTGTCTACCTTA-G--A-A--AAG-----TCCATTCATTGGCAAGAAAA
125 --TATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * ** * * *
602398 GTCTATTTATAGTCACCTATATCTTCTAAAGCCTTATTACTC-CTTTACATGGTTTGA-AATTCT
188 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-TCT
* * * * * *
602461 CATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATATCTG
251 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTG
* * ** * *
602525 C-CTCGAGAAATGTGA-ACAAAAAGTCA
316 CTTTAG-GAAACATGATGC-AAAAGCCA
* ** * * * * *
602551 TTCATTGATAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAACCTTATTA--CACTTTAA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
********** * * * * * * *
602614 ATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTGTGATGAAAAAAAATA
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATT
* * * ** * * *
602679 ATATTTGAATGTGTACCTTTGGAAACGCGAACAAAAAGCCATTGATTGACAAGAAAAGTCCATTT
131 ATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
602744 ATAGTCAACCGTTCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-A-AATACT
196 ATAGTCACCCATGCCTT-CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT--T
* * * * * * * * * * *
602807 GATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGCTCAAATAGATTGTATTTGAATGTCTGTCTTGA-
258 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTG-CTTTAG
* * *
602871 GAAACATGAAGAAAAAGTCA
322 GAAACATGATGCAAAAGCCA
* * * * * * * * *
602891 TTCATTAGCAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTTCAAGGCCTTATTACTCGCTTTGA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * ** *
602956 ATGGTTATATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAACATATATT
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATT
* * * * * * * * ** *
603021 ATAGTTGAATGTTTGCTTTAGGAAAC-TGGATGCAAAAGCTATCCATTGTTAAGAAAAGTTCATT
131 ATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
** * * * * *
603085 TATAGTCACCCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATCATCTTAAAATTG
195 TATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * *
603150 ATTTTAAGCTGAATTTTTTTACCTTTATAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGA
259 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGA
** * *
603215 AACATGATATAAAATCTA
324 AACATGATGCAAAAGCCA
* * * *
603233 TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCGAGCCTTTGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
********** * * * *
603298 ATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAA-TT-AAATTTTTTACA-TATTTAGCTAAAATAGAT
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATAT
* * * * ** **
603360 TATAATTGACTATTTACCTCAAAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAGTTTATT
130 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
*** ** ** *
603423 TATAG-CATTGAATTGAATTAATAAATATTCAAATAGATAGAATTAGAATATGGAGCAACCATGC
195 TATAGTCA-CCCA-TG----------CCTTC----A-A-AGCCTT---AT-T--A-C--TC--G-
* ** * * * * * * * *
603487 CTTCCAAATCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT-AATTGATTTTCAGTTGTA
230 CTT-TAAATAGTTTTATAATCTC-AT-AATTGATTT-TAA-GT--TGAA-T--TTTT---TTATA
* ****** * * * * * ***** **
603550 TTTTTTAGTTTTTTGGT-TAAAACATAT-AATATTTGAATGTATGCTTTGA-GAAACATAAAGAA
282 -TTTTTGGTTAAAACATATTATA-AT-TGAATGTTTG-CTTTA-GGAAACATGATGCA-AAAG--
603612 AAAGCCA
339 ----CCA
* * * * **********
603619 TTCATT-GCGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTTAAANNNNNNNNNNTCGCTTTA
1 TCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
603683 AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATAGTATTTTTTTACA-TTTTTAATAAAA-ACTG
65 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATA-T-
* * ** * * * *
603746 ATTATAATTGAGTGTCTACCTTAGAAAATGTGAAG-AAAA-CCCTTCATTAGTAAGAAAAGTCCG
128 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
603809 TTTATAGTCACCAATGCCTCTCAAAGCCTTATTACCCACTTTAAGTAATTTTATAACCTCATAAT
193 TTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* ********** * * * * *
603874 TGATTTTAAGTTAAATNNNNNNNNNNTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTTAG
257 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAG
** *
603939 GAAACGCGATGCAAAAGCTA
322 GAAACATGATGCAAAAGCCA
* * * ** **
603959 TCCTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGGTTTATTACTCGCTTTAA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* ** * * * *
604024 ATTGTTTTATAATCTCATTCTTGATTTTTAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTAATTAAAAGTCATT
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-T-A-T
** *** * * * *
604089 CATTGGCAAGAAAAAG-CTATTCATTA-G-----T-AAGAAAAAGCCACTCATTGGCAAGAAGAG
128 -ATT-ATAATTGAATGTCTA--CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * ** * * * * * * *
604146 TCTATTTATAATCACGAAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACCTTCAATGGTTTTGTAATCTCA
189 TCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
604211 TAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTATATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGTATGTTTGCT
253 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCT
* * * * *
604276 TTGGGAAACATAAAGAAAAAGCGA
318 TTAGGAAACATGATGCAAAAGCCA
* ** * *
604300 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * ** *
604365 ATGGTTTTATAATCTTATCATTGATTTTAAATTGAATATTTTTACA-TTTCTAGTTAAAGCAAAT
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATAT
* * * * * *
604429 AATATTTGAATGTCTGCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAA-AAAAGTCTATT
130 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
** * *
604493 TATAGT----CA---C-TCAAAGCCTCGTTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGA
195 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * **
604549 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAAAAA
260 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAA
*
604614 ATC-TGATGCAAAAGTCA
325 A-CATGATGCAAAAGCCA
* * *****
604631 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACNNNNN
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
***** * * * * *
604696 NNNNNTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTCTTTTACAGTTTTTGTTAAAATAGATA
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATT
* * * * *
604760 ATATTTGAATGTCTA-CTTTGAGAAACATGAAGAAAATGCCATTCATTGGCAAG-AAAGCCCGTT
131 ATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
604823 TATAGTCAACCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTG
195 TATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
** * * * * * *
604888 ATTTTAAGTACAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAA-AAATAATATTTGAATGTTTGCATTGGG
259 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGG
* * * *
604951 AAACGA-GAAGAAAAAACTA
323 AAAC-ATGATGCAAAAGCCA
* * * *
604970 TTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
605034 AATAGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATAT
65 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATAT
* * * * * * * *
605098 TATAATTGAATGTCTGCTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAATAAAAGTCCATC
130 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * * ** *
605163 TATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTCCTACAATCTCATAGA-T
195 TATAGTCACCCATG-CCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA-ATT
* * * * * * * *
605227 GATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTT-GA
258 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAG-
* * * *
605291 GAAACGTAAAGAAAAAGCCA
322 GAAACATGATGCAAAAGCCA
* * * * * *
605311 TTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
605375 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATAT
65 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATAT
*** * * * * *
605440 TATAATTGAATGTCTGTTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATT
130 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
** * * * * *
605505 TATAGTCACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTGTAACCTCATAATT
195 TATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * * *
605569 AATTTTAAATTAAATTTTTCTATATTTTTAGTTAAAATATATTGTAACTGAATGTCTACTTTAAG
258 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGG
* * *
605634 AAACGTAATGCAAAAGTCA
323 AAACATGATGCAAAAGCCA
* * * * * ** * * *****
605653 TCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCTTTGTTACTCGCNNNNN
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
***** * * * ** * * *
605718 NNNNNTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAAAT
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATT
* * * * * ** *
605783 ATAATTTAATCTCTACTTTAGGAAACATGATA-CAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAACTCCATT
131 ATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
********** * *
605847 TATAGTCACCCATGCCTTCGNNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTG
195 TATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
605912 ATTTTCATTTGAATTTTTTTATATTTATGGTTAAGATATATTATAATTTAATGTTTGCTTCAGTA
259 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGA
* *
605977 AACGTGATGTAAAAGCCA
324 AACATGATGCAAAAGCCA
* * * ** * ** * *
605995 TCCACTGGGAAGAAAAGTCCATTCATAGTCATGCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGTTTTAA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * *
606060 GTGGTTTTGTAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGAA-TTTCTTACA-TTTTTAGTTAAAATATAT
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATAT
* * * * * * *
606123 TACAATTGAATCTTTTCCTTAGTAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATT
130 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
606188 CATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAATCGATTTAAATGGTTTTATAATCTC-TAATTG
195 TATAGTCACCCATGCCTT-CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
606252 ATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACTTTAGGA
259 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGA
* *
606316 AACATGAAGAAAAAGCCA
324 AACATGATGCAAAAGCCA
** * * * * *
606334 TTTACTGGTAA-AAAAGGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 TCCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
606397 AAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAATAT
64 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAT
* ** * * * *
606460 ATTATAATCGAATGT-TTGCTTCA-GAATACATGATA-CAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGT
128 ATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAA-ACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * **
606522 CTATTTATAGTCACCCAAGCCATTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-GACCTTATAATCTCA
190 CCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCA
* * * * * * * * *
606586 TTATTGACTTTAAATTAAATTTGTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGCC
253 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCT
* *
606651 TTAGGAAACATCA-ACAAAAAGCCA
318 TTAGGAAACATGATGC-AAAAGCCA
* ** * * * * * *
606675 TTCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATATTCACCCATGCATTT-CAATCCTTATTAGTCGCTTTAA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * * *
606739 ATAATTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGAA-ATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATT
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATT
* * * * * *
606803 ATATTTGAACGTCTACCTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTAATTGAG-AAGAAAAGTCCATT
131 ATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
606867 TATAGTTACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTAATAATTA
195 TATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** * *
606932 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTATTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTTAGGA
259 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGA
*
606997 AACGTGATGCAAAAGCCA
324 AACATGATGCAAAAGCCA
* * *********
607015 TCCATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAA-CCTTATTACTCGCTTTA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
607079 AATGGTCTAATAATCTCATAGA-TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA-TTTTTTTATTAAAACAAA
65 AATAGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATA
* * * * *
607142 TTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGAAAAA-CTCATTCATTTAG-AAGAAAAGTCT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCC
** * * * *
607205 ATTTATAGTCACTTATACCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATATTCTCAAAA
192 ATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
607269 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTT
256 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTT
* *
607333 AAGAAACATGATGCAAAAGCTA
320 AGGAAACATGATGCAAAAGCCA
**********
607355 TCCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTA
1 TCCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
607419 AATAATTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATA-TTTTTAGTTAAAATAT
65 AATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAT
* * * *** * **
607482 CTTATAACTGAATGTTTGTTTTAGGAAACATGATGCAAAAA-TTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
128 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
607546 ATTTATAGTCACCTATG-CTGTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATGAA-CTCAT
192 ATTTATAGTCACCCATGCCT-T-CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCAT
** ** * * * * *
607609 TCTTGATTTTTAA-TTGAATTTTTTTCCATGTTTGGTTAAAATGA-ATTATATTTGAATGTCTAC
254 AATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-CATATTATAATTGAATGTTTGC
* * *
607672 CTTAGAAAACATGAAAAGC-AAAGCCA
317 TTTAGGAAACATG--ATGCAAAAGCCA
* * * * ** * * *
607698 TTCATTGACAAAAAAAAGTCCATATATAGTCACTCGTA-CCTTTGAAAGTCTTATTATTCACTTT
1 TCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ********** * * ** *
607762 AAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTCTTGGTTTAAATATA
64 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATA
* * * * ** *
607827 TTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAATAT-AATGCCAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
607891 TTTAGAGTCACCAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACCTGAAATAGTTTTATAAACTCATAAT
193 TTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * *
607956 TGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGCCTCAG
257 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAG
* * *
608021 GAAACATGAAGAAAAAGCAA
322 GAAACATGATGCAAAAGCCA
* * *
608041 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA-CCTTCTG-AAGCCTTATTACTAGCTTT
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
608104 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATTTA
64 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATA
* * * * * * * * *
608169 TAATAGTTGAATATCCACTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* **** * * * *
608234 TCATAGTCGTTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTGATAATCTCATAAT
194 TTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * ** * * * *
608298 TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTAAAAACATATTGCAATGGAGTGTTTACCTT-G
257 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAG
* * * *
608362 GAGACCATGAAGAAAAAAGCGA
322 GA-AACATGATG-CAAAAGCCA
** *** * ** *
608384 TTTATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * ** * * * *
608448 AATAGTTTTATAATCTTATTATTGATTTTAAGTAAAATGTTTTTGCA-TTTTTAGTTAAAACAGA
65 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATA
* * * *** *
608512 TTAAAATTCAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTGGGAAAAGTTCAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ********** *
608577 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATTTCATAATT
194 TTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
608642 GATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTTGA
258 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGG
* ** *
608707 AAACGTGAACCAAAAGTCA
323 AAACATGATGCAAAAGCCA
* * *
608726 CCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTATGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * **
608791 ATAGTCTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCAC-TTATTTGCTTAAAATAGT-
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTTATTAAAATA-TA
* * * * * * * *
608853 TTATATTTGAATGTCTACCTGAGGAAATATGAATAAAAAGCTAGTCATTAGCAAGAAAAGTCAAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *** * * ** * *
608918 TTACAGTCAGTTATGCATTTTAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAACAATTTTATAATCTCATAATT
194 TTATAGTCACCCATGC-CTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
608983 GATTTTAAGGTGAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACTTCAAG
258 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGG
609048 -AACATGATGCAAAAGCCA
323 AAACATGATGCAAAAGCCA
* * * * * * *
609066 TCCACTAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCAACCAAG-CTATTAAAATCCTTATTACTTGCTTTA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
********** * * *
609130 AATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTT-AAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAA
65 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATA
* * * * *
609194 TTTTATTTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CCAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ********* * *
609258 TTTATAGCCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAAT
193 TTTATAGTCACCC-ATGCCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * **
609323 TGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAACTGATTGTTTGCTTCGG
257 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAG
609388 GAAACATGATG-AAAAGTCCA
322 GAAACATGATGCAAAAG-CCA
* ** ** * * *
609408 TCCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGGGACCTAAGCCTTTGAAAGCCTGATTACTCACTTTAA
1 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
609473 ATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTAACATTTTTAATTAAAATATATT
66 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATT
* * * * * * * ** *
609537 ATAACTGAATGTCCA-CTTCAGAAAACGTGATGCAAAACCCACCCGTTGGCAAGAAAAGTCCATT
131 ATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * ** * * * * * * *
609601 TATAGTCACTCATGCTTTTTAAAGATTTATTTCTCACTTTTAGTGGTTTTATAATCTCATTACTG
195 TATAGTCACCCATGC-CTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
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* * * * * *
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TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAA
CATGATGCAAAAGCCA
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1 A
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** *
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*
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* * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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** * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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*
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* * **
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** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ********** * *
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1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * * * * * * *
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** * * * ****
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****** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * *** * * * * * *
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1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * *
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** * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * * *
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* * *********
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * ** **
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * * ** *
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* *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * * *** * * *
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* * ****
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* * * *
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* * ** * * * * * * *
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*** * ** *
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* * * * ** * **
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* * * * * * *
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*
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**
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*** * ** *
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* * ** * * * * *
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* * * * *** *
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*
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********** * *
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* * * * * ** * **
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* * *
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* *
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* * ** * * * * * * *
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*** * * *
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** *** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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********** * * * * *
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* *
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* **********
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* *
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* * * ** * *
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* ** ** * * * *
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* * *
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* * * * * * ** *
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* * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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*
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* * *
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** * * * * *
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*
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* *
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*
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* *
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*
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* * *
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* *
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* *
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* * ** *
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* *
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*
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** *
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* * *
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694637 TGTGTACATA
* * * *
694647 ATGTAAATTCCATATACCATATGAGGTGATTTAAGTATGCATGATAAAAGCCATGAGATTATGCA
1 ATGTATATTCCATATACCATATGAGATGATTTAAGAAAGCATGATAAAAGCCATGAGATTATGCA
694712 TATG
66 TATG
** * * * * *
694716 ATGTATATTCCATATACCGCATGAGATGA-TTGAGAAAGCATGATGAATGCGATGAGATTATGTA
1 ATGTATATTCCATATACCATATGAGATGATTTAAGAAAGCATGATAAAAGCCATGAGATTATGCA
*
694780 TCTG
66 TATG
* *
694784 ATGTATTTTCCATATACCTTATGAGAT
1 ATGTATATTCCATATACCATATGAGAT
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ATGTATATTCCATATACCATATGAGATGATTTAAGAAAGCATGATAAAAGCCATGAGATTATGCA
TATG
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702834 CTTGATAAAG
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*
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*
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1 T
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TATTATTATTT
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713394 TTTAGCTCGA
* **
713404 TAATATAAATTTAAATATTTGTTTT
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*
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TAATTAAATTTAAATATTTCTACT
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712910 CATTTAGTCG
* * *
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* * *
712984 ACATTTA-ATTAAGATTT-AAATTTAATTATTCCA-TCTTTATAAAATTTTACGTCAACTATTAC
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* * * * * * * *
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** * *
713108 -TTTAAAAAAAAAAATTTTATATATCGTTAAACACTTTTAGTATGAGAAATAATATTTA
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* * *
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1 AATATTTATTTTTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGATAACTCTCACAC
* * * * **
713230 GTTTACGTTAAGATTTAAAATTTACTTATTCTACTTTTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTATAGT
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*
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* * *
713360 TTTAAAAATTAAAATATATATCTCGTTATATACTTTTAGCTCGATAATATAA-ATTTA
192 TTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCT-GA-AA-ATAATATTTA
* * * * *
713417 AATATTTGTTTTTCA-TTAAATTAAATATTTCTACTTAATTAACTTGTTAC-ATTAACTCTCACA
1 AATATTTATTTTTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGA-TAACTCTCACA
* * * *
713480 CATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTACTCCACTTTTA-AAAATTTTTACGTTAATTCTTATA
65 CATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTATAAAA-TTTTACGTCAATTCTTAT-
* * * * *
713544 AATTTTCA-TCAAGGCTTATATATGGT-AATTTTAAAAT-TAATAATA-TTTTACCCTTGTTATT
128 -AGTTTCAGTCAA-GCTTTTCTAT-GTCAATTTT--AATCT-ATAATATTTTTATCCTTATTATT
* *
713605 ATTTACTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATA-TATTTAGCTGAAGAATAATATATTA
187 TTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACT-TTTAGCTGAA-AATAATAT-TTA
* * * *
713667 AATATATATTTGTCACTAAAATTATAAATTTTTTTACTCAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCAC
1 AATATTTATTTTTCACTAAAA-T-TAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGATAACTCTCAC
* * * * *
713732 ATATTTATATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACCTTTATAAATTTTTATGTCAA
64 ACATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTATAAAATTTTACGTCAA
713789 GATTTTTATA
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AATATTTATTTTTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGATAACTCTCACAC
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TTCAGTCAAGCTTTTCTATGTCAATTTTAATCTATAATATTTTTATCCTTATTATTTTTTATTTA
AAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCTGAAAATAATATTTA
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712910 CATTTAGTCG
* * *
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1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTA-AATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACA
* * *
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65 CATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACT-TTTA-AAAATTTTTACGTCAATTCTTAT
* * * * *
713046 AGTTTTACGTTAAGG-TTTCTATGTCCATTTTAAACTCTAAT--TATTTTAATCC--G-TATTAT
128 AATTTT-CATCAAGGCTTTCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTT-ATCCTTGTTATTAT
* ** * *
713105 TTTTTTAAAAAAAAAAATTTTATATATCGTTAAACACTTTTAGTATG-AGAAATAATATTTA
191 TTATTTAAAAATTAAAA-TTTATATATCGTTAAATACTTTTAG-CTGAAG-AATAATATTTA
* * * * *
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1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
* * * * * ** *
713230 GTTTACGTTAAGATTTAAAATTTACTTATTCTACTTTTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTAT-AG
66 ATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAAT
* * * * *
713294 TTTCATGTCAAGCCTTTTCTATGTCAATTTT-ATATCT-ATAACTATTTTTATTCTTATTATTTT
131 TTTCA--TCAAGGC-TTTCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAA-TA-TTTTATCCTTGTTATTAT
* * *
713357 TTATTTAAAAATTAAAATATATATCTCGTTATATACTTTTAGCTCGATA-ATATAA-ATTTA
191 TTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCT-GA-AGA-ATAATATTTA
* * * * * * *
713417 AATATTTGTTTTTCA-TTAAATTAAATATTTCTACTTAATTAACTTGTTACATTAACTCTCACAC
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
* * * *
713481 ATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTACTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTTAATTCTTATAAA
66 ATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTAT-AA
* *
713546 TTTTCATCAAGGCTTATATATGGT-AATTTTAAAAT-TAATAATATTTTACCCTTGTTATTATTT
130 TTTTCATCAAGGCTT-TCTAT-GTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTTATCCTTGTTATTATTT
*
713609 ACTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATA-TATTTAGCTGAAGAATAATATATTA
193 ATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACT-TTTAGCTGAAGAATAATAT-TTA
* *
713667 AATATATATTTGTCACTAAAATTATAAATTTTTTTACTCAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCAC
1 AATATTTATTTGTCACTAAAA-T-TAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCAC
* * * * * *
713732 ATATTTATATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACCTTTATAAATTTTTATGTC-A-----A-G
64 ACATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATA
* * * * *
713790 ATTTT--T--A-------TATGTCCATTTTAAACTCTAAT--TATTTAT-CCTTAT-TTATTCTT
129 ATTTTCATCAAGGCTTTCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTT-TATCCT-TGTTATTATT
* * * * * *
713840 TATTTAAAT--------TTGTATATCGTTAAATATTTTTAG-TCCAAAAATATAAATTTA
192 TATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCT-GAAGAATA-ATATTTA
* * * ** *
713891 AATA--T-TTT-T-ACT-TAATT-AA-TTTGTTACGTTAACTTTCACAC-CATTACGTTAAGAT-
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTAC-TCAA--TT-A-ACTTGTTACGTTAA-CTC
* * * * ** * *
713946 TTA-AAATTTA-GTT-A-TTTTAATTTTATAAATT-TT-TAC-GTT---AATTCTTATA-GT---
60 TCACACATTTACATTAAGATTTAAAATT-T-AATTATTCCACTTTTAAAAATT-TT-TACGTCAA
* * * * *
713997 TTACGTTA-AGA-CTT-AT---------CTATGTCAA-TTTATACTATAATTAT-TTTTA-CCTT
121 TT-C-TTATA-ATTTTCATCAAGGCTTTCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTTATCCTT
* * * * * * ** * *
714047 ATTATTTTTTATTTAGAAATTAAATTTTATATCTCGTTACATA-TTTTAGCTCTATAATATAAAT
183 GTTATTATTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCTGAAGAATA-ATAT
*
714111 GTA
247 TTA
* * * * * * * * *
714114 AATATTTATTTTTCATTAAAATTAGACTTTTGTACTTAATTAACTTATTATGTTAACT-TCATAC
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
** * * * ** * * *
714178 ATTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGCTTTTACGCCAATTCTTACAGT
66 ATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAAT
* * * *
714243 TTTACGTTAAGGTTTATCTATGTCAATTTT-AAA-CT-ATAATTATTTTACCCTTGTTATT-TTT
131 TTT-CATCAAGGCTT-TCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAA-TATTTTATCCTTGTTATTATTT
* * * * *
714304 ATTTAAAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACATTTA-TTCCAAGAACATAA-AATTA
193 ATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCT-GAAG-A-ATAATATTTA
* * * *
714362 AATATTTATTCT-TCAATAAAATTAAA-TTTTTCACTTAATTGACTTGGTTACGTTAACTCTCAC
1 AATATTTATT-TGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTT-GTTACGTTAACTCTCAC
** * * * * * *
714425 ACATTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCCAC-CTT-ATAGTTTTTACTTCAATTCTTACA
64 ACATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATA
* * * * * * *
714488 GTTTTACGTCAAGTCTTATCTATGTTAATTTTAAACTGTAAT--TA-TTTACCCTTGTTATT-TT
129 ATTTT-CATCAAGGCTT-TCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTTATCCTTGTTATTATT
** * * ***
714549 T-TAAAAAAATTAAACTTTATATATATCGTTAAATACATTTA--T----TCCAATA---A
192 TATTTAAAAATTAAA-ATT-TATATATCGTTAAATACTTTTAGCTGAAGAATAATATTTA
* * * * * ** * *
714599 AATATTTGTTTTTCAATAAAATTAAATTTTTTCACTTAATGGACTTGTTATGTTAACTCTTACAC
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
** * * * * ** * *
714664 ATTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCTACCTTTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTACAGT
66 ATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAAT
* ** ** * * *
714729 TTTACGTCAAGATTTTCTATGTC-CGTTTAAACTCTAAT-AT-TTTTATCCTTATTATT-TATAT
131 TTT-CATCAAGGCTTTCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTTATCCTTGTTATTATTTAT
* * * **
714790 TAAAAAAATAAAATTTATATATCGTT-AACACTTTTAATTTG-AGAATATATATTT-
195 TTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTT-AGCTGAAGAATA-ATATTTA
* * *
714844 -A-ATTT-TTT-T-A--AAAATT-AA-TCTTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
* * * * * * * * *
714900 GTTTACGTTAAGATTTAAAATTTCATTATTCTACTTTTATAAACTATTACGTTAATTCTTACAAT
66 ATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAA-
* * * * * *
714965 TTTTCATCAAGGCTTATTTATGTCAATTTT-AAACCATAATTAT-TTTTACCCTTGTTCTTGTTT
130 TTTTCATCAAGGCTT-TCTATGTCAATTTTAAAATC-TAATAATATTTTATCCTTGTTATTATTT
* * * *
715028 ACTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACACATTTAGCTGAAGAATGTATATTTA
193 ATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCTGAAGAAT-AATATTTA
* * * * *
715086 AATATTTATTTGTCACAAAAATTACAAATTTTTTTACTCAATTGACTTATTACATTAACTTTCAC
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATT--AAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCAC
* * * * * *
715151 ACATTTATATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCTACTTTTATAAATTTTTACGTCAACTGTTACA
64 ACATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATA
* * * ** * * * * * * *
715216 GTTTTACGTCATGATTTTTTTATGTCCATTTTAAACTCTACT--TATGTTTATACTTATTATTCT
129 ATTTT-CATCAAG-GCTTTCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATAT-TTTATCCTTGTTATTAT
* * * * * *
715279 TTATTTAAAAAGTAAAATTTGTATATCGTT-CATCACTTTTGGTCT-AAAAATATAAATTTA
191 TTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAAT-ACTTTTAG-CTGAAGAATA-ATATTTA
* * * * *
715339 AATATTTATTTTTCACTAAAATTAGATTTATTTACTTAATTAATTTGTTACGTTAACT-T-ACAA
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCAC-A
* * * * ** * * * *
715402 CGTTTACGTTAAGATTTCAAATTTAGTTATTTTACTTTTATAAATTTTTGCATCAATTCTTACAA
65 CATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAA
* * * * * *
715467 TTTTACGTTAAGACTTATCTATGTCAATTTT-ATA-CT-ATAATTTTTTTATCCTTATTATT-TT
130 TTTT-CATCAAGGCTT-TCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAA-TATTTTATCCTTGTTATTATT
* * * * ** * *
715528 TATTTAGAAATTAAAATTTATATCTTGTTACATACTTTTAGCTCTATAATTAA-ATATA
192 TATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCTGAAGAA-TAATATTTA
* * * * * * * * * *
715586 AATATTTATTT-TTATTAAAATGAGACTTTTGTACTTAATTAACTTATTATGTTAACTCTCGCAC
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
* * * * * ** * *
715650 ATTTATATT-AGATTAAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTACAGT
66 ATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAAT
* * * * * * * *
715714 TTTACGTTAAGGTTTATCTATGTCAATTTTAAATTATAATTAT-TTTTACCCTTGTTATTTTTTA
131 TTT-CATCAAGGCTT-TCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTTATCCTTGTTATTATTTA
* * * * * * *
715778 -TT-AAATTTAAAATTTATATATCATTAAATACATTTT-TC-CAAGAATATAAATCTG
194 TTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATAC-TTTTAGCTGAAGAATA-ATATTTA
* * * * * * *
715832 AATA-TTATTTTTCAATAAAATT-AATTTTTTCACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTTACAT
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
** * * * ** * *
715895 ATTTATGTTAAGATTT-AAATTTAGTTTATTCCACCTTTATAAGCTTTTATGTCAATTCTTACAA
66 ATTTACATTAAGATTTAAAATTTA-ATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAA
* ** * * * **
715959 TTTT-ATGTTAAGATTTTTCTATCTCCATTTGAAGCTCTAAT--TATTTTAATCC---TTATTAT
130 TTTTCA--TCAAG-GCTTTCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTT-ATCCTTGTTATTAT
* * * * * * *
716018 TTATATTAAAAATTAAATTTTGTATATCATTAAACACTTTTAGTCTAAAAAATTAAAATTTA
191 TTAT-TTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAG-CTGAAGAA-TAATATTTA
* * * * * *
716080 AATATTTGTTT-TCACTAAAA-TAAATTTTTTTACTTAATTGAGTTATTACGTAAACTCTCACAC
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
* * * * * ** *
716143 ATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCTACTTTTATAAGA-TTTTATGTCAATTCTTGCAG
66 ATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTA-AAAATTTTTACGTCAATTCTTATAA
* ** * * * * * *
716207 TTTTACATTAAAACTTATCTAGGTCAATTTTATACTATAATTAT-TTTTATCCTTATTATT-TTT
130 TTTT-CATCAAGGCTT-TCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTTATCCTTGTTATTATTT
* * * *
716270 ATTT-AAAA-TAAAATTTTTATTTCGTTACAA-AC-TTAAGCTCGAA-AATATAAATTTA
193 ATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTA-AATACTTTTAGCT-GAAGAATA-ATATTTA
* * * * *
716325 AATATTTGTTTTTCAATAAAATT-AA-TTTTTTACTTAATTAACTTGTTACGTTAGCTCTCACAC
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
** * * * * * *
716388 ATTTATGTTAAGA-TTAAAATTTAGTTATTGCACCTTTATAAGTTTTTACGTCAATTCTTATAGT
66 ATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAAT
* * * * *
716452 TTTATATAAAGGGCTATCTATGTCAA-TTTAAAAT-T-ATAATTATTTTTACCCTTCTTATT-TT
131 TTT-CATCAA-GGCTTTCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAA-TA-TTTTATCCTTGTTATTATT
* * *
716513 TATTTAAAAATTAAAA-TTATATATCGTTAAATACATTTA-TTCCAAGAAGATAA-ATTTA
192 TATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCT-GAAG-A-ATAATATTTA
* ** * * *
716571 AATATTTACTTT-TCAATAAAATTAAATACTTTCACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACA
1 AATATTTA-TTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACA
** * * * ** *
716635 CATTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTATAG
65 CATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAA
* ** * * *
716700 TTTTACGTCAAGATTTTTCTATGTCCATTTTAAACTCTAAT--TATTTTAATCCTTATTATT-TT
130 TTTT-CATCAAG-GCTTTCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTT-ATCCTTGTTATTATT
* ** * * * *
716762 CTATTAAAAAATTAAAATTCGTACATCATTAAATACGTTTAGTCTGAA-AATATAAATTTA
192 -TATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAG-CTGAAGAATA-ATATTTA
* *** * * * *
716822 AATATTTAGTTT-TTACTAAAATTTGTTTTTTTTAATTAATTGATTTGTTACGTTAACTCTCACA
1 AATATTTA-TTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACA
* ** * ** *** * *
716886 CGTTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTTACTTTGGTAAATTTTTACGTCAATTCTTACAG
65 CATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAA
* ** * * * * * *
716951 TTTT-ATGTTAAGATTTATCTATGTCAATTTTATACTATAATTAT-TTTTATCCTTATTAAT-TT
130 TTTTCA--TCAAGGCTT-TCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTTATCCTTGTTATTATT
* * * * *
717013 TATTTAAAAATTAAAATTTATATATTGTTAAATACATTTA-TTACAAGAATATAAATTTA
192 TATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCT-GAAGAATA-ATATTTA
* * * * *
717072 AATATTT-TTT-TCAATAAAATTAAAATTTTTTACTTAATTAACTTGTTACGTTAACTCTTACAT
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
* * * * * * * *
717135 ATTTACGTTAATATTTAAAATTTAGTTATTCCACATTTATAAGTTTTTACGTCAATTCTTACAGT
66 ATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACTTTTAAAAATTTTTACGTCAATTCTTATAAT
* * * * *
717200 TTTACGTCAACGCTTATCTATGTCAATTTTAAACTATAATTAT-TTTTA-CCTTTGTTATT-TTT
131 TTT-CATCAAGGCTT-TCTATGTCAATTTTAAAATCTAATAATATTTTATCC-TTGTTATTATTT
* * * * * *
717262 ATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGCTAAATAGTTTTA-TTCCAAGAATATAAAATTA
193 ATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCT-GAAGAATA-ATATTTA
* * * * * * * * * * * * *
717320 AATATTTATTTTTCATTAAAATTAGACTTTTGTATTGAATTAATTTATGATGTTAACTCTTATAC
1 AATATTTATTTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAACTTGTTACGTTAACTCTCACAC
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66 ATTTACATTAAGATT
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TAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGCTGAAGAATAATATTTA
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* *
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*
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1 CTTATAGTTTTACGTCAAGT
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * *
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*
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* * * * * * *
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* * ** *
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** * *
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* * * * *
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**
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * ** *
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* * * *
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* ** *
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* * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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381 AACTATAATTATTTTTATCCTTATTATT-TTTATTT-AAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAATA
* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* *
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450 GTTCGAAAATATAAATTTAAATATTTATTTTTCAATAAAATTAAT
* *
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* * * * * ***
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* * *
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* * * ** *
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*
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* * * *
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322 TATAAGCTTTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTCAAGATTTATCTATGTCAATTTTAAACTAT
* * * * * *
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387 AATTATTTTTATCCTTATTATTTT-TATT-TAAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACATTTA
* **
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450 GTTC-GAAAATATAAATTTAAATATTTA-TTTTTCAATAAAA-TT-AAT
* * *
716850 TTTTTAATTAATTGATTTGTTACGTTAACTCTCACACGTTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGTTA
1 TTTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACACATTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGTTA
* * *
716915 TTTTA-CTTTGGTAAATTTTTACGTCAATTCTTACAGTTTTATGTTAAGATTTATCTATGTCAAT
66 TTCTACCTTT-ATAAATTTTTACGTCAATTCTTACAATTTTATGTTAAGATTTATCTATGTCAAT
* * *
716979 TTTATACTATAATTATTTTTATCCTTATTAATTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATTGTTAA
130 TTTA-ACTATAATTATTTTTACCCTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAA
*
717044 ATACATTTA-T-TACAAGAATATAAATTTAAATATTT-TTTTCAATAAAATTAAAATTTTTTACT
194 ATACATTTAGTCTA-AA-AA-ATAAATTTAAATATTTATTTTCAATAAAATTAAATTTTTTTACT
* * * * * * *
717106 TAATTAACTTGTTACGTTAACTCTTACATATTTACGTTAATATTTAAAATTTAGTTATTCCACAT
256 TAATTGACTTATTACGTTAACTCTCACACATTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCCACCT
* *
717171 TTATAAGTTTTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTCAACG-CTTATCTATGTCAATTTTAAACT
321 TTATAAGCTTTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTCAA-GATTTATCTATGTCAATTTTAAACT
* * * **
717235 ATAATTATTTTTA-CCTTTGTTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGCTAAATAGTTT
385 ATAATTATTTTTATCC-TTATTATTTTTATTT-AAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACATT
* * *
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717344 GACTTTTGTA
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TTAACTATAATTATTTTTACCCTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAAT
ACATTTAGTCTAAAAAATAAATTTAAATATTTATTTTCAATAAAATTAAATTTTTTTACTTAATT
GACTTATTACGTTAACTCTCACACATTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATA
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ATTTTTATCCTTATTATTTTTATTTAAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACATTTAGTTCGA
AAATATAAATTTAAATATTTATTTTTCAATAAAATTAAT
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1 AATATAAATTAAAATTTTTT
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* * *
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*
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* *
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* * * * ** *
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** * * * *
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130 ATCTATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATCCTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTT
* * ** *
714806 ATATATCGTT-AACACTTTTAATTTGAGAATATATATTT--A-ATTTTTTT--
195 ATATATCGTTAAATACATTT-ATTCAAGAATATAAATTTAAATATTTTTTTCA
* * *
714853 A-AAAATT-AATCTTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACACGTTTACGTTAAGATTT
1 ATAAAATTAAATTTTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACACATTTATGTTAAGATTT
* * ** * * * * * * **
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66 AAAATTT-AGTTATTCCACCTTTATAAGTTTTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTTAAGATTT
* * * * * *
714980 ATTTATGTCAATTTTAAACCATAATTATTTTTACCCTTGTTCTTGTTTACTTAAAAATTAAAATT
130 ATCTATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATCCTTATTATT-TTTATTTAAAAATTAAAATT
* * * * *
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194 TATATATCGTTAAATACATTTA-TTCAAGAATATAAATTTAAATATTT-TTT-TCA
* * * * *
715101 CA-AAAATTACAAATTTTTTTACTCAATTGACTTATTACATTAACTTTCACACATTTATATTAAG
1 -ATAAAATT--AAA-TTTTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACACATTTATGTTAAG
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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1 ATAAAATTAAATTT-TTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCAC-ACATTTATGTTAAGAT
* ** * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 ATAAAATTA-AATTTTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACACATTTATGTTAAGATT
* * *
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65 TAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGTTTTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTTAAGATTT
* * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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65 TAAAATTTAG-TTATTCCACCTTTATAAGTTTTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTTAAGATT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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65 TAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAGTTTTTACGTCAATTCTTACAGTTTTACGTTAAGATTT
* *
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* * * *
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* *
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1 ATAAAATTAAATTTTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACACATTTATGTTAAGATTT
* * ** * ***
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* * * *
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*
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* *
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* * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* *** * * *
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** * * *
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* *
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*
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* * * * *
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* * *
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*
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* ** *
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*
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TCTATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATCCTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTA
TATATCGTTAAATACATTTATTCAAGAATATAAATTTAAATATTTTTTTCA
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* * * *
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* **********
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* * * *
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65 CTGAAAGAAAAAAAGAAACAATGGGAGTATG
** ** *
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* * * ***
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65 CTGAAAGAAAAAAAGAAACAATGGGAGTATG
* * * * *
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*
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TGAAATTAAAAGTTTGAAGTA
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* * *
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* *
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* * * *
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* * **
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* * * *
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* *
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* * * *
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727135 AGTGAAATTA
* * * *
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* *
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*
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* * * *
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* * * * * *
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727528 AG-GTTT
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Found at i:730552 original size:96 final size:96
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* *
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*
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* * * *
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*** *
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* * ** *
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* *
730675 CTCATACTCTTGTTGCTTCTGTTTTTCTTTCAG
64 CTCATACTCTTGTTGTTTCTCTTTTTCTTTCAG
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1 CTTTTGATTATTTTTA
730724 NNNNNNNNNN
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CATACTCTTGTTGTTTCTCTTTTTCTTTCAG
Found at i:741405 original size:62 final size:62
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* * *
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*
741282 GGGGACAGCGCTGCAGCATTGGGAGTGTGGTGCAGCAGCGTTGGGAATGCTGCTTGGTGAAA
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* * * * * *
741344 GGGGACAGCGTTGCAGCGTTGGGAGTGTGGCGCTGCAGCGCTGGGAGTGTTGCTTGGTGAAA
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*
741406 GAGGACA
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Found at i:741470 original size:79 final size:79
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** **
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* * *
741456 TGCAGTGCTGGGAGTGTTTCTTGGTGAAAGGGGACAGCGCTACAGCATTGATGCTACTGCTTGGT
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*
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Found at i:741519 original size:40 final size:40
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* * *
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* *
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* * *
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Statistics
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ACGTcount: A:0.23, C:0.15, G:0.35, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
TGCTTGGTGAAAGGGGACAGTGCTGCAGCATTGATGCTAC
Found at i:742016 original size:61 final size:62
Alignment explanation
Indices: 741905--742021 Score: 146
Period size: 61 Copynumber: 1.9 Consensus size: 62
741895 GAGTGCTGCC
* * * * *
741905 TGGTGAAAAGGGACAGCGTTGTAGCGCTGGGAGTGTGGCGTTCCAATGTTGATGCTTTTGCT
1 TGGTGAAAAGGGACAGCGCTGCAACGCTAGGAGTGTGGCGCTCCAATGTTGATGCTTTTGCT
* ** *
741967 TGGTG-AAGGGGACAGCGCTGCAACGCTAGGAGTGTGGCGCTGTAGTGTTGATGCT
1 TGGTGAAAAGGGACAGCGCTGCAACGCTAGGAGTGTGGCGCTCCAATGTTGATGCT
742022 ACTGCCTTCT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 9, Indels: 1
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
61 41 0.89
62 5 0.11
ACGTcount: A:0.18, C:0.15, G:0.39, T:0.27
Consensus pattern (62 bp):
TGGTGAAAAGGGACAGCGCTGCAACGCTAGGAGTGTGGCGCTCCAATGTTGATGCTTTTGCT
Done.