Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400811.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3985.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1934
ACGTcount: A:0.24, C:0.07, G:0.04, T:0.34
Warning! 601 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:711 original size:249 final size:249
Alignment explanation
Indices: 8--726 Score: 620
Period size: 253 Copynumber: 2.9 Consensus size: 249
1 ATTTTAT
* ** * *
8 ACTATAATTATTTTTATTTTTATTA-TT-TTATTTAAAAATTAAAATTTGTATATTGTTACATTT
1 ACTATAATTATTTATATCATTATTATTTATTATTTAAAAAATAAAA-TT-TATATTGTTACATTC
* * *
71 TTTTAGCTTGAAAATATAAACATAAAAGCTTATTTTTCT-TTAAAATTAGACTTTTTTACTTAAT
64 TTTTAGCTTGAAAATATAAATATAAATGCTTATTTTT-TAATAAAATTAGACTTTTTTACTTAAT
* * * *
135 TAACTTATTACGTTGACTTTCATACATTTACGTTAATATTTAAAATATAGTTAGTCCACCTTTAT
128 TAACTTATTACGTTGACTCTCATACATTTACGTTAGTATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTAT
* * * *
200 AAGTTTTTACGTCAATTGTTATAATTTTATGTCAAGATTTATCTACGTTAATTTTGA
193 AAGTTTTTACGTCAATTCTTATAATTTTACGTCAAGACTTATCTACGTCAATTTTGA
* ******
257 ACTATAATTATTTATATTATTATTATTTATTATTTAAAAAATAAAATTTATANNNNNNNNNNCA-
1 ACTATAATTATTTATATCATTATTATTTATTATTTAAAAAATAAAATTTATA----TTGTTACAT
* * * * * * * *
321 -CTTTTAG-TCAGAGAATATATATTTAAATACTTATTTTTCACTAAAATTAGATTTTTTTTTACT
62 TCTTTTAGCT-TGAAAATATAAATATAAATGCTTATTTTTTAATAAAATTAGA--CTTTTTTACT
* * ** *
384 TAA-TAGACTTGTTACGTTAACTCTCATATGTTTACGTTAAG-ATTTAAAATTTAGTTATTCTA-
124 TAATTA-ACTTATTACGTTGACTCTCATACATTTACGTT-AGTATTTAAAATTTAGTTATTCCAC
* * * * * *
446 CTTTAAAAATTTTTTACATCAATTCTTACT-GTTTTACGTTGAA-ACTTATCTATGTCAATTTT-
187 CTTT-ATAAGTTTTTACGTCAATTCTTA-TAATTTTACG-TCAAGACTTATCTACGTCAATTTTG
508 A
249 A
* * *************
509 TACTATAATTATTTTTATCCTTATTA-TT-TTATTTNNNNNNNNNNNNNNNTATATTGTTACATT
1 -ACTATAATTATTTATATCATTATTATTTATTATTT--AAAAAATAAAATTTATATTGTTACATT
*
572 CTTTTAGCTTGATAATATAAATATAAATGCTTATTTTTTAATAAAATTAGACTTTTTTACTTAAT
63 CTTTTAGCTTGAAAATATAAATATAAATGCTTATTTTTTAATAAAATTAGACTTTTTTACTTAAT
* *
637 TAACGTATTACGTTGACTCTCACACATTTACGTTAGTATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTAT
128 TAACTTATTACGTTGACTCTCATACATTTACGTTAGTATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTAT
* *
702 AAGTTTTTACGTCAACTGTTATAAT
193 AAGTTTTTACGTCAATTCTTATAAT
727 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 82, Indels: 50
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
248 3 0.01
249 106 0.29
250 11 0.03
251 102 0.28
252 10 0.03
253 126 0.35
254 5 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (249 bp):
ACTATAATTATTTATATCATTATTATTTATTATTTAAAAAATAAAATTTATATTGTTACATTCTT
TTAGCTTGAAAATATAAATATAAATGCTTATTTTTTAATAAAATTAGACTTTTTTACTTAATTAA
CTTATTACGTTGACTCTCATACATTTACGTTAGTATTTAAAATTTAGTTATTCCACCTTTATAAG
TTTTTACGTCAATTCTTATAATTTTACGTCAAGACTTATCTACGTCAATTTTGA
Done.