Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400760.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3939.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8942
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.08, T:0.26
Warning! 2660 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2366 original size:110 final size:99
Alignment explanation
Indices: 2232--2429 Score: 168
Period size: 110 Copynumber: 1.9 Consensus size: 99
2222 TTTTTATTAC
* * *
2232 TTTTTTATTAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCATAAG-AA-ATGCACAGA-AAAAGATATTC
1 TTTTTTATTAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATG-A-AGAGAAAAG-CATTC
2294 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCNNNNNNNNNNTA
63 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC----------TA
* * *
2341 TTTTTTATTAAAACAGAGTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCAT
1 TTTTTTATT-AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCAT
* * *
2406 TGGTAGGAAAAGTCTATTTATAGT
65 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
2430 TACCAATACC
Statistics
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0.83 0.10 0.08
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109 9 0.12
110 56 0.74
111 8 0.11
112 3 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (99 bp):
TTTTTTATTAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTA
Found at i:6692 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 6673--6704 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
6663 CAAGAGAACT
6673 CCATTTATAGTAAC
1 CCATTTATAGTAAC
*
6687 CCATTTATAGTCAC
1 CCATTTATAGTAAC
6701 CCAT
1 CCAT
6705 ACCTTCAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 17 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.06, T:0.34
Consensus pattern (14 bp):
CCATTTATAGTAAC
Found at i:7769 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 6687--8931 Score: 1645
Period size: 172 Copynumber: 13.1 Consensus size: 172
6677 TTATAGTAAC
*
6687 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA
* * * * * ** * * * **
6751 TAATTTATTTTAAGTTAAATT-TTTCAACATTTTTGATTTAAACAAACTATTATTGAATGTCTAC
65 AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTAC
** *
6815 CTCAAGAAACGTATGAA-A-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
130 CTTGAGAAAC--ATGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
6858 CCATTTATTGTTACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* ** * *
6923 AATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCACATTTCTT-GTTAAAACAGGCTAGAATTTAATGTCTAC
66 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTT-TTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTAC
* * *
6987 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTACA-AAAAGA
130 CTTGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCA-AGAAAAGT
* * ********** * * *
7030 ACATTTATAGTCACCTATACCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAAT-TGCA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CA
* * * *
7094 TAATTGATTTTAAA-TTG-ATT-TTTTTATATTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTAAATGTCTA
65 AAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA
* * * *
7155 CATCGAGAAACATAAAGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGT
129 CCTTGAGAAACATGAAGAGAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * ** * * *
7199 CCGTTTATAGTTATCTATTTCTTTAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTTTTAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-G-------GTTTTAT
* * * *
7264 AATCTCAAAATTGTTTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGGA
58 AATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAA
* * * * *
7329 TGTCTACCTTGAGAAACCTGAAAAAAAAAAGTATTCATTGG-TAGAAAAAGT
123 TGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGT
* * * *
7380 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTGTAATGC-CA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA
* * * * * ** * *
7443 TAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTATT-AAACAGACTATAATTGAATGTTTAC
65 AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTAC
** * * *
7506 CTCAATAAACGTAAAGA-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
130 CTTGAGAAACATGAAGAGAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
7549 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCAATTTAAATGGTTTCATAATCTCAA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
**
7614 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC
66 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC
* * * *
7679 TTTAGAAACATGAAGAGAACAGCATTTATTTGCAAGAAAAGT
131 TTGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
7721 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAGGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAAT-TCTA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-A
* * * * * ** * *
7785 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTAGATTTTCAGTT-AAATAGACTATAATTGAATGTCTA
65 AAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA
** * * *
7848 -CTACAAGAAACAT-AA-AGAACAGGGCATTCATTGGTAGGAAAAGT
129 CCT-TGAGAAACATGAAGAGAA-A-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * ******************
7892 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
****** * * * *
7957 NNNNNNTTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAGAATTGAATGTATACC
66 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC
* * *
8022 GTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGC-AGAAAAAGT
131 TTGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGT
* ** * *
8064 CTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACATTAAATGGTTTTATAATCTCAA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * ** * *
8129 AATTTATTTTAAGTTCAAATT-TTTTTAC-TTTTCTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTA
66 AATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA
** * *
8192 CCTCAAGAAACATAAAGA-AGAAAGCATTCATTGGCAAGAGAAGT
129 CCTTGAGAAACATGAAGAGA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * **
8236 CCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * * * * * * *
8301 AATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGTACATGTTTGGTTGAAACAGATTAGTATTGAATGTCTGCA
66 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC
* * * *
8366 TTGAGAAACATGAAGAAAAAACCGTTCATTGGTAAGAAAAGT
131 TTGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * **
8408 TCATTTATAGTCACCCGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTGCAATGC-CA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA
* * ** * * * *
8472 TAATTGATTTTAGGTTGAATT-TGTTTTACATTTTTGGTT-AAGCAGATTATAATTGAATGTTTA
65 AAATTGATTTAAATTTGAATTCT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA
*
8535 TCTTGAG-AA-ATGTAA-AGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
129 CCTTGAGAAACATG-AAGAGAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ********** * * * *
8578 CCATTTATAATCNNNNNNNNNNTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTTTAATCTCCA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * * * *
8643 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAACACAGACTAGAATTGAATGCCTACC
66 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC
* * **********
8708 TTAAGGANNNNNNNNNNAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
131 TTGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
8750 CTATTTACAGTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAACGGTTTTGTAATGC-CA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA
** * * * * * * *
8814 TGATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCGTT-AAACAAACTATAATTGAATGTTTAC
65 AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTAC
*
8878 CTCT-AGAAACGT-AA-AGAACAAGGCATTCATTGGCAAGAAATA-T
130 CT-TGAGAAACATGAAGAGAA-AA-GCATTCATTGGCAAGAAA-AGT
*
8921 CTATTTATAGT
1 CCATTTATAGT
8932 TACCTATTCC
Statistics
Matches: 1594, Mismatches: 411, Indels: 138
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.01
169 164 0.10
170 175 0.11
171 334 0.21
172 727 0.46
173 43 0.03
174 3 0.00
176 6 0.00
177 19 0.01
178 4 0.00
179 14 0.01
180 33 0.02
181 58 0.04
182 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC
TTGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
Found at i:7810 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 6687--8942 Score: 2244
Period size: 343 Copynumber: 6.6 Consensus size: 343
6677 TTATAGTAAC
* *
6687 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT
* * ** * * * *
6752 AATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTCAACATTTTTGATTTAAACAAACTATTATTGAATGTCTACC
66 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTG-GTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * *
6816 TCAAGAAACGT-ATGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATTCCT
130 TCAAGAAACGTAAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* *
6880 TCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCT
194 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCT
* * *
6945 TTGCACATTTCTT-GTTAAAACAGGCTAGAATTTAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA
259 TTGTACATTT-TTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA
* *
7009 GCATTCATTGGTACA-AAAAGA
323 GCATTCATTGGCA-AGAAAAGT
* * ********** * *
7030 ACATTTATAGTCACCTATACCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATTG-CA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA-TGCCA
* * *
7094 TAATTGATTTTAAATTG-A-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACTATAATTAAATGTCTACA
65 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * * *
7157 TCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGTCCGTTTATAGTTATCTATTTCTT
130 TCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
7222 TAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAATTT
195 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-G------A-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
* * * *
7287 GAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGGATGTCTACCTTGAGAAACCTGAAA
252 GAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AA
* * *
7352 AAAAAAAGTATTCATTGG-TAGAAAAAGT
316 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGT
* * *
7380 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTGTAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT
* ** *
7444 AATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
66 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* *
7508 CAATAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
131 CAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
7573 AAAAGCCTCATTACTCAATTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
196 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
* * * *
7638 GCACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAGAACAGCA
261 GTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
* *
7703 TTTATTTGCAAGAAAAGT
326 TTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
7721 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAGGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATTCTAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT
* ** *
7786 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTAGATTTTCAGTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTA-C
66 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
7849 TACAAGAAACATAAAGAACAGGGCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
130 T-CAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* ************************
7914 TCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAAATTTGAATTCT
194 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCT
* * * *
7979 TTGTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAGAATTGAATGTATACCGTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
259 TTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
*
8044 TATTCATTGGC-AGAAAAAGT
324 CATTCATTGGCAAG-AAAAGT
* ** * * *
8064 CTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACATTAAATGGTTTTATAAT-CTCA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CA
* * * * * * * *
8128 AAATTTATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACT-TTTCTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTA
65 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TATTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * *
8192 CCTCAAGAAACATAAAGAAGAAA-GCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
128 CCTCAAGAAACGTAAAGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * *
8256 CTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAAT
192 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT
* * * * * *
8321 CTTTGTACATGTTTGGTTGAAACAGATTAGTATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAA
257 CTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
8386 ACCGTTCATTGGTAAGAAAAGT
322 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
8408 TCATTTATAGTCACCCGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTGCAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT
* * * * * * *
8473 AATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAGCAGATTATAATTGAATGTTTATCT
66 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
** * * * **********
8538 TGAGAAATGTAAAG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCNNNNNNNNNNTC
131 CAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
8602 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTTTAATCTCCAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
196 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
* * * * * * **********
8667 GTATATTTTTAGTTAACACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTAAGGANNNNNNNNNNAAAAGCA
261 GTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
8732 TTCATTGGCAAGAAAAGT
326 TTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
8750 CTATTTACAGTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAACGGTTTTGTAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT
* * * * * * *
8815 GATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCGTTAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCT
66 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
8880 CTAGAAACGTAAAGAACAAGGCATTCATTGGCAAGAAATA-TCTATTTATAGTTACCTATTCCT
131 CAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
Statistics
Matches: 1537, Mismatches: 341, Indels: 70
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 169 0.11
342 399 0.26
343 405 0.26
344 268 0.17
345 6 0.00
348 6 0.00
349 105 0.07
350 179 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
CAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
GTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
TTCATTGGCAAGAAAAGT
Found at i:7969 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 6687--8942 Score: 1906
Period size: 342 Copynumber: 6.6 Consensus size: 342
6677 TTATAGTAAC
* * *
6687 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTCTAT
* * **** * * * * *
6752 AATTTATTTTAAGTTAAATTTTTCAACATTTTTGATTTAAACAAACTATTATTGAATGTCTACCT
66 AATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTAATTTTCAGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
6817 CAAGAAACGT-ATGAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATTCCTT
131 CAAGAAACATAAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * *
6881 CAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTT
195 CAAAAGC-CTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTT
* * *
6946 TGCACATTTCTT-GTTAAAACAGGCTAGAATTTAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
259 TGTACATTT-TTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
* * * * *
7010 CATTCATTGGTACAAAAAGA
323 TATTCATTTGCAGAAAAAGT
* * ********** * * *
7030 ACATTTATAGTCACCTATACCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATTGC-A
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATT-CTA
* * * * ** * *
7094 TAATTGATTTTAAATT-GATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAACAGACTATAATTAAATGTCTACA
65 TAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTAATTTTCAGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * *
7157 TCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGTCCGTTTATAGTTATCTATTTCTT
130 TCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * *
7222 TAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAATTT
195 CAAAAGCC-TATTACTCACTTTAAAT-G-------GTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
* * * *
7287 GAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGGATGTCTACCTTGAGAAACCTGAAA
251 GAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AA
* * *
7352 AAAAAAAGTATTCATTGGTAGAAAAAGT
315 GAAAAAAGTATTCATTTGCAGAAAAAGT
* * * * * *
7380 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTGTAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTCTAT
* * * * *
7444 AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT
66 AATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTAATTTTCAGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
7508 CAATAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
131 CAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
*
7573 AAAAGCCTCATTACTCAATTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
196 AAAAGCCT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
* * * * *
7638 GCACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAGAACAGCA
260 GTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTA
*
7703 TTTATTTGCA-AGAAAAGT
325 TTCATTTGCAGA-AAAAGT
* * * *
7721 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAGGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATTCTAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTCTAT
* *
7786 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTAGATTTTCAGTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTA-C
66 AATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTA-ATTTTCAGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
7849 TACAAGAAACATAAAGAACAGGGCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
130 T-CAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
************************
7914 TCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAAATTTGAATTCT
194 TCAAAAGCC-TATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCT
* * * *
7979 TTGTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAGAATTGAATGTATACCGTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
258 TTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
*
8044 TATTCATTGGCAGAAAAAGT
323 TATTCATTTGCAGAAAAAGT
* ** * *
8064 CTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACATTAAATGGTTTTATAA-TCTCA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTCT-A
* * * * * * * *
8128 AAATTTATTTTAAGTTCAA-ATTTTTTTACTTTTCTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTA
65 TAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTAATTTTC-AGTT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* *
8192 CCTCAAGAAACATAAAGAAGAAA-GCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
128 CCTCAAGAAACATAAAGAA-AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * ** * *
8256 CTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAAT
192 CTTCAAAAGC-CTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT
* * * * * *
8321 CTTTGTACATGTTTGGTTGAAACAGATTAGTATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAA
256 CTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
*** * *
8386 ACCGTTCATTGGTA-AGAAAAGT
321 AGTATTCATTTGCAGA-AAAAGT
* * * * ** * *
8408 TCATTTATAGTCACCCGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTGCAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTCTAT
* * * * ** * * * *
8473 AATTGATTTTAGGTTGAA-TTTGTTTTACATTTTTGGTTAAGCAGATTATAATTGAATGTTTATC
66 AATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTA-ATTTTCAGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
** ** * * **********
8537 TTGAGAAATGTAAAG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCNNNNNNNNNNT
130 TCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * ** *
8601 CAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTTTAATCTCCAAATTGATTTAAATTTGAATTCTT
195 CAAAAGCC-TATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTT
* * * * * * ********** *
8666 TGTATATTTTTAGTTAACACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTAAGGANNNNNNNNNNAAAAGC
259 TGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGT
*
8731 ATTCATTGGCA-AGAAAAGT
324 ATTCATTTGCAGA-AAAAGT
* * * * * * * * *
8750 CTATTTACAGTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAACGGTTTTGTAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTCTAT
* * * * * * *
8815 GATTGACTTAAAGTTGAA-TTTTTTTTACATTTTTC-GTTAAACAAACTATAATTGAATGTTTAC
66 AATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTA-A-TTTTCAGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
8878 CTCTAGAAACGTAAAGAACAAGGCATTCATTGGCAAGAAATA-TCTATTTATAGTTACCTATTCC
129 CTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
8942 T
193 T
Statistics
Matches: 1532, Mismatches: 342, Indels: 78
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 182 0.12
342 396 0.26
343 393 0.26
344 264 0.17
345 8 0.01
348 3 0.00
349 105 0.07
350 175 0.11
351 5 0.00
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Consensus pattern (342 bp):
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AAAAGCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTG
TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
TCATTTGCAGAAAAAGT
Found at i:8338 original size:687 final size:682
Alignment explanation
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6677 TTATAGTAAC
*
6687 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAT
** *
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66 AATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTGA-TTAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
6817 CAAGAAACGTATGAA-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATTCCTT
129 CAAGAAACGTA--AAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
6881 CAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTT
192 CAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTT
* * *
6946 TGCACATTTCTTGTTAAAACAGGCTAGAATTTAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC
257 TGCACATTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC
* * **********
7011 ATTCATTGGTACA-AAAAGAACATTTATAGTCACCTATACCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTT
321 ATTCATTGGTA-AGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
7075 AAATAGTTTTGTAATTGCATAATTGATTTTAAATTGA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAGAC
385 AAATGGTTTTCTAATT-CATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGAC
* * *
7139 TATAATTAAATGTCTAC-ATCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGTCCGT
449 TATAATTGAATGTCTACTA-CGAGAAACATAAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * *
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* *
7268 TCAAAATTGTTTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGGATGTC
571 TCAAAATTGTTTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTA
* * *
7333 TACCTTGAGAAACCTGAAAAAAAAAAGTATTCATTGGTAGAAAAAGT
636 TACCGTGAGAAACATGAAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAGAAAAAGT
* * * *
7380 CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTGTAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAT
* * * * * *
7444 AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC
66 AATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-CTTTTTGATTAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTC
*
7509 AATAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
130 AAGAAACGTAAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
7574 AAAGCCTCATTACTCAATTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTG
194 AAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTG
* * *
7639 CACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAGAACAGCAT
259 CACA-TTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * * * * * * *
7704 TTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAGGCCTTAGTACTCACTTTAAA
323 TCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* ** *
7769 TGGTTTTCTAATTCTATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTAGATTTTCAGTTAAATAGACTA
388 TGGTTTTCTAATTC-ATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGACTA
* * * *
7834 TAATTGAATGTCTACTACAAGAAACATAAAGAACAGGGCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTA
451 TAATTGAATGTCTACTACGAGAAACATAAAGAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
***********************
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515 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * * * *
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580 TTTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTATACCGTGAG
*
8027 AAACATG-AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAGAAAAAGT
645 AAACATGAAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAGAAAAAGT
* ** * *
8064 CTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACATTAAATGGTTTTATAAT-CTCA
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CA
* * * * *
8128 AAATTTATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTCTGGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTAC
65 TAATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACTTTT-TGATT-AAACAAACTATAATTGAATGTCTAC
* * *
8193 CTCAAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
127 CTCAAGAAACGTAAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * *
8258 TTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCT
191 TCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCT
* * * * * * *
8323 TTGTACATGTTTGGTTGAAACAGATTAGTATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAAC
256 TTGCACAT-TTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
* * *
8388 CGTTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
320 CATTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
8453 TAATGGTTTTGC-AATGCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAGCAG
385 AAATGGTTTT-CTAAT-TCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAG
* * * ** *
8517 ATTATAATTGAATGTTTATCT-TGAGAAATGTAAAGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
447 ACTATAATTGAATGTCTA-CTACGAGAAACATAAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ********** * * * * *
8581 TTTATAATCNNNNNNNNNNTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGT--TTTTTTAATCTCCAA
511 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATATAGTTTTATAATCTCAAA
* * * * ** *
8644 ATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAACACAGACTAGAATTGAATGCCTACCT
576 ATTGTTTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTATACCG
* * ********** *
8709 TAAG-GANNNNNNNNNNAAAAGCATTCATTGGCA-AGAAAAGT
641 TGAGAAACATGAAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAGA-AAAAGT
* * * * * * *
8750 CTATTTACAGTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAACGGTTTTGTAATGCCAT
1 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAT
* * * * * *
8815 GATTGACTTAAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTCG-TTAAACAAACTATAATTGAATGTTTACC
66 AATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAC-TTTTT-GATTAAACAAACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
8879 TCTAGAAACGTAAAGAACAAGGCATTCATTGGCAAGAAATA-TCTATTTATAGTTACCTATTCCT
128 TCAAGAAACGTAAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
Statistics
Matches: 1274, Mismatches: 260, Indels: 66
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
684 72 0.06
685 167 0.13
686 221 0.17
687 326 0.26
688 10 0.01
689 2 0.00
690 7 0.01
691 266 0.21
692 47 0.04
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694 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (682 bp):
CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAT
AATTTATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTGATTAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCA
AGAAACGTAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGCA
CATTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
TTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
TTTTCTAATTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGACTATAATT
GAATGTCTACTACGAGAAACATAAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAA
ATTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTATACCGTGAGAAACAT
GAAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAGAAAAAGT
Done.