Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400758.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3937.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7036
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.11, T:0.29
Warning! 1433 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1566 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 543--2717 Score: 1129
Period size: 171 Copynumber: 12.7 Consensus size: 169
533 NNNNNNNNNN
* **
543 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGTGTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA-AAAT-GACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * *
607 ACGTTTCTCAGGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTATTG-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
63 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-AGCAAAAACGTAAAAAAATTCAACT
* * * *
671 TAAAATCAATTATG-GTATTGAAAAACCATTTAAAGTGACTAAT
127 TAAAATCAATTATGAG-ATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * * *
714 AAGGCCTTTGAATAAATGGGTGACTATAATGGCCTTTCCATACCAATGAATGCCTATTTT-TTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAAAAT-GACTTTTCTTACCAATGAATGCCT-TTTTCTTCA
* * * *
778 TGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTTTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAGAATTCAACT
64 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAAGC-AAAAACGTAAAAAAATTCAACT
* ********** *
841 TAAAATCAGTTATGNNNNNNNNNNATAATTTAAAGCGAGTAAT
127 TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * * * *
884 AAGG-TCTTTGAAAGAATAATTGTCTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAATGTCTTTTACTTC
1 AAGGCT-TTTGAAGGAATAGGTGACTA-AAAT-GACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * * ** * * * * **
948 ACGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATCGTTTGTTTTATCCTAAAATGTAAAACAATTCCACAC
63 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
1013 AAAATCAATTATCAGCTTATAAAACAACTTAAAGCGAGTAAT
128 AAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
********** * ** *
1055 AAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATCAATTACTTTTTCTTT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA-AAAT-GACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * * * * * *
1119 ACGTTTCTTGAA-GCAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTCA-CTAAAAATGTAAAAAAACTAAAC
63 ATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGC-AAAAACGTAAAAAAATTCAAC
* * * ***
1182 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTNNN
126 TTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
******* * * ** *
1226 NNNNNNNTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTATATGAATGGATTTTT-TAC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA-AAAT-GACTTTTCTTACCA-ATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * *
1289 ATGTTTCTCTAA-GCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAGAATATGTTAAAAAATTCAGC
63 ATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCA-AAAACGTAAAAAAATTCAAC
* ** ********** *
1352 TTAAAATCAATTGTGAGATTGTANNNNNNNNNNAAGTGAGTAAT
126 TTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
1396 AAGGCTTTTGAAGGATTTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCCTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA-AAAT-GACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * *
1461 TATTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTA
64 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTA
********** * *
1526 AAATCAANNNNNNNNNNATAAAAGAATTTAAAGCGAGTAAT
129 AAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
1567 AAAGTTTTTGAAGGAATGGGTGACCCAAAATGGACTTTTCTTACTAATGAA--CACTTTTTCTTT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA-CTAAAAT-GACTTTTCTTACCAATGAATGC-CTTTTTC-TT
** **********
1630 CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAANNNNNNNNNNAAATTCAACT
62 CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTCAACT
*
1695 TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCAAGTAAT
127 TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
1738 AAGGCCTTTGAAGGAATAGGTGTCTACAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA-AAATG-ACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * ** * * *
1803 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTGACTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTA
64 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTA
* * **********
1868 AAATCAATTATGAGATTATAAAATAATNNNNNNNNNNTAAT
129 AAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * *
1909 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTACTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA-AAAT-GACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* ** * * *
1974 TGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTATCCAAAAATGTAAAAACATTCAACATA
64 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * **
2038 AAATCAGTTATGACATTATAAAACAACTTAAAATGAGTAAT
129 AAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* *
2079 AAGGCTTTT-AGAGGAAT-GGATCATTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATTG-CTTTTTC
1 AAGGCTTTTGA-AGGAATAGG-TGACTA-AAAT-GACTTTTCTTAC-CAATGAA-TGCCTTTTTC
* * ** ****
2140 TAT-ATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATTTAAAAAANNNN
60 T-TCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTC
****** * * *
2203 NNNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAAT
123 AACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
2250 AAGGCGTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTATATGAATGGCTTTTTCTAT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA-AAATG-ACTTTTCTTACCA-ATGAATGCCTTTTTCT-T
* * * * * * *
2314 ACA--TTTCTCTAA-GCAGACATTCATTTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAA
62 -CATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTCAA
* *********** *
2376 TTTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCAAGTAAT
125 CTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * *
2421 AAGGCTTTTAAAGGAATTGATGACTATGAGTAGACTTTTCCTATCAACGAATGCGTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTA-AAAT-GACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * ********** *
2486 TGTTTCTCTTA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCANNNNNNNNNNAATATTCAACTT
64 TGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
2550 AAAATCAATTATGAGATTATAGAATAATTTAAAGCGAGTAAT
128 AAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
2592 AAGG-ATTTCAAAGAATAGGT-ATCAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTCATT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGA-CTA-AAAT-GACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC-TT
* ** * * *
2654 CATGTTTCTCGAGGTAGTTATTCAATTATTGTCTGTTTT-ATCCAAAACTGTAAAAAAAATTCAA
62 CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAAC-GT-AAAAAAATTCAA
2718 TTTANNNNNN
Statistics
Matches: 1504, Mismatches: 447, Indels: 106
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.01
170 468 0.31
171 996 0.66
172 22 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAAAATGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:2252 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 543--2710 Score: 1073
Period size: 341 Copynumber: 6.3 Consensus size: 339
533 NNNNNNNNNN
* **
543 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGTGTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGACTTTTTCTTCA
* * ***
608 CGTTTCTC-AGGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTATTGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
65 TGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
* * *** * ** *
672 AAAATCAATTATG-GTATTGA-AAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCCTTTGAATAAATGGGT
127 AAAATCAATTATGAG-ATT-ATAAAACAACTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGT
* ** * * * *
735 GA-CTA-TAATGGCCTTTCCATACCAATGAATGCCTATTTT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACAT
190 -ATCTACAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * * * * ******
797 TCAATTATTA-TCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAGTTATGNNNNNN
253 TCAATTA-TAGACTATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
**** *
861 NNNNATAATTTAAAGCGAGTAAT
317 TAAAATAATTTAAAACGAGTAAT
* *** * * * * ** * *
884 AAGG-TCTTTGAAAGAATAATTGTCTATAAATAGAATTTTCCTGCCAATGAATGTCTTTTACTTC
1 AAGGCT-TTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTT-CTTTCAATGAATGACTTTTTCTTC
* ** * * * * * * **
948 ACGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATCGTTTGTTTTATCCTAAAATGTAAAACAATTCCACAC
64 ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTT
* * * * *********
1013 AAAATCAATTATCAGCTTATAAAACAACTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTNNNNNNNNNNGGTG
127 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGAATAGGT-
* * * ** * * * * *
1077 A-CTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATCAATTACTTTTTCTTTACGTTTCTTGAA-GCAGGCAT
190 ATCTACAAATGAACTTTTCTTAC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACAT
** * * * * *
1139 TCAATTATAGTTTGTTTTCA-CTAAAAATGTAAAAAAACTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
253 TCAATTATAGACTATTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
***
1203 TAAAATAATTTAAAACGAGTNNN
317 TAAAATAATTTAAAACGAGTAAT
******* * *
1226 NNNNNNNTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTATATGAATGGA-TTTTT-TA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTTC-A-ATGAAT-GACTTTTTCTT
* * * * *
1288 CATGTTTCTCTAAGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAGAATATGTTAAAAAATTCAGC
63 CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACCA-AAAATG-TAAAAAATTCAAC
* * ********** *** * * *
1352 TTAAAATCAATTGTGAGATTGTANNNNNNNNNNAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTTGGT
125 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGT
* * * * * * *
1417 GA-CTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCCTTTTCTTCATATTTCTCAAGCTAAACAT
190 -ATCTACAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * ** * * * **********
1480 TCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNAT
253 TCAATTATAGACTATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
1545 AAAAGAATTTAAAGCGAGTAAT
318 AAAATAATTTAAAACGAGTAAT
* * * * *
1567 AAAGTTTTTGAAGGAATGGGTGAC-CCAAAATGGACTTTTCTTACTAATGAA-CACTTTTTCTTT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAC-AAATGGACTTTTCTTTC-AATGAATGACTTTTTC-TT
* * *********
1630 CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAANNNNNNNNNNAAATTCAACT
63 CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACCAA-AAATGTAAAAAATTCAACT
* * * *
1695 TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTG
126 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTA
1760 TCTACAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
191 TCTACAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* *
1825 ATTATTGACTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
256 ATTATAGACTATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
**********
1890 ATAATNNNNNNNNNNTAAT
321 ATAATTTAAAACGAGTAAT
* *
1909 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTACTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGACTTTTTCTTCA
* *
1974 TGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTATCCAAAAATGTAAAAACATTCAACATAA
65 TGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAA
* * ** *
2039 AATCAGTTATGACATTATAAAACAACTTAAAATGAGTAATAAGG-CTTTTAGAGGAAT-GG-ATC
129 AATCAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGA-AGGAATAGGTATC
* * *
2101 ATTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATTGCTTTTTCTAT-ATGTTTCTCGAA-GTAGACAT
193 --TACAAATGAACTTTTCTTAC-CAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTC-AAGGTAGACAT
* * **********
2163 TCAATTATAGTCTATTTTAAT-CAAAAATTTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTA
253 TCAATTATAGACTATTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
2227 TAAAATAATTTAAAACGAGTAAT
317 TAAAATAATTTAAAACGAGTAAT
* * * * *
2250 AAGGCGTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC-TTCTATATGAATGGCTTTTTCTAT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTTC-A-ATGAATGACTTTTTCT-T
* * * * * * *
2314 ACA--TTTCTCTAAGCAGACATTCATTTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAAT
63 -CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAAC
********** * * * * *
2377 TTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGAT
125 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGT
** * * * * *
2442 GA-CTATGAGT-AGACTTTTCCTATCAACGAAT-GCGTTTTTCTTCATGTTTCTCTTA-GTAGAC
190 -ATCTACAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGAC
* * * ********** * * *
2503 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCANNNNNNNNNNAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
251 ATTCAATTATAGACTATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
2568 ATAGAATAATTTAAAGCGAGTAAT
316 ATAAAATAATTTAAAACGAGTAAT
* * * * * * * * *
2592 AAGG-ATTTCAAAGAATAGGT-ATCAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTCATT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTACAAATGGACTTTTCTT-TCAATGAATGACTTTTTC-TT
** * * *
2654 CATGTTTCTCGAGGTAGTTATTCAATTATTGTCTGTTTTATCCAAAACTGTAAAAAA
63 CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAA
2711 AATTCAATTT
Statistics
Matches: 1380, Mismatches: 381, Indels: 133
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.01
340 43 0.03
341 694 0.50
342 609 0.44
343 25 0.02
344 1 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTTCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
GTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACAACTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTATCTAC
AAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AGACTATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAAT
TTAAAACGAGTAAT
Found at i:2423 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 543--2523 Score: 1460
Period size: 512 Copynumber: 3.9 Consensus size: 506
533 NNNNNNNNNN
*
543 AAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGT-GTTTTTCTT
1 AAGGCTTTTAG-AGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-TACTTTTTCTT
* * * * * ** * *
606 CACGTTTC-TCAGGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTATTGAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
63 TATGTTTCTTGA-AGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACAAAAATGT-AAAAAACTAAAC
** ** * **
670 TTAAAATCAATTATG-GTATTGA-AAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCCTTTGAATAAATGG
125 TTAAAATCAATTATGAG-ATT-ATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGG
** * * * * * *
733 GTGACTAT-AATGGCCTTTCCATACCA-ATGAATGCCTATTTT-T-T-CATGTT-TTTCAAGGTA
188 GTGACTATAAATGAACTTTTC-TTCTATATGAATGGCT-TTTTCTATACAT-TTCTCT-AA-GCA
* * * * * **
792 GACATTCAATTATTATCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAGTTATGNN
248 GACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAAATCAATTATGAG
******** * * *** * *
857 NNNNNNNNATAATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TCTTTGAAAGAATAATTGTCTATAAATAGAATT
312 ATTATAAAATAA--TAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTT
* * * * *
921 TTCCTGCCAATGAATGTCTTTTACTTCACGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATCGTTTGTTTT
374 TTCCTGCCAATGAATGTCTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * *
986 ATCCTAAAATGT-AAAACAATTCCACACAAAATCAATTATCAGCTTATAAAACAACTTAAAGCGA
439 ATCCAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACATAAAATCAATTATCA-CTTATAAAACAACTTAAAGCGA
1050 GTAAT
502 GTAAT
********* *
1055 AAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATCAATTACTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTT-TAGAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATTACTTTTTCTTTA
* * * * *
1120 CGTTTCTTGAAGCAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTCACTAAAAATGTAAAAAAACTAAACTTA
65 TGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAACTAAACTTA
**********
1185 AAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTNNNNNNNNNNTTGAAGGAATGGGTGAC
128 AAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * **
1250 TATAAATGGACTTTTCTTCTATATGAATGGATTTTT-TACATGTTTCTCTAAGCAGACATTCAAT
193 TATAAATGAACTTTTCTTCTATATGAATGGCTTTTTCTATACATTTCTCTAAGCAGACATTCAAT
* * ** * * *
1314 TATAGTCTGTTTTAA-CAGAATATGTTAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTGTGAGATTGTANNN
258 TATTGTCTGTTTTAACCA-AAAATG-TAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATA--A
******* ** * *
1378 NNNNNNNAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
319 AATAATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAA
* * * * **
1443 TGAATGCCCTTTT-CTTCATATTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAA
384 TGAATG-TCTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAA
* * * ********* * *
1507 CGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAAGAATTTAAAGCGAGTAAT
448 TGTAAAAACATTCAACATAAAATCAA-TTATCACTTATAAAACAACTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
1567 AAAG-TTTTTGAAGGAATGGGTGACCCA-AAATGGACTTTTCTTACT-AATGAA-CACTTTTTCT
1 AAGGCTTTTAG-AGGAAT-GGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATTACTTTTTCT
* ********* * *
1628 TTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAANNNNNNNNNNAAATTCAA
62 TT-ATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAA-AAATGTAAAAAACTAAA
* * * * *
1693 CTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGG
124 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGG
* * * *
1758 TGTCTACAAATGAACTTTTCTTACCA-ATGAATGGCTTTTTCT-T-CATGTT-TCTCAAGGTAGA
189 TGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTATATGAATGGCTTTTTCTATACAT-TTCTCT-AA-GCAGA
* * *
1819 CATTCAATTATTGACTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGAT
250 CATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
******** * * *
1884 TATAAAATAATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTC
314 TATAAAATAAT--AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * *
1949 TTGTCAATGAATGTCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTATC
377 CTGCCAATGAATGTCTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATC
* * **
2013 CAAAAATGTAAAAACATTCAACATAAAATCAGTTATGACATTATAAAACAACTTAAAATGAGTAA
442 CAAAAATGTAAAAACATTCAACATAAAATCAATTATCAC-TTATAAAACAACTTAAAGCGAGTAA
2078 T
506 T
* * * *
2079 AAGGCTTTTAGAGGAATGGATCATTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATTGCTTTTTCTATA
1 AAGGCTTTTAGAGGAATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATTACTTTTTCTTTA
* * * *********
2144 TGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATTTAAAAAANNNNNNNNNN
65 TGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAA-CTAAACTTA
* *
2209 AAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCGTTTGAAAGAATGGGTGAC
128 AAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGAC
*
2274 TATAAATGAACTTTTCTTCTATATGAATGGCTTTTTCTATACATTTCTCTAAGCAGACATTCATT
193 TATAAATGAACTTTTCTTCTATATGAATGGCTTTTTCTATACATTTCTCTAAGCAGACATTCAAT
* ***
2339 TATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNN
258 TATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT--AAA
***** * * * * ** *
2404 NNNNNAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGATGACTATGAGTAGACTTTTCCTATCAAC
320 ATAATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAAT
* *
2469 GAATG-CGTTTTTCTTCATGTTTCTCTTA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
385 GAATGTC-TTTTACTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
2524 ACCANNNNNN
Statistics
Matches: 1127, Mismatches: 288, Indels: 107
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 36 0.03
512 860 0.76
513 218 0.19
514 13 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
AAGGCTTTTAGAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATTACTTTTTCTTTAT
GTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAACTAAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
AAATGAACTTTTCTTCTATATGAATGGCTTTTTCTATACATTTCTCTAAGCAGACATTCAATTAT
TGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATA
AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAATGT
CTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAA
CATTCAACATAAAATCAATTATCACTTATAAAACAACTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:2629 original size:512 final size:499
Alignment explanation
Indices: 1696--2719 Score: 1010
Period size: 512 Copynumber: 2.0 Consensus size: 499
1686 AATTCAACTT
* * *
1696 AAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTGT
1 AAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGAAAGAATAGGTGA
*
1761 CTACAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
66 CTACAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAA
* * *
1826 TTATTGACTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
131 TTATTGACTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
******** * * * * *
1891 TAATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAA
196 TAAT--AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTACAAATAGACTTTTCCTATCAA
* *
1956 TGAATGTCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTATCCAAAAATG
259 CGAATGTCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCAAAAATG
* * *
2021 TAAAAACATTCAACATAAAATCAGTTATGACATTATAAAACAACTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
324 TAAAAACATTCAACATAAAATCAATTATGACATTATAAAACAACTTAAAACGAGTAATAAGGATT
* * * *
2086 TTAGAGGAATGGATCATTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATTGCTTTTTC-TAT-ATGTT
389 TCAGAAGAATGGATCA-TATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAA-TGCCTTTTCAT-TCATGTT
*
2148 TCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-CAAAAATTTAAAAA
450 TCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT-ATCCAAAAATGTAAAAA
* * * *
2198 ANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAACGAGTAATAAGGCGTTTGAAA
1 A----------AAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGAAA
* * *
2263 GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTATATGAATGGCTTTTTCTATACA--TTTCTCTA
56 GAATAGGTGACTACAAATGAACTTTTCTTACCA-ATGAATGGCTTTTTCT-T-CATGTTTCTC-A
* * *
2325 A-GCAGACATTCATTTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCAATT
117 AGGCAGACATTCAATTATTGACTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATT
******** * ** *
2389 ATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATTGATGACTATGAGTAG
182 ATGAGATTAT--AAAATAATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTACAAATAG
* *
2454 ACTTTTCCTATCAACGAATG-CGTTTTTCTTCATGTTTCTCTTA-GTAGACATTCAATTATAGTC
245 ACTTTTCCTATCAACGAATGTC-TTTTACTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAGTC
********** * * * * * *
2517 TGTTTTAACCANNNNNNNNNNAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAATAATTTAA
308 TG-TTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACATAAAATCAATTATGACATTATAAAACAACTTAA
*
2582 AGCGAGTAATAAGGATTTCA-AAGAATAGGTATCA-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
372 AACGAGTAATAAGGATTTCAGAAGAAT-GG-ATCATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* ** * * *
2645 CTTTTCATTCATGTTTCTCGAGGTAGTTATTCAATTATTGTCTGTTTTATCCAAAACTGTAAAAA
435 CTTTTCATTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTATCCAAAAATGTAAAAA
*
2710 AAATTCAATT
1 AAAATCAATT
2720 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 419, Mismatches: 78, Indels: 50
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
502 9 0.02
511 14 0.03
512 323 0.77
513 67 0.16
514 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (499 bp):
AAAATCAATTATGAGATTAAAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCCTTTGAAAGAATAGGTGA
CTACAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAA
TTATTGACTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
TAATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTACAAATAGACTTTTCCTATCAACG
AATGTCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCAAAAATGTA
AAAACATTCAACATAAAATCAATTATGACATTATAAAACAACTTAAAACGAGTAATAAGGATTTC
AGAAGAATGGATCATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCATTCATGTTTCTCGA
AGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTATCCAAAAATGTAAAAA
Found at i:3519 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2853--3790 Score: 543
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 168
2843 NNNNNNNNNT
* * * *
2853 AATGAATGTCTTTTACTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCT-ATTTTATCCA
1 AATGAATGT-TTTT-CTTCATATTCCTCGAA-GTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTTA-ACA
* ** * * * * *
2915 ATAATGCAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAAAA
61 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAATA
*
2980 AGG-TGTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATCG-ACTTTTCTTCTC
126 AGGCT-TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTC-C
* * * *
3024 AATGAATTGCTTTTTC-T-ATACGTTTCTTGAAGTAGGCATTTAATTA-TACTCTG-TTTTAACT
1 AATGAA-TG-TTTTTCTTCATA--TTCCTCGAAGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTTAAC-
* * ********** * *
3085 AAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAAT
60 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAAT
* * * * *
3150 AAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGATTATAAGTGGACTTTTCTTCT
125 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCC
* * ** * * * * * * ** *
3194 ATACGAATGGCTTTTCCAACATGTTTCTTGAGGCA-AGGATAGAATT-GTAGTCTG--TTTAAGC
1 A-ATGAAT-G-TTTTTCTTCATATTCCTCGAAGTAGA-CATTCAATTATTA-TCTGTTTTTAA-C
* * * * *
3255 AAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACAATTGAAAACGAGTAAT
60 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAAT
* ***
3320 AAGGCTTTTGAAAGAATGAACAACTATAAATGAACTTTTCTTGCC
125 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CC
* * **********
3365 AATGAATGCCTTTTTTTTCATATTTCTC-AAGCTAGACATTCAA-TNNNNNNNNNNTTTAACTAA
1 AATGAATG--TTTTTCTTCATATTCCTCGAAG-TAGACATTCAATTATTATCTGTTTTTAAC-AA
** * *
3428 AAATATAAAAAAATAGAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGCAATAA
62 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAATAA
* **
3493 AGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAA-TTTGATTACC
127 GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTT-CC
* *
3536 AATGAGATTGTTTTTCTTCATGTTCCTCGAAGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTTAGCAAAA
1 AATGA-A-TGTTTTTCTTCATATTCCTCGAAGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTTAACAAAA
* * * *
3601 ATAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACAATTTAAACTGAGTAATAAGG
64 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGG
* * * * *
3666 CCTTTAAAGGAAT-ATGTGTCTATAAATGGACCTTTCTTCTC
129 CTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTC-C
* * * *
3707 AATGAAT-TACTTT-TTCTATACGTTTCT-GAAAGCAGGCATTCAATTA-TAGTCTG-TTTTAAC
1 AATGAATGT-TTTTCTTC-ATA--TTCCTCG-AAGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTTAA-
*
3767 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
59 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
3791 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 135, Indels: 78
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 12 0.02
170 131 0.22
171 419 0.71
172 22 0.04
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AATGAATGTTTTTCTTCATATTCCTCGAAGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTTAACAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCC
Found at i:4911 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4621--4965 Score: 463
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
4611 NNNNNNNNNT
* *
4621 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAACTGAACTTTTCT
1 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
*
4686 TGCCAATGAATGTCTTTTACTTCACGTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT-ATC
66 TGCCAATGAATGTCTTTTACTTCACGTTTATTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-
*
4750 CAAAAATGTAAAAATAATT-AAT-TAAAAATCAATTATGAGATA
130 CAAAAATATAAAAA-AATTCAATCT-AAAATCAATTATGAGATA
* * *
4792 ATAAAAT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATAGGTGATTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * *
4856 T-CTCAATGAAT-TGCTTTTTCTAT-ACGTTTCTTGAAGTATG-CATTCAATTATAGTCTGTTTT
66 TGC-CAATGAATGT-CTTTTACT-TCACGTTTATTGAAGTA-GACATTCAATTATAGTCTATTTT
* *
4917 AATCAAAAATATTAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATT
127 AATCAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATA
4962 ATAA
1 ATAA
4966 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 12, Indels: 15
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.04
170 137 0.88
171 12 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
TGCCAATGAATGTCTTTTACTTCACGTTTATTGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATC
AAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATA
Found at i:5484 original size:171 final size:158
Alignment explanation
Indices: 5307--5621 Score: 348
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
5297 AACAAGCAGT
* * * *
5307 AAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGGCAATGAATGCATTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCA
* *
5372 CGTTTCT-TAAAGTAGACATTCAATTATTA-TCTATTTTTAGT-ACAAATGTAAAACAATTCAAC
66 CATTTCTGT-AAGTAGACATTCAATTA-TAGTATATTTTTA-TCA-AAATGT-AAA-AATTCAAC
5434 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCAATTTAA
125 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCAATTTAA
* *
5468 NNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACG
1 ----------AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACA
* * * *
5533 TTTTTCTTTACATTTCTGTAAGTAGATATTCAATTATAGTATGTTTTTATCAAAATGTAAATATT
56 TTTTTCTTCACATTTCTGTAAGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTTATCAAAATGTAAAAATT
*
5598 TAACTTAAAATCAATTATGAGATT
121 CAACTTAAAATCAATTATGAGATT
5622 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 13, Indels: 9
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 26 0.20
169 3 0.02
170 9 0.07
171 89 0.70
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (158 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCA
CATTTCTGTAAGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTTATCAAAATGTAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAGCAATTTAA
Done.