Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400808.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3982.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 1714 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2786 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2511--4582 Score: 1468
Period size: 171 Copynumber: 12.1 Consensus size: 172
2501 NNNNNNNNNN
* * * *
2511 TTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTCTATT-AAATATATTATAATTGAATGTCTAACTTGGGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC
* * * *
2574 AT-TAAGTAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCC
66 ATGTAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCC
* * *
2638 TTATTACTTGATTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTCATT
131 TTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ***
2680 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAGTGTCTGCCTTAAAAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC
* * *
2745 ATGTAA-CAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCT
66 ATGTAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCC
* * * *
2809 TTATTACTCGATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATTATTCATT
131 TTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *** * * * * * * *
2851 TTAGGTTTAATTTTTTCACATTTTCGGTTAAAACAGA--AAGTACTTAAATATCTACTTTGAG-A
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAA--AATTGAATGTCTACCTTGGGAA
* * * * * ** * *
2913 A-ATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTCTTTGAAA
64 ACATGT-AAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
* * **
2977 GCCTTATTA-TTTACTTTAAATAGTTTTATTGTCTCATAATTGATT
128 GCCTTATTACTTGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
3022 TTAAGTTGAATTTTTTCACACTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAACGTCTACTTTAGGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC
* * *
3087 GTG-AAGCAAAAAG-CATCCATTGCCAACG-AAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAG
66 ATGTAAGC-AAAAGTCATCCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAG
* * *
3149 CCTCATT-CTTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATT
129 CCTTATTACTTGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * **
3193 TCAAGATGAATTTTTTTACATTTCTTGTTAAAATATATTAAAATTGAATG-CTTATCTTGAAAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGTC-TACCTTGGGAAA
* * * * *
3257 CATG-AAGCAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAATTACAGTTGCTTAATTCTTCGAAAGC
65 CATGTAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGC
* * * *
3321 CTTATTAATTGTTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGTTT
130 CTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** ** * ** *
3364 TTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAAGTGCAACCAGA-TAGTATGTGAATGTCTA-CTTTGGAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTAAAAT-TGAATGTCTACCTTGGGAA
* * * * * ** * *
3426 A-ATGCGAAG-AAAGAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTTCATCTATAGTCGCCCATG-CCTCGAA
64 ACATG-TAAGCAAA-AGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAA
* * * * *
3488 AGCCTTATTAC-TCACTTTCAATGGTTTCATAAACTCATAATTAATT
127 AGCCTTATTACTTGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
3534 TT-AGATTGAATTTTTTTAGATTTTTTGTT-AAATATAATATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAA
1 TTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTACCTTGGGAAA
* * * *
3597 CGTGT-AGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTCAAAAGC
65 CATGTAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGC
* ** * * *
3661 TTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATG
130 CTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *** * * * *
3704 TTACGTTGAATTTTTTCACATTTTCGGTTAAAACAGA-TAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAA-AATTGAATGTCTACCTTGGGAAA
* * * * * ** * * *
3768 CGTGT-AGAAAAAGTCAAT-CATT-G-ATAGAAAAAGTCCATATATAATCACCCATGCCTTTGAA
65 CATGTAAGCAAAAGTC-ATCCATTGGCA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAA
* * * * * *
3829 GGACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTAATT
127 AGCCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ** * * * *
3875 TTGAGTTAAATGTTTTGGCATTTTTTATTAAATTATATTATAATTGAACT-TCT-GCTATAGGAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAA-TGTCTACCT-TGGGAA
* * * * * * *
3938 ACATG-CAGCAAAAGGCATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAT
64 ACATGTAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAG
* * * * *
4002 TCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATT
129 CCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * * * *
4046 TTAAGTT-AAATTTTTTATGTTTTTAATTAAAATAGA-TAAGATTTGAATGTCTACATCGAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAA-AATTGAATGTCTACCTTGGGAAA
* * * * * * **
4109 CATG-AAGAAAAAGTCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATATATAGTC-ATCCA-TGCTTTCGAAA
65 CATGTAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGT-C-TTCGAAA
* * *
4171 GCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATT
128 GCCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
4216 TT-TGTTCAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATATATCATAATTGAATGTCT-GCTTGAGG-AA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTACCTTG-GGAAA
* * * * * * *
4278 -ATGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAGGTCAATTCATAGTTGCTTAAGACTTCGAAAT
65 CATGT-AAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAG
* * * * *
4342 CCTTCTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAAATGATT
129 CCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * * ** *
4386 TTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTGGTCAAAAGCATA-TAACATTTGAATGTCTACATCAGGAG
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-TATATTAA-AATTGAATGTCTACCTTGGGAA
* * * * * * * * *
4450 ACGTG-AAG-AAGCAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAA
64 ACATGTAAGCAA--AAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAA
* ** * *
4512 AGCCTTATTAC-TCACTTTAAATAATTTTATAATCT-AGCAATTCATT
127 AGCCTTATTACTTGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATT
* * *
4558 TTAAGTAGAATTGTTTTACAATTTT
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
4583 GGTTAAAACA
Statistics
Matches: 1482, Mismatches: 352, Indels: 135
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 85 0.06
170 423 0.29
171 830 0.56
172 130 0.09
173 8 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC
ATGTAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCC
TTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:3205 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 2511--4589 Score: 1437
Period size: 511 Copynumber: 4.1 Consensus size: 507
2501 NNNNNNNNNN
* * *
2511 TTAAGTTGAATTTTTTATATTTTCTATTAAATATATTATAATTGAATGTCTAACTTGGGAAACAT
1 TTAAGTTGAATTTTTTACATTTT-TGTTAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTT-GGAAACGT
* * * *
2576 TAAGTAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTA
63 GAAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * *
2641 TTACTTGATTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
128 TTACTTCATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTCAAGATGAATTTTTTTACATTTCTT
* * *
2706 ATTAAAATATATTAAAATTGAGTG-TCTGCCTTAAAAAACATGTAA-CAAAAGTCATCCATTGGC
193 ATTAAAATATATTAAAATTGAATGCT-TACCTTAAAAAACATG-AAGCAAAAGTCATCCATTAGC
* * * * * *
2769 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTG
256 AAGAAAAGTCCAATTACAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTAATCGATTTAAATGGATTTA
* * * ** *
2834 TAATCTCATTATTCATTTTAGGTTTAATTTTTTCACATTTTCGGTTAAAACAGAAAGTACT-TAA
321 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTAAGTGAAAACAGAAAGTA-TGTAA
* * *
2898 ATATCTACTTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA
385 ATATCTACTTTGGA-AAATGCGAAGAAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA
* * * * * *** *
2962 CCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTATTTACTTTAAATAGTTTTATTGTCTCATAATTGATT
449 CCCATG-CCTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAAACTCATAATTAATT
*
3022 TTAAGTTGAATTTTTTCACACTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAACGTCTACTTTAGGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTT-ACA-TTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTAC-TT-GGAAAC
* * *
3087 GTGAAGCAAAAAG-CATCCATTGCCAACG-AAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGC
61 GTGAAG-TAAAAGTCATCCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGC
* ** *
3150 CTCATT-CTTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTCAAGATGAATTTTTTTACAT
124 CTTATTACTTCA-TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTCAAGATGAATTTTTTTACAT
* * *
3214 TTCTTGTTAAAATATATTAAAATTGAATGCTTATCTTGAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATT
188 TTCTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGCTTACCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATT
** * * * *
3279 AGCAAGAAAAGTCCAATTACAGTTGCTTAATTCTTCGAAAGCCTTATTAATTGTTTTAAATGGAT
253 AGCAAGAAAAGTCCAATTACAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTAATCGATTTAAATGGAT
** * * * *
3344 TTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAAGTGCAACCAGATAGTATGT
318 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTAAGTGAAAACAGAAAGTATGT
* * * *
3409 GAATGTCTACTTTGGAAAATGCGAAGAAAGAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTTCATCTATAGTC
383 AAATATCTACTTTGGAAAATGCGAAGAAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTC
* * *
3474 GCCCATGCCTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTCATAAACTCATAATTAATT
448 ACCCATGCCTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAAACTCATAATTAATT
* * *
3534 TT-AGATTGAATTTTTTTAGATTTTTTGTTAAATATAATATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAAC
1 TTAAG-TTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGTTAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTGG-AAAC
* * * *
3598 GTGTAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTCAAAAGCTT
61 GTGAAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCT
* * *
3663 TATTAC-TCAATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATGTT-ACGTTGAATTTTTTCACATT
126 TATTACTTC-ATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCAT-TTCAAGATGAATTTTTTTACATT
** * * * * *** * * *
3726 T-TCGGTTAAAACAGA-TAATATTTGAATG-TCTACATTGGGAAACGTGTAGAAAAAGTCAAT-C
189 TCT-TATTAAAATATATTAA-AATTGAATGCT-TACCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGTC-ATCC
** * * ** * * * * *
3787 ATT-G-ATAGAAAAAGTCCATATATA-A-TCACCCATGCCTTTGAAGGACTTATTACTAGCTTTA
250 ATTAGCA-AG-AAAAGTCCA-AT-TACAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTAATCGATTTA
* * * * * * ** * * *
3848 AATGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTGAGTTAAATGTTTTGGCATTTTTTA-TTAAATTATA
311 AATGGATTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTCACA-TTTTAAGTGAAA--ACA
* * * * * * * *
3912 TTATAA-T-TG-AACT-TCTGCTATAGGAAACATGC--AGCAAAAGGCATTCATTCGTAAGAAAA
373 -GA-AAGTATGTAAATATCTACT-TTGGAAA-ATGCGAAGAAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAA
* * ** * * * ** * * * **
3971 GTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAATTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTC
434 GTCCATCTATAGTCACCCATG-CCTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAAACTC
4036 ATAATTAATT
498 ATAATTAATT
* ** * * * * * * *
4046 TTAAGTTAAATTTTTTATGTTTTTAATTAAAATAGATAAGATTTGAATGTCTACATCGAGAAACA
1 TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-GTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTAC-TTG-GAAACG
* * * * * * **
4111 TGAAGAAAAAGTCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATATATAGTC-ATCCA-TGCTTTCGAAAGCC
62 TGAAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGT-C-TTCGAAAGCC
* * * ** * * *
4174 TTATTACTTGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTT-TTGTTCAATTTGTTTACATT
125 TTATTACTT-CATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTCAAGATGAATTTTTTTACATT
* * * * * **
4237 TTTTATTAAAATATATCATAATTGAATG-TCT-GCTTGAGGAA-ATGTAAAGCAAAAGTCATCCA
189 TCTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGCT-TACCTTAAAAAACATG--AAGCAAAAGTCATCCA
* * ** * * * * * * *
4299 TT-GACAAGAAAGGT-CAATTCATAGTTGCTTAAGACTTCGAAATCCTTCTTACTTGCTTTAAAT
251 TTAG-CAAGAAAAGTCCAATT-ACAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTAATCGATTTAAAT
* * * * * ** * *
4362 GGTTTTATAAACTCAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTTGTT-ACATTTTTGGTCAAAAGCATATA
314 GGATTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTT-TTCACATTTTAAGTGAAAA-CAGA-A
* * * * ** * * * * * * * * *
4426 A-CATTTGAATGTCTACATCAGG-AGACGTGAAGAAGCAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
376 AGTATGTAAATATCTAC-TTTGGAAAATGCGAAGAA-AAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCA
* * * * *
4488 TCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCT-AGCAA
439 TCTATAGTCACCCATGCC-TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAAACTCA-TAA
*
4552 TTCATT
502 TTAATT
* *
4558 TTAAGTAGAATTGTTTTACAATTTTGGTTAAA
1 TTAAGTTGAATT-TTTTAC-ATTTTTGTTAAA
4590 ACAAATAATA
Statistics
Matches: 1240, Mismatches: 259, Indels: 137
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 12 0.01
510 42 0.03
511 439 0.35
512 350 0.28
513 379 0.31
514 16 0.01
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTGGAAACGTGAA
GTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTA
CTTCATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTCAAGATGAATTTTTTTACATTTCTTATT
AAAATATATTAAAATTGAATGCTTACCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCAAGAA
AAGTCCAATTACAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTAATCGATTTAAATGGATTTATAATC
TCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTAAGTGAAAACAGAAAGTATGTAAATATCT
ACTTTGGAAAATGCGAAGAAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGC
CTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAAACTCATAATTAATT
Found at i:3618 original size:853 final size:853
Alignment explanation
Indices: 2584--4238 Score: 2115
Period size: 853 Copynumber: 1.9 Consensus size: 853
2574 ATTAAGTAAA
* * * ** * *
2584 AGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGA
1 AGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCGCCCAAGTCCTCGAAAGCCTTATTACTTCA
** * * *
2649 TTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAT
66 TTTAAATGATTTCATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAAT
* * *
2714 ATATTAAAATTGAGTGTCTGCCTTAAAAAACATGTAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
131 ATAATAAAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGTAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
2779 CATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATT
196 CATTTATAATCACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
* * * *
2844 ATTCATTTTAGGTTTAATTTTTTCACATTTTCGGTTAAAACAGA-AAGTACTTAAATATCTACTT
261 ATTCATGTTACGTTGAATTTTTTCACATTTTCGGTTAAAACAGATAA-TACTTAAATATCTACAT
* * * * * *
2908 TGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTCTT
325 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCAATCATTGATAGA-AAAAGTCCATATATAATCACCCATGCCTT
* * * * * *
2972 TGAAAGCCTTATTATTTA-CTTTAAATAGTTTTATTGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
389 TGAAAGACTTATTA-CTAGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTT
* * *
3036 TTCACACTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAACGTCTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGC
453 TTCACACTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAACGTCTACTATAGGAAACATGAAGCAAAAAGC
3101 ATCCATT-GCCAACG-AAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTCATT-CTTCACT
518 ATCCATTCG-CAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTCATTAC-TCACT
* * *
3163 TTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTCAAGATGAATTTTTTTACATTTCTT-GTTAAAAT
580 TTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAATTTCAAG-TGAAATTTTTTACATTT-TTAATTAAAAT
* * *
3227 ATATTAA-AATTGAATG-CTTATC-TTGAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAAA
643 AGA-TAAGAATTGAATGTC-TA-CATCGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAAA
* * * *
3289 GTCCA-ATTACAGTTGC-TTAATTC-TTCGAAAGCCTTATTAATTGTTTTAAATGGATTTATAAT
705 GTCCATA-TACAG-T-CATCAATGCTTTCGAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATAGATTTATAAT
* *
3351 CTCATAATTGT-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAAGTGCAACCAGATAGTATGTGAATGT
767 CTCATAATT-TATTTT-AGTTCAATTTGTTTACATTTTAAGTGCAACCAGATAGTATGTGAATGT
3415 CTACTTTGGAAAATGCGAAGAAAG
830 CTACTTTGGAAAATGCGAAGAAAG
*
3439 AGTCATCCATTAGTAAGAAAAGT-TCATCTATAGTCGCCCATG-CCTCGAAAGCCTTATTAC-TC
1 AGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCT-ATCTATAGTCGCCCAAGTCCTCGAAAGCCTTATTACTTC
* * *
3501 ACTTTCAATGGTTTCATAAACTCATAATTAATTTT-AGATTGAATTTTTTTAGATTTTTTGTT-A
65 A-TTTAAATGATTTCATAAACTCATAATTAATTTTAAG-TTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAA
* * ** * **
3564 AATATAATATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACGTGTAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAA
128 AATATAATAAAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGTAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAA
*
3629 GTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTGTAATCTC
193 GTCCATTTATAATCACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTGTAATCTC
* * *
3694 ATAATTCATGTTACGTTGAATTTTTTCACATTTTCGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAC
258 ATAATTCATGTTACGTTGAATTTTTTCACATTTTCGGTTAAAACAGATAATACTTAAATATCTAC
* *
3759 ATTGGGAAACGTGTAGAAAAAGTCAATCATTGATAGAAAAAGTCCATATATAATCACCCATGCCT
323 ATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCAATCATTGATAGAAAAAGTCCATATATAATCACCCATGCCT
* * *
3824 TTGAAGGACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTGAGTTAAATGTT
388 TTGAAAGACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTT
** * * * * * *
3889 TTGGCATTTTTTATTAAATTATATTATAATTGAACTTCTGCTATAGGAAACATGCAGCAAAAGGC
453 TTCACACTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAACGTCTACTATAGGAAACATGAAGCAAAAAGC
* * ** * *
3954 ATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAATTCTTATTACTCGCTTTA
518 ATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTCATTACTCACTTTA
* * * * **
4019 AATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATGTTTTTAATTAAAATAGATA
583 AATGGTTTCATAATCTCATAATTAATTTCAAGTGAAATTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATA
* * * * *
4084 AGATTTGAATGTCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATAT
648 AGAATTGAATGTCTACATCGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATAT
* * * *
4149 ATAGTCATCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTA
713 ACAGTCATCAATGCTTTCGAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTTA
*
4214 TTTTTGTTCAATTTGTTTACATTTT
778 TTTTAGTTCAATTTGTTTACATTTT
4239 TTATTAAAAT
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 99, Indels: 38
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
850 1 0.00
851 30 0.04
852 126 0.18
853 421 0.62
854 72 0.11
855 34 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (853 bp):
AGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCGCCCAAGTCCTCGAAAGCCTTATTACTTCA
TTTAAATGATTTCATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAAT
ATAATAAAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGTAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAATCACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
ATTCATGTTACGTTGAATTTTTTCACATTTTCGGTTAAAACAGATAATACTTAAATATCTACATT
GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCAATCATTGATAGAAAAAGTCCATATATAATCACCCATGCCTTTG
AAAGACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTC
ACACTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAACGTCTACTATAGGAAACATGAAGCAAAAAGCATC
CATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT
GGTTTCATAATCTCATAATTAATTTCAAGTGAAATTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATAAGA
ATTGAATGTCTACATCGAAAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATATACA
GTCATCAATGCTTTCGAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTTATTT
TAGTTCAATTTGTTTACATTTTAAGTGCAACCAGATAGTATGTGAATGTCTACTTTGGAAAATGC
GAAGAAAG
Found at i:3942 original size:682 final size:671
Alignment explanation
Indices: 2529--4533 Score: 1808
Period size: 682 Copynumber: 2.9 Consensus size: 671
2519 AATTTTTTAT
* * *
2529 ATTTTCTATTAAATATATTATAATTGAA-TGTCTAACTTGGGAAACATTAAGTAAAAGTCATCCA
1 ATTTTTTATTAAATATATTATAATTGAACT-TCT--CTT-GGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA
* *
2593 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAAT-G
62 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGG
* * * * * *
2657 ATTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTAAA
127 A-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAATTAAAATAGA-T-AG
* * ** * * * * *
2722 ATTGAGTGTCTGCCTTAAAAAACATGTAACAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
188 ATTGAATGTCT-ACTTAGGAAACATGGAAGAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATA
** * * * * * *
2787 GTCACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATTATTCATT
252 GTCACCCATG-CTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
* * ** * * * * * *
2851 TTAGGTTTAATTTTTTCACATTTTCGGTTAAAACAGAAAGTACTTAAATATCTACTTTGAGAAAT
315 TTA-GTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATA-TAATTGAATGTCTACTTGGA-AAAT
* * * * ** * *
2916 GTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCCT
377 GTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCT
* * **
2981 TATTATTTACTTTAAATAGTTTTATTGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACACTTT
442 TATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACA-TTT
* * * * * * *
3046 TTGTTAAAATATATTATAATTGAACGTCTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCATCCATTGCC
506 TGGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCATCCATTGAC
* * * * ** * *
3111 AACGAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTCATTCTTCACTTTAAATGGTTTCA
571 AACAAAAGTCCATATATAATCACCCAAGCCTTTGAAAGACTCATTCTTCACTTTAAATGGTTTCA
* * * *
3176 TAATCTCATAATTGATTTCAAGATGAATTTTTTTAC
636 TAATCTCATAATTAATTTCAAGATAAATGTTTTGAC
* * * * *
3212 ATTTCTTGTTAAAATATATTAAAATTGAATGCTTATCTTGAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA
1 ATTTTTTATT-AAATATATTATAATTGAA--CTTCTCTTG-GAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA
* * * * * *
3277 TTAGCAAGAAAAGTCCAATTACAGTTGCTTAATTCTTCGAAAGCCTTATTAATTGTTTTAAATGG
62 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGG
** ** **
3342 ATTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAAGTGCAACCAGATAGTAT
127 ATTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAA-TTAAAATAGATAG-AT
* * *
3407 GTGAATGTCTACTTTGGAAA-ATGCGAAGAAAGAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTTCATCTATA
190 -TGAATGTCTACTTAGGAAACATG-GAAGAAA-AGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATA
* * * * *
3471 GTCGCCCATGCCTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTCATAAACTCATAATTAATTTT
252 GTCACCCATGCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* * * *
3536 AGATTGAATTTTTTTAGATTTTTTGTTAAATATA-ATATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACGT
317 AG-TTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA-ATAGATATAATTGAATGTCTA-CTTGGAAAATGT
* * * * *
3600 GTAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTCAAAAGCTTTA
379 GAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * *
3665 TTACTCAATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATGTTACGTTGAATTTTTTCACATTTTCG
444 TTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTT-G
* * * *
3730 GTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACGTGTAG-AAAAAGTCAAT-CATTGAT
508 GTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAAG-C-ATCCATTGAC
* * *
3793 AGA-AAAAGTCCATATATAATCACCCATGCCTTTGAAGGACTTATTAC-T-AGCTTTAAATGGTT
571 A-ACAAAAGTCCATATATAATCACCCAAGCCTTTGAAAGACTCATT-CTTCA-CTTTAAATGGTT
* * ** * *
3855 TTATAGTCTCATAATTAATTTTGAGTTAAATGTTTTGGC
633 TCATAATCTCATAATTAATTTCAAGATAAATGTTTTGAC
* * *
3894 ATTTTTTATTAAATTATATTATAATTGAACTTCTGCTATAGGAAACATGCAGCAAAAGGCATTCA
1 ATTTTTTATTAAA-TATATTATAATTGAACTTCT-CT-T-GGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA
* * * ** * *
3959 TTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAATTCTTATTACTCGCTTTAAATGG
62 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGG
* * * **
4024 TTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATGTTTTTAATTAAAATAGATAAGAT
127 ATTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTAATTAAAATAGAT-AGA-
* * * *
4088 TTGAATGTCTACATCGAGAAACAT-GAAGAAAAAGTCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATATATA
189 TTGAATGTCTACTTAG-GAAACATGGAAG-AAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATA
* ** * *
4152 GTCATCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTT
252 GTCACCCATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
* * * * * *
4217 TTGTTCAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATATATCATAATTGAATGTCTGCTTGAGGAAATGT
316 TAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAT-ATAATTGAATGTCTACTTG-GAAAATGT
* * * * * * * * * *
4282 AAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAGGTCAATTCATAGTTGCTTAAGACTTCGAAATCCTTC
379 GAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
4347 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTTGTT-ACATTTTT
444 TTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTCACA-TTTT
* * * * * * * *
4411 GGTCAAAAGCATATAACATTTGAATGTCTACATCAGGAGACGTGAAG-AAGCAACCATTCATTGG
507 GGTTAAAA-CATATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAA-AAAGCATCCATTGA
* * * * * * * * *
4475 CAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAAT
570 CAACAAAAGTCCATATATAATCACCCAAGCCTTTGAAAGACTCATT-CTTCACTTTAAAT
4534 AATTTTATAA
Statistics
Matches: 1063, Mismatches: 217, Indels: 84
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 7 0.01
681 116 0.11
682 549 0.52
683 201 0.19
684 185 0.17
685 2 0.00
686 2 0.00
687 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (671 bp):
ATTTTTTATTAAATATATTATAATTGAACTTCTCTTGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAG
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGGATTT
ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAATTAAAATAGATAGATTGAATG
TCTACTTAGGAAACATGGAAGAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCAT
GCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGTTCAATT
TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATATAATTGAATGTCTACTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGTC
ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTGGTTAAAACATATA
ATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCATCCATTGACAACAAAAGTCCATAT
ATAATCACCCAAGCCTTTGAAAGACTCATTCTTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAA
TTTCAAGATAAATGTTTTGAC
Found at i:4522 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2514--4582 Score: 1734
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 340
2504 NNNNNNNTTA
* * * *
2514 AGTTGAATTTTTTATATTTTCTATT-AAATATATTATAATTGAATGTCTAACTTG-GGAAACATT
1 AGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGGAAACGTG
* * * *
2577 AAGTAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTAT
66 AAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
2642 TACTTGATTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
131 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTA
* * * * * * ** * *
2707 -TTAAAATATATTAA-AATTGAGTGTCTGCCTTAAAAAACATGTAA-CAAAAGTCATCCATTGGC
194 GTTAAAACAGA-TAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTG-AAGAAAAAGTCATCCATTGGC
* * * * * *
2769 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTT
257 AAGAAAAGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTT
* * *
2833 GTAATCTCATTATTCATTTT
321 ATAATCTCATAATTAATTTT
* *** * * * * * *
2853 AGGTTTAATTTTTTCACATTTTCGGTTAAAACAGA-AAGTACTTAAATATCT-ACTTTGA-GAAA
1 A-GTTGAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAATATATTA-TAATTGAATGTCTAAC-TTGAGGAAA
* * * * * * ** * *
2915 TGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCC
62 CGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCC
* * * **
2980 TTATTATTTACTTTAAATAGTTTTATTGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACACTT
127 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACA-TT
* * * * * *
3045 TTT-GTTAAAATATATTATAATTGAACGTCTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAG-CATCCATT
190 TTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATCCATT
* * * * * * * *
3108 GCCAACG-AAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTCATT-CTTCACTTTAAATGG
254 GGCAA-GAAAAGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGG
* * *
3171 TTTCATAATCTCATAATTGATTTCA
317 TTTTATAATCTCATAATTAATTT-T
* * * * * * *
3196 AGATGAATTTTTTTACATTTCTTGTTAAAATATATTAAAATTGAATG-CTTATCTTGA-AAAACA
1 AGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TAACTTGAGGAAACG
* * * * *
3259 TGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAATTACAGTTGCTTAATTCTTCGAAAGCCTT
64 TGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTT
* * * * *
3324 ATTAATTGTTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTA
129 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT
** * * * * * * * * *
3389 AGTGCAACCAGATAGTATGTGAATGTCTAC-TTTGGAAAATGCGAAGAAAGAGTCATCCATTAGT
193 AGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGC
* * * * * *
3453 AAGAAAAGTTCATCTATAGTCGCCCATGCC-TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTCA
257 AAGAAAAGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
*
3517 TAAACTCATAATTAATTTT
322 TAATCTCATAATTAATTTT
* * * * * *
3536 AGATTGAATTTTTTTAGATTTTTTGTT-AAATATAATATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAAACG
1 AG-TTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGGAAACG
* * * * *
3599 TGTAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTCAAAAGCTTT
64 TGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTT
*** * * * * *
3664 ATTACTCAATTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATGTTACGTTGAATTTTTTCACATTTTC
129 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTT
* * *
3729 GGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACGTGTAGAAAAAGTCAAT-CATT-G-
193 AGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATCCATTGGC
* * * * *
3791 ATAGAAAAAGTCCATATATAATCACCCATGCCTTTGAAGGACTTATTACT-AGCTTTAAATGGTT
257 A-AG-AAAAGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTT
*
3855 TTATAGTCTCATAATTAATTTT
319 TTATAATCTCATAATTAATTTT
* ** * *
3877 GAGTTAAATGTTTTGGCATTTTTTATTAAATTATATTATAATTGAACT-TCT-GCTAT-AGGAAA
1 -AGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAA-TGTCTAACT-TGAGGAAA
* * * * * * * **
3939 CATGCAGCAAAAGGCATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAATTC
62 CGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCC
* * * * **
4004 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATGTTTT
127 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
* * * * * * *
4069 TAATTAAAATAGATAAGATTTGAATGTCTACA-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTTG
192 TAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGG
* * ** *
4133 TAAGAAAAGTCCATATATAGTCATCC-ATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
256 CAAGAAAAGTCCATATATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
*
4197 TATAATCTCATAATTTATTTT
320 TATAATCTCATAATTAATTTT
* * * * *
4218 TGTTCAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAATATATCATAATTGAATGTCT-GCTTGAGGAAATGT
1 AGTTGAATTT-TTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGGAAACGT
* * * * * * * * *
4282 AAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAGGTCAATTCATAGTTGCTTAAGACTTCGAAATCCTTC
65 GAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
4347 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAAATGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTG
130 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTA
* * * * * * * *
4412 GTCAAAAGCATATAACATTTGAATGTCTACATCAGGAGACGTGAAGAAGCAA-CCATTCATTGGC
194 GTTAAAA-CAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGAA-AAAGTCATCCATTGGC
* * **
4476 AAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTA
257 AAGAAAAGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
4541 TAATCT-AGCAATTCATTTT
322 TAATCTCA-TAATTAATTTT
* *
4560 AAGTAGAATTGTTTTACAATTTT
1 -AGTTGAATT-TTTTACATTTTT
4583 GGTTAAAACA
Statistics
Matches: 1391, Mismatches: 281, Indels: 112
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 14 0.01
340 360 0.26
341 311 0.22
342 662 0.48
343 42 0.03
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGGAAACGTG
AAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTAT
TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGT
TAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGA
AAAGTCCATATATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTAATTTT
Found at i:5529 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5235--6451 Score: 922
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 171
5225 NNAGTTAAAT
* * ***
5235 TTTTTTACATTTTT-GATTAAAACATATAAT-ATCTAAATGTCTATC-TCAAGAAACATGAAGAA
1 TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACATATTATAAT-TGAATGTCTA-CATTGGGAAACATGAAGAA
* * ** * *
5297 AAAGCT-ATTCATTGGCAAGGAAGGTCCATTTGA-AGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTAC
63 AAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
* *
5360 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA
127 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
5405 TTTTTTCACACATTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTTC-TTGGGAAACATGAAGCA
1 TTTTTT-ACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATG-TCTACATTGGGAAACATGAAGAA
* * * *
5468 AAA-CTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTTAGGTCTTCGAAAGCCTTATTAGT
63 AAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
5532 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAT-AA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAA
* * * * * **
5576 TGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCT-GGAAATGTGAATG-A
1 T-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACAT-TGGGAAACATGAA-GAA
* * * * * * *
5639 AAA--TCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACTTAAGTATTCGGAAGCCTTAGTACT
63 AAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACT
** * * *
5702 CGCTTTAAATAATTTTATAATTTCATTATTAATTTTAAGTTGAA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * * *
5746 TTTATTTGTA-TTTTAGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACTTGAAGAAA
1 TTT-TTTACATTTTTA-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGAAA
* * * ** * * * * *
5810 AAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATCACTT
64 AAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
5874 GCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTACA-TTAAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAA
** * * * * ** ***
5917 TTTTTTACATTTTTAGTGCAACCAGA-TAGTATTTGAATGTCTACGTCAGGAAGTGTGATAG-AA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTA-TAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGA-AGAAA
* * * *
5980 AAGC-CAATCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
64 AAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* ** * *
6044 ACTTTAAATTATTTTTTAATCTTC-TAATTGATTTTTAGTTGAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
6087 TGTTTTTACAGTTTTT-GTTAAAGA-ATATTGTAATTGAATATTTTCCTTGAGAAACATGAAGCA
1 T-TTTTTACA-TTTTTAGTTAAA-ACATATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGAA
* * * * ** * * *
6150 AAAG-TCATGCTTTGGTAAGAAAAG-CCTATTTATGGTTGCTTAAGTCATCTAAAGCCTTATTAC
63 AAAGCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
6213 TCGCTTTATATGGTTTTAGAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAT
127 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAA
* * * * * * ** *
6259 TTTTTTATATTTTTGGATAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAGGAAACCT-AACGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAA-GAAAA
* * ** *
6323 AGC-CATTCATTGGCAAAGAAAAGTCCATCTATAATCACCCATGTCGTCGAAAGCCTTATTACTC
65 AGCTCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTC
** * * *
6387 ATTTTAAATGGATTTATAATCCCATAATTGATTTTTAGTTGAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
*
6430 TGTTTTTATAATTTTTA-TTAAA
1 T-TTTTTA-CATTTTTAGTTAAA
6452 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 816, Mismatches: 188, Indels: 84
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 279 0.34
171 413 0.51
172 106 0.13
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGAAAAA
GCTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:5994 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 5343--6436 Score: 856
Period size: 341 Copynumber: 3.2 Consensus size: 339
5333 CACCCATGCC
* * *
5343 TTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * *
5408 TTTCACACATTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTTCTTGGGAAACATGAAGCAAAACT
66 TTT--CACATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTCTACTAGGGAAACATGAAGAAAAACT
* * ** * * * *
5473 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTTAGGTCTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTT
129 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCCTT
* * *
5538 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTATAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATG
194 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTATAATGTTTTTACATTTTTAGTGAAAACATG
* * * * *
5603 TTATAATTGAATGTCTGCCTCTGGAAATGTGAATGAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
259 ATATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAATGAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATC
* *
5668 TATGGTCACTTAAGTA
324 TATAGTCACTTAAGCA
* * * *
5684 TTCGGAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATTTCATTATTAATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * *
5749 ATTT-GTATTTTAGGTTAAAACAGATAATATTTGAATG-TCTACATAGGGAAACTTGAAGAAAAA
66 -TTTCACATTTT--GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTCTAC-TAGGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
5812 GGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATCACTTG
127 -CTCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCAATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCG
* * *
5875 CCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTACATTA-AAT-TTTTTACATTTTTAGTGCAA
190 CCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTATAATGTTTTTACATTTTTAGTGAAA
* * * *
5938 CCA-GATAGTATTTGAATGTCTACGTCAGGAAGTGTG-ATAGAAAAGCCAAT-CATTGGCAAGAA
254 ACATGATA-TAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAT-GAAAA-CC-ATCCATTGGCAAGAA
* * * *
6000 AAGTCTATCTATAGTCACTTATGCC
315 AAGCCCATCTATAGTCACTTAAGCA
* * * *
6025 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTTTAATCTTC-TAATTGATTTTTAGTTGAATG
1 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-
* ** * * * * * *
6089 TTTTT-ACAGTTTTTGTTAAAGA-ATATTGTAATTGAATATTTTCCTTGAGAAACATGAAGCAAA
64 TTTTTCACA--TTTTGTTAAA-ACAGATAATAATTGAATGTTCTACTAGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * * ** ** * * * * *
6152 AGTCATGCTTTGGTAAGAAAAGCCTATTTATGGTTGCTTAAGTCATCTAAAGCCTTATTACTCGC
126 ACTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGC
* * * * * * *
6217 TTTATATGGTTTTAGAAGCTCATAATTGATTTTAAGT-TAGATTTTTTTATATTTTTGGAT-AAA
191 CTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTATA-ATGTTTTTACATTTTTAG-TGAAA
* * ** * *
6280 ACA-GATAATATTTGAATGTCTACATCAGGAAACCT-AACGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAGAA
254 ACATGAT-ATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAATG-AAAA-CCATCCATTGGC-AAGAA
* * ** *
6343 AAGTCCATCTATAATCACCCATGTC-
315 AAGCCCATCTATAGTCACTTAAG-CA
* ** * ** *
6368 GTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGA-TTTATAATCCCATAATTGATTTTTAGTTGAATG
1 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-
6432 TTTTT
64 TTTTT
6437 ATAATTTTTA
Statistics
Matches: 606, Mismatches: 116, Indels: 60
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 10 0.02
340 55 0.09
341 371 0.61
342 79 0.13
343 89 0.15
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTCACATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTCTACTAGGGAAACATGAAGAAAAACTCA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCAATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCCTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTATAATGTTTTTACATTTTTAGTGAAAACATGAT
ATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAATGAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATCTA
TAGTCACTTAAGCA
Found at i:10197 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9459--10198 Score: 875
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 339
9449 NNNNNTAACA
* * * * * *
9459 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATCAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAGT
1 AAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAT
* * * * *
9524 AACGCTTCTAAAGGTATGGGTGACCATAGATGGGCTCTTCTCGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTA
65 AAAGCTTCTAAAGGTATGGGTGACCATAGATGGACTCTTCTCACCAATGAATGGCCTTTTCTTCA
* *
9589 TGTTTCTCAATGCAAACATTCAAATATTATTTGTTTGACCAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA
130 CGTTTCTCAATGCAAACATTCAAATATTATTTGTTTAACCAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA
* * * *
9654 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATATTAAATCTTTCGAAGCCATAGGTGACTA
195 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTTCGAAGCCATAGGTAACTA
* *
9719 TAAATGGACTTTTTTTACCAATGATTGCCTTTCTCTATACGTATCCTGATGTAGACATTCAAATA
260 TAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTGCTCTATACGTATCCTGATGTAGACATTCAAATA
* *
9784 TTTTAAGTTTTATAT
325 TTATAAGTTTTATAC
* *
9799 AAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAATAAT
1 AAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAT
* * * * * *
9864 AAAGCTT-TCGAAGGTATGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTACTAATGAATGGCCTTTTCTTC
65 AAAGCTTCT-AAAGGTATGGGTGACCATAGATGGACTCTTCTCACCAATGAATGGCCTTTTCTTC
* * **
9928 ACGTTTCTTAATGTAAACATTCAAATATTATTTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCTGCTT
129 ACGTTTCTCAATGCAAACATTCAAATATTATTTG-TTTAACCAAAA-TGTAAAACAATTCAACTT
* ** * * *
9993 AAAATGAATTACT-AGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGT
192 AAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTTCGAAGCCATAG-GT
* * * * *
10056 AACTTTAGATGGACTTTTCTTT-CCAATGAATG-GTTGCTTCT-TCATGTCTCCTGATGTAGACA
255 AACTATAAATGGACTTTT-TTTACCAATGAATGCCTTGC-TCTAT-ACGTATCCTGATGTAGACA
* *
10118 TTCAAATGTTATATGTTTT-TGACC
317 TTCAAATATTATAAGTTTTAT-A-C
* *
10142 AAAAATGTAACAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTAT-AAACCATTTAAAGC
1 AAAAATGTAA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
10199 AAGTAAGAAG
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 51, Indels: 20
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 138 0.41
341 16 0.05
342 141 0.42
343 42 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
AAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATA
AAGCTTCTAAAGGTATGGGTGACCATAGATGGACTCTTCTCACCAATGAATGGCCTTTTCTTCAC
GTTTCTCAATGCAAACATTCAAATATTATTTGTTTAACCAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGCTTTCGAAGCCATAGGTAACTAT
AAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTGCTCTATACGTATCCTGATGTAGACATTCAAATAT
TATAAGTTTTATAC
Found at i:10446 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9460--10875 Score: 792
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 169
9450 NNNNTAACAA
* * * * * * *
9460 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATCAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAGTA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * * * * * * * *
9525 ACGCTTCTAAAGGTATGGGTGACCATAGATGGGCTCTTCTCGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTAT
66 AGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCAC
* * * * * * **
9590 GTTT-CTCA-ATGCAAACATTCAAATATTATTTGTTTGA-CC
130 GTTTCCTCAGAT--AGACATTCAATTATAATATATTTAATAG
* * * * *
9629 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TATT
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-CAAGTAAT
** * * * * * *
9693 AAATCTTTCGAAGCCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGATTGCCTTTCT-CTAT
65 AAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT-TGCT-T
* * * **
9757 -ACGTATCCTGATG-TAGACATTCAAATATTTTA-AGTTTTATATA-
127 CACGTTTCCTCA-GATAGACATTCAATTATAATATA--TTTA-ATAG
* * * ** *
9800 AAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAA-TAAT
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-CAAGTAAT
* * * * * * * *
9864 AAAGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTACTAATGAATGGCCTTTT-CTTC
65 AAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTGCTTC
* * * * * * * *
9928 ACGTTTCTTAATG-TAAACATTCAAATATTATTTGTTTTAACCA-
128 ACGTTTCCTCA-GATAGACATTCAATTATAATAT-ATTTAA-TAG
* * * ** * ** *
9971 AAACTGTAAAACAATTCTGCTTAAAATGAATTACT-AGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * *
10035 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTAACTTTAGATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG-GTTGCTT-CTT
65 AAGGCTTTTGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT--TTGCTT
* * * * * **
10098 CATGTCTCCTGATG-TAGACATTCAAATGT-TATATGTTTTTGACCA-
127 CACGTTTCCTCA-GATAGACATTC-AAT-TATA-ATATATTT-AATAG
* * * * * * *
10143 AAAATGTAACAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTAT-AAACCATTTAAAGCAAGTAAGA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATA
* ** * * * * * ** * * * * *
10207 AGGATTTCAAAGTCTTAAGCGACTATGAATTAACCTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTTAT
66 AGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCAC
* * *
10272 GTTTCCTCAGACAGACATTCAATTATGATATATTTCAATAA
130 GTTTCCTCAGATAGACATTCAATTATAATATATTT-AATAG
* * * * * *
10313 AAAATATAAACAAATTGAAC-GAAATTCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * *
10377 AAGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATATATGAACTTTTCTTACAAATGAATGACTTTTTCTTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGCATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCAC
* * * *
10442 GTTT-CT-TG-TAGACATTCAAATATTAT-TGATTTTAATTG
130 GTTTCCTCAGATAGACATTCAATTATAATAT-A-TTTAATAG
* * * * ***
10480 AAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAATTGAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATA
* * * *
10545 AGGCTTTCGAAGACTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAA-GAATTTTGCTTCA
66 AGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGACTTTTGCTTCA
10609 CGTTTCC-CAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTAATAG
129 CGTTTCCTC-AGATAGACATTCAATTATAATATATTTAATAG
*
10650 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCAATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * *
10715 AGGCCTTCT-AAGGCATGGGTGACTATAGATGGATTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCA
66 AGG-CTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCA
* * * * * * * *
10779 CATTTCCTGAAAAAGACATTCAAATACT-ATTTGGTTTCATCA-
129 CGTTTCCTCAGATAGACATTCAATTA-TAATAT-ATTTAAT-AG
* * * *
10821 AAAATGT-AAAAAATTCAA-TCTAAAAT-AAATATAAGATAATAAAACAATTTAAAGC
1 AAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC
10876 GATTAACAAA
Statistics
Matches: 982, Mismatches: 215, Indels: 100
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 36 0.04
168 90 0.09
169 181 0.18
170 258 0.26
171 360 0.37
172 51 0.05
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCACG
TTTCCTCAGATAGACATTCAATTATAATATATTTAATAG
Found at i:10643 original size:338 final size:337
Alignment explanation
Indices: 9459--10833 Score: 1066
Period size: 338 Copynumber: 4.0 Consensus size: 337
9449 NNNNNTAACA
* * * * * *
9459 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATCAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAGT
1 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * * * * * *
9524 AACGC-TTCTAAAGGTATGGGTGACCATAGATGGGCTCTTCTCGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTT
65 AAGGCTTTC-GAAGCT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAA-GACTTTTGCTT
* * * * * * * * ** * *
9587 TATGTTTCTCAATGCA-A-ACATTCAAATATTATTTGTTTGA-CCAAAATGTAAA-ACAATTCAA
127 CACGTTTCCCAA-G-ATAGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAAATATAAACA-AATTGAA
* * * * *
9648 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TATTAAATCTTTCGAAGCCATAG
189 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-CAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAT-G
* * * * * *
9712 G-TGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGATTGCCTTTCTCTAT-ACGTATCCTGATGTAGAC
252 GATGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCT-TCATGTATCCT-ATGTAGAC
*
9775 ATTCAAATATT-TTAAGTTTTATAT
315 ATTCAAATATTATTGA-TTTTAT-T
* * *
9799 AAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAATAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * * *
9864 AAAGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAGATGGACTTTTTTTACTAAT-GAATGGCCTTTT-CTT
65 AAGGCTTTCGAAGCT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAA--GACTTTTGCTT
** * * * * * ** * * *
9927 CACGTTTCTTAATG-TAAACATTCAAATATTATTTGTTTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCTG-
127 CACGTTTCCCAA-GATAGACATTCAATTATAATAT-ATTTAATAAAAAATAT-AAACAAAT-TGA
* * * *
9990 -CTTAAAATGAATTACT-AGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-
188 ACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * *
10052 GAGTAACTTTAGATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG-GTTGCTTCTTCATGTCTCCTGATGTAGA
252 GA-TGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTT-TTTCTTCATGTATCCT-ATGTAGA
* * **
10116 CATTCAAATGTTATATGTTTTTGACC
314 CATTCAAATATTAT-TGATTTT-ATT
* * * ** *
10142 AAAAATGTAACAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAACCATTTAAAGCAAGTAAGA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * ** * * * * *
10207 AGGATTTCAAAGTCTTAAGCGACTATGAATTAACCTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTTAT
66 AGGCTTTCGAAG-CTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAAGACTTTTGCTTCAC
* * *
10272 GTTTCCTC-AGACAGACATTCAATTATGATATATTTCAATAAAAAATATAAACAAATTGAAC-GA
130 GTTTCC-CAAGATAGACATTCAATTATAATATATTT-AATAAAAAATATAAACAAATTGAACTTA
* * *
10335 AATTCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGATGAC
193 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGATGAC
* * * *
10400 TATATATGAACTTTTCTTACAAATGAATGACTTTTTCTTCATGT-TTCT-TGTAGACATTCAAAT
258 TATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTATCCTATGTAGACATTCAAAT
10463 ATTATTGATTTTAATT
323 ATTATTGATTTT-ATT
* ** * * *
10479 GAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAATTGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACCATTTAAAGTGAGTAAT
*
10544 AAGGCTTTCGAAGACTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAAGAATTTTGCTTCA
65 AAGGCTTTCGAAG-CTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAAGACTTTTGCTTCA
* * *
10609 CGTTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
129 CGTTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAAATATAAACAAATTGAACTTAA
* * * * * *
10674 AATCAATTATGAGATTATAAACCAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCTAAGGCATGGGTGACT
194 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGATGACT
* * * ** * ***
10739 ATAGATGGATTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTGAAAAAGACATTCAAAT
259 ATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTATCCT-ATGTAGACATTCAAAT
* * * *
10804 ACTATTTGGTTTCATC
323 ATTA-TTGATTTTATT
10820 AAAAATGTAAAAAA
1 AAAAATGTAAAAAA
10834 TTCAATCTAA
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 177, Indels: 71
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 66 0.08
338 211 0.26
339 4 0.00
340 132 0.16
341 150 0.18
342 202 0.25
343 53 0.06
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTCGAAGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAAGACTTTTGCTTCACG
TTTCCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAAATATAAACAAATTGAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGATGACTAT
AGATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTATCCTATGTAGACATTCAAATATT
ATTGATTTTATT
Found at i:11962 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11400--14616 Score: 2509
Period size: 170 Copynumber: 18.9 Consensus size: 169
11390 TTGACCAAAT
* * * * * *
11400 ATGTAATAAAATTCAACTTAAAATAAAATT-TGAGTTTATAAAATCATTTAAAGCA-AGTAAGAA
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAA-TAGAGTAATAA
* * * * * * * ** * *
11463 GGATTTCGAAGTCTTAGGCGACTATGAATTGACCTTTCTTATCAATGGATGACTTTTGCTTTACA
63 GGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACG
* *
11528 TTTCCTTAA-GCAGACATTCAATTATGATATATTTTAATAAAAA
128 TTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATA-TTTAATAAAAA
* * * * * *
11571 ATGTAAACAAATTGAAC-TAAATTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGTAATAAA
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAA-TAGAGTAATAAG
* ********************** * * * * *
11634 GCTTTCGAAGGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCTTACAAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
64 GCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
* * * * * * * **
11699 TTCTCGATGTAAACATTCAAATATTATCTATTTTAATTGAAA
129 TTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATA-TTTAATAAAAA
** * *
11741 ACATAAAAAAATTCAACGTAAAATGAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAATAGAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACCATTTAAATAGAGTAATAAGG
* * * * *
11806 TTTTCGAAGACTTAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGAATTTTGCTTCACATT
65 CTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTT
* * *
11871 TCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAA
130 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAA
* *
11911 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCAATTTAAAGCA-AGTAATAAG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACC-ATTTAAA-TAGAGTAATAAG
* * * * ** * ** * * ** * *
11975 GCCTTCTAAGGCATGGGTAACTATAGGTGGATTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACAT
64 GCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
* * * * * **
12040 TTC-CAAAAGAAGACATTCAAATACT-ATTTAGTTTCACCAAAA
129 TTCTC-AAGGCAGACATTCAATTA-TAATATA-TTTAATAAAAA
* * * * *
12082 ATGT-AAAAAACTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAA-ACGATTAATAAA
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAATA-GAGTAATAAG
* * * * * * *
12145 GCTTTCGAAGATTTAAGTGACTACAAATAGACTTTTCCTACCAATGGATGACTTTTACTTTACGT
64 GCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
* * * * * *
12210 TTTTCAAGGTAGACACTAAATTTTAGTATATTCTAATAAAAA
129 TTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT-TAATAAAAA
* * **
12252 ATGT-AAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAATAGAGTAATAAGG
* * * *
12316 CTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTCCTTGGCAATGGATGCCTTTTGCTTCACGTT
65 CTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTT
* *
12381 TC-CTAAAGCAGACATTCAATTATAATATAATTTAACAAAAA
130 TCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTAATAAAAA
* * * *
12422 ATATGAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAA-TAGAGTAATAAG
** * * * * * * * * * *
12486 GCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGT
64 GCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
* * * * ** *
12551 TTCCCAATGTAGACATTCAAATATTGTCCGT-TTTAACT-AAAA
129 TTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAAT--ATATTTAA-TAAAAA
* * * * * * *
12593 A-GTGAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAAG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACCATTTAAATAGAGTAATAAGG
* * * * * *
12657 ATTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGGTGACTTTTGCTTCACATT
65 CTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTT
* * *
12722 TGTCAAGGCAGACACTCAATTTTAATATATTTTAATAAACAA
130 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATA-TTTAATAAA-AA
* * * * ** *
12764 ATATAAAAACATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAATCGAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAATAGAGTAATAAGG
* * * *
12829 CTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTACTTCACGTT
65 CTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTT
** *
12894 TCTCAAGTTAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAA
130 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAA
** * *
12934 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCGTAATAAGC
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAATAGAGTAATAAGG
* * * ** * * * * * * * *
12999 CCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGAACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTT
65 CTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTT
* * * * * * *
13064 TCTCGAA-GAAAACATTCAAATACT-ATTTGGTTTCATCAAAA
130 TCTC-AAGGCAGACATTCAATTA-TAATAT-ATTTAATAAAAA
* * * * * * *
13105 ATGT-AAAAAATTCAATTTAGAATCAATTATGATATTATAAAACAATTTAAAGCA-ATTAATAAA
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAA-TAGAGTAATAAG
* ** * * * *
13168 GCTTTCGAAGACTTAAGCGACTGCAAATGGACTCTTCCTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGT
64 GCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
* * * *
13233 TTTTCAAGGCAAACACTCAATTTTAATATATTTTAATAAAAA
129 TTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATA-TTTAATAAAAA
* *
13275 ATGTTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCA-AGTAATAA
1 ATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAT-AGAGTAATAA
* * * *
13339 GGCTTTAGAAGACTTAAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGTCAGTGGATGACTTTTGCTTCACG
63 GGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACG
** * *
13404 TTTCTCAAGAAAGACATTCAGTTATAATATATTTAATAGAAA
128 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAA
* * *
13446 ATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAA-ACGAGTAATAAG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAATA-GAGTAATAAG
* * * * ** * ** ** * * *
13510 TCCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTTTCAGCGAATGGCTTTTTCTTCACGT
64 GCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
*** * * * *
13575 TTCTCAAAAAAGACATTCAGA-TACT-ATCTGGTTTCACAAAAA
129 TTCTCAAGGCAGACATTCA-ATTA-TAATAT-ATTTAATAAAAA
** * *
13617 ATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGAATTTAAAGTA-ACTAATAAA
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAA-TAGAGTAATAAG
* * ** * * * **
13680 GCTTTCAAAGACTTAAGCGACTGCAAATGGACTTTTCCTACCAATTGATGACTTTTGCTTCAAAT
64 GCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
* * * *
13745 TTTTCAAGGCAGACACTCAATTTTAATATATTCTAAGAAAAA
129 TTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT-TAATAAAAA
* * * * * ** *
13787 ATATAATAAACTTCAATTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATTATTTAAAGCA-AGTAATAAG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAA-TAGAGTAATAAG
* * * *
13851 GTTTTCAAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGCCTTTTGCTTCACGT
64 GCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
* ** * * *
13916 GTC-GGAGAGCATACGTTCAATGATAATATAATTTAATAAAAA
129 TTCTCAAG-GCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTAATAAAAA
* * * * * **
13958 ATAT-GAAATATTCAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAATAGAGTAATAAGG
* * * * * * * * *
14022 CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTT
65 CTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTT
**** * * * **
14087 TCTCAATATGGACATTCAAATATTATCTATTTTAACT-GTAA
130 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATA-TTTAA-TAAAAA
* * * * * *
14128 ATGTAAAACAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGCAATAAGA
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAATAGAGTAATAAGG
* * * *
14193 CTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGGATAACTTTTGCTTCATGTT
65 CTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTT
* * *
14258 T-TCCATGGCAGACATTCAATTATAGTATATTTAATAGAAA
130 TCT-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAA
* * * * * *
14298 ATATGAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATTCGAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAATAGAGTAATAAGG
** *
14363 CTTTTAAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTT
65 CTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTT
* *
14428 TCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAA
130 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAA
* * * **
14468 ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTCAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
1 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACCATTTAAATAGAGTAATAAGG
* * * ** * * *
14533 CCTTCGAAGGCATCGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTT
65 CTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTT
* *
14598 TCTCAAAGAAGACATTCAA
130 TCTCAAGGCAGACATTCAA
14617 ATACTATCTG
Statistics
Matches: 2407, Mismatches: 572, Indels: 135
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 30 0.01
170 1535 0.64
171 570 0.24
172 268 0.11
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAATAGAGTAATAAGGC
TTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTT
CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAA
Found at i:13115 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 11727--14632 Score: 3595
Period size: 512 Copynumber: 5.7 Consensus size: 509
11717 AAATATTATC
* * *
11727 TATTTTAATTGAAAACATA-AAAAAATTCAACGTAAAATGAATTATGAGATTATAGAACCATTTA
1 TATTTTAA-T-AAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
11791 AATAGAGTAATAAGGTTTTCGAAGACTTAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGA
64 AATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGA
* * * *
11856 ATTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAAATATAAAAAA
129 CTTTTGCTTCACGTTTCTCAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAAATATAAAAAA
* *
11921 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCTAAG
193 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAG
* * * * * *
11985 GCATGGGTAACTATAGGTGGATTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTC-CAAAAG
257 GCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC--AAG
* * * * *
12049 AAGACATTCAAATACTATTTAGTTTC-ACCAAAAATGTAAAAAACTCAACTTTAAATCAATTATG
320 AAGACATTCAAATACTATCTGGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
12113 AGATTCTAAAACCATTTAAAACGATTAATAAAGCTTTCGAAGATTTAAGTGACTACAAATAGACT
385 AGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACT
* * * * *
12178 TTTCCTACCAATGGATGACTTTTACTTTACGTTTTTCAAGGTAGACACTAAATTTTAGTA
450 TTTCCTACCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACACTCAATTTTAATA
* * * * *
12238 TATTCTAATAAAAAATGTAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
12303 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTCCTTGGCAATGGATGCCT
66 TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACT
* * * * *
12368 TTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATAATTTAACAAAAAATATGAAAACA
131 TTTGCTTCACGTTT-CTCAAGCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTAATAGAAAATATAAAAAAA
* * * **
12433 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
194 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGC
* * * * *
12498 ATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCAATGTAG
259 ATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GAAG
* * * * * *
12563 ACATTCAAATATTGTC-CGTTTTAACTAAAAA-GTGAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAG
323 ACATTCAAATACTATCTGGTTTCAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * *
12626 ATTACAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAAGATTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTT
387 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACTTT
** * * * *
12691 TTTTGCCAATGGGTGACTTTTGCTTCACATTTGTCAAGGCAGACACTCAATTTTAATA
452 TCCTACCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACACTCAATTTTAATA
* **
12749 TATTTTAATAAACAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTTTTTA
1 TATTTTAATAAA-AAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
12814 AATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGA
64 AATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGA
* * *
12879 CTTTTACTTCACGTTTCTCAAGTTAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAAATGTAAAAAA
129 CTTTTGCTTCACGTTTCTCAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAAATATAAAAAA
* *
12944 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCGTAATAAGCCCTTCGAAGG
193 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGG
* * *
13009 CATGGGTGACTATAGATGAACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAAGAA
258 CATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGAA
* * * * * *
13074 AACATTCAAATACTATTTGGTTTCATC-AAAAATGTAAAAAATTCAATTTAGAATCAATTATGAT
322 GACATTCAAATACTATCTGGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
13138 ATTATAAAACAATTTAAAGCAATTAATAAAGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTGCAAATGGACTCT
387 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACTTT
* *
13203 TCCTACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACACTCAATTTTAATA
452 TCCTACCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACACTCAATTTTAATA
* *
13261 TATTTTAATAAAAAATGTTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAACTATGAGATTATAAAACCATTTA
1 TATTTTAATAAAAAAT-AT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
13326 AATCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGACTTAAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTGTCAGTGGATGA
64 AATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGA
* * *
13391 CTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGAAAGACATTCAGTTATAATATATTTAATAGAAAATGTAAAAAA
129 CTTTTGCTTCACGTTTCTCAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAAATATAAAAAA
* * * * *
13456 ATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGTCCTTCGAAGG
193 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGG
* * * ** *
13521 CATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTTTCAGCGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAAAA
258 CATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGAA
* *
13586 GACATTCAGATACTATCTGGTTTC-ACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
322 GACATTCAAATACTATCTGGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * *
13650 ATTATAAAAGAATTTAAAGTAACTAATAAAGCTTTCAAAGACTTAAGCGACTGCAAATGGACTTT
387 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACTTT
* **
13715 TCCTACCAATTGATGACTTTTGCTTCAAATTTTTCAAGGCAGACACTCAATTTTAATA
452 TCCTACCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACACTCAATTTTAATA
* * * * * * **
13773 TATTCTAAGAAAAAATATAATAAACTTCAATTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATTATTTAA
1 TATTTTAATAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
13838 AGCAAGTAATAAGGTTTTCAAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGCC
65 ATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGAC
* ** * * * * * *
13903 TTTTGCTTCACGTGTCGGAGAGCATACGTTCAATGATAATATAATTTAATAAAAAATAT-GAAAT
130 TTTTGCTTCACGTTTCTCA-AGCAGACATTCAATTATAATAT-ATTTAATAGAAAATATAAAAAA
* * * * *
13967 ATTCAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
193 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGG
* * * ** * * *
14032 CATGAGTGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATATG
258 CATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGA-A
* * * ** * *
14097 GACATTCAAATATTATCT-ATTTTAACTGTAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATGAATTATGA
322 GACATTCAAATACTATCTGGTTTCAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
14161 GATTATAAAACCATTTAAATCGAGCAAT-AAGACTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGCACT
386 GATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCGAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACT
* * * * * * * * *
14225 TTTCTTGCCAATGGATAACTTTTGCTTCATGTTTTCCATGGCAGACATTCAATTATAGTA
450 TTTCCTACCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACACTCAATTTTAATA
* *
14285 TA-TTTAATAGAAAATATGAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* **
14349 TTCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGAC
65 ATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGAC
* * *
14414 TTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAAATGTAAAAAAA
130 TTTTGCTTCACGTTTCTCAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAAATATAAAAAAA
* ** *
14479 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTCAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGC
194 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGC
* * *
14544 ATCGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGAAG
259 ATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGAAG
14609 ACATTCAAATACTATCTGGTTTCA
323 ACATTCAAATACTATCTGGTTTCA
14633 CCAA
Statistics
Matches: 2046, Mismatches: 320, Indels: 57
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
509 6 0.00
510 162 0.08
511 826 0.40
512 908 0.44
513 144 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (509 bp):
TATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
TCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACT
TTTGCTTCACGTTTCTCAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAGAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCAT
GGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAAGACA
TTCAAATACTATCTGGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTACAAATGGACTTTTCCT
ACCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGCAGACACTCAATTTTAATA
Done.