Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397609.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5414.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4738
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Found at i:1492 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1438--1493 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
1428 AATCTATGAT
* *
1438 ATATACGTGGCAAGGCCACATGTTG
1 ATATACGTGGCAAGGCCACAAGCTG
* * *
1463 TTATATGTGGCTAGGCCACAAGCTG
1 ATATACGTGGCAAGGCCACAAGCTG
1488 ATATAC
1 ATATAC
1494 ATGGTTGCGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 7, Indels: 0
0.77 0.23 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 24 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.25, T:0.27
Consensus pattern (25 bp):
ATATACGTGGCAAGGCCACAAGCTG
Found at i:2351 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1962--4375 Score: 2165
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 171
1952 TTTGAAGACC
* * *
1962 AACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAGATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
2027 ATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATCATGCTTTTGAAGGTATGAGTAACTATAAATAGACTTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* ** ** * ** * ***
2092 TTTTACCAATAAATGACTTTTGCTTCACATTTCTTGACAAA
131 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * * * * *
2133 AACATCCAATTATCAA-CTATTTTAA-TGAAAACT-AAAAAAAAATCAACTTCAAAT-AATTTAT
1 AACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTAT
* * * *
2194 AAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTACAAATGGAC
63 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
2259 -TTTCGTGTCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAGGCA
128 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * * * *
2302 AACATTCAATTATAATTTGTTTTTACTAAAAATTTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
2367 ATTATAAACCTATTTAAA-CTAAGCGAA-AAGGCTTTCGAAGGCAT-A--G--TAT-AATGAACT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGC-GAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * *
2424 TTTATTGTCAATACATTGCTTTTGCTTCATGTTTCCAGAGGCA
129 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * * * *
2467 AACAATCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
2532 ATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATGAATGGACTTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * ** * *
2597 TTTTACCAATGGATGCCTTTTTATTCATGTTCCCTAAGGCA
131 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * * * *
2638 AATATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGCAAAAGAATTCAACTTAAAATCAACTATGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
2703 ATTATAAAACTACTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
** *** * *
2768 TCTTACCAATGGACAACTTTTGCTTTATGTTTCATGAGGCA
131 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * * * * *
2809 GATATTGAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
2873 GATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAATGCATTCAAAGGCATGAGTGACTATTAATGGACT
65 GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * **
2937 TTT-TCTGTCAATGGATGACTTTTGTTTCATGTTTCCCAAGGCA
129 TTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * * * * * * *
2980 GACATTCAAATATAATATATTTTAACCATAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
3045 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCTATGAGTGACTATAAATGGACTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGACTT
*** * * * *
3109 TTCTTGTCAATGGACAACTTCTGCTTTATGTTTCATGAGGTA
130 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * * * * * * * *
3151 GATACTGAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATTAATAATGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * *
3216 ATTATAAAA-TCATTTAAAGTAAGTAATAATGCATTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
66 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * *
3280 TTCTTGTCAATGGATGACTTTTGTTTCATGTTTTCC-AAGGCA
130 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTGAGGCA
* * * *
3322 AACATTCAAATATAATATGTTTTAACTATAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
3386 ATTATAAAAGC-ATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTAT-AAAGGCATAAGTGACTATAAATTGAAT
66 ATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * ***
3449 TTT-TATGTTAATGGATGGCTTTTGCTCCACGTTTCCT-ACAATA
129 TTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA-GGCA
* * *
3492 AACATTCAATTATAATCGTTTTTTACCT-AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ***
3556 GATTACAAAACTATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGATTTGAGTG-CTTATAAATGGACT
65 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC-TATAAATGGACT
** * * * *
3620 TCGCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACAG-TT-CTTAGGGCA
129 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCCTGA-GGCA
* * * * * *
3663 GACATTTAATTATACTCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCTATTATGA
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
3727 GATTATAAAGCCATATAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAAAGGACTT
65 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
3792 CGT-TTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTA
130 -TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
* * * * * * * *
3834 GACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAACAATGTGAAAAAATTGAACGTAAAATCAATTATAAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
3899 ATTGTTAAACCATTTAAAGCAAGCAATAATGCTTTCGAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
3963 TCTTATTAATGGGTGGTTTTTGCTTCACT-TTT-CTCAAGG-A
131 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCCT-GAGGCA
* ** * * *
4003 AGACATTCAATTATAACCTGTTCAAACTAAAAAAT-TAATAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATT
1 A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * **
4067 A-ATTTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTCCGAAGGCATGATTGACTATAAATAAA
64 AGA-TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * ** * *
4130 C-TTTCTTGTCCATGCATGGCTTTTGCTTTACATTTCTTGAGACA
127 CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
** * * * * * *
4174 AACAACCCATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTGATGGG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
4239 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * *
4304 TCTTG-CTAATGGATGGCTTTTTATTCATATTCCCTGAGGTC-
131 TCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGG-CA
* *
4345 AACATTCAAATATAATCTATTTTAA-TAAAAA
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
4376 ATCAATTATG
Statistics
Matches: 1811, Mismatches: 366, Indels: 133
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 8 0.00
165 129 0.07
166 2 0.00
167 1 0.00
168 3 0.00
169 73 0.04
170 536 0.30
171 1037 0.57
172 22 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCA
Found at i:2913 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1962--4738 Score: 2392
Period size: 342 Copynumber: 8.2 Consensus size: 341
1952 TTTGAAGACC
* * *
1962 AACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAGATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
2027 ATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATCATGCTTTTGAAGGTATGAGTAACTATAAATAGACTTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** ** * *** *
2092 TTTTACCAATAAATGACTTTTGCTTCACATTTCTTGACAAAAACATCCAATTATCAACTA--TTT
130 TCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTAT-AA-TATGTTT
** * * * * * * *
2155 TAATGAAAACT-AAAAAAAAATCAACTTCAAAT-AATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
193 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
2218 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTACAAATGGAC-TTTCGTGTCAATGGATAGCTTTT
257 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTT
* * *
2282 GCA-TCATGTTTCCTGAGGCA
322 -TATTCATGTTCCCTAAGGCA
* * * *
2302 AACATTCAATTATAATTTGTTTTTACTAAAAATTTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
2367 ATTATAAACCTATTTAAA-CTAAGCGAA-AAGGCTTTCGAAGGCAT-A--G--TAT-AATGAACT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGC-GAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** *
2424 TTTATTGTCAATACATTG-CTTTTGCTTCATGTTTCCA-GAGGCAAACAATCAATTATAATATGT
128 TTTCTTGCCAATGGA-TGACTTTTGCTTCATGTTT-CATGAGGCAAACATTCAATTATAATATGT
* * *
2487 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGC
191 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
2552 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATGAATGGACTTTTTTTACCAATGGATGCCTTT
256 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT
2617 TTATTCATGTTCCCTAAGGCA
321 TTATTCATGTTCCCTAAGGCA
* * * *
2638 AATATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGCAAAAGAATTCAACTTAAAATCAACTATGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
2703 ATTATAAAACTACTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * * *
2768 TCTTACCAATGGACAACTTTTGCTTTATGTTTCATGAGGCAGATATTGAATTATAATATGTTTTA
130 TCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * *
2833 A-CAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAG
195 ACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
2897 TAATAATGCATTCAAAGGCATGAGTGACTATTAATGGACTTTT-TCTGTCAATGGATGACTTTTG
259 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTT-
2961 T-TTCATGTTTCCC-AAGGCA
322 TATTCATG-TTCCCTAAGGCA
* * * * * * *
2980 GACATTCAAATATAATATATTTTAACCATAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
3045 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCTATGAGTGACTATAAATGGACTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * * * * * * *
3109 TTCTTGTCAATGGACAACTTCTGCTTTATGTTTCATGAGGTAGATACTGAATTATAATCTATTTT
129 TTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTT
* * * * **
3174 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATTAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAG
194 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
3239 TAATAATGCATTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGT
259 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTT-T
*
3304 -TTCATGTTTTCC-AAGGCA
323 ATTCATG-TTCCCTAAGGCA
* * * *
3322 AACATTCAAATATAATATGTTTTAACTATAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGA
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
3387 TTATAAAAGC-ATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTAT-AAAGGCATAAGTGACTATAAATTGAATT
66 TTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
** * * * * *** *
3450 TT-TATGTTAATGGATGGCTTTTGCTCCACGTTTCCT-ACAATAAACATTCAATTATAAT-CGTT
129 TTCT-TGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCATGA-GGCAAACATTCAATTATAATATG-T
* * * * * *
3512 TTTTACCTAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTTAAGC
191 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *** ** *
3577 AAGTAATAAGGCTTTCAAAGATTTGAGTG-CTTATAAATGGACTTCGCTTGCCAATAGATGGCTT
256 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT
** * * *
3641 TTGCTTCACAGTT-CTTAGGGCA
320 TTTATTCA-TGTTCCCTAAGGCA
* * * * * *
3663 GACATTTAATTATACTCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCTATTATGA
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
3727 GATTATAAAGCCATATAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAAAGGACTT
64 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
3792 CGT-TTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
129 -TTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTT
* * * * * * * *
3856 TAACCAACAATGTGAAAAAATTGAACGTAAAATCAATTATAAGATTGTTAAACCATTTAAAGCAA
193 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *** *
3921 GCAATAATGCTTTCGAA-GCATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGGTGG-TTTTT
258 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTT
* * *
3984 GCTTCACTTTTCTC-AAGG-A
323 -ATTCA-TGTTCCCTAAGGCA
* ** * *
4003 AGACATTCAATTATAACCTGTTCAAACTAAAAAAT-TAATAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATT
1 A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * **
4067 A-ATTTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTCCGAAGGCATGATTGACTATAAATAAA
63 AGA-TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * ** * * ** * * *
4130 C-TTTCTTGTCC-ATGCATGGCTTTTGCTTTACATTTCTTGAGACAAACAACCCATTATAATCTA
126 CTTTTCTTG-CCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATATG
** * * *
4193 TTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTGATGGGATTATAAAACCATTTAAAG
190 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
4258 CGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTT
255 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT
* *
4323 TTTATTCATATTCCCTGAGGTC-
320 TTTATTCATGTTCCCTAAGG-CA
* * *
4345 AACATTCAAATATAATC-----T-A-T-----T-T---TAA-T-AA---AAAATCAATTATGAGG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
4389 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAATGCTTTTGATGGCATGAGTGACTACAAATAGACTTTT
66 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
4454 CTTGTCAATGGGTGACTTTTGTTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA
131 CTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * * *
4519 -CTAAAATAGGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAATTTATACAACCATTTAAAGCGAG
196 CCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * **
4582 TAATAAGGCTTCCAAAGGCATGATTGACTATAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCG
259 TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTT
* * * * *
4647 CTTAATATT-TCTGGAGGCA
323 ATTCATGTTCCCT-AAGGCA
* * * *
4666 AACATTTAATAATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAG
1 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
4731 ATTATAAA
65 ATTATAAA
Statistics
Matches: 1994, Mismatches: 351, Indels: 181
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
319 70 0.04
320 128 0.06
321 54 0.03
322 2 0.00
323 1 0.00
324 2 0.00
326 1 0.00
327 1 0.00
328 3 0.00
332 2 0.00
333 3 0.00
334 58 0.03
335 89 0.04
336 123 0.06
337 3 0.00
338 2 0.00
339 9 0.00
340 215 0.11
341 469 0.24
342 720 0.36
343 39 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTATT
CATGTTCCCTAAGGCA
Found at i:3616 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1962--4738 Score: 2352
Period size: 512 Copynumber: 5.5 Consensus size: 510
1952 TTTGAAGACC
* * * *
1962 AACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CTAAAGATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACCTAAA-ATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** * * * ** * * *
2026 GATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATCATGCTTTTGAAGGTATGAGTAACTATAAATAGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * ** * ** *
2091 TTTTTACCAATAAATGACTTTTGCTTCACATTTCTTGA--CAAAAACATCCAATTATCAA-CTAT
130 TTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAAATAC-T-CAATTAT-AATCTAT
* * * * *
2153 TTTAA-TGAAAACT-AAAAAAAAATCAACTTCAAA-TAATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAA
191 TTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAA-TTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAA
* * * *
2215 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTACAAATGGAC-TTTCGTGTCAATGGAT-AGC
253 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGA-C
** * * * * *
2278 TTTTGCATCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTTACTAAAAATTTAAAAAC
317 TTTTGTTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* *
2343 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT-AAACCTATTTAAA-CTAAGCGAA-AAGGCTTTCGA
382 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACC-ATTTAAATC-AAG-TAATAAGGCTTTCAA
* ** * *
2405 AGGCAT-A--G--TAT-AAT-GAACTTTTATTGTCAATACATTGCTTTTGCTTCATGTTT-CCAG
444 AGGCATGAGTGACTATAAATGGAATTTTTA-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCA-
2462 AGGCA
507 A-GCA
* * * * * *
2467 AACAATCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAG
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACCTAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
2532 ATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATGAATGGACTTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * * * * *
2597 TTTTACCAATGGATGCCTTTTTATTCATGTTCCCTAAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTC
131 TCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT-TCTGAGGCAAATACTCAATTATAATCTATTTTA
* * * * * * *
2662 ACTAAAAATGCAAAAGAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTACTTCAAGCGAGT
195 ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGTGAGT
* * **
2727 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGACAACTTTTGCT
259 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTG-T
* * * * *
2792 TT-ATGTTTCATGAGGCAGATATTGAATTATAATATGTTTTAAC-AAAAATTGTAAAAAAATTCA
323 TTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCA
* * * * * * *
2855 ACTTCAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT-GAGTAATAATGCATTCAAAGGCATG
387 ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-TCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * *
2919 AGTGACTATTAATGGACTTTTTCTGTCAATGGATGACTTTTGTTTCATGTTTCCCAAGGCA
451 AGTGACTATAAATGGAATTTTTATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAA-GCA
* * *
2980 GACATTCAAATATAATATATTTTAACC-ATAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTGTGA
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACCTA-AAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
3044 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCTATGAGTGACTATAAATGGACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGACT
* *** * * * * *
3108 TTTCTTGTCAATGGACAACTTCTGCTTTATGTTTCATGAGGTAGATACTGAATTATAATCTATTT
129 TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAAATACTCAATTATAATCTATTT
* * * *
3173 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATTAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAA
193 TAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGTGA
* * * *
3238 GTAATAATGCATTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTG
257 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTG
* *
3303 TTTCATGTTTTCC-AAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACTATAAATGT-AAAAAATTC
322 TTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
3366 AACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAAGCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTAT-AAAGGCAT
386 AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTT-TCAAAGGCAT
* * * * *
3430 AAGTGACTATAAATTGAATTTTTATGTTAATGGATGGCTTTTGCTCCACGTTTCCTACAA-TA
450 GAGTGACTATAAATGGAATTTTTATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC--CAAGCA
* *
3492 AACATTCAATTATAATCGT-TTTTTACCTAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AACATTCAATTATAAT-ATATTTTAACCTAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ***
3556 GATTACAAAACTATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGATTTGAGTG-CTTATAAATGGACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAC-TATAAATGGACT
** * * * * * * * *
3620 TCGCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACAG-TTCTTAGGGCAGACATTTAATTATACTCTATT
129 TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCTGA-GGCAAATACTCAATTATAATCTATT
* * *
3684 TTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCT-ATTATGAGATTATAAAGCCATATAAAG
192 TTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAG
* * * * *
3747 TGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTAACTATAAAAGGACTTCGT-TTGCCAATGGATGGCT
254 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGGATGACT
* * * * *
3811 TTT-TCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAACAATGTGAAAAA
318 TTTGT-TTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * * *
3875 ATTGAACGTAAAATCAATTATAAGATTGTTAAACCATTTAAAGCAAGCAATAATGCTTTCGAA-G
382 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * *
3939 CATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTAT-T-AATGGGTGGTTTTTGCTTCACTTTTCTCAAGG
447 CATGAGTGACTATAAATGGA-ATTT-TTATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGC
4002 A
510 A
** * * * *
4003 AGACATTCAATTATAACCT-GTTCAAACTAAAAAAT-TAATAA-AAGTCAACTTAAAATCAATTA
1 A-ACATTCAATTATAATATATTTTAACCT--AAAATGTAA-AACAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * **
4065 TTA-ATTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTCCGAAGGCATGATTGACTATAAATAA
62 TGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * ** * * *
4129 AC-TTTCTTGTCC-ATGCATGGCTTTTGCTTTACATTTCTTGAGACAAACAAC-CCATTATAATC
126 ACTTTTCTTG-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAAA-TACTCAATTATAATC
* * * * *
4191 TATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTGATGGGATTATAAAACCATTTAA
188 TATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAA
* * * *
4256 AGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGC
252 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGAC
* * * * *
4321 TTTT-TATTCATATTCCCTGAGGTC-AACATTCAA--AT-ATA------ATCT----AT-T---T
317 TTTTGT-TTCATGTTTCCTAAGG-CAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * * * * ** *
4367 TAA-T-AA---AAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAATGCTTTTGAT
380 AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * * * **
4427 GGCATGAGTGACTACAAATAGACTTTTCT-TGTCAATGGGTGACTTTTGTTTCATGTTTCTTAAG
445 GGCATGAGTGACTATAAATGGAATTTT-TATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAA-
4491 GCA
508 GCA
* * *
4494 AACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CTAAAATAGGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-A
1 AACATTCAATTATAATATATTTTAACCTAAAAT-GTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
4557 AATTTATACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGATTGACTATAAAATGGAC
65 GA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTAT-AAATGGAC
* * * * * * * *
4622 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCGCTTAATATTTCTGGAGGCAAACATTTAATAATAATCTATT
128 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAAATACTCAATTATAATCTATT
* * *
4687 TTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
192 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
Statistics
Matches: 1863, Mismatches: 327, Indels: 177
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
488 7 0.00
489 54 0.03
490 133 0.07
491 17 0.01
492 95 0.05
493 1 0.00
494 2 0.00
497 1 0.00
498 2 0.00
502 2 0.00
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510 5 0.00
511 191 0.10
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513 405 0.22
514 25 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
AACATTCAATTATAATATATTTTAACCTAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGAGGCAAATACTCAATTATAATCTATTTTAA
CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGTGAGTAA
TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGTTTC
ATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGA
CTATAAATGGAATTTTTATGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGCA
Found at i:4498 original size:149 final size:150
Alignment explanation
Indices: 4240--4524 Score: 371
Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
4230 AGTGATGGGA
* *
4240 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGAGTGACTACAAATAGACTTTT
* * *
4305 CTTGCTAATGGATGGCTTTTTATTCATATTCCCTGAGGTCAACATTCAAATATAATCTATTTTAA
66 CTTGCTAATGGATGACTTTTTATTCATATTCCCTAAGGTCAACATTCAAATATAATATATTTTAA
4370 -TAAAAAATCAATTATGAGG
131 CTAAAAAATCAATTATGAGG
* * * * *
4389 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAATGCTTTTGATGGCATGAGTGACTACAAATAGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGAGTGACTACAAATAGACTTTT
* * * * * *
4454 CTTG-TCAATGGGTGACTTTTGT-TTCATGTTTCTTAAGG-CAAACATTCAATTATAATATGTTT
66 CTTGCT-AATGGATGACTTTT-TATTCATATTCCCTAAGGTC-AACATTCAAATATAATATATTT
4516 TAACTAAAA
128 TAACTAAAA
4525 TAGGAAAAAA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 16, Indels: 7
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
148 2 0.02
149 108 0.93
150 6 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (150 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCATGAGTGACTACAAATAGACTTTT
CTTGCTAATGGATGACTTTTTATTCATATTCCCTAAGGTCAACATTCAAATATAATATATTTTAA
CTAAAAAATCAATTATGAGG
Found at i:4712 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4373--4727 Score: 415
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
4363 ATTTTAATAA
* * * * *** *
4373 AAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAATGCTTTTGATGGCATGAGTGA
1 AAAATCAATTATAAAGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGA
* * ** * * * * *
4438 CTACAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGGTGACTTTTGTTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAA
66 CTAAAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTCGCTTAATATTTCTGAAGGCAAACATTCAA
* *
4503 TTATAATATGTTTTAACTAAAATAGGAAAAAAATTCAACTT
131 TAATAATATATTTTAACTAAAATAGGAAAAAAATTCAACTT
* * *
4544 AAAATCAATTATAAATTTATACAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGATTGA
1 AAAATCAATTATAAAGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGA
* * * *
4609 CTATAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCGCTTAATATTTCTGGAGGCAAACATTTA
66 CTA-AAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTCGCTTAATATTTCTGAAGGCAAACATTCA
* * * *
4674 ATAATAATCTATTTTAACTAAAA-ATGTAAAACAATTCAAGTT
130 ATAATAATATATTTTAACTAAAATA-GGAAAAAAATTCAACTT
4716 AAAATCAATTAT
1 AAAATCAATTAT
4728 GAGATTATAA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 30, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 58 0.38
172 94 0.62
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAATCAATTATAAAGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGA
CTAAAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTCGCTTAATATTTCTGAAGGCAAACATTCAA
TAATAATATATTTTAACTAAAATAGGAAAAAAATTCAACTT
Done.