Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397604.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1728.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5046
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.08, T:0.26
Warning! 1548 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2536 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2209--3751 Score: 986
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 170
2199 NNNNNNNAAT
* * * * * *
2209 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATGTAATTAAATAT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT-TTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTAATTGT
* * * * *
2274 CTACCTCAAAAAACATGAAGAAAGAGGA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
64 CTACCTCTAGAAACATGAAGAAA-AAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
**********
2338 TTCCNNNNNNNNNNTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
128 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
* * *
2381 CTCATAATTGATTTTGAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTAATTGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTAATTGTC
* * *** *
2446 TACCTCTAGAAACATGTAG-AAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTTGTCTAT
65 TACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
** *
2509 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGCAAT
129 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * **
2551 CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATCTTTACATCTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAT-TTTTATTAAAACAGACTATAATT-AATTGT
* * * * * * *
2615 CTACATCGAGAAACATGAA-AAAAA-AAATTCATTGGCACGAAAAGTCTATTTATAATCATCCAT
64 CTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
* * * ** *
2678 TCCTTTAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAAT
129 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * * *
2720 TTCATGATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATT-AATTGT
* * ** * * * * *
2784 CTCCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAAATTCATTGGTAAGAAAAGATC-ACTTATAGTCATCCA
64 CTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCA
* * **********
2848 TCCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTANNNNNNNNNNTAAC
128 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * *
2891 CTCATAATTGATTTTAAATTGAATATTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGGCTATAATTGATTGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTAATTGTC
* * *
2956 TACCT-TGAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAGAGTCTATTTATAGTCACCCAT
65 TACCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
* * ** *
3019 TCCTTAAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
129 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
* ********** * * *
3061 ATCATAATTNNNNNNNNNNTGAA-AGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATG
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA--TTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTAATTG
** ** * ** * *
3125 TCTATGTAGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAA
63 TCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
* * * **
3190 TTCATTTAAAAGCCATATTACT-AGCTTTAAATTATTTTATAAC
128 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * ** *
3233 TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACATTCTATAATTTATTG-C
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTAATTGTC
* ** * * * * *
3297 TTGCCTCTAGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAAAAAAAGT-TCATTTATTGTCACCC
65 -TACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAG-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCC
* * * ****
3360 ATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTANNNN
127 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
********** * * **
3404 NNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATATCTTTACATCTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAT-TTTTATTAAAACAGACTATAATT-AATTGT
* ** * * * * * * * * *
3468 GTATGTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGAAATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACTCAT
64 CTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
************ ** *
3533 TCCTTCAAAAGANNNNNNNNNNGCTTTAAATTATTTTATAAT
129 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
* *
3575 CTCATAATTGATTTTAAGCTGAAT-TATTTTACATTTTTAGTCAAAACAGACTATAATTGAA-TG
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATT-AATTG
* ** *
3638 TTTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGGGATTCATT-GATAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCAC
63 TCTACCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAG-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAC
* * * *
3700 CGATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
125 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
3746 CTCATA
1 CTCATA
3752 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1034, Mismatches: 302, Indels: 71
0.73 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 137 0.13
170 220 0.21
171 556 0.54
172 119 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTAATTGTCT
ACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAC
Found at i:3219 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 2916--3241 Score: 339
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
2906 AAATTGAATA
* * * *
2916 TTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGGCTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGG
1 TTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAGG
* * * * * * * *
2981 CATTCATTGGCAAGAAGAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTGCTTGCTTT
66 CATTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCATTAAAAAGCCATATTACTAGCTTT
*
3046 AAATGGTTTTATAA-TATCATAATTNNNNNNNNNNTGAAAGT
131 AAATGATTTTATAACT-TCATAATT----------TGAAAGT
* * * ** *
3087 TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTATGTAGAGAAATATGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAG-AAAAG
* *
3152 GTATTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCATTTAAAAGCCATATTACTAGCTT
65 GCATTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCATTAAAAAGCCATATTACTAGCTT
*
3217 TAAATTATTTTATAACTTCATAATT
130 TAAATGATTTTATAACTTCATAATT
3242 GATTTTAAGT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 22, Indels: 3
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 49 0.37
172 81 0.62
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
TTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAGG
CATTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCATTAAAAAGCCATATTACTAGCTTT
AAATGATTTTATAACTTCATAATTTGAAAGT
Found at i:3429 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 2210--3399 Score: 1149
Period size: 510 Copynumber: 2.3 Consensus size: 509
2200 NNNNNNAATC
* * * * * * *
2210 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATGTAATTAAATATC
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATGTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * ** * * ** * *
2275 TACCTCAAAAAACATGAAGAAAGAGGAATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCAT
65 TCCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAAATTCATTGAAAAAAAAAGAT-CACTTATAGTCACCCAT
* ********** * * *
2339 TCCNNNNNNNNNNTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTAA
129 CCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAAATAG-TTT-TAACCTCATAATTGATTTTAAATTAA
* * *
2403 ATATTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTAATTGTCTACCTCTAGAAACATGTAGAAA
192 ATATTTTTACATTTTTCATGAAAACAGACTATAATTAATTGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAA
*** * *
2468 AGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
257 AGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
2533 TTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATCTTTACATCTATGGTTAAAAC
322 TTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATATCTTTACATCTATGGTTAAAAC
* * * **
2598 AGACTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACATGAAAAAAAAAATTCATTGGCACGAAAAGTCTA
387 AGACTATAATTAAATGTCTACATAGAGAAACATGAAAAAAAAAATTCATTAGCAAAAAAAGTCTA
* * * *
2663 TTTATAATCATCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATT
452 TTTATAATCATCCATTCATTTAAAAGACATATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAACT
*
2721 TCATGATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
** * *
2786 CCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAAATTCATTGGTAAGAAAAGATCACTTATAGTCATCCATCC
66 CCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAAATTCATTGAAAAAAAAAGATCACTTATAGTCACCCATCC
* ********* *
2851 CTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTANNNNNNNNNNTAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATA
131 CTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTA-AAATAGTTTTAACCTCATAATTGATTTTAAATTAAATA
* *
2916 TTTTTACATTTTT-AGTGAAAACAGGCTATAATTGATTGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAA
195 TTTTTACATTTTTCA-TGAAAACAGACTATAATTAATTGTCTACCTCT-AGAAACATGAAGAAAA
* * * * **
2979 GGCATTCATT-GGCAAGAAGAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTGCTTGC
258 GCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCAC
* ********** * * * * *
3043 TTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTNNNNNNNNNNTGAA-AGTTTTTTATATTTTTTGTTAAA
322 TTTAAATGGTTTTACAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATA--TCTTTACATCTATGGTTAAA
** * **
3107 ACAGACTATAATTAAATGTCTATGTAGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAAAAAAG
385 ACAGACTATAATTAAATGTCTACATAGAGAAACATGAA-AAAAA-AAATTCATTAGCAAAAAAAG
* *
3172 TCTATTTATAGTCA-CCAATTCATTTAAAAGCCATATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAACT
448 TCTATTTATAATCATCC-ATTCATTTAAAAGACATATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAACT
* * * ** * *
3234 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACATTCTATAATTTATTG-C
1 TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * ** * * *
3297 TTGCCTCTAGAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTTCATTTATTGTCACCCAT
65 -TCCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAAATTCATTGAAAAAAAAAGATCACTTATAGTCACCCAT
* *
3362 TCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTA
129 CCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAAATAGTTTTA
3400 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 122, Indels: 26
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.01
510 260 0.48
511 75 0.14
512 8 0.01
513 196 0.36
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (509 bp):
TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
CCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAAATTCATTGAAAAAAAAAGATCACTTATAGTCACCCATCC
CTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAAATAGTTTTAACCTCATAATTGATTTTAAATTAAATAT
TTTTACATTTTTCATGAAAACAGACTATAATTAATTGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAGCC
ATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTACAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATATCTTTACATCTATGGTTAAAACAGAC
TATAATTAAATGTCTACATAGAGAAACATGAAAAAAAAAATTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTA
TAATCATCCATTCATTTAAAAGACATATTACTAGCTTTAAATTATTTTATAACT
Found at i:4905 original size:170 final size:173
Alignment explanation
Indices: 4586--4908 Score: 379
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
4576 NNNNNNNNNN
* *
4586 TATTACTAACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTTAATTT
1 TATTACTAACTTTAAATGGTATTATAAACCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTTAATTT
* ** * * *
4651 TTTTCTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCATGAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTT
66 TTTACTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTAATGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTT
* **
4716 GCAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
131 GCAAAAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
4759 TATTACTAGCTTTAAATGGT-TTGATAAACCCATAGTTGATTTTAGGTTTAA-TT-TTTTT-ATA
1 TATTACTAACTTTAAATGGTATT-ATAAACCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTTAAT-
* * * *
4820 TTTTTAGTTAAAACAGACCATAATTGAATGTCTACTTTAAT-AAATAT-GAGAAAAAAGCATTCA
64 TTTTTACTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTAC-CTAATGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCA
* *
4883 TTTGCAAGAGAACTCCATTTATAGTC
128 TTTGCAAAAAAACTCCATTTATAGTC
4909 TCATANNNNN
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 22, Indels: 9
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 37 0.30
171 40 0.32
172 7 0.06
173 41 0.33
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
TATTACTAACTTTAAATGGTATTATAAACCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTTAATTT
TTTACTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTAATGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTT
GCAAAAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
Done.