Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397610.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3131.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4727
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Warning! 370 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1742 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 848--4727 Score: 2127
Period size: 171 Copynumber: 22.7 Consensus size: 168
838 NNNNNNNNNN
* * ** *
848 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAGTTTTTTTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-A-AATTTTTTAC
* ** * * * * *
913 ATTTTTTGTTAAATATATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAACAAAAGTCATCCAT
64 ATTTTTTATTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCAT
* ** *******
978 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTGCTTAAGTCNNNNNNN
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
*** * * * *
1019 NNNTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAG-TAGAATTGTTTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA-AATT-TTTTAC
* * * * * * *
1083 ATTTTATGTTAACATATATTATAATTCAATATCT-ACTTCAGAAAACATGAAGCAAAAGTCATCG
64 ATTTTTTATTAA-ATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTT-AG-AAACATGAAGCAAAAGTCATCC
* * * * ** * * *
1147 ATCGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATTGCTGAAGT-ATTCAAA
126 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * * * * **********
1189 GGCCTTATAAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTACA
1 -GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACA
* * * *
1254 TTTTTTGCTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCAT
65 TTTTTT-ATTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCAT
* ** *
1319 TGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCGGTTAAGTATTTGAAA
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* ********** * * **
1360 GCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAGTTTTTTTACC
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTA-C
* ** * * *
1425 GTTTTTGT-TTAAATATATTCTAATTGAACGTCTGCTTTAGGAAA-AGTGAAGCAAAAGGCATCC
64 ATTTTT-TATTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACA-TGAAGCAAAAGTCATCC
** * * * **
1488 ATTGGTGAGGAAAGTTCATATATAGTCACTTAAGTCTTCAAAA
126 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
********* * * *
1531 GCCTTATTACTCG-TTNNNNNNNNNNTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTT-AAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTAC
* *
1595 ATTTTTTATTAGAATATATTAAAATTGAGTGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA
64 ATTTTTTATTA-AATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA
* ** *
1660 TT-ACTAAGAAAAGTATATTTACAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
127 TTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * * * *
1702 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTTAAGTGTTTTACC
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TTAAATTTTTTACA
** * * * * * * * ***
1767 TTTTTGGTCAAA-ACAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAAGTAATNNN
65 TTTTTTATTAAATATA-TTAA-AATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA
******* * * ** * * *
1831 NNNNNNNGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAA
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * *
1873 GCCTTATTACTCGCTTTAAAA-GGTTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTAC
1 GCCTTATTACTCGC-TTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTAC
* * ** * **** * * **
1937 A-TTTTTAGTTCAAACAGA-TAATGTTTGAAAGTCAATATTAGGAA-ATGTTAAGAAAAAACCAT
64 ATTTTTTA-TT-AAATATATTAA-AATTGAATGTCTGCCTTAGAAACATG--AAGCAAAAGTCAT
* * ********** ** *** *
1999 TCATTGGCAAGAACAGTCNNNNNNNNNNCACCCATCCCTTCGAAA
124 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * ** * *
2044 GCCTTATCACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTATT
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA-AATTTTTTA-C
* * * * * * *
2108 ATTTTTTGTTAAATATATTATAATTAAAAGTCTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCAT
64 ATTTTTTATTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCAT
* * * *
2173 TGGCAAGAAAGGTCCTTTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAAA
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * * * * *
2214 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTACC
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* ** ** *
2279 TTTTTTGCTTAAATATATTCTAACAGAACGTCTG-CTTCAGGAAACATGAAGCAAAA-TGCATCC
65 TTTTTT-ATTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTT-A-GAAACATGAAGCAAAAGT-CATCC
* * *
2342 ATTGGCAA-AGAAAGTTCATATATAGTCACTTAAGTCTTCGAAA
126 ATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
********** * *
2385 GCCTTATTANNNNNNNNNNATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTAACA
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACA
* * *
2450 TTTTTTATTAAAATATATTAAAAGTGAGTGTCTGCCTT-GCAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCA
65 TTTTTTATT-AAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTTAG--AAACATGAAGCAAAAGTCATCCA
* * ** * *
2514 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTGCAGCCGCTTAAGTCTTTGAAA
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * * * **
2556 GCCTTATTACTCGCTTATAATGGTTTTATAATCACATATTTGATTTTAAGTTTATGTTTTTTAC-
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TTAAATTTTTTACA
* * * * * * * * *
2620 CTTTTTAGTCAAA-ATAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAACTAATTC
65 TTTTTTA-TTAAATATA-TTAA-AATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGCAAAAGTCATCC
* * * ** *
2684 ATTGACAAG-AAGGTCCATCTATAGTCAC-CCAGGCTTTCGAAA
126 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTT-GAAA
* ** *
2726 GCTTTATTACTCATTTTAAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTTTTAC
1 GCCTTATTACTC-GCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTAC
* * * ** **** * * ** *
2790 ATTTTTTGTTCAAACAGA-TAATGTTTGAATGTCAATATTAGGAA-ATGTTAAGAAAAAACCATT
64 ATTTTTTATT-AAATATATTAA-AATTGAATGTCTGCCTTAGAAACATG--AAGCAAAAGTCATC
* * * ** ** *
2853 CATTGGTAAGAACAGTCCATCTATAGTCACCCATCTCTTCGAAA
125 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * * * * * * * * *
2897 GTCTTATCACTTGCTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATA
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACA
* * * * * *
2962 TTTTTTATTGAAA-ATATTATAATTGAAAGTTTACCTCGAGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCAT
65 TTTTTTATT-AAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCAT
* * * *
3026 TGGCAAGAAAGGTCCATTTGTAATCGCTTAAGTCTTTGAAA
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * *
3067 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTC-TAATTAATTTTAATTTAAGGTTTTTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTAATTTTAAGTTAA-ATTTTTTAC
* * ** * * *
3131 CTTTTTTGCTTAAATATATTCTAACTAAACGTCTG-CTTCAGGAAACATGAAGCAAAA-TGCATC
64 ATTTTTT-ATTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTT-A-GAAACATGAAGCAAAAGT-CATC
* * * * *
3194 CATTGGCAAGGAAAGTTCATATATAGTCATTTAAGTCTTCGAAA
125 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * *
3238 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTGCA
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* * * * * * *
3303 TGTTTTACTAAAATATATTAAAATTGAGTGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCAT
65 TTTTTTA-TTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTTAG-AAACATGAAGCAAAAGTCATCCAT
* * * *
3368 T-ACTAAGCAAAGTCCATTTACAGTCGCTTAAGTCTTTGAAA
128 TGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * * *
3409 GCCTTATTACTCGTTTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTTAAGTTTTTTACC
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TTAAATTTTTTACA
** * * * * * * *
3474 TTTTTGGTCAAA-ATAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAAGTAATTCA
65 TTTTTTATTAAATATA-TTAA-AATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA
* * * ** * * *
3538 TTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAA
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * *
3580 GCCTTATTACTCACTTTAAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTAC
1 GCCTTATTACTCGC-TTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTAC
** * * ** **** * * * ** *
3644 ATTTTTGGTTCAAACAGA-TAATGTTTGAATGTCAATATTAGGAAACTTTAAGAAAAAACCATTC
64 ATTTTTTATT-AAATATATTAA-AATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGCAAAAGTCATCC
* * * ** *
3708 ATTGGCAAGAACAGTCCATCTATATTCA-TCCA-TCCCTTCGAAA
126 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGT--CTTTGAAA
* * * * * *
3751 GCCTTATCACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAA
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACA
* * * * * * * *
3816 TTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCATCGAGAAATATAAAGTAAAAGTCATCCATT
65 TTTTTTATTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATT
* * * * *
3881 GGCAAGAAAGGTCTACTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAATA
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAA-A
* * * * ** *
3922 -CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCCTAATTAATTTTAATTTGAGTTTTTTTACC
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* ** ** * *
3986 GTTTTCCTTAAATATATTTTAACTGAATGTCTG-CTTCAGGAAACATTAAGCAAAA-TGCATCCA
65 TTTTTTATTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTT-A-GAAACATGAAGCAAAAGT-CATCCA
* * ** * *
4049 TTGGCAAGGAAAGTTCAAATATAGTCACTTAAATCTTCGAAA
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * * * *
4091 GCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTGTTTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
* * * * *
4156 TTTTTTATTCAAATATATTAAAATTGAGTGTCTTCCTTGAAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCAT
65 TTTTTTATT-AAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCAT
* * ** *
4221 TAGTAAGAAAAGTCCATTTGCAGTCGCTTAAGTCTTTGAAA
128 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
** * * *
4262 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATAACATAATTAATTTTAAGTTCAAGTTTTTGACC
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA
** * * * * * * * * *
4327 TTTTTGGTCAAA-ATAGATAATATTTGAATGTCTACGTTAGGAAACATAAAGAAAAAGTAATTCA
65 TTTTTTATTAAATATA-TTAA-AATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA
* * * ** *
4391 TTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAA
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* *
4433 TCCTTATTACTCGCTTTAAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTTTTAC
1 GCCTTATTACTCGC-TTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTAC
* * * ** * **** * * * ** *
4497 -TTTTTTGGTTCAAACAGA-TAATGTTTGAATGCCAATATGAGGAAACATTAAGAAAAAACCATT
64 ATTTTTT-ATT-AAATATATTAA-AATTGAATGTCTGCCTTA-GAAACATGAAGCAAAAGTCATC
* * ** *** *
4560 CATTGGCAAGAACAGTCCATCTATAGTCACCCATCCCTTCGAAA
125 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
* * * * * * * *
4604 GCCTTATCACTTGCTTGAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAAGTTTTTAATA
1 GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACA
* * * * * *
4669 TTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTCAATAAACATAAAGCAAAAGTCA
65 TTTTTTATTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAACATGAAGCAAAAGTCA
Statistics
Matches: 2828, Mismatches: 752, Indels: 259
0.74 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 38 0.01
170 822 0.29
171 1866 0.66
172 91 0.03
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
GCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT
TTTTTATTAAATATATTAAAATTGAATGTCTGCCTTAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAA
Found at i:3109 original size:853 final size:855
Alignment explanation
Indices: 1243--4727 Score: 5123
Period size: 853 Copynumber: 4.1 Consensus size: 855
1233 NNNNNNNNNN
* * * *
1243 AATTTTTT-ACATTTTTTGCTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACATAAAGCA
1 AATTTTTTAATATTTTTTG-TTAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTCGAGAAACATAAAGCA
* * *
1307 AAAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCGGTTAAGTATTTGAAAGCCTTATTACTC
65 AAAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTC
********** * * * *
1372 GCTTTANNNNNNNNNNTAATC-TCATAATTGATTTTAATTTGAGTTTTTTTACCGTTTTTGTTTA
130 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGCTTA
** * * **
1436 AATATATTCTAATTGAACGTCTGCTTTAGGAAA-AGTGAAGCAAAAGGCATCCATTGGTGAGGAA
195 AATATATTCTAACAGAACGTCTGCTTCAGGAAACA-TGAAGCAAAATGCATCCATTGGCAAGGAA
* ********* *
1500 AGTTCATATATAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTNNNNNNNNNNTAATAATC
259 AGTTCATATATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATAGTTTTATAATC
* * *
1564 TCATAATTGATTTTAAGTT-AAAGTTTTTTATATTTTTTATTAGAATATATTAAAATTGAGTGTC
323 TCATAATTAATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAGTGTC
* ** *
1628 TGCCTTGAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTACTAAGAAAAGTATATTTACAGTCACTTAAG
387 TGCCTTGAAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTACTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCGCTTAAG
*
1693 TCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTTAAG
452 TCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTTAAG
* *
1758 TGTTTTACCTTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAA
517 TTTTTTACCTTTTTGGTCAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAA
********** *
1823 GTAATNNNNNNNNNNGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
582 GTAATTCATTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT
* *
1888 TTAAAAGGTTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTAGTTCAAACA
647 TTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTGTTCAAACA
* *
1953 GATAATGTTTGAAAGTCAATATTAGGAAATGTTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCN
712 GATAATGTTTGAATGTCAATATTAGGAAATGTTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCC
********* * **
2018 NNNNNNNNNCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTTGTAA
777 ATCTATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAA
2083 TTGATTTTAAGTAG
842 TTGATTTTAAGTAG
* * * * *
2097 AATTTTTTATTATTTTTTGTTAAATATATTATAATTAAAAGTCTACCTTGGGAAACATAAAGCAA
1 AATTTTTTAATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTCGAGAAACATAAAGCAA
*
2162 AAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCTTTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
66 AAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* *
2227 CTTTAAATGGTTTTA-AAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGCTTAA
131 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGCTTAA
*
2291 ATATATTCTAACAGAACGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAATGCATCCATTGGCAAAGAAAG
196 ATATATTCTAACAGAACGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAATGCATCCATTGGCAAGGAAAG
**********
2356 TTCATATATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATAGTTTTATAATCTCA
261 TTCATATATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* *
2421 TAATTAATTTTAAGTT-AAAGTTTTTAACATTTTTTATTAAAATATATTAAAAGTGAGTGTCTGC
326 TAATTAATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAGTGTCTGC
* * * *
2485 CTTGCAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTGCAGCCGCTTAAGTCT
390 CTTGAAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTACTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCGCTTAAGTCT
* * * *
2550 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTATAATGGTTTTATAATCACATATTTGATTTTAAGTTTATGTTT
455 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTTAAGTTT
* *
2615 TTTACCTTTTTAGTCAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAACTA
520 TTTACCTTTTTGGTCAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAAGTA
* * *
2680 ATTCATTGACAAG-AAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTA
585 ATTCATTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
2744 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGAT
650 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTGTTCAAACAGAT
*
2809 AATGTTTGAATGTCAATATTAGGAAATGTTAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAACAGTCCATC
715 AATGTTTGAATGTCAATATTAGGAAATGTTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCCATC
* * * *
2874 TATAGTCACCCATCTCTTCGAAAGTCTTATCACTTGCTTGAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG
780 TATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
2939 ATTTTAGGTTG
845 ATTTTAAGTAG
* * *
2950 AATTTTTTAATATTTTTTATTGAAA-ATATTATAATTGAAAGTTTACCTCGAGAAACATAAAGCA
1 AATTTTTTAATATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTCGAGAAACATAAAGCA
*
3014 AAAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTGTAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTC
65 AAAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTC
*
3079 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTC-TAATTAATTTTAATTT-AAGGTTTTTTACCTTTTTTGCTT
130 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTCATAATTAATTTTAATTTGAA-TTTTTTTACCTTTTTTGCTT
3142 AAATATATTCTAACTA-AACGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAATGCATCCATTGGCAAGGA
194 AAATATATTCTAAC-AGAACGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAATGCATCCATTGGCAAGGA
*
3206 AAGTTCATATATAGTCATTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
258 AAGTTCATATATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * *
3271 TCATAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTGCATGTTTTACTAAAATATATTAAAATTGAGTGTCT
323 TCATAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAGTGTCT
* * * *
3336 ACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTACTAAGCAAAGTCCATTTACAGTCGCTTAAGT
388 GCCTTGAAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTACTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCGCTTAAGT
*
3401 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTTAAGT
453 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTTAAGT
3466 TTTTTACCTTTTTGGTCAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAAG
518 TTTTTACCTTTTTGGTCAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAAG
3531 TAATTCATTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
583 TAATTCATTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
*
3596 TAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTGGTTCAAACAG
648 TAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTGTTCAAACAG
3661 ATAATGTTTGAATGTCAATATTAGGAAACT-TTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCC
713 ATAATGTTTGAATGTCAATATTAGGAAA-TGTTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCC
* *
3725 ATCTATATTCATCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAA
777 ATCTATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
3790 TTGATTTTAAGTTG
842 TTGATTTTAAGTAG
* * * *
3804 AATTTTTTAAAATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCATCGAGAAATATAAAGTAA
1 AATTTTTTAATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTCGAGAAACATAAAGCAA
* *
3869 AAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCTACTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAATA-CCTTATTACTC
66 AAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAA-AGCCTTATTACTC
* * * * *
3933 GCTTTAAATGATTTTATAATC-TCCTAATTAATTTTAATTTGAGTTTTTTTACC-GTTTTCCTTA
130 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGCTTA
* * * *
3996 AATATATTTTAACTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATTAAGCAAAATGCATCCATTGGCAAGGAAA
195 AATATATTCTAACAGAACGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAATGCATCCATTGGCAAGGAAA
* * * *
4061 GTTCAAATATAGTCACTTAAATCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTC
260 GTTCATATATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * *
4126 ATAATTGATTTTAAGTTGAAATTGTTTACATTTTTTATTCAAATATATTAAAATTGAGTGTCTTC
325 ATAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAGTGTCTGC
* * *
4191 CTTGAAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTGCAGTCGCTTAAGTCT
390 CTTGAAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTACTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCGCTTAAGTCT
* *
4256 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATAACATAATTAATTTTAAGTTCAAGTTT
455 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTTAAGTTT
* * * *
4321 TTGACCTTTTTGGTCAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACGTTAGGAAACATAAAGAAAAAGTA
520 TTTACCTTTTTGGTCAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAAGTA
* * * *
4386 ATTCATTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAATCCTTATTACTCGCTTTA
585 ATTCATTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
4451 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTTTTAC-TTTTTTGGTTCAAACAGA
650 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTT-GTTCAAACAGA
* * **
4515 TAATGTTTGAATGCCAATATGAGGAAACATTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCCAT
714 TAATGTTTGAATGTCAATATTAGGAAATGTTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCCAT
*
4580 CTATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTGAAATGGTTTTTTAATCTCATAATT
779 CTATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
4645 GATTTTAAGTAA
844 GATTTTAAGTAG
* * *
4657 AAGTTTTTAATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTCAATAAACATAAAGCAA
1 AATTTTTTAATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTCGAGAAACATAAAGCAA
4722 AAGTCA
66 AAGTCA
Statistics
Matches: 2388, Mismatches: 225, Indels: 37
0.90 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
852 7 0.00
853 1456 0.61
854 913 0.38
855 12 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (855 bp):
AATTTTTTAATATTTTTTGTTAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCCTCGAGAAACATAAAGCAA
AAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGGTTTTATAATCTTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGCTTAA
ATATATTCTAACAGAACGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAATGCATCCATTGGCAAGGAAAG
TTCATATATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
TAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAGTGTCTGCC
TTGAAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTACTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCGCTTAAGTCTT
TGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTTAAGTTTT
TTACCTTTTTGGTCAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAAGTAA
TTCATTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
AAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTCTCTTACATTTTTTGTTCAAACAGATA
ATGTTTGAATGTCAATATTAGGAAATGTTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCCATCT
ATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTAG
Found at i:4663 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1558--4664 Score: 1699
Period size: 341 Copynumber: 9.1 Consensus size: 337
1548 NNNNNNNNTA
* * ** * * *
1558 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTATATTTTTTA-TTAGAATATATTAA-AATT
1 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTGA-CCTTTTTAGTCAAAATAGA-TAATAATT
* * * * * ** * *
1621 GAGTGTCTGCCTT-GAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATT-ACTAAGAAAAGTATATTTACAG
64 GAATGTCT-ACTTAG-GAAACATAAAGAAAAAGTCATCCATTGAC-AAG-AAAGTCCATCTATAG
** * *
1684 TCACTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTT
125 TCACCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
* * * * * * * *** *
1748 TAAGTTTAAGTGTTTTACCTTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAACA
189 TAAG-TTAAATTTTTTACTTTTTTGTTC-AAATAGATAATAATTGAATGCCAATATGAGGAAACA
* ********** * *
1813 TGAAGAAAAAGTAATNNNNNNNNNNGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCTT
252 TGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAA-GTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTT
*
1878 ATTACTCGCTTTAAAAGGTTTT
316 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * **
1900 ATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTAAA-TTCTCTT-ACATTTTTAGTTC-AAACAGATAATGTT
1 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTT-T-TTGACCTTTTTAG-TCAAAATAGATAATAAT
* ** * ** * * *********
1962 TGAAAGTCAATA-TTAGGAAATGTTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCNNNNNNNNN
63 TGAATGTC--TACTTAGGAAACATAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAA-AGTCCATCTATAG
* *** * * * ** *
2026 NCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGC-TTAAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTT
125 TCACCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
* * * * * * *
2090 TAAG-TAGAATTTTTTATTATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTAAAAGTCTACCT-TG-GGAA
189 TAAGTTA-AATTTTTTA--CTTTTTTGTTCAAATAGATAATAATTGAATG-CCA-ATATGAGGAA
* * * * * * ** *
2151 ACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCTTTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAAAGC
249 ACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAA-GTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGC
2216 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
313 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * * ** **
2241 AAAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTACCTTTTTTG-CTTAAATATATTCTAACAG
1 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTGACCTTTTTAGTC-AAAATAGATAATAATTG
* * * * * * *
2305 AACGTCTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAA-TGCATCCATTGGCAAAGAAAGTTCATATATAGTC
65 AATGTCTACTT-AGGAAACATAAAGAAAAAGT-CATCCATTGAC-AAGAAAGTCCATCTATAGTC
** * ********* *
2369 ACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATA-GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
127 ACCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* * * * * * *
2433 AGTTAAAGTTTTTAACATTTTTTATTAAAATATATTAA-AAGTGAGTGTCTGC-CT-TGCA--AA
191 AGTTAAA-TTTTTTAC-TTTTTTGTTCAAATAGA-TAATAATTGAATG-C--CAATATG-AGGAA
* * * * * ** * * ** *
2493 ACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTGCAGCCGCTTAAGTCTTTGAAAGC
249 ACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGC
2558 CTTATTACTCGC-TTATAATGGTTTT
313 CTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTT
* * * * * * *
2583 ATAATCACATATTTGATTTTAAGTTTATGTTTTTTACCTTTTTAGTCAAAATAGATAATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTGACCTTTTTAGTCAAAATAGATAATAATTGA
* * * * * *
2648 ATGTCTGCATTAGGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGACAAGAAGGTCCATCTATAGTCACC
66 ATGTCTAC-TTAGGAAACATAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAGTCCATCTATAGTCACC
* * ** *
2713 C-AGGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCATTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGT
130 CAAGTCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
* ** * * ** *
2777 TAAATTCTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATAATGTTTGAATGTCAATATTAGGAAATGTTAAG
194 TAAATT-TTTTAC-TTTTTTGTTCAAATAGATAATAATTGAATGCCAATATGAGGAAACATGAAG
** * * ** * *
2842 AAAAAACCATTCATTGGTAAGAACAGTCCATCTATAGTCACCCATCTCTTCGAAAGTCTTATCAC
257 AAAAAGTCATCCATTGGCAAGAA-AGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * *
2907 TTGCTTGAAATAGTTTT
321 TCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * ** * * *
2924 ATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTGAAAAT--ATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTGA-CCTTTTTAGTCAAAATAGATAATAATTG
* * * * * * * * * *
2987 AAAGTTTACCTCGAGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTGTAATCG
65 AATGTCTACTTAG-GAAACATAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAA-GTCCATCTATAGTCA
** *
3052 CTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTC-TAATTAATTTTAA
128 CCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATC-TCATAATTAATTTTAA
* * * ** * * * *** *
3116 TTTAAGGTTTTTTACCTTTTTTGCTT-AAATATATTCTAACTAAACGTCTGCT-TCAGGAAACAT
192 GTTAA-ATTTTTTA-CTTTTTTG-TTCAAATAGATAATAATTGAATG-CCAATATGAGGAAACAT
* * * ***
3179 GAAGCAAAA-TGCATCCATTGGCAAGGAAAGTTCATATATAGTCATTTAAGTCTTCGAAAGCCTT
253 GAAGAAAAAGT-CATCCATTGGCAA-GAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTT
*
3243 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
316 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
3265 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTG-CATGTTTTACT-AAAATATATTAA-AAT
1 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAAGTTTTTGACCT-TTTTAGTCAAAATAGA-TAATAAT
* * * * * * *
3327 TGAGTGTCTACCTT-GGAAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATT-ACTAAGCAAAGTCCATTTACA
63 TGAATGTCTA-CTTAGG-AAACATAAAGAAAAAGTCATCCATTGAC-AAG-AAAGTCCATCTATA
* ** *
3390 GTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATT
124 GTCACCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTAATT
* * * * * *** *
3454 TTAAGTTTAAGTTTTTTACCTTTTTGGTCAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCATTAGGAAAC
188 TTAAG-TTAAATTTTTTACTTTTTTGTTC-AAATAGATAATAATTGAATGCCAATATGAGGAAAC
* * * * *
3519 ATGAAGAAAAAGTAATTCATTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAGCCT
251 ATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAA-GTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCT
* *
3584 TATTACTCACTTTAAAAGGTTTT
315 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * **
3607 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAA-TTCTCTT-ACATTTTTGGTTC-AAACAGATAATGTT
1 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTT-T-TTGACCTTTTTAG-TCAAAATAGATAATAAT
* * ** * * *
3669 TGAATGTCAATA-TTAGGAAACTTTAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCCATCTATAT
63 TGAATGTC--TACTTAGGAAACATAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAA-AGTCCATCTATAG
* *** * * * * * *
3733 TCATCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
125 TCACCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* * * * * * *** *
3798 AAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTTGTT-AAATATATTATAATTGAAAGTCTGCATCGA-GAAATA
190 AAGTTAAATTTTTT--ACTTTTTTGTTCAAATAGATAATAATTGAATGCCAATAT-GAGGAAACA
* * * * * ** *
3861 TAAAGTAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAGGTCTA-CTTATAATCGCTTAAGTCTTTGAATA-CC
252 TGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAA-GTCCATC-TATAGTCACCCAAGTCTTCGAA-AGCC
*
3924 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
314 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * ** * * ** *
3948 ATAATCTCCTAATTAATTTTAA-TTTGAGTTTTTTTACCGTTTTCCT-TAAATATATTTTAACTG
1 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAG-TTTTTGACCTTTTTAGTCAAAATAGATAATAATTG
* * * * * **
4011 AATGTCTGCTTCAGGAAACATTAAGCAAAA-TGCATCCATTGGCAAGGAAAGTTCAAATATAGTC
65 AATGTCTACTT-AGGAAACATAAAGAAAAAGT-CATCCATTGACAA-GAAAGTCCATCTATAGTC
** * * * ** *
4075 ACTTAAATCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
127 ACCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
* * * * * *
4140 GTTGAAATTGTTTACATTTTTTATTCAAATATATTAA-AATTGAGTGTCTTC-CT-TGA-AAAAC
192 GTT-AAATTTTTTAC-TTTTTTGTTCAAATAGA-TAATAATTGAATG-C--CAATATGAGGAAAC
* * * * * * ** * ** *
4201 GTGAAGCAAAAGTTATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTGCAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCT
251 ATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCT
*
4266 TATTACTCGCTTAAAATGGTTTT
315 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * * *
4289 ATAATAACATAATTAATTTTAAGTTCAAGTTTTTGACCTTTTTGGTCAAAATAGATAATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTGACCTTTTTAGTCAAAATAGATAATAATTGA
* *
4354 ATGTCTACGTTAGGAAACATAAAGAAAAAGTAATTCATTGACAAGAAAGGTCCATCTATAGTCAC
66 ATGTCTAC-TTAGGAAACATAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAA-GTCCATCTATAGTCAC
* * *
4419 CCAAGCCTTTGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGT
129 CCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
* ** *
4484 TAAATTCTTTTACTTTTTTGGTTCAAACAGATAATGTTTGAATGCCAATATGAGGAAACATTAAG
194 TAAATT-TTTTACTTTTTT-GTTCAAATAGATAATAATTGAATGCCAATATGAGGAAACATGAAG
** * *** *
4549 AAAAAACCATTCATTGGCAAGAACAGTCCATCTATAGTCACCCATCCCTTCGAAAGCCTTATCAC
257 AAAAAGTCATCCATTGGCAAGAA-AGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
* *
4614 TTGCTTGAAATGGTTTT
321 TCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
4631 TTAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAAGTTTTT
1 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTT
4665 AATATTTTTT
Statistics
Matches: 2096, Mismatches: 545, Indels: 248
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 10 0.00
340 200 0.10
341 915 0.44
342 911 0.43
343 54 0.03
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTGACCTTTTTAGTCAAAATAGATAATAATTGA
ATGTCTACTTAGGAAACATAAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAGTCCATCTATAGTCACCC
AAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA
AATTTTTTACTTTTTTGTTCAAATAGATAATAATTGAATGCCAATATGAGGAAACATGAAGAAAA
AGTCATCCATTGGCAAGAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTT
Done.