Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400754.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3933.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2214
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Warning! 70 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:361 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--2214 Score: 1394
Period size: 171 Copynumber: 13.0 Consensus size: 172
* * * * *
1 TTTAGGTTCAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAA
1 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* *
66 CATGAAGAAAAAGAGATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGC
66 CATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
** * * *
129 CTTATTACTTTCTTTAAATGATTTTATACTCTCATACTAGAT
131 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
171 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAATAGACTACAATTGAATGT-TCACCTTGAGAA
1 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAA
* * *
235 ACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAG
65 ACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * ** *
299 TCTTATT-CTTTGCTTTAAATTCTTTTATAATCTTATAATTGAT
130 CCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * ** *
342 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAGATAGACTATAATTGAATATATACCTCAAAAAA
1 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * ** * * ** *
407 CATGAAGAAAAAGACATTCATTGAG-AAAAAAAATTTATTTATGGTCTCGTATTCCTTCGAAAGC
66 CATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
471 CTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAAT
131 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
513 TTTGAGTTGAATTTTTTTA-AATTTTGGATTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
1 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * ** * * ** *
577 ACATAAAGGAAAAAG-CCTTTGTT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAA
65 ACATGAA-GAAAAAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*
640 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAT
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * **
684 TTTAGGTTCAATTTTTTCT-CATTTTTAGTTAAAACGGGC---AA-T-AACCGTCTACCTAAAGA
1 TTTAAGTTCAATTTTTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGA
* * * *
743 AACATGAACAAAAAGGCATTTATT-AGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
64 AACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* *
807 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGAT
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
851 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTGCGTCGGGAA
1 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAA
* ** * * * **
915 ACATGTAGAAAAACCCATTTATTTG-G-AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAA
65 ACATGAAGAAAAAGACATTCA-TTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
**********
978 GCCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGAT
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
1022 TTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATGT-T-CATTTCAAGA
1 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTT-GAGA
* * * * ** * **
1084 AACAAGAAGAAACAA-TCATTCATTG-GTAAGAAAATTTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAA
64 AACATGAAGAAA-AAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
********** * *
1147 AGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCAAAATTAAT
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
1192 TTT-AGATTCAATTTTTTT-TCATTATTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGACA
1 TTTAAG-TTCAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * *
1255 AACATGAAAAAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAGAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAA
64 AACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * ********** *
1319 ACCTTGTTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATAGAT
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * * *
1363 TTTAAGTTTAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATGATTGAATG-CTTACCTTGGGAA
1 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAA
** * * * *
1427 ACAT-ACAGAAAAACCCATTTATTTG-G-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCGAA
65 ACATGA-AGAAAAAGACATTCA-TTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * *
1489 AGCCTTTTTACTCGATTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGAT
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * **
1534 TTTGAGTTTAA-TTTTCT-TATTTTT--TTAAAAAATAAATATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
1 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * * * * ** **
1595 ACGTAAAGAAACAAG-CATTCATTG-GTAAGAAAAATCTATTTATAGTTTCTTATTCCTTCAAAA
65 ACATGAAGAAA-AAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
1658 GCCGTATTACTCACTTTAAAT-AGCTTTATAATCTCAAAATTGAT
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * * **
1702 TTTATTTTCAATTTATTTT-TCATTTTTAGTTAATACAGA-TAACAATTGAATGTCTACCTCAAG
1 TTTAAGTTCAATTT-TTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAG
********** * *
1765 AAACNNNNNNNNNNAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCC-TATTATAGTCACTCATTCCTTCAA
63 AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATTCCTTCAA
********** * * *
1828 NNNNNNNNNNACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAAACTCATAATAGAT
127 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
1874 TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGGGAAA
1 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * * * ***
1939 TATGTAGAAAAAGCCATTTATTTG-G-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAG
66 CATGAAGAAAAAGACATTCA-TTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
********** * *
2002 NNNNNNNNNNCGCTTTCAATTG-TTTTATAATCCCATAATTGAT
130 CCTTATTACTCGCTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * ********** *
2045 TTTAAGTTGAATTTTCTTCCATTTTTGGTGAAAACAGACTATNNNNNNNNNNCTACCTTAAGAAA
1 TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * * * **
2110 CATGAAGAAACAAG-CATTTATTG-GTAAGAAAAATTCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAG
66 CATGAAGAAA-AAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
** *
2173 CCTTATTACTC-CTTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGA
130 CCTTATTACTCGC-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
Statistics
Matches: 1613, Mismatches: 367, Indels: 127
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 9 0.01
167 141 0.09
168 108 0.07
169 21 0.01
170 255 0.16
171 926 0.57
172 146 0.09
173 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
CATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
Found at i:1366 original size:679 final size:679
Alignment explanation
Indices: 61--1768 Score: 1678
Period size: 680 Copynumber: 2.5 Consensus size: 679
51 GTCTGCCTTG
* * *
61 AGAAACATGAAGAAAAAGAG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCA-CCATTCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAG-GCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** * * *
124 AAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGATTTTATACTCTCATACTAGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * * *
189 ATATTTTTGGCTAAAATAGACTACAATTGAATGTTCACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGTCATT
130 ATATTTTTGGTTAAAAAAGAATATAATTGAATGTT-GCCTCGAGAAACATGTAGAAAAA-CCATT
* * * * * *
254 CATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATT-CTTTGCTTTAAA
193 CATTG-GAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAA
* * * * * *
318 TTCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAGATAGACTA
256 TTCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAGACAGACTA
*
383 TAATTGAATATATACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAATTTATTTA
321 TAATTGAATATATACCTCAAAAAACAAGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAATTTATTTA
* *
448 TGGTCTCGTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAAT
386 TAGTCTCGTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAAT
* * * *
513 TTTGAGTTGAATTTTTTTAAATTTTGGATTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
451 TTTGAGTTCAATTTTTTTAAATTTTGGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGACAAA
* ** * * * ** * *
578 CATAAAGGAAAAAGCCTTTGTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCC
516 CATAAA-GAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAACC
* * *
643 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTT-TTTCTCA-T
580 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGTTCAATTTGTTT-ACATT
* *
706 TTTTAGTTAAAACGGGCAATAACCG-T-C-TACCTAA
644 TTTTA-TTAAAACAGACAATAACCGATGCTTACCTAA
* *
740 AGAAACATGAACAAAAAGGCATTTATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
805 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA
* * * * *
870 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGCGTCGGGAAACATGTAGAAAAACCCATTT
131 TATTTTTGGTTAAAAAAGAATATAATTGAATG-TTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAA-CCATTC
* ***
935 ATTTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAANNN
194 A-TTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
*******
1000 NNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAA-ACAGACTATA
258 CTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAGACAGACTATA
* ** * * * *
1064 ATTGAATGT-TCATTTCAAGAAACAAGAAGAAACAA-TCATTCATTG-GTAAGAAAATTTTATTT
323 ATTGAATATAT-ACCTCAAAAAACAAGAAGAAA-AAGACATTCATTGAG-AAAAAAAATTTATTT
* **********
1126 ATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCAAAATTAA
385 ATAGTCTCGTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAA
**
1191 TTTT-AGATTCAATTTTTTTTCATTATTGG-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAC
450 TTTTGAG-TTCAATTTTTTTAAATT-TTGGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAC
*
1254 AAACATGAAA-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAA
513 AAACAT-AAAGAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAA
* ********** * *
1318 AACCTTGTTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTTAATTTGTTTAC
576 AACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGTTCAATTTGTTTAC
* ** * ** **
1383 ATTTTTTATTAAAATAGATTATGATTGAATGCTTACCTTG
641 ATTTTTTATTAAAACAGACAATAACCG-ATGCTTACCTAA
* ** * * * * *
1423 GGAAACAT-ACAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCG
1 AGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * * * *
1487 AAAGCCTTTTTACTCGATTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTGAGTTTAA-TTTTCT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * ** *
1551 -TATTTTT--TTAAAAAATAAATATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAACAAGCAT
130 ATATTTTTGGTTAAAAAA-GAATATAATTGAATGT-TGCCTCGAGAAACATGTAGAAA-AACCAT
* * * * *
1613 TCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTTTCTTATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAA
192 TCATTGG-AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * ** * * * *
1678 TAGC-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTATTTTCAATTTATTTTTCATTTTTAGTTAATACAGA-
256 T-TCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TCTTACATTTTTAGTTAAGACAGAC
* * * *
1741 TAACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
319 T-ATAATTGAATATATACCTCAAAAAAC
1769 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 161, Indels: 53
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
678 10 0.01
679 314 0.37
680 341 0.41
681 33 0.04
682 33 0.04
683 109 0.13
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (679 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA
TATTTTTGGTTAAAAAAGAATATAATTGAATGTTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAACCATTCAT
TGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTCTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAGACAGACTATAATT
GAATATATACCTCAAAAAACAAGAAGAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAATTTATTTATAGTC
TCGTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTGA
GTTCAATTTTTTTAAATTTTGGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGACAAACATAA
AGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTA
CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAAGTTCAATTTGTTTACATTTTTTATT
AAAACAGACAATAACCGATGCTTACCTAA
Found at i:1404 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 31--2214 Score: 1617
Period size: 512 Copynumber: 4.3 Consensus size: 509
21 ATTATTGGTT
* ** * * *
31 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAC-ATGAAGAAA-AAGAGATTCATTGGCAAG
1 AAAACA-AATATAATTGAATGTCT-CCTCAAGAAACGA-AAAGAAACAAG-CATTCATTGGTAAG
* * * * * ** * * *
94 AAAAGTCCAGTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGATTTTATAC
62 AAAAATCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAA
* * * * * * * *
158 TCTCATACTAGATTTTA-AGTTCAATTTTTTTAT-ATTTTTGGCTAAAATAGACTACAATTGAAT
127 TCTCAAAATTGATTTTAGA-TTCAATTTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAAT
** * * * * * * *
221 GT-TCACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCAC
190 GTCT-ACCTAAACAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATT-AGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCAC
** * ** * *
284 CCATTCCTTCAAAAGTCTTATT-CTTTGCTTTAAATTCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG
253 CCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAG
* * * * * * * ***
348 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAGATAGACTATAATTGAAT-ATATACCTCAAAAAACATGA
317 TTGAATTTGTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TACCTCGGGAAACAT-A
** * * ** * ** *
412 -AGAAAAAGACATTCA-TTGAGAAAAAAAATTTATTTATGGTCTCGTATTCCTTCGAAAGCCTTA
380 CAGAAAAACCCATTTATTTG-GAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * * * * * * *
475 TTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTAAATTTTGG
444 TTACTCGATTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTT-T
*
540 ATT
508 A-A
** ** * ** * *
543 AAAACAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-ATAAAGGAAA-AAGCCTTTGTTAGCAAG
1 AAAACA-AATATAATTGAATGTCT-CCTCAAGAAACGA-AAA-GAAACAAGCATTCATTGGTAAG
* * * *
606 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
62 AAAAATCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAA
* * * * **
671 TCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTCTCATTTTTAGTTAAAACGGGCAAT-A---ACCGT
127 TCTCAAAATTGATTTTAGATTCAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGT
* * * *
732 CTACCTAAAGAAACATGAACAAAAAGGCATTTATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
192 CTACCTAAACAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAT
*
797 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAA
257 TCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAA
* * * * * **
862 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGCGTCGGGAAACATGTAGAAAA
322 TTTGTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTCGGGAAACATACAGAAAA
** *
927 ACCCATTTATTTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
387 ACCCATTTATTTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA
********* * *
992 TTT-AANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAGT
452 TTTCAA-TGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTA-A
* * * *
1051 TAAACAGACTATAATTGAATGT-TCATTTCAAGAAAC-AAGAAGAAACAATCATTCATTGGTAAG
1 AAAACA-AATATAATTGAATGTCTC--CTCAAGAAACGAA-AAGAAACAAGCATTCATTGGTAAG
* * **********
1114 AAAATTTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAA
62 AAAAATCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAA
* * *
1179 TCTCAAAATTAATTTTAGATTCAATTTTTTTTCATTATTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGT
127 TCTCAAAATTGATTTTAGATTCAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGT
** * *
1244 CTACCTTGACAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGCCACCCAT
192 CTACCTAAACAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAT
* ********** *
1309 TCCTTCAAAAACCTTGTTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTTAA
257 TCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAA
* * * *
1374 TTTGTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATGATTGAATGCTTACCTTGGGAAACATACAGAAAA
322 TTTGTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTCGGGAAACATACAGAAAA
* * * *
1439 ACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCGA
387 ACCCATTTATTTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA
* * **
1504 TTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTGAGTTTAATTTTCTTATTTTTTTAA
452 TTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAA
* *
1562 AAAATAAATATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAA
1 AAAACAAATATAATTGAATGTCT-CCTCAAGAAACGAAAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAA
* * * *
1627 AATCTATTTATAGTTTCTTATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCT
65 AATCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAATCT
** * * *
1692 CAAAATTGATTTTATTTTCAATTTATTTTTCATTTTTAGTTAATACAGATAACAATTGAATGTCT
130 CAAAATTGATTTTAGATTCAATTT-TTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCT
* * ********** * * * *
1757 ACCTCAAGAAACNNNNNNNNNNAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-TATTATAGTCACTCATT
194 ACCTAAACAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCAT-TTATAGCCACCCATT
********** * ** * *
1821 CCTTCAANNNNNNNNNNACTCACTTTAAATATTTTTATAAACTCATAATAGATTTTAAGTTAAAT
258 CCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * **
1886 TTTTTTACATTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGGGAAATATGTAGAAAAA
323 TTGTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTCGGGAAACATACAGAAAAA
* * * ** ********** *
1951 GCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCGCT
388 CCCATTTATTTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGAT
* * * **
2016 TTCAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTCCATTTTTGGTG
453 TTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTT--AA
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2075 AAAACAGACTATNNNNNNNNNNCTACCTTAAGAAAC-ATGAAGAAACAAGCATTTATTGGTAAGA
1 AAAACA-AATATAATTGAATGTCT-CCTCAAGAAACGA-AAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGA
**
2139 AAAAT-TCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATGGCTTTATA
63 AAAATCT-ATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATAACTTTATA
2202 ATCTCAAAATTGA
126 ATCTCAAAATTGA
Statistics
Matches: 1350, Mismatches: 291, Indels: 60
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
506 1 0.00
507 6 0.00
508 147 0.11
509 253 0.19
510 127 0.09
511 282 0.21
512 330 0.24
513 95 0.07
514 109 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (509 bp):
AAAACAAATATAATTGAATGTCTCCTCAAGAAACGAAAAGAAACAAGCATTCATTGGTAAGAAAA
ATCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTATAATCTC
AAAATTGATTTTAGATTCAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAC
CTAAACAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCT
TCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTG
TTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTACCTCGGGAAACATACAGAAAAACCC
ATTTATTTGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTC
AATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTAA
Done.