Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400828.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_400.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30386
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Warning! 6680 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:521 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15--788 Score: 471
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 168
5 GTTAAGGGAA
* **
15 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-ATAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTAC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA-AACATGAAGAAAAAAGCATTTTTTGGCAAGAAAAGT-C
** * * * * * *
78 ATTTATAGTCTC-CTATTCCTTTAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATG-ATTTTATTATCTCAA
64 ATTTATAGTAACAC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAA-GCGTTTTATAATCTCAT
* * * * *********
141 AATTGATTTTATGTTCAGGTTTTTTAACATTTTTNNNNNNNNNNA-
127 AATTGATTTTAAGATGA-ATTTTTT-ACA-TTTT-GGTTAAAACAG
* * * * * * **
186 ACTATAATTGAATGTATGCCTCGAGAAATATGAAGAAAAATGCATTCATTGGC-AGAAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTTTTGGCAAG-AAAAGT-C
* ** * * * * *
250 ATTTATATTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATG-GCTTTATAATCTCATA
64 ATTTATAGTAACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAA-GCGTTTTATAATCTCATA
*********** *
314 ATTGNNNNNNNNNNCAATTGTTTTACATTATTGGTTAAAATAG
128 ATTGATTTTAAGATGAATT-TTTTACATT-TTGGTTAAAACAG
* * *
357 TTTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTTTTGGTAAGAAAAGTCGA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTTTTGGCAAGAAAAGTC-A
* * *
422 TTTATAGTAAC-C-TGTCCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAGCGTTTTATAATCTCA-A
65 TTTATAGTAACACAT-T-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAAGCGTTTTATAATCTCATA
* *
484 ATATGGTTTTAA-ATTAATTTTTCTTACATGTTTGGTTAAAACAG
128 AT-TGATTTTAAGATGAA-TTTT-TTACAT-TTTGGTTAAAACAG
* * * * ** **
528 ATTACAATTGAATGTCTACCTTGTGACACGT-AGAGAAAAGGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAAGCATTTTTTGGCAAGAAAAGT-C
* **
592 ATTTATAGTAACACATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACCTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
64 ATTTATAGTAACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAAGCGTTTTATAATCTCATAA
* **
657 TTGATTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
129 TTGATTTTAAGATGAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAG
** * * *
698 ACAATAATTGAATGT-TGACCCTGAGAAACATGTAG-AAAAATCTATTTATTTGGCAAGAAAAGT
1 ATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTT-TTTGGCAAGAAAAG-
*
761 TCATTTATAGTCAGC-CATTCCTTCAAAA
62 TCATTTATAGT-AACACATTCCTTCAAAA
789 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 97, Indels: 58
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 59 0.12
171 306 0.64
172 104 0.22
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTTTTGGCAAGAAAAGTCAT
TTATAGTAACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAAGCGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGATGAATTTTTTACATTTTGGTTAAAACAG
Found at i:2244 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1422--3126 Score: 796
Period size: 170 Copynumber: 10.0 Consensus size: 170
1412 NNNNNNNNNN
* * *
1422 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCGT-CCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT--TACCTTGA
* * *
1486 GAAACATGTAGAAAAA-TCTATTTATTGGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
64 GAAACGTGTAGAAAAACTC-ATTTATTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * * *
1550 AAATCTTTATTACTCGCCTTAGATGGTTTTATAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
********** * * * *
1593 TGATTTTAANNNNNNNNNNTTATATTTTTTATTAAAATAGA-TAATAATTCAATGATTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATG-TTACCTTGA
* * * * ** **
1657 AAAACGTGTACAACAACTCATTTATTTGG-AAAAAAAGTTCATTTATAGTCTTTCATTTGTTCAA
64 GAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
* * **********
1721 AAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAAT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
1763 TGATTTTAAGTTGACTTTTTTATAGTTTTT-GTTAAAATAGACTGA-AATTTAATGCATGCCTT-
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATG-TTACCTTG
* * * * * * * *
1825 ACAAAACGTGTAGAAAAACTTAGTTATTT-ACAATAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATTCCTTC
63 A-GAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
********** * *
1889 AAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * * * *
1933 TGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATTTTTATCTCAT
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTTA-C-CTT
* * ** * ** * ******
1998 GACAAA-TTG-AGAAAAAGGCATTCA-TTGATAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCTCANNNNNN
62 GAGAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATTCCTT
**** * *
2059 NNNNAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAAT
126 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
2104 TGATTTCAAGTTGAATTGTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTGGCCTTGAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT-ACCTTGAG
* * * * *
2169 AAACATGTAAAAAAACCCCTTTATTTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
65 AAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* **********
2234 AGCCTTATTACTCACCTTT-AATNNNNNNNNNNTCTCATAAT
130 AGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * *
2275 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGGCAATAAGTGAATGGCTACCTCGAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTTACCTTGAG
* * * *
2340 AAACGTGTAGAAAAACTTATTTATTTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTAAC-CAATTCATTCAA
65 AAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAA
* *****
2403 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNN
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
***** * * ** * * * * *
2445 NNNNNTTAAGTTCACTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGACTATAATTGAAAGCCTACCTCGGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGAG
* * * * * * *
2510 AAACGTGTAGAAAAACTTAGTTATTTAG-AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCCAA
65 AAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* * * ** * * *
2574 CGCCCTATTACTCACTTTATGTAGTTTTCTAATCTGATAAT
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ********** * * *
2615 TGATTTCAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNNNTTAAGACAGACTATAATTGAATGTCGA-CTCGAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGAG
* * * * * * * *
2679 ATAGGTGTAGAAAAGCTCATTTATTTTGCAA-AAATGGTTCATTTAGAGTAACCCATTCCTTCAA
65 AAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAA-AGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
* ** * *****
2743 AAGCCTAATTGTTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCNNNNN
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
***** * * ** * * ** *
2785 NNNNNTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCGTTAAAATTG-GTAATAATTGACTGGTTGTCTAGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAAT-GTTACCTTGA
* * * ********* **
2849 GAAACATGCAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAG-TCNNNNNNNNNNCTTTCATTCCTTCA
64 GAAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* *
2912 AAAGCCTTATTACTTGCTTCATAA-GGTTTTATAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * ** * *
2955 TGTTTTTAAGTTGACTTTTTTATATTTTTTGTTGAAACAGACTATAATTTAATACATGCCTTGGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTTACCTTGAG
* * * **
3020 AAATGTGTAGAAAAACTTAGTTATTTGG-AAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAA
65 AAACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
*
3083 AAGTAC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
129 AAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
3125 TG
1 TG
3127 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1088, Mismatches: 405, Indels: 83
0.69 0.26 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 50 0.05
170 680 0.62
171 330 0.30
172 15 0.01
173 5 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTACCTTGAGA
AACGTGTAGAAAAACTCATTTATTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:6646 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 6469--6797 Score: 358
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
6459 TATTACTCGC
*
6469 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTA-GATTTAATTTTTTTACATTATTAGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTACG-TTCAATTTTTTTACATTATTAGTTAAA
* * * * * *
6532 ACAGATTATATTTGAATGTCTACCTCCAGAAACAT-GAAGAAAAAGGTATTTATTGACAAGAAAA
64 ACAGATTA-AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAG-AGAAAAAGGCATTCAATAACAAGAAAA
* **
6596 GTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCT
127 GTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* *
6630 NNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAATTTGATTTTACGTTCAATTTTTTTACATTTT
1 ----------TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTACGTTCAATTTTTTTACATTAT
* * *
6695 TGGTTAAAACATATTAAATTGAATGTCTACCTCAAGACACATAGAGAAAAAGGCATTCAATAACA
56 TAGTTAAAACAGATTAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAGAGAAAAAGGCATTCAATAACA
* *
6760 AGAAAAGTCCATTTGTAGCCACCCATTCCTTCGAAAGC
121 AGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGC
6798 GTTATTACTC
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 17, Indels: 7
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 75 0.54
171 62 0.45
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTACGTTCAATTTTTTTACATTATTAGTTAAAAC
AGATTAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAGAGAAAAAGGCATTCAATAACAAGAAAAGTCC
ATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
Found at i:7514 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7175--7541 Score: 413
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
7165 NNNNNNNNNN
* * *
7175 TTGATTTTAA-GTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTGAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTT
1 TTGA-TTTAATGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTA
* * * * * **
7239 GTGAAATGTGAAAAAATAAGCATTCTTTAGCTAGAGAAGTCTGTTTATAGTCACCCATTCCTTCA
65 GTGAAACGTGAAAAAATAAGCATTATTTAGATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
7304 AAAGCCTTATTACCCCTTTTAAATAATTTTACTATCTCAAAA
130 AAAGCCTTATTACCACTTTAAAATAATTTTACTATCTCAAAA
* *
7346 TTGATTTAATGTTCAATTATTTTTACA-TTTTAGTTAAGAA-AAACTATAATTGAATGTCTACCT
1 TTGATTTAATGTTCAATT-TTTTTACATTTTTAGTGAA-AACAAACCATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
7409 CAG-GAAACGTGAAGAAAA-AAGCATTTATTTATATAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCT
64 -AGTGAAACGTGAA-AAAATAAGCA-TTATTTAGATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* ** *
7472 TTCAAAAGTCTTATTACTCAC-TTAAAATTGTTTTATTATCTCAAAA
126 TTCAAAAGCCTTATTAC-CACTTTAAAATAATTTTACTATCTCAAAA
* *
7518 TTGATTTTATGTTCAGTTTTTTTA
1 TTGATTTAATGTTCAATTTTTTTA
7542 ATANNNNNNN
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 24, Indels: 14
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 61 0.37
172 97 0.59
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TTGATTTAATGTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTAG
TGAAACGTGAAAAAATAAGCATTATTTAGATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACCACTTTAAAATAATTTTACTATCTCAAAA
Found at i:7630 original size:172 final size:163
Alignment explanation
Indices: 7282--7698 Score: 329
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 163
7272 GAGAAGTCTG
* * * * * **
7282 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CCCTTTTAAATAATTTTACT-ATCTCAAA
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAC-TTAAAATAGCTTTA-TAATCTCAAA
* * * *
7345 ATTGATTTAATGTTCAATTATTTTTACATTTTAGTTAAGAAAAACTATAATTGAATGTCTACCTC
64 ATTGATTTTATGTTCAGTT-TTTTTA-A---TA---AA-ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * *
7410 AGGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTTATATAAAAAAGTCCA
120 AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATATAAAAAAGTCCA
* * * *
7454 TTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAG-TCTTATTACTCACTTAAAATTGTTTTATTATCTCAAAA
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCACTTAAAATAGCTTTATAATCTCAAAA
* *
7518 TTGATTTTATGTTCAGTTTTTTTAATANNNNNNNNNNAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCTTC
65 TTGATTTTATGTTCAGTTTTTTTAATA----------AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * *
7583 AAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTA-AGAAAAGTTCA
120 AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATATAAAAAAGTCCA
* * ** * *
7626 TTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTCCTCGTTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTAAAATAGCTTTATAATCTCAAAAT
7691 TGATTTTA
66 TGATTTTA
7699 GGTTTAATTT
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 35, Indels: 22
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
170 1 0.01
171 7 0.04
172 136 0.68
173 51 0.26
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (163 bp):
TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTAAAATAGCTTTATAATCTCAAAAT
TGATTTTATGTTCAGTTTTTTTAATAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
AGAAAAAAGCATTCATTGATATAAAAAAGTCCA
Found at i:9640 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9353--9770 Score: 476
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 172
9343 TTAAGTTGAA
* * * * * *
9353 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACA-GGAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATATGAAAAAAA
*
9417 AAGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATT-CTCTA
66 AAGCATTCATTGAGCAAGAAAAGTATATTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTC-A
* * *
9480 TTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTAATGTTCTA-T
130 CTTTAAAAGGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTAATGTTC-AGT
* * * * * *
9523 TTTTTTTACATTTGTGGTTAAGAGAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAATATGAAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATATGAAAAAAA
* * *** *
9588 AAGTATTCATTGA-TAAGAAAA-TATATTTATAGTCTTTCAT-TCTTTTAAAAGCCTTATTACTC
66 AAGCATTCATTGAGCAAGAAAAGTATA-TTATAGTCACCCATGTC-TTCAAAAGCCTTATTACTC
*
9650 ACTTTAAAAGGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAGT
129 ACTTTAAAAGGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTAATGTTCAGT
* * * *
9694 TTTTTTAATATTTTTTA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTATGCCTTGAGAAATAT-AAAGAA
1 TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATATGAAA-AA
9757 AAAAGCATTCATTG
64 AAAAGCATTCATTG
9771 GCANNNNNNN
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 33, Indels: 15
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 55 0.27
171 144 0.70
172 8 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATATGAAAAAAA
AAGCATTCATTGAGCAAGAAAAGTATATTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAAAGGTTTTATTATCTCAAAATTAATTTAATGTTCAGT
Found at i:10659 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10373--10700 Score: 446
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 168
10363 NNNAATTGAT
* *
10373 TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGATTGCCTACCTCAGGAAAC
1 TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGCATACCTCAGGAAAC
* * * *
10438 ATGTAAAAAAACTCATTTATTTGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTTTTTCATTCCTTCAAAAGCCT
66 ATATAAAAAAACTCAGTTATTTGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCC
*
10503 TATTACT-CCTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
131 TATTACTACC-TTGAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
* ** * * *
10541 TTTAAGTTGACTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATACTGTAATTGAATGTATGCCTCTA-GAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGCATACCTC-AGGAAA
* * * *
10605 CGTATAGAAAAACTCAGTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATA-TTATCTCATTCCTTCAAAAGC
65 CATATAAAAAAACTCAGTTATTTGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTT-TCTCATTCCTTCAAAAGC
*
10669 CCTATTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAATCT
129 CCTATTACTACCTTGAAATGGTTTTATAATCT
10701 CATANNNNNN
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 18, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
168 135 0.97
169 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (168 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGCATACCTCAGGAAAC
ATATAAAAAAACTCAGTTATTTGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCC
TATTACTACCTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
Found at i:10948 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10742--11247 Score: 512
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
10732 NNNNAAGTTG
*
10742 AATTTTTTACATATTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGACCTCGAGAAACATATAGAA
1 AATTTTTTACAT-TTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATATAGAA
*** *
10806 AAGCCCATTTATTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
65 AAAAACATTTATTTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * *
10871 CACCTTGAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAATT-A
129 CACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTGAAATTCA
* * * *
10913 AATTATTTTACATTTTTGATTAAAAGAGACTATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTGTAGAA
1 AATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATATAGAA
* * * * * *
10978 AAATGA-ATTTATTT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCTT-TTTTCCAAAAGCCTCA-TA
65 AAA-AACATTTATTTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTT--AAAAGCCTTATTA
* * * * *
11039 GCTCATTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATGGATTTTAAGTTCA
127 -CTCACTTTAAATAG-TTTTATATTCTCAAAATTGATTTGAAATTCA
* * * * *
11085 ATTTTTTTTACTTTTTTGACTT-AAACAGA-TATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACATAAAGA
1 A-ATTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATATAGA
* * * * * * *
11148 AAAAAACATTTA-TTAGAAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTGAAAAACGTTATTGC
64 AAAAAACATTTATTTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
11212 TCACTTTAAATAGTTTTAT-TATCTCAAAATTGATTT
128 TCACTTTAAATAGTTTTATAT-TCTCAAAATTGATTT
11248 TATGTTNNNN
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 46, Indels: 34
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 9 0.03
171 169 0.62
172 85 0.31
173 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATATAGAAA
AAAACATTTATTTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATAGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTGAAATTCA
Found at i:11249 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 10742--11551 Score: 523
Period size: 172 Copynumber: 4.7 Consensus size: 171
10732 NNNNAAGTTG
*
10742 AATT-TTTTACATATTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGACCTCGAGAAACATATAGA
1 AATTATTTTACAT-TTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATATAGA
*** * ** * *
10805 AAAGCCCATTTATTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
65 AAAAAACATTTA-TTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGC
* * * *
10870 TCACCTTGAATAGTTTTA-TATTCTCATAATTGATTTGAAATTA
129 TCACTTTAAATAGTTTTATTA-TCTCAAAATTGATTTTAAATTA
* * * *
10913 AATTATTTTACATTTTTGATTAAAAGAGACTATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTGTAGAA
1 AATTATTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATATAGAA
* * * * * *
10978 AAATGA-ATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCTT-TT--TTCCAAAAGCCTCATA
66 AAA-AACATTTATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--CTTATTCCTT-CAAAAGCCTTATT
* * * *
11039 GCTCATTTTAAAT-GATTTTATAATCTCAAAATGGATTTTAAGTTCA
127 GCTCACTTTAAATAG-TTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAATT-A
* * * * * *
11085 ATTTTTTTTACTTTTTTGACTT-AAACAGA-TATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACATAAAGA
1 AATTATTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATATAGA
* * * * *
11148 AAAAAACATTTATTAGAAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTGAAAAACGTTATTGCT
65 AAAAAACATTTATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCT
** *
11213 CACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTNN
130 CACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAATT-A
******** * * * ** *
11256 NNNNNNNNTACATTTTT-AGTTAAGACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAAGA
1 AATTATTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATATAGA
* * * * * * * * *******
11320 AAAAAGCATTCACT-GACAAGAAATGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCNNNNNNN
65 AAAAAACATTTATTAGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGC
*** * * * ** *
11384 NNNCTTTAAATGGTTTTGTTATCTCAAAATTGATTTCATGTTC
129 TCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAATTA
* * * ** *
11427 AGTT-TCTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGGCCTTGAGAAACATGA-A
1 AATTAT-TTT-ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAT-ATA
* * * * * * * *
11490 GAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAAGCCT
63 GA-AAAA-AACATTTATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCT
11552 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 118, Indels: 47
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 9 0.02
171 194 0.39
172 237 0.48
173 8 0.02
174 44 0.09
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATTATTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATATAGAA
AAAAACATTTATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTC
ACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAATTA
Found at i:12373 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12067--12596 Score: 466
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
12057 AAATTAAACC
* * * *
12067 TAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGA
1 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCT-TTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
* * ** ** * *
12131 GACTGTAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GAAGACAT
64 GACTATAAATAG-A-TTTTTTTATAAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCAC-AAGGTAGACAT
*
12194 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATATTTAAAAAACTGAACA
126 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATTTAAAAAACTGAACA
* *
12239 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGAATGAGAG
1 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCTTTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
*
12304 ACTATAAATAGATTTTTTTATAAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCA
65 ACTATAAATAGATTTTTTTATAAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCAC-AAGGTAGACATTCA
* ********** *
12368 ATTATAGT-TTTTCTTAACCAAAAANNNNNNNNNNATTGAACA
129 ATTATAGTCTGTT-TTAACCAAAAATATTTAAAAAACTGAACA
* * * * * *
12410 TAAAATCAATTTTGAGATAGTAAAATCATTTAAAAGGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
1 TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAA-CCTTTTAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
* * * * *
12475 ACTATAAATAGACTTCTCTAGCTAAA-GAATGCTTATTTT-TTCATGTTTCACAAGGTGGACATT
65 ACTATAAATAGATTTTTTTA--TAAATGAATG-TTTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATT
* * * * * *
12538 CAATTATGGTCTGTTTTCA-CAAAAA-ATGTAAAAACATTTAACT
127 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATTTAAAAA-ACTGAACA
*
12581 TAAAATCAATTATGAG
1 TAAAATCAATTTTGAG
12597 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 58, Indels: 23
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 157 0.54
172 106 0.37
173 20 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCTTTTAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
CTATAAATAGATTTTTTTATAAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATTTAAAAAACTGAACA
Found at i:13149 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12807--14195 Score: 1155
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 169
12797 NNNNNNNNNN
* * * * *
12807 AAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATAAATGGATTTTTTCATA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGCA-TTTTTC-TT
** * ** * *
12872 CAT-TTTCT-GTGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAACTAAAAAAGTCAACTT
63 CATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTGAACTT
* *
12934 AAAATCAATTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * *
12976 AAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGATTATATATAGACTTTTCTTCCAAATGAATTCATTGTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGCATTTTTCTTCA
* * * *
13041 TGTTTCTCGAAGTAGACAATCAAGTATAGTCTCTTTTAATCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTA
65 TGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTGAACTTA
* * *
13106 AAATCAATTATGGGAATATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
13147 AAGGCTTTTGAAGGAATGACAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAACG-AGTTTGTT-TA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGCA-TTT-TTCTT
* * * * * * * **
13210 CACGTTTC-CCACGGCA-AGCATTCAATTGTAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCTAC
63 CATGTTTCTCGA-AGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTGAAC
*
13273 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAAT
126 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*
13317 AAGGCTTTTGAAGGAATGTGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTC-TTTTT-TT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATG-CATTTTTCTT
* * * * * *
13379 CGATGTTTCAC-AAGGTAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAA--AAATATATATAAAAAAATGA
63 C-ATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAA-A-ATGTAAAAAATTGA
* * * *
13441 ATTTAAAATCAAATT-TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAAT
124 ACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * * * *
13487 AAGGGTTTCGAGGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAGTAAATGTATTTTTCCTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCATTTTTCTTCA
* * *** * * *
13552 CGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAACCT
65 TGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTGAACTT
* * *
13616 AAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGAAAT
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
13658 AAAGCTTTTGAAGGAATGAGACACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCTTTTTTTTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCATTTTTCTTCA
* * * * * * * *
13723 TATCTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGGTAAAAAAATTGAACAT
65 TGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAAT-GT-AAAAAATTGAACTT
* * **
13788 AAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTAAG-AAT
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
13829 AAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGCTTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCATTTTTCTTCA
* * *
13894 TGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATTAAAAAAACTGAACA
65 TGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAAT-GT-AAAAAATTGAACT
* * * * * *
13958 TGAAATTAATTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAAT
127 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ** * * *
14001 AAGGCTTTTAAAAGAATGGGAGACTAT-AATGGAGATTTCTTGTCAATGAATG-TTTTTTTTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGCATTTTTCTTCA
* * * *
14064 CGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATA-TTTTTTCTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTGAAC
65 TGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAATCAAAAATGTAAAAA-A-TTGAAC
* * * * * ** ** *
14127 ATAAAATTAATTTTGAGATAATAGAATTATTTAAAATGGGTAAT
126 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
14171 AAGGATTTTGAAGGAATGAGTGACT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACT
14196 TTTCTTGCAA
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 175, Indels: 67
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 18 0.02
169 83 0.08
170 383 0.38
171 444 0.44
172 79 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCATTTTTCTTCAT
GTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:13608 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 12807--14187 Score: 1261
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 336
12797 NNNNNNNNNN
** * *
12807 AAGGCTTTTGAAGGAATGTGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGATTTTT-TCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATAAATGTATTTTTCTC-
* ** * ** *
12870 TACATTT-TCTGTGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAACTAAAAAAGTCAACT
64 -ACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACT
* * *
12933 TAAAATCAATTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGT-
127 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTA
* * * * *
12997 GATTATATATAGACTTTTCTT-CCAAATGAAT-TCATTGTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACA
191 CACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGTC-TT-TTTTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA
* * * * * * * *
13059 ATCAAGTATAGTCTCTTTTAATCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATC-AATTATGGGAAT
252 TTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAA-AAATGAACTTAAAATCAAATT-TGAGATT
*
13123 ATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
314 ATAAAACAATTTAAAGTGAG-AAT
* * *
13147 AAGGCTTTTGAAGGAATGACAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAACG-AGTTTGTT-T
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATAAATGTA-TTT-TTCT
* * * * * * *
13209 ACACGTTTCCCACGGCA-AGCATTCAATTGTAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCTAC
63 -CACGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAAC
*
13273 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGT
126 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GT
* *
13338 A-ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTTTCGATGTTTCACAAGGTAGACATT
190 ACACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTTTC-ATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * *
13402 CAATTGTAATCTATTTTAA-AAATATATATAAAAAAATGAATTTAAAATCAAATTTGAGATTATA
254 CAATTATAATCTATTTTAACAAA-A-ATGTAAAAAAATGAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATA
*
13466 AAACTATTTAAAGTGAGCAAT
317 AAACAATTTAAAGTGAG-AAT
* * * * * * *
13487 AAGGGTTTCGAGGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAGTAAATGTATTTTTCCTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGTATTTTT-CTCA
* *** * * * *
13552 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAACCTA
65 CGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTA
* * * *
13617 AAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGAAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAG-ACA
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTACA
* * * * * **
13681 CTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGAATGCTTTTTTTTTCATATCTCTTGAGGTAGACATTCAA
193 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * *
13746 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATGGTAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAA
257 TTATAATCTATTTTAA-CAAAAAT-GTAAAAAAA-TGAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAA
* *
13811 ACCATTTAAAGTAAGAAT
319 ACAATTTAAAGTGAGAAT
* *
13829 AAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTAATGCT-TTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATG-TATTTTTC-TC
* * * * *
13893 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATTAAAAAAACTGAACA
64 ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAAT-GT-AAAAAATTCAACT
* * * * * * * * * *
13958 TGAAATTAATTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGAG
127 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTAC
** * * *
14023 ACTAT-AATGGAGATTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
192 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * * * * * *
14087 TTAT-ATTTTTTCTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTGAACATAAAATTAATTTTGAGATAATAG
257 TTATAATCTATT-TTAA-CAAAAATGTAAAAA-A-ATGAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAA
** * *
14151 AATTATTTAAAATGGGTAAT
318 AACAATTTAAAGTGAG-AAT
*
14171 AAGGATTTTGAAGGAAT
1 AAGGCTTTTGAAGGAAT
14188 GAGTGACTTT
Statistics
Matches: 868, Mismatches: 138, Indels: 68
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.01
340 224 0.26
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343 113 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGTATTTTTCTCAC
GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTACACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATGAACTTAAAATCAAATTTGAGATTATAAAACAATTT
AAAGTGAGAAT
Found at i:15831 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 15123--16514 Score: 948
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 338
15113 NNNNNNNNNN
* * * * *
15123 AAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTG
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTA
* * *
15188 GATTATTGC-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACG-TTAAGAAAATA-ATA
65 TATT-TTTCATTAAAATAGA-TATAATTGAATGTC-ATCTCAAGAAACGTTTAA-AAAA-ACATA
* * * * * *
15250 TTTCTTAGTAAGAAAAG-TCGATTTATAGTAACCTATCCCTTTAAAAGCTTTATTACTCTCTTTA
125 TTTATTAGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTA
* * * * * * *
15314 AAGGGTTTTATAATCTCAAATATGGTTTTAAATTTAATTTTTTTATATTTTTTTTTCAAACAGAT
189 AATGGTTTTATAATCTCAAAT-TGATTTTAAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAC
* * * * ** *
15379 TACAATTGAATGTCTACCTCATGACACGTAGAGAACAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTT
253 AACAATTGAATGTCTACCTCATGAAAAGTAGAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *
15444 TATAGTCACCCATTTCTTCAA
318 TATAGTCACCCATTCCTACAA
* * *
15465 AAGGCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTAT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
* **
15530 ATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCGATCTCAAGAAACGTTTAAAAAAACCCATTTA
66 ATTTTTCATTAAAATAGAT-ATAATTGAATGTC-ATCTCAAGAAACGTTTAAAAAAACATATTTA
* * * * *
15595 TTTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCCTTAAATG
129 TTAG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
15660 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACAATA
193 GTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACAACA
* * * *
15724 ATTGAATGAT-TGCCTTGA-GAAAAGT-GTAGAAAAACCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTTCATT
257 ATTGAATG-TCTACC-TCATGAAAAGTAG-AGAAAAACCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATT
****
15785 TATAGTCTTTTATTCCTACAA
318 TATAGTCACCCATTCCTACAA
* * * * *
15806 AAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGACTTTTTTAT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
* ** * * * * * * *
15871 ATTTTTTATTAAAATAGACTGGAATTTAATG-CATGCCTCAAAAAACATGTAGAAAAACTTAGTT
66 ATTTTTCATTAAAATAGA-TATAATTGAATGTCAT--CTCAAGAAACGTTTAAAAAAACATATTT
* * * *
15935 ATTCGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATACCTTCAGAAGCCTTATTGA-TCACTTTAAAT
128 ATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCTTTATT-ACTCACTTTAAAT
********** * * ** * **
15999 GGTTTTATAATCTCAAATTNNNNNNNNNNTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTAC
192 GGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACAAC
* ** ** *
16064 AATTGAATTTCTACCTCATGACAAA-TAGAGAAAAAGGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTA
256 AATTGAATGTCTACCTCATGA-AAAGTAGAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** *
16128 TAGTCTCTAATTCCTTCAA
320 TAGTCACCCATTCCTACAA
********** ** * *
16147 NNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TGCAAGTTGAATTTTTTAC
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
* * * *** ** * * *
16211 ATTTTTCATTCAAACAGACTATAATTGAATTTTGGCCTGGAGAAACGTGTAGAAAAACCCATATA
66 ATTTTTCATTAAAATAGA-TATAATTGAA-TGTCATCTCAAGAAACGTTTA-AAAAA-ACATATT
* * ** * * *
16276 T-TTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCA-CTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATTCACCTTAAA
127 TATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAA
* * * * ********** *
16339 TGATTTTATACTCGCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTNNNNNNNNNNTTCATTAAAACAGACAA
191 TGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACAA
* * * * * * * * *
16403 TAATTGAATGGCTATCTCGA-GAAACGT-GTAGAAAAATCCATTTATTTGACAAAAAAAATCCAT
255 CAATTGAATGTCTACCTC-ATGAAAAGTAG-AGAAAAACCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
16466 TTATAGTAACCTATTCCTTCAA
317 TTATAGTCACCCATTCCTACAA
* *
16488 AAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
16515 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 210, Indels: 67
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 9 0.01
340 174 0.22
341 475 0.59
342 144 0.18
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
ATTTTTCATTAAAATAGATATAATTGAATGTCATCTCAAGAAACGTTTAAAAAAACATATTTATT
AGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTT
TTATAATCTCAAATTGATTTTAAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACAACAATTG
AATGTCTACCTCATGAAAAGTAGAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCATTCCTACAA
Found at i:15858 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15123--16514 Score: 808
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
15113 NNNNNNNNNN
* * * * * *
15123 AAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTG
1 AAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTA
* * ** ** * * * **
15188 GATTATTGCTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TCTACCTCAAGAAACGT-TAAGAAAATA-ATA
65 TATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGAT-TGCCTTAAGAAAAGTGT-AGAAAA-ACCCA
* * * * * * *
15250 TTTCTTAGTAAGAAAAG-TCGATTTATAGTAACCTATCCCTTTAA
127 TTTATTTGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
* * * * * * *
15294 AAGCTTTATTACTCTCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCA-AATATGGTTTTAAATTTAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTT-AAGTTAAATTTTTT
* * * ** * * * * * * * **
15358 ATATTTTTTTTTCAAACAGATTACAATTGAATG-TCTACCTCATGACACGTAG-AGAACAAGGCA
64 ATATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGAT-TGCCTTAAGAAAAGT-GTAGAAAAACCCA
* * * * ** *
15421 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTTCTTCAA
127 TTTATTTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
* *
15465 AAGGCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTAT
1 AAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
* * * * * * * * *
15530 ATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATG-TCGATCTCAAGAAACGTTTAAAAAAACCCATTT
66 ATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGATTG-CCTTAAGAAAAGTGTAGAAAAACCCATTT
**
15594 ATTTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
130 ATTTG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
* *
15636 AAGCTTTATTACTCGCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
1 AAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
*
15701 ATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGATTGCCTTGAGAAAAGTGTAGAAAAACCCATTTA
66 ATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGATTGCCTTAAGAAAAGTGTAGAAAAACCCATTTA
* ** *
15766 TTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTTTTATTCCTACAA
131 TTTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
* * * * * *
15806 AAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGACTTTTTTAT
1 AAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
*** * * * ** *
15871 ATTTTTTATTAAAATAGACTGGAATTTAATGCA-TGCCTCAA-AAAACATGTAGAAAAACTTAGT
66 ATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATG-ATTGCCTTAAGAAAA-GTGTAGAAAAACCCATT
* * *
15934 TATTCGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATACCTTCAG
129 TATTTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
* * ********* *
15976 AAGCCTTATTGA-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTNNNNNNNNNNTTCAATTTTTT
1 AAGCCTTATT-ACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAAGTT-AAATTTTT
* ** * * ** * * * * * **
16039 TACATTTTTGGTTAAAACAAATTACAATTGAAT-TTCTACCTCATGACAAA-TAG-AGAAAAAGG
63 TATATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGAT-TGCCTTAAGA-AAAGT-GTAGAAAAACC
* * * *
16101 CATTCA-TTGAAAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAA
125 CATTTATTTG-CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
********** * ** * *
16147 NNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TGCAAGTTGAATTTTTTAC
1 AAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
* * * * * ** * *
16211 ATTTTTCATTCAAACAGACTATAATTGAAT-TTTGGCCTGGAGAAACGTGTAGAAAAACCCATAT
66 ATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGATT-GCCTTAAGAAAAGTGTAGAAAAACCCATTT
* * *
16275 ATTTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATTTCTTCAA
130 ATTT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
* * * * * * ******
16317 AAGCCTTATTATTCACCTTAAATGATTTTATACTCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTNNNNNN
1 AAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
**** * * ** ** ** * *
16382 NNNNTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGGCTATCTCGAGAAACGTGTAGAAAAATCCATTTA
66 ATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGATTGCCTTAAGAAAAGTGTAGAAAAACCCATTTA
* * * * *
16447 TTTGACAAAAAAAATCCATTTATAGTAACCTATTCCTTCAA
131 TTTG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
*
16488 AAGCCTTATTACTTG-CTTCAAATGGTT
1 AAGCCTTATTACTCGCCTT-AAATGGTT
16515 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 233, Indels: 70
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 60 0.06
170 342 0.36
171 525 0.55
172 19 0.02
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
ATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGATTGCCTTAAGAAAAGTGTAGAAAAACCCATTTA
TTTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
Found at i:17876 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17152--18589 Score: 1001
Period size: 170 Copynumber: 8.4 Consensus size: 170
17142 AGAAACGTGA
* * * * * ** * **
17152 AGAAAAAGACATTTATTAGAAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTGAAAAGTGTTATT
1 AGAAAAAGGCATTTATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * ** * * *
17217 GCTCACTTTAAATGATTTTATTTTCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACATTTTT-
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA--TTTTTTTACATTTTTG
* * * *
17281 AGTTAAGACA-AGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTA-
128 A-TTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTTTACCTCGAGACATGTAG
* ** *
17324 AGGAAAAAAGCATTTATTAACAAGAACTGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 A-GAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAA-AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
17389 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTCTTTAACATTTTTG
64 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTT-TTTTACATTTTTG
* * * *
17454 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTT-CCTTGAGAAACGT-G
128 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TTACCTCGAGACATGTAG
** *
17496 AAGAAAAAAGAGCATTTATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCCTGTACCTTCAAAAGCCTT
1 -AG-AAAAAG-GCATTTATTGGCAAGAAA-GTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
*** * * * * *
17561 ATTACTGGTTTTAAATGGCTTTAGAATCTCAGAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTACA-TATT
62 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
17625 GGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-TTCTACCACAAGAAACATG-A-
127 GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT-TACCTC--GAGACATGTAG
* ** * * * ** ** *
17669 AGAACAAGATATTTATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGTATTAGT
1 AGAAAAAGGCATTTATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
17734 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGA
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGA
* * * *
17798 TTAAAGCAGATTACAATTGAATGTTTACCTCGTGACATGTAG
129 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGACATGTAG
* * * * *
17840 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAGGCCTTATTA
1 AGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * **
17905 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGACTTTTTTATTTTTTTTG-T
66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA-CATTTTTGAT
* * * *
17968 TAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTGTCTCTGGAAACATGT-G
130 TAAAACAGACTATAATTGAATGTTT-AC-CTCGAGACATGTAG
** * * *
18010 -GAAAAACTCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCGAAAGCCTTATT
1 AGAAAAAGGCATTTATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
18074 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATGACCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTACATTTTTTG-
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TTTTTGA
* * * *
18137 TTAAAACATACTATAATTAAATGCTTACCTCGGGAAACATGTA-
129 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC--GAGACATGTAG
** * * *
18180 A-AAAAACACATTTATTTTG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCCTTAT
1 AGAAAAAGGCATTTA-TTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * ********** * * *
18243 TGCTCATTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGA
64 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGA
* * * * * * *
18308 TTAAAACAGATTTTAATTGAATGTATACATCTAGAAACGT-G
129 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGACATGTAG
* * * * * * * * *****
18349 AAGAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCTATTTCTTGC-AAGGNNNNN
1 -AGAAAAAGGCATTTATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTT-CAAAAGCCTTA
***** * * * **
18413 NNNNNCACTTTAAATGGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTTTGTTTAATTTTGTTTTACATTTT
63 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTT-TTTTACATTTT
** * * ** * *
18478 TGGCTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAG
126 TGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGACATGTAG
* * *** *
18523 AGAAAAAAAGCATTCATTAATAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
1 AG-AAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAA-GTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
18588 TA
64 TA
18590 TTGACNNNNN
Statistics
Matches: 1004, Mismatches: 216, Indels: 90
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 63 0.06
170 382 0.38
171 185 0.18
172 81 0.08
173 155 0.15
174 136 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGATT
AAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGACATGTAG
Found at i:18195 original size:510 final size:515
Alignment explanation
Indices: 17142--18589 Score: 1238
Period size: 510 Copynumber: 2.8 Consensus size: 515
17132 NNCTACATCT
* * *
17142 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTTATTAGAAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCTTATTCCTTGAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTAG-AAGAAAAATCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
* * * ** *
17207 AAGTGTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTATTTTCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTT
65 AAGTATTAGTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTT
*
17272 TACATTTTTAGTTAAGACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAGGAAAAAAGCAT
129 TACATTTTTAGTTAAGACAAGCTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAGGAAAAAAGCAT
* * * *
17337 TTATTAACAAGAACTGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
194 TCATTAACAAGAACAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
17402 TGGTTTTGTTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTCTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACT
259 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCACTTTCTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACT
* * *
17467 ATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGAGCATTTATTGGCAAGAAATGTCCAT
324 ATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAGCATTTATTGGAAAGAAAAGTCCAT
** * * *
17532 TTATAGTCTCCTGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTGGTTTTAAATGGCTTTAGAATCTCAGAATT
389 TTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTAGAACCTCAGAATT
* * * * *
17597 GATTTTAGGTTTAATTTTTTTACATATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTCTACCACA
454 GATTTTAAGTTTAAATTTTTTACATATTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATCTCTACCACA
* * * *
17659 AGAAACATGAAGAACAAGATATTTATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTAG-AAGAAAAATCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAA
* * *
17724 AAGTATTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTT
65 AAGTATTAGTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
* * ** * *
17788 ACATTTTT-GATTAA-AGC-AGATTACAATTGAATGTTTACCTCGTGACATGT-AGAGAAAAAGG
130 ACATTTTTAG-TTAAGA-CAAG-CTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAG-GAAAAAAG
** * * **
17849 CATTCATTGGCAAGAA-AGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAGGCCTTATTACTTGCTTT
191 CATTCATTAACAAGAACAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * ** *
17913 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTT-TTT-ATTTTTTTTGTTAAAACAG
256 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCACTTTCTTTAACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * ** *
17976 ACTGTAATTGAATGT-TTGTCTCTG-GAAACATG-TGGAAAAA-CTCATTTATTTGAAAGAAAAG
321 ACTATAATTGAATGTCTT-CCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAAGAGCATTTATTGGAAAGAAAAG
* * *
18037 TCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATG-ACCTC
384 TCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTA-GAACCTC
* * * *
18101 ATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTAAATGCT-TA
448 AGAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTACA-TATTGGTTAAAACAGACTATAATTAAAT-CTCTA
* *
18164 CCTCG
511 CCACA
* * * * * * ** * *
18169 GGAAACATGTAA-AAAAACACATTTATTTTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTTCTTTA
1 AGAAACATG-AAGAAAAAGACATTTA-TTAGAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCA
** * * * * **********
18233 AAAGCCTTATTGCTCATTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTT
64 AAAGTATTAGTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * ** * * * *
18297 TAC-TTTTTTGATTAAAAC-AGATTTTAATTGAATGTATACATCTAGAAACGTGAA-G-AAAAAG
129 TACATTTTTAG-TTAAGACAAG-CTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGT-AAGGAAAAAAG
* * * * * * * **********
18358 ACATTCATTAGA-AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCTATTTCTTGC-AAGGNNNNNNNNNNCAC
191 -CATTCATTA-ACAAGAACAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCAC
* * ** * * * * *
18421 TTTAAATGGTTTTATTATCCCAAAATTGATTTTTTGTTTAATTTTGTTTTACATTTTTGGCTAAA
253 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTCACTTTCTTTAACATTTTTGGTTAAA
* * * * * *
18486 ACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT-AGAGAAAAAA-AGCATTCATT-AATAAGA
317 ACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAAGAGCATTTATTGGA-AAGA
* * *
18548 AATGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
380 AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
18590 TTGACNNNNN
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 156, Indels: 56
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 23 0.03
510 252 0.34
511 73 0.10
512 46 0.06
513 9 0.01
514 119 0.16
515 121 0.16
517 105 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (515 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTAGAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAA
AGTATTAGTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA
CATTTTTAGTTAAGACAAGCTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTAAGGAAAAAAGCATTC
ATTAACAAGAACAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCACTTTCTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
AATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGAGCATTTATTGGAAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTAGAACCTCAGAATTGA
TTTTAAGTTTAAATTTTTTACATATTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATCTCTACCACA
Found at i:20645 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 20404--21400 Score: 473
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 168
20394 NNNAATTGAT
* * *
20404 TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGATTGCCTACCTCAAGAAAC
1 TTTAAGTTGAACTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAAC
* * * * * *
20469 ATGTAG-AAAA-TTCATTTATTTGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTTTTTCATTCCTTCAAAATCT
66 ATATAGAAAAACTT-AGTTATTTGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
20532 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
130 CTATTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
* * * *
20571 TTTAAGTTGACCTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGACTTTAATTGAATGCCTGCCTCTAGAAA
1 TTTAAGTTGAACTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAA
* * *
20635 CGTATAGAAAAACTTAGTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC
65 CATATAGAAAAACTTAGTTATTTGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC
*******
20700 CTATTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAA---TNNNNNNN
130 CTATTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
*** * * * **
20736 NNNAA--T----TTTTTACATATTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAA
1 TTTAAGTTGAACTTTTTATAT-TTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAA
* * * ** * * * * * * *
20794 CGTGTAGAAAAGCCCATTTATTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCTTTTAAAAGC
65 CATATAGAAAAACTTAGTTATTT-GAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * * *
20859 CTTATTACTCGTCTT-AAATAGTTCTACATTCTCATAAATG
129 CCTATTACTAG-CTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
* * * * * * * *
20899 ATTTGAA-ATGAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTGTCTACCTCGAG
1 -TTT-AAGTTG-AACT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAG
* * * * * * * * * **
20963 AAACGTGTAGAAAAA-TAAATTTATTTGGAA-AAAAGTCTATTTATAATCACCCATTTTTTCAAA
62 AAACATATAGAAAAACT-TAGTTATTTGAAAGAAAAGTCAATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* * * * *
21026 AG-CCTGA-TAGCTCA-TTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTG
126 AGCCCT-ATTA-CT-AGCTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
* * * ** * *
21069 ATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACTTTTTTGACTT-AAACAGA-TATAATTGAATGTTTACATCTA
1 --TTTAAGTTGAACTTTTTATA--TTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAA
* *** * * * *
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** * * *
21195 AAAGCATTAGTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTTG
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* * * * ** **
21240 ATTTTAAGTTCAACTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTACAATTGAATGTTTACCTCGTGA
1 --TTTAAGTTGAAC-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGA
* * *** * * * * * * * *
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* * *
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127 GCCCTATTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAAT
21401 NNNNNNNNNN
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TATTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAATCTTATAATTG
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20731 NNNNNNNNAA
* *
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*** * *
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* * * * * * * **
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126 CATTTTAAATGA-TTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTCAAT
* * * *
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1 TTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGTAGAAAA
* * * *
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*
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128 TTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-T
* * *
21084 TTTTTTACTTTTTTGACTT-AAACAGA-TATAATTGAATGTTTACATCTAGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGTAGAAAA
* * * * ** ** * *
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65 AAA-ATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTTTTTCAAAAGCCTTAGTACTCAT
* * *
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* * * *
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21301 GTGACACATA
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AAATTTATTTGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTTTTTCAAAAGCCTTAGTACTCATTT
TAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
Found at i:21227 original size:171 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
20731 NNNNNNNNAA
* ** *
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1 TTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCT-AGAAACGTGAAGAAA
*** * * * * *
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* * * * * * * * *
20869 -GTCTTAAATAGTTCTACATTCTCATAAA-TGATTTGAA-ATGAAA
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* * * * *
20912 TTGTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAGACTATAATTGATTGTCTACCTCGAGAAACGTGTAGAAA
1 TT-TTTTAC-TTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACGTGAAGAAA
* * * * ** *
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* * * *
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*
21084 TTTTTTACTTTTTTGACTT-AAACAGA-TATAATTGAATGTTTACATCTAGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTACTTTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAA
* * ** *
21147 AAACATTTATTAGAAAGAAAAATATATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCATTAGTACTCAC
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*
21212 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTCAAC
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAC
* * * * *
21254 TTTTTTA-TATTTTTGATTAAAACATATTACAATTGAATGTTTACCTCGT-GACACAT-AGAGAA
1 TTTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTC-TAGAAACGTGA-AGAA
** * * * * * * *
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*
21381 GCTTTAAATGGTTTTATAAT
127 ACTTTAAATGGTTTTATAAT
21401 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTTTACTTTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAAA
AACATTTATTAGAAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATACTCACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAC
Found at i:22179 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21877--22281 Score: 526
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
21867 NNNNNNNTAA
* * * *
21877 TCTCATAGTTGATTTTAAGTTCAATCTTTTACA-TTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGCC
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* * * * * **
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* *
22006 CCTTCAAAAGTCC-TATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAC
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* *
22046 TCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATACTATAATTGAATGTC
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTC
* * * **
22111 AGCCTTGGAAAACATATAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAATCAATTTATTGTCTCACATT
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* *
22176 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTGTTATAT
131 CCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTGTTATAC
** *** *
22216 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAAGGGACTATAATTGATTGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGT
22281 C
65 C
22282 TACCTCAAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTC
AGACTTGGAAAACATATAGAAAAACCCAGTTATTTGAAAGAAAAATCAATTTACAGTCTCACATT
CCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTGTTATAC
Found at i:24297 original size:170 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
23870 NNNNNNNNNN
* * *
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* * * * * * *
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*
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** * ******
24049 TTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAAGCCCTATTACATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNN
1 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
**** * * * *
24114 NNNNTTCAAGTTGAATATTTTACATTTTTTATTAAAATACACTATAATTGAATGTTAG-CCTT-G
65 TGATTTTAAGTTGAATATTTTACATTTTTTATTAAAACACACTATAATTGAATG-CAGAACTTAG
* * *
24177 AAAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTTG-AAGAAAAGTCTA
129 -AAAACATATAAAAAAACCCAGTTA-TTTGAAAGAAAAGTCTA
* * * *
24219 TTTATTGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGTATTAAATAGTGTTATATTCTCATAA
1 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGC-T-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ***
24283 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAAAAGGGACTATAATTGA
64 TTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTACATTTTTTATTAAAACACACTATAATTGA
24336 TTGTCTACCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATATTTTACATTTTTTATTAAAACACACTATAATTGAATGCAGAACTTAGAA
AACATATAAAAAAACCCAGTTATTTGAAAGAAAAGTCTA
Found at i:24609 original size:172 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
24197 ATTTATTTTG
* * * * * * *
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1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTAAC-T-TTAAATGGTTT
* * * * ***
24270 TA-TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATA-TTTTTTGTTAAAAGGGACTATAAT
64 TATTA-TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTTACTTTTTGGTTAAAACAAACTATAAT
* * * * * * *
24333 TGATTGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAATGAACTCATTTGG
127 TGAATGTCTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTCA-TTGA
* ** * * * * * **********
24378 AAGAAAAGTGTATTTATAATC-ACTCATTTCTTTAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTAACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
24442 ATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTTGGCTAAAATAAATTATAATTT
65 ATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
* * * *
24507 AATGTCTACATCTAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGA
129 AATGTCTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTCATT-GA
* *
24550 AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTGAAAAGCGTTATTGCTAACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTA
********** * * *
24615 TTATCTCAAAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTGGTTAAGACGAACTATAATTGAA
66 TTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAA
*
24680 TGTCTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTCCTTGA
131 TGTCTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTCATTGA
* * * * * * *
24720 CAAGAAATATCTATTTATATTCTTCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
1 -AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTAACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
24785 GTTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAGTTTTTTTAACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTG
65 ATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
* * *
24850 AATGTTTACCT-TGAGAAATATGAAGAAAAAAAGTATTTATTTGC
129 AATGTCTACCTCT-AGAAATATGAAG-AAAAAAGTATTCA-TTGA
* *
24894 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAA
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAA
24931 ATATTATTAC
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 116, Indels: 24
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Matches are distributed among these distances:
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AAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCGTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTA
TTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACTTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAA
TGTCTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTCATTGA
Found at i:28170 original size:173 final size:171
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27790 NNNNNNTAAG
* * * * **
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1 GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTTC-AATAAAT-ACCTTTTTCTTCATG
* * * * * * *
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* * * * *
27927 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
128 AAATCAATTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAC
** * *
27971 GCTTTTGAA-GAAACAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATAAATACCTTTTTCTTCATT
1 GCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGAACTTTTCTT-TCAATAAATACCTTTTTCTTCATG
* * *
28035 TTTCTCGAGGTAGCCATTCAATTACAGTCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAAAATTGAACATA
64 TTTCTAGAGGTAGACATTCAATTACAGTCTATTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAAATTGAACATA
* *
28100 AAATCAATTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAT
128 AAATCAATTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAC
* * * ***
28144 GCTTTTGAAGGAATGAGATACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATAAATGTTTTTTTCTTCATGT
1 GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTT-TCAATAAATACCTTTTTCTTCATGT
* * * * *
28209 TTCTAGAGGTAGAGAGTT-AATTATAGT-TCGTCTTAACCAAAAAA--TAAAAAAAATTAAACAT
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* *
28270 AAAATCAATTTTGAGATAATAAAATCATTTATAGTGAGCAATAAC
127 AAAATCAATTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAC
* * * * * * * *
28315 GCTTTTCAAAGAAT-AGAAGACTATAAAT-AAATTTTGTTTTCCAATGAATTCCTTTTT-TTTAC
1 GCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGAACTTTT-CTTT-CAATAAATACCTTTTTCTTCAT
* * * *** * *
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*
28442 AAATCAATTTTGAGATTATAAAA
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28465 CCATNNNNNN
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 72, Indels: 34
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Matches are distributed among these distances:
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GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTTCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTT
TCTAGAGGTAGACATTCAATTACAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTGAACATAAAA
TCAATTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAC
Found at i:29138 original size:169 final size:170
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28747 AGGAATGGGA
* ** *
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* *
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* * * * *
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129 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGATACTATAAATG
* * ** * * * *
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* *
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** * * * *
29056 CAACTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGATAATATAAATG
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* * ** *
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1 GACTTTTCTTCCAAATAAATCTGTTTTTCTACACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * *
29160 ATTTTAA-AAAAATATATAAAAG-GT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAA
66 GTTTTAATGAAAA-ATGTAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
29221 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGGCTATAAAAG
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* * * * * * * * *
29262 GACTTTTCTTGCC-AGTGAAT-TCCTTTTTCT-CTATGTGTCACGAGATAGACATTCAATTGTAA
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* * * * *
29324 TCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAGATTGAACTTAAAATTAAATT-TGAGAGTACAAAACCAT
63 TCTGTTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAGATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *
29387 TTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTAAAAGAATAAG-TGACTATAAATG
125 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAT-ACTATAAATG
* * * * *
29433 GACTTTTCTTACC-AATAAATACT-TTTTTCTTCACGGTTCTTGAAGTAGACAATCAATTAT-GA
1 GACTTTTCTT-CCAAATAAAT-CTGTTTTTCTACACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAG-
* * * * * * * *
29495 CCTGTTTAAATCAAAAATGTAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTA
63 TCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
29560 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGAGACTATAAAT
128 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGATACTATAAAT
29602 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 99, Indels: 45
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
GACTTTTCTTCCAAATAAATCTGTTTTTCTACACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
GTTTTAATGAAAAATGTAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGATACTATAAATG
Found at i:30123 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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29735 NNNNNNTGAG
* * * **
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* * * * * *
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* * *
29875 ATAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAATTTGAT
131 ACAAAAAATATAAAAAAATTAAACCTAAAATCAAATTTGAT
* * * * * * *
29916 ATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTATTAATACTTTTGAAGGAATAAGTTACTATAAATGCACTTT
1 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
29981 TTTTGCCAATAAATATCTTATTCT-TCACGTTTC-TCGAGATAAACATTCAATTTTAATATGTTT
66 TTTTGCCAATAAATACCTTATTCTCT-ACGTGTCAT-GAGATAAACATTCAATTGTAATATGTTT
* * * *********
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* * * *
30087 NTTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGAGAGTATAAATGGACTTT
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*
30152 TCTTGCC
66 TTTTGCC
30159 GATGAATGCT
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 48, Indels: 4
0.79 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 191 0.99
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
TTTTGCCAATAAATACCTTATTCTCTACGTGTCATGAGATAAACATTCAATTGTAATATGTTTTA
ACAAAAAATATAAAAAAATTAAACCTAAAATCAAATTTGAT
Done.