Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400816.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_399.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30656
ACGTcount: A:0.22, C:0.07, G:0.07, T:0.22
Warning! 12581 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1036 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 699--1134 Score: 527
Period size: 173 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
689 NNNNNNNNNN
* *
699 ATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAACAAATTATGAGGTTCTAAAATCATT
1 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAACAAATTATGAGGTTATAAAATCATT
* * * *
764 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGCATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCTAATGGAT
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGAT
********** * * *
829 ANNNNNNNNNNCATGTTTCTAAAGGCAGACATTCAATTATA
131 AATCTTTTTCTCACGTTTCTAAAGGAAAACATTCAATTATA
* * *
870 ATCTGTTTTAATAAAAAAATATTAAAAAAATTCAAACTAAAAAAAATTATGGGGTTATAAAATCA
1 ATCTGTTTTAAT-AAAAAATA-TAAAAAAATTCAAATTAAAACAAATTATGAGGTTATAAAATCA
* * *
935 TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCA-GGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA
64 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATA
**
999 GAT-ATCTTTTTCTCTACGTTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATA
128 GATAATCTTTTTCTC-ACGTTTCTAAAGGAAAACATTCAATTATA
* * * *
1043 ATCTGCTTTT-TTAAAAAATATAAAAAAAATCAAATTAAAACAAATTATGAGATTATAAAATAAT
1 ATCTG-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAACAAATTATGAGGTTATAAAATCAT
1107 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
65 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1135 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 35, Indels: 10
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 76 0.34
172 18 0.08
173 127 0.56
174 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAACAAATTATGAGGTTATAAAATCATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATCGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGAT
AATCTTTTTCTCACGTTTCTAAAGGAAAACATTCAATTATA
Found at i:1176 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 699--1240 Score: 468
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
689 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
699 ATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAACAAATTATGAGGTTCTAAAATCATT
1 ATCTGTTTTATTAAAAAATATAAAAAAAATCAAACTAAAAAAAATTATGAGATTATAAAATAATT
* * * * * *
764 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGCATCG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCTAATGGA
66 TAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCA-GGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGA
********** * * *
828 TANNNNNNNNNNCAT-GTTTCT-AAAGGCAGACATTCAATTATA
130 TATCTTCTTCTTC-TCGTTTCTCGAA-GAAAACATTCAATTATA
* * * * *
870 ATCTGTTTTAATAAAAAAATATTAAAAAAATTCAAACTAAAAAAAATTATGGGGTTATAAAATCA
1 ATCTGTTTT-ATTAAAAAATA-TAAAAAAAATCAAACTAAAAAAAATTATGAGATTATAAAATAA
*
935 TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCAGGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAG
64 TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCAGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAG
* *
1000 ATATCTTTTTC-TCTACGTTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATA
129 ATATCTTCTTCTTCT-CGTTTCTCGAAGAAAACATTCAATTATA
* *
1043 ATCTGCTTTT-TTAAAAAATATAAAAAAAATCAAATTAAAACAAATTATGAGATTATAAAATAAT
1 ATCTG-TTTTATTAAAAAATATAAAAAAAATCAAACTAAAAAAAATTATGAGATTATAAAATAAT
* ********** *
1107 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTATAAATAGACTTTTCTTG-CAAGTGG
65 TTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCAGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA-TAG
* *
1171 ATATCTTCTTCTTCTCGTTTCTTGAAGTAAACATAT-AATTATA
129 ATATCTTCTTCTTCTCGTTTCTCGAAGAAAACAT-TCAATTATA
* * *
1214 ATCTGTTTTAATAATAAATATAGAAAA
1 ATCTGTTTTATTAAAAAATATAAAAAA
1241 GTTCAGCTTA
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 54, Indels: 22
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 146 0.48
172 24 0.08
173 124 0.41
174 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATCTGTTTTATTAAAAAATATAAAAAAAATCAAACTAAAAAAAATTATGAGATTATAAAATAATT
TAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCAGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGAT
ATCTTCTTCTTCTCGTTTCTCGAAGAAAACATTCAATTATA
Found at i:9976 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9614--9987 Score: 426
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
9604 NNNNNNNNNN
* *
9614 CATGCCTTCAAAAGCCTTATGACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTT
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAACCTCATAATTAATTTTAATTT
* * * *
9679 GAATTTTTTATACTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCATCAAGAAACGTGAAGAA
66 AAATTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAA
* * * *
9744 AAATATATCCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
131 AAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTACATTTATAGTAACC
********** * * *
9784 CATGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAACCTTATAATTGATTTTAGTTT
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAACCTCATAATTAATTTTAATTT
* * **
9849 AAATTTTTTTATATTTTTTATT-AAACAGATTATAATTGATTGTCTACATTGAGAAACGTGAAGA
66 AAA-TTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGA
** * * *
9913 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATTGTAACT
130 AAAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTACATTTATAGTAACC
**
9954 CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
9988 AGTTTTNNNN
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 42, Indels: 2
0.79 0.20 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 144 0.89
171 17 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAACCTCATAATTAATTTTAATTT
AAATTTTTTATACTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAA
AAAGATATCCATTAACAAGAAAAGTACATTTATAGTAACC
Found at i:20706 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20228--21044 Score: 678
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
20218 AAGTTGAAAA
* * * *
20228 TTTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAA
1 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
********** * *
20293 ATATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGNNNNNNNNNNCCTTATTATTCGCTT
66 ATATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATT
20358 TAAATGATTTTATAACCTCATAATTTGTTTTAATTTGAATTT
131 TAAATGATTTTATAACC-C-TAATTTGTTTTAATTTGAATTT
* *
20400 TTTTTATATTTTTTCTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
1 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *********** * *
20465 --ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCTTTATTACTCGTTT
66 ATATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATT
*
20528 TAAATGATTTTATAACCCCAA-TTGATTTTAATTTGAATTT
131 TAAATGATTTTATAACCCTAATTTG-TTTTAATTTGAATTT
* * * * *
20568 TTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCCAAAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * *
20633 GATATCCATTAATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGAT
65 GATATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGAT
* *
20698 TTAAATGATTTTATAACTTCATAATTTGTTTTAATTT-AAATT
130 TTAAATGATTTTATAAC--CCTAATTTGTTTTAATTTGAATTT
* ********** *
20740 TTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTNNNNNNNNNNAACGTGAAGAAAAAT
1 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * * **
20805 ATATCCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTCTTACTCCCT
66 ATATCCATTAGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGAT
* * ******** * * **
20869 TTAAATGCTTTTTTNNNNNNNNNNTTAGTTTTAAGTT-AAACT
130 TTAAATGATTTTAT--AACCCTAATTTGTTTTAATTTGAATTT
* * * **
20911 TTTTT-TATTTGTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAG
1 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * ** *
20975 ATATCTATTGGTAAGAAAA-TCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
66 ATATCCATTAGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGAT
21039 TTAAAT
130 TTAAAT
21045 AGTTTNNNNN
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 105, Indels: 26
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 25 0.05
169 52 0.10
170 174 0.33
171 188 0.36
172 71 0.13
173 12 0.02
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
ATATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATT
TAAATGATTTTATAACCCTAATTTGTTTTAATTTGAATTT
Found at i:20928 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 20208--21044 Score: 856
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 338
20198 NNNNTCTCAT
* * *
20208 AATTAGTTTTAAGTTGAAAATTTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
1 AATTAGTTTTAAGTTGAAAATTTTTTTATTTATTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* ****
20273 -AGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGNNNN
66 CA-A-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTT
****** * *
20337 NNNNNNCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTTGTTTTAATTTGAATTTTT
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTTGTTTTAATTTGAAATTTT
*
20402 TTTATATTTTTTCTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
194 TTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
********** * **
20467 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCTTTATTACTCGTTTTAAA
259 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAA
20532 TGATTTTATAACCCC
324 TGATTTTATAACCCC
* ** * *
20547 AATT-GATTTTAATTTGAATTTTTTTTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTG
1 AATTAG-TTTTAAGTTGAAAATTTTTT-TA-TTTATTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG
* * *
20611 CCTCCAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCGATGCC
63 CCT-CAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCC
* * *
20676 TTCAAAAGCCTTATTACACGATTTAAATGATTTTATAACTTCATAATTTGTTTTAATTT-AAATT
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTTGTTTTAATTTGAAATT
* * **********
20740 TTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTNNNNNNNNNNAACGTGAAGAAAAAT
192 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAG-AAAA-
* * *
20805 ATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTCTTACTCCCTT
255 AGATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTT
* * ******
20870 TAAATGCTTTTTTNNNNNNNN
320 TAAATGATTTTAT--AACCCC
** * * *
20891 NNTTAGTTTTAAGTT-AAACTTTTTTTATTTGTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTGCCT
1 AATTAGTTTTAAGTTGAAAATTTTTTTATTTATTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * *
20955 TAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAA-TCCTATTTATAGTCACCCATGCCTT
66 CAA-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCGATGCCTT
**
21019 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
21045 AGTTTNNNNN
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 83, Indels: 22
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 20 0.05
340 55 0.14
341 244 0.61
342 63 0.16
343 9 0.02
344 10 0.02
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
AATTAGTTTTAAGTTGAAAATTTTTTTATTTATTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
CAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTTGTTTTAATTTGAAATTTTTT
TATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATCC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATG
ATTTTATAACCCC
Found at i:24085 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23696--24177 Score: 517
Period size: 172 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
23686 NNNNNNAAAT
** * * *
23696 GATATCCATTGATGGGATAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCT
1 GATATCCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATAATCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
23761 TTAAAT-ATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAG-ATAATTTTTTTTATA-TTTTTTATAAAA
65 TTAAATGA-TTTTATAACCTTATAATTAATTTT-AGTTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAA
* * *
23823 ACAGATTATAATTTAATGTCTATCCTCAGAAACATGAAGAAATA
128 ACAGATTATAATTGAATGTCTATCCTCAGAAACATGAAAAAAAA
* ** ********** * *
23867 GATATCCATGGGCAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCATCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
1 GATATCCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATAATCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
23932 TTAAATGATTTTATAACCTCATTATTAATTTTAGTTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAACC
65 TTAAATGATTTTATAACCTTATAATTAATTTTAGTTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAAC
* *
23997 GGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATGAAAAAAAA
130 AGATTATAATTGAATGTCTATCC-TCAGAAACATGAAAAAAAA
* * *
24039 GATATCCATTGATAAGAAAAGTCCACTTCTAATCACCAATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACT
1 GATATCCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATAATCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
24104 TTAAGTGATTTTATAACCTTATAATTAATTTTAATTT-AA-TTTTTTATATAGTTTTTATTAAAA
65 TTAAATGATTTTATAACCTTATAATTAATTTTAGTTTAAATTTTTTTATAT-TTTTTTATTAAAA
24167 CAGATTATAAT
129 CAGATTATAAT
24178 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 56, Indels: 12
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.05
171 113 0.45
172 124 0.50
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
GATATCCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATAATCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGATTTTATAACCTTATAATTAATTTTAGTTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTATCCTCAGAAACATGAAAAAAAA
Found at i:24229 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 23696--24373 Score: 508
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 172
23686 NNNNNNAAAT
*** * * * * *
23696 GATATCCATTGATGGGATAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCT
1 GATATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAATCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * ** * *
23761 TTAAAT-ATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGATAATTTTTTTTATAT-TTTTTATAAAAA
66 TTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTATATGTTTTTATTAAAA
* * *
23824 CAGATTATAATTTAATGTCTATCCTC-AGAAACATGAAGAAATA
130 CAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAACATGAAAAAAAA
* * ********** * * *
23867 GATATCCATGGGCAAGNNNNNNNNNNTTATAGTCATCC-ACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
1 GATATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAATCA-CCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
23931 TTTAAATGATTTTATAACCTCATTATTAATTTTAGTTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAC
65 TTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTATATGTTTTTATTAAAA
* **
23996 CGGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAA
130 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAA
* * *
24039 GATATCCATTGATAAGAAAAGTCCACTTCTAATCACCAATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACT
1 GATATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAATCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* *
24104 TTAAGTGATTTTATAACCTTATAATTAATTTTAATTT-AA-TTTTTTATATAGTTTTTATTAAAA
66 TTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTATAT-GTTTTTATTAAAA
********** *
24167 CAGATTATAATNNNNNNNNNNCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
130 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAA
* * ** * * * **********
24210 GATATTCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTNNNNNNNNNNT
1 GATATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAATCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * * * **
24275 TTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTTATTAACGC
66 TTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTATATGTTTTTATTAAAAC
* *
24338 AGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAACAAACATGAA
131 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA
24374 GAAANNNNNN
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 113, Indels: 17
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 45 0.12
171 207 0.54
172 126 0.33
173 8 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
GATATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAATCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTAAATTTTTTTATATGTTTTTATTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAA
Done.