Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400783.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_396.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13480
ACGTcount: A:0.21, C:0.07, G:0.08, T:0.21
Warning! 5763 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:9412 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 9127--9446 Score: 329
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
9117 NNNNATAAGG
** *
9127 CTTTTAAAGGAATGGGCAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTTTCTTCACGTA
1 CTTTTAAAGGAATGGGCAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCCTCACGTA
* * ** * * *
9192 TCTCAAGGTAGACAATCACTTGTGGTTTGTTTCAGTAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAAT
66 TCTCAAGGTAGACAATCAATTATACTTAGTTTCAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
9257 AAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCGAGTAATAAAC
131 AAATTATGAG----------CATTTAAAGCGAGTAATAAAC
*** * * * *
9298 CTTTTAAAGGAATGGGTTTCTATAAATGGACTTTGTTTTGTCAATGAATGGATTTTTCCTCACGT
1 CTTTTAAAGGAATGGGCAACTATAAATAGACTTT-TCTTGCCAATGAATAGATTTTTCCTCACGT
* *
9363 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATACTCTAGTTT-AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
65 ATCTCAAGGTAGACAATCAATTATACT-TAGTTTCAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
*
9427 ATCAATTATGAG-ATTATAAA
129 ATAAATTATGAGCATT-TAAA
9447 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 20, Indels: 15
0.78 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.02
162 4 0.03
171 30 0.24
172 84 0.67
173 5 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
CTTTTAAAGGAATGGGCAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCCTCACGTA
TCTCAAGGTAGACAATCAATTATACTTAGTTTCAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
AAATTATGAGCATTTAAAGCGAGTAATAAAC
Found at i:12248 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 11923--12823 Score: 681
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 172
11913 TATAAAATGT
* ** * * * *
11923 TTATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAATCTTATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTT
* * * * * * *
11988 TTGATTAAAAT-AGACTATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAATCACTCATTA
66 TTGGTTAAAATCAAACTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTA
*** *
12052 GCAAGAAAAGTTTATTTACAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
131 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
********** *
12094 TTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTAATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTT
* *
12159 TTGGTT-AAATCAGACTATAACTAAATGTCTACCTCGAGGAACGTGAAGAAAAATA-CATTCATT
66 TTGGTTAAAATCAAACTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCATT
* * *
12222 GGCCAA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAGAAGCT
130 AG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
********** * *
12265 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAATTAAATTTTTTAATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTT
* * * * *
12330 TTGGTTAAAGA--AAACTATGACTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTAATT
66 TTGGTTAAA-ATCAAACTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
* *
12393 AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
130 AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
********** * * *
12436 TTANNNNNNNNNNTAAATAGTTTTTTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTT
* * *
12501 TT-GTTGAAAA-CAAACTACAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
66 TTGGTT-AAAATCAAACTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * * ****
12564 GGCAAGGAAAGCTCATTTATAGTCTTTTATT-CTTTCAAAAGCC
130 AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCC
* ********** * * * * * *
12607 TTATTACTCACTTTAAATGGGNNNNNNNNNNT-AAAATTGATTTTAGGTTCAAGTTTTTTTACAC
1 TTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAATAT
* * * * * * * * *
12671 TATTGGTT-AAAGCATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAATAAAAAAGCATTCAT
64 TTTTGGTTAAAATCAAACTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * *
12735 TCGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
129 TAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
* * *
12779 TTATTAATCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
12824 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 548, Mismatches: 166, Indels: 31
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 16 0.03
171 404 0.74
172 120 0.22
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTT
TTGGTTAAAATCAAACTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTA
GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
Found at i:12815 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11961--12823 Score: 818
Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 340
11951 TCTTATAATC
* * * * * * * *
11961 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAA-ATAGACTATAATTGATTGTCTACCTCGA
1 GATTTTAAATTAAATTTTTTAACACTATTGGTTAAAGA-AAACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * * *
12025 GAAACGTGAAGAAAAAATCACTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTACAGTCACCCATTCCTTTAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
********** * *
12090 AGCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTAAT
130 AGCCTTATTAATCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAT
* * * *
12155 ATTTTTGGTTAAATCAGACTATAACTAAATGTCTACCTCGAGGAACGTGAAGAAAAATACATTCA
195 ATTTTTGGTTAAAACAAACTACAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCA
* * *
12220 TTGGCCAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAGAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG
260 TTGGCCAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* *******
12285 TTTTATAATNNNNNNNNN
325 GTTTATAAT--TAAAATT
* * * * * *
12303 NATTTTAAATTAAATTTTTTAATATTTTTGGTTAAAGAAAACTATGACTGAATGTCTACCTCGAG
1 GATTTTAAATTAAATTTTTTAACACTATTGGTTAAAGAAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
* *
12368 AAACATGAAGAAAAAAGTATTAATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
66 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
********** * *
12433 GCCTTANNNNNNNNNNTAAATAGTTTTTTAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATA
131 GCCTTATTAATCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATA
* *
12498 TTTTT-GTTGAAAACAAACTACAACTAAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTC
196 TTTTTGGTT-AAAACAAACTACAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATA-CATTC
* * ****
12561 ATTGG-CAAGGAAAGCTCATTTATAGTCTTTTATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
259 ATTGGCCAA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
********
12624 TGGGNNNNNNNNNNTAAAATT
322 TGGG--TTTATAATTAAAATT
** * * * * * *
12645 GATTTTAGGTTCAAGTTTTTTTACACTATTGGTTAAAGCATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
1 GATTTTAAATT-AAATTTTTTAACACTATTGGTTAAAGAAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * *
12710 GAAACATGAATAAAAAAGCATTCATTCGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCTTTAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
12775 AGCCTTATTAATCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
130 AGCCTTATTAATCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
12824 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 89, Indels: 15
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 11 0.03
342 273 0.64
343 140 0.33
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
GATTTTAAATTAAATTTTTTAACACTATTGGTTAAAGAAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
GCCTTATTAATCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATA
TTTTTGGTTAAAACAAACTACAACTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCAT
TGGCCAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGG
TTTATAATTAAAATT
Done.