Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397605.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_37.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4999
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.07, T:0.23
Warning! 1978 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:856 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 421--1215 Score: 567
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 171
411 NNNNNTGTAG
* * * * * *
421 AAAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC-TAAAAGAGCCTTA-TT
1 AAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTT
* ** * * * *
484 ACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTAATAATTTATTTGAAG-TAAATATTTTTTACATTATTAG
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTATATTATTAG
* *
548 TTAAAACGGATT-TGAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAA
129 TTAAAACAGATTAT-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAA
* * *
591 AAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAGGCCTTATTTA
1 AAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTA
* * * *
656 CTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGCT
66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTAGTT
* **
721 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACA-TGAA
131 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-AGTGAA
* * *
762 TAAAGAA-GCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTA-T
1 -AAA-AAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
********** * * * *
825 TANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATGTTTTATATTATTGG
64 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTAG
* * * ** *
890 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTATCT-TGGAAAATGTGTAG
129 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAA-GTG-AA
* * * * * * ********** *
934 AAAAAGTCATTCATTAAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTGANNNNNNNNNNCAAAAGCCTTA-CTA
1 AAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTA
* * * * * * * * * *
998 CTCGCTTTAAATTGTTTCAAAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGCT
66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTAGTT
* * * * ** *
1063 AAAATAGACTATAATCGAATGCCTACCTTGAGAAACGT-ATA
131 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGA-A
* * * *
1104 GAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAA-TCCATTTATAGGCACCCATT-CTTCAAAAAG-TTTA-
1 -AAAAAGGCATTCATTGACAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTAT
* * *
1165 TTACTCGA-TTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
63 TTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT
1216 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 127, Indels: 34
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 99 0.21
171 311 0.65
172 67 0.14
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTAGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAAGTGAA
Found at i:4109 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4084--4127 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
4074 CACTCATTCT
*
4084 TTTAAA-AGCCTTATTACTCTC
1 TTTAAATAGCCTTA-TAATCTC
*
4105 TTTAAATAGCTTTATAATCTC
1 TTTAAATAGCCTTATAATCTC
4126 TT
1 TT
4128 AATTGAATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.70
22 6 0.30
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (21 bp):
TTTAAATAGCCTTATAATCTC
Found at i:4352 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3916--4997 Score: 962
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 172
3906 NNNNNNNNNN
* * * *
3916 TCAAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTACGTTGAATTG
1 TCAAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * *
3980 TTTTACA-TTTTCATGAAAACAGACTATAATTGAA-AGCCTGCCTCAAGAAACATGTAG-AAAAG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATA-TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * *
4042 CCATTCATTGAGAAGAAAAA-TCCAATTATAGTCACTCATTCTT
130 CCATTCATTGACAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* * * * * *
4085 TTAAA-AGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGCTTTATAATCTCTTAATTGAATTTAAGTTGAATTT
1 TCAAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
*** * * ** * *
4149 TTTTGGTTTTTTGGCTAAAATAGAAGATAATTGAACATCTACCT-TAGAAAACATGAAGAAAAAG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAG
** * * **
4213 GTATTAATTGATAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATTCCT
130 CCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
**
4256 TCAAAGA-CCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TCAAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * ** *
4320 TTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATAAAGAAAAATG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-G
* * * * *
4385 -CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCGT-ACTCTT
130 CCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATTCCT
** * *
4427 TCAAA-AGTGTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TCAAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * ** * *
4491 GTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACAAGAACCAAAA
65 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAA
* * * * * *
4556 AG-TATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCT
128 AGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
** * * * * * * *
4600 TCAAA-AGGTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATGACCTCATAATTAATTGTCA-TTTAATTT
1 TCAAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * * * *
4663 TTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGC
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * *
4728 CATCCATTGAGAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATTCTT
131 CATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* * * *
4770 TC-AAGAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATCGTTTCATAATCTAATAATTGATTTTAAG-T-AATTT
1 TCAAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* *********** **
4832 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATNNNNNNNNNNGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* *
4897 CCATTCATTGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTTCT
130 CCATTCATTGACAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* *
4940 TCAAATG-G-TTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 TCAAA-GAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
4998 AA
Statistics
Matches: 730, Mismatches: 161, Indels: 42
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 73 0.10
170 287 0.39
171 224 0.31
172 12 0.02
173 129 0.18
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TCAAAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
Done.