Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400787.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3963.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5906
ACGTcount: A:0.19, C:0.08, G:0.07, T:0.19
Warning! 2808 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4880 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4450--5905 Score: 1228
Period size: 172 Copynumber: 8.5 Consensus size: 170
4440 NNNNNNNNNN
* * * *
4450 CTAGAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGACTAT
1 CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCAT-TGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
4515 TTATAGTCACTCATACTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAAA
64 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA-AAA
* * * * * * * **
4579 -TCATTT-AAGTTGATTTTTTTTTATATTTTGGGTT-AAACAAA
127 TTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACTGA
** * ** * * * *
4620 CTCTAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCAC
1 CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
4685 TTATAGCCACCCACT-CATTCAAAAGGCTTATTACGCACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAAT
64 TTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * *
4749 TGATTTAAATTTGAATTATTAGTACATTTTTAGTTAAAACTGA
128 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACTGA
* * * * * *
4792 CTAGGATTGAATCTCTACCTTTAGAAACATGAAGGAAAAAATATTCATTAGCAAAAAAAGCCCAT
1 CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAACATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAT
**
4857 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
64 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
*
4922 GATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTT-AAAGTAGA
129 GATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACT-GA
* * * * *
4964 CTAGAATTGAATGTCCATCTTGAAAAACATGAAGAAACAAACATTCATTGAAAAGAAAAGTCTAT
1 CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAACATTCATTG-CAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
5029 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * **
5094 GATTTGAAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTGAACAACCT--
129 GATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTT-AA-AA-CTGA
* * * * * * *
5137 CT--AATTGAATGTCTACCTCGAGAGACGTAAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAGAAGTCCA-
1 CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATTG-CAAGAAAAGTCCAT
* * ** *
5199 TTATAGTCACCCACT-CCTTTAAAAGTCTTATTACGAACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAAT
64 TTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* **
5263 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAGAGA
128 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACTGA
* * * * **
5306 -TGAGGATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGTAAGAAAAGTTTA
1 CT-AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCATT-GCAAGAAAAGTCCA
* ** * * *
5370 TTTATAGTCACCTATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAC
63 TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
** * *
5435 TGATTT-TCTGTTCAAATT-TTTTTAC-TTTTCTGGTTAAAACAT-A
128 TGATTTAAAT-TT-GAATTCTTTGTACATTTT-TGGTTAAAAC-TGA
* * * * * * *
5478 TTACAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTTCAT
1 CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAACATTCATTG-CAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * * *
5543 ATCTAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATTTTAAATTT
64 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * *
5608 GATTTAAATTTGAATTCGTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGA
129 GATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACTGA
* * **
5650 CTAGCATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAAGAAAAATGTATTCATTCGCAAGAAAAGTCCAT
1 CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * * *
5715 TTATTGTCACCTATACCTTTAAAAGCCATAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAA-CGCCATAAT
64 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAAT
* * * * *
5779 TTATTTTAAGTTGAATT-TTTCTACATTTTTGGCTT-AAACAGA
128 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGG-TTAAAACTGA
* * * * *
5821 CTATAATTGAAAGTCTACCTT--GAATCATTGGCAAGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTC
1 CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-T-G-AAGAAAAA-ACATTCATT-GCAAGAAAAGTC
* *
5884 CATTTATAGTCACTCATTCCTT
61 CATTTATAGTCACCCATACCTT
5906 T
Statistics
Matches: 1035, Mismatches: 206, Indels: 88
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 12 0.01
170 188 0.18
171 173 0.17
172 633 0.61
173 22 0.02
174 1 0.00
175 2 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACTGA
Found at i:4906 original size:342 final size:344
Alignment explanation
Indices: 4463--5664 Score: 904
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 344
4453 GAATTAAATG
* * * *
4463 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGACTATTTATAGTCACTCA
1 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGAGCAAAAAAAGACCATTTATAGTCACCCA
*
4528 TACTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAAA-TCATTT-AAGTT
66 TACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA-AAATTCATTTAAAGTT
* * * * ** * *
4590 GATTTTTTTTTATATTTTGGGTTAAA-CAAACTCTAATTGAGTGTCTA-CCTCAAGAAACATAAA
129 GAATTCTTTGTACATTTTGGGTTAAAGCAAACTAGAATTGAATGTCCATCCTCAA-AAACATAAA
* ** *
4653 GAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCACTTATAGCCACCCACT-CATTCAAAAGGCTTAT
193 GAAACAA-ACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCA-TACATTCAAAAGGCTTAT
*
4716 TACGCACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTAGTACATTTTTA
256 TACGCACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTATTAGTACATTTTTA
4781 GTTAAAACTGACTAGGATTGAATC
321 GTTAAAACTGACTAGGATTGAATC
* * * *
4805 TCTACCTTTAGAAACATGAAGGAAAAAA-TATTCATTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
1 TCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAAGCATTCATGAGCAAAAAAAGACCATTTATAGTCACCC
* * * *
4869 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
65 ATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAAGTTG
* * * * * *
4934 AATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAGTAGACTAGAATTGAATGTCCATCTTGAAAAACATGAAGA
130 AATTCTTTGTACATTTTGGGTTAAAGCAAACTAGAATTGAATGTCCATCCTCAAAAACATAAAGA
* * * * *
4999 AACAAACATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACT
195 AACAAACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATACATTCAAAAGGCTTATTACG
* * * * * * * ** ** *
5064 CGCTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTG
260 CACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTATTAGTACATTTTTAGTT-
*
5129 AACAACCT--CTA--ATTGAATG
324 AA-AA-CTGACTAGGATTGAATC
* * * * * * * * *
5148 TCTACCTCGAGAGACGTAAAGAAAAAGGCATTTATTGA-CAAGAGAAGTCCA-TTATAGTCACCC
1 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TGAGCAAAAAAAGACCATTTATAGTCACCC
* * *** * * *
5211 ACT-CCTTTAAAAGTCTTATTACGAACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTAAATTT
65 A-TACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAAGTT
** * * * * * *
5275 GAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAG-AGA-TGAGGATTGAATGTCTA-CCATGAGAAACATG
129 GAATTCTTTGTACATTTTGGGTT-AAAGCAAACT-AGAATTGAATGTCCATCC-TCAAAAACATA
* ** ** * * * * *
5337 AAGAAA-AAAGAATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTGC-TTCAAAAGCCTT
191 AAGAAACAAA-CATTCATTGAAAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCA-TACATTCAAAAGGCTT
*** * * *** * **
5400 ATTAATTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTCTGTTCAAATT-TTTTTAC-TTT
254 ATTACGCACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTT-GAATTATTAGTACATTT
* * ** *
5463 TCTGGTTAAAACAT-ATTACAATTGAATG
318 T-TAGTTAAAAC-TGACTAGGATTGAATC
* * * * * * ** * * *
5491 TCTACCCTAAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTG-CCAAGAAAAGTTCATATCTAGTCACCT
1 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-TGAGCAAAAAAAGACCATTTATAGTCACCC
* * * * * * * * * *
5555 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATTTTAAATTTGATTTAAATTTG
65 ATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAAGTTG
* ** * * *
5620 AATTCGTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGCATTGAATGTC
130 AATTCTTTGTACATTTTGGGTTAAAGCAAACTAGAATTGAATGTC
5665 TACCTTGAGA
Statistics
Matches: 711, Mismatches: 119, Indels: 58
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 3 0.00
341 17 0.02
342 313 0.44
343 132 0.19
344 229 0.32
345 12 0.02
346 2 0.00
347 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (344 bp):
TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGAGCAAAAAAAGACCATTTATAGTCACCCA
TACCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAAGTTGA
ATTCTTTGTACATTTTGGGTTAAAGCAAACTAGAATTGAATGTCCATCCTCAAAAACATAAAGAA
ACAAACATTCATTGAAAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATACATTCAAAAGGCTTATTACGC
ACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTATTAGTACATTTTTAGTTAA
AACTGACTAGGATTGAATC
Found at i:5612 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 4454--5718 Score: 1418
Period size: 514 Copynumber: 2.5 Consensus size: 512
4444 NNNNNNCTAG
* * * * *
4454 AATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGACTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
4519 AGTCA-CTCATACTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAAA-TCA
65 AGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT--CTTAAATTGA
* *
4582 TTTAAGTTGATTTTTTTTTATATTTTGGGTTAAACAAACTCTAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAA
127 TTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTGGGTTAAACAAACTCTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
*
4647 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCACTTATAGCCACCCACTCATTCAAAAGGC
192 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAGAAGTCCACTTATAGCCACCCACTCATTCAAAAGGC
*
4712 TTATTACGCACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTAGTACATT
257 TTATTACGAACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTAGTACATT
* * * *
4777 TTTAGTTAAAACTGACTAGGATTGAATCTCTACCTTTAGAAACATGAAGGAAAAAATATTCATTA
322 TTTAGTTAAAACAGACTAGGATTGAATCTCTACCATGAGAAACATGAAGGAAAAAAAATTCATTA
* **
4842 GCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTT
387 GCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTT
* * ** *
4907 TATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAGTAGACTAG
452 TATAATCTCAAAACTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAC
* * * *
4968 AATTGAATGTCCATCTTGAA-AAACATGAAGAAACAAACATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
5032 TAGTCACCCATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATAATTGAT
64 TAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTA-AATTGAT
* * * * * *
5097 TTGAAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTGAACAACCTCTAATTGAATGTCTACCTCGAGAGA
128 TT-AAGTTGAATTTTTTTTATATTTTGGGTTAAACAAACTCTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
* * * * * *
5162 CGTAAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAGAAGTCCA-TTATAGTCACCCACTCCTTTAAAAGTC
192 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAGAAGTCCACTTATAGCCACCCACTCATTCAAAAGGC
* * * *
5226 TTATTACGAACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATT
257 TTATTACGAACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTAGTACATT
* *
5291 TTTAGTTAAAAGAGA-TGAGGATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAA-GAAAAAAGAATTCAT
322 TTTAGTTAAAACAGACT-AGGATTGAATCTCTACCATGAGAAACATGAAGGAAAAAA-AATTCAT
* * * *** * ** *
5354 TGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATGGT
385 TAGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGT
** * * *
5419 TTTATAATCTCAAAACTGATTT-TCTGTTCAAATT-TTTTTAC-TTTTCTGGTTAAAACATATTA
450 TTTATAATCTCAAAACTGATTTAAAT-TT-AAATTCTTTGTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTA
5481 C
512 C
* * * * *
5482 AATTGAATGTCTACCCTAAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGT-TCATATC
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAA-AAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTA
* * * * *
5546 TAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATTTTAAATTTGAT
64 TAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAA-TTGAT
* ** * * ** * *** **
5611 TTAAATTTGAATTCGTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGCATTGAATGTCTACCTTGAGAA
128 TT-AAGTTGAATTTTTTTTATATTTTGGGTT-AAACAAACTCTAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* * * * * *
5676 TCATGAAGAAAAATGTATTCATTCG-CAAGAAAAGTCCATTTAT
191 ACATAAAGAAAAAGGCATTCATT-GACAAGAGAAGTCCACTTAT
5719 TGTCACCTAT
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 108, Indels: 34
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 1 0.00
513 23 0.04
514 447 0.72
515 149 0.24
516 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (512 bp):
AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAATTGATTTA
AGTTGAATTTTTTTTATATTTTGGGTTAAACAAACTCTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATA
AAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAGAAGTCCACTTATAGCCACCCACTCATTCAAAAGGCTTAT
TACGAACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTAGTACATTTTTA
GTTAAAACAGACTAGGATTGAATCTCTACCATGAGAAACATGAAGGAAAAAAAATTCATTAGCAA
AAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCAAAACTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAC
Done.